LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER

EKSTRASI DNA SPESIMEN BUCAL SWAB

Tugas ini dibuat untuk memenuhi salah satu tugas mata kuliah Biologi Molekuler

Dosen Pembimbing

Puji Lestari, S.Si.,M,Biotech

Kristanti Herietrenggi, BSc, M. Biomed

Disusun Oleh Kelompok 4

1. Enjelika Masella Napitupulu (P3.73.34.2.21.022)

2. Faras Sabrina (P3.73.34.2.21.023)
3. Gevita Rahmawati (P3.73.34.2.21.024)
4. Gina Argiyanti (P3.73.34.2.21.025)
5. Ihdiyanti Rahmi Waruwu (P3.73.34.2.21.027)
6. Luthfiah Anggreini (P3.73.34.2.21.029)

PROGRAM STUDI D IV TEKNOLOGI LABORATORIUM MEDIS

POLTEKKES KEMENKES JAKARTA III

2022/2023
 KATA PENGANTAR

Assalamu’alaikum wr. wb.

Puji syukur kehadirat Allah SWT tuhan yang maha esa. Sholawat serta salam
tercurahkan kepada Nabi Muhammad saw. Berkat rahmat dan hidayahnya penulis dapat
menyelesaikan laporan hasil praktikum kimia klinik ini tepat pada waktunya.

Adapun tujuan dari penulisan dari laporan praktikum ini adalah untuk memenuhi tugas
pada mata kuliah Biologi Molekuler Politeknik kesehatan Jakarta 3. Selain itu, laporan ini juga
bertujuan untuk menambah wawasan tentang Ekstrasi DNA Spesimen Whole Blood
Menggunakan KIT KOMERSIAL bagi para pembaca dan juga bagi penulis.

Dalam penulisan laporan praktikum ini, kami masih merasa banyak kekurangan baik
dalam penulisan dan materi, mengingat akan kemampuan yang kami miliki. Terlepas dari itu,
kami memahami bahwa makalah ini masih banyak kekurangannya. Sehingga kami
mengharapkan kritik dan saran yang membangun demi terciptanya laporan praktikum yang
lebih baik lagi untuk selanjutnya.

Wassalamualaikum wr.wb

Bekasi, 10 November 2022

Penulis
A. JUDUL PRAKTIKUM
Ekstrasi DNA Spesimen Bucal Swab

B. WAKTU DAN TEMPAT

Hari : Selasa
Tanggal : 8 November 2022
Waktu : 07.30 – 12.30 WIB
Tempat : Lab Biologi Molekuler lt.5 Poltekkes Kemenkes Jakarta III

C. TUJUAN
Mahasiswa dapat memahami dan mengetahui teknik Ekstrasi DNA Spesimen
Bucal Swab.

D. PENDAHULUAN
Isolasi DNA memainkan peranan penting dalam analisis molekuler sebagai
langkah utama untuk melakukan penelitian di bidang biologi molekuler. DNA
merupakan senyawa makro molekul yang terdiri dari polimer nukleotida. Setiap
nukleotida memiliki tiga komponen utama, yaitu gugus phosphate, gula deoksiribosa
dan basa nitrogen. DNA memiliki fungsi sebagai wadah informasi genetik dan
pewarisan sifat/karakteristik dari suatu organisme. Pada tanaman, DNA terletak di
dalam nukleus, kloroplas dan mitokondria.
Molekul DNA harus dipisahkan dari material seluler lainnya sebelum dapat
diperiksa. Protein sel yang menyelubungi dan melindungi DNA dapat menghambat
kemampuan menganalisis DNA. Oleh karena itu, metode untuk mengekstrasi DNA
telah dikembangkan untuk memisahkan protein dan materi seluler lainnya dari molekul
DNA. Selain itu, kuantitas dan kualitas DNA sering diukur sebelum proses lanjutan
lainnya untuk memastikan akan didapatkan hasil yang optimal. Ekstraksi DNA secara
umum memiliki tahapan-tahapan yang meliputi isolasi dari jaringan, pelisisan dinding
dan membran sel, ekstraksi dalam larutan, purifikasi serta presipitasi atau pemadatan.
Dalam prosesnya terdapat tiga larutan penting dalam isolasi DNA, yaitu larutan
buffer untuk lisis, larutan buffer untuk digesti, dan protein kinase K. Kotoran (debris
sel) yang ditimbulkan akibat proses penghancuran sel dapat dibersihkakn dengan cara
sentrifuge sehingga yang tertinggal di dasar tabung hanya molekul nukelotida (DNA,
RNA, serta protein). Protein dapat dihilangkan dengan bantuan enzim proteinase,
 sedangkan RNA juga dibersihkan dari larutan dengan RNAse sehingga DNA dapat
diisolasi seutuhnya.
Pada dasarnya semua sel yang terdapat pada tubuh yang mempunyai inti sel
dapat digunakan sebagai spesimen pemeriksaan nuclear DNA (nDNA) dan sel yang
tidak mengandung inti sel dapat digunakan untuk pemeriksaan mitochondrial DNA
(mtDNA), namun DNA yang paling akurat untuk tes adalah DNA inti sel karena DNA
inti sel tidak bisa berubah sedangkan DNA dalam mitokondria dapat berubah karena
berasal dari garis keturunan ibu, yang dapat berubah seiring dengan perkawinan
keturunannya.
Pemeriksaan buccal swab dapat menjadi pilihan yang baik dan nyaman untuk
individu yang diperiksa terutama pada balita atau anak-anak. Disamping itu sampel dari
buccal swab lebih ekonomis, praktis dan lebih mudah untuk dilakukan pengiriman
karena terhindar dari resiko pecahnya tabung yang dapat terjadi pada pengiriman
dengan spesimen darah.

