BIOTEKNOLOGI

D. Andang Arif Wibawa, SP., M.Si.

KONTRAK KULIAH

Per kuliahan
UKAD 1 : 21-26 September 2020
UKAD 2 : 19-24 Oktober 2020
UKAD 3 : 16-21 November 2020
UKAD 3 : 14-19 Desember 2020
Penilaian : Jumlah nilai seluruh UKAD dibagi 4
Penilaian : ujian lesan dan tertulis, tugas, kehadiran, aktivitas
 DESKRIPSI/URAIAN TENTANG MATA
KULIAH BIOTEKNOLOGI

• Menjelaskan :
– pengertian dan perkembangan bioteknologi,
– sistem bioteknologi molekular,
– diagnostik molekuler,
– produksi senyawa obat oleh mikrobia,
– produksi antibodi,
– produksi farmasetik melalui mikroorganisme rekombinan,
– genetika molekuler manusia meliputi linkage dan mapping
gen,kloning gen manusia, proyek genom manusia, dan
terapi gen
 MATERI KULIAH
1. Pendahuluan, dan kontrak perkuliahan, Bioteknologi : Ruang lingkup dan
peranannya
2. Sistem biologi molekuler, Dogma sentral
3. Boteknologi di bidang kesehatan
4. Boteknologi di bidang kesehatan
5. Teknik biologi molekuler
6. Prinsip dasar PCR
7. Kloning (rekayasa genetika)
8. Lanjutan kloning
9. Produk rekombinan (antibody)
10. Produk rekombinan (vaksin)
11. Teknologi Fermentasi
12. Isolasi dan pemurnian protein
13. Bioinformatika
14. Prinsip analisis molekuler Covid 19
• DAFTAR REFERENSI
• Baret, J.M., Peter Abramoff, Kumaran, A.K., and Millington, W.F. (1986).
Biology. Prentice Hall: New Jersey
• Departement of Biochemistry. (2010). Biotechnology-Recombinant DNA
Technology. The Chinese University of Hong Kong.
• Fletcher, L., Goss, E., Phelps, P., Wheeler, A., dan O’Grandy, S. (2011).
Introduction to Biotechnology. Laboratory Manual. Austin Community
College, Biotechnology Departement.
• Higgins, I.J. (1985). Biotechnology Principles and Applications. London:
Blackwell Scientific Publications.
• Perhimpunan Dokter Spesialis Mikrobiologi Klinik Indonesia (PAMKI).
2020. Panduan Pemeriksaan Mikrobiologi Klinik Untuk Penegakan
Diagnosis COVID – 19. PAMKI.. 19 halaman.
• Pusat Penelitian dan Pengembangan Biomedis dan Teknologi Dasar
Kesehatan Badan Litbang Kesehatan. Penatalaksanaan Ekstraksi RNA
COVID 19. 2 halaman
• Raven, P.H. (1986). Biology. New York: Times Mirror/Mosby College
Publishing.
 PENGERTIAN
• Bioteknologi adalah cabang ilmu yang mempelajari
pemanfaatan jasad hidup (Bakteri,Fungi,Tumbuhan,
Virus), dan lain-lain) maupun produk dari makhluk
hidup (Enzim,alkohol, vitamin, hormon, steroid,
ptotein, antibodi, dll.) dalam proses produksi untuk
menghasilkan barang dan jasa
• Bioteknologi pada umumnya menggunakan jasad
renik atau bagiannnya dan dilakukan pada skala
besar untuk produksi senyawa yang mempunyai nilai
jual tinggi.[
 Ruang Lingkup Ilmu yang
Mendukung Bioteknologi Molekuler

