STRUKTUR DAN FUNGSI

P R O T E I N
Protein merupakan biomolekul
dengan struktur kompleks yang
terkait dengan fungsinya yang
bermacam-macam.
Struktur dan fungsi protein
sangat ditentukan oleh urutan
asam amino penyusunnya
Empat macam tingkatan
struktur protein dari yang
sederhana ke yang kompleks:
- Primer
- Sekunder
- Tersier
- Kuartener
10/08/16

Struktur suatu domain kecil protein yang digambarkan

berdasarkan pengisian ruang (space-filling) dari atom
Penyusunnya.

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

 Struktur primer protein hanya dibentuk oleh ikatan peptida, sedang struktur
sekunder, tersier dan kuaterner ditentukan ikatan peptida dan ikatan nonkovalen
lainnya (ikatan: hidrogen, ionik, hidrofobik dan ikatan van der Walls)

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

 Rangka utama dari struktur protein adalah rantai polipeptida yang tersusun
dari asam amino-asam amino melalui ikatan peptida dan selalu memiliki dua
ujung yang mengandung gugus amino (ujung N) dan gugus karboksil (ujung C).
Aturan penulisan urutan asam amino adalah mulai dari ujung N ke ujung C
dan dibaca dari kiri ke kanan.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

 Skema dari rangka polipeptida yang tersusun dari asam amino yang berbeda
rantai sampingnya sehingga akan berbeda pula karakter kimiawi maupun fisik
dari asam amino tersebut.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

 Dua puluh macam asam amino standar yang ditentukan oleh kode genetik dapat
dibedakan dari rantai samping asam aminonya dan dikelompokkan berdasarkan
sifat fisiknya. Penulisan urutan asam amino dengan simbol karakter alfabet
akan mempermudah penulisan/pembacaan daru suatu polipeptida protein.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

 Tiap asam amino menyumbangkan tiga ikatan (merah) pada rangka dari
rangkaian polipeptida. Ikatan peptida ada dalam bidang datar (arsir abu-abu)
yang tidak memungkinkan adanya rotasi. Rotasi hanya terjadi pada ikatan
antara C-C dengan sudut rotasi psi () dan N-C dengan sudut rotasi phi ().
Gugus samping/R (hijau) mampu berikatan secara non kovalen sesuai dengan
karakter fisik yang dimiliki oleh sam amino penyusunnya.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

 Tiga tipe ikatan non kovalen (ikatan ionik, hidrogen dan van der Waals)yang
dapat mempengaruhi struktur melipat dari protein.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

 Gambaran dari suatu rangkaian polipeptida yang dapat terlipat-lipat membentuk

struktur konformasi protein yang kompak apabila berada dalam lingkungan air.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

 Ikatan hidrogen dalam suatu protein (sebagai contoh enzim lisosim) yang
dibentuk oleh tiga kemungkinan pasangan (merah, biru dan kuning) antar atom
atau gugus yang berbeda.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

 Struktur sekunder dan tersier protein dapat membuka (denaturasi) apabila

diberi urea dengan konsentrasi tinggi. Apabila urea dihilangkan maka struktur
sekunder dan tersier tersebut akan kembali seperti semula.

Urea

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

10

 Protein dengan konformasi umum dalam bentuk -heliks. Rangkaian polipeptida

memutar mengeliling satu sumbu (aksis)

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

11

 Konfirmasi umum lainnya dari protein adalah -sheet yang membentuk struktur
lembaran.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

12

Empat cara yang berbeda dalam menggambarkan struktur domain suatu protein.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

13

 Dua macam struktur -sheet

protein yang memiliki arah
berbeda disebut -sheet
antiparalel, sedang arah
yang sama disebut -sheet
paralel. Kedua struktur tsb
umum dijumpai pada protein.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

14

Struktur protein -heliks dapat membentuk struktur uliran yang saling mengulir
(coiled-coil). Asam amino yang ada pada posisi a (merah) terdiri dari asam amino
yang bersifat hidrofobik dan bagian tsb akan saling menarik protein -heliks
lainnya pada posisi a.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

15

 Protein dengan struktur kuartener yang terbentuk dari empat macam domain
protein. Sebagai contoh protein Src yang berperan dalam rantai signaling
pada sel hewan.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

16

 Model pita struktur protein (A) sitokrom b562 yang didominasi struktur heliks, (B) Bagian domain dari enzim dehidrogenase laktat pada bagian yang
mengikat NAD (gabungan -heliks dan sheet), dan (C) bagian domain variabel
dari antibodi pada daerah pengikat antigen (didominasi -sheet).

