Kuliah Biokimia

01 – Asam Nukleat
02 – Asam Amino dan Protein (struktur, tata nama, fungsi)
03 Sintesa dan perombakan
QUIZ I
04 Enzym
05 Topik Pilihan : Metabolik primer dan sekunder : Isoprenoid
06 Topik Pilihan : Metabolik sekunder: Phenylpropanoid
QUIZ II
07 Topik Pilihan : Metabolisme & Fiksasi nitrogen
UJIAN UTAMA (MATERI 01 – 07)
 ASAM NUKLEAT
Aluh N
Biokimia Tumbuhan -Agroekoteknologi M2
2010
Sel Eukaryotik dan Prokaryotik
 ASAM NUKLEAT
• MAKROMOLEKUL : polimer dari
NUKLEOTIDA (monomer penyusunnya)
• Molekul pembawa informasi genetik dlm
sel
• Ditemukan oleh Friedrich Miescher pd
tahun 1871
• Terdpt hampir di semua sel dan virus
• Dinamai krn perannya dlm inti sel
 ASAM NUKLEAT
• Bagian organisme hidup yg sangat penting
• Membawa informasi genetika yang akan
diturunkan / ditransfer dr generasi ke
generasi. Semua informasi yg ada dlm sel 
DNA
• Ada 2 macam:
– Asam deoksiribonukleat : AND / DNA
– Asam ribonukleat : ARN / RNA
• Asam nukleat mrpk polimer nukleotida yg
dihubungkan dgn ikatan fosfodiester
 NUKLEOTIDA
• MONOMER dr Asam Nukleat
• Terdiri atas 3 komponen :
1. Basa heterosiklis bernitrogen
(Basa Nitrogen)
2. Gula Pentosa
3. Gugus Fosfat
 Monomer Polimer
Nukleotida 0 Asam Nukleat
• Ribonukleotida RNA
0
• 2-deoxyribonukleotida 0 DNA

Fosfat Fosfat

Basa Basa
Nitrogen Nitrogen

Gula Pentosa Gula Pentosa

ribonukleotida 2’-dioksi ribonukleotida

 1. GULA PENTOSA

• Ribosa dan Deoksi ribosa

• Dipilahkan berdasarkan gugus hidroksil pd
atom C no.2
• Pentosa pd RNA : ribosa
• Pentosa pd DNA : dioksi ribosa
 GULA RIBOSA
• Ribosa adalah gula
pentosa (jumlah
karbon 5).

• Suatu gula aldosa 5'

bercincin furanose 4' 1'
yaitu b-D-furanose
3' 2'
• Dalam penulisan diberi
tanda prime(') untuk
membedakan
penomoran pada basa
nitrogen
Fosfat Fosfat

Basa Basa
Nitrogen Nitrogen

Gula Pentosa Gula Pentosa

ribonukleotida 2’-dioksi ribonukleotida

 2. BASA NITROGEN
Basa Nitrogen penyusun nukleotida : basa PURIN/PURINE (2)
atau PIRIMIDIN/PYRIMIDINE (3)
BASA PURIN/PURINE
PadaDNA
dan RNA

PadaDNA
dan RNA
BASA PIRIMIDIN/
PYRIMIDINE Pada
DNA
dan
RNA

Pada
DNA
saja

Pada
RNA
saja
Bgmn basa nitrogen terikat pada pentosa?

1. Basa nitrogen
berikatan dengan
ikatan-β pada
atom karbon
nomor1' dari gula
ribosa atau
deoksiribosa.
Bgmn basa nitrogen terikat pada pentosa?
2. Pirimidin berikatan ke gula 3. Purin berikatan ke gula
ribosa pada atom N-1 dari ribosa pada atom N-9 dari
struktur cincinnya. struktur cincinnya

H H

OH OH OH
OH

Cytidine Adenosine
Gula Pentosa (ribosa atau dioksi ribosa_ yang berikatan dgn basa nitogen
disebut NUKLEOSIDA (Ribonukleosida atau deoksi ribonukleosida)
 3. GUGUS FOSFAT

Nukleosida (Gula pentosa (contoh ribosa) yang

berikatan dengan basa nitrogen) + satu atau lebih gugus
fosforil disebut nukleotida (ribonukleotida/ribosa atau
deoksi ribonukleotida/deoksi ribosa)
RIBONUKLEOTIDA

• Ribonukleosida OH

yang terfosforilasi
pada atom karbon
nomor 5‘nya
disebut
ribonukleotida
(dalam contoh di
samping adalah
• Penyampaian ribonukleotida
uridilat atau biasanya dalam bentuk singkatan
sitidilat) (misalnya) U, atau UMP (uridin
monofosfat)
RIBONUKLEOTIDA UTAMA

