Diketahui bahwa, dengan ketiadaan RNA 18s, maka sub unit besar tidak dapat berasosiasi pada
sub unit kecil. Sedangkan RNA 28s memungkinkan asosiasi tersebut. RNA SS melekat pada
sequence asam nukleat ini yaitu tRNA. Bilamana terbaca maka tRNA melekat pada site yang
merupakan bagian RNA 285. Perpindahan dari tRNA yang melekat pada molekul mRNA
menyebabkan pergerakan translasi mRNA masing-masing.
Protein ribosomal
Sub unit kecil berada pada permukaan ribosom, mengelilingi rRNA. Protein memainkan peranan
sebagai reseptor pada faktor pemanjangan sedangkan yang lainnya mengontrol transduksi.
Sub unit besar: 33 protein dikenal sebagai Li sampai L33. Terlibat dalam: Translokasi oleh
adanya GTP (melekat pada ribosam) yang memberikan energi untuk memindahkan inRNA dan
pembebasan tRNA asetil. Fiksasi (protein L7 dan L1z) dari suatu faktor pemanjangan (EF-6). Dalam
pembentukan suatu ikatan peptida antar rantai peptida yang telah dibentuk dan suatu asetil-NH2 baru.
Dalam konstruksi suatu alur longitudinal, menempatkan rantai protein dengan pembentukan dan
melindunginya meiawan enzim proteolitik. Alur ini memiliki panjang sesuai dengan rantai polipeptida
35 asetil-NH2.
Sintesis Protein
Sintesis protein melibatkan DNA sebagai pembuat rantai polipeptida. Meskipun begitu, DNA tidak
dapat secara langsung menyusun rantai polipeptida karena harus melalui RNA. DNA merupakan
bahan informasi genetik yang dapat diwariskan dari generasi ke generasi. Informasi yang dikode di
dalam gen diterjemahkan menjadi urutan asam amino selama sintesis protein. Informasi ditransfer
secara akurat dari DNA melalui RNA untuk menghasilkan polipeptida dari urutan asam amino yang
spesifik.
Suatu konsep dasar hereditas yang mampu menentukan ciri spesifik suatu jenis makhluk
menunjukkan adanya aliran informasi bahan genetik dari DNA ke asam amino (protein). Konsep
tersebut dikenal dengan dogma genetik. Tahap pertama dogma genetik dikenal sebagai proses
transkripsi DNA menjadi mRNA. Tahap kedua dogma genetik adalah proses translasi atau
penerjemahan kode genetik pada RNAd menjadi urutan asam amino.
Mekanisme Sintesis Protein
Sintesis protein memerlukan tiga tahap reaksi yaitu inisiasi, elongasi (perpanjangan) dan
terminasi. Reaksi inisiasi menghasilkan pengikatan tRNA inisiasi ke situs inisiasi pada mRNA. tRNA
inisiasi itu mengisi situs peptidil pada ribosom. Elongasi dimulai dengan pengikatan suatu aminoasiltRNA pada situs aminoasil, yaitu suatu tempat pengikatan khusus tRNA pada ribosom. Terminasi
terjadi bila sinyal untuk berhenti yang terdapat pada mRNA dibaca oleh faktor pembebas protein yang
akan mengakibatkan pembebasan rantai polipeptida yang sudah selesai dari ribosom. Sebetulnya
ribosom adalah suatu enzim yang mengkatalisis pembentukan ikatan-ikatan peptida yang diatur oleh
mRNA.
Sintesis protein terdiri atas dua tahap yaitu transkipsi dan translasi, yang diawali dengan replikasi
DNA. DNA sebagai media untuk proses transkipsi suatu gen berada di kromosom dan terikat oleh
protein histon. Saat menjelang proses transkipsi berjalan, biasanya didahului oleh sinyal dari luar akan
kebutuhan suatu protein atau molekul lain yang dibutuhkan untuk proses pertumbuhan,
perkembangan, metabolisme, dan fungsi lain di tingkat seluler maupun jaringan. Sedangkan RNA
diperlukan dalam sintesis protein sebagai pengantar informasi genetik yang dibawa oleh gen ke
tempat sintesis protein dalam sitoplasma.
atau sense. Adapun pita yang tidak ditranskripsi disebut pita tak bermakna atau antisense. Enzim
RNA polimerase mulai menyintesis RNA dari titik awal pita.
Pada tahap elongasi, Enzim RNA polimerase akan terus membentuk mRNA hingga terbentuk pita
mRNA. Pita mRNA ini akan terus memanjang.
Pada tahap terminasi, enzim RNA polimerase sampai pada tempat pemberhentian (terminal site)
DNA, transkripsi akan terhenti. Setelah itu, mRNA dibebaskan dan RNA polimerase terlepas dari
DNA. DNA akan kembali seperti bentuknya semula. Hasil dari transkripsi, yakni mRNA selanjutnya
akan keluar dari inti sel melalui membran inti menuju sitoplasma.