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

17

 Dua jenis enzim protease serin (elastase dan kimotripsin) yang memiliki asam
amino yang sama pada daerah hijau dan mempunyai sisikatalitik pada bagian
rantai samping asam amino serin. Kedua enzim ini menunjukkan kemiripan yang
tinggi dan berfungsi sebagai protease. Kedua jenis protein ini dimasukkan dalam
satu keluarga (famili) protease serin.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

18

 Struktur tiga demensi dari enam jenis modul protein. Ujung merah merupakan
ujung N dan C, sedang struktur -sheet ditunjukkan dengan anak panah.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

19

 Pemanjangan dari struktur 4 tipe protein

fibronektin (modul-3) dalam bentuk ribbon
(pita) dan model spice-filling (A dan B).
Dua protein subunit yang identik yang
membentuk protein dimer (C).

(C)

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

20

 Struktur protein neuramidase (A) yang tersusun dari empat subunit yang
identik (tetramer).
Protein hemoglobin yang tersusun dari dua rangkaian simetris dari dua subunit
yang berbeda, dan (B).

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

21

 Kumpulan dari berbagai jenis struktur protein dalam skala yang sama

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

22

Dua senyawa makromolekul

dapat berikatan secara erat
antara satu dengan lainnya
melalui ikatan nonkovalen.
Bentuk ikatan ini antara lain
dijumpi pada ikatan antara
antigen dengan antibodi,

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

23

 Pembentukan berbagai rangkaian (assembling) protein

dari subunit penyusunnya (1).
Benang aktin merupakan protein yang tersusun dari
subunit-subunit yang tersusun linear (2).

(1)

(2)
10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

24

 Struktur dari protein kolagen (A) dan elastin (B) yang mampu kontraksi dan
relaksasi.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

25

 Dari satu subunit protein mampu

diperbanyak menjadi multi subunit
protein yang saling kontak (A).
Contoh hasil assembling protein
kapsul virus dari subunit-subunit
Penyusunnya (B).

(A)

(B)
10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

26

 Penyusunan protein kapsul virus dalam

menyelubungi materi genetiknya.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

27

 Penyusunan subunit protein kapsul

virus batang dengan materi genetik
yang berada pada bagian dalam.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

28

(A) Pemutusan rangkaian dari bagian

protein inaktif (proinsulin) pada saat
Pembentukan protein aktif (insulin).
(B) Pengikatan suatu ligan tertentu oleh
Protein pengikatnya.

(A)
(B)
10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

29

 Sisi pengikatan/aktif suatu protein

ditentukan oleh beberapa asam
amino tertentu dan struktur
konformasi protein secara
keseluruhan.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

30

 Struktur protein antibodi (immunoglobulin) yang tersusun dari beberapa

domain, ada domain yang bervariasi susunan asam aminonya (bagian pengikatan
antigen) dan yang bersifat konstan (domain konstan)

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

31

RIBOSOM
Ribosom (anak panah) merupakan organel yang berperan penting dalam
sintesis protein yakni tempat menyusun rangkaian asam amino dengan membentuk
ikatan peptida sehingga terbentuk polipeptida. Polipeptida akan diproses dalam
retikulum endoplasma (kepala anak panah) untuk memberikan konformasi protein
sesuai dengan fungsinya.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

32

 Ribosom pada prokariotik dan eukariotik disusun dari dua subunit, kecil dan
besar, yang berbeda ukuran subunitnya. Ribosom merupakan nukleoprotein
karena tersusun dari protein dan asam nukleat (RNA). Subunit ribosom
diassembing pada nukleolus, sedang sintesis protein ribosom terjadi di sitoplasma,
setelah selesai disintesis baru masuk ke nukleus untuk bergabung dengan rRNA.
Setelah menjadi subunit ribosom dikeluarkan kembali ke sitoplasma.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

33

 Struktur komplek ribosom dilihat dari berbagai sisi.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

34

 Assembling dari subunit protein ribosom dan rRNA.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

35

 Sintesis protein dalam ribosom melibatkan mRNA, rRNA dan tRNA. tRNA yang membawa
asam amino menempati sisi P, selanjutnya digabungkan dengan asam amino dari tRNA pada
sisi A melalui ikatan peptida. Pemberhentian sintesis polipeptida diakhiri dengan kodon stop
(UAG) yang menempatkan protein faktor pelepas (RF) pada sisi A dan menyebabkan subunit
ribosom terpisah. Proses ini disebut terminasi.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

36

 Poliribosom pada
eukariotik yang sedang
mensintesis protein dari
suatu mRNA. Hasilnya
adalah protein yang sama.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

37

 Sintesis polipeptida yang dilanjutkan dengan

pemrosesan struktur protein.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

38

 Rangkaian pemrosesan struktur protein dari yang pembentukannya tepat (A),

tidak sesuai (B) dan perombakan protein yang salah bentuk (C).

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

39

 Pembentukan konformasi protein ada yang menggunakan bantuan protein

chaperon, antara lain heat shock protein (hsp70), untuk membentuk pelipatan
yang tepat.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

40

 Perbaikan pelipatan dari konformasi protein yang masih salah dapat dilakukan
oleh protein chaperon hsp60.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG

M

41