DNA &

Materi
Genetik
Kelompok 6

XI PMIA 2

Carlos, Deon, Justin

Replikasi
Materi Genetik adalah Informasi yang dimiliki setiap sel makhluk hidup yang
dapat diwariskan kepada keturunannya.

Percobaan Frederick Griffith

Percobaan Frederick Griffith adalah salah satu bukti DNA

dapat mentransformasi bakteri.
Griffith bekerja dengan dua strain bakteri, yaitu satu patogen dan
satu yang tidak berbahaya. Hasil dari percobaan adalah
campuran sisa panas dari strain patogen dengan strain yang
tidak berbahaya mengubah beberapa sel hidup menjadi patogen.
Peristiwa tersebut sekarang didefinisikan sebagai perubahan
genotipe dan fenotipe oleh asimilasi DNA yang asing.
Struktur DNA

Ikatan hidrogen antar DNA jika

Panjang dan lebar
basa nitrogen kedua divisualisasikan dalam
DNA
heliks wujud "asli"
DNA vs RNA
Hipotesis Model Replikasi DNA
Ada beberapa hipotesis mengenai bagaimana DNA bereplikasi
1. Teori Konservatif

2. Teori Semikonservatif

3. Teori Dispersif

Replikasi DNA
Prokariot vs Eukariot

Pada prokariot, replikasi dilakukan di satu titik, sedangkan eukariot

berada di banyak tempat sepanjang molekul DNA.
Berdasarkan letak, pada prokariot terjadi di dalam sitoplasma,
sedangkan pada eukariot terjadi di inti sel atau nukleus.
Fungsi Enzim pada Replikasi DNA
Enzim DNA Polimerase: Berfungsi untuk menambahkan
nukleotida pada ujung 3', namun tidak dapat memulai sintesis
polinukleotida.
RNA Primer Pendek: Berfungsi untuk menginisiasi untai
nukleotida.
Enzim Primase: Berfungsi untuk memulai rantai RNA dari awal
dan menambahkan nukleotida dengan menggunakan DNA induk
sebagai template.
Enzim Helikase: Berfungsi untuk membuka uliran dan
memisahkan untai-untai DNA induk.
Enzim Topoisomerase: Berfungsi untuk mematahkan,
memuntir, dan menggabungkan kembali DNA induk di depan
garpu replikasi. Hal ini bertujuan untuk mengurangi ketegangan
yang diakibatkan oleh pembukaan uliran oleh enzim Helikase.

Tahapan Replikasi DNA

Replikasi DNA sendiri tidak jauh dengan istilah leading strand dan lagging
strand.

Leading strand adalah untaian baru yang arahnya adalah dari ujung 5 ke 3
(atau menuju replication fork). Untaian ini dibuat secara terus menerus
dikarenakan DNA polimerase yang bergerak ke arah yang sama dengan
replication fork.

Lagging strand juga merupakan untaian DNA yang baru, namun arahnya
berlawanan, yaitu dari ujung 3 hingga ujung 5. Untaian ini berbeda dengan
leading strand, yaitu terdiri dari beberapa fragmen, yang disebabkan oleh
replication fork yang terus maju namun DNA polimerase yang harus terlepas
dan menempel kembali pada DNA yang baru saja dibuat. Fragmen-fragmen
tersebut dikenal sebagai fragmen Okazaki.
Pengecekan dan Perbaikan DNA
Pengecekan dan Perbaikan DNA dapat dicontohkan dengan perbaikan
dalam masalah Dimer Timin.

Kerusakan pada gambar adalah

Dimer Timin menekuk molekul
DNA. Hal ini disebabkan oleh
radiasi ultraviolet.

Kemudian, enzim nuklease

memotong untai DNA yang rusak
di 2 titik dan bagian yang rusak
dibuang.

Setelah itu, DNA Polimerase

menyintesis perbaikan dan
mengisi nukleotida-nukleotida
yang hilang.

