BIOKIMIA

GENAP 2019/2020

Binar Asrining Dhiani, Ph.D., Apt. 1

BinarDhiani@2020
2
ENZIM II
1. Pendahuluan (penggolongan dan nomenklatur enzim)
2. Fungsi dan Cara Kerja Enzim
3. Kinetika Enzim (Persamaan Michaelis-Menten)
4. Faktor-faktor yang Mempengaruhi Kerja Enzim
5. Aksi Inhibitor dalam Menghambat Kerja Enzim
6. Hubungan Vitamin-Koenzim
Nelson, et al, 2017, Lehninger: Principle of Biochemistry, 7th ed, Macmillan Publisher, USA

BinarDhiani@2020
REVIEW
 Apa itu Kd?
 Dissociation constant (Konstanta disosiasi)

 Berdasarkan reaksi berikut

dan

 Dimana k2 adalah rate-limiting (k2<<k-1) sehingga Km berkurang menjadi k-1/k1, maka

ini disebut Kd dari kompleks ES

BinarDhiani@2020 3
REVIEW
 Apa itu kcat?
 Catalytic constant (Konstanta katalitis)
 Menggambarkan limiting rate dari suatu reaksi yang dikatalisis oleh enzim pada saat kondisi
jenuh
 Bila reaksi tersebut merupakan reaksi yang bertahap-tahap, dan salah satu tahap merupakan rate-
limiting step, maka kcat setara dengan konstanta dari limiting step tersebut.
 Berdasarkan reaksi berikut:

 Dimana pelepasan produk merupakan rate limiting maka kcat = k3

 Pada persamaan Michaelis-Menten, kcat = Vm/[Et], sehingga persamaannya menjadi:

 kcat disebut juga turn-over number, yaitu jumlah senyawa substrat yang berubah menjadi
produk dalam satuan waktu tertentu, pada sebuah enzim ketika enzim berada pada kondisi
jenuh (saturated) dengan substrat.
BinarDhiani@2020 4
 Fungsi kcat dan Km:
 mempelajari dan membandingkan beberapa enzim, apakah mekanisme reaksinya
simple atau kompleks
 Mengevaluasi efisiensi kinetika suatu enzim
 Dilakukan dengan menghitung rasio kcat/Km dari suatu reaksi (rasio tersebut disebut
juga specificity constant (konstanta spesifisitas)
 Ada batas atas dari kcat/Km yang ditunjukan dari kecepatan dimana E dan S dapat berdifusi
Bersama pada larutan air (108-109 M-1s-1) dan enzim memiliki rasio kcat/Km dekat dengan nilai
ini.

BinarDhiani@2020 5
 FAKTOR-FAKTOR YANG
6 MEMPENGARUHI KERJA
ENZIM

BinarDhiani@2020
1.KONSENTRASI ENZIM
 Kecepatan suatu reaksi yang menggunakan enzim tergantung pada konsentrasi
enzim tersebut
 Pada konsentrasi substrat tertentu, kecepatan reaksi meningkat dengan
bertambahnya konsentrasi enzim

 Berdasarkn reaksi tersebut, dengan konsentrasi substrat yang tetap dan semakin besar
konsentrasi enzim, maka reaksi akan terdorong untuk berjalan ke arah pembentukan ES. Ini
artinya kecepatan reaksi k1 semakin meningkat

BinarDhiani@2020 7
2. KONSENTRASI SUBSTRAT
 Pada konsentrasi enzim yang tetap, meningkatnya konsentrasi
substrat akan menaikkan kecepatan reaksi. Namun, pada
batas konsentrarasi tertentu kecepatan reaksi tidak akan
bertambah meskipun konsentrasi substrat diperbesar.
 Hal tersebut dapat terlihat pada grafik di sebelah.

 Menurut persamaan Michaelis-Menten berikut

Bila [S] rendah (Km>>[S]) maka [S] sebagai penyebut tidak

signifikan, sehingga persamaan menjadi

Bila [S] tinggi ([S] >>Km) maka Km sebagai penyebut tidak

signifikan, sehingga persamaan menjadi

BinarDhiani@2020 8
 3. SUHU
 Pada suhu rendah, reaksi berjalan lambat, pada suhu tinggi reaksi berjalan cepat

 Mengingat enzim adalah suatu protein maka kenaikan suhu akan membuat protein
terdenaturasi.
 Apabila denaturasi terjadi maka bagian aktif dari enzim akan berubah dan tidak akan
dapat menerima substrat untuk mengkatalisis reaksi, sehingga reaksi akan berjalan
lambat
 Sebelum terjadi denaturasi kenaikan suhu akan memepercepat kecepatan reasi

 Koefisien suhu diartikan sebagai kenaikan kecepatan reaksi sebagai akibat kenaikan
suhu sebesar 10o C (simbol Q10)
 Reaksi yang menggunakan enzim, Q10 berkisar antara 1,1 -3,0. artinya setiap
kenaikan suhu 10oC kecepatan reaksi akan meningkat 1,1 hingga 3,0 kali.
 Setelah terjadi denaturasi, kecepatan reakai akan melambat.