Pengikatan aminoasil
Translasi berlangsung dalam tiga tahapan: pengawalan, pemanjangan, dan pengakhiran. Namun
sebelum tahap pengawalan, diperlukan persiapan energetik, oleh karena pembentukan ikatan peptida
antara gugus amino dari suatu asam amino dengan gugus karboksil dari asam amino lain terhalangi
oleh rintangan termodinamika. Rintangan energetik ini harus dipecahkan dengan cara mengatifkan
gugus karboksil dari asam amino prekursor. Dalam proses ini, gugus karboksil asam amino dipautkan
ke gugus 3'- atau 2'-hidroksil dari unit ribosa yang berada di ujung 3' tRNA. Senyawa antara
teraktivasi ini disebut aminoasil-tRNA.
Selain alasan rintangan energi, pembentukan aminoasil-tRNA diperlukan karena asam amino itu
sendiri tidak dapat mengenal kodon dalam mRNA. tRNA kemudian menjadi molekul adaptor. Aktivasi
asam amino dan pengikatan ke tRNA dipercepat oleh aminoasil-tRNA sintetase, atau disebut juga
enzim pengaktif. Paling tidak terdapat satu enzim pengatif tertentu untuk setiap asam amino. Mereka
berbeda dalam hal ukuran dan struktur subunit.
Langkah pertama reaksi pengatifan adalah pembentukan aminoasil-adenilat dari asam amino dan
ATP. Hasil dari reaksi ini adalah terikatnya gugus karboksil asam amino dengan gugus fosfat AMP,
sehingga dikenal juga dengan nama aminoasil-AMP. Langkah selanjutnya adalah pemindahan gugus
aminoasil dari aminoasil-AMP ke suatu molekul tRNA membentuk aminoasil-tRNA, suatu senyawa
antara teraktivasi dalam biosintesis protein. Terkadang asam amino yang terikat pada tRNA berada
pada ujung 2', terkadang pada ujung 3' gula ribosa tRNA tetapi asam amino teraktivasi dapat
berpindah dengan cepat diantara kedua posisi ini.
Pembentukan aminoasil tRNA mengkonsumsi energi yang disediakan oleh pemutusan dua ikatan
fosfat berenergi tinggi dari molekul tunggal ATP ke AMP ditambah 2 Pi. Yang satu dikonsumsi dalam
pembentukan ikatan ester aminoasil-tRNA, yang lain dipakai untuk menyetir reaksi selanjutnya.
Energisasi aminoasil-tRNA melalui hidrolisis pirofosfat membuat reaksinya bersifat tidak dapat balik
(Irreversible).
Pada proses elongasi terdapat aminoacyl-tRNA yang merupakan jenis tRNA yang terikat pada
suatu asam amino. Aminoacyl-tRNA bersamaan dengan elongation faktor mengantar asam amino
yang hendak disusun menjadi polypeptide menuju ke ribosome. Aminoacyl-tRNA terbentuk dari
esterifikasi asam amino tertentu yang spesifik dan kemudian akan berikatan dengan tRNA dengan
bantuan enzim Aminoacyl-tRNA synthetase.
Aminoacyl-tRNA terbentuk melalui dua tahap. Tahap pertama ialah adenylation asam amino,
yang membentuk aminoacyl-AMP:
amino acid + ATP aminoacyl-AMP + PPi
Tahap Kedua, residu asam amino ditransfer ke tRNA:
1. Inisiasi
Tahap inisiasi terjadi karena adanya tiga komponen yaitu mRNA, sebuah tRNA yang memuat
asam amino pertama dari polipeptida, dan dua sub unit ribosom. mRNA yang keluar dari nukleus
menuju sitoplasma didatangi oleh ribosom, kemudian mRNA masuk ke dalam celah ribosom. Ketika
mRNA masuk ke ribosom, ribosom membaca kodon yang masuk. Pembacaan dilakukan untuk
setiap 3 urutan basa hingga selesai seluruhnya. Sebagai catatan ribosom yang datang untuk mebaca
kodon biasanya tidak hanya satu, melainkan beberapa ribosom yang dikenal sebagai polisom
membentuk rangkaian mirip tusuk satu, di mana tusuknya adalah mRNA dan daging adalah
ribosomnya.
Dengan demikian, proses pembacaan kodon dapat berlangsung secara berurutan. Ketika kodon I
terbaca ribosom (misal kodonnya AUG), tRNA yang membawa antikodon UAC dan asam amino
metionin datang. tRNA masuk ke celah ribosom. Ribosom di sini berfungsi untuk memudahkan
perlekatan yang spesifik antara antikodon tRNA dengan kodon mRNA selama sintesis protein. Sub
unit ribosom dibangun oleh protein-protein dan molekul-molekul RNA ribosomal.