Akhirnya, DNA Ligase menyegel

ujung bebas DNA baru ke DNA
lama, dan membuat untai
menjadi utuh.
Replikasi ujung-ujung molekul
DNA

Keterbatasan dari enzim DNA Polimerase menyebabkan masalah untuk DNA

linear kromosom eukariotik. Tidak ada cara untuk mesin replikasi biasa
untuk menyelesaikan ujung 5', akibatnya adalah dihasilkan putaran berulang
replikasi molekul DNA yang lebih pendek dengan ujung yang tidak rata.

Masalah ini tidak muncul di prokariot karena sebagian besar prokariot

memiliki kromosom sirkuler.

Di setiap molekul DNA kromosom eukariotik, terdapat sekuens nukleotida

khusus di ujungnya yang bernama telomer. Telomer sendiri menunda erosi
gen di dekat ujung molekul DNA, dan pemendekan telomer berhubungan
dengan penuaan.

Gen esensial dapat hilang jika kromosom sel germinal menjadi lebih pendek
di setiap siklus sel.

Enzim telomerase mengkatalisis pemanjangan telomer dalam sel germinal.

Selain itu, pemendekan telomer bisa saja melindungi sel dari pertumbuhan
kanker (dengan membatasi jumlah pembelahan sel) namun ada bukti bahwa
aktivitas telomerase dalam sel kanker dapat membuat sel kanker bertahan.
Pengemasan Kromosom

Dalam sebuah kromosom, ada banyak komponen di dalamnya. Berikut

adalah penjelasannya:
1. DNA
Bentuk yang paling sederhana dalam sebuah kemasan kromosom adalah
DNA yang berheliks ganda. Di gambar dapat dilihat bahwa DNA merupakan
komponen yang paling kecil, yaitu berdiameter 2 nm.
2. Histon
Lalu, Histon adalah protein yang bertanggung jawab atas tingkat pertama
pengemasan DNA dalam kromatin. Setiap histon mengandung sekitar 100
asam amino . Ada 4 tipe histon yang paling umum dalam kromatin, yaitu
H2A, H2B, H3, dan H4. Keempatnya sangat mirip pada eukariota dan
keempat tipe tersebut sangat penting untuk tingkat pengemasan DNA
berikutnya.
3. Nukleosom
Jika sebuah kromatin yang tidak tergulung dilihat dengan sebuah mikrograf
elektron, maka akan terlihat manik-manik. Manik-manik tersebut adalah
nukleosom, yang terdiri atas DNA yang melilit dua kali di sekeliling inti
protein yang terdiri dari atas dua molekul, masing-masing dari empat tipe
histon. Pada siklus sel, histon meninggalkan DNA hanya sejenak saat
replikasi.
4. Serat 30 nm
Serat ini ada disebabkan oleh interaksi antara ekor-ekor histon salah satu
nukleosom dan DNA penaut serta nukleosom di sisi lain. Interaksi-interaksi
tersebutlah yang menyebabkan serat 10 nm yang membentang menjadi
terkumpar atau tergulung, membentuk serat setebal 30 nm.

5. Domain berkelok (serat 300 nm)

Serat 30 nm membentuk kelokan-kelokan (domain berkelok) yang melekat
ke perancah kromosom dari protein. Perancah ini kaya akan
topoisomerase.

6. Kromosom metafase
Dalam tahap ini, domain berkelok bergulung kembali sehingga kromatin
semakin padat, membentuk kromosom metafase seperti pada gambar di
atas. Langkah-langkah pengemasan sangat spesifik dan tepat, diindikasi dari
gen tertentu yang terdapat di tempat yang sama.
Transkripsi
Penelitian ( Beadle & Tatum)