 Dengan adanya dua efek yang berlawanan ini , maka akan terjadi suhu optimum
dimana suhu tersebut adalah suhu yang paling tepat bagi suatu reaksi menggunakan
enzim tertentu.

BinarDhiani@2020 9
4. pH
 Enzim memiliki pH optimal (atau kisaran pH)
dimana aktivitasnya maksimal.
 Pada pH lebih rendah atau lebih tinggi dari pH
optimal tersebut, aktivitas enzim akan
berkurang
 Rantai samping pada asam amino pada bagian
aktif enzim dapat beraksi sebagai asam atau
basa lemah dalam keadaan ionisasi tertentu.
 Perubahan pH akan merubah keadaaan
ionisasi dari asam amino tersebut sehingga
akan mengubah konformasi aktif dari enzim 
enzim tidak aktif
BinarDhiani@2020
• pH optimal yang menentukan aktivitas
suatu enzim biasanya mendekati pH
lingkungan dimana enzim tersebut
ditemukan.
• Pepsin, biasa ditemukan di
lambung, pH optimalnya 1,6 (pH
cairan asam lambung antara 1-2)
• Glucose 6-phosphatase di sel hati
pH optimalnya 7,8 (pH sitosol sel
hati sekitar 7,2) 10
5. INHIBITOR
 Inhibitor enzim adalah
 Senyawa yang dapat mengganggu katalisis, memperlambat dan memberhentikan reaksi
enzimatis.
 Inhibitor enzim merupakan senyawa farmasetik yang paling penting karena inhibitor
enzim dapat menghambat katalisis reaksi oleh enzim yang mengatur semua aktivitas
sel.
 Contoh: aspirin (asetilsalisilat)
 Menghambat enzim yang mengkatalisis tahap pertama sintesis prostaglandin, senyawa yang
terlibat dalam banyak proses termasuk proses menghasilkan nyeri.

Untuk mengetahui lebih detail bagaimana inhibitor dapat menghambat kerja enzim, kita perhatikan bagian berikutnya

BinarDhiani@2020 11
AKSI INHIBITOR
DALAM MENGHAMBAT
ENZIM

BinarDhiani@2020 12
MACAM-MACAM INHIBITOR ENZIM

Inhibitor Enzim
Competitive
inhibitor
Uncompetitive
reversibel inhibitor

irreversibel Mixed inhibitor

BinarDhiani@2020 13
REVERSIBLE
1.COMPETITIVE INHIBITION
 Suatu inhibitor kompetitif akan bersaing dengan
substrat untuk menduduki bagian aktif enzim.
 Ketika inhibitor menduduki bagian aktif, maka
substrat akan terhalang untuk berikatan dengan
enzim
 Inhibitor yang terikat tidak akan menginaktivasi
enzim.
 Ketika inhibitor terlepas, maka substrat akan terikat
dan bereaksi

BinarDhiani@2020 14
PERSAMAAN MICHAELIS-MENTEN
AKIBAT ADANYA COMPETITIVE INHIBITOR
 Dengan kehadiran inhibitor kompetitif, persamaan
Michaelis-Menten menjadi

dimana

 Variabel αKm adalah nilai Km yang teramati Ketika

ada inhibitor (sering disebut ‘apparent’ Km)
 Saat [S] sangat melebihi [I], kemungkinan kecil
inhibitor akan terikat pada enzim. Namun, dengan
adanya inhibitor, konsentrasi substrat yang lebih
tinggi diperlukan untuk mencapai Vmax

BinarDhiani@2020 15
2.UNCOMPETITIVE INHIBITION
 Sering ditemui dalam bentuk enzim yang memiliki
dua atau lebih substrat
 Inhibitor non-kompetitif akan terikat pada bagian
tertentu yang berbeda dari bagian aktif substrat
enzim
 Inhibitor non-kompetitif terikat pada ES kompleks

BinarDhiani@2020 16
 PERSAMAAN MICHAELIS-MENTEN
AKIBAT ADANYA UNCOMPETITIVE INHIBITOR
 Dengan adanya uncompetitive inhibitor, maka persamaan Michaelis-Menten
berubah menjadi

dimana

 Pada konsentrasi substrat yang tinggi, V0 mendekati Vmax/α’, sehingga uncompetitive

inhibitor menurunkan Vmax.
 ‘Apparent Km’ juga menurun, karena [S] yang dibutuhkan untuk mencapai ½ Vmax
menurun akibat faktor α’
 Karena enzim menjadi inactive ketika uncompetitive inihbitor terikat, namun
inhibitor tidak berkompetisi dengan substrat untuk membentuk ikatan, maka
inhibitor menghilangkan sebagian senyawa enzim dari reaksi.
 Mengingat
 Vmax tergantung pada [E] maka Vmax akan menurun
 Inhibitor hanya terikat pada komples ES, maka ES dihilangkan dari reaksi

