2.

Replikasi DNA
 Replikasi DNA

 Sebelum terjadi pembelahan sel, DNA

melakukan replikasi terlebih dahulu
sehingga informasi genetik yang diterima
oleh sel anak akan sama dengan yang
terkandung di dalam sel induk. Dengan
demikian keteraturan dalam siklus sel
dapat dipertahankan
 Replikasi DNA atau duplikasi DNA
atau disebut juga sintesa DNA.

 Replikasi DNA artinya satu untai

(single strand) DNA mencetak satu
untai pasangannya.

 Replikasi DNA berlangsung pada saat

, fase S dari siklus sel.

 Sebelum replikasi DNA, dua rantai

heliks ganda harus diuraikan terlebih
dahulu
• Karakteristik Replikasi DNA

Membutuhkan:
 Template – Untai DNA yang akan direplikasi
 Primer - Free 3' OH
 Deoxyribonucleotides (dNTPs) – Keempatnya (A,T,G,C)
harus ada
 Polymerase – Enzim yang mengkatalisis polimerisasi
dNTPs mejadi DNA..
 Magnesium (Mg++) - Ion yang bertindak sebagai kofaktor
beberapa enzim, termasuk DNA polimerase
 Arahnya - 5' to 3'.
Contents
• Replikasi Semiconservative - satu untai
kromatid anak (daughter chromatid )
merupakan yang baru disintesa dan untai
yang lainnya diturunkan langsung dari
kromosom template.
• Bidirectional – Replikasi berlangsung dalam
kedua arah mulai dari central origins of
replication (ori).
• Discontinuous – Untai lambat disintesa
sebagai fragmen pendek (Okazaki
fragments)
Contents
Inisiasi dari Replikasi DNA

 Origins of Replication (ori) – Sequen dimana

replikasi DNA dimulai
 Diidentifikasi pada E. coli, SV40 virus and yeast.
 Sekuen ori pada ragi adalah:
 CTAAACATAAAATCT –//
 – AATTTCGTCAAAAATGCT –//
 – ATTTAAGTATTG –//
 – TGAAAAGCAAGCA
 Replicon – suatu wilayah dari kromosom
yang merupakan unit replikasi .

 Replikasi dimulai dari ori di tengah

replicon dan meluas ke kedua arah menuju
wilayah ujung2nya
Contents
 Dalam proses replikasi ini terlibat beberapa
protein/enzim yaitu:

A. DNA polimerase dan RNA primase untuk

mengkatalisis polimerisasi triposfat nukleotida
Persyaratan untuk DNA polimerase:
1. DNA harus dalam keadaan belitan terbuka
dan untai tunggal
2. Penambahan nukleotoda2 hanya pada
ujung rantai
3. Hanya berfungsi pada arah 5’ – 3’
Polimerase dan fungsinya:
1. DNA Pol I  membuang primer2, mengisi gap,
merupakan kelompok enzim umum yg berfungsi utk
menggabungkan deoksiribonukleotida

2. DNA Pol II  memperbaiki kerusakan DNA

3. DNA Pol III  berfungsi utk pembentuk

polimer yaitu digunakan utk mengisi celah
antara fragmen-fragmen Okazaki yg dibentuk
selama sintesa ”lagging strand’
 Ada 3 jenis DNA polimerase pada
eukariot yaitu:

1. DNA polimerase : enzim yg bertanggung

jawab untuk sintesa kebanyakan DNA, yg
peranannya sama dg DNA polimerase III pd
bakteri.
2. DNA polimerase : enzim yg terlibat dalam
perbaikan DNA
3. DNA polimerase : enzim yg berfungsi dlm
replikasi molekul DNA mitokondria
 Lokasi dan fungsi dari ke tiga DNA
polimerase pada eukariot

DNA polimerase

  

