DNA Replication and

Telomere maintenance
Kelompok 1
• Astrika Purba (342516
• Herawati (3425160681)
• Fajriana Nurul Subhi (342516
• Wulan Sukmawati (3425161536)
Biologi Molekular (Biologi A 2016)
 Pendahuluan
• Replikasi DNA
melibatkan peleburan
dua untaian DNA double
helix diikuti dengan
polimerasi untaian
komplementer baru
pada templat untaian
tunggal yang dihasilkan
• Proses ini melipat
gandakan sel dan
memunculkan sel-sel
baru
Tiga Tipe Replikasi Dna Berdasarkan
Model Watson Dan Crick
Model Hasil Replikasi
Replikasi

Semikonserv Sepasang Sepasang

atif untai asal untai asal
dan untai dan untai
baru baru
Konservatif 1 pasang 1 pasang
untai untai baru
parental
asal
Dispersif 1 pasang 1 pasang
tediri dari tediri dari
fragmen fragmen
untai asal untai asal
dan baru dan baru
Replikasi DNA oleh Matthew and
Stahl
• Yang ditemukan;DNA bereplikasi di
medium 14 N memiliki densitas
intermedieate /hybrid
(mengandung satu strand 14N baru
dan satu strand 15N inang)
• Kesimpulan;terjadi replikasi dengan
model yang semikonservatif.Pada
medium 14N,sel dibiarkan
mengganda, hasil replikasi DNA
menunjukan dua pita, satu memiliki
densitas DNA ringan dan yang
lainnya densitas DNA hybrid.
• Replikasi konservatif ;densitas yang lebih
ringan akan selalu bertambah,tidak punya
densitas intermediate(mengandung satu
strand 14N baru dan satu strand 15N inang.)
dan punya densitas yang berat
• Replikasi dispersive;setiap bereplikasi akan
terlihat garis intermediet,semakin ke atas garis
tersebut akan semakin ringan.
• 1963 →J.Cairns menvisualisasi replikasi
bakteri dengan teknik autoradiografi
• Cairns menumbuhkan E. coli dalam media
yang mengandung basa timin berupa tritium,
isotop radioaktif hidrogen (3H).
• DNA kemudian diekstraksi dari bakteri dan
dibuat autoradiograf.
• A;Replikasi berlangsung dua arah.Kromosom
seperti huruf theta (Ө),yang tengahnya
disebut “struktur theta”
• B;Autoradiografi DNA E.coli selama
replikasi.Loop A,B,C.Loop A bergaris
nyambung ,C bergaris putus-putus dan B dua
garis padat .B bereplikasi dua kali sehingga
memiliki memiliki dua garis padat/tebal.
• Selama replikasi untai DNA baru disintesis dari 5’
ke 3’, diawali attack nukleofilik α-fosfat dari dNTP.
• Nukleotida ditambahkan melalui 3’ hidroksil
bebas di akhir rantai DNAmembentuk ikatan
fosfodiester baru.
• Penambahan nukleotida ke rantai ditentukan
oleh pasangan basa dengan untai templat.
• terminal 2 fosfat akan hilang dalam reaksi
reaksi dasarnya irreversible.
• Deoxynucleosida 5’ triposfat (dNTPs) adalah
building block.
• DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA dari
awal
• DNA polimerase butuh primer untuk dapat melekatkan
nukleotida
• DNA polimerase mengkatalis pembentukan ikatan 5’-
fosfodiester pertama dari dNTP dan 3’-hidroksil dr
nukleotida terakhir dlm untai yg baru disintesis
• DNA polimerase mengenal dan mengikat 3’-hidroksil
bebas pada ujung primer, lalu memperpanjang untai
baru dengan satu nukleotida dan pelepasan satu
molekul pirofosfat
DNA REPLICATION : SEMI
DISCONTINOUS

KELOMPOK 2 :

ARIEF PRASETIYO
DESSY PUTRIANA SARI
HAFIDZAH ZAHRATUNNISA
INTAN FEBRIANTY KUSUMA

BIOLOGI A 2016
 Leading Strand Lagging Strand
 Sifatnya kontinu • Sifatnya diskontinu,
 Arah penambahan karena saat replikasi
nukleotida searah dengan penambahan nukleotida
garpu replikasi dalam fragmen-fragmen
pendek
• Arah penambahan
nukleotida tidak searah
dengan garpu replikasi
Enzim yang berperan dalam replikasi
DNA : Semi Discontinous

Topoisomerase

Helicase

DNA-ligase
 Nabilah Destiyana Rahmah Aulia Azzahrah
3425160050 3425161050

Khadijah Lathifia Abidah Salsabilla Audy J.

