DNA REPAIR

Dyah Ratna Budiani

Bagian Patologi Anatomi,
Fakultas Kedokteran,
Universitas Sebelas Maret.

Mempertahankan susunan normal
bahan genetik sel agar tidak terbentuk
klonal sel anakan yang mengalami
mutasi genetik, dengan demikian
munculnya fenotipe mutan dapat
diatasi.

Koreksi adalah mekanisme untuk :
SURVIVAL


WHY ?
DNA adalah molekul yang relatif stabil, karena
DNA adalah makromolekul pembawa sifat
genetik. Struktur kimianya memungkinkan
DNA mampu berlaku sebagai makromolekul
yang stabil.
Namun demikian Repair tetap diperlukan untuk
menjaga sistem normal kehidupan
DNA Repair, sangat memungkinkan karena
DNA terdiri atas 2 untai jika salah satu strand
salah bisa dihapuskan dan diganti baru
dengan cetakan untai lain yang tidak mengalami
kesalahan.
E.coli = 1 untuk setiap 10
4
pasangan
basa dalam 10 gen selama
replikasi.(atau 1/10 per gen per
generasi).
Bakterial mutation rate = 10
-5
sampai
dengan 10
-6
mutasi/gen/ generasi.

Potesial mutasi
DNA Damage
Spontaneous mutation
Catalyzed by environment factors.
Terjadi paling sering akibat/ pada
kesalahan pada waktu replikasi DNA.
Lesi DNA = unpaired base pairs, jika
permanent disebut dengan MUTASI
gen
Lesi DNADNA Repair
DNA lesion Cause
Missing Base Acid & Heat remove purines(104 purine per
day per cell in mamals)
Altered base Ionizing radiation; alkylating agents.

Incorrect base Spontaneous deaminations: CU, A
hypoxanthine.
Delition/ Insertion Intercalating agents (e.g., acridine dyes)
Cyclobutiril dimer UV irradiation
Strand Breaks Ionizing radiation; chemicals (Bleomycin)

Cross-linking of strands Psoralen derivatives(light activated),
mitomycin C (antibiotic)

REPLIKASI
SPONTANEOUS
MUTATION
ENV. FACTORS

DNA damage


DNA REPAIR

NORMAL
GENOTIPE
Induksi
NORMAL
PHENOTIPE
Mutasi
Mutasi substitusi (1 atau lebih bp)
Silent mutation, jika mutasi terjadi pada gen
non essensial/ tidak merubah fungsi gen.
Frame shift mutation mampu merubah
fungsi biologis dan sifat kimia produk gen.
Cancer : terjadi akumulasi mutasi merubah
fenotipe normal malignant fenotipe.
Mutasi pada gen-gen yang mengkode enzim-
ensim Repair DNAefek katastropik.
Aktivitas Repair
Lesi DNA : aktivitas eksonuklease
3--->5 : memotong pasangan basa N yang
salah pasang, membuangnya dan
menggantinya dengan pasangan yang benar
(aktivitas DNA Polimerase I).
Ligase menyambung untai DNA yang terpisah
setelah direpair.

1. Radiasi uv : dapat menyebabkan
pembentukan cyclobuttyl dimers Timin
dimers.
2. Pada pH dan T fisiologis : ikatan N-
glikosidik mengikat purin(Adenin/Guanine)
ke sugar phospat backbone kadang-kala
lepas secara spontan (Depurinasi).
3. Deaminasi : hilangnya gugus amin pada
sitosin uracil.
Damage Reversal
Kerusakan DNA pada posisi original tanpa
replacement of constituents.

Paparan sinar UV mengasilkan pembentukan
dimer pirimidin-pirimidin sklobutanedan (6-
4) photoproducts( produksi satu ikatan
antara posisi 6 dan 4 pada cincin pirimidin.
Pd sel mamalia : repair by nucleotide
excision repair.



Sejumlah agen alkilasi yang telah diketahui
berpotensi sebagai karsinogen : aalkilasi
pada posisi O
6
pada guanine dan O
4
pada
timin
Exicion Repair
Diinduksi oleh glikosilasi. Basa N yang salah pasang dipotong dan
dihapus.
Undamaged strand Damaged strand
deaminasi
Uracil DNA glycosilase
AP endonuklease (memotong)
Exonuklease
DNA Polimerase I mengkopi
strad komplementer
Ligase
Exicion
Repair
Exicion Repair of E. coli DNA
UvrABC mechanism.
Contohmya Timin dimer distorsi pada bentuk
normal DNA.
Melibatkan protein kompleks UvrA, UvrB dan
UvrC : mendekati lesi DNA sepanjang 12 bp
panjangnya helicase membuka dan
memmungkinkan 12 bp yang salah tadi untuk
meninggalkan strand . Selanjutnya DNA pol I
mengisi Gap dan terakhir Ligase
menghubungkan gugus oh & Phospat (nick).
Exicion repair
DNA
Human exision repair
Mismatch Repair
mismatch repair(MMR) system in E. Coli
is capable of repairing single base
mispairs and small insertion/deletion
mispairs leading to loops of up to four or
more bases(Kclodner , 1995) :
Pengenalan posisi mismatch oleh beberapa
protein tertentu