2. Elongasi
Pada tahap elongasi dari translasi, asam amino-asam amino ditambahkan satu per satu pada
asam amino pertama (metionin). Ribosom terus bergeser agar mRNA lebih masuk, guna membaca
kodon II. Misalnya kodon II UCA, yang segera diterjemahkan oleh tRNA berarti kodon AGU sambil
membawa asam amino serine. Di dalam ribosom, metionin yang pertama kali masuk dirangkaikan
dengan serine membentuk dipeptida.
Ribosom terus bergeser, membaca kodon III. Misalkan kodon III GAG, segera diterjemahkan oleh
antikodon CUC sambil membawa asam amino glisin. tRNA tersebut masuk ke ribosom. Asam amino
glisin dirangkaikan dengan dipeptida yang telah terbentuk sehingga membentuk tripeptida. Demikian
seterusnya proses pembacaan kode genetika itu berlangsung di dalam ribobom, yang diterjemahkan
ke dalam bentuk asam amino guna dirangkai menjadi polipeptida.
Kodon mRNA pada ribosom membentuk ikatan hidrogen dengan antikodon molekul tRNA yang
baru masuk yang membawa asam amino yang tepat. Molekul mRNA yang telah melepaskan asam
amino akan kembali ke sitoplasma untuk mengulangi kembali pengangkutan asam amino. Molekul
rRNA dari sub unit ribosom besar berfungsi sebagai enzim, yaitu mengkatalisis pembentukan ikatan
peptida yang menggabungkan polipeptida yang memanjang ke asam amino yang baru tiba.
Tahap pemanjangan sintesis protein dimulai dengan masuknya suatu aminoasil tRNA ke dalam
lokasi A ribosom. Jenis aminoasil-tRNA yang masuk bergantung kepada kodon di mRNA yang
berposisi di lokasi A. Aminoasil-tRNA yang komplementer dikirim ke lokasi A oleh protein-protein yang
disebut faktor-faktor pemanjangan (elongation factors), atau EF-Tu. EF-Tu, seperti juga IF2,
mengandung nukleotida guanil terikat dan suatu siklis antara bentuk-bentuk GTP dan GDP. Setelah
EF-Tu menempatkan aminoasil-tRNA di lokasi A, GTP dihidrolisis. Bentuk GDP EF-TU lalu
melepaskan diri dari kompleks ribosom. Faktor elongasi kedua, yang disebut EF-Ts bergabung
dengan kompleks EF-Tu dan menginduksi pelepasan GDP. Akhirnya, GTP mengikat EF-Tu, dan
secara bersamaan EF-Ts dilepas. Bentuk GTP EF-Tu ini lalu siap mengambil kembali aminoasil-tRNA
yang lain, dan mengirimkannya ke lokasi A ribosom. Perlu dicatat bahwa EF-Tu tidak mengikat fMettRNAf . Sehingga, tRNA inisiator ini tidak dikirim ke lokasi A ribosom. Sebaliknya, Met-tRNAm , seperti
juga dengan aminoasil-tRNA yang lain, dapat berikatan dengan EF-Tu. Penemuan ini sejalan dengan
fakta bahwa kodon AUG tidak dibaca oleh tRNA inisiator. Sebaliknya, IF2 mengenal fMet-tRNAf dan
bukan tRNA yang lain.
Kepatuhan informasi genetik yang diterjemahkan kemudian bergantung kepada kebenaran
aminoasil-tRNA yang dikirim ke lokasi A disaat ikatan peptida dibentuk. Untuk itu harus terjadi
pencarian cermat (scrutinization) aminoasil-tRNA yang datang ke lokasi A untuk memastikan bahwa
antikodonnya bercocokan dengan kodon mRNA di lokasi A. Proses ini dapat berlangsung dengan
hasil coba-gagal (trial and error). Pencarian cermat ini difasilitasi oleh konformasi struktur tiga dimensi
EF-TU yang bertanggung-jawab pada interaksi kodon-antikodon. Ikatan peptida tidak akan terbentuk
sampai EF-Tu dilepas dari aminoasil-tRNA. Pelepasan ini membutuhkan GTP yang terikat dengan
EF-Tu dihidrolisis membentuk GDP. Terdapat selang yang sangat singkat antara hidrolisis GTP ke
GDP dengan pelepasan EF-Tu-GDP dari kompleks ribosom. Aminoasil-tRNA yang tidak tepat
biasanya meninggalkan ribosom selama interval singkat ini. Sewaktu GTP di EF-TU dihidrolisis, maka
terjadi perubahan konformasi EF-Tu, dan mengubah konteks interaksi kodon-antikodon.
