Nadya Salsabila Z

01311740000009
REPLIKASI DNA

Replikasi DNA adalah proses penggandaan yang terjadi di dalam rantai ganda (double
helix) DNA. Hasil penggandaan tersebut membentuk DNA baru yang mirip sekali dengan induk
yang disebut autokatalik. Sedangkan kemampuan DNA untuk membentuk molekul kimia yang
lainnya dari salah satu atau sebagai rantainya disebut heterokatalik.Pada replikasi DNA, rantai
DNA dibentuk berdasarkan urutan nukeotida pada DNA yang digandakan. Replikasi DNA dapat
dilakukan in vitro dalam proses yang disebut reaksi berantai polimerasi (PCR). Replikasi DNA
terjadi sebelum proses pembelahan sel yang terjadi tentunya di dalam sel. Yang dimaksud adalah
pada setiap sel, kecuali sel gamet, pembelahan diri harus disertai dengan reolikasi DNA supaya
semua sel turunan memiliki informasi genetik yang sama. Prokariota lah yang terus-menerus
melakukannya. Sedangkan pada eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA sangat teratur, yakni
pada fase S pada siklus sel, sebelum mitosis ataupun meiosis I. Penggandaan ini memanfaatkan
enzim DNA polimerasi yang membentuk ikatan antara nukleotida-nukleotida penyusun polimer
DNA. Ada beberapa teori yang mencoba menjelaskan bagaimana proses replikasi DNA terjadi.
Salah satunya adalah teori semikonserfatif. Menurut teori semikonserfatif, dua pita dari double
helix memisahkan diri sehingga masing-masing pita yang lama mendapatkan pasangan pita baru
seperti pasangan yang sebelumnya, terbentuklah dua DNA baru yang sama persis. Teori ini
digunakan dalam replikasi DNA dan diterima oleh sebagian ahli biologi. Itu sebabnya, semua
DNA-nya adalah double helix.

Protein atau enzim pembantu yang dikenal dengan nama DNA polimerasi sangat
diperlukan dalam proses replikasi. DNA polimerasi merupakan enzim pembantu pembentukan
rantai DNA baru yang merupakan suatu polimer. Lain halnya dengan protein, protein membantu
membuka pilinan rantai DNA. Selain itu beberapan jenis protein mampu mengenali titik-titik
tertentu di sepanjang rantai DNA.Berikut adalah 3 cara replikasi DNA :

 Semikonserfatif

Yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak berubah. Dua pita spiral dari double helix memisahkan
diri. Tiap pita tunggal dari double helix parental ini berlaku sebagai pencetak
dalam pembentukan pita pasangan yang baru.

 Konserfatif

Yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai baru disintetis dengan prinsip komplementasi
pada masing-masing rantai DNA lama. Double helix parental tetap utuh tetapi keseluruhannya
dapat mencetak double helix baru.
  Disfersif

Yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama digunakan untuk sintesis rantai DNA baru.
Kedua buah pita dari double helixparental terpurus-putus. Segmen-segmen DNA parental dan
segmen-segmen DNA yang dibentuk baru saling bersambungan dan menghasilkan dua double
helix baru.

Di antara ketiga cara replikasi DNA yang diusulkan tersebut, hanya cara
semikonservatif yang dapat dibuktikan kebenarannya melalui percobaan yang dikenal
dengan nama sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan atau equilibrium
density-gradient centrifugation. Percobaan ini dilaporkan hasilnya pada tahun 1958 oleh M.S.
Meselson dan F.W. Stahl.

Pada proses replikasi DNA, ada beberapa komponen vital yang harus ada:

1. DNA template : molekul DNA yang akan direplikasi

2. Molekul nukleotida : komponen basa purin/pirimidin + deoksiribosa + fosfat = dATP,
dTTP, dCTP, dan dGTP
3. DNA polimerase : enzim utama yang mengkatalisis polimerisasi nukleotida menjadi
untaian DNA
4. Enzim primase : mengkatalisis sintesis primer untuk memulai replikasi DNA. Kalo
di E.coli namanya primosom. Primer digunakan untuk menempelkan nukleotida pertama
pada untaian DNA baru.
5. Enzim Girase : enzim topoisomerase yang memutar untaian DNA sehingga
ketegangan pilinan menurun
6. Enzim helikase : untuk membuka untai DNA
7. SSB : single stranded binding protein molekul protein yang
menstabilkan untaian DNA yang udah kebuka biar g nutup lagi
8. Enzim DNA ligase : untuk menyambung fragmen2 DNA

