PENDAHULUAN
1.1.Latar Belakang
Protein merupakan bahan yang sangat penting bagi struktur dan fungsi sel-sel
makhluk hidup. Contohnya, protein struktural digunakan sebagai penyusun membran
sel, sedangkan protein fungsional digunakan sebagai biokatalisator untuk berbagai
proses sintesis dari sel. Protein tersusun atas satu atau lebih rantai polinukleotida.
Polinukleotida tersusun atas beberapa peptide. Adapun peptida tersusun atas banyak
asam amino.
1.2.Rumusan Masalah
1.3Tujuan
1
BAB II
PEMBAHASAN
2.1. Ribosom
2.1.1.Pengertian Ribosom
Ribosom merupakan kompleks yang terbuat dari RNA ribosom dan protein,
dan merupakan komponen selular yang melaksanakan sintesis protein. Sel yang
memiliki laju sintesisi protein yang tinggi memiliki ribosom dalam jumlah yang
sangat banyak.
2.1.2.Struktur Ribosom
2
Ribosom tersusun atas dua subunit, yaitu subunit besar dan subunit kecil.
Subunit ribosom terbuat dari protein dan molekul RNA ribosom (rRNA). Gen RNA
ribosom pada DNA kromosom di transkripsi dan RNA diproses serta dirakit dengan
protein-protein yang diimpor dari sitoplasma. Subunit yang dihasilkan kemusian di
ekspor melalui pori-pori nucleus ke sitoplasma. Sub unit besar dan kecil hanya
bergabung membentuk ribosom fungsional hanya ketika melekat ke molekul mRNA.
Ribosom terdiri dari molekul-molekul rRNA dan proten yang sangat penting
dalam proses sintesi protein. Ribosom memfasilitasi perpasangan spesifik anticodon
tRNAdengan kodon mRNA selama sintesis protein. Reaksi sintesis protein
memerlukan pemanduan yang rumit. Misalnya, untuk meyakinkan kodon yang
terdapat di mRNA dapat berpasangan dengan antikodon yang ada pada tRNA.
Sehingga penerjemahan tidak melesat. Kejadian itu dan kegiatan-kegiatan lainnya
dalam sintesis protein ini dikatalisiskan oleh ribosom.
Ribosom prokariotik maupun ekariotik memiliki peranan dan pola yang mirip
satu sama lain. Masing-masing terdiri dari subunit besar dan sub unit kecil. Dalam
proses sintesis protein, subunit kecil mengikat mRNA dan tRNA, sedangkan subunit
besar berperan dalam proses pembentukan ikatan polipeptida.
3
2.2.Sintesis Protein
Seperti mRNA dan tipe-tipe RNA sel lain, molekul RNA transfer
ditranskripsikan dari cetakan DNA. Dalam sel eukariot, tRNA seperti mRNA, dibuat
di dalam nucleus dan harus berpindah dari nucleus ke sitoplasma, tempat translasi
terjadi. Pada sel bakteri maupun eukariota, setiap molekul tRNA digunakan berulang-
ulang, mengambil asam amino yang sesuai dengannya di dalam sitosol, meletakkan
muatan ini pada rantai polipeptida di ribosom dan kemudian meninggalkan ribosom,
siap untuk mengambil asam amino lagi.
Satu molekul tRNA terdiri dari seutas RNA tunggal yang panjangnya hanya
sekitar 80 nukleotida. Karena keberadaan rentangan basa komplementer yang dapat
saling berikatan hydrogen, untaian tunggal ini dapat menggulung dan membentuk
molekul berstruktur 3 dimensi.
Translasi yang akurat dari pesan genetic membutuhkan dua proses yang
melibatkan pengenalan molekuler. Pertama, tRNA yang berikatan dengan kodon
mRNA memspesifikasi asam amino tertentu yang harus di angkut oleh asam amino
itu dan bukan yang lain, ke ribosom. Perpasangan yang benar atara tRNA dan asam
amino dilakukan oleh suatu family dari enzim-enzim yang terkait yang disebut
4
aminoasil-tRNA. Situs aktif setiap tipe aminoasil-tRNA sintetase hanya cocok
dengan kombinasi spesifik asam amino dan tRNA. Ada 20 sintetase yang berbeda,
satu untuk setiap asam amino. Masing-masing sintetase mampu mengikat semua
tRNA berbeda yang mengkodekan asam amino tersebut. Sintetase itu mengkatalis
pelekatan kovalen asam amino ke tRNAnya dalam proses yang ditenagai oleh
hidrolisis ATP. Aminoasil tRNA yang dihasilkan disebut juga tRNA bermuatan
dilepaskan dari enzim dan kemudian tersedia untuk mengantarkan asam aminonya ke
rantai polipeptida yang sedang tumbuh di ribosom.
