TRANSKRIPSI,

TRANSLASI DAN
REPLIKASI
CENTRAL “DOGMA”/ Dogma Biologi Modern

DNA

Transcription
Replication

Reverse RNA
Transcription

PROTEIN
Translation
AKTIVITAS SEL
 Sel/tubuh akan melakukan aktivitas sesuai dengan kebutuhannya.
Misal :
 kalo lapar pasti akan makan,
 kalo kenyang pasti tidak akan makan,
 sel bakteri jika kondisi lingkungan tidak baik, maka dia akan membentuk kapsul
atau membentuk spora
 Sel bakteri bergerak menuju tempat makanan menggunakan flagella, gerakan
tersebut didasarkan dari reaksi kimia.
 Gerak tubuh manusiapun didasarkan atas reaksi kimia

 Semua Aktivitas sel didasarkan pada adanya reaksi kimia,

 Reaksi kimia dalam sel sebagian besar dilakukan secara reaksi enzimatis maupun non
enzimatis.
 Reaksi enzimatis dilakukan oleh adanya enzim ( protein yang melakukan reaksi)
Enzim
 Adalah suatu protein yang berfungsi melakukan reaksi kimia dalam
sel hidup.

 Struktur Enzim dapat berupa : (1) molekul protein atau (2) molekul protein
dengan koenzim atau (3) molekul protein dengan ion logam
 Protein ensim atau protein yang lain dibuat (disintesis) melalui proses bertahap
yaitu : transkripsi ( pembentukan mRNA) dengan adanya kode genetik dari
DNA , dan DNA digunakan sebagai cetakan pembentukan mRNA.
 dilanjutkan dengan proses translasi (pembentukan protein struktur
primer/menterjemahkan kode mRNA menjadi protein) oleh ribosom
 Protein yang dihasilkan memilki fungsi tertentu, setiap 1 jenis
protein memiliki minimal 1 jenis fungsi.
 Sebagai enzim
 Sebagai pembangun sel,
 Sebagai alat transport dan masih sangat banyak sekali
 Pembentukan protein-protein tersebut terjadi karena adanya respon
sel/tubuh terhadap kondisi lingkungan eksternal ataupun internal
sel/tubuh, sel melakukan reaksi kimia (metabolisme ) sesuai dengan
kebutuhannya.
 Respon sel/tubuh muncul ketika ada rangsangan/stimulasi tertentu
 Adanya kebutuhan atau adanya stimulan tertentu terhadap sel, maka
sel akan menerima sinyal, dan meneruskan ke DNA kemudian
melakukan transkripsi untuk menghasilan mRNA, t RNA, rRNA
yang berperan dalam proses translasi untuk menghasilkan protein.
Protein yang bersangkutan utntuk merespon kebutuhan sel atau
stimulan/rangsangan.
DNA m RNA PROTEIN Enzim
(transkripsi) (translasi)
Struktur sel

dll.
DNA t RNA (pembawa asam amino ke ribosom)
DNA r RNA (komponen untuk menyusun ribosom)
 PROKARIOT

DNA

Regulatory factors

mRNA Translation

RNAses Regulatory factors

Proteins
Decay
Turnover Interactions

Localization
 EUKARIOT
Pre-mRNA
Capping Splicing
Polyadenylation
mRNA

eIFs, eEF, eRF

Storage mRNA Translation

RNAses Regulatory factors

Proteins
Decay
Turnover Interactions

Localization Modification
(PO4/dPO4,
glycosylation)
 Secara alami sel akan mengalami pembelahan sel.
 Siklus sel
Replikasi DNA

 Replikasi DNA terjadi saat siklus S pada masa interfase

 Pada proses replikasi ada beberapa komponen vital yang harus ada:
 DNA template/DNA cetakan : molekul DNA yang akan direplikasi.
 Molekul nukleotida : komponen basa purin/pirimidin + deoksiribosa + fosfat = dATP,
dTTP, dCTP, dan dGTP.
 DNA polimerase : enzim utama yang mengkatalisis polimerisasi nukleotida menjadi
untaian DNA.
Replikasi

 Proses perbanyakan materi genetik dari jasad hidup atau partikel

virus.
Komponen2 Penting dalam replikasi :
1. DNA cetakan, yaitu molekul DNA atau RNA yang akan direplikasi
2. Molekul deoksi ribonukleotida, yaitu dATP, dTTP, dCTP, dGTP.
3. Enzim DNA polimerase, yaitu enzim utama yang mengkatalisi
nukleotida menjadi untaian DNA.
4. Enzim primase, yaitu enzim yang mengkatalisis sintesis primer
untuk memulai replikasi DNA.
5. Enzim helikase yaitu pembuka ikatan untaian DNA induk dan enzim
girase.
6. Protein lain yang menstabilkan DNA yang telah membuka (SSB =
single strand binding protein)
7. Enzim DNA ligase, yaitu enzim yang berfungsi untuk menyambung
fragmen-fragmen DNA
8. Mg 2+ (untuk optimasi aktivitas DNA polimerase)
Mekanisme Dasar Replikasi DNA
 Replikasi DNA diawali dengan terjadinya
denaturasi untai-ganda DNA menjadi untai-tunggal
DNA secara enzimatis, secara partial dan bertahap.

