STRUKTUR DAN REPLIKASI BAHAN GENETIK..

Kegiatan Belajar 1 Struktur Bahan Genetik Melalui kejadian transformasi genetik pada bakteri telah dibuktikan bahwa DNA merupakan unsur genetik atau penentu sifat makhluk hidup. DNA merupakan suatu makromolekul yang tersusun oleh nukleotida sebagai molekul dasarnya, sedangkan nukleotida itu sendiri disusun oleh tiga komponen, yaitu gula (deoksiribonukleotida), fosfat, dan basa. Ada empat jenis basa pada DNA, yaitu Sitosin, Guanin, Adenin, dan Timin. Di samping DNA ada asam nukleat lain, yaitu RNA yang dibedakan dari DNA oleh gula dan basanya. Pada RNA terdapat Ribosa sebagai pengganti Deoksiribosa, dan Urasil sebagai pengganti Timin pada DNA. Nukleotida yang satu dirangkaikan dengan nukleotida lain oleh ikatan 3' - 5' fosfodiester membentuk suatu rantai polinukleotida. Dalam satu molekul DNA terdapat dua utas polinukleotida yang diikat oleh ikatan hidrogen yang terbentuk antara basa-basanya. Perpasangan A-T diikat oleh dua ikatan hidrogen dan perpasangan G-C oleh tiga ikatan hidrogen. Pasangan kedua utasan tersebut berpilin membentuk heliks ganda; pada satu pilinan terdapat 10 pasang basa dengan jarak antar nukleotida sebesar 3.4 A0 atau satu pilinan mempunyai panjang sekitar 34 A0. Pilinan heliks ganda mempunyai garis tengah 20 A0. Struktur heliks ganda dengan gula fosfat yang terletak di bagian luar heliks dan basa di bagian dalam heliks, menjamin kestabilan struktur DNA. Kestabilan ini meliputi, pertama ketahanan DNA terhadap kerusakan akibat keadaan lingkungannya, dan yang kedua kestabilan genetik yang berhubungan dengan ketepatan dalam proses replikasi. Struktur heliks-ganda memungkinkan adanya replikasi semikonservatif yang menjamin ketepatan proses replikasi. Untuk lebih menjaga kestabilan DNA, di dalam sel DNA berasosiasi dengan protein, seperti histon pada eukariot. Besarnya DNA yang menyusun genom beragam dari satu organisme ke organisme lain. Genom virus berkisar dari 3 103 sampai 105 pasang basa, bakteri dari 5 105 sampai 107 pasang basa, eukariot dari 107 sampai 1011 pasang basa. Genom bakteri terdiri dari kromosom dan plasmid; dan sebagian besar bakteri mempunyai satu kromosom. Genom eukariot terdiri dari gen inti yang disusun oleh sejumlah kromosom, dan gen sitoplasma yang terdapat dalam bentuk DNA mitokondria dan DNA kloroplas. Kegiatan Belajar 2 Replikasi DNA Replikasi DNA mengikuti pola semikonservatif yang melibatkan sejumlah enzim dan protein di dalamnya. Heliks ganda akan diudar menjadi utas tunggal dengan bantuan helikase, girase, dan protein SSB. Utas tunggal yang terbentuk akan membentuk percabangan replikasi dan akan digunakan sebagai utas model cetakan. Karena pertumbuhan sintesis DNA berjalan dengan arah 5-3 maka pada utas leading (berujung 3'OH) sintesis akan bergerak dari ujung ke arah pangkal percabangan replikasi. Sebaliknya pada utas lagging (berujung 5'P), sintesis berjalan dari pangkal ke ujung percabangan. Sintesis ini berjalan secara bertahap dalam bentuk fragmen Okazaki. Polimerase DNA mempunyai tingkat ketepatan yang tinggi karena dilengkapi dengan perangkat baca ulang. Dengan situs eksonuklease 3-5 nukleotida yang salah akan dibuang dan diganti dengan yang seharusnya. Dalam replikasi kromosomnya, bakteri menggunakan replikasi model q yang dimulai dari satu titik Ori, yaitu Ori-C. Replikasi kromosom eukariot dimulai dari

banyak titik Ori, dan berjalan dwiarah. Virus menggunakan cara replikasi lingkaran berputar dalam proses replikasinya.

