BIOKIMIA PANGAN

M AYL I NA I L HA MI K HU R N I YATI, S .TP., M . S I

I TS NU PA S URUAN
2019
NUKLEOTIDA-ASAM NUKLEAT

WDR THP - UB /2011

Hasil hidrolisis nukleoprotein
nukleoprotein

Protein Asam nukleat

Nukleotida

Asam posfat
nukleosida

Basa purin atau pentosa

pirimidin
Asam nukleat
Merupakan bagian organisme hidup yg sangat penting
Membawa informasi genetika yang akan diturunkan /
ditransfer dr generasi ke generasi. Semua informasi yg
ada dlm sel  DNA
Ada 2 macam:
◦ Asam deoksiribonukleat : AND / DNA
◦ Asam ribonukleat : ARN / RNA
Asam nukleat mrpk polimer nukleotida yg dihubungkan
dgn ikatan fosfodiester
Struktur Asam Nukleat
Polimer dari empat nukleosida
Berikatan melalui sugar-phosphate bonds
RNA: ribose and A, G, C, U
DNA: deoxyribose and A,G,C,T

base base base base

sugar P sugar P sugar P sugar

P

5
 Contoh asam nukleat
NH 2

N
CMP
O O N
-
O P O CH 2
-
O
O 3
NH 2
3,5-phospho OH N
N
diester bond
O 5 N N
O P O CH 2
-
O AMP
O

OH
6
 seperti halnya protein, asam nukleat juga mempunyai
struktur primer, sekunder dan tersier
◦ asam nukleat mempunyai arah sense
- Mempunyai individualitas  ditentukan dari urutan basa
nitrogennya  disebut sebagai struktur primer
- Informasi genetik ada pada struktur primer

A C G T C

3’ 3’ 3’ 3’ ACGTC
3’
P P
P P P P OH
5’ 5’ 5’ 5’ 5’
 Nukleotida
Asam nukleat terdiri dari nukleotida yang didalam strukturnya terdapat
gula, basa nitrogen dan fosfat.

Base

PO4
Sugar

nucleoside
8
 BASA NITROGEN
• Basa nitrogen berikatan dengan ikatan-ß pada atom
karbon nomor1' dari gula ribosa atau deoksiribosa.
• Pirimidin berikatan ke gula ribosa pada atom N-1 dari
struktur cincinnya.
• Purin berikatan ke gula ribosa pada atom N-9 dari
struktur cincinnya.
BASA PIRIMIDIN DAN PURIN

Perhatikan struktur cincinnya

BASA-BASA DALAM ASAM NUKLEAT
 GULA RIBOSA
• Gula pada asam
nukleat adalah ribosa.

• Ribosa (b-D-furanosa)
adalah gula pentosa 5
(jumlah karbon 5). 4 1

3 2
Sugars

HOCH2 O OH HOCH2 O OH

OH OH OH (no O)

ribose deoxyribose

13
Nukleosida dalam DNA
Base Sugar Nucleoside
Adenine (A) Deoxyribose Adenosine
Guanine (G) Deoxyribose Guanosine
Cytosine (C) Deoxyribose Cytidine
Thymine (T) Deoxyribose Thymidine

14
 Nukleosida dalam RNA
Base Sugar Nucleoside
Adenine (A) ribose Adenosine
Guanine (G) ribose Guanosine
Cytosine (C) ribose Cytidine
Uracil (U) ribose Uridine

15
Contoh nukleotida
NH 2

O O N
-
O P O CH 2
-
O
O

OH

deoxyctyidine monophosphate (dCMP)

16
Nukleotida dalam DNA dan RNA
DNA
dAMP Deoxyadenosine monophosphate
dGMP Deoxyguanosine monophosphate
dCMP Deoxycytidine monophosphate
dTMP Deoxythymidine monophosphate

RNA
AMP adenosine monophosphate
GMP guanosine monophosphate
CMP cytidine monophosphate
UMP uridine monophosphate
17
Nukleotida berbeda dengan nukleosida  karena
nukleosida tdk mempunyai gugus fosfat

Sehingga kita sering menuliskan nukleotida sebagai 

◦ Nukleosida monofosfat
◦ Nukleosida difosfat
◦ Nukleosida trifosfat
Tergantung pada jumlah fosfat yg dimiliki

Deoksiribonukleotida ditulis dng tambahan “d” 

menunjukkan adanya gugus hidroksil pd atom C nomer 2
Terdiri dari 2 golongan :
◦ Ribonukleotida
◦ Deoksiribonukleotida
Jenis nukleotida :
◦ Nama tergantung pada basanya
◦ Jumlah fosfat yang dimiliki

