Bab 17

Dari Gen ke Protein

Power Point Bahan Ajar

Biologi
Edisi Kedelapan
Neil Campbell dan Jane Reece PENERBIT ERLANGGA
Gambaran umum: Aliran Informasi Genetik

• Kandungan informasi DNA terdapat dalam

bentuk sekuens nukleotida spesifik
• DNA yang diwarisi oleh suatu organisme
menyebabkan sifat-sifat spesifik dengan cara
mendiktekan sintesis protein
• Protein merupakan penaut antara genotipe dan
fenotipe
• Ekspresi gen (gene expression), proses DNA
yang mengarahkan sintesis protein, mencakup
dua tahap: transkripsi dan translasi
Peraga 17.1 Bagaimanakah satu gen yang salah dapat menimbulkan penampilan yang mencolok dari kijang albino?

Seekor kijang albino

muda yang terlihat
berjalan-jalan bersama
beberapa kijang cokelat
di pegunungan Jerman
bagian Timur yang
memicu kepanikan
publik di tahun 2006.
Konsep 17.1: Gen menspesifikasi protein melalui
transkripsi dan translasi
• Bagaimana hubungan fundamental antara gen
dan protein ditemukan?
Bukti dari Penelitian tentang Cacat-cacat
Metabolik
• Pada tahun 1909, dokter Inggris bernama Archibald
Garrod adalah orang pertama yang mengajukan
bahwa gen mendiktekan fenotipe melalui enzim-enzim
yang mengkatalisis reaksi-reaksi kimiawi spesifik
dalam sel
• Ia memostulasikan bahwa gejala-gejala penyakit
turunan mencerminkan ketidakmampuan seseorang
membuat enzim tertentu
• Menghubungkan gen dengan enzim membutuhkan
pemahaman bahwa sel-sel menyintesis dan
mendegradasi sebagian besar molekul organik
melalui jalur metabolik
Mutan Nutrisional pada Neurospora: Penelitian
Ilmiah
• George Beadle dan Edward Tatum membombardir
kapang roti, Neurospora crassa, dengan sinar-X,
menciptakan mutan yang tidak dapat sintas (survive)
dalam medium minimal karena sel-sel itu tidak mampu
menyintesis molekul esensial tertentu
• Menggunakan beberapa uji tambahan, mereka
mengidentifikasi tiga kelas mutan yang memerlukan
arginin, masing-masing kekurangan enzim berbeda
yang penting untuk menyintesis arginin
• Mereka mengembangkan hipotesis satu gen-satu
enzim, yang menyatakan bahwa setiap gen mendikte
produksi suatu enzim spesifik
Peraga 17-2a Apakah gen-gen individual menspesifikasi enzim-enzim yang berfungsi dalam jalur biokimiawi?

PERCOBAAN

Pertumbuhan: Tidak ada pertumbuhan:

Sel-sel wild type Sel-sel mutan tidak bisa
tumbuh dan tumbuh dan membelah
membelah
Medium minimal
Peraga 17-2b Apakah gen-gen individual menspesifikasi enzim-enzim yang berfungsi dalam jalur biokimiawi?

HASIL Kelas-kelas Neurospora crassa

Wild type Mutan kelas I Mutan kelas II Mutan kelas III
Medium
minimal
(MM)
(kontrol)
MM +
Kondisi

ornitin

MM +
sitrullin

MM +
arginin
(kontrol)
Peraga 17-2c Apakah gen-gen individual menspesifikasi enzim-enzim yang berfungsi dalam jalur biokimiawi?

KESIMPULAN Mutan Kelas I Mutan Kelas II Mutan Kelas III

(mutasi pada (mutasi pada (mutasi pada
Wild type gen A) gen B) gen C)

Prekursor Prekursor Prekursor Prekursor

Gen A Enzim A Enzim A Enzim A Enzim A

Ornitin Ornithine Ornithine Ornithine

Gen B Enzim B Enzim B Enzim B Enzim B

Sitrulin Sitrulin Sitrulin Sitrulin

Gen C Enzim C Enzim C Enzim C Enzim C

Arginin Arginin Arginin Arginin

Produk-produk Ekspresi Gen: Kisah yang Terus
Berkembang
• Tidak semua protein merupakan enzim, sehingga
para peneliti kemudian merevisi hipotesis satu gen–
satu enzim
• Banyak protein disusun atas beberapa polipeptida,
dan masing-masing polipeptida dispesifikasi oleh
gennya sendiri
• Oleh karena itu, hipotesis Beadle dan Tatum
dinyatakan ulang sebagai hipotesis satu gen-satu
polipeptida
• Perhatikan bahwa orang lazim menyebut produk-
produk gen sebagai protein, bukan polipeptida seperti
seharusnya
Prinsip-prinsip Dasar Transkripsi dan Translasi

