LAPORAN PRAKTIKUM

BIOEKOLOGI TANAMAN
“ISOLASI DNA”

Disusun Oleh:
Nama : Yoga Guspiandi
NIM : 185040201111014
Kelas/Kel : I/I1
Asisten : Firli Ritma Sari

PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2019
 1

1. PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Suatu ilmu yang mempelajari tentang pemanfaatan teknologi
dalam bidang pertanian, itulah merupakan pengertian bioteknologi.
Di dalam ilmu bioteknologi terdapat teknologi yang bermanfaat
terhadap suatu tanaman seperti kultur jaringan dan isolasi DNA.
Isolasi DNA merupakan suatu perlakuan pada DNA dimana
memiliki tujuan untuk memisahkan suatu DNA dengan bahan-bahan
lain seperti protein, lemak, dan karbohidrat. Isolasi DNA memiliki
beberapa prinsip utama yakni ada 3 prinsip, pertama yaitu
penghancuran atau disebut lisis, yang kedua yaitu ektraksi atau
pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, dan
yang terakhir yaitu pemurnian DNA. dengan diketahui bahwa prinsip
isolasi ada tiga maka sangat perlu untuk kita mengetahui bagaimana
proses isolasi DNA dilakukan. Oleh karena itu, sangat perlu untuk
kita melakukan praktikum isolasi DNA ini, Sehingga mahasiswa
nantinya dapat menerapkan proses isolasi DNA tersebut.
1.2 Tujuan
Adapun tujuan dilakukannya Praktikum kultur jaringan yaitu:
a. Agar praktikan dapat mengetahui pengertian DNA.
b. Agar praktikan dapat mengetahui pengertian isolasi DNA.
c. Agar praktikan dapat mengetahui jenis-jenis metode isolasi
DNA
1.3 Manfaat
Adapun manfaat yang didapatkan dalam praktikum kali ini yaitu
sebagai berikut :
a. Praktikan dapat menerapkan isolasi DNA.
b. Praktikan dapat mengetahui tahapan-tahapan proses isolasi
DNA.
 2

2. TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Pengertian DNA
Asam Deoksiribonuklet atau lebih dikenal dengan DNA yaitu
merupakan suatu materi genetik. Menurut Martin (2005) DNA
(deoxyribonukleic acid) merupakan materi genetik yang memiliki
bahan baku gen dan strukturnya merupakan kunci dari cara kerja
kode genetik. DNA sangat berperan penting dalam proses kode
genetik, karena bahan utama dalam proses kode genetik yaitu DNA.
Menurut Oman (2013) DNA merupakan materi genetik yang
akan direkam (ditranskripsi) membentuk RNA dan menjalani
translasi sehingga terbentuk protein. Dalam proses sintesis protein,
bahan utama nya yaitu DNA, DNA pertama-tama akan ditranskripsi
lalu ditranslasi yang nantinya akan mengalami proses sintesis protein
yang akan membentuk protein.
Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan polimer asam nukleat
yang tersusun secara sistematis dan merupakan senyawa pembawa
informasi genetik yang diturunkan kepada turunannya. Informasi
genetik tersebut disusun dalam bentuk kodon yang berupa tiga
pasang basa nukleotida. Jadi, DNA itu merupakan materi genetik
yang berfungsi sebagai pembawa informasi genetic yang dapat
menjadi pembawa sifat bagi keturunannya (Rondo, 2017).
2.2 Pengertian Isolasi DNA
Isolasi DNA adalah suatu teknik memisahkan DNA dari
komponen-komponen sel lainnya (Siti, 2009). Tujuan utama proses
isolasi DNA yaitu untuk memisahkan DNA dengan bahan-bahan lain
seperti protein, lemak, dan karbohidrat. Isolasi DNA dapat berperan
dalam membuat tanaman transgenik, DNA rekombinan, kloning
DNA, proyek genom manusia, deteksi penyakit keturunan, pemetaan
sidik jari forensik, penentuan jenis kelamin dan lain-lain.
Untuk memperoleh kualitas DNA yang baik, maka proses isolasi
DNA harus dilakukan secara sesuai dan tidak melakukan terjadi
kesalahan. Menurut Dewi (2015) menyatakan bahwa Prinsip dasar
isolasi DNA adalah serangkaian proses untuk memisahkan DNA dari
komponen-komponen lainnya yang harus dilakukan dengan baik
dan bebas dari kontaminasi sehingga diperoleh DNA hasil isolasi
dengan kualitas yang baik.
 3