Adenin AMP, ADP, ATP, dAMP, dADP, dATP

Guanin GMP, GDP, GTP, dGMP, dGDP, dGTP
Sitosin CMP, CDP, CTP, dCTP, dCDP, dCTP
Timin TMP, TDP, TTP, -
Urasil UMP, UDP, UTP, dUMP, dUDP, dUTP
Nukleotida mengikat basa nitrogennya pada atom C no.
1, dgn ikatan glikosida
Gugus fosfat terikat pada gugus hidroksil atom C no. 5
Kedua kondisi diatas, menyebabkan nukleotida
mempunyai sifat sifat:
◦ Gugus phosphat  bertindak sbg asam kuat (pKa= 1)
◦ Gugus amina dr basa purin dan pirimidine, dpt di protonasi
◦ Nukleotida mampu menyerap sinar uv  dapat diukur konsentrasinya
Metabolisma Asam Nukleat

WDR THP - UB /2011

Nucleic Acid Metabolism
Nucleotides
◦ Komponen yang esensial bagi semua sel
◦ Pembawa intermediat aktif dalam metabolisme
karbohidrat, lemak dan protein
◦ CoA
◦ FAD
◦ NAD
◦ NADP
◦ Pembawa energi
◦ ATP
◦ Menghambat atau mengaktivasi enzim
◦ DNA
◦ RNA
Degradasi nukleotida
Di dalam usus halus tjd pemutusan ikatan fosfodiester oleh
endonuklease (pankreas)  oligonukleotida
Dipecah lebih lanjut dg fosfodiesterase (ensim exonuclease
non spesifik)  monofosfat
Dipecah lbh lanjut fosfomonoesterase dikenal sebagai
nukleotidase  menghasilkan nukleosida and
orthophosphate.
Nucleosida phosphorylase menghasilkan basa dan ribose-
1-phosphate.
Jika basa atau nukleosida tidak digunakan kembali
(salvage pathways/ sintesis nukleotida) basa akan lebih
lanjut didegradasi

asam urat ureidopropinat

(purin) (pyrimidine).
Sintesis Asam Nukleat

WDR THP - UB /2011

Hampir semua organisme mampu mensintesis nukleotida dr prekursor yg lebih
sederhana  jalur de novo untuk nukleotida  mirip utk setiap organisme

Nukleotida juga dapat disintesis dari hasil pemecahan nukleotida yang telah
ada  salvage pathway (recycle) yaitu dari degradasi pirimidin dan purin 
dari sel yang mati (regenerasi) atau dari makanan
 METABOLISME
NUKLEOTIDA PURIN dan PIRIMIDIN :
* KONSUMSI NUKLEOTIDA KEBANYAKAN BERUPA
NUKLEOPROTEIN.
* MANUSIA MAMPU MENSINTESIS NUKLEOTIDA
SECA RA DE NOVO DARI SENYAWA AMFIBOLIK.

PENCERNAAN NUKLEOTIDA PURIN dan PIRIMIDIN :

■ NUKLEOTIDA PURIN dan PIRIMIDIN DIPECAH
OLEH ENZIM-ENZIM DALAM Tr. DIGESTIVUS.

■ HASIL AKHIRNYA :
-. ASAM URAT
-. CO2, NH3 dan ASAM β- ISOBUTIRAT
 (PRPP)
Intermediet untuk baik proses de novo and salvage
pathway
Berasal dari ribosa 5 phosphat
Biosintesis De Novo Purines
Hal-hal penting dalam sintesis de novo purin:

1. Sangat tergantung pada “pool” ribosa

2. Gugus amina  didonor oleh glutamin dgn enzim
amidotransferase
3. Glisin dan fumarat  donor ring dlm nukleotida
4. Daur reaksi  dikontrol secara alosterik dgn AMP, ADP, GMP
dan GDP.  bekerja pada PRPP amidotransferase
Daur diawali dgn perubahan
PRPP  IMP

