PENGANTAR

BIOMOLEKULER
dr. Mahayu Dewi Ariani, M.Si.Med
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS ABDURRAB
 TUJUAN INSTRUKSIONAL
UMUM
Mahasiswa memahami dan mampu
menjelaskan mengenai dasar-dasar
biomolekuler yang berkaitan dengan proses
fisiologis manusia
KHUSUS
Mahasiswa mampu menjelaskan kedudukan
DNA di dalam sel
Mahasiswa mampu menjelaskan menganai
asam nukleat dan bahan-bahan genetik
Mahasiswa mengetahui prinsip ekspresi gen
 ASAM NUKLEAT
– Asam Nukleat  peranan utama pada
penyimpanan dan ekspresi dari informasi genetik

– Dibedakan atas 2 kelas utama

• DNA :Penyimpan informasi
• RNA :Berperan pada sebagian besar ekspresi gen dan
biosintesis

– Asam Nukleat tersusun oleh : satu basa, satu gula

dan satu residu fosfat
 Deoxyribonucleic acid (DNA)
• DNA:
– suatu molekul informasi yang mengandung rantai
nukleotida yang diperlukan oleh masing-masing informasi
– mengkode informasi genetik dan menggunakan urutan
kode asam nukleat yang mirip sebagai kode spesifik untuk
masing-masing asam amino
– informasi genetik tsb tersusun sbg gen
– mengendalikan ribuan operasi dan sistem lainnya yang
berjalan di dalam sel dan tubuh
• Manusia memiliki 3x109 bp basa nukleotida (tda. 4
macam: adenin, guanin, sitosin, dan tymin)
BASA
• Purin : Adenin dan Guanin
• Pirimidin: Sitosin dan Urasil/ Timin
Nukleosida
Suatu basa yang dihubungkan dengan ribosa atau 2
deoksiribosa
• Adenosin ( A )
• Guanosin ( G )
• Timidin ( T )
• Sitidin ( C )
Nukleotida
Nukleosida yang berinteraksi dengan fosfat
Pyrymidine Purine
 Ribonucleic acid (RNA)
• suatu asam nukleat berantai tunggal yang
terdiri atas rangkaian basa nukleotida Adenin,
Guanin, Sitosin dan Urasil (pada DNA berupa
tymin).
• berperan penting pada pengkodean,
penerjemahan kode, regulasi dan ekspresi gen
• Klasifikasi : mRNA, rRNA, tRNA
 Ribonucleic acid (RNA)
• Messenger RNA (mRNA)
– transfer informasi sekuen aa dari DNA dengan
pembawa salinan nukleotida dari DNA
– produk dari proses transkripsi
• Ribosomal RNA (rRNA)
– membentuk ribosom bersama dengan protein
– pembangun utama ribosom
• Transfer RNA (tRNA)
– transfer aa ke ribosom untuk sintesa protein
– adaptor dalam proses translasi
DNA vs RNA ?
BAHAN-BAHAN GENETIK
DNA dan Kromosom
DNA Packaging
 GEN
• Yaitu bagian fungsional DNA dan dapat diturunkan
• Gen pada eukaryot bersifat monosistronic
• Ribuan gen mengandung sandi genetik untuk urutan
protein
• Rantai asam amino dituliskan dalam urutan DNA
yang sesuai dengan bantuan kodon
• kodon terdiri atas 3 pasangan basa berurutan
• Pada kromosom, gen terdapat pada bagian yang
disebut sebagai lokus
 GEN
• Klasifikasi :
– Class I (Kelas I):
• Ditranskripsikan oleh RNA Polymerase I
• mengkode rRNA (18S rRNA, 28S rRNA, 5,8S rRNA)
– Class II (Kelas II)
• Ditranskripsikan oleh RNA Polymerase II
• Mengkode berbagai macam protein
– Class III (Kelas III)
• Ditranskripsikan oleh RNA Polymerase III
• mengkode tRNA, 5S rRNA, intranucleus small RNA
 GEN
Bagian Gen:
Daerah promoter
Tempat terjadinya inisiasi transkripsi
Mengendalikan terjadinya transkripsi
Exon
Bagian gen yang akan diterjemahkan
Intron
Bagian gen yang tidak diterjemahkan (CAGG-----
AGGU) Regio Terminator
Regio Promoter

Exon Intron
-Kedudukan DNA di dalam sel
 Ekspresi Gen
• Proses dimana suatu gen digunakan pada
sintesis produk gen yang fungsional
• Produk gen :
– Protein
– rRNA
– tRNA
– snRNA
• Tahapan ekspresi gen : transkripsi-modifikasi
pasca transkripsi-translasi-modifikasi pasca
translasi
Kode Genetik
 Regulasi Ekspresi Gen
(Regulasi Gen)
 Mekanisme yang digunakan oleh sel untuk
meningkatkan maupun menurunkan
produksi gen yang spesifik (protein atau
RNA)
 Munculnya ekspresi gen dipengaruhi oleh
faktor penentu pertumbuhan (yg dibawa),
respon pengaruh lingkungan dan adaptasi
makanan.
 Regulasi gen mengatur diferensiasi sel dan
morfogenesis (sesuai dg genotype yg
memiliki sekuen genome tertentu)
 Regulasi Ekspresi Gen
(Regulasi Gen)
 Up-regulation
proses yg terjadi di dalam sel yg dipandu
oleh sinyal (dari dalam maupun luar sel)
peningkatan ekspresi satu/lebih gen
sehingga mengakibatkan peningkatan protein
produk dari gen2 tsb
 Down-regulation
proses yg menghasilkan penurunan ekspresi
gan dan protein
Kontrol Ekspresi Gen
 REPLIKASI
DNA