MODUL 5
EKSPRESI GEN

Kegiatan Belajar 1 Transkripsi: Informasi dari Gen ke RNA Gen diekspresikan melalui peranan dalam pengendalian sifat-sifat organisme. Peran ini dijalankan melalui pengendalian proses pembentukan protein dan enzim-enzim yang mengkatalisis reaksi kimia pada berbagai tahapan metabolisme. Gen diekspresikan melalui dua tahapan, yaitu transkripsi dan translasi. Transkripsi adalah penyalinan informasi dari gen ke dalam molekul RNA, yang dalam pelaksanaannya adalah berupa penyusunan basa-basa pada rantai RNA dengan menggunakan runtunan basa DNA gen sebagai modelnya. Translasi adalah penterjemahan informasi berupa runtunan basa RNA menjadi rangkaian asam-amino pada protein. Dalam transkripsi terdapat dua perangkat, yaitu ruas DNA yang menjadi model dan enzim transkriptase yang mengkatalisis proses sintesis RNA. Ruas DNA yang dijadikan model juga disebut ruas penyandi ialah ruas yang dibatasi oleh promotor dan terminator. Promotor ialah segmen DNA yang berfungsi sebagai tanda bagi enzim transkriptase untuk mengawali proses transkripsi atau penyalinan basa DNA menjadi basa RNA. Terminator ialah segmen DNA yang menjadi tanda untuk berakhirnya proses transkripsi. Panjang ruas antara promoter dan terminator (ruas penyandi) akan sama dengan panjang RNA yang dihasilkan. Terdapat empat jenis RNA hasil transkripsi, yaitu mRNA, tRNA, rRNA, dan snRNA. Tiga RNA selain snRNA berperanan dalam proses translasi atau sintesis protein. mRNA berperan sebagai model untuk menyusun runtunan asam-amino rantai polipeptida atau protein. tRNA berperan sebagai pengangkut asamamino dan penterjemah rangkaian kodon-kodon yang terdapat pada mRNA menjadi rangkaian asam-amino. rRNA berfungsi sebagai rangka ribosom dan mengenali tRNA dan mRNA. Kegiatan Belajar 2 Protein dan Sandi Genetik Protein merupakan makromolekul dengan asam-amino sebagai molekul dasarnya. Semua asamamino mempunyai rumus bangun molekul yang sama, kecuali prolin, terdiri dari gugus R, Ca, gugus - NH2, dan gugus -COOH. Perbedaan satu asam-amino dengan yang lainnya terletak pada gugus R-nya. Dikenal 20 jenis asam-amino yang terlibat pada tahap translasi. Asam-amino dirangkaikan satu dengan yang lain membentuk rantai polipeptida, yang berbentuk liniear. Struktur polipeptida yang linear merupakan struktur primer protein, yang kemudian akan berkembang menjadi struktur sekunder berkat terbentuknya ikatan hidrogen antara asam-amino pada jarak tertentu. Terdapat dua jenis struktur sekunder yaitu heliks-a dan lembaran-b. Pada tahap akhir akan terjadi lagi pelipatan dari struktur sekunder membentuk struktur tersier, yang merupakan bentuk tiga dimensi. Pada struktur tersier sudah terdapat situs-situs fungsional protein. Untuk protein monomer (disusun oleh satu polipeptida) struktur tersier merupakan bentuk akhir protein yang menentukan fungsinya, sedangkan pada protein oligomer (disusun beberapa polipeptida) bentuk akhirnya adalah struktur kuartener, yang merupakan gabungan dari struktur tersier. Struktur akhir protein menentukan fungsinya, perubahan struktur dapat