• RNA adalah jembatan antara gen dan protein

yang dikodekan oleh gen
• Transkripsi (transcription) adalah sintesis
RNA di bawah arahan DNA
• Transkripsi menghasilkan RNA duta
(messenger RNA, mRNA)
• Translasi (translation) adalah sintesis
polipeptida, yang terjadi di bawah arahan
mRNA
• Ribosom adalah tempat translasi
• Pada prokariot, mRNA yang diproduksi melalui
transkripsi segera ditranslasi tanpa
pemrosesan lebih lanjut
• Dalam sel eukariot, selaput nukleus
memisahkan transkripsi dari translasi
• Transkrip RNA eukariot dimodifikasi melalui
pemrosesan RNA (RNA processing) untuk
menghasilkan mRNA akhir
• Transkrip primer (primary transcript) adalah
transkrip RNA awal dari gen apa pun
• Dogma sentral (central dogma) adalah konsep
yang menyatakan bahwa sel diatur oleh rantai
perintah selular: DNA RNA protein
Peraga 17.3a Gambaran umum: peran transkripsi dan translasi dalam aliran informasi genetik

DNA
TRANSKRIPSI

mRNA
Ribosom
TRANSLASI

Polipeptida

(a) Sel bakteri

Pada sel bakteri, yang tidak memiliki nukleus, mRNA yang dihasilkan oleh transkripsi
langsung ditranslasi tanpa pemrosesan lebih lanjut
Peraga 17.3b Gambaran umum: peran transkripsi dan
translasi dalam aliran informasi genetik
Selaput
nukleus

DNA
TRANSKRIPSI
(b) Sel eukariot
Nukleus menyediakan Pre-mRNA
kompartemen terpisah untuk PEMROSESAN RNA
transkripsi. Transkripsi RNA
asli, disebut pre-mRNA,
diproses dalam berbagai cara mRNA
sebelum meninggalkan
nukleus sebagai mRNA

TRANSLASI Ribosom

Polipeptida
Kode Genetik

• Bagaimana instruksi untuk perakitan asam

amino menjadi protein yang dikodekan dalam
DNA?
• Ada 20 asam amino, tetapi hanya ada empat
basa nukleotida dalam DNA
• Berapa banyak basa yang bersesuaian dengan
asam amino?
Kodon: Triplet Basa

• Aliran informasi dari gen ke protein didasarkan

pada kode triplet (triplet code): satu
rangkaian kata tiga nukleotida yang tidak
tumpang-tindih
• Triplet basa nukleotida merupakan unit terkecil
dengan panjang seragam yang dapat
mengodekan semua asam amino
• Contoh: AGT di posisi tertentu pada seuntai
DNA menghasilkan penempatan asam amino
serin pada posisi yang bersesuaian dari
polipeptida yang sedang dibuat
• Selama transkripsi, salah satu dari kedua untai
DNA yang disebut untai cetakan (template
strand) menyediakan pola atau cetakan untuk
sekuens nukleotida-nukleotida dalam transkrip
RNA
• Selama translasi, triplet basa mRNA yang
disebut kodon (codon), dibaca dengan arah 5
ke 3
• Setiap kodon menspesifikasi asam amino yang
akan ditempatkan ke dalam posisi yang sesuai
di sepanjang polipeptida
• Kodon di sepanjang molekul mRNA dibaca
oleh mesin translasi dengan arah 5 ke 3
• Setiap kodon menspesifikasi penambahan satu
dari 20 asam amino
Peraga 17.4 Kode triplet

Gen 2
Molekul
DNA
Gen 1

Gen 3

Untai
cetakan
DNA

TRANSKRIPSI

mRNA
Codon
TRANSLASI

Protein

Asam amino
Memecahkan Kode

• Ke-64 kodon dipecahkan pada pertengahan tahun

1960-an
• Dari ke-64 triplet, 61 mengodekan asam amino; 3
triplet merupakan sinyal “stop” yang menandai akhir
translasi
• Ada redundansi dalam kode genetik, namun tidak ada
ambiguitas; tidak satu kodon pun menspesifkasikan
lebih dari satu asam amino
• Kodon harus dibaca dalam bingkai pembacaan
(reading frame) atau pengelompokan yang benar
agar menghasilkan polipeptida yang spesifik
Basa mRNA pertama (ujung 5 kodon)
Peraga 17.5 Kamus kode genetik
Basa mRNA kedua

Basa mRNA ketiga (ujung 3 kodon)

Evolusi Kode Genetik

• Kode genetik nyaris universal, dimiliki oleh

semua organisme dari bakteri yang paling
sederhana sampai hewan yang paling
kompleks
• Gen-gen dapat ditranskripsi dan ditranslasi
setelah ditransplantasikan dari satu spesies ke
spesies lain
Peraga 17.6a Ekspresi gen dari spesies berbeda

(a) Tanaman tembakau

mengekspresikan gen
kunang-kunang.
Pendar kuning dihasilkan
oleh reaksi kimiawi yang
dikatalisis oleh produk
protein gen kunang-kunang
Peraga 17.3b Gambaran umum: peran transkripsi dan translasi dalam aliran informasi genetik

(b) Babi mengekspresikan

gen ubur-ubur.
Para peneliti menyuntikkan
gen protein fluoresen ke
dalam sel telur babi yang
terfertilisasi. Salah satu
sel telur berkembang
menjadi babi fluoresen ini.
Konsep 17.2: Transkripsi adalah sintesis RNA yang
diarahkan oleh DNA: pengamatan lebih dekat
• Transkripsi, tahap pertama ekspresi gen, dapat
dipelajari secara lebih terperinci
Komponen-komponen Molekular Transkripsi