Aminoasil-tRNA yang benar terikat kuat dengan mRNA baik sebelum atau setelah hidrolisis GTP
EF-Tu. Aminoasil-tRNA yang tidak sesuai tidak terikat kuat pada dua keadaan ini, sehingga pencarian
cermat berlangsung dua kali dalam dua cara yang berbeda untuk mencapai derajat akurasi yang lebih
tinggi. Walaupun demikian, masih juga mengalami kesalahan penerjemahan sekitar 10 -4 untuk tiap
asam amino.
Pembentukan ikatan peptida dipercepat oleh suatu enzim bagian dari subunit 50S, peptidil
transferase. Reaksi tersebut akan berlangsung apabilah EF-Tu keluar dari kompleks dan telah
terbentuknya kompleks aminoasil-tRNA yang menempati lokasi A ribosom, fMet-tRNA di lokasi P.
Peptidil transferase memindahkan formilmetionin teraktivasi dari fMet-tRNAf di lokasi P ke gugus
amino aminoasil-tRNA di lokasi A, dan membentuk dipeptidil-tRNA. Akibat aktivasi oleh ATP dalam
pembentukan aminoasil-tRNA, maka serangan gugus amino pada ikatan ester membentuk ikatan
peptida adalah reaksi yang secara termodinamik dapat berlangsung.
Pembentukan ikatan peptida lalu diikuti oleh translokasi. tRNA yang tidak lagi bermuatan asam
amino meninggalkan lokasi P, peptidil-tRNA bergerak dari lokasi A ke lokasi P, dan mRNA bergerak
dengan jarak 3 nukleotida. Hasilnya, kodon yang baru berada di posisi A dan siap dibaca oleh
aminoasil-tRNA yang berkunjung ke tempat itu.
Translokasi membutuhkan faktor pemanjangan ketiga yaitu EF-G atau disebut juga translokase.
EF-G, seperti juga IF2 dan EF-Tu, berdaur diantara bentuk GTP dan GDP. Bentuk GTP menyetir
translokasi. Hidrolisis GTP melepaskan EF-G dari ribosom. Lokasi A menjadi kosong, siap mengikat
aminoasil-tRNA yang berkunjung, dan memulai daur pemanjangan berikutnya.
karboksil) ke N-terminus (gugus amin). Dua molekul asam amino dapat saling berikatan membentuk
ikatan kovalen melalui suatu ikatan amida yang disebut dengan ikatan peptida. Ikatan kovalen ini
terjadi antara gugus karboksilat dari satu asam amino dengan gugus amino dari molekul asam
amino lainnya dengan melepas molekul air. Tiga molekul asam amino dapat bergabung membentuk
dua ikatan peptida, begitu seterusnya sehingga dapat membentuk rantai polipeptida.
Translokasi
Translokasi merupakan salah satu tahapan yang penting dalam jalur sekresi protein, khususnya
pada organisme eukariot. Translokasi suatu protein melewati membran lipid seperti RE secara umum
diarahkan oleh peptida sinyal yang terdapat pada ujung N-terminal protein, yang kemudian dipotong
oleh suatu enzim saat sintesis protein sedang berlangsung atau setelah sintesis protein selesai.
Struktur primer peptida sinyal setiap protein jarang sekali sama, namun pada umumnya terdiri dari
beberapa bagian yaitu : N-terminal yang bermuatan positif, daerah pusat hidrofobik, dan sisi
pemotongan yang dapat dikenali oleh enzim signal peptidase. Hidrofobisitas peptida sinyal diduga
memainkan peran penting dalam translokasi protein dengan cara berinteraksi dengan membran lipid
atau dengan beberapa komponen sel lainnya.
Proses translokasi protein dari ribosom ke lumen RE yang diarahkan oleh peptide sinyal dibantu
oleh suatu partikel pengenal peptida sinyal yang disebut Signal Recognition Particles. Hidrofobisitas
peptida sinyal diduga memainkan peran dalam interaksi peptida sinyal dengan SRP. Jika peptida
sinyal cukup hidrofobik tetapi tidak terlalu panjang, peptida sinyal dapat dikenali oleh SRP ketika
peptida sinyal baru disintesis dan keluar dari ribosom. RP yang mengikat peptida sinyal kemudian
akan dikenali oleh reseptor-SRP (SR) yang terdapat pada membran RE. Jadi SRP dan SR berperan
dalam memediasi proses pentargetan ko-translasi dari protein membran dan protein sekresi pada
semua jenis sel. Baik SRP maupun SR keduanya memiliki domain untuk mengikat Guanosine Tri
Phosphate (GTP). Kompleks SRPSR yang berinteraksi dengan adanya GTP berperan dalam
mentargetkan Ribosome-Nascent Chain complex (RNC) ke aparatus translokasi protein yang terdapat
dipermukaan membran yang disebut translokon. Sehingga SRP dan SR berperan sebagai molekul
match-makers yang mengantarkan RNC yang mensintesis protein tertentu ke translokon.