Pada percobaan ini dibuktikan

Enzim berperan untuk meneruskan suatu perubahan
suplemen dari suatu bentuk ke bentuk lain
Satu gen mengandung satu enzim, sehingga jika suatu gen
dihilangkan, maka satu enzim juga akan hilang
Tujuan akhir dari seluruh perjalanan suplemen adalah untuk
menjadi Arginin, sehingga akan terjadi pertumbuhan. Sehingga,
walau sebuah suplemen sudah diubah sebelumnya, namun
tidak bisa diubah ke Arganin karena kehilangan enzim, maka
tetap tidak akan terjadi pertumbuhan
 Dogma Sentral juga dibuktikan pada percobaan ini. Karena
seperti kita lihat pada percobaan, bahwa jika satu gen
dihilangkan, maka satu enzim juga akan hilang. Enzim adalah
sejenis protein. Namun, ada beberapa protein yang tersusun
dari beberapa polipeptida. Sedangkan, pada percobaan,
hilangnya satu gen, menghilangkan satu enzim spesifik, yang
berarti kita sedang berbicara tentang satu polipeptida spesifik.
Oleh karena itu, yang benar adalah 1 gen 1 polipeptida.

Perbedaan Basa Nitrogen

DNA & RNA

Basa Nitrogen DNA Basa Nitrogen RNA

Jumlah Adenin = Timin Jumlah Adenin = Urasil
Jumlah Guanin = Cytosin Jumlah Guanin = Cytosin
 Transkripsi adalah sintesis RNA di bawah arahan DNA.
(pembentukan RNA)
Mekanisme dari Transkripsi secara umum adalah dimulai dari
Inisiasi (DNA mulai bersiap untuk menjadi template), Elongasi (
proses pencetakan RNA dengan DNA sebagai template, dan
Terminasi ( terbentuknya suatu untai RNA)
Hasil dari Transkipsi adalah mRNA pada Prokariot, dan pre-mRNA
pada Eukariot.

Transkripsi Eukariot vs
Prokariot
Kode Genetik
Kode genetik adalah kombinasi pada tingkat molekular yang akan
mengatur aktivitas di tingkat molekular, khususnya pada transkripsi
Kodon (triplet basa): adalah kombinasi dari basa nitrogen yang akan
menginstruksi suatu asam amino spesifik untuk melanjutkan rantai
polipeptida yang terbentuk.
Redundansi terjadi pada kodon, yang berarti ada beberapa kombinasi
yang menghasilkan asam amino yang sama.
Adanya redundansi tidak menghasilkan ambiguitas, karena
walaupun ada beberapa kombinasi basa nitrogen yang menghasilkan
asam amino yang sama, tidak ada kombinasi basa nitrogen yang
menghasilkan asam amino yang berbeda.
Evolusi Kode Genetik
Kode genetik yang universal menyebabkan suatu protein dapat
menyebabkan eskpresi di spesies yang berbeda.
Hal ini menyebabkan sifat dari suatu spesies dapat juga dilihat pada
spesies lain dengan menyuntikkan gen protein yang kita maksud

Tembakau yang mengekspresikan sifat kunang kunang

Babi mengekspresikan sifat ubur ubur (protein fluoresen)

Komponen Molekuler
Transkripsi
Untuk dapat menjalankan segala aktivitas pada transkripsi, akan dibutuhkan
komponen komponen molekuler yang akan membantu dalam menjalankan
proses.
Ada beberapa komponen molekuler yang berperan dalam proses
transkripsi, seperti:
RNA polimerase, yaitu enzim yang memisahkan kedua untai DNA dan
menggabungkan nukleotida RNA saat membentuk pasangan basa di
sepanjang cetakan DNA.
Promoter, sekuens DNA tempat RNA polimerase melekat dan
menginisiasi transkripsi.
Terminator, sekuens yang manandai akhir transkripsi.
Unit transkripsi, rentangan DNA yang ditranskripsi menjadi molekul
RNA.

Promoter

RNA Polimerase

Terminator
Unit transkripsi
Mekanisme Transkripsi
Inisiasi : proses yang menjadi awal dari proses Transkripsi. Pada
proses ini, pembentukan RNA akan dimulai.
Pada eukariota. faktor transkripsi akan mengikat RNA polimerase dan
inisiasi transkripsi.
TATA Box pada eukariota berfungsi sebagai salah satu promotor yang
akan menjadi tanda untuk memulai transkripsi

