Biokimia: DNA

Oleh kelompok 1
P. Biologi / Off. A
Regia Ilmahani (150341600415)
Rido Sigit W. (150341603332)
DNA singkatan dari deoxyribonucleic acid, atau dalam Bahasa Indonesia disebut dengan Asam
deoksiribosa Nukleat atau ADN adalah sejenis biomolekul yang menyimpan dan menyandi instruksiinstruksi genetika setiap organisme dan banyak jenis virus. Instruksi-instruksi genetika ini berperan
penting dalam pertumbuhan, perkembangan, dan fungsi organisme dan virus.
LETAK DAN FUNGSI DNA
1. Letak
Sebagian besar terdapat dalam inti sel. DNA tidak ditemukan di dalam sel darah merah karena
tidak memiliki inti. DNA juga ditemukan dalam sitoplasma sel prokariotik (bakteri) dan beberapa
virus (Virus DNA). Sebagian kecil DNA ditemukan di dalam struktur intraseluler yang disebut
mitokondria dan kloroplast pada tumbuhan.
2. Fungsi
pembawa sifat menurun
perancang sintesis protein
CIRI-CIRI DNA
1. rantai ganda / double helix
2. tersusun dari gula deoksi ribosa dihubungkan dengan asam fosfat
3. basa nitrogen piritmidin timin dan sitosin
4. pengendali sintesis protein dan pewarisan sifat
KOMPOSISI DAN STRUKTUR DNA
Susunan kimia DNA adalah polimer berupa rantai panjang dari nukleotida. Satu nukleotida terdiri
dari:
satu gugus fosfat,
satu komponen gula pentosa (5-karbon)
satu basa nitrogen.
Satu-satunya pembeda tiap nukleotida ialah basa nitrogen. Hanya ada 4 kemungkinan basa yang
terdapat pada tiap satu nukloetida DNA, yaitu adenine (A), guanine (G), thymine (T), atau
cytosine (C). Sedangkan jika gula berikatan dengan basa nitrogen saja dinamakan nukleosida.
Pasangan basa dari DNA yaitu:
Adenine (A) berikatan dengan thymine (T) (A=T), terjadi dua ikatan hidrogen
Guanine (G) berikatan dengan cytosine (C) (G C), terjadi tiga ikatan hidrogen
Pasangan basa berfungsi penting tidak hanya untuk mempertahankan ganda struktur heliks DNA,
tetapi juga memainkan peran penting dalam DNA, RNA dan sintesis protein.

IKATAN NUKLEOTIDA
Rantai asam nukleat terbentuk oleh hubungan berurutan
Nucleosida trifosfat oleh ikatan fosfodiester antara gula dan
kelompok fosfat, sebuah reaksi dikatalis oleh enzim DNA
polimerase dan RNA polimerase. Kelompok bebas hidroksil
dari gula carbon-3 berikatan dengan trifosfat pada carbon-5
nukleotida berikutnya, dengan hilangnya sebuah
pyrophosphate (PPi). Rantai tumbuh dari arah 5 ' 3'. Ini
membentuk rantai gula-fosfat dengan basa melekat pada sisi
lain dari setiap gula (carbon-1). Pada pH fisiologis fosfat
kelompok adalah anion, sehingga asam nukleat memiliki
negative charge

REPLIKASI DNA
Replikasi merupakan peristiwa sintesis DNA (autokatalisis) karena DNA mampu mensintesis diri
sendiri. Replikasi DNA dapat terjadi dengan adanya sintesis rantai nukleotida baru dari rantai
nukleotida lama melalui proses menggunakan komplementasi pasangan basa untuk menghasilkan
suatu molekul DNA baru yang sama dengan suatu molekul DNA lama, proses yang terjadi tersebut
dipengaruhi oleh enzim helikase, enzim polimerase, dan ligase.
Inisiasi
Tahap pertama replikasi DNA adalah pemutusan ikatan basa nitrogen untuk membuka rantai ganda
DNA menggunakan enzim Helicase. Titik inisiasi dimana pemisahan dimulai disebut origin of
replication. Struktur ini disebut dengan Replication Fork. Strand yang telah terpisah kemudian
diikat oleh SSB protein untuk mencegah strand DNA menyatu kembali.
Elongasi

Pada leading strand (5'-3')

RNA polymerase mensistesis RNA primer. RNA primer diperlukan karena DNA polymerase hanya
dapat memperpanjang nukleotida. Kemudian DNA polymerase mulai mensintesis untai DNA dengan
memperpanjang RNA primer dengan arah 5 ke 3.

Pada lagging strand (3'-5')

Karena DNA polymerase hanya dapat mendintesis DNA dengan arah 5-3 maka RNA polymerase
mensisntesis RNA Primer yang diperlukan untuk memulai proses replikasi strand. Nukleotida RNA
merupakan sebuah primer (starters) untuk mengikat nukleotida DNA. Kemudian RNA primase
diperpanjang oleh DNA polymerase untuk membentuk okazaki fragment.
RNA primer akan dihilangkan dengan RNAse H sehingga DNA polymerase menyambung kembali
bagian RNA peimer yang hilang. Kemudian Untuk menyambung okazaki fragment digunakan DNA
ligase.
Garpu Replikasi
Replikasi garpu adalah struktur selama replikasi DNA. Garpu Replikasi diciptakan oleh enzim
helikase yang memutus ikatan hidrogen yang memegang untai DNA bersama-sama. Helai ini
berfungsi sebagai template untuk leading strand dan lagging strand.
Terminasi
Replikasi akan berhenti ketika DNA polymerase mencapai akhir strand. Replikasi DNA tidak akan
berakhir sebelum dilakukan mekanisme perbaikan kemungkinan eror yang terjadi selama relikasi.
Enzim seperti nuclease inilah yang menghapus nukleotida yang salah yang kemudian diisi kembali
dengan DNA polymerase.

Pertanyaan
Apakah DNA dapat terdenaturasi? Jika iya, faktor apakah penyebabnya?
1. Suhu, Suhu leleh (Melting temperature, Tm) yang tinggi menyebabkan untai ganda DNA akan
terurai menjadi untai tunggal, tetapi bila suhu ini diturunkan secara perlahan, maka akan
terjadi renaturasi menjadi untai heliks ganda DNA seperti semula
2. Derajat keasaman (pH) yang ekstem (pH<3 atau pH>10) dapat menyebabkan DNA
terdenaturasi
3. Konsentrasi isoelektrolit seperti Na+ dan K pada larutan ekstraksi yang digunakan
4. Perbandingan kandungan antara basa nukleotida GC terhadap AT. Tingginya kandungan GC
akan memperlambat proses denaturasi molekul DNA, Sebaliknya, kandungan AT yang tinggi
akan menyebabkan pita DNA mudah putus/patah