• Sintesis RNA dikatalisis oleh RNA polimerase

(RNA polymerase), yang memisahkan kedua
untai DNA dan menggabungkan nukleotida-
nukleotida RNA
• Sintesis RNA mengikuti aturan pemasangan
basa yang sama seperti pada DNA, dengan
pengecualian urasil menggantikan timin

Copyright © 2008 Pearson Education Inc., publishing as Pearson Benjamin Cummings

• Sekuens DNA tempat RNA polimerase melekat
disebut promoter; pada bakteri, sekuens yang
menandai akhir transkripsi disebut terminator
• Rentangan DNA yang ditranskripsi menjadi
molekul RNA disebut unit transkripsi
(transcription unit)
Peraga 17.7 Tahap-tahap transkripsi: inisiasi, pemanjangan, dan terminasi

Promoter Unit transkripsi

5 3
3 5
DNA
Titik mulai
RNA polimerase
1 Inisiasi Pemanjangan Untai DNA
bukan cetakan
Nukleotida RNA
5 3 RNA
3 5
polimerase
Transkrip Untai cetakan
DNA RNA DNA
terbuka
2 Pemanjangan 3
Ujung 3

DNA bergabung
kembali 5
5 3
3 3 5
5
5 Arah transkripsi
Transkrip (‘ke hilir’)
Untai cetakan
RNA 3 Terminasi DNA
RNA yang
baru dibuat
5 3
3 5
5 3
Transkrip RNA yang sudah selesai
Peraga 17.7a Tahap-tahap transkripsi: inisiasi, pemanjangan, dan terminasi

Promoter Unit transkripsi

5 3
3 5
DNA
Titik mulai
RNA polimerase
1 Inisiasi

5 3
3 5
Transkrip Untai cetakan
DNA RNA DNA
terbuka
2 Pemanjangan

DNA bergabung
kembali
5 3 3
3 5
5

Transkrip
RNA 3 Terminasi

5 3
3 5
5 3
Transkrip RNA yang sudah selesai
Peraga 17.7b Tahap-tahap transkripsi: inisiasi, pemanjangan, dan terminasi

Pemanjangan Untai DNA bukan cetakan

Nukleotida RNA
RNA
polimerase

3 Ujung 3

5

Arah transkripsi
5 (‘ke hilir’)
Untai cetakan
DNA
RNA yang
baru dibuat
Sintesis Transkrip RNA

• Tiga tahap transkripsi:

– Inisiasi

– Pemanjangan

– Terminasi
Pengikatan RNA Polimerase dan Inisiasi Transkripsi

• Promoter memberi sinyal untuk inisiasi sintesis RNA

• Faktor transkripsi (transcription factor) memediasi
pengikatan RNA polimerase dan inisiasi transkripsi
• Keseluruhan kompleks faktor transkripsi dan RNA
polimerase II yang terikat ke promoter disebut
kompleks inisiasi transkripsi (transcription
initiation complex)
• Suatu promoter yang disebut kotak TATA (TATA
box) sangat penting dalam pembentukan kompleks
inisiasi pada promoter eukariot
Peraga 17.8 Inisiasi transkripsi pada promoter eukariot

1 Promoter eukariotik
mencakup kotak TATA
Promoter
Cetakan
5 3
3 5
Kotak TATA Titik mulai Untai cetakan DNA

2 Beberapa faktor transkripsi harus

Faktor transkripsi berikatan ke DNA sebelum RNA
polimerase II dapat melakukannya.
5 3
3 5

3 Faktor-faktor transkripsi tambahan berikatan

ke DNA bersama-sama dengan RNA polimerase II,
membentuk kompleks inisiasi transkripsi
RNA polimerase II
Faktor transkripsi

5 3
3 5 5

Transkrip RNA
Kompleks inisiasi transkripsi
Pemanjangan Untai RNA

• Ketika RNA polimerase bergerak di sepanjang

DNA, enzim tersebut terus membuka puntiran
heliks ganda, mengekspos sekitar 10 sampai
20 basa DNA dalam satu waktu
• Transkripsi berlangsung dengan laju sekitar 40
nukleotida per detik pada eukariota
• Satu gen tunggal dapat ditranskripsikan secara
bersamaan oleh beberapa molekul RNA
polimerase
Terminasi Transkripsi

• Mekanisme terminasi berbeda pada bakteri

dan eukariota
• Pada bakteri, polimerase menghentikan
transkripsi di ujung terminator
• Pada eukariota, polimerase melanjutkan
transkripsi setelah pre-mRNA dipotong dari
rantai RNA yang sedang tumbuh; polimerase
akhirnya terlepas dari DNA
Konsep 17.3: Sel eukariot memodifikasi RNA
setelah transkripsi
• Enzim-enzim dalam nukleus eukariot
memodifikasi pre-mRNA sebelum pesan
genetik dikirimkan ke sitoplasma
• Selama pemrosesan RNA (RNA
processing), kedua ujung transkrip primer
biasanya diubah
• Juga, bagian-bagian interior tertentu dari
molekul RNA akan dipangkas, dan bagian-
bagian yang tersisa disatukan
Pengubahan ujung-ujung mRNA