3425161242 3425162851

KELOMPOK 3
6.6 Nuclear DNA Replication in Eukaryotic Cells

Mekanisme seluler untuk

replikasi DNA pertama kali
dipelajari pada bakteri 
genomnya lebih kecil dan
lebih mudah dimanipulasi.
Replication Factories
Cabang replikasi dalam sel
mamalia dikelompokkan
menjadi kompartemen
subnuklir diskrit atau fokus
 pabrik replikasi

Pabrik replikasi DNA memiliki

prekursor yang dapat
dideteksi dengan fluoresensi
dan memberi label faktor
replikasi dengan antibodi
yang spesifik, seperti DNA
polimerase δ.
Histone Removal at the Origins of
Replication
• Selama replikasi DNA, sel
harus dapat akses ke DNA
yang dikemas didalam
kromatin dan nukleus.
• Bagaimana bisa terjadi?
– Dengan adanya modifikasi
histon
– Faktor remodeling kromatin
Prereplication Complex Formation at
The Origins of Replication
• Salah satu perbedaan utama antara replikasi
DNA bakteri dan eukariotik adalah pada sel
bakteri, setelah protein inisiator terakumulasi
pada titik awal, helikase DNA direkrut ke titik
awal dan inisiasi dimulai.
• Sebaliknya, sel eukariotik memisahkan seleksi
awal dari inisiasi, melalui pembentukan
kompleks prereplikasi.
Pemisahan kedua peristiwa ini mencegah
replikasi
genom secara berlebihan.
 Prereplication Complex Formation at
The Origins of Replication

• Setelah kromatin eukariotik • ORC adalah ATP-pengatur, Kompleks

dibuka, protein inisiator
spesifik mengenali dan
mengikat asalnya sekuens
DNA, membentuk kompleks
pengenalan asal (ORC).
pengikat DNA terdiri dari enam subunit
polipeptida (Orc 1-6). Kompleks mengikat ke
awal replikasi dan kemudian merekrut Cdc6
(siklus pembelahan sel 6) dan protein Mcm
(minichromosome maintenance),
komponen lain dari kompleks prereplikasi
yang penting untuk inisiasi Replikasi DNA.
Prereplication Complex Formation at
The Origins of Replication

SV40 Antigen T (Tag)

berfungsi sebagai ORC viral
yang sebanding dengan ORC
seluler. Protein tambahan
juga berperan dalam inisiasi,
seperti protein pengikat DNA
beruntai tunggal (SSB) di E.
Coli dan protein replikasi A
(RPA) pada mamalia.
 ORIGIN OF REPLICATION
Origin of replication  a site on
chromosomal DNA where a
bidirectional pair of replication
forks initiate.

Origin DNA sequences usually

have many adenine–thymine (AT)
base pairs and are said to be “AT
rich.” (less energy is required to
melt the two hydrogen bonds
joining A with T, compared with
the three hydrogen bonds joining
guanine–cytosine (GC) base pairs.
 Selective activation of origins of
replication
• Metazoan (multicellular animal) genomes contain many potential
origins of replication.
• The overall rate of replication is determined largely by the number of
origins used and the rate at which they initiate. The rate of
elongation of different DNA chains varies little.
• During early development when embryos are undergoing rapid
cleavages (cell divisions), origin sites are uniformly activated with no
apparent preference for sequence.
• Later in development at the mid-blastula transition, cell division
slows down and zygotic gene expression begins. At this stage,
initiation of replication becomes restricted to specific origin sites.
Some origins are selectively activated while others are suppressed.
• The parameters regulating this transition from nonspecific to site-
specific initiation are not clear, but may include changes in the level
of nucleotide pools, changes in chromatin structure, and the ratio of
initiator proteins to DNA.
DNA REPLICATION

Kelompok 4:
Azura Ameira
Hilmi Febriyani
Noviana Misnannisah
Shara Rosa Camelia
 DNA hanya bereplikasi satu kali per siklus
sel.
• Sebelum pembelahan  DNA
harus direplikasi
• Sistem lisensi replikasi pada
eukariota memastikan bahwa
DNA hanya bereplikasi satu kali
per siklus sel.
• Dimediasi melalui regulasi kinase
dependen-siklin (CDK).
• Katalis  CDK harus berasosiasi
dengan cyclin
• Aktivitas CDK melacak naik
turunnya cyclins. CDK diaktifkan
selama akhir G1, di mana mereka
akhirnya mendorong sel untuk
berkembang melalui siklus sel.
 Mcm2-7 is the licensing protein
complex
• MCM2-7 adalah kompleks protein yang mampu
menginisiasi replikasi DNA yang mengandung enzim
helikase.
• Selama fase G1  ORC mengikat CDC6 dan CDT1 untuk
membawa MCM2-7 ke DNA  inisiasi replikasi.
• Kompleks ORC (pre-Replication Complex)
membutuhkan ATP untuk membawa MCM2-7 ke DNA.
• ATP didapat dari hidrolisis CDC6.
• Setelah sampai di DNA, maka kompleks ORC-CDC6-
CDC1 tidak lagi dibutuhkan.
 Peraturan sistem lisensi replikasi oleh
CDK
• ORC, Cdc6, Cdt1, dan Mcm2-7 masing-

masing dapat secara independen diregulasi
sebagai konsekuensi dari aktivitas CDK

• Mcm2-7 dapat dimuat ke asal dalam fase S, G2,

dan mitosis dini, ketika aktivitas CDK tinggi.