Perhatikan atom N9 (pada purin) dan N1 (pada pirimidin)

yang berikatan dengan atom C nomor 1’ dari ribosa
Ribonukleotida adalah
penyusun RNA

Ribonukleotida
RNA
 MASALAH RNA: KETIDAKSTABILAN

• DNA, yang memiliki H sebagai pengganti OH di atom

C nomor 2’, lebih stabil
KERAGAMAN IKATAN FOSFAT

• Hidrolisis RNA oleh enzim

menghasilkan
ribonukleosida 5’-mono-
fosfat atau ribonukleosida
3'-monofosfat.
 KERAGAMAN JUMLAH FOSFAT

1
2
3
Nucleosida mono-, di-, dan trifosfat
 RIBOSA vs DEOKSIRIBOSA
• Turunan penting dari ribosa adalah 2'-deoksiribosa, sering hanya
disebut deoksiribosa, yang pada karbon nomor 2‘nya OH
digantikan oleh H.
• Deoksiribosa ditemukan di DNA (deoxyribonucleic acid)
• Ribosa ditemukan di RNA (ribonucleic acid).
• Penggantian –OH oleh H di atom C nomor 2 mempengaruhi
struktur!

DNA RNA
DEOKSIRIBONUKLEOTIDA – PENYUSUN DNA
• Gula 2'-deoksiribosa yang
berikatan dengan basa nitrogen
(dalam contoh di samping
adalah purin - adenin dan guanin)
pada atom karbon nomor 1‘nya
disebut deoksiribonukleosida
(dalam contoh di samping
adalah deoksiadenosin dan
deoksiguanosine).
• Deoksiribonukleosida yang
terfosforilasi pada atom karbon
nomor 5‘nya disebut Penyampaian Deoksiribonukleotida
Deoksiribonukleotida (dalam biasanya dalam bentuk singkatan
contoh di samping adalah (misalnya) A, atau dA (deoksiA),
deoksiadenilat dan atau dAMP (deoksiadenosin
deoksiguanilat). monofosfat)
DEOKSIRIBONUKLEOTIDA UTAMA
PENAMAAN NUKLEOTIDA (1)
PENAMAAN NUKLEOTIDA (2)
ASAM NUKLEAT
Monomer nukleotida dapat
berikatan satu sama lain melalui
ikatan fosfodiester antara -OH
di atom C nomor 3‘nya
dengan gugus fosfat dari
nukleotida berikutnya.
Kedua ujung poli- atau
oligonukleotida yang
dihasilkan menyisakan gugus
fosfat di atom karbon nomor
5' nukleotida pertama dan
gugus hidroksil di atom
karbon nomor 3' nukleotida
terakhir.
 STRUKTUR ASAM NUKLEAT

Polinukleotida/Asam Nukleat : DNA dan RNA

 KERANGKA GULA-FOSFAT

• kerangka dasar polinukleotida atau asam nukleat tersusun atas

residu fosfat dan ribosa yang berselang-seling.
• Urutan basa dalam polinukleotida ditulis dari ujung yang memiliki
gugus fosfat di atom karbon nomor 5' ke ujung yang memiliki
gugus hidroksil di atom karbon nomor 3‘, atau biasa disebut ujung
5' ke 3': 5'-ATGCTAGC-3'
• Perhatikan bahwa kerangka dasar polinukleotida memiliki muatan
negatif.
 STRUKTUR DNA
• DNA terdiri atas dua
rangkaian heliks anti-paralel
polinukleotida (anti-paralel
berlawanan arah) yang melilit
ke kanan suatu poros.
• Ukuran lilitan adalah 36 Å,
yang mengandung 10.5
pasangan basa per putaran.
• Kerangka yang berselang-
seling antara gugus
deoksiribosa dan fosfat
terletak di bagian luar.
• Ikatan hidrogen antara basa
purin dan pirimidin terletak d
bagian dalam.
RANGKAIAN BENANG DNA

• Basa penyusun suatu benang DNA

yang antiparallel tidak sama
melainkan bersifat komplemen
terhadap benang pasangannya.

• Basa C berpasangan dengan G,

sedangkan A dengan T. Hal ini
sangat bemanfaat dalam kaitan
untuk penyimpanan dan
pemindahan.
IKATAN HIDROGEN ANTAR RANGKAIAN
BASA DNA
•Susunan basa
nitrogen pada jalin
ganda DNA  tidak
random

Guanin (G) – Sitosin (C)

Adenin (A) - Timin (T)
Mengapa?
Antara basa nitrogen satu
dengan yang lain
dihubungkan dengan
ikatan hidrogen

