Purin, Pirimidin dan Asam

Nukleat

Wiryatun Lestariana
Bagian Biokimia Fakultas Kedokteran
Blok Introduksi (1.1) 22/10/2014 [21]
Universitas Gadjah Mada
Jogjakarta
 Purin, Pirimidin,
Asam nukleat

I. Pendahuluan
II. Basa Purin dan Basa Pirimidin
III. Nukleosid
IV. Nukleotid
V. Asam Nukleat
I. Pendahuluan
 Nukleoprotein
*protein majemuk
* terdapat dalam inti sel
* penyusun material inti sel
* tersusun
- protein: histon / protamin
- gugus non protein
* semua sel hidup mengandung nukleoprotein
 Kromatin
- konstituen penting dalam sel, tersusun atas
nukleoprotein kelainan pembentukan
nukleoprotein perubahan dlm pertumbuhan
reproduksi sebab kromatin pembelahan sel
 Nukleoprotein
Enzim proteolitik
- Protein sederhana - Asam nukleat
trtm: histon & protamin (Ribonuklease /
deoksiribonuklease)
polinukleotida
polinukleotidase
(fosfoesterse)
mononukleotida
purin/pirimidin nukleotidase
(fosfatase)
nukleosida asam fosfat
fosforilase
basa purin/basa pirimidin gula (ribosa/deoksi ribosa)
 Nukleosida Purin

Adenosin Guanosin
adenosin deaminase purin nukleosida fosforilase
NH3 Inosin Guanin
purin nukleosida
fosforilase
Hipoxantin
Xantin oksidase
Xantin + O2 asam urat ekskresi
Xantin oksidase ke urin
 Penyelamatan Purin
Untuk pembentukan nukleotida bbrp jaringan manusia
tgt pd purin /purin ribonukleosid eksogen
Ada 2 jalan penyelamatan
1. Fosforibosilasi purin bebas dgn enzim yang
membutuhkan PPribosaP sbg donor ribosa fosfat
2. Fosforilasi nukleosid purin pd gugus 5’-hidroksi
oleh enzim adenosin kinase
Contoh
1. Adenin menjadi AMP dengan enzim adenin
fosforibosa transferase
2. Hipoxantin dan Guanin menjadi Imp dan GMP
dengan enzim hipoxantin-guanin fosforibosa
transferase
 Nukleosida pirimidin
Sitidin Deoksisitidin
deaminasi
Uridin deaminasi
Deoksiuridin Deoksitimidin
fosforilse
Urasil dan Timin
Degradasi Degradasi

-alanin + NH4+ +CO2

As. -amino isobutirat + NH4+ +CO2
urine
Banyak tdp pd penderita tumor yang dikhemoterapi
DNA degradasi
 Kepentingan biomidis

 kemampuan nukleotid menyerap sinar UV 

menjadikan sinar UV sbg. unsur mutagen yg
potent
 senyawa analog purin & pirimidin disintesis
secara kimiawi  digunakan untuk terapi
penyakit kanker
 Sel yg akan membelah, selnya mengalami
replikasi
 Katabolisme: purin  xantin  asam urat
 II. Basa Purin Dan Basa Pirimidin
Basa Purin
6C Contoh : Adenin (A)
1N C5 N7 Guanin (G)
C8
2C C4 N9
N3
 Basa heterosiklis dan mrpk. mol. planar, sebagian
besar tdp. dalam sel dalam bentuk asam nukleat yang
disintesis secara de novo, sumber N1 dari as.
Aspartat, C6 dr CO2 respirasi, N7 dari glisin, C8 dari
N5,N10-metenilFH4, N3 dan N9 dari nitrogen amida der.
Glutamin dan C2 dari N-formil -tetrahidroksi folat
 Diberi nomor mulai atom N1 kearah kebalikan jarum
jam
 Basa Pirimidin
 Nama lebih panjang dari purin ttp. hanya
mengandung 6 atom yang heterosiklis,
sedang purin nama lebih pendek tetapi
mengandung 9 atom heterosiklis