• Setiap ujung molekul pre-mRNA dimodifikasi dengan

cara tertentu:
– Ujung 5 menerima tudung 5 (5 cap), nukleotida
termodifikasi
– Ujung 3 membentuk ekor poli-A (poly-A tail)

• Tudung 5dan ekor poli-A memiliki beberapa fungsi:

– Keduanya tampak memfasilitasi ekspor mRNA

– Keduanya melindungi mRNA dari enzim-enzim

hidrolitik
– Keduanya membantu ribosom melekat ke ujung 5
Peraga 17.9 Pemrosesan RNA: penambahan tudung 5’ dan ekor poli-A

Segmen pengode protein Sinyal poliadenilasi

5 3
G P P P AAUAAA AAA…AAA

Tudung 5 5 UTR Kodon mulai Kodon stop 3 UTR Ekor poli-A

Gen Terpisah-pisah dan Penyambungan RNA

• Sebagian besar gen eukariot dan transkrip RNA-nya

mengandung rentangan panjang nukleotida bukan
pengode yang terletak di antara wilayah-wilayah
pengode
• Wilayah-wilayah bukan pengode disebut sekuens
penyela (intervening sequence), atau intron
• Wilayah-wilayah yang lain disebut ekson (exon)
karena mereka akhirnya diekspresikan, biasanya
ditranslasikan menjadi sekuens asam amino
• Penyambungan RNA (RNA splicing) membuang
intron dan menggabungkan ekson, membentuk
molekul mRNA dengan sekuens pengode yang tak
terputus
Peraga 17.10 Pemrosesan RNA: penyambungan RNA

5 Ekson Intron Ekson Intron Ekson 3

Pre-mRNA Tudung 5 Ekor poli-A
1 30 31 104 105 146

Segmen Intron dipotong dan dibuang,

pengode ekson disambung-sambungkan

mRNA Tudung 5 Ekor poli-A

1 146
5 UTR 3 UTR
• Pada beberapa kasus, penyambungan RNA
dilakukan oleh splisosom (spliceosome)
• Splisosom terdiri atas berbagai jenis protein
dan ribonukleoprotein nukleus kecil (small
nuclear ribonucleoprotein, snRNP) yang
mengenali situs-situs penyambungan
Peraga 17.11. Peran snRNP dan splisosom dalam penyambungan mRNA

Transkrip RNA (pre-mRNA)

5
Ekson 1 Intron Ekson 2

Protein
snRNA Protein
lain
snRNP

Splisosom

5

Komponen
splisosom Intron yang
dibuang
mRNA
5
Ekson 1 Ekson 2
Ribozim

• Ribozim (ribozyme) adalah molekul RNA

katalitik yang berfungsi sebagai enzim dan
dapat menyambung RNA
• Penemuan ribozim mematahkan gagasan
bahwa semua katalis biologis adalah protein
• Tiga sifat RNA memungkinkan beberapa
molekul RNA berfungsi sebagai enzim
– RNA dapat membentuk struktur tiga dimensi
karena kemampuannya untuk berpasangan
basa dengan dirinya sendiri
– Beberapa basa dalam RNA mengandung
gugus-gugus fungsional
– RNA dapat berikatan-hidrogen dengan molekul
asam nukleat lain
Nilai Penting Fungsional dan Evolusioner dari Intron

• Beberapa gen dapat mengodekan lebih dari

satu jenis polipeptida, bergantung pada
segmen mana yang diperlakukan sebagai
ekson selama penyambungan RNA
• Variasi semacam itu disebut penyambungan
RNA alternatif (alternative RNA splicing)
• Berkat penyambungan alternatif, jumlah produk
protein berbeda yang dihasilkan oleh suatu
organisme bisa jauh lebih besar daripada
jumlah gennya
• Protein seringkali memiliki arsitektur modular
yang terdiri atas wilayah struktural dan
fungsional tersendiri yang disebut domain
• Pada banyak kasus, ekson yang berbeda
mengodekan domain yang berbeda pada
protein
• Pengocokan ekson (exon shuffling) mungkin
menghasilkan evolusi protein-protein baru
Peraga 17.12 Hubungan antara ekson dan domain protein
Gen
DNA
Ekson 1 Intron Ekson 2 Intron Ekson 3

Transkripsi

Pemrosesan RNA

Translasi

Domain 3

Domain 2

Domain 1

Polipeptida
Konsep 17.4: Translasi adalah sintesis polipeptida
yang diarahkan oleh RNA: pengamatan lebih dekat
• Translasi mRNA ke protein dapat diulas lebih
terperinci
Komponen-komponen Molekular Translasi