MAHAYU DEWI ARIANI

 TUJUAN INSTRUKSIONAL
UMUM
Mahasiswa memahami dan mampu menjelaskan
mengenai dasar-dasar biomolekuler yang
berkaitan dengan proses fisiologis manusia
KHUSUS
Mahasiswa mampu menjelaskan mengenai
definisi replikasi DNA
Mahasiswa mampu menjelaskan mengenai
proses replikasi DNA
 REPLIKASI DNA
• Proses penggandaan rantai ganda DNA
• Terjadi pada fase S, sebelum pembelahan sel .
• Memanfaatkan enzim DNA polimerase yang membantu
pembentukan ikatan antara nukleotida-nukleotida
penyusun polimer DNA.
• Replikasi DNA in vitro  reaksi berantai polimerase
(PCR).
 Alternative Hypotheses for DNA Synthesis

(a) Hypothesis 1: (b) Hypothesis 2: (c) Hypothesis 3:

Semi-conservative replication Conservative replication Dispertive replication

Intermediate molecule
• Eksperimen Meselsohn and Stahl membuktikan bahwa model yang benar
adalah semi-konservatif
 Proses Replikasi DNA
• Diawali pada daerah oriR
• Daerah spesifik ARSs(Autonomously Replicating Sequences):
regio A dan regio B
– Regio A + p.faktor transkripsi (E2F+E.topoisomerase+helikase+RNA
polimerase)
– Regio B + p.aktivator transkripsi (Oct-1, AP-1, Fos, Jun, CTF, NF-1)
• Interaksi p.faktor transkripsi dan p.aktivator transkripsi
• Pelipatan DNA  pemisahan utas ganda
• Enzim topoisomerase II mengurai bentukan superhelikalkoil
• Enzim helikase  membuka heliks utas ganda (unwinding)
DNA
• Pembentukan primer RNA dg bantuan katalisa kompleks
enzim DNA primase dan DNA polimerase-α.
• Pemanjangan primer membentuk fragmen okazaki
• Enzim ligase DNA menggabungkan fragmen okazaki
membentuk ssDNA
 5' end of strand
P P

CH2 Base CH2 Base

O O

P P

CH2 Base CH2 Base

O O

H2 0
+
P 3'
P P
P OH P
Synthesis reaction
P CH2 Base
O
base addition
5' CH2 Base occurs at the 3’ end
O

base addition occurs OH

3' at the 3’ end, next one
3' end of strand
here
OH
1. Lagging strand
2. Leading strand
3. DNA polimerase III
4. Enzim DNA ligase
5. Primer
6. Primase
7. Fragmen Okazaki
8. DNA polimerase III
9. Enzim helikase
10. Protein pengikat untai tunggal
11. Topoisomerase II
Sintesa Protein
MAHAYU DEWI ARIANI
 TUJUAN INSTRUKSIONAL
UMUM
Mahasiswa memahami dan mampu menjelaskan
mengenai dasar-dasar biomolekuler yang
berkaitan dengan proses fisiologis manusia
KHUSUS
Mahasiswa mampu menjelaskan mengenai
definisi protein dan sintesa protein
Mahasiswa mengetahui macam2 asam amino
Mahasiswa mampu menjelaskan mengenai
proses transkripsi dan translasi
 Protein
• Protein : makromolekul yang merupakan polimer dari
asam-asam amino (polipeptida)
• Fungsi :
– Katalisator reaksi-reaksi biokimia dalam sel
– Pengangkut molekul2 kecil dan ion
– Berperan dalam sistem pergerakan yang terkoordinasi
– Komponen sistem kekebalan tubuh
– Sebagai feromon
– Pengatur ekspresi genetik
– Penerus impuls saraf
– Komponen pendukung kekuatan regang
 Asam Amino
• Jumlah asam amino pada jasad hidup 20 macam
• Struktur aa terdiri atas:
– 1 gugus amino
– 1 gugus karboksil
– 1 atom hidrogen
– 1 rantai samping
• Aras struktur protein:
– Primer  susunan linear polipeptida
– Sekunder  pola pelipatan polipeptida dlm struktur
teratur
– Tersier  pelipatan bagian2 sekunder dan interaksi
nonkovalen
– Kuartener interaksi nonkovalen yg mengikat bbrp rantai
pilopeptida dlm molekul tunggal, mis:hemoglobin
 Macam Asam Amino
No Nama Simbol 1 huruf Simbol 3 huruf
1 Alanin (alanine) A Ala
2 Arginin (arginine) R Arg
3 Asparagin (asparagine) N Asn
4 Asam aspartat (aspartic acid) D Asp
5 Sistein (cystine) C Cys
6 Glutamin (Glutamine) Q Gln
7 Asam glutamat (glutamic acid) E Glu
8 Glisin (Glycine) G Gly
9 Histidin (histidine) H His
10 Isoleusin (isoleucine) I Ile
11 Leusin (leucine) L Leu
12 Lisin (Lysine) K Lys
13 Metionin (methionine) M Met
14 Fenilalanin (phenilalanine) F Phe
15 Prolin (proline) P Pro
16 Serin (Serine) S Ser
17 Treonin (Threonine) T Thr
18 Triptofan (Tryptophan) W Trp
19 Tirosin (tyrosine) Y Tyr
20 Valin (valine) V Val
 Aras Struktur Protein

