MATERI DNA

DNA (Deoxyribonucleic acid) adalah mokromolekul yang sangat berperan dalam kehidupan
semua jenis organisme hidup .DNA memiliki molekul yang sangat kompleks yang sebagai
pembawa informasi genetik karakteristik suatu organisme.

Dalam pembentukan DNA, terdapat berbagai proses yaitu sintesis protein, replikasi DNA, dan
proses hibridisasi. Untuk membentuk suatu ikatan antara DNA dengan DNA maka
diperlukannya proses hibridisasi. Proses hibridisasi adalah pembentukan ikatan dupleks stabil
antara dua rangkaian nukleotida yang saling komplemer melalui perpasangan basa nitrogen DNA
memiliki urutan kode genetik yang dikenal sebagai gen, sehingga gen bisa dikatakan sebagai
bagian terkecil yang terdapat pada DNA.

DNA tersusun dari banyak molekul nukleotida sehingga sering disebut polimer. Setiap satu
nukleotida terdiri dari fosfat, gula deoksiribosa, dan basa nitrogen yang dibedakan menjadi
menjadi 4 yaitu thymine (T), chytosine (C), guanine (G), dan adenine (A). adenin selalu
berpasangan dengan thymine (AT), sedangkan chytosine selalu berpasangan dengan guanine
(CG) dan akan dipasangkan oleh ikatan hidrogen. DNA memiliki helix ganda dan berbentuk
berpilin atau memutar maka sering disebut double helix. Setiao nukleotida terdiri dari tiga gugus
molekul, yaitu; (1) gula 5 karbon (2 deoksiribosa), (2) basa nitrogen yang terdiri golongan purin
yaitu adenin (A) dan guanin (G), serta golongan pirimidin, yaitu golongan sitosin (C) dan timin
(T), dan (3) gugus fosfat. Basa pada molekul DNA membawa informasi genetik, sedangkan gula
dan gugus fosfat mempunyai peranan struktural. Gula dalam deoksiribonukleotida merupakan
deoksiribosa. Awalan deoksi menunjukkan bahwa gula ini kekurangan satu atom oksigen yang
ada pada ribosa, senyawa induknya. Basa nitrogen merupakan derivat purin dan pirimidin. Purin
dalam DNA adalah adenin (A) dan guanin (G), serta pirimidin adalah timin (T) dan sitosin (C).

Replikasi merupakan peristiwa sintesis DNA (autokatalisis) karena DNA mampu mensintesis
diri sendiri. Replikasi DNA dapat terjadi dengan adanya sintesis rantai nukleotida baru dari
rantai nukleotida lama melalui proses menggunakan komplementasi pasangan basa untuk
menghasilkan suatu molekul DNA baru yang sama dengan molekul DNA lama, proses yang
terjadi tersebut dipengaruhi oleh enzim helikase, enzim polimerase, dan ligase. Replikasi DNA
memiliki 3 model, yaitu:

1. Model Konsevatif yaitu double helix tetap tidak berubah dan dapat menjadi dua cetakan
untuk dua rantai DNA baru. Replikasi ini tetap menggunakan DNA lama dan membuat
DNA baru. Pada replikasi konservatif seluruh tangga berpilin DNA awal tetap
dipertahankan dan akan mengarah pembentukan tangga berpilin baru.
2. Model Semikonservatif yaitu kedua untaian molekul induk DNA memisah dan masing-
masing membentuk cetakan baru dengan prinsip komplementer pada masing-masing
rantai DNA lama dan menghasilkan dua rantaian baru yang masing-masing mengandung
satu rantai cettakkan molekul DNA lama dan satu rantai baru hasil sintesis
3. Model Dispersif yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama digunakan sebagai
cetakan untuk sintesis rantai DNA baru. Oleh karena itu, hasil akhirnya diperoleh rantai
DNA lama dan baru. Replikasi ini menghasilkan dua molekul DNA lama dan DNA baru
yang saling berselang-seling pada setiap untai
Dari ketiga model tersebut model yang sudah teruji oleh Mettew Meselson dan Franklin Stahl
pada tahun 1950-an mereka mendukung model Semikonservatif seperti yang sudah diprediksi
oleh penemu model double helix DNA yaitu James Watson dan Francis.

Mekanisme Replikasi DNA Semi-Konservatif

Tahapan mekanisme replikasi DNA semikonservatif secara garis besar adalah:

1. pemisahan (denaturation, denaturasi) untaian DNA induk,

2. peng-“awal”-an (initiation, inisiasi) sintesis DNA,

3. pemanjangan (elongation, elongasi) untaian DNA,

4. ligasi (ligation) fragmen-fragmen DNA, dan

 5. peng-“akhir”-an (termination, terminasi) sintesis DNA.

