Metabolism of Purine and Pyrimidine

Nucleotides

Kelompok: 7

Anggota:
Adinda Elvira Ratrissa (03013006)
Amalia Almira (03013015)
Aristia Putri Kusumawardani (03013027)
Bernardus Oka Widyandanu (03013039)
Desmawita Lestari (03013051)
Dwi Meutia Julyta (03013063)
Felda Andreane (03013075)
Habiburrahman (03013087)
Intan Rhama Safitry (03013099)
Leddinsky Andima Putra (03013111)
Muhammad Ricky Mulia (03013124)

FACULTY OF MEDICINE
TRISAKTI UNIVERSITY JAKARTA 2013
1. Jelaskan apa yang dimaksud dengan nukleotida dan nukleosida!

Jawab:

Nukleotida merupakan senyawa nukleosida dengan tambahan satu atau dua atau tiga gugus
fosfat yang terikat pada atom ke 5 (5-OH) dari pentosa. Terdiri dari: basa nitrogen, gula
pentosa, satu dua atau tiga fosfat.

Nukleosida adalah turunan purin dan pirimidin yang memiliki sebuah gula yang terikat dengan
nitrogen cincin suatu heterosiklus yang disebut basa hetero siklik. Nukleosida dihasilkan, dari
penambahan fosfat dengan nama adenosime, guanisine, stidin, timidin, uridin.

2. Sebutkan fungsi-fungsi nukleotida!

Jawab:

 Membentuk DNA RNA

 Sintesis protein
 Carrier senyawa-senyawa antara yang teraktivasi
 Sebagai energy currency

3. Jelaskan peranan nukleotida sebagai energy currency!

Jawab: Nukleotida berperan sebagai senyawa penukar energy (energy currency). Anhidrida
asam tidak seperti ester fosfat, memiliki kemampuan tinggi untuk memindahkan gugus.
∆𝐺 untuk hidrolisis masing-masing dari kedua gugus fosforil terminal pada nukleosida trifosfat
adalah sekitar -7kkal/mol. Kemampuan memindahkan gugus yang tinggi pada nukleosida
trifosfat purin dan pirimidin ini memungkinkan keduanya berfungsi sebagai reagen transfer
gugus.

4. Sebutkan basa purin dan pirimidin pembentuk DNA dan RNA!

Jawab: Basa purin pembentuk DNA dan RNA sama, yaitu adenin dan guanin. Keduanya
mengandung basa pirimidin sitosin (C), namun basa pirimidin yang lain dimana pada DNA
mengandung timin, sedangkan pada RNA mengandung urasil.

5. Apa perbedaan struktur basa pirimidin pada DNA dan RNA? Jelaskan!

Jawab: Perbedaan struktur basa pirimidin pada DNA dan RNA terletak pada komposisi pirimidin
nya. Perbedaannya adalah timin mengandung gugus metil, sedangkan urasil tidak. Timin
berikatan dengan deoksiribosa, sedangkan urasil dengan ribosa. Jika timin berikatan dengan
deoksiribosa maka struktur RNA akan berantakan.
6. Sebutkan beberapa contoh basa yang tidak lazim!

Jawab: Sitosin, Urasil, Adenine, N–Acetylcitosine, Pseudouracil, dan N6– N6- Dimethyladenine.

7. Terangkan sistem penomoran atom pada cincin basa purin dan pirimidin, serta penamaan
atom karbon senyawa pentose pada nukleotida!