E. ALAT DAN BAHAN

a. Alat
- Alat ekstrasi RNA
No Alat Nama alat

1.
Tabung mikrotube

2. Collection tube & columm

3. Parafilm

4. Spin colomn

5. Collection tube

6. Vortex

7. Waterbath

8. Mikropipet
(2-20 µL dan 100-1000 µL)
 9. Pippet tip
(kuning & biru)

9. Centrifuge

10. Rak tabung mikrotube

11. Cotton swab steril

- Alat pada tahapan elektroforesis

No. Alat Nama alat

1. Elektroforesis
 2. Mikropipet
(1 – 10 µL)

3. Power supply

4. Tip kuning

5. Gel documentation

b. Bahan
- Bahan ekstrasi RNA
No Bahan Nama bahan

1. Buffer AE
2. Buffer BW

3. Buffer TW

4. PBS 1x

5. Buffer BL

6. Etanol absolute

7. Sample : buccal swab

- Bahan tahap elektroforesis
No Bahan Nama bahan

1. Loading dye

2. DNA ladder
5 bp dan 100 bp

3. Gel Agarose

4. Buffer TAE

5. Sample
F. CARA KERJA
Preparasi
1. sebelum digunakan, tambahkan ethanol absolute (grade ACS atau lebih baik)
2. kedalam buffer BW dan TW seperti yang ditunjukkan pada botol
3. siapkan waterbath pada suhu 56 derajat celcius
4. sipakan pisau tajam yang steril dan penjepit
5. siapkan 1X PBS dan ethanol absolute
6. siapkan 1,5 mL tabung microcentrifuge dan 2 ml tabung microcentrifuge
7. menyeimbangkan buffer AE ke suhu ruang
8. semua sentrifugasi harus dilakukan pada suhu ruang
9. jika sudah terbentuk presipitat pada buffer BL, panaskan pada suhu 56 derajat
10. celcius menggunakan waterbath agar larut

Cara Kerja
1. Mengorek/mengikis/menggosok swab dengan kuat lebih dari 5-6 kali pada
bagian dalam pipi
(Untuk menghindari kontaminasi dari material lain, pastikan bahwa orang yang
memberikan sample tidak makan dan minum selama 30 menit sebelum
pengambilan sample).
2. Tempatkan swab pada 2 mL tabung microcentrifuge. Potong gagang sikat
menggunakan pisau tajam yg steril atau pemotong kawat. Tambahkan 400 uL
1X PBS ke dalam tabung
(Pemotong harus di bilas dengan ethanol 70 % untuk mencegah contaminasi
diantara sample).
3. Opsional → jika RNA-free DNA diperlukan, tambahkan 20 uL RNase A
solution (20mg/ml) campur dengan cara di vortex dan inkubasi pada suhu ruang
selama 2 menit
(Kecuali kalau RNase A ditambahkan, RNA akan dimurnikan bersama dengan
DNA, RNA akan menghambat suatu reaksi enzimatik downstream, tapi tidak
menghambat PCR itu sendiri).
4. Tambahkan 20 uL proteinase K solution (20mg/ml, tersedia) dan 400 uL Buffer
BL ke dalam sample. Vortex dengan kuat agar segera tercampur
(Untuk lisis yang lebih efisien, campur sample sepenuhnya).
5. Inkubasi pada suhu 56 derajat celcius selama 10 menit, sentrifugasi sebentar
untuk menghilangkan tetesan apa pun dari dalam tutupnya.
6. Tambahkan 400 uL ethanol absolute ke dalam lisat, dan campur dengan baik
menggunakan vortex. sentrifugasi sebentar untuk menghilangkan tetesan apa
pun dari dalam tutupnya.
7. Pindahkan secara hati-hati 700 uL campuran ke dalam column type G (mini).
Tutup penutupnya, centrifuge dengan kecepatan 6000 x g diatas (>8000 RPM)
selama 1 menit, buang larutan yang berada pada collection tube dan pindahkan
Kembali mini column Kembali ke dalam collection tube (Hati-hati jangan
sampai basah lingkaran pada mini column).
8. Ulangi langkah 7 sampai semua campuran yang tersisa telah diterapkan ke mini
column. Ganti collection tube dengan yang baru.
9. Tambahkan 600 uL buffer BW, centrifuge dengan kecepatan 6000 x g diatas
(>8000 RPM) selama 1 menit dan ganti collection tube dengan yang baru jika
pada mini column terdapat residu berwarna setelah centrifuge.
10. Tambahkan 700 uL buffer TW. Sentrifugasi pada kecepatan 6000 x g diatas
(>8000 RPM) selama 1 menit. Buang larutan yang berada pada collection tube
dan tempatkan Kembali mini column pada collection tube sentrifugasi pada
kecepatan penuh tidak akan berefek pada pemulihan DNA.
11. Centrifuge pada kecepatan penuh selama 1 menit untuk menghilangkan residu
wash buffer. Tempatkan mini column pada 1,5 mL tabung microcentrifuge
baru. kehati-hatian harus diambil pada langkah ini untuk menghilangkan sisa
buffer TW. jika carryover buffer TW masih terjadi, sentrifugasi Kembali pada
kecepatan penuh selama 1 menit dengan collection tube sebelum dipindahkan
ke tabung 1,5 mL microcentrifuge baru. Sentrifugasi harus dilakukan pada
kecepatan penuh (13000 ~ 20000 x g)
12. Tambahkan 200 uL buffer AE atau air steril. Inkubasi selama 1 menit pada suhu
ruang dan sentrifugasi pada kecepatan penuh selama 1 menit pastikan buffer
AE atau air steril disalurkan langsung ke tengah-tengah membrane mini column
untuk elusi DNA yang optimal.
G. HASIL
Gambar Hasil