Ket :

1. lagging strand
2. leading strand
3. DNA polimerase
4. Enzim DNA ligase
5. Primer
6. Primase
7. Fragmen Okazaki
8. Molekul DNA polymerase
9. Enzim helikase
10. Protein pengikat untaian
tunggal
11. Topoisomerase

1. Heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi dua untai tunggal oleh enzim helikase (9) dengan
bantuan topoisomerase (11) yang mengurangi tegangan untai DNA.
2. Untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat untaian tunggal (10) untuk
mencegahnya membentuk heliks ganda kembali.
3. Primase (6) membentuk oligonukleotida RNA yang disebut primer (5)
4. Molekul DNA polimerase (3) & (8) melekat pada seuntai tunggal DNA dan bergerak
sepanjang untai tersebut memperpanjang primer, membentuk untaian tunggal DNA baru yang
disebut leading strand (2) dan lagging strand (1).
5. DNA polimerase yang membentuk lagging strand mensintesis segmen-segmen
polinukleotida diskontinu (disebut fragmen Okazaki (7)).
6. Enzim DNA ligase (4) kemudian menyambungkan potongan-potongan lagging strand.
Penjelasan tahapan replikasi DNA semikonservatif Secara Rinci

1. Inisiasi

DNA dalam sel-sel eukaryotik memiliki ARCs (autonomously replicating sequence) yang berperan
sebagai asal muasal replikasi dan mereka saling berlawanan dari asal bakterial (ORI). ARCs terdiri
atas 11 pasangan landasan rentetan tambah dua atau tiga rentetan nucleotida pendek tambahan
dengan 100 hingga 200 pasangan landasan sepanjang area DNA. Grup utama dari enam protein,
secara kolektif dikenal dikenal sebagai ORC (Origin Recognition Complex), mengikat asal muasal
replikasi, menandai replikasi DNA dengan tepat pada saat waktu yang sesuai melalui siklus sel.
Pengenalan situs awal replikasi, oleh suatu protein komponen polymerase DnaA yang dihasilkan oleh
gen dnaA.

2. Terbentuknya Garpu Replikasi.

Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah struktur yang terbentuk ketika DNA
bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat enzim helikase yang memutus ikatan-ikatan
hidrogen yang menyatukan kedua untaian DNA, membuat terbukanya untaian ganda tersebut
menjadi dua cabang yang masing-masing terdiri dari sebuah untaian tunggal DNA. Masing-masing
cabang tersebut menjadi “cetakan” untuk pembentukan dua untaian DNA baru berdasarkan urutan
nukleotida komplementernya. DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan
memperpanjang oligonukleotida (RNA) yang dibentuk oleh enzim primase dan disebut primer.

3. Pemanjangan Untaian DNA.

DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan menambahkan nukleotida dalam hal ini,
deoksiribonukleotida ke ujung 3′ hidroksil bebas nukleotida rantai DNA yang sedang tumbuh.
Dengan kata lain, rantai DNA baru (DNA “anak”) disintesis dari arah 5′→3′, sedangkan DNA
polimerase bergerak pada DNA “induk” dengan arah 3′→5′. Namun demikian, salah satu untaian
DNA induk pada garpu replikasi berorientasi 3′→5′, sementara untaian lainnya berorientasi 5′→3′,
dan helikase bergerak membuka untaian rangkap DNA dengan arah 5′→3′. Oleh karena itu, replikasi
harus berlangsung pada kedua arah berlawanan tersebut.

4. Pembentukan Leading strand.

Pada replikasi DNA, untaian pengawal (leading strand) ialah untaian DNA disintesis dengan arah
5′→3′ secara berkesinambungan. Pada untaian ini, DNA polimerase mampu membentuk DNA
menggunakan ujung 3′-OH bebas dari sebuah primer RNA dan sintesis DNA berlangsung secara
berkesinambungan, searah dengan arah pergerakan garpu replikasi.

5. Pembentukan Lagging strand.

Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak pada sisi yang berseberangan dengan leading strand
pada garpu replikasi. Untaian ini disintesis dalam segmen-segmen yang disebut fragmen
Okazaki. Panjang fragmen okazaki mencapai sekitar 2.000 nukleotides panjang dalam sel-sel
bakterial dan sekitar 200 panjang nukelotides dalam sel-sel eukaryotic. Pada untaian ini, primase
membentuk primer RNA. DNA polimerase dengan demikian dapat menggunakan gugus OH 3′ bebas
pada primer RNA tersebut untuk mensintesis DNA dengan arah 5′→3′. Fragmen primer RNA tersebut