IMP = Inosine monofosfat mrpkn

bentuk nukleotida purin yang
pertama dibentuk dlm daur ini

Sebagai basa adalah

hypoxanthin
Hal-hal penting dalam sintesis de novo pirimidine:

cincin pirimidine disintesis terpisah dr gula ribosa nya

Daur pirimidine de novo tidak bercabang produk akhir dr
daur adalah UMP yang mrpkn bahan dari CMP
Reaksi pertama  pembtkan karbamoyl aspartate dr asp dan
carbomoyl-P titik regulasi yg penting dlm daur tsb
Aspartat transcarbomoylase (ATCase)  diaktivasi oleh
diaktivasi oleh ATP dan dihambat oleh CTP sbg produk akhir
DNA (DeoxyriboNucleic Acid )
Dikenal sebagai materi genetik
Merupakan komponen kromosom
Merupakan polimer deoksiribonukleotida yg dihubungkan dengan ikatan
fosfodiester
Backbone (rangka) terdiri dr: gugus fosfat dan gula yg saling berseling
Memiliki orientasi 5’  3’ jk gugus fosfat dr C5 berikatan dgn OH C3
Semikonservatif pd Replikasi DNA
Mekanisme pengkopian DNA
 melibatkan pembukaan
double helix
Setiap rantai menjadi pola /
templat untuk pita baru
 Ikatan hidrogen
H H
H
H C O
H N H
C N
Timin C C Adenin
C C
H C N
H N
N C
N C
C N
O
H

H N
H
C N H
Sitosin C O
C
H C N C C
Guanin
H N
N C N C
O N
C

N
H H
PENAMAAN NUKLEOTIDA (1)
Perbedaan DNA RNA
Letak Sebagian besar di Dalam sitoplasma,
nukleus, sedikit di nucleolus dan
mitochondria dan kromosom
kloroplast
Pyrimidine bases Cytosine Cytosine
Thymine Urasil
Purine bases Adenine Adenine
Guanine Guanine
Pentose deoxyribose ribose
Hydrolizing Deoxyribonuclease Ribonuclease
enzyme (DNase) (RNase)
Peranan Genetic Synthesis of
information proteins
Fungsi biologis
DNA sebagai pembawa
informasi genetik
◦ DNA  komponen dr
kromosom
Fungsi yang lain:
◦ Nukleotida sbg pembawa
energi
◦ Nukleotida sebagai koensim
◦ enzim
 Sintesis Protein
Instruksi pada DNA ditranskripsi (dituliskan kembali) dalam bentuk
serupa kemudian ditranslasi (diubah) menjadi bahasa protein.
Pertama2 pesan ditranskripsi menjadi jenis molekul lain yang dikenal
sebagai RNA kurir (mRNA). Secara kimiawi mRNA sangat serupa
dengan DNA, molekul ini juga dapat mengenali basa pada untaian
DNA dan melalui proses pengenalan mRNA bekerja menyalin gen
yang dibentuk.
 Sintesis Protein
Proses mentranslasi instruksi pada mRNA menjadi btk
protein kemudian dapat dimulai.
Urutan basa pada molekl mRNA menentukan urutan
asam amino pada protein.
Kata-kata pada bahasa mRNA terdiri atas kelompok2
tiga basa berurutan, disebut kodon. Setiap kodon
menyampaikan perintah kepada mesin selular yang
mensintesis protein bahwa asam amino tertentu hrs
digabungkan menjadi protein pada tempat tertentu
 Unwinding of gene regions of a DNA molecule
TRANSCRIPTION

Pre mRNA
Transcript mRNA rRNA tRNA
Processing

Mature mRNA protein ribosomal mature

transcripts subunits subunits tRNA

Convergence
TRANSLATION of RNAs

Cytoplasmic
pools of
amino acids,
tRNAs, and
Synthesis of a ribosomal
polypetide chain subunits
at binding sites
for mRNA and
tRNA on the
surface of an
intact ribosome
FINAL PROTEIN
Destined for use in
cell or for transport Fig. 13.14, p. 210
Sintesis Protein pada Ribosom
 Sintesis Protein
Translasi mRNA melibatkan puluhan jenis molekul, diantaranya
(rRNA dan tRNA) yang membantu sel membaca informasi yang
terkandung pada mRNA.
Sekali mRNA dibuat, molekul ini meninggalkan inti sel dan
masuk tubuh utama sel. Disini struktur globular (ribosom)
melekat pada mRNA tersebut.
Pada ribosom terdapat rRNA, setelah Ribosom berikatan dengan
mRNA, tRNA menjalankan tugasnya. Terdapat berbagai jenis tRNA
dan masing2 mampu mengenali golongan tertentu dari ketiga
basa (kodon) pada mRNA
Sintesis Protein
Sintesis Protein
Setelah sel selesai menyusun suatu rantai asam amino, rantai ini mulai melipat
dirinya sendiri. Bentuk umum protein adalah rantai berputar dan melekuk
membentuk struktur tiga dimensi yang kompleks. Pelipatan ini diatur oleh
tenaga kimia.
Bentuk akhir molekul protein ditentukan oleh urutan asam amino yang
menyusun protein tersebut.
Replikasi
DNA
dan
Sintesis
Protein
Jenis-jenis Asam Amino sebagai
Penyusun Protein