 Sehingga [S] dibutuhkan untuk mencapai ½ Vmax, dan Km menurun pada

jumlah yang sama
BinarDhiani@2020 17
 3. MIXED INHIBITION
 Inhibitor campuran juga terikat pada bagian yang berbeda dengan
bagian aktif substrat, namun inhibitor ini terikat pada E atau
kompleks ES
 Persamaan Michaelis-Menten akibat adanya mixed inhibition
berubah menjadi

 Dimana

 Inhibitor campuran akan mempengaruhi Km dan Vmax

 Vmax terpengaruh karena inhibitor membuat bagian enzim menjadi
inactive, yang menurunkan [E] yang efektif dimana Vmax tergantung
padanya
 Km mungkin menurun atau menaik, tergantung pada bentuk enzim yang
mana, E atau ES, inhibitor berikatan lebih kuat

BinarDhiani@2020 18
IRREVERSIBLE INHIBITION
 Irreversible inhibitor berikatan secara kovalen dengan, atau menghancurkan, gugus fungsi
dari suatu enzim yang penting bagi aktivitas enzim.
 Irreversible inhibitor juga dapat membentuk ikatan non-kovalen yang stabil.
 Kelompok senyawa irreversible inhibitor adalah suicide inactivators. Kelompok senyawa ini
akan menjalani beberapa tahap awal kimiawi pada reaksi enzim normal, namun reaksi ini
tidak menghasilkan produknyayang normal, tapi berubah menjadi senyawa reaktif yang
dapat berikatan dengan enzim secara irreversible.
 Senyawa-senyawa ini disebut juga mechanism-based inactivators (inactivator berdasar
mekanisme), karena senyawa-senyawa ini membajak mekanisme reaksi enzim yang
normal untuk menginaktivasi enzim
 Irreversible inhibitor merupakan pendekatan modern untuk mendapatkan obat baru dimana
senyawa baru disintesis berdasarkan pengetahuan mengenai substrat dan mekanisme
reaksinya.
BinarDhiani@2020 19
CONTOH
IRREVERSIBLE INHIBITOR
 DIFP pada enzim chymotrypsin

BinarDhiani@2020 20
ALLOSTERIC
INHIBITOR
 Merupakan inhibitor yang dapat
memodulasi enzim menjadi lebih aktif atau
kurang aktif akibat perubahan konformasi
dari enzim.
 Biasanya modulator tersebut adalah
substratnya. Bila modulatornya bukan
substratnya maka enzimnya disebut enzim
heterotropik.
 Dapat dibedakan dengan uncompetitive
dan mixed inhibitor, karena perubahan
konformasi enzim yang terjadi setelah Ket.
berikatan dengan modulator ini. C = catalytic subunit, bagian dimana substrat
(S) terikat
R = regulatory subunit, bagian dimana
modulator (M) terikat
BinarDhiani@2020 21
22
HUBUNGAN
KOENZIM-VITAMIN

BinarDhiani@2020
APA ITU ENZIM?-
ISTILAH
 Koenzim atau ion logam yang terikat
kuat ( membentuk ikatan kovalen)
disebut GUGUS PROSTETIK
 Enzim yang aktif katalitik yang terikat
dengan koenzim dan/atau ion logamnya
disebut HOLOENZIM
 Bagian protein dari suatu holoenzim,
disebut APOENZIM atau APOPROTEIN

BinarDhiani@2020 23
BinarDhiani@2020 24
VITAMIN-KOENZIM
 Vitamin: golongan senyawa kimia yang terdapat dalam jumlah kecil makanan tapi
mempunyai arti penting, karena kekurangan viatmain akan menyebabkan penyakit
 Beberapa koenzim mempunyai struktur yang mirip dengan vitamin tertentu
 Pada koenzim tertentu, molekul vitamin menjadi bagian dari molekul tersebut
 Contoh: Niasin
 Nama vitamin yang berupa molekul nikotinamida atau asam nikotinat
 Molekul nikotinamida terdapat sebagai bagian dari molekul NAD+ dan NADP+
 Koenzim NAD+ dan NADP+ dikenal sebagai koenzim bagi enzim dehydrogenase yang
merupakan katalisis pada reaksi oksidasi-reduksi

BinarDhiani@2020 25
 Molekul NAD+ atau NADP+ adalah bentuk
teroksidasi nikotinamida adenin
dinukelotida, sedangkan bentuk
tereduksinya ialah NADH atau NADPH
 Reaksi oksidasi-reduksi oleh koenzim
NAD+ dan NADP+ umumnya merupakan
reaksi reversible
 Contoh reaksi:
 Oksidasi gliseraldehida-3-fosfat dengan
enzim gliseraldehida 3-fosfat dehidrogenase

BinarDhiani@2020 26
 END

BinarDhiani@2020 27