MUTASI GEN dan

POLIMORFISME
oleh:

Asmarinah
Komponen DNA
 “DNA packaging” dalam kromosom

DNA + histon  nukleosome  solenoid  kromatin/kromosom

 DNA - Gen

Gen dapat digambarkan sebagai segmen molekul DNA yang

berisi kode untuk sekuens asam amino dari suatu rantai
polipeptida (protein)
 Ekspresi Gen
Transkripsi : sintesis rantai tunggal mRNA dari DNA
cetakan (rantai “noncoding”/antisense) di dalam inti sel,
yang dikatalisis oleh enzim RNA Polimerase
Translasi : sintesis polipeptida dari mRNA cetakannya,
di dalam ribosom

Contoh: Ekspresi gen ß-globin

 Mutasi gen
- Perubahan pada materi genetik (DNA) yang dapat
diturunkan
- Disebabkan oleh 2mekanisme dasar:
* kesalahan pada proses replikasi DNA
* kegagalan dalam mereparasi DNA yang rusak
- terjadi secara spontan atau diinduksi oleh
agent fisik atau bahan kimia (mutagen)
- organisma yg mengalami mutasi : mutan
- berperan dlm evolusi mahluk hidup; pada bakteri
utk resistensi thdp antibiotik
3 Faktor utama yang menyebabkan terjadinya mutasi spontan

1. Keakuratan komponen-komponen (“mesin”) dalam

replikasi DNA
2. Efisiensi mekanisme proses perbaikan DNA yg rusak
(DNA repair mechanism)
3. Tingkat pemaparan mutagenic agents yg ada di
lingkungan
Contoh-contoh mutasi gen:
Proses mutasi dan ekspresinya pada individu
normal dan mutannya
“Point mutation” : mutasi yang melibatkan perubahan
tempat spesifik dalam suatu gen, termasuk substitusi, delesi
dan insersi pasangan basa.

“Missense mutation” : mutasi yang menyebabkan perubahan

kodon spesifik suatu asam amino ke asam amino yang lain

“Nonsense mutation” : mutasi yang menyebabkan perubahan

kodon spesifik suatu asam amino ke kodon terminasi

“Frameshift mutation” : mutasi yang merubah “pembacaan”

dari mRNA, disebabkan oleh adanya delesi atau insersi
pasangan basa
Mekanisme terjadinya mutasi
1. Tautomerisasi pada replikasi DNA
Tautomerisasi: proses berpindahnya atom hidrogen
dari basa nitrogen yg satu ke yang lain.
Mutasi yang ditimbulkan:
- Mutasi transisi: perubahan basa nitrogen dari
purin ke purin atau pirimidin ke pirimidin
- Mutasi tranversi: perubahan basa nitrogen dari
purin ke pirimidin atau sebaliknya
2. Kegagalan dalam mereparasi DNA yang rusak
Reparasi DNA yang rusak dapat dilakukan dengan
cara, antara lain:
- Pengguntingan DNA
yang rusak dengan
menggunakan
enzim DNA glikosilase
- Reparasi DNA dengan
menggunakan cahaya/sinar
(fotoreaktivasi), dengan
menggunakan enzim DNA
fotoliase
 “Mutagenic agent”
• Bahan Kimia
- “alkylating agent”: bahan kimia yang dapat
memindahkan gugus alkyl ke basa nitrogen pada
DNA.
Contoh: Gas mustard [Di-(2-chloroethyl) sulfide]
EMS (Ethyl methane sulfonate)

- Basa analog: bahan kimia yg strukturnya mirip

dengan basa nitrogen normal, yang dapat terinkoporasi
ke dalam DNA
Contoh: 5-Bromouracil (BU)
2-Aminopurin (2-AP)
- “Deaminating agent”: dapat mendeaminasi
gugus amino pada basanitrogen
Contoh: Asam nitrous (HNO2)

- “Hydroxylating agent”: menghidroksilasi gugus

amino pada pada basa nitrogen, sehingga
terjadi mutasi transisi.
Contoh: Hydroxylamine

- Zat warna akridin (proflavin): mengikat

molekul DNA
• Sinar Radiasi
- Radiasi ion (sinar X, sinar gamma, sinar kosmik
- Radiasi non ion (sinar ultra violet)
Kelainan-kelainan akibat mutasi gen
- “Sickle cell anemia”: mutasi substitusi pada gen
beta globin sehingga terjadi perubahan dalam alel
hemoglobin S dari hemoglobin A yang normal,
menyebabkan bentuk sel darah merah abnormal
(“sickle”)
- “Tay-Sachs disease”: mutasi pada gen HEXA
yang mengkode enzym Hexosamidase A
meyebabkan enzim tidak dapat mengkatalisis
perubahan ganglioside GM2 menjadi GM3 yang
diperlukan untuk menyelubungi sel saraf,
sehingga fungsi sel saraf terganggu
- Penyakit/kelainan yang disebabkan oleh adanya defek
dalam metabolisme fenilalanin-tirosin, yang merupakan
asam amino penting dalam sintesis protein
Mutation in exon 6 of VDAC3 gene in sperm with low motility
174