Pada prokariot, dibutuhkan faktor sigma, promotor, dan polimerase

untuk memulai transkripsi.
Beberapa jenis promotor adalah B, B', a, dan W. Setiap promotor ini
memiliki fungsinya masing masing dalam menginsiasi.
bagian dari alfa, yakni CTD berfungsi untuk mengikat RNA polimerase
bagian dari alfa, yakni NTD berfungsi untuk mengikat promotor pada
DNA saat transkripsi.
Elongasi : Pemanjangan dari rantai mRNA, di mana satu per satu
nukleotida akan dibentuk dengan menggunakan susunan DNA sebagai
template.
Proses elongase dilakukan dengan mencocokkan basa nitrogen dari
DNA dengan basa nitrogen yang akan disusun menjadi mRNA
Pada eukariota, elongasi juga dibantu oleh beberapa TF (Transciption
Factor). Elongase juga terjadi dengan kecepatan sekita 40 nukleotida /
sekon
TF Eb berfungsi untuk menstimulasi elongasi
TF II S berfungsi untuk memastikan elongasi terus berjalan, tanpa
berhenti.

Tidak banyak perbedaan yang terjadi pada elongasi prokariot maupun

eukariot. Perbedannya terletak pada faktor maupun enzim yang
menjadi pendukung proses elongase
DNA yang menjadi template adalah bagian dari DNA dengan arah 3' ke
5'
mRNA yang terbentuk akan memiliki arah nukleotida dari 5' menuju 3'
 Terminasi : penghentian dari proses transkripsi. Pada saat inilah
seluruh proses dari elongasi akan dihentikan. Hasil dari proses ini
adalah satu untai mRNA yang sudah jadi dan siap untuk dilanjutkan ke
proses selanjutnya.
Pada eukariota, RNA Polimerase II akan menghasilkan suatu sinyal
polydenylase yang akan menjadi tanda untuk berhenti. Namun, proses
akan berhenti sekitar 10-35 nukleotida
Pada prokariota, polimerase akan mengakhiri proses begitu menemui
terminator secara langsung. Dan akan langsung menuju ke ribosom
untuk melakukan translasi, karena tidak perlu dilakukan pemrosesan.
Hal ini disebabkan karena mRNA tidak perlu keluar dari inti sel karena
prokariot tidak memiliki inti sel.

Pemrosesan pre-mRNA
Pada eukariota, setelah pre-mRNA dibentuk, mereka harus keluar dari
inti sel. Untuk dapat melakukan hal ini, pre-mRNA akan mengalami
beberapa modifikasi.
Modifikasi ini terjadi dengan pertama menambahkan nukleotida pada
kedua ujungnya

Pada ujung 5', akan ditambahkan ujung guanine, yang disebut tudung 5'
Pada ujung 3' akan ditambahkan ekor poli A, dimana terdapat 50-250
nukleotida Adenin.
 Modifikasi selanjutnya adalah untuk menyambungkan pre-mRNA, yakni
dengan memotong bagian intron yang terdapat di pre-mRNA
Intron adalah bagian dari pre-mRNA yang tidak memiliki kode. Sehingga,
tidak berguna di dalam pembentukan Protein.

Pemotongan intron ini dilaksanakan oleh splisosom.

Pada proses inilah pre-mRNA akan diubah menjadi mRNA dan siap
untuk keluar dari inti sel menuju sitoplasma untuk melanjutkan menuju
proses translasi

RNA Splicing RNA splicing adalah sebuah

proses yang menghilangkan
intron dan menggabungkan dua
daerah ekson, menciptakan
molekul mRNA yang dikode
menjadi asam amino.
Splicing RNA alternatif adalah
membandingkan dua atau lebih
polipeptida yang diperlukan
akibat dari banyaknya gen.
RNA Splicing dilakukan oleh
spliceosome, yang terdiri dari
protein dan RNA kecil.
Perbedaan Spliceosome dan
Ribozim

Spliceosome

Ribozim

Keduanya sama sama berfungsi dalam proses pemrosesan mRNA

dimana akan memotong intron.
Ribozim, pada pemrosesan mRNA adalah RNA intron sendiri yang akan
mengkatalisis pemotongan dirinya sendiri.
Sedangkan, splisosom, adalah gabungan dari protein dan snRNP yang
akhirnya akan memotong intron dari ekstron pada mRNA
Translasi
Apa itu translasi?
Translasi adalah proses penerjemahan urutan nukleotida yang ada pada molekul
mRNA menjadi rangkaian asam-asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau
protein.

