1 NUKLEOTIDA DAN

ASAM NUKLEAT
1. Struktur Nukelotida dan Asam Nukleat
2. Aspek Kimia Asam Nukleat
3. Fungsi Lain Nukleotida
Referensi:
Nelson, et al, 2017, Lehninger: Principle of Biochemistry, 7th ed, Macmillan
Publisher, USA

BinarDhiani@2020
 STRUKTUR
2
ASAM NUKLEOTIDA
DAN ASAM NUKLEAT

BinarDhiani@2020
PENDAHULUAN
 Nukleotida memiliki banyak fungsi pada metabolisme sel:
 Merupakan senyawa yang dipertukarkan untuk pembentukan dan pelepasan energi dalam
metabolisme sel
 Menghubungkan reaksi kimiawi penting di sel sebagai respon atas rangsangan hormone dan
rangsangan luar lainnya
 Merupakan bagian struktur dari berbagai kofaktor enzim dan perantara reaksi metabolik
 Merupakan penyusun asam deoksiribonukleat (DNA) dan asam ribonukleat (RNA).

 DNA berfungsi sebagai penyimpanan dan pemindahan informasi biologis

 Fungsi RNA:
 Ribosomal RNA (rRNA); bagian ribosom, dalam bentuk kompleks melakukan sintesis protein
 Messenger RNA (mRNA): perantara, membawa informasi untuk sintesis protein dari satu atu lebih gen
ke ribosom
 Transfer RNA (tRNA) merupakan senyawa adapter yang menerjemahkan informasi di mRNA menjadi
susunan asam amino tertentu

BinarDhiani@2020 3
STRUKTUR NUKLEOTIDA
 Nukleotida memiliki ciri penyusun:
 Satu basa nitrogen
 Satu pentosa
 Satu atau lebih fosfat

 Nukleotida tanpa fosfat disebut nukleosida

 Oligonukleotida; polimer yang mengandung kurang dari 50 nukleotida
 Polinukleotida: asam nukleat yang lebih oanjang dari oligonukleotida
 Basa nitrogennya merupakan senyawa turunan pyrimidine dan purine
 Basa dan pentose dari nukleotida yang umum merupakan senyawa heterosiklik
 Basa nukleotida dihubungkan dengan ikatan kovalen

BinarDhiani@2020 4
STRUKTUR NUKLEOTIDA
 Basa dihubungkan secara kovalen pada
ikatan glikosil dengan karbon 1’ pentose
 Fosfat diikat melalui esterifikasi pada
karbon 5’ pentose
 Ikatan glikosil terbentuk dari
penghilangan unsur air (gugus hidroksil
pada pentose dan hydrogen dari basa),
seperti pada pembentukan ikatan O-
glikosida

BinarDhiani@2020 5
STRUKTUR NUKLEOTIDA
 Baik DNA maupun RNA mengandung:
 Dua basa PURIN; Adenin (A) dan Guanin (G)
 Dua basa PIRIMIDIN; Sitosin/Cytosine (C) dan Timin (T) pada DNA/Urasil (U) pada RNA

BinarDhiani@2020 6
STRUKTUR NUKLEOTIDA
 Asam nukleat memiliki dua jenis pentosa;:
 2’-deoksi-D-ribose  penyusun deoksiribonukleotida dari DNA
 D-ribose  penyusun ribonukelotida dari RNA

 Pentosa tersebut merupakan pentosa dalam bentuk beta-furanose (cincin 5-C tertutup)
 Deoksiribonukleotida (deoksiribonukleosida 5’-monofosfat) terdiri dari:
 dAMP
 dGMP
 dTMP
 dCMP

 Ribonukleotida (ribonukleosida 5’-monofosfat) terdiri dari:

 AMP
 GMP
 UMP
 CMP

BinarDhiani@2020 7
 STRUKTUR
NUKLEOTIDA

BinarDhiani@2020 8
STRUKTUR
NUKLEOTIDA
 Nukleotida yang berpasangan pada
DNA dan RNA berikatan kovalen
melalu jembatan fosfat dimana
gugus fosfat 5’ dari satu nukleotida
terikat dengan gugus hidroksil 3’
dari nukelotida sesudahnya 
ikatan ini disebut jembatan
fosfodiester
 ‘Backbone’ asam nukleat tersusun
dari residu fosfat dan pentosa yang
saling bergantian, dimana basa
nitrogen terikat sebagai gugus
samping .