menyebabkan protein kehilangan fungsinya. Berdasarkan fungsinya protein terbagi menjadi enzim (berperan sebagai katalisator), protein cadangan, protein sistem pengangkut, protein sistem kekebalan, hormon, dan protein struktur. Hubungan antara protein dengan gen diatur melalui sandi genetik, yaitu suatu aturan yang menghubungkan antara suatu kodon pada mRNA dengan asam-amino pada polipeptida. Satu kodon akan menyandikan satu jenis asam-amino, sehingga dengan begitu satu gen akan menyandikan satu jenis polipeptida. Perubahan pada kodon akan menyebabkan terjadinya perubahan pada protein. Kegiatan Belajar 3 Translasi: RNA menjadi Protein Translasi adalah proses penterjemahan informasi genetik berupa rangkaian kodon mRNA menjadi rangkaian asam-amino polipeptida. Ada tiga unsur yang terlibat proses translasi tersebut, yaitu mRNA, tRNA, dan rRNA. Unsur pertama, mRNA berperan sebagai model untuk menyusun runtunan asam-amino polipeptida. Pada mRNA terdapat ruas penyandi, yaitu bagian yang dibatasi oleh kodon awal dan kodon akhir yang akan menjadi model untuk penyusunan protein. Unsur kedua, tRNA berperan menterjemahkan kodon-kodon mRNA menjadi asamamino polipeptida dan mengangkut asam-amino ke kompleks translasi. Kemampuan menterjemahkan dipunyai tRNA berkat adanya simpul antikodon, sedangkan kemampuan sebagai pengangkut karena ada ujung penerima asam-amino sehingga tRNA dapat berasosiasi dengan asam amino membentuk aminoasil-tRNA. Ribosom berperan sebagai tempat pertemuan mRNA dengan tRNA serta penterjemahan kodon serta reaksi perangkaian asam-amino. Pada ribosom terdapat berbagai situs yang berfungsi untuk mendukung peran di atas; situs tersebut ialah situs mRNA, situs P dan situs A untuk tRNA, serta situs peptidil-transferase. Translasi dapat dibagi ke dalam tiga tahapan, yaitu inisiasi, perpanjangan polipeptida, dan proses akhir. Inisiasi dimulai dengan subunit ribosom kecil mengenali mRNA berkat kemampuan rRNA16S berpasangan dengan ruas Shine Dalgarno di hulu kodon awal, selanjutnya tRNA inisiator akan menempel pada kodon awal yang terdapat pada mRNA, terakhir subunit ribosom besar akan bergabung menghasilkan ribosom sempurna. Setelah insisasi pada ribosom akan menempel mRNA dan aminoasil-tRNA-inisiator pada situs P yang juga tepat pada posisi kodon awal, kemudian ke situs A akan menempel satu aminoasiltRNA yang cocok dengan kodon yang terdapat pada situs tersebut. Setelah ada dua tRNA pada ribosom akan terjadi reaksi transpeptidasi yang memindahkan asam-amino dari situs P merangkai dengan asam amino pada situs A, membentuk aminoasil-tRNA dan terjadi penambahan satu asam-amino pada rantai polipeptida. Selanjutnya terjadi pergeseran ribosom satu kodon ke arah hilir mRNA yang menyebabkan peptidiltRNA dari situs A pindah ke situs P dan situs A kosong dan siap menerima aminoasil-tRNA berikutnya. Proses akan terus berulang sampai ribosom menemukan kodon akhir. Ketika ribosom mencapai kodon akhir tidak akan ada aminoasiltRNA yang masuk ke situs A dan muncul protein FR yang akan memisahkan ribosom, tRNA, mRNA dan polipeptida. Subunit ribosom kecil akan terpisah dari subunit besar, mRNA akan terurai menjadi nukleotida bebas, dan polipeptida siap masuk ke proses berikutnya untuk membentuk protein yang berfungsi. Untuk dapat mencapai struktur akhir protein yang fungsional polipeptida hasil translasi kadang-kadang harus melewati suatu proses modifikasi pascatranslasi, yang dapat berupa pemotongan rantai polipeptida, perubahan asam-amino tertentu atau penambahan senyawasenyawa tertentu. Berbagai protein hasil translasi menurut fungsinya, yaitu

enzim, hormon, protein pengangkut, protein toksin, antibodi, protein penyimpan dan cadangan, protein kontraksi, serta protein penyangga struktur.