Hasil dari praktikum ekstrasi DNA

spesimen buccal swab dengan KIT
komersial yang telah dilakukan oleh
kelompok 4 memperoleh hasil benang
DNA yang terlihat.

H. PEMBAHASAN
Dalam isolasi pada DNA memiliki tiga prinsip utama yaitu ada lisis, ekstraksi
atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta pemurnian
DNA. Dan terdapat beberapa hal yang perlu kita perhatikan pada proses isolasi DNA
ini antara lain yaitu harus menghasilkan DNA tanpa adanya kontaminan seperti protein
dan RNA. metodenya harus efektif dan bisa dilakukan untuk semua spesies metode
yang dilakukan tidak boleh mengubah struktur dan fungsi molekul DNA, dan
metodenya harus sederhana dan cepat Tahap pertama dalam isolasi DNA adalah proses
perusakan atau penghancuran membran dan dinding sel. Pemecahan sel (lisis)
merupakan tahapan dari awal isolasi DNA yang bertujuan untuk mengeluarkan isi sel.
Tahap penghancuran sel atau jaringan memiliki beberapa cara yakni dengan cara fisik
seperti menggerus sampel dengan menggunakan mortar dan pestle dalam nitrogen cair
atau dengan menggunakan metode freezing-thawing dan iradiasi. Cara lain yakni
dengan menggunakan kimiawi maupun enzimatik. Penghancuran dengan
menggunakan kimiawi seperti penggunaan detergen yang dapat melarutkan lipid pada
membran sel sehingga terjadi destabilisasi membran sel. Penghangatan sampel darah
dalam waterbath berfungsi untuk memaksimalkan kerja dari larutan buffer untuk
pemisahan dan pengendapan asam nukleat dan polisakarida asam yang menempel pada
DNA. Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA Prinsipnya
ada dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Masing-masing mempunyai prosedural yang
berbeda walaupun sebenarnya konsep yang dipakai adalah sama, pada praktikum kali
 ini dilakukan Isolasi DNA dari sampel darah Manusia dengan menggunakan protocol
Kit Komersial.
Sampel yang digunakan dapat berupa buccal swab. Buccal mengandung baik
sel-sel berinti maupun sel-sel tidak berinti.

I. KESIMPULAN
Pada hasil praktikum ekstraksi DNA spesimen buccal swab menggunakan KIT
KOMERSIAL dan di visualisasikan pita DNA menggunakan elektroforesis dan UV
iluminator, dapat disimpulkan bahwa : Pita DNA terlihat namun tipis dan samar.
 DAFTAR PUSTAKA

Theda C, Hwang SH, Czajko A, et al. Quantitation of the cellular content of saliva and buccal
swab samples. Sci Rep, 2018:8(1): 6944. Doi:10.1038/s41598-018-25311-0

Dr. Andrian Prasetio. 2021. Buccal Swab. www.alomedika.com Diakses pada 10 November
2022 pukul 20.35