MAKALAH KIMIA ORGANIK 2

RIBONUCLEIC ACID (RNA)

OLEH :

KELOMPOK

: TIGA

ANGGOTA

: 1.
2.
3.
4. LUSI FEBRIANTI
5. MUTIA ANNISA
6.
7.

PRODI

: PENDIDIKAN KIMIA

JURUSAN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI PADANG
2014

BAB 1
PENDAHULUAN
A. LATAR BELAKANG
Asam nukleat yang menyusun, menyimpan, dan menghantarkan informasi
herediter

terbagi

menjadi

dua

jenis,

yaitu

DNA

(asam

deoksiribonukleat/deoxyribonucleic acid) dan RNA (asam ribonukleat/ribonucleic acid).

RNA merupakan polimer yang mempunyai massa molekul lebih kecil yaitu dari 20 ribu
sampai 40 ribu. Bagian yang relevan dari gen, disalin menjadi suatu RNA duta
(messenger RNA, mRNA). Urutan mRNA yang berbentuk sejodoh dengan rantai DNA
yang mengandung sandi gen atau kode genetik yang sesuai, yang nantinya akan
diterjemahkan menjadi urutan asam amino. Senyawa RNA merupakan bahan genetik
yang memainkan peran utama dalam ekspresi genetik, untuk itu, pengetahuan yang lebih
dalam tentang RNA, sangat diperlukan dalam mata kuliah kimia organic 2 ini.
B. TUJUAN
Tujuan dari pembuatan makalah ini adalah:
1. Mengetahui komponen pembentuk dari RNA
2. Mengetahui tata nama dari RNA
3. Mengetahui struktur primer dari RNA
4. Mengetahui perbedaan dari DNA dan RNA
5. Mengetahui proses sintesis dari RNA
6. Mengetahui proses transkripsi dan translokasi dari RNA
BAB II
PEMBAHASAN
A. KOMPONEN PEMBENTUK RNA

RNA mengandung gula pentosa, basa nitrogen, dan asam fosfat. Gula pentosanya
berupa ribosa. Basa nitrogen purinnya terdiri atas adenin (A) dan guainin (G), sedangkan
pirimidinnya terdiri atas sitosin (C) dan urasil (U). Dapat disingkat sebagai berikut, basa
nitrogen (senyawa heterosiklik yang mengandung nitrogen) yang terdapat pada RNA ada
empat macam yaitu:

Adenin (6-Aminopurin) atau A

Guanin (6-oksi-2-aminopurin) atau G

Sitosin (2-oksi-6-aminopurin) atau C

Urasil (2,6-dioksipirimidin) atau U

Gambar 1. Gula ribosa molekul RNA.

Gambar 2. Struktur pyrimidine dan purine

Gambar 3. Sitosin, timin, urasil, adenine dan guanin

Basa nitrogen pada RNA sama dengan DNA, kecuali basa timin pada DNA
diganti dengan urasil pada RNA. Jadi tetap ada empat pilihan: adenin, guanin, sitosin,
atau urasil untuk suatu nukleotida. Selain itu, bentuk konformasi RNA tidak berupa pilin
ganda sebagaimana DNA, tetapi bervariasi sesuai dengan tipe dan fungsinya. Pada
nukleosida dan nukleotida, rantai pentosa terdapat dalam bentuk furanosa. Gula dan basa
dihubungkan melalui suatu ikatan N-glikosidik antara C-1 gula dan N-9 cincin purin atau
N-1 pirimidin. Ikatan ini selalu mempunyai konfigurasi. Jika basa organik berkaitan

dengan pentosa, terbentuklah suatu nukleosida, dan jika nukleosida berkaitan dengan
dengan asam fosfat, terbentuklah suatu nukleotida.