Jawab: Penomoran atom pada cincin pirimidin disebutkan 1 sampai 6, sedangkan penomoran 2

8. Jelaskan ikatan fosfat pada pentose dari suatu nukleotida!

Jawab: Ikatan fosfat merupakan tambahan pada senyawa nukleosida, baik satu atau dua atau
tiga gugus fosfat yang terikat pada atom ke lima (5’-OH) dari pentose yang menghasilkan
nukleotida

9. Sebutkan senyawa senyawa pembentuk atom dari cincin purin!

Jawab: Senyawa-senyawa pembentuk atom dari cincin purin yang terdiri dari asam amino
(aspartate, glisin, dan glutamin), karbondioksida dan derivate tetrahidrofolat

10. Jelaskan secara singkat pembentukan cincin purin!

Jawab: Atom-atom penyusun cincin purin terdiri dari asam amino (aspartat, glisin, dan
glutamine), CO2 dan derivat tetrahidrofolat

11. Terangkan secara singkat sintesis senyawa PRPP (5 fosforibosil 1 pirofosfat) beserta faktor
penghambat dan faktor yang mengaktivasi pembentukannya!

Jawab: PRPP sintase (ribose fosfat pirofosfokinase) diaktivasi oleh Pi dan dihambat oleh
nukleosida purin difosfat dan trifosfat. PRPP juga berperan dalam sintesis pirimidin serta jalur
reaksi penyelamatan purin dan pirimidin. Faktor penghambat: Purin nukleosida. Aktivator: Pi

12. Jelaskan secara singkat pembentukan 5 fosforibosilamin!

Jawab: Pembentukan 5 fosforibosilamin berasal dari PRPP dan glutamine. Gugus amida dari
glutamine akan menggatikan gugus pirofosfat yang terikat pada karbon1 dari PRPP. Enzim yang
berperan yaitu glutamine: fosforibosil pirofosfat amidotransferase dihambat oleh AMP, GMP,
dan IMP yang merupakan senyawa akhir. Kecepatan reaksi ini juga tergantung pada konsentrasi
PRPP dan glutamin.
16. Jelaskan proses konversi IMP menjadi AMP dan GMP.

Jawab: IMP dapat dikonversikan menjadi AMP dan GMP melalui dua jalur yang berbeda.
Pembentukan AMP memerlukan energi dalam bentuk GTP dan mereaksikan IMP dengan
Aspartic acid, proses ini disebut Adenylosuccinate synthetase. Kemudian Adenylosuccinate yang
terbentuk direaksikan lagi dengan fumarate yang menhasilkan AMP.

Proses awal pembentukan GMP dari IMP adalah IMP dehydrogenase dimana IMP direaksikan
dengan H2O dan NAD+ menghasilkan Xanthosine monophosphate. Proses selanjutnya adalah
GMP synthetase dimana dibutuhkan energi dalam bentuk ATP dan Xanthosine monophosphate
direaksikan dengan glutamine dan menghasilkan GMP.

17. Jelaskan proses konversi NMP menjadi NDP dan NTP.

Jawab: NMP dikonversi menjadi NDP oleh enzim nukleosida monofosfat kinase dimana ATP
berperan sebagai sumber fosfat sedangkan pengubahan menjadi NTP melalui interkonversi
antara NDP dan NTP yang dilakukan oleh enzim nuklosida difosfat kinase.

18. Apa yang di maksud dengan jalur penyelamatan purin?

Jawab: Jalur penyelamatan purin adalah proses sintesis nukleotida dari basa purin dan
neukleosida purin.

19. Enzim apa yang terlibat pada jalur penyelamatan purin?

Jawab:

1. Adenin fosforibosil transferase (APRT)

2. Hipoxantin guanine fosforibosil transferase (HGPRT)

20. Jelaskan yang saudara ketahui tentang sindrom Lesch Nyhan?

Jawab: Suatu kelainan yang disebabkan oleh defisiensi HGPRT (Hipoxantin guanine fosforibosil
transferase)
21. Terangkan jalur degradasi nukleotida purin!

Jawab:
25. Degradasi asam nukleat dalam saluran pencernaan!