2.3 Jenis-jenis Metode Isolasi DNA

Isolasi dapat dilakukan dengan beberapa metode, metode yang
sering digunakan menurut BBPPMBTPH (2017), menyatakan
bahwa metode yang sering digunakan ada lima metode yaitu pertama
metode isolasi DNA menggunakan CTAB, kedua metode isolasi
DNA menggunakan SDS, ketiga metode isolasi cepat DNA
menggunakan SDS, keempat metode isolasi cepat dengan SDS dan
pemanasan, dan yang kelima dengan metode isolasi cepat DNA
menggunakan Isolation Kit.
Menurut Yuniar (2016) isolasi DNA memiliki beberapa metode
yaitu:
1. Metode PCR (Polymerase Chain Reaction)
Metode PCR Merupakan metode isolasi DNA yang
menggunakan teknik perbanyakan (amplifikasi) potongan DNA
secara in vitro pada daerah spesifik yang dibatasi oleh dua buah
primer oligonukleotida. Proses tersebut mirip dengan proses replikasi
DNA secara in vitro yang bersifat semi konservatif.
2. Teknik Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)
Metode isolasi DNA yang menggunakan Teknik pengujian
polimorfisme DNA berdasarkan pada amplifikasi dari segmen-
segmen DNA acak yang menggunakan primer tunggal yang sekuen
nukleotidanya ditentukan secara acak. PCR dilakukan pada suhu
anealing yang rendah yang memungkinkan primer menempel pada
beberapa lokus pada DNA.
3. Metode CTAB
Metode isolasi DNA dengan CTAB dapat Menghasilkan pita
DNA yang berukuran tebal dan dapat memisahkan DNA dari
polisakarida karena adanya perbedaan karakteristik kelarutan
(differensial of solubility).
4. Metode Phenol : Chloroform
Menggunakan senyawa Phenol-choloroform-isoamyl alcohol,
Metode standard untuk ekstraksi DNA.
 4

3. METODOLOGI
3.1 Alat dan Bahan
a. Alat dan Fungsinya
No Alat Fungsi
1. Gunting Untuk memotong daun muda,
Untuk Menghomogenkan larutan dengan
2. Stirer
magnet,
Alat perantara untuk mengambil larutan
3. Mikro pipet
yang ada di tube,
Untuk menggumpalkan larutan yang ada di
4. Lemari Es
dalam tube,
Untuk mengetahui ukuran dan bentuk
Mesin
5. suatu partikel baik DNA, RNA dan
Elektroforesis
protein,
Untuk menimbang daun yang akan
6. Timbangan
digunakan
7. Autoclave Untuk Menghomogenkan larutan
Untuk Memisahkan berdasarkan berat
8. Sentrifuge
partikelnya
9. Mortal, Pistil Untuk menghaluskan daun
11. Beaker glass Untuk mencampur bahan
Untuk meletakkan bahan yang sudah di
12. Tube
haluskan dan untuk mereaksikan bahan.
Untuk mengaduk dan mengambil bahan
13. Spatula
praktikum
14. Erlenmeyer Untuk titrasi larutan
Sebagai alat untuk memanaskan dan untuk
15. Microwave
menghomogenkan larutan
16. Mesin PCR Sebagai mesin pencetak,
Untuk mensterilkan dan memanaskan
17. Oven
larutan.
 5