Gambar 4. Jenis monomer nukleotida pada RNA

B. TATA NAMA RNA

1. Ribosa (b-D-furanosa) adalah gula pentosa (jumlah karbon 5).
2. Perhatikan penomoran. Dalam penulisan diberi tanda prime(') untuk membedakan
penomoran pada basa nitrogen

Gambar 5. Gula pada RNA

3. Ikatan gula ribosa dengan basa nitrogen (pada atom karbon nomor 1).
4. Ikatan gula ribosa dengan gugus fosfat (pada atom karbon nomor 5).
5. Gugus hidroksil pada atom karbon nomor 2

Gambar 6. Ikatan gugus pospat dan basa nitrogen pada pentose

6. Basa nitrogen berikatan dengan ikatan-b pada atom karbon nomor1' dari gula ribose
7. Pirimidin berikatan ke gula ribosa pada atom N-1 dari struktur cincinnya.
8. Purin berikatan ke gula ribosa pada atom N-9 dari struktur cincinnya.
NUKLEOSIDA:
Senyawa antara purin dan primidin dengan ribosa dan deoksiribosa. Beberapa
nama nukleosida :

NUKLEOTIDA
Ester nukleosida dengan asam fosfat. Singkatan nama beberapa nukleotida :

C. STRUKTUR PRIMER RNA

Struktur dasar RNA mirip dengan DNA. RNA merupakan polimer yang tersusun
dari sejumlah nukleotida. Setiap nukleotida memiliki satu gugus fosfat, satu gugus
pentosa, dan satu gugus basa nitrogen (basa N). Polimer ini tersusun dari ikatan

berselang-seling antara gugus fosfat dari satu nukleotida dengan gugus pentosa dari
nukleotida yang lain. Tidak seperti DNA, RNA hanya terdiri dari satu pita tunggal.
Ciri-ciri Asam Ribonukleat :

Terdiri dari rantai tunggal poliribonukleotida.

Hampir seluruhnya terdapat di sitoplasma, juga terdapat pada virus.
Rantai tunggal
Ada 3 macam :
o tRNA (transfer-RNA)
o mRNA (messenger-RNA)
o rRNA (ribosomal-RNA)

D. JENIS JENIS RNA DAN FUNGSINYA

Pada dasarnya, terdapat dua kelompok utama RNA yang menyusun makhluk
hidup, yaitu RNA genetik dan RNA non genetik.
a. RNA genetik
RNA genetik memiliki fungsi yang sama dengan DNA, yakni merupakan molekul
genetik yang secara keseluruhan bertanggung jawab dalam membawa segala materi
genetis, seperti yang dimiliki DNA, seperti pada beberapa jenis virus. Selain sebagai
materi genetic, RNA pulalah yang mengatur aktivitas sel.
b. RNA nongenetik
RNA nongenetik merupakan RNA yang tidak berperan sebagai DNA. RNA
nongenetik dimilik oleh makhluk hidup yang materi genetiknya diatur oleh DNA. Pada
makhluk hidup kelompok ini, di dalam di dalam selnya terdapat DNA dan RNA.

Berdasarkan letak dan fungsinya, RNA nongenetik dibedakan menjadi tiga

macam, yakni RNA duta, RNA ribosom, dan RNA transfer.
1. RNA duta atau messenger RNA (mRNA) merupakan asam nukleat yang
berbentuk pita tunggal dan merupakan RNA terbesar atau terpanjang yang
bertindak sebagai pola cetakan pembentuk polipeptida. Fungsi utama mRNA
adalah membawa kode-kode genetik dari DNA ke ribosom. mRNA juga
berfungsi sebagai cetakan dalam sintesis protein.

2. RNA transfer (tRNA) merupakan RNA terpendek yang bertindak sebagai

penerjemah kodon dari mRNA. Selain itu, tRNA berfungsi mengikat asamasam amino yang akan disusun menjadi protein dan mengangkutnya ke
ribosom. Pada tRNA terdapat bagian yang berhubungan dengan kodon yang
dibuat antikodon dan bagian yang berfungsi sebagai pengikat asam amino.

3. RNA ribosom (rRNA) merupakan RNA dengan jumlah terbanyak dan

penyusun ribosom. RNA ini berupa pita tunggal, tidak bercabang, dan
fleksibel. Lebih dari 80% RNA merupakan rRNA. Fungsi rRNA sampai
sekarang masih belum banyak diketahui, tetapi diduga memiliki peranan
penting dalam proses sintesis protein.
RNA ini disebut ribosomal RNA karena terdapat di ribosom meskipun dibuat
di dalam nukleus. rRNA bersama protein membentuk ribosom, benda-benda
berbentuk butir-butir halus di dalam sitoplasma. Ribosom bertindak sebagai
Mesin perakit dalam sintesis protein yang bergerak ke satu arah sepanjang
mRNA. Di dalam ribosom, molekul rRNA ini mencapai 30-46%.

