STRUKTUR PROTEIN

Oleh Nursal Asbiran Staf Pengajar FK UNBRAH

Pendahuluan
Berbagai fungsi protein dalam tubuh manusia berkaitan dengan struktur protein. .Protein katalitik, kekuatan sel untuk hidup, pembentukan makromolekul contoh hubungan struktur dg fungsiseperti batang yang membentuk tulang, gigi, rambu merupakan contoh hubungan struktur dg fungsi Untuk suatu fungsi biologis perlu proses pematangn dengan terjadinya pelipatan polipeptida jadi bentuk 3 dimensi (konformasi), terjadi penambahan gugus kimia baru

Pendahuluan
Genetik dan defisiensi nutrisi mempengaruhi maturasi protien, berdampak negatif pada kesehatan, seperti peny. Alzheimer, bovin spomgioform enchepalopathy (Peny sapi gila) Scurvy disebabkan defisiensi nutrisis pada maturasi protein

Definisi
Konformasi, berhubungan dg spasial atom dalam molekul Konfigurasi, hubungan geometri antara atom atom tertentu

Klasifikasi protein berdasarkan bentuk

Protein globular
Kompak, speris Rasio panjang/ lebar tidak lebih dari 3. Terbanyak berupa enzim. bermuatan, hidrofilik. Protein fibrous, rasio 10 atau lebih Lipoprotein, glikoprotein mengandung bagian lipid dan karbohidrat Hemoglobin, mioglobin, sitokrom terikat kuat dengan metal, disebut metalloprotein

Terdapat 4 macam struktur protein

Struktur primer urutan asam amino pada rantai polipeptida Struktur sekunder pelipatan pendek (3 10 AA) polipeptida ke letak geometri Struktur tertier bentuk 3 dimensi struktur sekunder, unit fungsional , polipeptida matur Struktur kuatener jumlah dan tipe unit polipeptidadari oligoprotein dan susunan ruangnya.

Struktur sekunder
Rotasi bebas hanya tarjadi pada 2 dari 3 ikatan kovalen rangka polipeptida, yaitu karbon alfa dg karbon karbonil karbon alfa dg nitrogen Ikatan rangkap menghambat rotasi Bentuk struktur sekunder, alfa heliks beta sheet loop & bend

Alfa Heliks
Satu alfa helikas terbentuk dari 3 -6 aminoasil Gugus R menghadap keluar Protein hanya mengandung L AA, sehingga kestabilan hanya bila helis memutar kekanan Heliks memutar kekanan yang ada di alam. Alfa heliks predominan hidrofobik, R hidrofilik, shg amfipatik. Sifat amfipatik memungkinkan terbentuk channel atau poros sehingga molekul polar bisa melewati bagian hidrofobik.

Beta sheet
Bentuk plate struktur sekunder, gugus gugus R terletak pada posisi berlawanan Lembar terlipat beta bisa paralel atau antiparalel

Loop & Bend

Separuh dari protein globular berupa alfa heliks dan beta sheet, dan separuh lagi berupa loop(gelungan beta), turn, bend (tekukan beta) dan bentuk konformasi lain. Regio gelungan ( loop) membentuk tapak pengikatan antigen.

Strukrur tertier dan kuatener

Struktur tertier (ST) merefer ke konformasi 3 adalah satu satu struktur tertier.dimensi Sufisien untuk membentuk gugus kimia khusus atau kerja fisik spt berikatan dengan substrat atau gugus lain. Dapat membangun membran sel , atau berinteraksi dengan molekul pengatur.Mioglobin, triosa fosfat isomerase adalah ST tunggal.

Struktur tertier dan kuatener

Protein kinase terdiri dari 2 ST mengkatalisis pemindahan fosfat dari ATP ke peprtida atau protein. Bagian amino ujung polipeptida kaya beta sheet, dapat mengikat ATP, sedangkan bagian karboksil ujung yang kaya alfa heliks mengikat peptida atau protein. Adakalanya protein tidak hanya terdiri dari satu polipeptida atau protomer.

 Struktur kuatener (SK)adalah komposisi polipeptida dari suatu protein untuk membangan protein oligomerik dimana terdapat kaitan antara 2 protomer Protein Monomerik td 1 polipeptida Dimerik td 2 polipetida Dst

Faktor yang menstabilkan ST dan SK

Interaksi nonkovalen , inter aksi hidrofobik dari rantai samping AA ke bagian dalam protein. Ikatan hidrogen dan ikatan garam antara karboksil aspartat dan glutamat dg muatam berlawanan dari lisil, arginil dan histidil Ikatan kovalen (relatif lemah) Ikatan disulfida residu sisteinil

Denaturasi
Pemberian asam atau basa dan pemanasan akan merusak SS, ST dan SK Protein terdenaturasi dapat mengalami renaturasi . Anfinsen berpendapat bahwa struktur primer protein sendiri sudah cukup mengarahkan pelipatan protein.

KOLAGEN
Melukiskan hubungan struktur dan fungsi yang beragam. Tropokolagen merupakan molekul tripel heliks yg kaya glisin, prolin dan OH-prolin. Setiap residu ke tiga adalah glisin Ikatan silang kovalen menstabilkan serabut kolagen Gangguan gizi dan genetik terjadi akibat gangguan SS.

Defek kolagen
Defisiensi Nutrisi. vitamin C menyebabkan scurvy Defisiensi OH prolin, OH lisinengkak kolagen tak stabil, terjadi perdarahan sendi bengkak, penyembuhan penyakit lama, Bila berat bisa menyebablan kematian.

Defek .
Sindrom Menkes Terjadi karena defisien Cu, yang dibutuhkan lisil oksidase. Gangguan covalent cross-link (pengencangkan serabut kolagen) Rambut halus Growth retardasi

Defek .
Gangguan biosintesis kolagen terjadi osteogenik imperfecta tulang fragil Sindrom Ehlers Dahlos penyakit jaringan ikat integritas struktur tak terjadi mobil joint Skin abnormalitis

TERIMA KASIH