Input

Output

etc.
 Potensi Keuntungan dari
Bioteknologi
• Diagnosis dan perlakuan terhadap penyakit
lebih tepat
• Meningkatkan hasil tanaman, lebih tahan
terhadap penyakit dan stress.
• Microbia memproduksi zat kimia, enzyme, food
additives, obat-obatan, polymers, dll.
• Mengeliminasi polutan dan material limbah
 Potensi Sosial dan Konsekuensi
Biotechnology
 Muncul Organisme berbahaya pada organisme yang lain atau
lingkungan
 Berkurangnya diversitas (keanekaragaman) hayati genetik
alami
 Apakah ada kemungkinan rekayasa genetik pada manusia?
 Issue rahasia Genetic
 Kebutuhan untuk menyediakan dana guna mendukung
penelitian
 Mengurangi adanya negara miskin
 Meningkatkan pertanian modern
• Dewasa ini, perkembangan bioteknologi tidak hanya
didasari pada Biologi semata, tetapi juga pada ilmu-
ilmu terapan dan murni lain, seperti biokimia,
komputer, biologi molekuler, kimia, matematika, dan
lain sebagainya. Dengan kata lain, bioteknologi
adalah ilmu terapan yang menggabungkan berbagai
cabang ilmu dalam proses produksi barang dan jasa.
 APLIKASI
 Industri Bioteknologi dan lingkungan
 Biaya produksi lebih rendah karena lebih effisien sehingga
lebih menguntungkan (misal : kultur jaringan, produksi insulin)
 Mengurangi dan mencegah polusi (cemaran minyak bumi,
pabrik textil, kertas dll. Bioremediasi)
 Memacu sumber konservasi
 Industri, Kesehatan,ligkungan, dll.
 Produksi Antibiotik, Produksi steroid
 Produksi vitamin dan asam amino,
 Produksi asam amino dan protein/enzim manusia, Produksi insulin,
enzim untuk industri kertas atau tekstil,dll.
 Produksi hormon,
 Produksi antibodi, vaccine,
 Produksi Interleukin-Interleukin,
 Produksi obat antikanker
 Produksi antigen untuk diagnosis/uji,
 Kontrol hama tanaman,
 Pengembangan polimer (degradable plastic)
 Produksi pangan,
 Terapi gen
 Dll.
 BIOLOGI MOLEKULAR
• Biologi molekular atau biologi molekul
merupakan salah satu cabang biologi yang
merujuk kepada pengkajian mengenai
kehidupan pada skala molekul. Ini termasuk
penyelidikan tentang interaksi molekul dalam
benda hidup dan kesannya, terutama tentang
interaksi berbagai sistem dalam sel, termasuk
interaksi DNA, RNA, dan sintesis protein.
 JASAD HIDUP

Prokariot Eukariot Virus

(non-selular)

Uniselular Uniselular Multiselular

CENTRAL “DOGMA”/ Dogma Biologi Modern

DNA

Transcription
Replication

Reverse RNA
Transcription

PROTEIN
Translation
 ORGANISASI GENOM
GENOM :
Satu set (kesatuan) gen yang dimiliki oleh satu sel
atau virus.
Satu set (haploid) kromosom dan ekstra kromosom
pada eukariot.
Genom (Ing. genome), dalam genetika, adalah
keseluruhan bahan genetik yang membawa semua
informasi pendukung kehidupan pada suatu makhluk
hidup, baik yang merupakan gen atau bukan.
Pada semua makhluk hidup, genom mencakup semua informasi
genetik yang dibawa DNA, baik di inti sel (nukleus), mitokondria,
maupun plastida. Virus tertentu memiliki genom dalam bentuk RNA
(RETROVIRUS)

Kromosom (bahasa Yunani: chroma, warna; dan soma, badan)

merupakan struktur di dalam sel berupa deret panjang molekul yang
terdiri dari satu molekul DNA dan berbagai protein terkait yang
merupakan informasi genetik suatu organisme, seperti molekul kelima
jenis histon dan faktor transkripsi yang terdapat pada beberapa deret,
dan termasuk gen unsur regulator dan sekuens nukleotida. Kromosom
yang berada di dalam nukleus sel eukariota, secara khusus disebut
kromatin.
kromosom
 Chromosomes
• Pada eukariot, materi genetik DNA dalam
bentuk kromosom disimpan di dalam
nukleus (inti sel ).
• Kromosom sel manusia mengandung
nukleotida sekitar 48 juta pasang basa (pada
kromosom autosom terkecil yaitu pada
kromosom 21 dan 22) sampai sekitar 240
juta pasangan basa pada kromosom
terbesar, yaitu kromosom 1, 2, dan 3.
• DNA double helix dikemas dengan
menggunakan protein histon H1, H2A, H2B,
H3 dan H4. Saccharomyces tidak memiliki
H1.
The chromosomes of the human genome
 Lengan pendek ( p arm)