 Untai-tunggal DNA induk berperanan sebagai

cetakan (template) bagi pembentukan untaian DNA
baru.

 Denaturasi awal terjadi pada bagian DNA induk

yang dikenal sebagai ori (origin of replication)
atau titik awal replikasi.
 Denaturasi terjadi dengan membukanya ikatan hidrogen antara A-T dan C-
G dari untaian ganda DNA
 Untaian DNA membuka membentuk struktur yang disebut GARPU
REPLIKASI (REPLICATION FORK), (struktur untaian DNA terjadinya
replikasi).
•Sintesis DNA yang berlawanan arah geometrinya
dengan arah pembukaan garpu replikasi dilakukan
secara tahap demi tahap atau sintesis secara
diskontinu (lagging strand)
Replikasi Prokaryotic

• Model theta (θ)

• Replication forks (garpu
replikasi)terjadi pada dua arah yang
berlawanan, terminasi terjadi pada
bagian lain dari DNA circular
Eukaryotic replication

•) Meskipun DNA linear replikasi

DNA mekanisme dasar sama
•) Memiliki beberapa titik inisiasi
(ori)
EKSPRESI GEN

 Ekspresi gen merupakan rangkaian proses penerjemahan informasi genetik

(dalam bentuk urutan basa nukleotida pada DNA atau RNA menjadi protein,
dan lebih jauh lagi: fenotipe.

 DNA  RNA  PROTEIN  REAKSI BIOKIMIA  FENOTIPE

TRANSKRIPSI

 Adalah : proses penyalinan kode-kode genetik yang

ada pada urutan DNA menjadi molekul RNA.
 Transkripsi adalah proses yang mengawali ekspresi
sifat-sifat genetik yang nantinya akan muncul sebagai
fenotipe (kenampakan).
 Molekul RNA yang disintesis dalam transkripsi :
1) mRNA (messenger RNA)
2) tRNA (transfer RNA)
3) rRNa (ribosomal RNA)
 TRANSKRIPSI
 Molekul mRNA adalah RNA yang merupakan salinan kode-kode genetik pada
DNA yang dalam selanjutnya akan diterjemahkan menjadi urutan asam-asam
amino yang menyusun polipeptida/protein tertentu. (yaitu proses
TRANSLASI)
 tRNA membawa asam amino menuju proses translasi
 rRNA molekul yang digunakan untuk menyusun ribosom.
TRANSKRIPSI

 rRNA dan tRNA tidak pernah ditranslasi, karena kedua RNA justru ini
digunakan untuk proses translasi.

Transkripsi Translasi Jalur biokimia

mRNA Protein Fenotipe
DNA tRNA

rRNA
 ORGANISASI GEN DALAM GENOM PROKARIOT

 INDEPENDENT GENES  OPERON

 Ditranskipsi tanpa Sekelompok gen yang
dikendalikan oleh gen lain terletak berdekatan dan
secara langsung dikendalikan oleh satu
Ekspresi konstitutif, Non-
 promotor yang sama
interrupted UNIT
 TRANSCRIPTION Mis. Operon lac
 Sekelompok gen yang terletak berdekatan
β-galaktosidase
dan ditranskripsi/diekspresikan secara Trans-asetilase
simultan.
 Mempunyai fungsi fungsi saling berkaitan
 Mis. Gen rRNA dan gen tRNA i O z v a

Gen represor
GENE CLUSTERS Operator
 Kelompok gen yang berbeda Promotor Permease
pada suatu lokus yang memiliki
fungsi berkaitan Organisasi Operon lac E. coli
 Operon

Promoter Operator Gene 1 Gene 2 Gene 3 Terminator

RNApol.

mRNA 5‘- -3‘

ribosome

proteins Protein 1 Protein 2 Protein 3

 Promotor = bagian gen yang berfungsi sebagai pengatur proses ekspresi
genetik (transkripsi), bagian yang dikenali pertama kali oleh RNA
polimerase dan protein regulator sebelum proses transkripsi.
 Bagian struktural = bagian gen yang membawa kode-kode genetik yang
akan distranskripsi dan kemudian ditranslasi atau hanya ditranskripsikan
saja (dalam hal mengkode t RNA atau rRNA).
 Terminator = bagian gen yang berperanan dalam proses penghentian
transkripsi
Struktur dan Fungsi gen Prokaryot (Bakteri)