Komponen molekuler penerjemahan terdiri dari:

mRNA : mRNA disintesis dalam nukleus menggunakan urutan nukleotida DNA
sebagai template. Proses ini membutuhkan trifosfat nukleotida sebagai substrat
dan dikatalisis oleh enzim RNA polimerase II

Ribosom : organel ukuran kecil dan padat yang terdapat dalam sel dan
berperan sebagai tempat sintesis protein

tRNA : tRNA adalah molekul RNA kecil yang berpartisipasi dalam sintesis protein.
Setiap molekul tRNA memiliki dua area penting, wilayah trinukleotida yang
disebut antikodon dan wilayah untuk melekatkan asam amino tertentu. Selama
translasi, setiap kali asam amino ditambahkan ke rantai yang sedang tumbuh,
molekul tRNA membentuk pasangan basa dengan urutan komplementernya
pada molekul mRNA, memastikan bahwa asam amino yang sesuai dimasukkan
ke dalam protein.
Penelitian George Beadle dan Edward Tatum
• Bertujuan untuk mengetahui apakah satu gen menjadi satu
protein atau satu gen menjadi satu enzim.
• Mereka melakukannya dengan cara menonaktifkan gen dalam
cetakan roti satu per satu dan mencari perubahan fenotipik.

• Hasil ekperimen:
- Pada mutasi pertama, sel tidak bisa tumbuh pada medium
kontrol, tetapi dapat tumbuh pada medium yang diberi ornithine,
citrulline, arginine.
- Pada mutasi kedua, sel tidak bisa tumbuh pada medium kontrol
dan ornithine, tetapi dapat tumbuh pada medium yang diberi
citrulline dan arginine.
- Pada mutase ketiga, sel tidak bisa tumbuh pada medium kontrol,
ornithine, dan citrulline, tetapi dapat tumbuh pada medium yang
diberi arginine.

• Kesimpulan:
- Didapatkan urutan jalur biokomia, yaitu precursor - ornithine -
citrulline - arginine.
- Pada mutan I, yang dimutasi adalah gen A yang mensintesis enzim
A yang bertugas untuk mengubah precursor menjadi ornithine.
- Pada mutan II, yang dimutasi adalah gen B yang mensintesis
enzim B yang bertugas untuk mengubah ornithine menjadi
citrulline.
- Pada mutan III, yang dimutasi adalah gen C yang mensintesis
enzim C yang bertugas untuk mengubah citrulline menjadi arginine.
- Dari penelitian mereka, bisa disimpulkan bahwa satu gen akan
mensintesis satu enzim walaupun pada penelitian berikutnya
ditemukan bahwa sebenarnya satu gen mensintesis satu protein
dan bukan satu enzim.
 Struktur dan fungsi Transfer RNA

Sebuah molekul tRNA terdiri dari

untai RNA tunggal yang hanya
memiliki panjang sekitar 80
nukleotida
Molekul tRNA dapat berpasangan
dengan diri mereka sendiri
Diratakan menjadi satu bidang,
molekul tRNA tampak seperti daun
semanggi (tangkai dengan 3 jari)
Dalam tiga dimensi, tRNA kira-kira
berbentuk L, di mana satu ujung L
mengandung antikodon yang
pasangan basa dengan kodon mRNA
Berfungsi untuk membawa asam
amino spesifik sesuai antikodon
pada MRNA.