• Sel menerjemahkan pesan mRNA menjadi

protein dengan bantuan RNA transfer
(transfer RNA, tRNA)
• Molekul-molekul tRNA tidak sepenuhnya
identik:
– Molekul tRNA membawa suatu asam amino
spesifik pada salah satu ujungnya
– Molekul tRNA memiliki satu antikodon
(anticodon) di ujung lainnya; antikodon
berpasangan-basa dengan kodon
komplementer pada mRNA
Peraga 17.13 Translasi: konsep dasar

Asam
Polipeptida amino

tRNA dengan
asam amino
yang melekat
Ribosom

p
Tr Phe Gly

tRNA

Antikodon

5 kodon 3
mRNA
Struktur dan Fungsi RNA Transfer

• Suatu molekul tRNA terdiri atas seuntai

A
RNA
tunggal yang panjangnya hanya sekitar
C
C 80
nukleotida
• Dengan dipipihkan ke dalam satu bidang
untuk menunjukkan perpasangan basa ini,
molekul tRNA terlihat seperti daun semanggi
Peraga 17.14a Struktur RNA transfer (tRNA)
3
Situs pelekatan
asam amino
5

Ikatan
hidrogen

Antikodon
(a) Struktur dua dimensi
Peraga 17.14b Struktur RNA transfer (tRNA)

5 Situs pelekatan
asam amino
3

Ikatan
hidrogen

3 5
Antikodon Antikodon
(c) Simbol yang digunakan
(b) Struktur berdimensi tiga dalam buku ini
• Karena adanya ikatan hidrogen, tRNA
sebenarnya memuntir dan menggulung
menjadi struktur berdimensi tiga
• tRNA berbentuk seperti huruf L
• Translasi akurat membutuhkan dua proses:
– Pertama: perpasangan yang benar antara
tRNA dan asam amino dilakukan oleh enzim
aminoasil-tRNA sintetase (aminoacyl-tRNA
synthetase)
– Kedua: perpasangan yang benar antara
antikodon tRNA dengan kodon mRNA
• Perpasangan yang fleksibel pada basa ketiga
suatu kodon disebut wobble dan
memungkinkan beberapa tRNA berikatan
dengan lebih dari satu kodon
Peraga 17.15 Aminoasil-
tRNA sintetase Asam amino Aminoasil-tRNA
menggabungkan asam sintetase (enzim)
amino spesifik ke tRNA
P P P Adenosine

ATP

P Adenosin

P Pi tRNA
Pi
Pi
Aminoasil-tRNA
sintetase

tRNA

P Adenosin

AMP
Model komputer

Aminoasil-tRNA
(“tRNA bermuatan”)
Ribosom

• Ribosom memfasilitasi perpasangan spesifik

antikodon tRNA dengan kodon mRNA selama
sintesis protein
• Dua subunit ribosom (besar dan kecil) terbuat
dari protein dan RNA ribosom (ribosomal
RNA, rRNA)
Peraga 17.16a Anatomi ribosom yang sedang berfungsi

Polipeptida yang
sedang tumbuh Terowongan keluar
Molekul tRNA

Subunit
E PA besar

Subunit
kecil
5
mRNA 3
(a) Model komputer ribosom yang sedang berfungsi
Peraga 17.16b Anatomi ribosom yang sedang berfungsi

Situs P (Situs pengikatan

peptidil-tRNA) Situs A (Situs pengikatan
Situs E aminoacyl-tRNA)
(keluar, exit)
E P A Subunit
besar
Situs pengikatan Subunit
mRNA
kecil
(b) Model skematik yang menunjukkan situs pengikatan

Asam amino Polipeptida yang sedang tumbuh

Asam amino berikut yang
akan ditambahkan ke rantai
polipeptida
E tRNA
mRNA 3

5 Kodon

(c) Model skematik dengan mRNA dan tRNA

• Ribosom memiliki tiga situs pengikatan untuk
tRNA:
– Situs P menampung tRNA yang membawa
rantai polipeptida
– Situs A menampung tRNA yang mengangkut
asam amino yang akan ditambahkan
berikutnya ke rantai
– Situs E adalah tempat keluarnya tRNA yang
telah melepaskan muatannya meninggalkan
ribosom
Membangun Polipeptida

• Tiga tahap translasi:

– Inisiasi

– Pemanjangan

– Terminasi

• Ketiga tahap membutuhkan ‘faktor-faktor’

protein yang membantu proses translasi
Asosiasi Ribosom dan Inisiasi Translasi

• Tahap inisiasi dari translasi menyatukan mRNA, tRNA

yang membawa asam amino pertama, dan kedua
subunit ribosom
• Pertama, subunit ribosom kecil berikatan dengan
mRNA sekaligus tRNA inisiator spesifik
• Kemudian, subunit kecil bergerak di sepanjang mRNA
sampai mencapai kodon mulai (AUG)
• Protein-protein yang disebut faktor inisiasi
menyatukan subunit besar untuk melengkapi
kompleks inisiasi translasi (translation initiation
complex)
Peraga 17.17 Inisiasi translasi

Subunit
ribosom
3 U A C 5 Situs P besar
Met 5 A U G 3 Met

tRNA
inisiator GTP GDP
E A
mRNA
5 5
3 3
Kodon mulai
Subunit
Situs pengikatan mRNA ribosom Kompleks inisiasi translasi
kecil
Pemanjangan Rantai Polipeptida