- C4 1. Sitosin (S): tdp. dlm. semua asam

- kecuali DNA virus tertentu
- 3N C5 2. Timin (T) : terutama tdp. dlm. as.
nukleat yang mengandung gula
- 2C C6 deoksiribosa (DNA); sedikit
- 1N terdapat dlm. tRNA
3. Uranil (U): terdapat dalam RNA
 III. Nukleosida dan nukleotida
Nukleosid:
 tdr dari basa + d-ribosa  gula ribosa terikat
pada N9 basa purin dan pada N1 basa
pirimidin (kecuali U pd C5 ikatan C-C) dan
semuanya merupakan ikatan -N-glikosidik
 Nukleosid yang dimanfaatkan untuk
menghambat pertumbuhan sel:
* 5-fluorourasil * 5’-iodo-2’-deoksiuridin
* 6-tioguanin * 6-merkaptopurin
* 6-azauridin * arabinosil sitosin
 Nukleotida
- Mrpk unit struktural as nukleat, mrpk komponen seluler
yg mudah dpt diketahui krn menyerap kuat sinar UV, der. basa
purin absorbsinya lebih kuat dari der. basa pirimidin
- Tersusun: - basa purin/ basa pirimidin, gula (ribosa atau 2-
deoksiribosa), asam fosfat
- Pengikatan fosfat:- RNA pd at C3’ dari gulanya
- DNA pd at C5’ dari gulanya
Basa Nukleosida Nukleotida Singkatan
RNA DNA
Adenin Adenosin Asam adenilat A dA
Guanin Guanosin Asam guanilat G dG
Sitosin Sitidin Asam Sitidilat C dC
Urasil Uridin Asam uridilat U dU
Timin Timidin Asam timidilat T dT
Lanjutan nukleotida
- bentuk nukleotida lebih mudah larut dalam air dp nukleosida
dan basa bebasnya
- Komponennya dpt dng mudah dipisahkan dng TLC,
kromatografi, ion-change colum chromatography (HPLC)
Fungsi nukleotida
1. Berperan dalam metabolisme energi
Contoh: ATP - bentuk energi kimia yang diperlukan
untuk sel, dihasilkan dari fosforilasi
oksi datif atau fosforilasi tingkt substrat
- terlibat dalam kontraksi otot
- transport aktif
- mempertahankan gradien/ion
- membantu sbg donor fosfat untuk sin-
tesis nukleosida 5’-trifosfat
substrat untuk reaksi yng dikatalisis
oleh RNA dan DNA polimerase
Lanjutan fungsi nukleotida

2. Monomer unit asam nukleat: DNA dan RNA

3. Mediator fisiologik: nukleosida dan nukleotida
membantu sbg kunci mediator fisiologik
proses metabolik:
- adenosin penting dlm kontrol aliran darah
koroner
- ADP  critical dlm agregasi platelet dan
koagulasi darah
- cAMP & cGMP: bekerja sebagai second
messenger
- GTP: diperlukan untuk capping mRNA
lanjutan
4. Precursor function: GTP adalah prekursor
pembentukan kofaktor, tetrahidrobiopterin,
untuk
reaksi hidroksilasi dan generasi oksida nitrat
5. Komponen koenzim: NAD, NADP, FAD
6. Activated intermideate
- nukleotida membantu sbg kunci activated
intermidiate , diperlukan untuk berbagai reaksi
- UDP-glukosa-kinase intermidiate sintesis glikogen,
glikoprotein dll.
7. Allosteric effectors pd metabolisme nukleotida
 Lanjutan fungsi nukleotida
Sintesis nukleotida
 Di dalam sel mamalia disintesis secara
de novo
 Tidak semua sel mampu mensintesis
nukleotid purin
Contoh: sel-sel darah merah
 Pada akhir reaksi menghasilkan ITP 
prekursor adenosin 5’-monofosfat (AMP)
dan guanosin 5’-mono-fosfat (GMP)
Lanjutan sintesis nukleotida

 IMP  AMP energinya dari GTP

 IMP  GMP energinya dari ATP
 Apabila terjadi defek dlm reaksi
metabolik  menyebabkan kehilangan
pengaturan sintesis nukleotida purin 
overproduksi purin  asam urat
meningkat  gout
lanjutan

Pembentukan deoksi ribonukleotida

 pada keadaan sel tidak proliferasi 
rendah
 pada saat replikasi sintesis DNA 
sintesis deoksiribonukleotida meningkat
untuk mensuport sintesis DNA
IV. Asam nukleat (Polinukleotid)
 dibentuk dari ikatan fosfodiester yg terikat
pada C3’- dan C5’ monomer yg berdekatan
 ada mol. yg berakhir 5’ dan 3’
 masing-masing mol. memp. struktur
primernya, contoh 5’-3’p Gp Gp Ap Tp Cp A
 Ada 2 macam asam nukleat besar: - DNA
- RNA
*DNA
- DNA adalah dasar kimia genetik (pewarisan)
dan diorganisasikan ke dalam gen yang mjd
unit dasar informasi genetik
LANJUTAN