Watson-Crick base pairing

DIMANA ASAM NUKLEAT BERPERAN?
• DNA mengandung gen, informasi yang mengatur
sintesis protein dan RNA.
• DNA mengandung bagian-bagian yang menentukan
pengaturan ekspresi gen (promoter, operator, dll.)
Pada organel sel yang mana DNA berada?
• Ribosomal RNA (rRNA) merupakan komponen dari
ribosom, mesin biologis pembuat protein
• Messenger RNAs (mRNA) merupakan bahan
pembawa informasi genetik dari gen ke ribosom
• Transfer RNAs (tRNAs) merupakan bahan yang
menterjemahkan informasi dalam mRNA menjadi
urutan asam amino
• RNAs memiliki fungsi-fungsi yang lain, di antaranya
fungsi-fungsi katalis
asam nukleat juga mempunyai struktur primer,
sekunder dan tersier
– asam nukleat mempunyai arah sense (5’  3’)
- Mempunyai individualitas  ditentukan dari urutan basa
nitrogennya  disebut sebagai struktur primer
- Informasi genetik ada pada struktur primer

Struktur primer
A C G T C

3’ 3’ 3’ 3’ ACGTC
3’
P P
P P P P
OH
5’ 5’ 5’ 5’ 5’
Struktur sekunder

• Double helix
– Watson n Crick  menjawab struktur 3D DNA dgn X-ray
diffraction pattern : hsl penelitian Rosalind Franklin
– Mampu menyimpulkan bahwa :
• mempunyai struktur double helix
• dengan 10 basa setiap putaran
• putaran 360,
• basa Nitrogen A-T , G – C
• cekukan mayor and minor
• double helix memutar ke kanan
• self replication
Dalam kondisi normal (kondisi fisiologis)  DNA
relatif stabil
Kadang menjadi tidak stabil  krn proses2 replikasi,
transkripsi
 Replikasi DNA : Semikonservatif
• DNA bisa bereplikasi
• Mekanisme pengkopian
DNA  melibatkan
pembukaan double helix
• Setiap rantai menjadi
pola / template untuk
pita baru
• Semi konservatif
• Disosiasi double helix DNA  denaturasi
– apabila DNA dipanaskan diatas melting
temperaturnya (Tm) maka double helix akan
terbuka
– Tm  tergantung pada rasio (G+C)/(A+T)
– G/C content dapat dihitung dengan (G+C) / (Total
Basa N) x 100%
 RNA

Ada 4 macam

• Hn RNA
• mRNA
• rRNA
• tRNA
• snRNA
• hnRNA  heterogeonous nuclear RNA  merupakan hasil
transkripsi langsung dr DNA
• mRNA 
– membawa informasi genetika dlm sintesa protein (cetakan utk sintesa
protein)
 membawa informasi genetik dlm btk codon (urutan 3 nukleotida)
(DIBAHAS LEBIH LANJUT PADA BIOSINTESA PROTEIN)
• rRNA 
– Komponen penyusun ribosom dimana translasi berlangsung
• tRNA 
– Menerjemahkan kode genetik
– Menghubungkan antara asam nukleat dengan asam amino  protein

• snRNA 
– Small nuclear RNA  membantu proses splicing dalam post transkripsi
proses
 Fungsi biologis
• DNA sebagai pembawa
informasi genetik
– DNA  komponen dr
kromosom
• Fungsi yang lain:
– Nukleotida sbg
pembawa energi
– Nukleotida sebagi
koensim
 BIOSINTESA NUKELOTIDA
• SINTESA NUKLEOTIDA BERASAL
DR :
- molekul hsl penguraian
polinukleotida
- molekul kecil dlm sel
• Induk cincin basa purin disintesa
dr berbagai sumber lalu
diikatkan pd ribosa 5-fosfat yg
terbentuk lebih dahulu’
• Atom C berasal dr CO2 dan asam
amino
• Atom N berasal dari asam amino
 KATABOLISME ASAM NUKLEAT
• Asam nukleat dipecah menjadi molekul kecil oleh enzim dlm
pencernaan
• Enzim deoksiribonuklease dan ribonuklease (pankreas)
• Enzim polinukleotidase atau fosfodiesteridase (usus)
• Hasil hidrolisis ini adlh nukleosida
• Nukleosida dihidrolisis oleh nukleosidase menjadi gula dan
basa nitrogennya
• Basa nitrogen (purin) diurai menjadi asam urat.
• Produk metabolisme basa purin :
a. Asam urat : primata, burung dan reptil
b. allantoin : mamalia krn memiliki enzim uricase yg mengubah
asam urat menjadi allantoin oleh enzim allantoinase
c. allantoat : ikan toleostei
d. urea dan glioksilat : ikan amfibi
 KATABOLISME ASAM NUKLEAT
• Basa PIRIMIDIN didegradasi menjadi NH3 dan CO2 serta asam
propionat dan suksinat.
• Pembebasan CO2 dari atom C2 inti pirimidin adlh jalur utama
proses katabolisme URASIL, SITOSIN, dan TIMIN
• PRODUK AKHIR berupa beta alanin dan beta aminoisobutirat