3. Terminasi
Tahap akhir translasi adalah terminasi. Elongasi berlanjut hingga kodon stop mencapai ribosom.
Triplet basa kodon stop adalah UAA, UAG, dan UGA. Kodon stop tidak mengkode suatu asam amino
melainkan bertindak sinyal untuk menghentikan translasi. Polipeptida yang dibentuk kemudian
diproses menjadi protein.
Pada proses terminasi translasi eukariotik melibatkan 2 release factors: eRF1 dan eRF3.
situs yang spesifik. Sebaliknya, dalam sel eukariot selubung nukleus atau membran inti memisahkan
transkripsi dari translasi dalam ruang dan waktu. Transkripsi terjadi di dalam inti sel dan mRNA dikirim
ke sitoplasma tempat translasi terjadi.
Post Translasi
Protein adalah rantai molekul panjang yang terdiri dari asam amino yang bergabung dengan
ikatan peptida. Protein membentuk bahan struktural jaringan tubuh kita. Protein memiliki beberapa
fungsi yang berbeda, misalnya menyediakan struktur (ligamen, kuku, rambut), membantu pencernaan
(enzim perut), membantu gerakan (otot), dan berperan dalam kemampuan kita untuk melihat (lensa
mata kita adalah kristal protein murni). Mekanisme sintesis protein terjadi melalui dua tahap utama
yaitu transkripsi dan translasi. Transkripsi adalah pencetakan mRNA oleh DNA yang terjadi di
nukleus, sedangkan translasi adalah penerjemahan kode oleh tRNA berupa urutan yang dikehendaki.
Translasi pada sintesis protein mengacu pada fase perakitan protein dalam sel yang melibatkan
ribosom di mana RNA diterjemahkan untuk menghasilkan rantai asam amino.
Setelah protein yang disintesis oleh ribosome dengan bantuan translasi mRNA membentuk rantai
polipeptida. Rantai-rantai polipeptida ini mengalami post translational modification (PTM) sebelum
menjadi produk protein yang matang. Dalam proses post translational ini, rantai polipeptida yang
hanya terdiri dari asam-asam amino berbeda ditambahkan gugus fungsi seperti asetat, phosphate,
karbohidrat, lipid, dan lain-lain untuk memberikan fungsi khusus terhadap protein tersebut. Tanpa
tugas yang jelas dan spesifik, setiap protein sel akan melakukan pekerjaan-pekerjaan yang mungkin
bertabrakan dan tidak efisien. Oleh sebab itu, protein yang disintesis oleh kompleks ribosom di sitosol
harus mengalami pemrosesaan menuju spesifitas fungsi dan lokasi. Spesifitas fungsi berlangsung
melalui pematangan protein seperti pelipatan struktur benar tiga dimensi, dan modifikasi kovalen.
Spesifitas lokasi dicapai melalui mekanisme penyasaran ke tempat dimana ia harus melakukan kerja.
Baik spesifitas fungsi dan penyasaran berlangsung dalam koridor perintah genetik yang dikandung
oleh setiap protein. Kebutuhan penyasaran dan pematangan protein sangatlah nyata pada sel-sel
eukariotik, sehingga harus terintegrasi dengan diferensiasi sel itu sendiri.
Post translasi adalah penambahan atau penghilangan suatu bagian untuk membuat sebuah
protein yang sempurna. Kegunaan Post Translasi:
1. Efektifitas dalam pembentukan protein
2. Mengatur segala aktivitas
3. Menambah kekuatan mekanis
4. Mempermudah pengidentifikasian
Yang dapat dilakukan penghilangan dan penambahan adalah methyl, acetyl, glyco dan fosfat.
Terdapat lebih dari 50 jenis post translasi, namun yang sering dibahas adalah fosforilasi dan
defosforilasi
Proses dari Post Translasi
Pemrosesan pasca translasi protein merupakan komponen penting dalam jalur ekpresi genom.
Translasi bukan akhir jalur ekspresi genom. Polipeptida hasil trnaslasi tidak langsung aktif, untuk
menjadi protein aktif atau fungsional dalam sel maka protein harus tahapan dari post translasi, yang
keseluruhan berupa :
1. Protein Folding
Protein, seperti halnya DNA, merupakan suatu polimer yang mengalami denaturasi dan kemudian
disintesis di ribosom yang kemudian membentuk asam amino linear dan tidak bercabang. Protein
folding ini termasuk dalam struktur sekunder protein, di mana pada struktur ini terdapat struktur dua
dimensi protein sehingga dapat terjadi lipatan (folding) yang beraturan seperti -helix, -sheet, turn
dan random karena adanya ikatan hidrogen di antara gugus-gugus polar dari asam amino dalam
rantai protein tersebut. Protein yang merupakan rangkaian dari asam-asam amino ini harus
mengalami pelipatan (folding) untuk dapat mencapai struktur aslinya, karena protein hanya dapat
berfungsi jika mempunyai struktur asli tersebut.