• Penghapusan protein lisensi dari asal selama fase

S menghalangi pembentukan kompleks
prereplikasi dan memastikan bahwa asal "api"
hanya sekali per siklus sel.
• Pembentukan sequester kompleks ini
Mcm2-7 dalam nukleus
(tidak diekspor) dan mencegahnya dari
mengikat ke asal-usul replikasi

• Didalam sel vertebrata, aktivitas Cdt1

dikendalikan melalui protein penghambat
spesifik yang disebut geminin

• diatur oleh degradasi yang bergantung pada

CDK.
 Duplex Unwinding at Replication
Forks
• DNA helicases adalah enzim
yang menggunakan energi
ATP untuk melnghilangkan
(memisahkan kedua untaian
ganda (helix)) dupleks DNA.

• Akumulasi regangan torsional

yang dihasilkan dapat
menyebabkan penghambatan
gerakan percabangan jika
tidak dihilangkan oleh DNA
topoisomerase.

• Topoisomerase tipe I atau tipe

II mampu menghapus
supercoils positif di depan
percabangan.
RNA Priming of Leading Strand and
Lagging Strand DNA Synthesis

RNA Primer adalah RNA yang memulai sintesis

DNA. Primer diperlukan untuk sintesis DNA karena
DNA polimerase tidak mampu memulai sintesis
nukleotida.

Primase adalah RNA polimerase khusus yang disintesis

seukuran oligonukleotida berumur pendek yang hanya
digunakan selama replikasi DNA.
Yang berperan dalam polimerisasi
DNA adalah DNA polymerase III.
Namun, DNA polymerase III ini
tidak bisa mengawali polimerisasi,
dia membutuhkan 3’ OH dari
innovator dan hanya bisa
meneruskan apa yang dilakukan
innovator.
Dalam hal ini, berperanlah RNA
polymerase (primase) untuk
membentuk RNA primer (susunan
salinan nukleotida pertama) pada
rantai salinan.
• Pada bakteri dan beberapa virus, akan mensintesis
suatu RNA primer yang diperlukan untuk memulai
sintesis untaian (strand) dan untuk setiap fragmen
Okazaki yang akan disintesis di lagging strand.

• Pada bakteriofag, plasmid linier, dan beberapa virus

seperti adenovirus, merupakan priming nukleotida
yang dilakukan oleh protein yang mengikat DNA.

• Dalam perbaikan DNA dan replikasi parvovirus,

digunakan DNA primer. DNA tersebut akan menyobek
untuk menghasilkan 3′-OH bebas yang digunakan untuk
polimerase.
• Pada E. coli, suatu enzim yang disebut primase (produk
dari gen dnaG) mengkatalisasi reaksi priming.

• Pada eukariota, RNA primer disintesis oleh DNA

polimerase α dan terhubung dengan aktivitas primase.

• Enzim pol α / primase berikatan dengan kompleks inisiasi

asalnya dan mensintesis strand pendek yang terdiri dari
sekitar 10 basis RNA,dan diikuti oleh 20-30 basis DNA
(disebut iDNA, untuk DNA inisiator).
Polyemerase Switching
Kelompok 5:
Hafidh Prananta H.
Diah Retno
Fatkhu Vira
Okta Latifah
 Pergantia
n polimer
Gambar 6.7 (lanjutan)
10. Isi celah yang
ditinggalkan oleh
penghilangan primer
dimediasi oleh DNA pol
DNA atau pol ε.
11. Bergabung dengan
fragmen Okazaki. (Inset)
Pembentukan ikatan
fosfodiester antara
fragmen Okazaki yang
berdekatanoleh aksi
DNA ligase I dalam
hubungannya dengan
PCNA.
12. pengendapan
histone. Nukleosom
dipasang kembali pada
DNA yang baru lahir
melalui interaksi dengan
Gambar 6.15 Mekanisme yang
mungkin untuk perakitan nukleosom
setelah DNA replikasi.
(A) Model tetramerik. Tetramer H3-
H4 induk dipisahkan dari
nukleosom dan diendapkan
secara acak salah satu untai DNA
putri. Baru saja Tetramer H3-H4
yang disintesis diendapkan
padaanak perempuan terdampar
di CAF-1-dependencara. Dalam
model ini, orangtua dan
baruTetramer yang disintesis
disimpan ke dalamnukleosom
berbeda.
(B) Model dimeric: Tetramer H3-H4
induk dipisahkan menjadidimer
dan dipasangkan dengan yang
baru disintesisDimer H3 – H4
pada setiap untai DNA anak
perempuanoleh aksi kompleks
yang mengandung CAF-1.Dalam
model ini, H3-H4 dimer dari
orangtuanukleosom dipisahkan
Perpanjangan helai terkemuka dan
helai lagging
• Replikasi DNA pada eukariota tindakan yang
sangat teratur dan terkoordinasi dari setidaknya
tiga yang berbeda DNA polimerase.
• Setelah DNA polimerase δ direkrut ke untai
terkemuka, sintesis berlangsung berkelanjutan.
• sintesis untaian lagging siklus berulang
pengalihan polimerase dari DNA polimerase α
menjadi DNA polimerase ε, setiap kali sebuah
fragmen Okazaki baru dimulai (lihat Gambar 6.7).
• Sampai batas tertentu pilihan polimerase diatur
oleh ekspresi, aktivitas, dan lokalisasi DNA
polimerase. polimerase switching interaksi
protein-protein yang kompetitif melibatkan DNA
polimerase α, δ, dan ε, antigen inti sel proliferasi
(PCNA), faktor replikasi C(RFC), dan RPA. Tokoh
sentral dalam proses ini adalah PCNA.
PCNA: penjepit geser dengan banyak
mitra protein