• Selama tahap pemanjangan, asam amino

ditambahkan satu per satu ke asam amino
sebelumnya
• Setiap penambahan melibatkan protein-protein
yang disebut faktor pemanjangan (elongation
factor) dan terjadi dalam siklus tiga tahap:
pengenalan kodon, pembentukan ikatan
peptida, dan translokasi
Peraga 17.18 Siklus pemanjangan translasi

Ujung amino
polipeptida

E 3
mRNA
Situs Situs
Ribosom siap untuk tRNA 5 P A
aminoasil berikutnya GTP

GDP

E E

P A P A

GDP
GTP

P A
Terminasi Translasi

• Terminasi terjadi ketika kodon stop pada

mRNA mencapai situs A dari ribosom
• Situs A menerima protein yang disebut faktor
pelepasan (release factor)
• Faktor pelepasan menyebabkan penambahan
molekul air, sebagai pengganti asam amino
• Reaksi ini melepaskan polipeptida, dan sisa
rakitan translasi kemudian terlepas
Peraga 17.19 Terminasi translasi

Faktor Polipeptida
pelepasan bebas

5
3 3
3
5 5 2 GTP
Kodon stop 2 GDP
(UAG, UAA, atau UGA)
Poliribosom

• Sejumlah ribosom dapat menerjemahkan

mRNA tunggal secara bersamaan, membentuk
suatu poliribosom (polyribosome atau
polisom, polysome)
• Poliribosom memungkinkan sel membuat
banyak salinan polipeptida dengan sangat
cepat
Peraga 17.20 Poliribosom
Polipeptida
Polipeptida yang selesai dibuat
sedang tumbuh
Subunit
ribosom
yang datang
Poliribosom
Awal
mRNA Akhir
(ujung 5) mRNA
(ujung 3)
(a)

Ribosom

mRNA

(b) 0,1 µm
Menyelesaikan dan Menargetkan Protein
Fungsional
• Seringkali proses translasi tidak cukup untuk
membuat protein fungsional
• Rantai polipeptida dimodifikasi setelah proses
translasi
• Protein yang telah selesai kemudian
ditargetkan ke tempat-tempat yang spesifik di
dalam sel
Penggulungan Protein dan Modifikasi Pasca-
Translasi
• Selama dan setelah sintesis, rantai polipeptida
mengumpar dan menggulung secara spontan
membentuk protein dengan bentuk tiga dimensi
• Protein juga membutuhkan modifikasi pasca-
translasi (post-translational modifications) sebelum
protein mulai melakukan kerjanya
• Beberapa polipeptida diaktivasi oleh enzim-enzim
yang memotong mereka
• Polipeptida lain bersatu membentuk subunit
protein
Menargetkan Polipeptida ke Lokasi Spesifik

• Dua populasi ribosom terlihat jelas di dalam sel:

ribosom bebas (dalam sitosol) dan ribosom terikat
(melekat ke sisi retikulum endoplasma/RE)
• Ribosom bebas sebagian besar menyintesis protein
yang berfungsi di dalam sitosol
• Ribosom terikat membuat protein-protein sistem
endomembran dan protein-protein yang disekresikan
dari sel
• Ribosom bersifat identik dan dapat beralih status dari
bebas menjadi terikat
• Sintesis polipeptida selalu bermula di sitosol

• Sintesis berakhir di dalam sitosol kecuali

polipeptida memberi tahu ribosom untuk
melekat ke RE
• Polipeptida-polipeptida yang ditakdirkan untuk
sistem RE atau untuk sekresi ditandai oleh
peptida sinyal (signal peptide)
• Partikel pengenalan sinyal (signal-
recognition particle, SRP) berikatan dengan
peptida sinyal
• SRP membawa peptida sinyal dan ribosomnya
ke RE
Peraga 17.21 Mekanisme sinyal untuk menargetkan protein ke RE

Ribosom
mRNA

Peptida
sinyal Membran
RE
Peptida
Partikel Sinyal Protein
pengenalan dibuang
sinyal (SRP)
SITOSOL
Kompleks
translokasi
LUMEN RE Protein
reseptor
SRP
Konsep 17.5: Mutasi titik dapat memengaruhi
struktur dan fungsi protein
• Mutasi (mutation) adalah perubahan materi
genetik dari sebuah sel atau virus
• Mutasi titik (point mutation) adalah
perubahan kimiawi pada satu pasangan basa
gen
• Perubahan satu nukleotida tunggal dalam untai
cetakan DNA menyebabkan produksi protein
abnormal
Peraga 17.22 Dasar molekular penyakit sel sabit; mutasi titik

DNA hemoglobin wild-type DNA hemoglobin mutan

3 C T T 5 3 C A T 5
5 G A A 3 5 G T A 3

mRNA mRNA
5 G A A 3 5 G U A 3

Hemoglobin normal Hemoglobin sel sabit

Glu Val
Tipe-tipe Mutasi Titik

• Mutasi titik dalam suatu gen dapat dibagi

menjadi dua kategori umum
– Substitusi pasangan basa

– Insersi atau delesi pasangan basa

Peraga 17.23a Tipe-tipe mutasi titik
Wild type
Untai cetakan 3 5
DNA 5 3

mRNA 5 3
Protein Stop

Ujung amino Ujung karboksil

A pengganti G
3 5
5 3
U pengganti C
5 3

Stop

Bisu (tak ada pengaruh pada sekuens asam amino)