E. PERBEDAAN DNA DAN RNA

Berikut adalah perbedaan dasar dari RNA dan DNA
PERBEDAAN
letak

Basa pirimidin
pentosa
Hydrolyzing enzyme
peranan
bentuk

DNA
Sebagian besar di nucleus,

RNA
Dalam sitoplasma, nucleolus

sedikit di mitokondria dan

dan kromosom

kloroplas.
Cytosine
thymine
deoksiribosa
Deoksiribonuclease (DNase)
Informasi genetik
Rantai panjang, ganda, dan

Cytosine
urasil
ribosa
Ribonuclease (RNase)
Sintesis protein
Rantai pendek, tunggal dan

berpilin (double helix)

tidak berpilin

F. SINTESIS RNA
Enzim yang diperlukan dalam transkripsi DNA menjadi RNA adalah RNA
polymerase.

Reaksi

enzimatik

tersebut

menghasilkan

polimerase

RNA

dan

ribonukleotida. Sekuen nukleotida pada DNA merupakan templat atau cetakan untuk
membuat sekuen nukleotida pada RNA. RNA polimerase ada yang tidak membutuhkan

templat atau cetakan seperti poli (A) polimerase yang penting dalam ekspresi gen.
Penambahan nukleotida pada saat sintesis RNA mengikuti aturan pasangan basa: A
berpasangan dengan U; G berpasangan dengan C. Setiap penambahan satu nukleotida, dan -fosfat dihilangkan dari nukleotida yang baru datang, dan gugus hidroksil
dihilangkan dari ujung 3-karbon pada nukleotida, sama seperti polimerisasi DNA.
RNA polimerase merupakan komponen pusat dari kompleks inisiasi transkripsi.
Setiap kali suatu gen di transkrip, suatu kompleks baru digabungkan segera pada daerah
upstream dari gen. Kompleks inisiasi disusun pada posisi yang sesuai dan tidak pada
sembarang tempat di genom karena lokasi target ditandai dengan sekuen nukleotida
khusus yang disebut promotor yang hanya terdapat di daerah upstream dari gen.
Promotor bakteria dapat langsung dikenali oleh enzim RNA polimerase, tetapi pada
eukariot dan archaea suatu protein intermediet yang mengikat ke DNA diperlukan dan
membentuk platform tempat RNA polimerase mengikat.
Tahapan selanjutnya yaitu pemrosesan prekursor RNA. Kebanyakan RNA,
terutama pada eukariot, awalnya disintesis sebagai prekursor atau pre-mRNA yang harus
diproses sebelum bisa menjalankan fungsinya. Berikut ini adalah garis besar pemrosesan
pre-RNA.
Modifikasi akhir terjadi selama sintesis mRNA eukariot dan archaea yang
umumnya dengan penambahan nukleotida pada ujung 5 yang disebut cap dan ekor poli A
pada ujung 3. Keduanya terlibat dalam penggabungan kompleks inisiasi translasi dari
mRNA ini.

Splicing adalah penghilangan intron dari prekursor RNA. Banyak gen-gen

pengkode protein pada eukariot mengandung intron dan intron ini dikopi saat gen di
transkrip. Intron dihilangkan dari pre-mRNA dengan reaksi pemotongan dan
penggabungan. Pre-mRNA yang tidak mengalami penghilangan intron membentuk fraksi
RNA nuklear yang disebut heterogenous nuclear RNA (hnRNA). Beberapa pre-rRNA dan
pre-tRNA eukariot juga mengandung intron, sama seperti transkrip pada archaea, tetapi
hal tersebut jarang terdapat pada bakteri.
Pemotongan merupakan peristiwa yang penting dalam pemrosesan rRNA dan
tRNA. Kebanyakan diantaranya awalnya disintesis dari unit transkripsi yang
mengkhususkan diri pada lebih dari satu molekul. Oleh karena itu, pre-rRNA dan pretRNA harus dipotong kecil-kecil untuk menghasilkan RNA yang matang. Tipe
pemrosesan ini terdapat baik pada prokariot maupun eukariot.
Modifikasi kimia dilakukan pada rRNA, tRNA, dan mRNA. rRNA dan tRNA
pada semua organisme dimodifikasi dengan penambahan gugus kimia baru yang
ditambahkan ke nukleotida tertentu dalam setiap RNA. Modifikasi kimia mRNA disebut
RNA-editing, seperti yang terlihat pada bermacam-macam eukariot.
Pemrosesan mRNA mempunyai pengaruh yang penting pada komposisi
transkriptom. RNA editing, sebagai contoh, dapat menghasilkan suatu pre-mRNA tunggal
yang diubah menjadi dua mRNA berbeda yang mengkode protein yang sangat berbeda.
Peristiwa itu nampaknya tidak umum, tetapi splicing alternatif, dimana satu pre-mRNA
menghasilkan dua atau lebih mRNA dengan cara penggabungan exon dengan kombinasi