• Antigen nuklir sel proliferasi nama (PCNA) mencerminkan karakterisasi

asli protein sebagai komponen yang melimpah di inti sel pembagi (Kotak
penyakit 6.1). PCNA memiliki kemampuan untuk berinteraksidengan
banyak mitra. Selain perannya untuk replikasi DNA, PCNA juga terlibat
dalam DNAperbaikan, sintesis DNA translesi, metilasi DNA, remodeling
kromatin, dan regulasi siklus sel(Gbr. 6.12).Dalam replikasi DNA, PCNA
bertindak sebagai "klem geser" untuk meningkatkan prosesivitas DNA
polimerase. Tigamonomer PCNA identik digabungkan dalam pengaturan
head-to-tail untuk membentuk trimer berbentuk cincin. Itulubang pusat
cukup besar untuk mengelilingi heliks ganda DNA. Di hadapan ATP, RFC
(the"Clamp loader") membuka trimer PCNA, meneruskan DNA ke dalam
cincin, dan kemudian melepaskannya. RFC terdiri dari limasubunit.
Domain ATPase-nya meluas dalam pengaturan spiral di atas saluran
pusat PCNA. Strukturalanalisis menunjukkan bahwa kompleks loader
penjepit mengunci DNA prima dalam pengaturan seperti sekrup,dengan
spiral RFC yang cocok dengan alur kecil heliks ganda DNA (lihat Gambar
6.7).
Gambar 6.12 protein yang
berinteraksi dengan PCNA. Antigen
nuklir sel berkembang biak (PCNA)
adalah penjepit geser dengan
banyakmitra protein. Selain
perannya untuk replikasi DNA,
PCNA juga terlibat dalam kontrol
siklus sel, saudarikohatin kromatin
selama pembelahan sel,
pencegahan apoptosis, perakitan
kromatin, sintesis DNA
translesion,berbagai jalur perbaikan
• Tanpa PCNA, torsi besar yang dihasilkan dari produksi
DNA heliks ganda dihasilkan polimerase kehilangan
posisinya di garpu replikasi.
• PCNA memungkinkan polimerase untuk bersantai
dan mendapatkan kembali cengkeramannya
menjaga polimerase dari jatuh dari cetakan DNA,
sehingga ribuan nukleotida dipolimerisasi sebelum
enzim berdisosiasi.
• Gerakan garpu replikasi yang efisien juga bergantung
penempatan PCNA yang cepat di situs-situs yang baru
disiapkan pada untai DNA yang tertinggal oleh RFC.
• memungkinkan sintesis fragmen Okazaki untuk
mengimbangi sintesis DNA berkelanjutan pada untai
terkemuka.
 Lupus erythematosus dan PCNA sistemik
• Individu kadang-kadang membentuk protein antibodi terhadap dirinya sendiri
(disebut antibodi autoimun) serum mereka bereaksi dengan berbagai
bagian sel.
• Antibodi dapat diungkapkan dengan memungkinkan serum seseorang untuk
bereaksi dengan sel, dan kemudian secara tidak langsung imuno labeling
antibodi terikat dengan tag fluoresensi sekunder antibodi (lihat Kotak Alat
9.4).
• Hasilnya, beragam antibodi autoimun bereaksi terhadap seluler yang berbeda
komponen telah dijelaskan. Beberapa individu dengan systemic lupus
erythematosus (SLE) memiliki auto antibodi yang ditujukan terhadap PCNA
(3% kasus). Mengapa korelasi ini ada tidak jelas.
• Kehadiran antibodi semacam itu diagnosis penyakit autoimun dan
antibodi.
• SLE tetapi bisa dipicu oleh obat-obatan, faktor hormonal,infeksi, paparan
bahan kimia, dan sinar matahari.
• Dalam beberapa kasus, individu mewarisi kecenderungan genetik untuk
mengembangkan SLE. Sering terjadi pada wanita usia 15 dan 40 dan
mempengaruhi sekitar satu dalam 1000 orang-orang. Gejalanya berkisar dari
ringan hingga berat.
• Mereka termasuk kelenjar bengkak, nyeri sendi, kelelahan, ruam kulit, cahaya
sensitivitas, migrain, demam, dan kerusakan jaringan pada ginjal, jantung,
paru-paru, sel darah, dan sistem pencernaan. Tidak ada obat yang dikenal
untuk SLE tetapi gejalanya bisa terjadi dikelola dengan perubahan gaya hidup
dan pengobatan.
Pematangan Untaian DNA yang Baru
Lahir
• Pematangan DNA yang baru disintesis
melibatkan beberapa langkah berbeda yaitu:
Penghapusan primer RNA
Mengisi celah