Proses pelipatan dimediasi oleh protein lain dan dapat diinduksi oleh stres pada sel. molekul
protein yang membantu proses folding adalah Chaperon molekuler yaitu mengikat dan menstabilkan
protein yang belum dilipat (unfolded protein), sehingga tidak beragregat dengan protein lain.
Chaperonin yaitu membantu proses pelipatan protein dalam sel (in vivo). Begitu diperoleh kondisi
yang sesuai, kebanyakan polipeptida akan segera melipat menjadi struktur tersier yang tepat karena
biasanya struktur tersier ini merupakan konformasi dengan energi yang paling rendah.
Pelipatan protein di dalam sel merupakan proses kompleks yang membutuhkan bantuan molekul
lain dan energi. Proses pelipatan dimulai dari rantai polipeptida yang baru terbentuk di ribosom yang
berbentuk sangat tak beraturan (random coil state) sebelum proses pelipatan. Selain itu, konsentrasi
makromolekul dalam sitosol, yang termasuk di dalamnya ribosom, asam nukleat dan protein lain
sangat tinggi. Dalam keadaan ini, residu asam amino hidrofobik dari polipeptida naik ke permukaan
dan proses pelipatan dari intermediet dapat berlangsung secara tidak tepat dapat mengakibatkan
terjadinya misfolding dan agregasi sebelum sintesis selesai. Kegagalan suatu protein dalam proses
folding protein (misfolding) ini dapat menyebabkan malfungsi berbagai sistem biologis yang dapat
menimbulkan berbagai penyakit, seperti Alzheimer, parkinson, katarak dan kanker.
Tidak semua pelipatan protein terjadi secara spontan. Protein berukuran kecil, seperti
ribonuclease, dapat melipat secara spontan ketika denaturan (urea) dihilangkan . Namun, protein
berukuran besar tidak dapat melipat secara spontan. Dua faktor yang mencegah pelipatan spontan
protein besar, yaitu: pertama, kecenderungan membentuk agragrat tidak terlarut ketika denaturan
dihilangkan; kedua, protein cenderung melakukan jalur pelipatan yang tidak tepat.
Proteolisis polipeptida sering terjadi selama atau setelah translasi dalam sintesis protein pada
berbagai protein. Pada tahap ini biasa terjadi pemindahan N-terminal methionine, sinyal peptida,
dan/atau konversi dari protein non-aktif atau non-fungsional menjadi protein aktif. Bentuk awal dari
protein aktif yang dibentuk dan memiliki gugus fungsional disebut proprotein, dan proproteins
disintesis untuk pertama kali dalam bentuk preproprotein. Misalnya, albumin pertama disintesis
sebagai preproalbumin dan berisi uncleaved peptide signal. Preproalbumin selanjutnya akan
membentuk proalbumin setelah peptida sinyal dibelah, dan proses lebih lanjut untuk menghapus Nterminal propeptide 6-residu menghasilkan bentuk matang dari protein tersebut.
Methonine inisiasi (dalam prokariota ialah fMet) dapat dihapus selama terjemahan dari protein
yang baru terbentuk. Untuk E. coli, fMet secara efisien dihapus jika residu kedua adalah kecil dan
tidak bermuatan. Proses akan tidak efisien jika residu kedua besar dan bermuatan positif atau negatif.
Pada prokariota dan eukariota, residu N-terminal dapat menentukan waktu paruh protein sesuai
dengan N-end rule. Protein yang ditargentkan menuju organel tertentu memiliki N terminal yang
mengandung sinyal peptide yang menghantarkan protein ke tujuannya. Sinyal peptide tersebut
dihilangkan dengan proteolisis setelah melalui membrane. Beberapa hormone pada sel eukariotik
disintesis sebagai polyprotein yang membutuhkan cleacage proteolytic untuk dipecah menjadi rantairantai polipeptida yang lebih pendek.
3.Modifikasi Kimiawi
Asam amino polipeptida dimodifikasi melalui penambahan gugus kimia baru.Tipe modifikasi kimia
yang paling sederhana melibatkan penambahan gugus kimia kecil (misalnya suatu asetil, metal atau
gugus fosfat) ke rantai sisi asam amino, atau gugus karboksil dari ujung asam amino pada
polipeptida.Tanpa tugas yang jelas dan spesifik, setiap protein sel akan melakukan pekerjaanpekerjaan yang mungkin bertabrakan dan tidak efisien. Oleh sebab itu, protein yang disintesis oleh
kompleks ribosom di sitosol harus mengalami pemrosesaan menuju spesifitas fungsi dan lokasi.