Gen menyediakan instruksi untuk membuat protein spesifik. Akan tetapi, gen
tidak membangun protein secara langsung. DNA menjadikan RNA sebagai jembatan
penghubungnya dengan sintesis protein. Sintesis protein tidak lain merupakan proses
penerjemah kodon-kodon pada mRNA menjadi polipeptida.
Bahan baku sintesis polipeptida atau protein adalah asam amino. Ada 20
hingga 21 asam amino penting yang dapat dirangkai membentuk polipeptida. Asam-
asam amino itu dapat disusun menjadi juataan macam kemungkinan polipeptida
dengan berbagai macam urutan asam amino. Jadi, macam molekul polipeptida
tergantung pada asam amino penyusunnya dan panjang pendeknya rantai polipeptida..
Proses merangkai asam amino menjadi polipeptida dilakukan di dalam ribosom,
dengan bantuan enzim tertentu. Sintesis polipeptida terdiri dari proses transkripsi dan
translasi.
Transkripsi adalah sintesis RNA di bawah arahan DNA. Kedua asam nukleat
menggunakan basa yang sama dan informasi hanya di transkripsi, atau di salin dari
satu molekul menjadi molekul lain. Selain menjadi cetakan untuk sintesis untai
komplementer baru saat replikasi DNA, untai DNA juga bisa berperan untuk merakit
sekuens nukleotida RNA komplementer. Untuk gen pengode protein, molekul RNA
yang di hasilkan merupakan traskrip akurat dan instruksipembangun protein yang di
kandung oleh gen. molekul RNA transkrip bisa di sebut RNA duta (RNAd) atau RNA
5
messenger (mRNA) karena mengandung pesan genetic dari DNA ke mekanisme
penyintesis protein sel. Proses transkripsi berlangsung melalui tiga tahap yaitu inisiasi
(permulaan), elongasi (pemanjangan) dan terminasi (penghentian).
1. Inisiasi (Permulaan)
2. Elongasi
6
secara bersamaan oleh beberapa molekul RNA polymerase yang saling
mengikuti bagaikan convoy truk. RNA yang sedang tumbuh terlepas dari
setiap polymerase, dengan panjang setiap untai baru mencerminkan seberapa
jauh enzim telah bergerak pada cetakan titik mulai. Pengelompokan banyak
molekul polymerase yang mentranskripsi suatu gen secara bersamaan akan
meningkatkan jumlah mRNA yang di transkripsi dari gen tersebut, yang
membantu sel membuat protein yang dikodekan dalam jumlah besar.
3. Terminasi
7
Gambar di atas menujukan proses transkripsi secara singkat
8
Translasi adalah sintesis polipeptida, yang terjadi di bawah arahan mRNA.
Selama tahap ini terjadi perubahan bahasa. Sel harus menerjamahkan alias
mentranslasikan sekuens basa molekul mRNA menjadi sekuens asam amino
polipeptida. Tempat translasi adalah ribosom. Dalam proses translasi sel
menerjemahkan pesan genetic dan membangun polipeptida sesuai proses tersebut.
Proses itu merupakan serangkaian kodon disepanjang molekul mRNA dan sang
penerjemah disebut RNA transfer (tRNA). Fungsi tRNA adalah mentransfer asam
amino dari kumpulan asam amino di sitoplasma ke ribosom. Kita dapat membagi
translasi menjadi 3 tahap (analog dengan transkripsi) yaitu permulaan, pemanjangan
dan penghentian. Ketiga tahap tersebut membutuhkan faktor-faktor protein yang
membantu proses translasi. Energy juga di butuhkan untuk aspek tertentu dari
permulaan dan pemanjangnrantai. Energy tersebut disediakan oleh hidrolisis GTP
(Guanin trifosfat).
1. Permulaan
9
2. Pemanjangan
3. Penghentian
10
Gambar di atas menujukan proses translasi secara singkat
2.2.3.Pemrakarsaan
11
Awal dari proses pemrakarsaan adalah menempelnya ribosom subunit kecil ke
molekul mRNA, perlu di ingat bahwa ribosom apabila tidak terlibat dalam proses
sintesis protein, di dalam sitosol akan selalu sersebar menjadi subunit besar dan
subunit kecil. Menempelnya ribosom subunit kecil pada mRNA tidak pada
sembarang tempat, melainkan pada tempat khusus sebelum kodon pemrakarsaan dari
gen yang di salin. Tempat khsus ini disebut tempat pengikat ribosom yang pada E.coli
mempunyai urutan 5’-AGGAGGU-3’, dan disebut urutan Shine-Dalgarno. mRNA sel
eukariota tidak mempunyai tempat pengikatan ribosom yang setara dengan urutan
Shine-Dalgarno, sebagai gantinya mereka memiliki struktur tudung. Struktur inilah
yang dikenal oleh ribosom subunit kecil sebagai tempat pengikatanya. Setelah terikat
pada tempatnya, ribosom bergeser kea rah 3’ sampai bertemu dengan kodon start
(AUG). kodon inilah yang menjadi kodon pemrakarsaan pada proses penerjemahan.