Tahapan Translasi

A. Inisiasi

Ribosom subunit kecil akan

berikatan dengan untai MRNA.
Setelah dibaca kodon start, maka
akan didatangkan tRNA inisiator
yang membawa asam amino
metionin.
Dengan menggunakan energi
dari GTP, ribosom subunit besar
akan menempel pada untai
MRNA dan membentuk kompleks
tranlasi inisiasi.
B. Elongasi
Pertama akan dilakukan pengenalan
kodon oleh ribosom
tRNA yang memiliki anticodon yang
sesuai akan didatangkan ke situs A
pada ribosom.
Antara tRNA yang ada di situs P dan
di situs A pada ribosom, pada
susunan asam amino akan dibentuk
ikatan peptida. Proses ini
menggunakan energi dari satu GTP.
Setelah itu, susuan asam amino
yang berada di tRNA situs P akan
dipindahkan ke tRNA yang ada si
situs A pada ribosom.
tRNA yang berada di situs P
berpindah ke situs E dan akan
dikeluarkan dari mRNA, sedangkan
tRNA yang berada di situs A
berpindah ke situs P. Proses ini
menggunakan energi dari satu GTP.
Siklus ini terus berlanjut hingga
ditemukan kodon stop.
C. Terminasi Terminasi terjadi ketika
kodon stop di mRNA
terbaca oleh ribosom.
Faktor pelepasan akan
didatangkan ke situs A.
tRNA dan polipeptida
yang terbentuk akan
dipisahkan dan
dilepaskan dari mRNA.
Faktor pelepasan akan
melepas ikatan antara
kedua subunit ribosom
dengan mRNA. Proses ini
menggunakan energi dari
2 GTP.
Penargetan Protein

Jika yang mensisntesis polipeptida adalah ribosom bebas, kemungkinan

protein akan memiliki fungsi di sitosol
Sedangkan jika yang mensistesis adalah ribosom terikat, kemnungkinan
proteinnya akan masuk ke system endomembrane dan bertujuan ke luar
sel
Untuk polipeptida yang ditujukan ke Retikulum Endoplasma, polipeptidanya
akan ditandai dengan peptide sinyal.
Partisi pengenalan sinyal (SRP) akan berikatan dengan peptide sinyal.
SRP akan berikatan dengan reseptor khusus SRP di RE.
SRP akan dilepas dan sintesis polipeptida akan berlanjut di membrane RE.
Ketika sintesis polipeptida selesai, protein akan masuk ke dalam RE,
sedangkan ribosom dan mRNA akan dikeluarkan ke sitosol.

Modifikasi dan Pelipatan Protein

 Setelah translasi, tidak semua polipeptida bisa langsung berfungsi, jadi
masih perlu modifikasi untuk mendapat bentuk 3 dimensinya
Selama sintesis, rantai polipeptida secara spontan menggulung dan melipat
ke bentuk tiga dimensinya
Protein juga mungkin memerlukan modifikasi pasca-translasi sebelum
melakukan pekerjaan mereka
Pelipatan protein dapat dibantu oleh enzim kaperon.

Mekanisme menargetkan polipetida pada lokasi tertentu

Polipeptida yang memiliki peptide sinyal akan ditargetkan ke organel di

system endomembrane (seperti reticulum endoplasma, apparatus golgi,
dan lisosom).
Jika tidak punya peptide sinyal, maka polipeptida akan tinggal di sitosol
untuk melanjutkan translasi.
Untuk polipeptida yang ditargetkan untuk organel non-endomembran,
dibutuhkan asam amino spesifik yang bisa dikenali protein lain dalam sel,
sehingga bisa membantu transport ke organel yang dituju
Contoh label alamat dan tujuannya dalam sel

Perbedaan Translasi pada Eukariot dan Prokariot

Poliribosom

Lamanya waktu proses sintesis protein bervariasi dari 20 detik sampai

beberapa menit. Saat waktu yang pendek ini, satu mRNA dapat mengalami
proses berkali-kali. Ketika ribsom telah mentranslasikan cukup ruang
nukleotida di ujung 5′, maka ribosom lain akan memulai proses translasi
yang baru. Oleh sebab itu, mRNA sering kali ditemukan dalam bentuk
poliribosom atau polisom.

Poliribosom adalah mesin perakitan di sitoplasma berukuran besar yang

terbentuk dari beberapa ribosom berjejer dengan jarak sedekat 80
nukleotida sepanjang satu molekul mRNA. Inisisi multipel ini
memungkinkan sel untuk dapat membuat banyak protein sekaligus.