TK 2205

BIOMOLEKUL DALAM SISTEM SEL

Dr. Made Tri Ari Penia Kresnowati

Lab. Mikrobiologi dan Teknologi Bioproses
Program Studi Teknik Kimia - Fakultas Teknologi Industri
Institut Teknologi Bandung
Semester II, 2013-2104
Asam nukleat
 Struktur primer
• Metode Sanger
• Metode Maxam-Gilbert

– Mereduksi DNA menjadi fragmen yang unik

– Separasi dengan elektroforesis
 Analisa
Metode terminasi rantai (Sanger)
Meniru proses replikasi DNA (5’  3’)
• Sintesa single stranded DNA dengan DNA polimerase
• Nukleotida bebas (dilabeli P32) dan analog
(ddNTP/didioksi….)
• Asembli nukleotida analog menghentikan reaksi
polimerisasi
• Fragmen DNA
• 4 batch proses menggunakan nukleotide berlabel
beda, nukleotida analog yang berbeda
Automatisasi sequencing
 Pemuliaan strain
Rekayasa genetik
 Biologi molekuler  teknik potong, sambung dan
sintesa (sintetik) DNA Rekombinasi in vitro
 Sequencing genome

– Penduplikasi jumlah gen yang diinginkan

– Pemotongan gen yang diinginkan
– Penambahan (penyisipan) gen baru
 Metabolic engineering
11
 Rekayasa Genetika
• Rekombinasi DNA in vitro
– kombinasi bahan hereditas (DNA)
– dengan penyisipan (teknik potong, sambung dan sintesa
(sintetik) DNA )
– dilakukan di luar sel (in vitro)
– dengan bantuan virus, plasmid atau vektor lain… untuk
memasukkan bahan tersebut ke dalam sel
– diikuti dengan seleksi
Rekayasa Genetika
Palindromic sequence

restriction endonuklease

sticky end
 Rekayasa Genetika
• Cloning vektor
– Plasmid, shutle vector
– Phage

• Seleksi chimera?
– Marker
– Plague
 Contoh plasmid
• PBR322

Shuttle vector
Rekayasa Genetika
 Rekayasa Genetika
Molekul DNA kompleks Molekul DNA
(plasmid) Pemotongan DNA kompleks (lain)
dengan
restriction endonuklease

Molekul DNA pendek Molekul DNA pendek

Campurkan
Tambahkan enzim ligase

DNA rekombinan

Transformasi
dengan vektor

Sel dengan kemampuan

yang dimaksud
Animasi
rekayasa
genetika
 Rekayasa Genetika
• 197x  Genetech Inc. membuat strain E.coli yang
dapat memproduksi insulin
• Gen insulin diperoleh dari manusia
• Riset HANYA dalam waktu 1 tahun
• 198x  Eli Lili mendapatkan ijin untuk komersialisasi

• Produk selanjutnya produksi interferon, vaksin foot,

hand and mouth disease (flu Singapur)
 Rekayasa Genetika
Gen dari tanaman Artemisin annua di’cangkok’kan pada
ragi untuk produksi artemisin (Rao et al., 2006)

Contoh aplikasi lainnya:

– Isolasi gen N-fixing dari Rhizobium  tumbuhan N-fixer
– Isolasi gen nodula dari Legumes  nodulated non legumes
– Isolasi gen bacterial insectides dari Bacilus thuringiensis 
sisipkan pada gen tanaman kedelai  tanaman kedelai tahan
hama
 Struktur 3D RNA
• Single strand
• Pembentukan pasangan basa intramolekul
• Virus
 mRNA
• Dihasilkan oleh proses transkripsi DNA
• Prokaryot: satu mRNA  banyak protein
• Eukaryot: satu mRNA  satu protein
• Terdiri dari intron dan exon
 rRNA
• Ribosom:  2/3 RNA, 1/3 protein
 tRNA

• Polinukleotida rantai pendek memiliki

73-94 residu
• Basa termetilasi
• Tiap asam amino berpasangan dengan
minimal satu tRNA yang unik
• Aminoacyl tRNA  substrat untuk
sintesa protein
 Proses Replikasi
• Watson and Crick: "It has not escaped our
notice that the specific (base) pairing we
have postulated immediately suggests a
possible copying mechanism for the genetic
material."
• Separasi benang
• Masing – masing menjadi template untuk
sintesa benang komplementernya
semikonservatif
 Replikasi DNA
• Dibantu oleh DNA polimerase
• 5’  3’

• Bidirectional, pada struktur replikasi ,

replikasi terjadi pada garpu replikasi
(replication fork)
 Replikasi DNA
• Semidiskontinu
– Leading strand
– Lagging strand
– Fragmen – fragmen DNA turunan disambungkan
oleh DNA ligase
• Proses dimulai dari RNA primer, yang disintesa
oleh enzim primase
 DNA Polimerase
• Pada sel prokaryotik (E.coli)
– Pol I
– Pol II
– Pol III