Peraga 17.23b Tipe-tipe mutasi titik
Wild type
Untai cetakan 3 5
DNA 5 3

mRNA 5 3
Protein Stop

Ujung amino Ujung karboksil

T pengganti C

3 5
5 3
A pengganti G
5 3

Stop
Salah makna
Peraga 17.23c Tipe-tipe mutasi titik
Wild type
Untai cetakan 3 5
DNA 5 3

mRNA 5 3
Protein Stop
Ujung amino Ujung karboksil

A pengganti T
3 5
5 3
U pengganti A
5 3

Stop
Tak bermakna
Peraga 17.23d Tipe-tipe mutasi titik
Wild type
Untai cetakan 3 5
DNA 5 3

mRNA 5 3
Protein Stop

Ujung amino Ujung karboksil

A Extra
3 5
5 3
U Extra
5 3

Stop

Pergeseran bingkai pembacaan menyebabkan mutasi tak

bermakna kontan (insersi 1 pasangan-basa)
Peraga 17.23e Tipe-tipe mutasi titik
Wild type
Untai cetakan 3 5
DNA 5 3

mRNA 5 3
Protein Stop
Ujung amino Ujung karboksil

hilang
3 5
5 3
hilang
5 3

Pergeseran bingkai pembacaan menyebabkan mutasi salah

makna ekstensif (delesi 1 pasangan-basa)
Peraga 17.23f Tipe-tipe mutasi titik
Wild type
Untai cetakan 3 5
DNA 5 3

mRNA 5 3
Protein Stop
Ujung amino Ujung karboksil

missing
3 5
5 3
missing
5 3

Stop
Tidak ada pergeseran bingkai pembacaan, namun satu asam
amino hilang (delesi 3 pasangan basa)
Substitusi

• Substitusi pasangan basa (base-pair substitution)

mengganti satu nukleotida dan pasangannya dengan
sepasang nukleotida lain
• Mutasi bisu (silent mutation) tidak memiliki efek
terhadap asam amino yang dihasilkan oleh kodon
akibat adanya redundansi kode genetik
• Mutasi salah makna (missense mutation) tetap
mengodekan asam amino, tetapi bukan selalu asam
amino yang benar
• Mutasi tak bermakna (nonsense mutation)
mengubah kodon untuk asam amino menjadi kodon
stop, hampir selalu menyebabkan pembentukan
protein-protein nonfungsional
Insersi dan Delesi

• Insersi dan delesi adalah penambahan atau

kehilangan pasangan nukleotida pada gen
• Mutasi-mutasi ini berefek merusak pada
protein yang dihasilkan, lebih daripada
substitusi
• Insersi atau delesi nukleotida dapat mengubah
bingkai pembacaan pesan genetik,
menghasilkan mutasi pergeseran bingkai
pembacaan (frameshift mutation)
Mutagen

• Mutasi spontan (spontaneous mutation) dapat

terjadi selama replikasi, rekombinasi, atau
perbaikan DNA
• Mutagen adalah agen fisik dan kimiawi yang
dapat menyebabkan mutasi
Konsep 17.6: Meskipun ekspresi gen berbeda-beda di antara
domain-domain kehidupan, konsep gen bersifat universal

• Arkaea adalah prokariota, tetapi memiliki

banyak kesamaan dalam mekanisme ekspresi
gen dengan eukariota
Membandingkan Ekspresi Gen pada Bakteri,
Arkaea, dan Eukarya
• Bakteri dan eukarya memiliki RNA polimerase,
pengakhiran transkripsi, dan ribosom yang
berbeda; arkaea cenderung menyerupai hal-
hal yang terjadi pada eukarya
• Bakteri dapat mentranskripsi dan mentranslasi
gen yang sama secara simultan
• Pada eukarya, transkripsi dan translasi
dipisahkan oleh selaput nukleus
• Pada arkaea, transkripsi dan translasi
digandengkan
Peraga 17.24 Transkripsi dan translasi yang digandengkan pada bakteri

RNA polimerase

DNA
mRNA

Poliribosom

0,25 µm
RNA Arah transkripsi
polimerase
DNA

Poliribosom

Polipeptida
(ujung amino)

Ribosom

mRNA (ujung 5)

Meninjau Kembali Pertanyaan Apa itu Gen?