PRIMER TERSIER

SEKUNDER KUARTENER
 Sintesa Protein
Transfer informasi genetik dari DNA ke RNA dan selanjutnya dari
RNA ke protein
• Dua tahap:
• proses transkripsi penerimaan informasi genetik oleh m-RNA dari DNA
• proses translasi. proses penterjemahan informasi genetik dari m-RNA.

Pembentukan protein dari asam-asam amino

• Ikatan antara asam amino yang satu dengan lainnya disebut ikatan
peptida.
 Gen Eukaryot
• Monosistronic gene
• Terdiri atas exon dan intron
• 3 kelas:
– Class I (Kelas I):
• Ditranskripsikan oleh RNA Polymerase I
• mengkode rRNA yang membentuk ribosome (18S
rRNA, 28S rRNA, 5,8S rRNA)
– Class II (Kelas II)
• Ditranskripsikan oleh RNA Polymerase II
• Mengkode berbagai macam protein
– Class III (Kelas III)
• Ditranskripsikan oleh RNA Polymerase III
• mengkode tRNA, 5S rRNA, intranucleus small RNA
 TRANSKRIPSI
• Berlangsung dalam inti sel.
• Tahapan:
• Faktor transkripsi menempel pada bagian
promoter sehingga terbentuk kompleks promoter
yang terbuka
• Inisiasi oleh polymerase II, dimulai dari TATA box
• Elongasi, RNA polymerase II membaca cetakan
DNA (urutan 3’-5’) dalam kecepatan yang reguler
sepanjang untai DNA, dan terbentuk pemanjangan
untai RNA
• Terminasi, pengakhiran pembentukan untai RNA
terjadi pada sekuen spesifik ..AATAAA.. 42
• Apabila basa pada pita DNA tersebut adalah
3'-GCTCGACTAA-5', maka akan dicetak ke m-
RNA menjadi 5'-CGAGCUGAUU-3'.
• Terbentuk pre m-RNA (prekursor mRNA)
 Pematangan Pre-mRNA

• Modifikasi pre-mRNA tdd:

– capping : penambahan gugus 7-methylguanosine
pada ujung 5’ membentuk struktur menyerupai
topi.
– splicing : pemotongan intron (CAGG-----AGGU) ,
dikatalisa oleh snRNP
– Ujung 3’ pre-mRNA mengalami pemotongan dan
poliadenilasi. pre-mRNA terpotong pada tempat
tertentu dan mengalami penambahan gugus 150-
200 adenylate membentuk ekor poly(A).
45
Transport mRNA
Molekul mRNA mengalami translokasi ke
sitoplasma melalui nuclear pore. Sebelumnya,
suatu protein transport berdisosiasi dengan
mRNA

Protein export megikat mRNA lalu mRNA

menuju nuclear pore complex

46
Translokasi mRNA melalui nuclear pore complex
dengan arah 5‘ ke 3’ , struktur topi berada di
depan.

Ketika mRNA sampai di sitoplasma,

protein transport berdisosiasi, beberapa
diantaranya kembali ke dalam nukleus

47
 TRANSLASI
• Proses menterjemahkan m-RNA menjadi asam
amino yang berlangsung dalam sitoplasma
• Ribosom berperan sebagai katalisator proses
translasi
• diperlukan t-RNA yang mampu membaca kode-
kode genetik dalam m-RNA.
• secara berturut-turut t-RNA spesifik dengan
asam amino yang berikatan dengan kodon-kodon
m-RNA akan melepaskan asam-asam amino yang
dibawanya.
• Proses terjadi secara berkesinambungan sampai
terbentuk suatu rantai polipeptida tertentu yang
terdiri dari asam-asam amino dengan urutan
tertentu. 48
49
50
 Daftar Pustaka
• Molecular Cell Biology, Lodish, 6th edition, 2008.
• Triwibowo Yuwono, Biologi Molekular, 2007
• Tauhid Nur Azhar, Dasar-dasar Biologi Molekular,
2009
Terima kasih