b. Bahan dan Fungsinya

No Bahan Fungsi
Daun Sirsak,
1. mangga, Sebagai yang akan diamati
pisang
2. agarose
3. NaCl
4. nitrogen cair untuk merusak dinding sel
mencegah terjadinya browning dan
5. PVP
kontaminasi fenol
menghilangkan etanol dan flafanoid
6. CHISAM (Chloroform 96 ml dan isoamil alkohol 4
ml).
mencegah terjadinya browning dan
7. ethanol
kontaminasi polisakarida
3.2 Langkah Kerja
Siapkan alat dan bahan

Campur buffer ektraksi dengan dengan karbon (0.5% w/v) dan

mercaptoethanol 4 μL (Kocok sebelum digunakan)

Masukkan 1 mL ke dalam tube ukuran 1.5 mL dan tutup kembali

tube (jangan lupa label di tube)

Tube berisi buffer ekstraksi*

Segera vortex sampai rata

Inkubasi dalam oven pada suhu 65 oC selama 30’

(bolak-balik tube setiap 15’)

Keluarkan tube dari oven dan dinginkan sebentar

Setelah dingin, sentrifuge dengan kecepatan 10000 rpm

selama 10'

Ambil supernatant dan pindahkan ke tube baru

(gunakan tube 2 ml atau 1,5 ml)
 6

Tambahkan 500 μl chisam pada supernatant, vortex

Sentrifuge pada kecepatan 10000 rpm selama 10’

Pindahkan supernatant ke tube 1,5 ml, tambahkan chisam 500 μl,

vortex

Sentrifuge pada kecepatan 10000 rpm selama 10’

Pindahkan supernatant ke tube baru (1,5 ml) dan tambahkan 300 μl

isopropanol dingin secara perlahan

Bolak-balik tube secara perlahan (jangan sampai terguncang keras)

dan inkubasi dalam frezer selama 30’

Keluarkan tube dan biarkan hingga tidak terlalu dingin,

Sentrifuse pada kecepatan 8000 rpm selama 10’

Buang supernatant dan tambahkan buffer pencuci 500 μl pada pellet

dalam tube, vortex

Sentrifuse pada kecepatan 9000 rpm selama 10’

Buang supernatant dan kering anginkan pellet selama ± 20’

Tambahkan buffer TE sebanyak 50-100 μl dan larutkan pellet DNA

dengan cara mengetuk-ketuk tube secara perlahan

Tambahkan 1 μl RNAse, inkubasi dalam oven suhu 37 oC selama 30’

Isolat DNA

Simpan Dalam Freezer

 7

4. PEMBAHASAN
4.1 Hasil
Tanaman Dokumentasi Keterangan

Hasil isolasi DNA

Daun Sirsak
tidak terlihat

Hasil isolasi DNA

Daun Mangga
tidak terlihat

Hasil isolasi DNA

Daun Pisang
tidak terlihat

4.2 Pembahasan
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan, telah didapatkan
hasil yaitu isolasi DNA pada daun sirsak, mangga, maupun pisang
DNA nya tidak terlihat. Karena, pada hasil akhir yang ada di tube
tidak terlihat adanya gumpalan-gumpalan putih. Hal tersebut dapat
diakibatkan oleh beberapa faktor seperti proses inkubasi suhu oven
yang terlalu tinggi, penggunaan sampel daun yang terlalu muda
/terlalu tua. Oleh karena faktor tersebut, maka isolasi DNA gagal /
tidak terlihat.
4.3 Studi Literatur Tentang Hasil Isolasi DNA
Berdasarkan pembahasan diatas, Isolasi DNA tidak terlihat
tersebut dapat diakibatkan oleh penggunaan daun tanaman yang
terlalu tua atau terlalu muda. Menurut Onny (2015) isolasi DNA
yang tidak menghasilkan benang-benang putih dapat diakibatkan
oleh penggunaan sampel daun tanaman yang tidak sesuai, karena,
 8