12
subtitusi gugus formil. Subtitusi ini merintangi gugus amino sedemikian, sehingga
tidak dapat membentuk ikatan peptide. Oleh karena itu, polymerase dapat berlngsung
hanya kea rah karboksil. Struktur yang terbentuk, yang mencakup mRNA, ribosom
subunit kecil dan tRNAfmet disebut kompleks pemrakarsaan. Selain kompleks
pemrakarsaan, masih terdapat beberapa macam protein sitosol yang terlibat dalam
proses penerjemahan ini. Protein-protein berupa enzim dan faktor perakarsaan (IF).
Pada E.coli terdapat beberapa IF yaitu IF1, IF1, IF3. IF1 dan IF3 bertanggung jawab
untuk penyepaian ribosom menjadi subunit besar dan kecil. Selai itu IF3 juga terlibat
pada pengenalan tempat pengikat ribosom.IF2 berperan pada penempelan tRNA
pemrakarsaan dan juga membantu terikatnya molekul GTP (Guanin trifosfat) ke
kompleks pemrakarsaan. Molekul GTP ini memberi tenaga untuk penerjemahan
langkah berikutnya.
Setelah kedua buah tempat di ribosom terisi oleh tRNA yang bermuatan asam
amino, dan kedua asam amino ini berada sangat berdekatan, terjadilah ikatan peptide
antara gugus karboksil dari fmet dengan gugus amin dari asam amino yang kedua.
Reaksi ini menggunakan katalisator enzim peptidil, yang kemungkinan merupakan
13
kombinasi beberapa protein ribosom. Tranferase peptidil bekerja sama dengan enzim
deasilase-tRNA, yang memutuskan ikatan tRNA dengan fmet. Hasil dari keseluruhan
proses ini adalah dipeptide yang terikat pada tRNA yang berada di tempat A. langkah
berikutnya, ribosom bergeser di sepanjang mRNA, sehingga asam-asam aminotRNA
berada di tempat P, sedangkan tRNAfmet sudah tidak bermuatan keluar dari tempat P
dan tempat A menjadi kosong lagi. tRNA yang bermuatan asam amino ketiga
sekarang masuk ketempat A dan terulanglah semua kegiatan yang terjadi sebelumnya.
Setiap daur pemanjangan, memerlukan hidrolisis sebuah molekul GTP membentuk
GDP (Guanin-difosfat) dan Pi yang diatur oleh faktor pemanjang ke 3 yaitu EF-G.
2.2.5.Penghentian
BAB III
PENUTUP
14
3.1.Kesimpulan
1. Ribosom merupakan kompleks yang terbuat dari RNA ribosom dan protein,
dan merupakan komponen selular yang melaksanakan sintesis protein
2. Ribosom tersusun atas dua subunit, yaitu subunit besar dan subunit kecil.
Subunit ribosom terbuat dari protein dan molekul RNA ribosom (rRNA).
3. Peran ribosom dalam sintesis protein :
- Ribosom memfasilitasi perpasangan spesifik anticodon tRNAdengan
kodon mRNA selama sintesis protein.
- Memandu Reaksi sintesis protein
- Sebagai katalis reaksi dalam sintesis protein
- Mengikat mRNA dan tRNA
- Membentuk ikatan polipeptida.
- Ribosom mencegah terjadinya pembentukan sel yang mengalami
perubahan struktur inti di dalamnya atau mencegah kesalahan jumlah
kromatid agar sel membawa sifat sama dengan sel indukan sehingga
semakin berkembang dengan baik.
4. Peran tRNA dalam sintesis Protein yaitu menerjemahkan kodon mRNA dan
bekerja secara spesifik untuk mengantarkan asam aminonya ke rantai
polipeptida yang sedang tumbuh di ribosom.
5. Mekanisme Pembentukan Protein ada dua yaitu Transkripsi (terjadi di
Nukleus) dan Translasi (Terjadi di Sitoplasma)
6. Awal dari proses pemrakarsaan adalah menempelnya ribosom subunit kecil ke
molekul mRNA
7. Pemanjangan rantai polipeptida terjadi ketika ribosom bergeser di sepanjang
mRNA, sehingga asam-asam amino tRNA berada di tempat P, sedangkan
tRNAfmet sudah tidak bermuatan keluar dari tempat P dan tempat A menjadi
kosong lagi dan terulang kembali semua kegiatan yang terjadi sebelumnya.
8. Penerjemahan akan berhenti apabila kodon penghenti (UAA, UAG, atau
UGA) masuk ketempat A.
15