Len gan panjang (q arm)

• Bagian kromosom ada yang disebut
eukromatin, kemasan tidak begitu rapat
mengandung gen-gen untuk pemeliharaan
aktivitas normal fisiologis sel(house keeping
genes).
• Heterokromatin merupakan bagian dr
kromosom yg rapat : konstitutif (urutan
nukleotida sederhana berulang tidak
mengandung gen) dan fakultatif (tidak aktif
pada tahapan perkembangan sel tertentu).
• Pada jasad tingkat tinggi mengandung
kromosom non sex (autosom) dan kromosom
seks yaitu X dan Y.
NUKLEOTIDA
Mononukleotida

Polinukleotida
Chargaff’s Rule

alfin2100.blogspot.com
DNA

gate2biotech.com
   
Virus influenza
 Genetic Diversity…
 Pearrangements of
NUCLEOTIDES in a
nucleic acid (DNA)
provides the key to
DIVERSITY among living
organisms.
 ORGANISASI GENOM
• GEN = unit molekul DNA atau RNA dengan
panjang minimum tertentu yang membawa
informasi mengenai urutan asam amino yang
lengkap sutu protein atau yang menentukan
struktur lengkap suatu molekul r RNA (RNA
ribosom atau t RNA (transfer RNA).
• GENOM = satu kesatuan gen yang secara alami
dimiliki oleh satu sel atau virus, atau satu
kesatuan kromosom jasad eukariot dalam fase
haploid.
PROKARIOT
EUKARIOT
• Pada eukariot,bahan genetik utama ada dalam
inti sel (nukleus) yang disebut kromosom, juga
ada bahan genetik pada organel lain :
mitokondria dan kloroplas (pada tumbuhan
hijau).
EUKARIOT
The nucleus
 Replikasi
• Proses perbanyakan materi genetik dari jasad hidup atau
partikel virus.
 Komponen2 Penting dalam replikasi :
1. DNA cetakan, yaitu molekul DNA atau RNA yang akan
direplikasi
2. Molekul deoksi ribonukleotida, yaitu dATP, dTTP, dCTP, dGTP.
3. Enzim DNA polimerase, yaitu enzim utama yang mengkatalisi
nukleotida menjadi untaian DNA.
4. Enzim primase, yaitu enzim yang mengkatalisis sintesis
primer untuk memulai replikasi DNA.
5. Enzim helikase yaitu pembuka ikatan untaian DNA induk dan
enzim girase.
6. Protein lain yang menstabilkan DNA yang telah membuka
(SSB = single strand binding protein)
7. Enzim DNA ligase, yaitu enzim yang berfungsi untuk
menyambung fragmen-fragmen DNA
8. Mg 2+ (untuk optimasi aktivitas DNA polimerase)
 Mekanisme Dasar Replikasi DNA
• Replikasi DNA diawali dengan terjadinya
denaturasi untai-ganda DNA menjadi untai-
tunggal DNA secara enzimatis, secara partial dan
bertahap.

• Untai-tunggal DNA induk berperanan sebagai

cetakan (template) bagi pembentukan untaian
DNA baru.

• Denaturasi awal terjadi pada bagian DNA induk

yang dikenal sebagai ori (origin of replication)
atau titik awal replikasi.
• Denaturasi terjadi dengan membukanya ikatan
hidrogen antara A-T dan C-G dari untaian
ganda DNA
• Untaian DNA membuka membentuk struktur
yang disebut GARPU REPLIKASI (REPLICATION
FORK), (struktur untaian DNA terjadinya
replikasi).
• Sintesis DNA yang berlawanan arah geometrinya
dengan arah pembukaan garpu replikasi dilakukan
secara tahap demi tahap atau sintesis secara
diskontinu (lagging strand)
Replikasi Prokaryotic
• Model theta (θ)
• Replication forks (garpu
replikasi)terjadi pada
dua arah yang
berlawanan, terminasi
terjadi pada bagian lain
dari DNA circular
 Eukaryotic replication