pada daun tanaman yang masih muda DNAnya hanya sedikit

sedangkan pada daun yang terlalu tua DNA nya sudah rusak.
Kegagalan isolasi DNA juga diakibatkan oleh penggunaan suhu
yang tidak sesuai. Menurut Syafrudin (2011) menyatakan bahwa
kegagalan proses isolasi DNA dapat diakibatkan oleh proses
denaturasi yang tidak sempurna. Suhu yang diprogramkan biasanya
95ºC selama 30 detik atau 97ºC selama 15 detik. DNA yang
mengandung G+C tinggi, suhu perlu dinaikkan atau waktu
denaturasi diperpanjang tetapi tidak terlalu lama dan suhunya tidak
terlalu tinggi karena akan merusak enzim Taq D-pol yang umumnya
mempunyai waktu paruh 40 menit pada 95ºC.
 9

5. PENUTUP
5.1 Kesimpulan
Berdasarkan hasil praktikum isolasi DNA yang telah
dilakukan. Maka, telah didapatkan hasil kesimpulan yaitu
apabila akan melakukan isolasi DNA, proses yang dilakukan
harus dilakukan secara benar dan cepat dengan
mempertimbangkan penggunaan suhu yang sesuai penggunaan
sampel yang sesuai. Sehingga, jika itu semua telah diakukan
maka hasil akhir yang didapatkan yaitu DNA dapat terlihat.
Sedangkan, jika saat melakukan isolasi DNA tidak
mempertimbangkan suhu, sampel yang sesuai maka hasil akhir
isolasi DNA tidak dapat terlihat/gagal.
5.2 Saran
Proses praktikum isolasi DNA harus terus ditingkatkan dan
dilakukan secara benar, sehingga hasil akhir yang didapatkan
akan sesuai dengan yang diinginkan oleh asisten dan praktikan.
 10

DAFTAR PUSTAKA
Balai Besar Pengembangan Pengujian Mutu Benih Tanaman Pangan
dan Hortikultura. 2017. Perbandingan Beberapa Metode
Isolasi DNA untuk Penentuan Kualitas Larutan DNA
Tanaman Singkong. [online] diakses tanggal 29 oktober
2019. http://bbppmbtph.tanamanpangan.pertanian.go.id
Dewi, etc all. 2015. Perbandingan Kualitas DNA Dengan
Menggunakan Metode Boom Original dan Boom
Modifikasi Pada Isolat Mycobacterium tuberculosis. Jurnal
Kimia Vol. 9, No. 1 (41-46)
Martin, B. 2005. Genetika. Penerbit Erlangg : Jakarta
Oman, K. 2013. Biologi. Penerbit Grafindo media pratama :
bandung, jawa barat .
Onny, N. 2015. Ekstraksi Asam Deoksiribinukleat (DNA) Dari
Sampel Jaringan Otot. Oseana, Volume XL, Nomor 2, (1-9)
Rondo, etc all. 2017. Identifikasi erubahan Struktur DNA terhadap
Pembentukan Sel Kanker Menggunakan Dekomposisi
GRAF. Jurnal Ilmiah Sains Vol. 17, No. 2.
Siti, Maryam. 2009. Ekstrak Enzim Bromelin Daei Buah Nanas
(Ananas sativus Schult.) dan Pemanfaatan Pada Isolasi
DNA. Skripsi. Jurusan Biologi. FMIPA. Universitas Negeri
Semarang
Syafrudin, et all. 2011. Efektifitas dan Efisiensi Teknik Isolasi dan
Purifikasi DNA pada Jambu Mete. Jurnal Buletin RISTRI
Vol 2 (2)
Yuniar. 2016. Perbandingan Beberapa Metode Isolasi DNA untuk
Deteksi Dini Koi Herfes Virus. Jurnal Perikanan Vol 2, No.
1 (14-26).