Spesifitas fungsi berlangsung melalui pematangan protein seperti pelipatan struktur benar tiga
dimensi, dan modifikasi kovalen. Spesifitas lokasi dicapai melalui mekanisme penyasaran ke tempat
dimana ia harus melakukan kerja. Baik spesifitas fungsi dan penyasaran berlangsung dalam koridor
perintah genetik yang dikandung oleh setiap protein. Kebutuhan penyasaran dan pematangan protein
sangatlah nyata pada sel-sel eukariotik, sehingga harus terintegrasi dengan diferensiasi sel itu sendiri.
Tipe modifikasi kimia yang paling sederhana melibatkan penambahan gugus kimia kecil (misalnya
suatu asetil, metal atau gugus fosfat) ke rantai sisi asam amino, atau gugus karboksil dari ujung asam
amino pada polipeptida. Lebih dari 150 asam amino yang termodifikasi telah didokumentasikan pada
protein yang berbeda, dengan setiap modifikasi dilakukan dengan cara yang sangat khusus, asam
amino yang sama dimodifikasi dengan cara yang sama dalam setiap kopi protein. Terjadi reaksi
berupa :
Fosforilasi
Fosforilasi adalah penambahan gugus fosfat dan merupakan hal penting dalam terjadinya proses
signaling. Fosforilasi menyebabkan perubahan konformasi dan membuat protein menjadi lebih
hidrofilik. Fosforilasi penting untuk interaksi protein dengan protein lainnya, dan juga dalam degradasi
protein.
Sulfonasi
Sulfonasi atau lebih dikenal sebagai Tyrosine Sulfonasi ialah modifikasi post translasional di mana
gugus sulfat menempel pada residu tyrosine pada suatu molekul protein. Protein yang telah disekresi
dan bagian ekstraseluler dari membrane protein yang melewati badan golgi biasanya tersulfonasi.
Sulfonasi hanya terdapat pada sel hewan dan tumbuhan, sedangkan pada prokariotik dan ragi tidak
terjadi sulfonasi. Sulfonasi sendiri berfungsi untuk memperkuat interaksi antara molekul-molekul
protein. Reaksi sulfonasi dikatalisir oleh katalis tyrosylprotein sulfotransferase (TPST) yang terdapat
pada badan golgi.
Isoprenyl
Isoprenilasi ialah sebuah proses penambahan molekul hidrofobik ke dalam suatu protein. Gugus
fungsi prenyl yang menempel pada protein ialah (3-methyl-but-2-en-1-yl). Gugus isoprenyl sendiri
sangat berguna terutama pada pengikatan protein-protein melalui specialized prenyl-binding domains.
Glikosilasi
Glikosilasi merupakan salah satu modifikasi protein setelah sintesis protein selesai. Glikosilasi
terjadi dengan cara penambahan komponen gula pada suatu protein menjadi glikoprotein. Glikosilasi
penting untuk penanda protein-protein ekstraseluler. Misalnya glikoprotein dapat dikenali dengan baik
karena adanya protein pengenal glikoprotein yang dinamakan lektin, yang berasal dari biji kacangkacangan. Tipe modifikasi yang lebih kompleks adalah glikolisasi, penempelan sisi rantai karbohidrat
besar ke polipeptida . Ada dua tipe umum glikolisasi, :
1. Glikolisasi terpaut O adalah penempelan sisi rantai gula lewat gugus hidroksil suatu serin atau
asama amino threonin.
2. Glikoliasai terpaut N melibatkan penempelan melalui gugus amino pada sisi rantai aspargin.
Lipidasi
Lipidasi ialah sebuah proses penambahan gugus lipid pada suatu protein menjadi lipoprotein.
Lipoprotein sendiri berfungsi untuk mengatur keluar masuknya air ke dalam jaringan sel makhluk
hidup. Selain itu, proses lipidasi dapat membentuk berbagai senyawa dalam tubuh seperti enzim,
adhesion, antigen maupun toksin.
Metilasi
Metilasi merupakan penambahan gugus metil pada residu asam amino dengan bantuan
katalis/enzim metilase. Biasanya proses metilasi banyak ditemukan pada aspartat dan lisin. Fungsi
dari metilasi ialah regulasi ekspresi gen, regulasi fungsi protein, dan proses RNA.
4.Pembuangan Intein
Intein adalah urutan penyela pada beberapa protein, mirip intron pada mRNA. Intein harus
dibuang(splicing) dan exteins disambung menjadi protein aktif. Intein splicing adalah reaksi
intramolekuler dari suatu protein di mana segmen internal dari protein (intein) dihilangkan dari suatu
rantai polipeptida dengan ligasi eksternal protein C-terminal dan N-terminal (disebut extein). Bagian
perpotongan dari intein splicing biasanya berada pada daerah cysteine atau serine, di mana
merupakan asam amino yang mengandung sisi nucleophilic. Reaksi intein splicing tidak
membutuhkan kofaktor ataupun sumber energy seperti ATP atau GTP. Biasanya, proses splicing ini
dikaitkan dengan pre-mRNA splicing.