• Gagasan tentang gen itu sendiri merupakan

konsep kehidupan yang menjadi satu kesatuan
• Kita telah memandang gen sebagai:
– Unit diskret pewarisan-sifat

– Wilayah sekuens nukleotida spesifik pada

kromosom
– Sekuens DNA yang mengodekan seutas rantai
polipeptida spesifik
Peraga 17.25 Rangkuman transkripsi dan translasi pada sel eukariot

DNA
TRANSKRIPSI

3 A
l i-
Po

RNA
5 transkrip polimerase
RNA
PEMROSESAN RNA
Ekson
Transkrip RNA
(pre-mRNA)
Intron

Aminoasil-tRNA
i -A
Po l sintetase
NUKLEUS

Asam
amino AKTIVASI ASAM AMINO
SITOPLASMA tRNA

mRNA Polipeptida
yang tumbuh
ng
du 3
Tu
A
Asam amino l i-A
P yang teraktivasi Po
Sub-unit
E
ribosom

un g
T ud
5
TRANSLASI

E A
Antikodon

Kodon

Ribosom
• Ringkasnya, gen dapat didefinisikan sebagai
wilayah DNA yang dapat diekspresikan untuk
menghasilkan produk fungsional akhir yang
bisa berupa polipeptida atau molekul RNA
RANGKUMAN KONSEP KUNCI

Komponen-komponen Molekular Transkripsi

Unit transkripsi

Promoter

5 3 3
3 5
5 Untai cetakan
DNA
RNA polimerase
Transkrip RNA

Sintesis RNA dikatalisis oleh RNA polimerase. Sintesis mengikuti

aturan perpasangan basa yang sama dengan replikasi DNA, kecuali
pada RNA, timin digantikan oleh urasil
Pengubahan Ujung-ujung mRNA

Pre-mRNA
Tudung Poli-A tail

mRNA

Molekul mRNA eukariot diproses sebelum meninggalkan nukleus

melalui modifikasi ujung-ujungnya dan melalui penyambungan RNA.
Ujung 5’ memperoleh tudung nukleotida termodifikasi, sedangkan
ujung 3’ memperoleh ekor poli-A.
Membangun Polipeptida

mRNA Ribosom

Polipeptida

Ribosom mengoordinasikan ketiga tahap translasi: inisiasi,

pemanjangan, dan terminasi. Pembentukan ikatan peptida di antara
asam-asam amino dikatalisis oleh rRNA. Beberapa ribosom dapat
mentranslasikan suatu molekul mRNA secara bersamaan,
membentuk poliribosom.
Kuis Mandiri

Ulas kembali peran RNA dengan cara mengisi tabel berikut:

Uji Konsep

1. Untai cetakan dari suatu gen mengandung sekuens 3’-TTCAGTCGT-5’.

Gambarkan sekuens bukan cetakan dan sekuens mRNA yang
mengindikasikan ujung 5’ dan 3’ pada masing-masing sekuens.
Bandingkan kedua sekuens tersebut.

2. Bayangkan bahwa suatu sekuens bukan cetakan pada pertanyaan1

ditranskripsikan, sebagai pengganti sekuens cetakan. Gambarkan
sekuens mRNA dan translasikan menggunakan peraga 17.5.
(Pastikan memperhatikan ujung 5’ dan 3’.) Prediksikan seberapa baik
protein yang disintesis dari untai bukan cetakan bisa berfungsi, jika
memang betul berfungsi.
Uji Konsep

3. Gen dengan untai cetakan yang mengandung sekuens

3’-TACTTGTCCGATATC-5’ bermutasi menjadi
3’-TACTTGTCCAATATC-5’. Untuk gen normal maupun mutan,
gambarkan DNA beruntai ganda, mRNA yang dihasilkan, dan
sekuens asam amino yang dikodekan oleh masing-masing gen. Apa
efek dari mutasi tersebut pada sekuens asam amino?
Jawaban Uji Konsep no 1

Sekuens-sekuens basa bukan-cetakan dan mRNA sama, kecuali

bahwa ada T pada untai DNA bukan-cetakan sementara posisi T
digantikan oleh U pada mRNA.
Jawaban Uji Konsep no 2

Protein yang ditranslasikan dari sekuens bukan-cetakan akan

memiliki urutan asam amino yang sepenuhnya berbeda dan
tentunya tak akan fungsional.
Jawaban Uji Konsep no 3

Sekuens asama amino Met-Asn-Arg-Leu tetap sama, baik sebelum

maupun sesudah mutasi, sebab kodon mRNA 5’-CUA-3’ dan 5’-
UUA-3’ sama-sama menyandikan Leu.
Jawaban Kuis Mandiri
Sekarang, Anda seharusnya mampu untuk:

1. Mendeskripsikan kontribusi yang dibuat oleh

Garrod, Beadle, dan Tatum terhadap
pemahaman tentang hubungan antara gen dan
enzim

2. Secara jelas menjelaskan bagaimana informasi

mengalir dari gen ke protein

3. Membandingkan transkripsi dan translasi pada

bakteri dan eukariota

4. Menjelaskan makna bahwa dalam kode genetik

terdapat redundansi tetapi tidak ambiguitas
5. Memasukkan istilah berikut dalam deskripsi
transkripsi: mRNA, RNA polimerase,
promoter, terminator, unit transkripsi, inisiasi,
pemanjangan, terminasi, dan intron

6. Memasukkan istilah berikut dalam deskripsi

translasi: tRNA, wobble, ribosom, inisiasi,
pemanjangan, dan terminasi