Sequence of PCR
product from sperm
with normal motility

Posisition 174 : AAG

(Lysine)

Sequence of PCR
product from sperm
with low motility

Posisition 174 : GAG

(glutamic acid)
 Pendahuluan

• Variasi biologis merupakan fenomena

alami
• Dapat diamati pada semua mahluk hidup
organisma unisel sampai multisel
• Ada dalam populasi maupun antar populasi
• Dapat bersifat kontinyu dan tak-kontinyu
• Merupakan hasil antaraksi faktor
genetik dan nir-genetik
• Dapat dilihat pada aras fenotipik bahkan
genotipik
• Mudah diamati pada aras fenotipik lewat
indera dan/atau alat bantu
• Dapat menghasilkan polimorfisma
 Polimorfisma genetik?

Keberadaan lebih dari satu alel dalam

suatu lokus genetik dengan frekuensi
alel-jarang ≥1% di dalam suatu populasi
 Definisi lain
• “The occurrence in a population (or among
populations) of several phenotypic forms
associated with alleles of one gene or
homologs of one chromosome”
• “Difference in DNA sequence among
individuals, groups, or populations (e.g.,
genes for blue eyes versus brown eyes)” 
 Genom dan gena manusia

• Genom adalah komponen sel organisma

yang berperan dalam meneruskan sifat-
sifat keturunan organisma ybs.
• Gena adalah unit penentu sifat-sifat
keturunan yang tersimpan dalam genom
 tersusun atas asam nukleat
 Human Genome Size

• NUCLEAR GENOME
* 23 pairs of chromosomes 2
x ( 3 x 109 b.p)  2 meters
DNA / Cell
* 2 x ( 3 x 1012 cells)
meters DNA in human body 
8,000 x earth to moon

• MITOCHONDRIAL GENOME
* circular, 16,569 bp
 Genom dan gena manusia

• Genom adalah komponen sel organisma

yang berperan dalam meneruskan sifat-
sifat keturunan organisma ybs.
• Gena adalah unit penentu sifat-sifat
keturunan yang tersimpan dalam genom
 tersusun atas asam nukleat
 Mitochondrial genome

• Closed with no ends (circular), 16,569 bp

• Inherited from mother (maternal
inheritance)
• Coding for:
– 13 polypeptide genes
– 12S & 16S rRNA genes
– 22 tRNA genes
• No introns
 Genes in Human genome
• Protein coding regions
• Non-protein coding regions:
– rRNAs
– snRNAs required for rRNA processing
– snRNAs required for splicing
– tRNAs
– Others (telomerase RNA, signal recognition
particle RNA molecules, RNA molecules of
novel/unknown function)
 Genome size
Source Number of Length Structure
bp
Bacteriophage 5 x 103 1.6 um Circular single
X174 (base) strand

4 x 106 Circular double

E. Coli 1 mm
strand
S. Cerevisiae
5 Linear double
chromosome 1 2.1 x 10
50 um strand

Drosophila
melanogaster
Linear double
chromosome 2 7
15 mm strand
6.0 x 10
 Mutasi

Variasi biologis &

polimorfisma

“Genetic
Migrasi
Drift”
(“gene flow”)
Isolasi
genetik Seleksi
 Forms of polymorphism

• Single Nucleotide Polymorphisms (SNP)

• Variable number of tandem repeats
(VNTR)
• Microsatellites
 POLY
MORPHISM
MU SNPs
Sequence repeats
TA
Insertions
TI Deletions
ON Recombination

Induced by
external agents
Chance
e.g. viruses or
procesess
radiation
 Polymorphism throughout human
genome

• 1.42 million SNPs estimated (other

estimation: 1 in 1000 DNA bp in human
genome  over 3 million SNPs in the
entire human genome)
• 60,000 SNPs fall within coding regions
• Approx. 25% non-synonymous SNP could
affect the function of corresponding
gene product
• Is reflected in the diversity of the gene
products – structural proteins, enzymes,
channel proteins, transporters & binding
proteins, receptors & post receptor
signaling cascades
• Immune biology is characterized by
extensive polymorphism
• Contoh lokus HLA
– Sangat polimorfik
– > 1300 alel dari 12 lokus klas I & II yang
diekspresikan di seluruh dunia
– Paling bervariasi untuk klas I: HLA B & C,
untuk klas II: HLA DPB, DQ, DRB