 DNA mrpk polimer yg tidak bercabang, unit

monomernya: 4 deoksiribonukleosida
monofosfat: dAMP, dGMP, dCMP, dTMP
 Antar unit dihubungkan oleh ikatan ester yg
menghubungkan 3’ hidroksil salah satu
nukleotid ke 5’ fosfat berikutnya
(dipertahankan dalam susunan linier oleh
ikatan fosfodiester)
 Pada salah satu ujung DNA, (5’)adalah
karbon 5’unit deoksiribosa yg terakhir,
sedang ujung lain (3’) mrpk karbon 3’yg
terdekat dng ujung polimer
Lanjutan

 Pada kebanyakan DNA, jumlah A sama

dengan T dan jumlah G sama dengan C
 Menurut Watson-Crick: DNA mrpk
benang rangkap yg saling membelit
dalam helix ganda. Gula dan fosfat di
luar molekul
 Pada pusat helix basa dari 2 untai DNA
mengadakan interaksi (berpasangan)
satu sama lain melalui ikatan H
Lanjutan

 Pasangan G dan C distabilkan oleh 3

ikatan H, sedang A dan T distabilkan
oleh 2 ikatan H. Karena pasangannya
tertentu 2 utas DNA
dikatakan satu dengan yg lain
komplementer
 Dua utas helix satu sama lain:
antiparalel yaitu ujung 5’ salah satu utas
berpasangan dengan ujung 3’ utas
lainnya
lanjutan

 Struktur helixs DNA distabilkan dengan ikatan

nonkovalen
 Inti sel manusia mengandung 6 X 109
pasangan basa DNA, tersebar di antara 23
pasang kromosoma linier
 Kromosoma: tdp pada sel hewan: suatu
struktur dalam nukleus yg mengandung suatu
benang linier DNA, yg mengantarkan
informasi genetik dan berhubungan dng RNA
 Informasi genetik yg tersimpan di dalam
rangkaian nukleotid DNA mempunyai 2 fungsi
lanjutan

 Informasi genetik tsb. merupakan

sumber informasi untuk sintesis semua
mol. protein sel dan organisme, dan
juga menyediakan informasi yg diwarisi
oleh sel anak atau sel generasi
berikutnya mol. DNA berfungsi
sbg. cetakan untuk transkripsi informasi
ke RNA dan untuk replikasi informasi ke
dalam mol. DNA turunannya
 Asam ribonukleat (RNA)
 Mrpk. bentuk benang tunggal, polimer
nukleosida monofosfat
 Mngd. ribosa sbg ganti deoksiribosa dan
urasil sbg pengganti timin
 Urasil berpasangan dng Adenin (A)
 Karena mol. RNA mrpk untai tunggal, mk
kandungan G tdk harus sama dng C dan A
tidak harus sama dng U 9urasil)
 RNA mrpk. hasil transkripsi dari DNA
 Paling sedikit ada 3 jenis RNA yang
diperlukan dalam sintesis protein
lanjutan

 Messenger RNA (mRNA): bekerja

sebagai pembawa informasi gen yg
akan diekspresikan
 Transfer RNA (tRNA): bekerja sbg
pembawa asam amino ketempat
sintesis protein dan membaca asam
amino dan mebaca kodon mRNA
 Ribosomal RNA (rRNA): bekerja
menyandi struktur primer protein asam
amino
 Gangguan metabolisme purin heriditer
hubungannya dengan abnormalitas (defek)
enzim
DEFEK ENZIM KARAKTERISASI GANGGUAN KLINIS
GANGGUAN KLINIS
1. PPpribosa P sintetase over produksi dan over ekskresi Gout
purin

2. hipoxantin-guaninfosforibosil Over produksi dan over ekskresi Lesch – Nyhan sindroma

transferase (HGPRT-ase) purin
3. Adenosin deaminase, Immunodefisiensi kombinasi sel T Defisiensi immun
dan sel B
Purin nukleosidafosforilase Defisiensi sel T, 4

4. Adenosin fosforibosil 2,8-Dihidroksiadenin renal litiasis Litiasis renal

transferase
Xantin renal litiasis, hipouresimea Xantinurea
5. Xantin oksidase