Jawab: Ribonuklease dan deoksiribonuklease yang di sekresi oleh pankreas akan menghidrolisa
RNA dan DNA menjadi oligonukleotida yang selanjutnya akan dihidrolisa oleh enzim
fosfodiesterase yang juga dikeluarkan oleh pankreas, membentuk 3’ dan 5’ mononukleotida.
Enzim nukleotidase akan melepaskan gugus fosfat membentuk nukleosida yang akan diserap
oleh sel mukosa usus atau didegradasi menjadi basa bebas. Sebagian besar purin dan pirimidin
dari makanan tidak digunakan untuk sintesis asam nukleat. Senyawa purin tersebut kebanyakan
akan diubah asam urat oleh sel mukosa usus dan diekresikan di urin.

26. Perbedaan cincin Purin dan cincin Pirimidin ?

Jawab: Perbedaannya terdapat di struktur kimia yang membentuk.

Purin terdiri dari Adenin dan Guanin, Pirimidin terdiri dari Timin dan Sitosin.

27. Sebutkan sumber atom karbon dan nitrogen dari cincin pirimidin!

Jawab: Glutamin, CO2, asam aspartat

28. Jelaskan perbedaan enzim karbamoil fosfat sintetase I dan karbamoil fosfat sintetase II?

CPS I CPS II

Cellular location Mitochondria Cytosol

Pathway involved Urea cycle Pyrimidine synthesis

Source of nitrogen Ammonia Amide group of glutamine

29. Terangkan kelainan “orotic acidura”? enzim apa yang terlibat? Dan jelaskan akibatnya?

Jawab: Sebuah penyakit yang manifestasi klinisnya adalah pertumbuhannya abnormal anemia
megaloblastik dan banyaknya jumlah eksresi asam orotad diurin. Orotid acidura itu disebabkan
oleh defisiensi orotat fosforibosil transferase dan orotidilat dekarbosilase.

30. Jelaskan pembentukan cytidine triphospate / CTP!

Jawab: Enzim CTP sintase mengkatalisis proses aminasi UTP membentuk CTP. Disini glutamine
berperan sebagai donor gugus nitrogen.

31. Terangkan degradasi nukleotida pirimidin!

Jawab: Cincin pirimidin dapat mengalami degradasi menjadi senyawa yang soluble seperti beta
alanin dan beta aminoisobutirat, yang masing masing dapat berfungsi sebagai precursor asetil
koenzim A dan suksinil koenzim A, Selain itu pirimidin dapat memasuki jalur penyelamatan
pirimidin, dan diubah menjadi nukleotida oleh enzim pirimidin fosforibosil transferase, yang
seperti jalur penyelamatan purin, juga memerlukan PRPP sebagai sumber ribose 5 fosfat

32. Jelaskan tentang jalur penyelamatan pirimidin!

Jawab: Sisa barang dari basa pirimidin memiliki signifikansi klinis kurang daripada purin, karena
kelarutan dengan-produk katabolisme pirimidin. Jalur penyelamatan untuk sintesis nukleotida
timidin sangat penting dalam persiapan untuk pembelahan sel. Urasil dapat diselamatkan untuk
membentuk UMP melalui tindakan bersama dari fosforilase uridina dan uridina kinase, seperti
ditunjukkan:

Urasil fosfat + ribosa-1-<-> uridina + P i

Uridina + ATP -> ADP + UMP

Deoxyuridine juga merupakan substrat untuk fosforilase uridina. Pembentukan dTMP, dengan
menyelamatkan dari dTMP membutuhkan fosforilase timin dan sebelumnya dihadapi kinase
timidin:

Timin <+ deoksiribosa-1-fosfat -> timidin + P i

Timidin + ATP -> ADP + dTMP

Sisa barang dari deoxycytidine ini dikatalisis oleh kinase deoxycytidine:

Deoxycytidine + ATP <-> dCMP + ADP

Deoxyguanosine Deoxyadenosine dan juga substrat untuk kinase deoxycytidine, meskipun m K

untuk substrat ini jauh lebih tinggi daripada deoxycytidine

33. Terangkan proses konversi ribonukleotida menjadi deoksiribonukleotida!

Jawab: Nukleotida untuk sintesis DNA afalah 2’ deoksiribonukleotida, yang dihasilkan dari
ribonukleosida difosfat