•) Meskipun DNA
linear replikasi DNA
mekanisme dasar
sama
•) Memiliki beberapa
titik inisiasi (ori)
 EKSPRESI GEN
• Ekspresi gen merupakan rangkaian proses
penerjemahan informasi genetik (dalam bentuk
urutan basa nukleotida pada DNA atau RNA
menjadi protein, dan lebih jauh lagi: fenotipe.

• DNA  RNA  PROTEIN  REAKSI BIOKIMIA 

FENOTIPE
 TRANSKRIPSI
• Adalah : proses penyalinan kode-kode genetik yang
ada pada urutan DNA menjadi molekul RNA.
• Transkripsi adalah proses yang mengawali ekspresi
sifat-sifat genetik yang nantinya akan muncul sebagai
fenotipe (kenampakan).
• Molekul RNA yang disintesis dalam transkripsi :
1) mRNA (messenger RNA)
2) tRNA (transfer RNA)
3) rRNa (ribosomal RNA)
 TRANSKRIPSI
• Molekul mRNA adalah RNA yang merupakan
salinan kode-kode genetik pada DNA yang dalam
selanjutnya akan diterjemahkan menjadi urutan
asam-asam amino yang menyusun
polipeptida/protein tertentu. (yaitu proses
TRANSLASI)
• tRNA membawa asam amino menuju proses
translasi
• rRNA molekul yang digunakan untuk menyusun
ribosom.
 TRANSKRIPSI
• rRNA dan tRNA tidak pernah ditranslasi,
karena kedua RNA justru ini digunakan untuk
proses translasi.
Transkripsi Translasi Jalur biokimia
mRNA Protein Fenotipe
DNA tRNA

rRNA
 ORGANISASI GEN DALAM GENOM PROKARIOT
 INDEPENDENT GENES  OPERON
 Ditranskipsi tanpa Sekelompok gen yang
dikendalikan oleh gen lain terletak berdekatan dan
secara langsung dikendalikan oleh satu
 Ekspresi konstitutif, Non- promotor yang sama
interrupted Mis. Operon lac
 TRANSCRIPTION UNIT
 Sekelompok gen yang terletak berdekatan
β-galaktosidase
dan ditranskripsi/diekspresikan secara Trans-asetilase
simultan.
 Mempunyai fungsi fungsi saling berkaitan
 Mis. Gen rRNA dan gen tRNA i O z v a

Gen represor
GENE CLUSTERS Operator
 Kelompok gen yang berbeda Promotor Permease
pada suatu lokus yang memiliki
fungsi berkaitan Organisasi Operon lac E. coli
 Operon

Promoter Operator Gene 1 Gene 2 Gene 3 Terminator

RNApol.

mRNA 5‘- -3‘

ribosome

proteins Protein 1 Protein 2 Protein 3

• Promotor = bagian gen yang berfungsi sebagai
pengatur proses ekspresi genetik (transkripsi),
bagian yang dikenali pertama kali oleh RNA
polimerase dan protein regulator sebelum
proses transkripsi.
• Bagian struktural = bagian gen yang
membawa kode-kode genetik yang akan
distranskripsi dan kemudian ditranslasi atau
hanya ditranskripsikan saja (dalam hal
mengkode t RNA atau rRNA).
• Terminator = bagian gen yang berperanan
dalam proses penghentian transkripsi
 Struktur dan Fungsi gen Prokaryot (Bakteri)