MODUL 6
MUTASI

Kegiatan Belajar 1 Mutasi Tingkat Gen Mutasi ialah perubahan struktur DNA kromosom atau gen-gen, yang menyebabkan perubahan pada tingkat ekspresi. Perubahan pada struktur gen akan menyebabkan terjadinya perubahan kodon yang menentukan dalam translasi protein. Oleh karena itu, mutasi akan menyebabkan terjadinya perubahan proses metabolisme, yang dikatalisis oleh enzimenzim yang disandikan oleh gen-gen yang bermutasi tersebut. Perubahan struktur dan ekspresi gen serta perubahan metabolisme tersebut dapat terlihat pada perubahan morfologi, perubahan kimia atau perubahan pertumbuhan dan daya adaptasi. Ukuran perubahan struktur dapat dilihat dari banyaknya basa yang berubah; apabila hanya satu basa yang berubah maka disebut mutasi titik, dan apabila sejumlah basa yang berdampingan yang berubah disebut mutasi basa ganda. Mutasi basa ganda dapat mengenai satu gen atau melebihi satu gen. Mutasi yang hanya mengenai satu gen disebut mutasi gen, dan apabila mengenai lebih dari satu gen biasa disebut mutasi kromosom. Mutasi titik terjadi akibat adanya pergantian (substitusi) suatu pasangan basa pada DNA dengan pasangan basa lainnya atau akibat terjadinya penyisipan atau pengurangan satu pasang basa. Substitusi pasangan basa dapat berupa transisi (purin diganti oleh purin atau pirimidin diganti oleh pirimidin) atau transversi (purin diganti oleh pirimidin atau pirimidin diganti oleh purin). Pasangan TA melalui transisi akan diganti oleh CG, dan melalui transversi diganti oleh AT dan GC. Akibat perubahan satu basa ini maka akan terjadi perubahan satu kodon pada mRNA dan perubahan satu asam-amino pada rantai polipeptida. Ada tiga kemungkinan jenis kodon baru yang muncul, kodon sinonim (disebut mutasi bisu), kodon lain bukan sinonim (mutasi ubah arah), dan kodon akhir (mutasi hilang arah). Penambahan atau pengurangan basa DNA akan menyebabkan perubahan sejumlah kodon yang terdapat di belakang tempat penyisipan atau pengurangan tersebut. Perubahan kodon tersebut dapat juga memunculkan kodon akhir di posisi baru. Oleh karena itu, mutasi akibat penambahan atau pengurangan akan menyebabkan terjadinya perubahan sejumlah asam-amino dibelakang titik mutasi serta mengubah ukuran panjang rantai polipeptida. Mutasi ini dapat terjadi secara spontan atau akibat adanya rangsangan dari luar. Mutasi spontan terjadi karena adanya fenomena kimia tautomerik, yaitu perubahan konfigurasi molekul akibat perubahan kondisi larutan. Perubahan tautomerik menyebabkan Adenin menjadi Aimino, Sitosin menjadi Cimino, Guanin menjadi Genol, dan Timin menjadi Tenol. Dalam proses replikasi turunan-turunan basa tersebut dapat membentuk pasangan berikut Aimino-Sitosin, CiminoAdenin, Genol-Timin, Tenol-Guanin. Sejumlah senyawa kimia (seperti hidroksilamin, EES, EMS, akridin) dapat merangsang terjadinya perubahan basa DNA. Perubahan basa ini dapat menyebabkan terjadi perpasangan basa atau basa tersebut dilewati dalam replikasi atau basa tersebut dibuang dari DNA. Sinar dengan gelombang tertentu dapat merupakan bahan yang merangsang terjadinya perubahan struktur DNA dan memunculkan mutasi.