yang berbeda sangat umum terjadi. Dengan mekanisme ini, jumlah gen yang sedikit bisa
menghasilkan protein yang lebih banyak.
G. PROSES TRANSKRIPSI DAN TRANSLASI
1. Transkripsi
Transkripsi adalah proses penyalinan kode-kode genetik yang ada pada urutan
DNA meniadi molekul RNA. Transkripsi adalah proses yang mengawali ekspresi sifatsifat genetik yang nantinya akan muncul sebagai fenotipe. Urutan nukleotida pada salah
satu untaian molekul RNA digunakan sebagai cetakan (template) untuk sintesis molekul
RNA yang komptementer.
Mekanisme Dasar Transkripsi adalah sebagai berikut :
Transkripsi (sintesis RNA) dilakukan melalui beberapa tahapan yaitu:
1. Faktor-faktor yang mentendalikan transkripsi menempel pada bagian promoter.
2. Penempelan faktor-faktor pengendali transkripsi menyebabkan terbentuknya
kompleks promoter yang terbuka (open promoter complex).
3. RNA pofimerase membaca cetakan (DNA template) dan mulai melakukan
pengikatan nukleotida yang komplementer dengan cetakannya.
4. Setelah terjadi proses pemanjangan untaian RNA hasil sintesis, selanjutnya diikuti
dengan proses pengakhiran (terminasi) transkripsi yang ditandai dengan pelepasan
RNA polimerase dari DNA yang ditranskripsi.
Karakter Kimiawi Transkripsi adalah sebagai berikut :

o Prekursor untuk sintesis RNA adalah empat macam ribonukleotida yaitu

5-trifosfat ATP GTP CTP dan UTP (pada RNA tidak ada thymine).
o Reaksi polimerisasi RNA pada prinsipnya sama dengan polimerisasi
DNA, yaitu dengan arah 5 3.
o Urutan nukleotida RNA hasil sintesis ditentukan oleh cetakannya yaitu
urutan DNA yang ditranskripsi. Nukleotida RNA yang digabungkan
adalah nukleotida yang komplementer dengan cetakannya. Sebagai
contoh, jika urutan DNA yang ditranskripsi adalah ATG, maka urutan
nukleotida RNA yang digabungkan adalah UAC.
o Molekul DNA yang ditranskripsi adalah molekul untai-ganda tetapi yang
berperanan sebagai cetakan hanya salah satu untaiannya.
o Hasil transkripsi berupa molekul RNA untai tunggal.
2. Translasi
Translasi adalah proses penerjemah urutan nucleotida yang ada pada molekul
mRNA menjadi rangkaian asam-asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau
protein. Hanya molekul mRNA yang ditranslasi, sedangkan rRNA dan tRNA
tidak ditranslasi. Molekul mRNA merupakan transkrip (salinan) urutan DNA yang
menyusun suatu gen dalam bentuk ORF (open reading frame, kerangka baca
terbuka).Molekul rRNA adalah salah satu molekul penyusun ribosom, yakni organel
tempat berlangsungnya sintesis protein, tRNA adalah pembawa asam-asam amino yang
akan disambungkan menjadi rantai polipeptida. Dalam proses translasi, rangkaian
nukleotida pada mRNA akan dibaca tiap tiga nukleotida sebagai satu kodon untuk satu
asam amino, dan pembacaan dimulai dari urutan kodon metionin (ATG pada DNA atau
AUG pada RNA).