• Promotor  penempelan RNA polymerase

• Pribnow box (TATAAT) at -10
• minus 35 site: pengenalan sigma
• ribosome binding site - Shine-Dalgarno
• Daerah kode : sekuen aa untuk protein
– Dimulai dengan kode AUG untuk asam amino metionin
 Pengenalan Promotor oleh
Faktor Sigma
• RNA polymerase tersusun
oleh 4 subunit (core β, β’
dan α sebagai enzim inti/
core enzyme) dan σ yang
dilepaskan saat setelah
memulai transkripsi
• Sigma (σ) mengenali
promotor dan bagian yang
membuka helix DNA
EKSPRESI GEN EUKARIOT
 TRANSLASI
 Translasi adalah
proses penerjemahan urutannukleotda yang ada pada
molekul mRNA menjadi rangkaian asam-asam amino yang
menyusun suatu polipeptida atau protein.
 Molekul mRNA merupakan salinan DNA yang menyusun gen dalam
bentuk ORF (open reading frame), dengan ciri :
1. Kodon inisiasi translasi, ATG (pd DNA) atau AUG (pd mRNA)
(menyandi metionin pada eukaryot, pada prokaryot : formil-
metionin)
2. Serangkaian urutan nukleotida yang menyusun banyak kodon
3. Kodon terminasi translasi, yaitu TAA (UAA pada mRNA), atau TAG
(UAG pada mRNA), atau TGA (UGA pada mRNA)
 Kodon
• Kode genetik (kodon) adalah urutan
nukleotida yag terdiri atas 3 nukleotida
berurutan (triplet codon) yang menyandi
suatu asam amino tertentu
Information Transfer from DNA to RNA

Figure 3.39
 tRNA Structure
Aminoacyl tRNA synthetase
DNA and Peptide Formation
 Ribosomes

Large
subunit
P A
Site Site

mRNA
A U G C U A C U U C G

Small subunit
 3. Translation - making proteins
Nuclear
DNA membrane

Transcription
Pre-mRNA

Eukaryotic RNA Processing

Cell mRNA

Ribosome

Translation

Protein
 3. Translation
 Three parts:
1. initiation: start codon (AUG)
2. elongation:
3. termination: stop codon (UAG)

 Let’s make a PROTEIN!!!!.

 3. Translation

Large
subunit
P A
Site Site

mRNA
A U G C U A C U U C G

Small subunit
 Initiation
aa2
aa1

2-tRNA
1-tRNA
G A U
anticodon U A C

A U G C U A C U U C G A
hydrogen
bonds codon
mRNA
 Elongation peptide bond
aa3

aa1 aa2

3-tRNA
G A A
1-tRNA 2-tRNA
anticodon U A C G A U

A U G C U A C U U C G A
hydrogen
bonds codon
mRNA
 aa1 peptide bond
aa3

aa2

1-tRNA
U A C 3-tRNA
(leaves) G A A
2-tRNA
G A U

A U G C U A C U U C G A

mRNA
Ribosomes move over one codon
 peptide bonds
aa1
aa4

aa2
aa3

4-tRNA
G C U
2-tRNA 3-tRNA
G A U G A A

A U G C U A C U U C G A A C U

mRNA
 peptide bonds
aa1
aa4
aa2

aa3

2-tRNA
4-tRNA
G A U
G C U
(leaves) 3-tRNA
G A A

A U G C U A C U U C G A A C U

mRNA
Ribosomes move over one codon
 peptide bonds aa5
aa1
aa2

aa4
aa3

5-tRNA
U G A

3-tRNA 4-tRNA
G A A G C U

G C U A C U U C G A A C U

mRNA
 peptide bonds aa5
aa1

aa2

aa3
aa4

5-tRNA
U G A
3-tRNA
G A A
4-tRNA
G C U

G C U A C U U C G A A C U

mRNA
Ribosomes move over one codon
 aa5
aa4
aa199 Termination
aa3 primary aa200
structure
of a protein
aa2

aa1

terminator
200-tRNA
or stop
codon
A C U C A U G U U U A G

mRNA
 Produk akhir
 Produk akhir dari sintesis protein adalah
protein dengan struktur primer.
 Urutan asam amino berikatan dengan ikatan
peptida (peptide bonds).
aa5
aa4
aa3
aa2
aa199

aa1
aa200
 Transcription and translation in
eukaryotic cells are separated in
space and time.

Extensive processing of primary

RNA transcripts in eukaryotic cells.
 TUGAS
https://www.youtube.com/watch?v=URUJD5NE
XC8