Begabung dengan fragmen Okazaki

pada untaian yang tertinggal
Penghapusan RNA Primer
Ribonuclease (RNase) H1 merusak RNA
primer menyisakan satu nukleotida di hulu
junction RNA-DNA

DNA polimerase ε menyebabkan

perpindahan ke untai fragmen Okazaki. Ini
diikuti oleh aktivitas endonuklease FEN-1
yang menghilangkan seluruh flap 5′ yang
mengandung RNA.
 Proofreading

• Polimerase replikatif tidak sempurna

• Dapat menghasilkan kesalahan secara
spontan saat menyalin DNA
• Aktivitas polimerase ada di dalam jari dan
ibu jari, dan domain exonuclease berada di
pangkal telapak tangan. Penggabungan dasar
yang salah pada ujung 3’ menyebabkan
pencairan ujung dupleks
Selektivitas nukleotida sangat tergantung pada geometri
pasangan basa Watson-Crick

• Bentuk dan ukuran pasangan basa AT dan GC

sangat mirip satu sama lain, tetapi berbeda dari
pasangan basa yang tidak cocok.
• Geometri abnormal pasangan basa yang tidak
cocok menghasilkan hambatan sterik pada situs
aktif yang menghambat katalisis.
Gap Fill-in and Joining at The
Okazaki Fragments
• Sebuah gap yang terbentuk dari primal
removal yang diisi oleh DNA polimerase
• Peristiwa ini menghasilkan nicked double-
strain DNA
• Ligasi terjadi disebabkan oleh aksi dari DNA
ligasi 1 yang bergabung dengan fragmen
okazaki
Termination

• Pada eukariotik repliaksi terus berlanjut

sampak satu fork bertemu dgn fork lain
• Pada E. coli pertemuan antar fork terjadi di
daerah yang disebut terminus
• Derah terminus mengandung sekuensi
replikasi yang spesifik yang mampu
memblokir progresi fork dan membatasi
akhir dari siklus replikasi
Histone Deposition

• Terjadi saat DNA yang terbentuk dinyatakan

sudah cukup untuk membentuk nukleosom
• Nukleosom nantinya akan dipecah menjadi
tetramer H3 dan H4 serta dimer H2A dan
H2B
Replication of Organel
DNA
Kelompok 6
Esti Komariah
Khansa nur Aziza
M. Hafidh Rizky
Nabilah nov fikriyyah
Replikasi DNA mitokondria (mtDNA) dan DNA kloroplas (cpDNA)

REPLIKASI DNA ORGANEL

 Replikasi mtDNA
• DNA polimerase γ digunakan untuk replikasi mtDNA dan proof
reading.
• Model :
– 1. Strand displacement model
– 2. Strand coupled model
 Strand displacement model
• Disebut juga: asynchronous model.
• replikasi berjalan searah di sekitar lingkaran
dan terdapat satu garpu replikasi untuk setiap
untai.
 Strand coupled model
• Replikasi dimulai di beberapa lokasi
• Melibatkan sintesis diskontinyu
• Membutuhkan beberapa primer
• Replikasi Berjalan dari dua arah
 Replikasi cpDNA
• Replikasi cpDNA masih menjadi perdebatan ->
apakah mayoritas dari cpDNA itu bundar atau
linear
• For most organism studied -> terdapat dua asal
replikasi (oriA dan oriB) -> diusulkan sebagai
pendukung dari strand displacement model pada
mtDNA
• namun -> model lain yang diusulkan adalah
inisiasi pada dua bagian yang membentuk loop D
-> penggabungan loop D membentuk perantara
replikasi theta
 Rolling circle replication
• Beberapa molekul circular DNA -> replikasi dengan Rolling circle
replication (contoh : penggandaan banyak bakteri dan DNA virus
eukariot, faktor fertilitas bakteri selama perkawinan, dan dari DNA
dalam kasus tertentu amplifikasi gen, dan bagian dari replikasi
cpDNA)
• Pada Rolling circle replication -> ikatan fosfodiester rusak pada salah
satu untai circular DNA -> 3'hydroxyl bebas dan 5'fosfat bebas
• Sintesis strand circular DNA -> terjadi dengan penambahan
nukleotida ke ujung 3' menggunakan untai utuh komplementer
sebagai templat, ujung yang lain dipindahkan sebagai ekor 5'fosfat.
• Hasil akhir dari Rolling circle replication tergantung jenis circular
DNA yang direplikasi
 Telomer : Sejarah dan perannya
dalam replikasi DNA
• Para ahli menyadari bahwa replikasi pada ujung kromosom
menimbulkan masalah khusus bagi kromosom linier.
• Ketika primer akhir dihilangkan dari lagging strand pada ujung
kromosom, area 8-12 ini tidak direplikasi. Jika aturan ini
diterapkan pada kromosom linier, diprediksi bahwa
kromosom akan menjadi lebih pendek pada setiap putaran
replikasi.
• Hal ini akan menyebabkan ketidakstabilan kromosom dan
kematian sel atau organisme.
 Telomer : Sejarah dan perannya
dalam replikasi DNA
• Telomer diidentifikasi oleh Barbara McClintock pada tahun
1938 dengan jagung, dan didefinisikan oleh Muller dengan
Drosophila.
• Telomer sendiri terdiri dari pengulangan tandem dari
rangkaian yang kaya akan Guanin (G) sederhana.
• Telomer menutup ujung kromosom dan memberi stabilitas
dengan menjaga kromosom agar tidak saling mengikat.
• Hilangnya telomer akan menyebabkan fusi kromosom dari
ujung ke ujung, peningkatan rekombinasi genetik, dan
memicu kematian sel (Apoptosis).
 Telomer : Sejarah dan perannya
dalam replikasi DNA