• Pol I memiliki aktivitas polimerase, eksonulease 5’3’,

serta eksonuklease 3’5’
• Pol III  terpenting, memiliki aktivitas polimerase,
eksonuklease 3’5’
• Pol III  dapat mengkatalisa sintesa DAN pada leading
strand dan lagging strand
 Pol I
• Polimerase vs. exonuklease (3’5’ dan 5’3’)
Eksonuklease  proofreading DNA
 Replikasi DNA
• Inisiasi
– Opening the double strand
– Unwinding
– Prevention of reannealing
– RNA primer

• Elongasi

• Terminasi
– Specific seqence
– Kontrahelikase

• Modifikasi

• metilasi
 Perbaikan (Reparasi) DNA
• DNA must be preserved
• Two principal mechanisms: mismatch repair and methods for
reversing chemical damage
• Contoh:
– Inkorporasi metilguanidin (bukan guanin)  transfer metil oleh
metilguanin DNA transferase
– Pirimidin dimer  monomer melalui fotoreaktivasi oleh DNA
photolyase atau melalui nucleotide excision repair (NER)
– SOS response  ceassation of growth, repair DNA
 Mutasi Random
 ‘Mengganggu’ proses  Dengan mutagen
replikasi DNA  Probabilitas
 Perubahan fisik pada pembentukan mutant
DNA meningkat
(hapus, tambah, ganda,  (dari 10-7 – 10-6 menjadi
pindah) 10-5 – 10-3)
 Terjadi secara alami atau  10-10 pergenerasi (alami)
buatan
 Berlangsung secara  Seleksi: mencari jarum
random di tumpukan jerami
 Mutasi Random
• Point mutations –
• Satu basa terganti dengan basa lainnya
• mispairing, insersi analog atau mutagen kimia
• HNO2  deaminasi, agen pengalkilasi
• Insersi atau delesi  frameshift mutations
 Mutasi random

 radiasi (UV 200-300 nm, UV 300-400 nm, sinar X, sinar , sinar )

 bahan kimia (HNO2, NH2OH, alkylating agents: Ethyl
methanesulfonate (EMS), nitrosoguanidine (NTG); base
analog, dll.)

 Mutagen menginduksi modifikasi pada susunan basa di DNA

yang tidak terperbaiki
Contoh proses mutasi P.crysogenum
 Proses Transkripsi
• Menyampaikan/menterjemahkan informasi
dari DNA untuk diteruskan dalam proses
sintesa protein

• rRNA
• tRNA
• mRNA
 Proses transkripsi
• mRNA
• Komposisi basa mencerminkan DNA
• Heterogen (massa)
• dapat berassosiasi dengan ribosom
• Turnover rate tinggi

• rRNA dan tRNA

• Juga disintesa dari DNA
 Transkripsi
• Proses pembentukan mRNA
dari DNA
• Meliputi 3 tahap:
– Inisiasi
– Elongasi
– Terminasi
Dimulai dengan pengikatan
holoenzim RNA polymerase pada
promoter sites
Tahap inisiasi
 Transkripsi

terminasi

elongasi
Jamur Amanita

pola spora
Amanita
Pengendalian transkripsi
 Pengendalian Proses Transkripsi
(Prokaryot)
• Dalam kromosom gen yang menyusun enzim
pada suatu jalur metabolisme berkelompok
(cluster)  operon
• Ekspresi terkoordinasi
• Susunan pengendali (regulatory sequence) 
‘operator’
• Protein regulator
 Induksi dan Represi
• Induksi
– (kenaikan) sintesa gen pada suatu kondisi,
merespon kehadiran suatu metabolik spesifik

• Represi
– (penurunan) sintesa gen pada suatu kondisi,
merespon suatu metabolit spesifik
 Konsep Lac - Operon
• Jacob – Monod
• Fenomena pertumbuhan diauxic E.coli pada
substrat glukosa – laktosa
 Konsep Lac-Operon
• Melibatkan 2 proses utama
• Pengendalian pada promotor
– Proses represi katabolit: glukosa sebagai inhibitor

• Pengendalian pada operator

– Proses represi/induksi:
laktosa* sebagai inducer

*dalam bentuk tautomernya, yaitu allolaktosa

 The lac Operon
• Pengendalian dengan kontrol negatif

• Produk dari gen lacI merupakan repressor dari

sistem ini

• lac operator merupakan DNA palindromik

 Catabolite Activator Protein (CAP)
• Kontrol positif pada lac operon
• Molekul untuk mempercepat transkripsi
dengan bereaksi dengan promotor
• CAP  dimer, peptida 22.5 kD