Lokasi Inti sel Inti sel Mitokondria

Fungsi Replikasi DNA Perbaikan DNA Replikasi DNA

Mitokondria
B. DNA helicase dan protein helix-destabilizing
untuk membuka belitan DNA double helix dan
menahannya agar tidak terbelit kembali
sehingga primase dapat bekerja 
membutuhkan hidolisis ATP
Helicase berikatan dengan ATP dan kemudian
melekat pd bagian untai DNA.
Ada 2 jenis helicase yg telah diketahui
fungsinya yaitu:
 Helicase II & III : melekat pd “lagging strand” dan
bergerak dari arah 5’3’
 Protein Rep. : melekat pd “leading strand” dan
bergerak dari arah 3’5’
C. DNA ligase dan suatu enzim yang mendegradasi
RNA primer untuk menyatukan fragmen-fragmen
rantai DNA yang disintesa dengan suatu ikatan
phosphoiester
D. DNA topoisomerase I (Gyrase) yang
membantu untuk mengurangi masalah belitan
helix yang telah dibuka oleh helikase
E. Protein pemula yang membantu menurunkan
percabangan replikasi yang baru.
F. PCNA (proliferating cellular nuclear antigent) 
faktor yang dibutuhkan agar Polimerase dapat
bekerja. Tanpa PCNA Polimerase hanya akan
mereplikasi oligonukleotida yang pendek.
Dengan PCNA dpt dihasilkan 1000 bp
Beberapa DNA polymerase mempunyai
aktifitas exonuclease 3' to 5'
Contents
 PERTUMBUHAN RANTAI
 Pertumbuhan rantai atau sintesa DNA terjadi
dari arah ujung 5 ke ujung 3 (5’3’) dan dari
arah ujung 3 ke ujung 5 (3’5’) dari utas DNA
 Pertumbuhan rantai yg berlawanan tersebut
menandakan bahwa dua untai anak disintesa
pada masing2 garpu replikasi dan berjalan ke
arah yg berlawanan.
 Oleh karena itu arah pertumbuhan rantai
harus dari arah 5’3’ untuk satu untai anak
dan dari 3’5’ untuk untai anak yg lainnya.
 Sintesis untai anak pd arah 5’3’ dan 3’5’
memiliki perbedaan laju pertumbuhan:
 arah 5’3’ merupakan untai cepat (leading strand)
 arah 3’5’ merupakan untai lambat (lagging strand)
yg disebut juga dengan fragmen Okazaki.
 Pd arah 5’3’, nukleotida baru langsung
ditambahkan ke polinukleotida sehingga proses
pertumbuhan rantai berlangsung cepat.
 Pada arah 3’ 5’, nukleotida baru tdk langsung
ditambahkan ke polinukleotida sehingga proses
pertumbuhan rantai akan berlangsung lebih
lama.
• Discontinuous Replication of the Lagging
Strand (3’- 5’)
 Menggunakan fragment Okazaki
 1000 – 2000 bp
 Merupakan potongan2 pendek dari
RNA
 Fragment Okazaki dihasilkan pada
Replikasi diskontinu
16.14 Priming DNA synthesis

Contents
16.15 The main proteins of DNA replication and their functions

Contents
16.16 A summary of DNA replication

Contents
• Penyelesaian replikasi (Telomeres)
• Jika perangkat replikasi mencapai telomer untuk
menghasilkan fragmen Okazaki yang terakhir maka harus
disintesa RNA primer pada bagian ujung dari lagging
strand
• RNA ini akan dibuang oleh RNAase, menyebabkan ujung
kromosom untai tunggal mnggantung
• Tidak ada jalan bagi DNA polimerase untuk mengisi
bagian yang menggantung ini karena primer 3’tidak ada.
• Jika tidak ada mekanisme untuk mengisi gap terminal,
maka telomer akan berkurang setiap siklus sel dan fungsi
gen akan hilang
16.18 The end-replication problem
16.19 Telomeres and telomerase
 Telomerase - suatu bentuk khusus dari reverse
transcriptase yang tidak hanya mengisi bagian
ujung yang menggantung tetapi juga
meningkatkan panjang telomer
 AktifitasTelomerase menurun sejalan dengan
usia. Akibatnya telomer akan bertambah pendek
 Peningkatan aktifitas telomer dapat diamati pada
tumor dan pada kultur sel jaringan hidup
 Kelebihan Ekspresi telomerase pada sel akan
meningkatkan rentang hidupnya
 Pengamatan ini menegaskan bahwa telomerase
mempunyai peran pada penuaan dan kanker
 Terapi gen dengan telomerase dapat
membalikkan atau paling tidak memperlambat
penuaan .
3. DNA REPARASI
16.17 Excision repair
of DNA damage
4. REKOMBINASI
GENETIK
 Coat-color Eye-color
genes genes

• How crossing over Tetrad

(homologous pair of
chromosomes in synapsis)

leads to genetic 1 Breakage of homologous chromatids

recombination
2 Joining of homologous chromatids

Chiasma

Separation of homologous
3
chromosomes at anaphase I

Separation of chromatids at
4
anaphase II and completion of meiosis

Parental type of chromosome

Recombinant chromosome

Recombinant chromosome
Parental type of chromosome
Figure 8.18B Gametes of four genetic types