• Pada tahun 1985, Carol Greider dan Elizabeth Blackburn

melaporkan hasil temuan tentang telomer pada spesies
protozoa Tetrahymena thermophila yang memiliki 40.000
telomer. Kemudian Greider dan Blackburn menemukan
aktivitas enzim yang disebut Telomerase Terminal Transferase
yang disingkat sebagai Telomerase. Telomerase sekarang
dikenal sebagai kompleks Ribonukleoprotein (RNP) yang
dimana enzim ini memiliki subunit RNA dan subunit Protein
yang keduanya berperan penting untuk aktivitas.
Greider dan Blackburn membuat ekstrak Tetrahymena
bebas-sel dan menginkubasinya dengan primer
oligonukleotida sintetis yang memiliki empat
pengulangan dari urutan berulang telomer TTGGGG.
Setelah inkubasi, mereka memisahkan produk dengan
elektroforesis dan mendeteksinya dengan
autoradiografi. Jalur 1-4 masing-masing berisi
nukleotida berlabel 32P berlabel (dATP, cCTP, dGTP,
dan dTTP) bersama dengan dNTP yang tidak berlabel
("dingin") seperti yang ditunjukkan. Jalur 1, dengan
label DATP, hanya menunjukkan noda, dan jalur 2 dan
4 tidak menunjukkan perpanjangan telomer sintetis.
Jalur 3, dengan label dGTP, jelas menunjukkan
perpanjangan telomer secara berkala. Setiap
kelompok band menyatakan bahwa penambahan satu
lagi urutan TTGGGG (dengan beberapa variasi dalam
tingkat penyelesaian). Eksperimen tambahan (tidak
diperlihatkan) menunjukkan bahwa pada konsentrasi
yang lebih tinggi, dTTP juga dapat dimasukkan ke
dalam telomer. Jalur 5-8 menunjukkan hasil
percobaan dengan satu berlabel dan hanya satu
nukleotida yang tidak berlabel. Eksperimen ini
memverifikasi bahwa aktivitas telomerase
membutuhkan dGTP dan dTTP. Jalur 9-12 berisi
fragmen Klenow dari E. Coli DNA polimerase I (lihat
kotak Fokus 6.1) sebagai ganti ekstrak bebas sel
Tetrahymena. Tidak ada pengulangan yang
ditambahkan, menunjukkan bahwa DNA polimerase
biasa tidak dapat memperpanjang telomer. Jalur 13-16
mengandung ekstrak bebas sel, tetapi tidak ada
primer. Tidak ada pengulangan yang ditambahkan,
menunjukkan bahwa aktivitas telomerase tergantung
pada primer seperti telomerel. (Dicetak ulang dari
Greider, C.W. dan Blackburn, E.H. 1985. Identifikasi
aktivitas terminal transferase telomer spesifik dalam
ekstrak Tetrahymena. Sel 43: 405-413. Hak cipta ©
1985, dengan izin dari Elsevier.)
 Telomer : Sejarah dan perannya
dalam replikasi DNA
• ada daerah yang saling melengkapi dengan pengulangan telomer C untai di RNA telomerase. RNA
menyediakan templat untuk sintesis ulang telomer. Struktur pseuodoknot dalam RNA penting untuk
prosesivitas penambahan berulang. Secara berlawanan, telomerase tidak memperpanjang untaian
pendek 5 ′ (lagging). Sebagai gantinya, telomerase menyebabkan pemanjangan templat 3’ untuk
untai lagging (5 ′ → 3 ′).
•
• Langkah translokasi dan perpanjangan yang berulang menghasilkan ujung kromosom dengan array
pengulangan tandem. Setelah perpanjangan untai 3 ′ G, sintesis untaian 5 ′ C yang lebih pendek
mungkin diperlukan untuk membuat DNA telomer ganda-untai, tetapi rincian langkah ini hanya
diperiksa dalam ragi dan ciliata.
•
• Ada bukti di Saccharomyces cerevisiae (ragi pemula) dan Euplotes crassus (hypotrichous ciliate)
pengisian untaian C dilakukan oleh mesin replikasi untai lagging, termasuk DNA pol α / primase,
DNA polimerase ε (atau δ), RFC, dan PCNA. Interaksi antara telomerase dan DNA pol α / primase