Langkah-langkah dalam Replikasi DNA

Proses replikasi DNA merupakan suatu masalah yang kompleks, dan melibatkan
rangkaian protein dan enzim yang secara kolektif merakit nukleotida dalam urutan yang telah
ditentukan. Dalam menanggapi isyarat molekul yang diterima selama pembelahan sel, molekul-
molekul ini melakukan replikasi DNA, dan mensintesis dua untai baru menggunakan helai yang
ada sebagai template atau ‘cetakan’. Masing-masing menghasilkan dua, molekul DNA yang
identik terdiri dari satu untai baru dan salah satu DNA lama. Oleh karena itu proses replikasi
DNA disebut sebagai semi-konservatif. Rangkaian peristiwa yang terjadi selama replikasi DNA
prokariotik telah dijelaskan di bawah ini.
1. Inisiasi
Replikasi DNA
dimulai pada lokasi spesifik
disebut sebagai asal replikasi,
yang memiliki urutan tertentu
yang bisa dikenali oleh
protein yang disebut inisiator
DnaA. Mereka mengikat
molekul DNA di tempat asal,
sehingga mengendur untuk
perakitan protein lain dan
enzim penting untuk replikasi
DNA.
Sebuah enzim yang disebut helikase direkrut ke lokasi untuk unwinding (proses
penguraian/seperti membuka resleting) heliks dalam alur tunggal. Helikase melepaskan ikatan
hidrogen antara pasangan basa, dengan cara yang tergantung energi. Titik ini atau wilayah DNA
yang sekarang dikenal sebagai garpu replikasi (Garpu replikasi atau cabang replikasi adalah
struktur yang terbentuk ketika DNA bereplikasi). Setelah heliks yang terbuka, protein yang
disebut untai tunggal mengikat protein (SSB) mengikat daerah terbuka dan mencegah mereka
untuk menempel kembali. Proses replikasi sehingga dimulai, dan garpu replikasi dilanjutkan
dalam dua arah yang berlawanan sepanjang molekul DNA.

2. Sintesis Primer

Sintesis baru, untai komplementer DNA menggunakan untai yang ada sebagai template
yang dibawa oleh enzim yang dikenal sebagai DNA polimerase. Selain replikasi mereka juga
memainkan peran penting dalam perbaikan DNA dan rekombinasi. Namun, DNA polimerase
tidak dapat memulai sintesis DNA secara independen, dan membutuhkan 3′ gugus hidroksil
untuk memulai penambahan nukleotida komplementer. Ini disediakan oleh enzim yang disebut
DNA primase yang merupakan jenis DNA dependent-RNA polimerase. Ini mensintesis
bentangan pendek RNA ke untai DNA yang ada. Ini segmen pendek disebut primer, dan terdiri
dari 9-12 nukleotida. Hal ini memberikan DNA polimerase platform yang diperlukan untuk
mulai menyalin sebuah untai DNA. Setelah primer terbentuk pada kedua untai, DNA polimerase
dapat memperpanjang primer ini menjadi untai DNA baru.

Pembukaan resleting DNA dapat menyebabkan supercoiling (bentukan seperti spiral

yang mengganggu) di wilayah garpu berikutnya. Ini superkoil DNA dibuka oleh enzim khusus
yang disebut topoisomerase yang mengikat ke bentangan DNA depan garpu replikasi. Ini
menciptakan memotong pada untai DNA dalam rangka untuk meringankan supercoil tersebut.

3. Sintesis leading strand

Di sini, DNA polimerase III (DNA pol III) mengenali 3′ OH ujung RNA primer, dan
menambahkan nukleotida komplementer baru. Saat garpu replikasi berlangsung, nukleotida baru
ditambahkan secara terus menerus, sehingga menghasilkan untai baru.

4. Sintesis lagging Strand (untai tertinggal)

Pada untai berlawanan, DNA disintesis secara terputus dengan menghasilkan serangkaian
fragmen kecil dari DNA baru dalam arah 5 ‘→ 3’. Fragmen ini disebut fragmen Okazaki, yang
kemudian bergabung untuk membentuk sebuah rantai terus menerus nukleotida. Untai ini dikenal
sebagai lagging Strand (untai tertinggal) sejak proses sintesis DNA pada untai ini hasil pada
tingkat yang lebih rendah. Di sini, primase menambahkan primer di beberapa tempat sepanjang
untai terbuka. DNA pol III memperpanjang primer dengan menambahkan nukleotida baru, dan
jatuh ketika bertemu fragmen yang terbentuk sebelumnya. Dengan demikian, perlu untuk
melepaskan untai DNA, lalu bergeser lebih lanjut kebagian atas untuk memulai perluasan primer
RNA lain. Sebuah penjepit geser memegang DNA di tempatnya ketika bergerak melalui proses
replikasi.
5. Penghapusan Primer
Meskipun untai DNA baru telah
disintesis primer RNA hadir pada untai
baru terbentuk harus digantikan oleh
DNA. Kegiatan ini dilakukan oleh
enzim DNA polimerase I (DNA pol I).
Ini khusus menghilangkan primer RNA
melalui ‘5→ 3’ aktivitas eksonuklease
nya, dan menggantikan mereka dengan
deoksiribonukleotida baru dengan 5
‘→ 3’ aktivitas polimerase DNA.

6. Ligasi
Setelah penghapusan primer
selesai untai tertinggal masih
mengandung celah antara
fragmen Okazaki berdekatan.
Enzim ligase mengidentifikasi
dan menyumbat celah tersebut
dengan menciptakan ikatan
fosfodiester antara 5 ‘fosfat
dan 3’ gugus hidroksil
fragmen yang berdekatan.
7. Terminasi (pemutusan)
Replikasi ini terhenti di lokasi
terminasi khusus yang terdiri
dari urutan nukleotida yang
unik. Urutan ini diidentifikasi
oleh protein khusus yang
disebut tus yang mengikat ke
situs tersebut, sehingga secara
fisik menghalangi jalur
helikase. Ketika helikase
bertemu protein tus itu jatuh
bersama dengan untai tunggal
protein pengikat terdekat.