Riboibonukleotida reduktase berperan dalam proses reduksi nukleosida difosfat (ADP, GDP,
CDP, dan UDP) menjadi bentuk deoksi (d(ADP, GDP, CDP, UDP)). Donor atom hydrogen untuk
proses reduksi ini ialah gugus sulfhidril dari enzim tersebut, yang kemudian akan membentuk
ikatan disulfide

Regenerasi enzim bentuk reduksi

Untuk dapat berfungsi aktif membentuk deoksiribonukleotida, ikatan disulfide yang terbentuk
selama proses reaksi pada enzim tersebut harus direduksi kembali. Donor gugus [ereduksi
adalah koenzim dari iribonukleotida reduktase, yaitu tioredoksin yang mengandung 2 residu
sistein. Gugus sulfhidril pada tioredoksin tersebut akanmemberikan atom hidrogennyake enzim
ribonukleotida reduktase, sehingga akan terbentuk ikatan disufida pada tioredoksin

Regenerasi tioredoksin

Tioredoksin harus kembali kebentuk reduksinya agar dapat berfungsi aktif. Gugus pereduksi
berasal dari NADPH + H+ dan dikatalis oleh tioredoksin reduktase

Regulasi sintesis deoksiribonukleotida

Pada enzim ribonukleotida reduktase terdapat dua tempat yang berperan dalam pengaturan
aktivitas enzim tersebut

Activity site

Pengikatan dATP pada tempat alosterik (activity site) dari enzim akan menghambat aktivitas
enzim tersebut.

Substrate specificity site

Pengikatan NTP pada tempat ini akan meningkatkan perubahan dari ribonukleotida menjadi
deoksiribonukleotida

34. Apa yang anda ketahui dengan enzim ribonukleotida reduktase?

Jawab: Ribonukleotida reduktase berperan dalam proses reduksi nukleosida difosfat (ADP, GDP,
CDP, dan UDP) menjadi bentuk deoksi (Dadp, Dgdp, Dcdp, dan DUDP)

35. Apa peranan thioredoxin pada ribonukleotida reduktase?

Jawab: Suatu ko-enzim yang berperan sebagai donor gugus pereduksi yang mengandung 2
residu sistein. Gugus sulfhidril pada thioredoxin tersebut akan memberikan atom hidrogennya
ke enzim ribonukleotida reduktase, sehingga akan terbentuk ikatan disulfide pada thioredoxin.

36. Senyawa apa yang diperlukan untuk mereduksi enzim ribonukleotida reduktase?

Jawab: Ko-enzim dari nukleotida reduktase yaitu tioredoksin yang mengandung 2 residu sistein.

37. Jelaskan mekanisme regulasi enzim ribonukleotida reduktase.

Jawab: Ribonukleotida reduktase berperan untuk mereduksi nukleosida difosfat menjadi
bentuk deoksi. Gugus sulfhidril dari ezim tersebut yang mendonor atom Hidrogen untuk proses
reduksi yang akan membentuk ikatan disulfida.

38. Terangkan mekanisme pembentukan dTMP! Senyawa apa yang dapat menghambat
pembentukannya?

Jawab: dUMP akan diubah menjadi dTMP oleh enzim timidat sintetase, yang menggungakan N5,
N10- metilen tetrahidrofolat sebagai gugus metal. Senyawa tetrahidrofolat tidak hanya
memberikan gugus karbonnya saja, tetapi juga 2 atom hidrogen yang berasal dari cincin
pteridin, yang mengakibatkan teroksidasinya tetrahidrofolat menjadi dihidrofolat. Inhibitor
timidilat sintetase meliputi senyawa analog timin, seperti 5-fluourasil yang dipakai sebagai
terapi anti tumor. Dihidrofolat dapat direduksi kembali menjadi tetrahidrofolat oleh enzim
dihidrofolat reduktase, yang dapat dihambat oleh metotreksat.