secara fisik menghubungkan dan secara terkoordinasi mengatur sintesis untai G dan C telomerik
dalam E. crassus. Pada S. cerevisiae, telomerase dan DNA pol α / primase mungkin tidak
berinteraksi langsung - satu atau enzim lain tampaknya direkrut ke telomer oleh protein pengikat G-
overhang Cdc13p.
• Mode pemeliharaan telomer lainnya
• Cara pemeliharaan telomere yang dimediasi telomerase tersebar luas di antara
eukariota dari ciliate ke ragi ke manusia. Pengecualian untuk Drosophila
melanogaster, yang tidak memiliki aktivitas telomerase sama sekali. Sebagai
gantinya, lalat buah mempertahankan telomernya dengan penambahan
retrotransposon besar secara berkala ke ujung kromosom, membangun susunan
yang kompleks dari pengulangan telomer. Dalam sel manusia dan jamur, telomer
juga dapat dipertahankan oleh mekanisme berbasis rekombinasi, dan mereka
dapat dipersingkat dengan aksi exonucleases.
•
• Pengaturan aktivitas telomerase
• Salah satu aspek pemeliharaan genom melibatkan melindungi telomer. Namun,
telomer juga tidak boleh terlalu panjang. Pengaturan panjang Telomer di semua
organisme dari ragi hingga manusia melibatkan aksesibilitas telomer ke
telomerase. Telomer memendek karena replikasi yang tidak lengkap, jumlah ikatan
protein situs berkurang dan kromatin terbuka untuk memulihkan akses ke
telomerase. Ini melibatkan sejumlah faktor termasuk protein POT1, TRF1, dan
TRF2, dan pembentukan t-loop di telomer.
• Kontrol panjang telomer oleh POT1, TRF1, dan TRF2
• Protein POT1 (perlindungan telomer), TRF1 (TTAGGG repeat binding factor 1), dan TRF2 (TTAGGG
repeat binding factor 2) dapat mencegah akses telomerase ke telomer dengan membentuk struktur
kromatin terlipat. POT1 mengikat 3’ untai DNA beruntai tunggal sementara TRF1 dan TRF2 adalah
protein pengikat DNA beruntai ganda. Ketika telomer cukup panjang, kadar POT1 pada emperan
tinggi, dan telomerase terhambat. Ketika telomer terlalu pendek, sedikit atau tidak ada POT1
ditransfer ke ujung dan telomerase tidak lagi dihambat, memungkinkannya untuk menambahkan
DNA kembali ke telomer. Dengan kata lain, TRF1 dan TRF2 dapat "menghitung" jumlah pengulangan
yang kaya G, dan ketika telomer menjadi terlalu panjang, mereka menghambat aktivitas telomerase
lebih lanjut.
•
• pembentukan t-loop
• Dalam berbagai macam eukariota, termasuk mamalia, burung (ayam), protozoa (Trypanosoma
brucei dan Oxytricha fallax), dan kacang kebun (Pisum sativum), DNA telomerik telah terbukti
membentuk struktur tloop yang unik. Dalam struktur ini, 3 ′ untai beruntai tunggal menginvasi DNA
telomerik beruntai ganda untuk membentuk lingkaran di mana 3’ overhang berpasangan
berpasangan dengan urutan untai C (lihat Gambar 6.20). Loop yang terkait dengan TRF1 dan TRF2
dapat membantu mencegah akses telomerase, karena telomerase membutuhkan ujung 3’ yang
tidak berpasangan untuk pembentukan.
Pengaturan Aktivitas
Telomerase
Kelompok 7
Biologi A 2016
Arianda Nur Pratiwi
Indina Rifdayani
Rimbi Brahma Cari
Vicky Theodora BS
Pengaturan aktivitas telomerase

• Perlu adanya pengaturan telomerase

agar telomer yang terbentuk tidak
terlalu panjang
• Perlu melibatkan sejumlah faktor
termasuk protein POT1, TRF1, dan
TRF2, dan pembentukan t-loop di
telomer.
 Kontrol panjang telomer oleh POT1,
TRF1, dan TRF2

• Protein POT1 (perlindungan telomer)