BinarDhiani@2020 9
STRUKTUR NUKLEOTIDA
 Karakterisitik basa nukleotida mempengaruhi struktur tiga dimensi asam nukleat:
 Pirimidin dan purin bebas adalah senyawa basa lemah
 Purin dan pirimidin pada DNA dan RNA merupkan senyawa aromatic:
 Senyawanya berbentuk planar
 Basa nukelotida dapat mengabsorbsi sinar UV, sehingga asam nukleat dapat diidentifikasi melalui
absorbsinya pada panjang gelombang 260 nm
 Purin dan pirimidin relative tidak larut dalam air pada kondisi pH netral di sel.
 Interaksi hidrofobik antar basa nukleotida menghasilkan ‘tumpukan basa (base-stacking)’ akibat
kontak minimal dengan air, yang mana interaksi ‘tumpukan basa’ ini sangat penting dalam
menstabilkan struktur tiga dimensi dari asam nukleat.
 Ikatan hydrogen melibatkan gugus amino dan karbonil dari asam nukleat, dimana ikatan iuni
terbentuk antara A dan T (atau U) serta antara G dan C - disebut sebagai ‘pasangan basa
(base pairs/bp)

BinarDhiani@2020 10
STRUKTUR
NUKLEOTIDA
 Ikatan hydrogen yang
terbentuk antara basa
nitrogen dari nukleotida:
 2 ikatan pada A dan T
 3 ikatan pada G dan C

BinarDhiani@2020 11
STRUKTUR ASAM NUKLEAT-
DNA
 Struktur DNA
 Berbentuk heliks
 Terdiri dari dua untai yang ‘terpelintir’ ‘right-handed’
 Backbone hidrofilik yang terdiri dari gugus deoksiribosa dan fosfat yang bergantian terletak
pada bagian luar double heliks memghadap ke permukaan air.
 Cincin furanosa pada tiap deoksiribosa berada pada konfomrasi C-2’ endo
 Basa purin dan pirimidin pada kedua untai tertumpuk di dalam struktur double heliks, dimana
struktur hidrofobik dan cincin planarnya sangat berdekatan dan tegak lurus dengan
sumbu/aksis strukturnya.
 Pasangan dari dua untai membentuk major groove dan minor groove pada permukaan
dupleks tersebut

BinarDhiani@2020 12
STRUKTUR ASAM NUKLEAT-
DNA

BinarDhiani@2020 13
STRUKTUR
ASAM NUKLEAT-DNA
 Dua untai DNA yang saling
komplementer (berpasangan)
merupakan karakteristik penting yang
dapat menjelaskan mekanisme dari
penghantaran informasi genetic secara
logis, dengan cara:
 Memisahkan kedua untai
 Mensintesis pasangan baru dari masing-
masing untai
  karena dua untai DNA saling
berpasangan artinya untai lama akan
menjadi template/cetakan bagi untai baru
pasangannya

BinarDhiani@2020 14
STRUKTUR ASAM NUKLEAT-
DNA
 Susunan/sekuen DNA ditemukan beberapa variasi
 Palindrom
 dalam Bahasa, palindrom adalah kata, frase, atau kalimat yang dieja sama jika dibaca dari depan ke
belakang atau dari belakng ke depan, contohnya ROTATOR dan NURSES RUN
 Pada istilah untuk DNA, Palindrom adalah daerah DNA dengan pengulangan terbalik. Sekuen yang
terbalik ini ditemukan pada untai pasangannya.
 Susunan seperti ini dapat mengakibatkan pembentukan struktur ‘hairpin (=jepit rambut)’ dan
‘cruciform (=salib)’
 Mirror repeat
 Pengulangan terjadi pada untai yang sama

BinarDhiani@2020 15
STRUKTUR ASAM
NUKLEAT-DNA

BinarDhiani@2020 16
STRUKTUR ASAM
NUKLEAT -RNA
 Struktur RNA:
 Satu untai
 Pasangan basa A dengan U, G dengan C

BinarDhiani@2020 17
18
ASPEK KIMIA
ASAM NUKLEAT

BinarDhiani@2020
PENDAHULUAN
 Perubahan pada struktur DNA, walaupun sangat lambat, dapat sangat
mempengaruhi fisiologi sel
 Kanker dan penuaan adalah salah satu bentuk konsekuensi dari perubahan struktur
DNA yang terakumulasi dari reaksi-reaksi kimia yang terjadi sangat lambat dan
bersifat irreversible.
 Oleh karena itu, penting untuk mengetahui sifat kimia asam nukleat

BinarDhiani@2020 19
ASPEK KIMIA ASAM NUKLEAT-
DENATURASI
 Sifat kimia tersebut adalah bahwa dua untai asam nukleat dapat terdenaturasi
 DNA secara alami sifat larutannya sangat viscous pada pH 7.0, suhu ruang (25°C)
 Apabila larutan DNA berada pada pH yang ekstrim dan suhu diatas 80°C, maka
viskositasnya akan menurun tajam yang menandakan DNA telah mengalami perubahan fisis
 Suhu dan pH ekstrim dapat mengakibatkan denaturasi atau melting (pelelehan) dari dua
untai DNA.
 Denaturasi ini terjadi karena rusaknya ikatan hydrogen antara pasangan basa dan rusaknya
interaksi antara ‘tumpukan basa’ sehingga mengakibatkan terurainya double heliks
membentuk dua buah untai terpisah secara penuh atau sebagian.
 Renaturasi dapat terjasi bila suhu dan pH dikembalikan pada kisaran dimana organisme
dapat hidup
 Untai yang terpisah akibat denaturasi tadi dapat bergabung kembali (anneal) untuk membentuk dua
untai