Tipe tipe intein splicing dikategorikan menjadi empat kelas, yaitu : maxi-intein splicing, mini-intein
splicing, trans-splicing intein, dan alanine intein splicing. Maxi-intein splicing memiliki bagian splicing di
terminal N dan C yang mengandung endonuclease domain. Sedangkan mini-intein splicing memiliki
kesamaan dengan Maxi-intein splicing di terminal N dan C, tetapi tidak memiliki endonuclease
domain. Trans-splicing intein ialah intein yang terpisah di mana terbagi dalam N-termini dan C-termini.
Alaine inteins splicing memiliki splicing junction pada bagian alanine, bukan cystine atau serine.
Intein adalah suatu versi protin dari intron spicing yang lebih ekstensif yang terjadi pada pre RNA.
Bagian dalam protein yang dihilangkan segera setelah translasi dan dua bagian eksternal atau ekstein
kemudian digabungkan bersama sehingga menjadi protein aktif. Intein berupa urutan penyela pada
beberapa protein, mirip intron pada mRNA. Intein harus dibuang (splicing) dan disambung (exteins)
menjadi protein aktif.
Ribosom mempunyai komposisi 60% rRNA dan 40% protein basa, yang tersusun secara rumit
oleh lebih dari 50 jenis protein yang berbeda. Komposisi basa dalam rRNA agak berbeda dengan
susunan gugus basa dalam DNA secara menyeluruh rRNA dalam gugus nukleat-nya terdapat gugus
metil yang diduga untuk mencegah agar jangan sampai molekul tRNA dan rRNA dipakai sebagai pola
dalam sintesis protein.
Sintesis protein dibagi menjadi dalam 3 tahapan, yaitu : replikasi, transkripsi, translasi Replikasi,
dikontrol oleh fragmen DNA tertentu dalam suatu utas da ini dapat dipengaruhi oleh faktor-faktor luar.
Terutama sinyal kimiawi, obat, virus, dan pencemaran bahan kimia. Replikasi dimulai dari titik replikasi
dan arahnya menurut 5-3. Transkripsi, merupakan bagian dari rangkaian ekspresi genetik (proses
penerjemahan informasi genetik dalam bentuk urutan basa menjadi protein).Translasi adalah proses
penerjemahan urutan nukleotida atau kodon yang ada pada molekul mRNA menjadi rangkaian asamasam amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein.
Translasi menjadi tiga tahap (sama seperti pada transkripsi) yaitu inisiasi, elongasi, dan
terminasi. Semua tahapan ini memerlukan faktor-faktor protein yang membantu mRNA, tRNA, dan
ribosom selama proses translasi. Inisiasi dan elongasi rantai polipeptida juga membutuhkan sejumlah
energi. Energi ini disediakan oleh GTP (guanosin triphosphat), suatu molekul yang mirip dengan ATP.
Protein hasil translasi masih dalam bentuk tidak aktif, untuk menjadi protein aktif atau fungsional
dalam sel maka protein harus diproses sekurang kurangnya satu satu dari empat tipe pemrosesan,
yaitu Protein folding (pelipatan protein), Proteolytic cleavage (pemotongan proteolitik), Chemical
modification (modifikasi kimia, dan Intein splicing (pembuangan intein).
DAFTAR PUSTAKA.
Alberts B. (1994). Biologi Molekuler Sel. Jakarta : Gramedia Pustaka Utama.
Campbell, N.A., Jane B.R, dan Lawrence G.M. 2002. Biologi Jilid 1, edisi kelima. Jakarta: Erlangga.
Cox, Michael M., David L. Nelson. 2008. Principles Of Biochemistry. Fifth edition. London: Lehninger.
Koolman, Jan, Klaus-Heinrich Rochm. 2005. Color Atlas of Biochemistry. Second Edition. German:
Thieme.
Lister Hill National Center for Biomedical Communications. (2014). Genetics Home Refernece. U.S
National Library of Medicine.
Lodish, H., Berk, A., Zipursky, S L., Matsudaira, P., Baltimore, D., & Darnell, J. (2000). Molecular cell
biology (4th ed.). New York: W. H. Freeman.
Murray, Robert K.,dkk. 2006. Biokimia Harper Edisi 27. Jakarta : EGC
Nelson, David L. Lehninger Principles of Biochemistry. New York : W.H Freeman and Company.
Stryer, Lubert. 2000. Biokimia. Jakarta : EGC.
Subowo.
2007.
Biologi
Sel.
Bandung
:
Thenawijaya Maggy. 1982. Dasar-dasar Biokimia Jilid 3. Jakarta : Erlangga.
Yuwono, Triwibowo. 2005. Biologi Molekuler. Jakarta : Erlangga.
CV
Angkasa