• TRF1 (TTAGGG, repeat binding factor 1)
• TRF2 (TTAGGG, repeat binding factor 2)
• dapat mengatur aktifitas telomerase dengan membentuk lipatan
struktur kromatin
• TRF1 dan TRF2 dapat membaca panjang telomer dan akan mengirim
informasi dengan menstransfer POT1 ke overhang diujung telomer.
• Ketika telomer cukup panjang, POT1 pada overhang tinggi, dan
telomerase terhambat.
• Ketika telomer terlalu pendek, tidak ada POT1 yang ditransfer ke
ujung dan telomerase tidak lagi dihambat.
Peran dan Pemeliharaan Telomerase
Pembentukan T-loop
 Telomerase, penuaan, dan
kanker
• Pada
organisme
unisel =
telomerase
selalu
diekspresikan
• Pada manusia
=
jumlah/ekspres
i telomerase
terbatas
• Adult stem
cells = weak
telomerase
activity
Telomerase dan Penuaan :
Batasan Hayflick
 Telomerase dan penuaan :
the Hayflick limit
• Leonard Hayflick (1962) menemukan bahwa biakan
manusia normal dan sel hewan memiliki kapasitas
terbatas untuk replikasi - titik di mana sel berhenti
membelah disebut Batas Hayflick.
• Penggandaan sel somatik yang telah mencapai batas
Hayflick akan mengalami pemendekan telomer secara
progresif
• Pemendekan telomer memicu keadaan penuaan
seluler atau penuaan yang tidak dapat dibalikkan
dimana sel tidak dapat mengalami pembelahan lagi.
 Pemendekan telomer:
jam molekuler untuk
penuaan
• Pemendekan telomer adalah "jam
molekuler" yang memicu penuaan.
• Reaktivasi Telomerase dianggap sebagai
“sumber awet muda” tetapi
telomerase yang telah mengalami
penuaan juga menguntungkan manusia
dalam pencegahan kanker yang terus
berkembang
• Ciri khas kanker yaitu dapat immortal
dan tumbuh tak terkendali
• Pada sel kanker manusia, telomerase
menjadi reaktif
 Pembuktian Langsung Hubungan
Pemendekan Telomer dan Penuaan

• Alat penghitung molekuler
berdasar pembelahan sel.
• Memicu penahanan proliferasi
di ukuran pemendekan
tertentu.
Fungsi Telomer
Pembahasan Awal
Penyebab hubungan
pemendekan telomer
• Laporan tentang ketiadaan
dan penuaan hubungan pemendekan
• Hubungan antara panjang telomer dengan penyebab
telomer, ekspresi telomerase kematian (senesens) selular.
dan masa hidup sel rumit.
• Pemendekan telomer tidak
bisa menghitung jumlah
pembelahan sel.
Hasil Eksperimen
 Bukti #1 :
Sel Kontrol Sel Eksperimen Eksperimen
DNA vector kosong
Sel Somatis
hTERT dimasukkan (Epitel Pigmen
dimasukkan
•Masa hidup sel normal Retina dan
•Aktivitas telomerase Masa hidup tidak terbatas
tidak terdeteksi Aktivitas telomerase
Fibroblas
•Pemendekan telomer terdeteksi Kulup)
sebanyak Tidak terjadi pemendekan
100nt/pembelahan Pembelahan ke 20 :
Manusia
•Pembelahan ke 20 : Fase Karyotipe masih normal
(awet muda)
(1998)
tidak membelah lalu
perlahan senesens
 Bukti #1 :
Eksperimen
Sel Somatis
(Epitel
Pigmen
Retina dan
Fibroblas
Kulup)
Manusia
(1998)
 Bukti #2 :
Defisiensi Telomerase
Tikus
Kecacatan

Sel tikus yang Generasi ke 6 : Penuaa spermatogenesis

kekurangan telomerase Penuaan dini dan

dikultur senesens seluler terlihat n Dini Pembelahan sel
hematopoetik
terhalang

Penghalangan
Sel masih membelah penyembuhan luka
hingga pembelahan ke Pembelahan ke 450 :
20 yang menjadi
pembeda dengan sel Sel berhenti tumbuh Ubanan dini
manusia

Rambut rontok
Pembelahan ke 300 : Hal itu menjelaskan
Kerusakan pertumbuhan mengapa telomer tikus
drastis dan 3x lebih panjang dari
pemendekan telomer telomer manusia (10-60 Perubahan epitel
progresif kb) pencernaan
 Bukti #2 :
Defisiensi
Telomerase
Tikus
 Belum pernah
diujikan kepada
manusia!
(kemungkinan
Tikus “knock out”
digunakan sebagai model tumor ada)
Bukti #3 :
Terapi Gen
Hasil : Pemulihan
Tikus diinduksikan
larutan CCl4 (perlukaan
aktivitas telomerase,
pengurangan perlukaan
untuk
hati via toksin) hati, peningkatan fungsi
hati
Penyembuh
Hasil : Perubahan sel Injeksi vector adenovirus
an Sirosis
meningkat dan pembawa gen RNA
pemendekan telomer telomerase Hati (2000)
Terimakasih