 Promotor  penempelan RNA polymerase

 Pribnow box (TATAAT) at -10
 minus 35 site: pengenalan sigma

 ribosome binding site - Shine-Dalgarno

 Daerah kode : sekuen aa untuk protein
 Dimulai dengan kode AUG untuk asam amino metionin
Pengenalan Promotor oleh Faktor Sigma
 RNA polymerase tersusun
oleh 4 subunit (core β, β’
dan α sebagai enzim inti/
core enzyme) dan σ yang
dilepaskan saat setelah
memulai transkripsi
 Sigma(σ) mengenali
promotor dan bagian yang
membuka helix DNA
EKSPRESI GEN EUKARIOT
TRANSLASI

 Translasi adalah
proses penerjemahan urutannukleotda yang ada pada molekul mRNA menjadi rangkaian asam-
asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein.

 Molekul mRNA merupakan salinan DNA yang menyusun gen dalam

bentuk ORF (open reading frame), dengan ciri :
1. Kodon inisiasi translasi, ATG (pd DNA) atau AUG (pd mRNA)
(menyandi metionin pada eukaryot, pada prokaryot : formil-metionin)
2. Serangkaian urutan nukleotida yang menyusun banyak kodon
3. Kodon terminasi translasi, yaitu TAA (UAA pada mRNA), atau TAG
(UAG pada mRNA), atau TGA (UGA pada mRNA)
Kodon

 Kode genetik (kodon) adalah urutan nukleotida yag terdiri

atas 3 nukleotida berurutan (triplet codon) yang menyandi
suatu asam amino tertentu
Information Transfer from DNA to RNA

Figure 3.39
 tRNA Structure
Aminoacyl tRNA synthetase
DNA and Peptide Formation
Ribosomes

Large
subunit
P A
Site Site

mRNA
A U G C U A C U U C G

Small subunit
3. Translation - making proteins
Nuclear
DNA membrane

Transcription
Pre-mRNA

Eukaryotic RNA Processing

Cell mRNA

Ribosome

Translation

Protein
3. Translation

 Three parts:
1. initiation: start codon (AUG)
2. elongation:
3. termination: stop codon (UAG)

 Let’s make a PROTEIN!!!!.

3. Translation

Large
subunit
P A
Site Site

mRNA
A U G C U A C U U C G

Small subunit
 Initiation
aa2
aa1

2-tRNA
1-tRNA
G A U
anticodon U A C

A U G C U A C U U C G A
hydrogen
bonds codon
mRNA
 Elongation peptide bond
aa3

aa1 aa2

3-tRNA
G A A
1-tRNA 2-tRNA
anticodon U A C G A U

A U G C U A C U U C G A
hydrogen
bonds codon
mRNA
 aa1 peptide bond
aa3

aa2

1-tRNA
U A C 3-tRNA
(leaves) G A A
2-tRNA
G A U

A U G C U A C U U C G A

mRNA
Ribosomes move over one codon
 peptide bonds
aa1
aa4

aa2
aa3

4-tRNA
G C U
2-tRNA 3-tRNA
G A U G A A

A U G C U A C U U C G A A C U

mRNA
 peptide bonds
aa1
aa4
aa2

aa3

2-tRNA
4-tRNA
G A U
G C U
(leaves) 3-tRNA
G A A

A U G C U A C U U C G A A C U

mRNA
Ribosomes move over one codon
 peptide bonds aa5
aa1
aa2

aa4
aa3

5-tRNA
U G A

3-tRNA 4-tRNA
G A A G C U

G C U A C U U C G A A C U

mRNA
 peptide bonds aa5
aa1

aa2

aa3
aa4

5-tRNA
U G A
3-tRNA
G A A
4-tRNA
G C U

G C U A C U U C G A A C U

mRNA
Ribosomes move over one codon
 aa5
aa4
aa199 Termination
aa3 primary aa200
structure
of a protein
aa2

aa1

terminator
200-tRNA
or stop
codon
A C U C A U G U U U A G

mRNA
Produk akhir
 Produk akhir dari sintesis protein adalah protein dengan struktur
primer.

 Urutan asam amino berikatan dengan ikatan peptida (peptide bonds).

aa5
aa4
aa3
aa2
aa199

aa1
aa200
Transcription and translation in
eukaryotic cells are separated in
space and time.

Extensive processing of primary

RNA transcripts in eukaryotic cells.