BinarDhiani@2020 20
ASPEK KIMIA
ASAM NUKLEAT-
DENATURASI
 Setiap jenis DNA memiliki suhu
denaturasi masing-masing (atau melting
point = tm (suhu dimana separuh DNA
menjadi satu untai yang terpisah)
 Semakin banyak pasangan G-C maka
semakin tinggi melting point-nya
 Oleh karenanya melting point suatu DNA
dapat menggambarkan komposisi
basanya
 Dupleks RNA dapat pula terdenaturasi
namun membutuhkan suhu lebih tinggi
20°C dari suhu denaturasi DNA

BinarDhiani@2020 21
ASPEK KIMIA
ASAM NUKLEAT- MUTASI
 Perubahan DNA dapat terjadi melalui reaksi non-enzimatis yang akan mengakibatkan
mutasi
 DEAMINASI
 Beberapa bas nukleotida dapat mengalami kehilangan gugus amino eksosiklik (deaminasi)
 Deaminasi sitosin menjadi urasil dapat terjadi setiap 107 sitidin dalam 24 jam.
 Produk dari deaminasi sitosin (yaitu urasil) akan dikenali sebagi zat asing di DNA dan akan
dihilangkan oleh sistem perbaikan DNA
 DEPURINASI
 Hidrolisis dari ikatan glikosil antara basa dan pentosa pada deoksiribonukleotida akan
menghilangkan basa dari DNA
 Reaksi ini akan mengakibatkan bagian DNA yang rusak yang disebut bagian AP (apurinic,
apyrimidinic)

BinarDhiani@2020 22
BinarDhiani@2020 23
ASPEK KIMIA
ASAM NUKLEAT- MUTASI
 Reaksi lain disebabkan karena radisai sinar UV
 Radiasi ini mengakibatkan kondensasi dua gugus etilen untuk membentuk cincin
siklobutan
 Di dalam sel, reaksi ini sering terjadi anyata timidin yang bersebelahan pada untai
DNA yang sama
 Iradiasi UV juga dapat mengakibatkan pembentukan dimer pirimidin (disebut 6-4
photoproduct)
 Radiasi ion (sinar X dan sinar Gamma) dapat menyebabkan pembukaan cincin dan
fragmentasi basa serta pecahnya ikatan kovalen pada backbone asam nukleat

BinarDhiani@2020 24
ASPEK KIMIA
ASAM NUKLEAT-
MUTASI

BinarDhiani@2020 25
ASPEK KIMIA
ASAM NUKLEAT- MUTASI
 DNA juga dapat rusak akibat paparan dengan senyawa reaktif yang berada di
lingkungan sebagai hasil aktivitas industry
 Terdapat dua jenis senyawa utama tersebut:
 Senyawa deaminating agent; contoh HNO2 atau senyawa lain yang dapat mengalami
metabolisme menjadi HNO2 atau nitrit
 HNO2 terbentuk dari precursor organic seperti nitrosamine dan garam nitrit serta garam nitrat juga
bisulfit yang biasanya digunakan sebagai bahan pengawet makanan
 Senyawa pengalkil (alkylating agent)
 Contoh:
 Dimetilsulfat
 Dapat memetilasi guanin dan menghasilkan O 6-metilguanin yang tidak dapat berpasangan
dengan sitosin
 S-adenosil methionin

BinarDhiani@2020 26
ASPEK KIMIA
ASAM NUKLEAT- MUTASI
 Perubahan mutagenic DNA juga dapat terjadi akibat kerusakan oksidatif
 Reactive Oxygen Species (ROS) seperti hydrogen peroksida, radikal hidroksil dan
radikal superoksida dapat mengakibatkan kerusaka oksidatif DNA dalam jumlah
besar dan meliputi banyak jenis reaksi dari oksidasi deoksiribosa dan basa hingga
pemecahan untai DNA

BinarDhiani@2020 27
28
FUNGSI LAIN
NUKLEOTIDA

BinarDhiani@2020
FUNGSI LAIN NUKLEOTIDA
 Selain sebagai penyusun asam nukleat, nukelotida juga memilki fungsi penting lain
seperti:
 Membawa energi kimia sel
 Hidrolisis dari nukelosida trifosfat menghasilkan energi kimia to menjalankan reaksi seluler.
 Energi yang dihasilkan tergantung dari struktur gugus trifosfatnya
 Penyusun dari kofaktor enzim
 Adenosin banyak menjadi komponen penyusun kofaktor enzim contohnya koenzim A
 Merupakan senyawa pengatur
 Adenosim 3’-5’-monofosfat siklik (siklik AMP atau cAMP) merupakan second messenger untuk
proses pembentukan ATP.
 Berfungsi sebagai signal pada jalur pensinyalan
 ATP dan ADP merupakan neurootransmitter

BinarDhiani@2020 29
BinarDhiani@2020 30
BinarDhiani@2020 31
BinarDhiani@2020 32
 END

BinarDhiani@2020 33