Kegiatan Belajar 2 Mutasi Tingkat Kromosom Mutasi kromosom ialah mutasi basa ganda yang lingkupannya melebihi rentang suatu gen. Mutasi kromosom terbagi menjadi perubahan struktur kromosom dan perubahan jumlah kromosom. Perubahan struktur kromosom terdiri dari duplikasi (pertambahan atau penggandaan segmen kromosom tertentu), delesi (kehilangan segmen kromosom), inversi (perubahan arah segmen kromosom), dan translokasi (perpindahan posisi segmen baik dalam satu kromosom maupun antarkromosom). Rekombinasi merupakan kekuatan utama terjadinya perubahan struktur kromosom, yaitu akibat terjadinya penyimpangan dari proses rekombinasi homolog. Rekombinasi antara pasangan kromosom homolog pada situs yang bukan situs aslinya dapat memunculkan duplikasi dan delesi. Rekombinasi antardua situs yang terdapat dalam satu kromosom yang sama dapat memunculkan delesi dan inversi. Rekombinasi nirhomolog dapat menyebabkan terjadinya translokasi intrakromosom. Rekombinasi antara dua kromosom heterolog dapat memunculkan translokasi antar kromosom. Perubahan jumlah kromosom terdiri dari perubahan aneuploid (penambahan kromosom tertentu) dan perubahan euploid (penambahan dengan semua kromosom satu ploidi). Terjadinya penyimpangan dalam proses mitosis dapat menyebabkan terjadinya perubahan jumlah kromosom. Perubahan euploid terbagi menjadi alopoliploid (penambahan dengan ploidi yang berbeda) dan autopolyploid (penambahan dengan ploid yang sama).

MODUL 7
REGULASI EKSPRESI GEN

Kegiatan Belajar 1 Regulasi Ekspresi Gen pada Mikrobia Ekspresi suatu gen dapat diatur, "dinyalakan atau dimatikan" melalui suatu sistem yang disebut ekspresi gen. Pada makhluk bersel tunggal terdapat berbagai tipe atau tingkat regulasi, antara lain regulasi pada tingkat inisiasi transkripsi (operon laktosa), regulasi pada tingkat RNA translasi (operon triptofan), regulasi pada tingkat struktur promoter (pada pergantian protein permukaan flagela S. typhimurium) dan regulasi pada tingkat struktur gen (pada perubahan tipe perjodohan Saccharomyces cereviseae). Pada operon laktosa terdapat tiga gen struktural yang salah satunya ialah lak-Z yang menyandikan enzim b-galaktosidase, yang berperan mengkatalisis penguraian laktosa menjadi glukosa dan galaktosa. Enzim b-galaktosidase akan diekspresikan apabila tersedia laktosa dan tidak ada glukosa, dan ekspresinya harus dihentikan bila glukosa cukup tersedia atau tidak tersedia laktosa. Ekspresi operon laktosa diatur dengan dua cara yaitu dengan protein represor yang berinteraksi dengan laktosa, atau dengan protein aktivator yang berinteraksi dengan glukosa. Gen regulator lak-i akan menyandikan protein represor, yang bila tidak ada laktosa akan mencegah transkriptase melakukan inisiasi transkripsi. Bila ada laktosa maka senyawa ini akan mengubah konfigurasi protein represor sehingga tidak dapat menghalangi transkriptase menginisiasi transkripsi. Protein aktivator CAP yang disandikan oleh gen regulator crp berfungsi mengaktifkan transkriptase. Protein CAP dapat berperan sebagai aktivator bila berasosiasi dengan cAMP, yang ketersediaannya dalam sel ditentukan oleh keberadaan glukosa.

Apabila kuantitas glukosa tinggi, cAMP rendah maka CAP tidak dapat mengaktifkan transkriptase, dan sebaliknya bila glukosa rendah, cAMP tinggi maka CAP dapat mengaktifkan transkriptase. Operon triptofan keberlangsungan ekspresinya diatur pada tingkat RNA yang ditranskripsikan; dan pengaturan tersebut dilakukan oleh triptofan hasil metabolisme. Pada operon triptofan terdapat lima gen struktural dan satu gen regulator (trp-L); dengan trp-L berada tepat di belakang promotor. Inisiasi transkripsi akan berjalan dengan lancar, dan transkriptase akan memasuki wilayah trp-L. Regulasi berlangsung pada saat enzim transkriptase berada pada ruas trp-L, yaitu dengan menentukan apakah transkripsi akan berhenti pada trp-L atau dilanjutkan ke ruas gen yang ada di belakangnya (trpE sampai trpA). Transkripsi