Nukleotida

Nukleotida adalah senyawa organik yang berperan sebagai monomer penyusun polimer asam
nukleat — asam deoksiribonukleat (DNA) dan asam ribonukleat (RNA) — keduanya adalah
biomolekul penting yang menyusun makhluk hidup di bumi.

Nukleotida adalah blok pembangun asam nukleat. Nukleotida tersusun dari tiga subunit —
gugus basa nitrogen heterosiklik (basa nukleotida), gula pentosa (ribosa atau deoksiribosa)
dan setidaknya satu gugus fosfat.

Nukleosida adalah senyawa yang tersusun dari gugus basa nitrogen heterosiklik dan gula
pentosa. Karena itu, nukleotida adalah tersusun dari nukleosida dan gugus fosfat.

Nukleotida mempunyai peran penting dalam metabolisme di tingkat dasar dan selular.
Nukleotida mengandung energi kimia dalam bentuk nukleotida trifosfat (adenosin trifosfat —
ATP, guanosin trifosfat — GTP, sitosin trifosfat — CTG dan urasil trifosfat — UTP). Paket
energi ini tersebar di sel sel badan manusia dan menyediakan energi untuk fungsi
metabolisme seperti: sintesis asam amino, protein, membran sel dan organel, menggerakkan
sel dan organel (intraselular dan ekstraselular), pembelahan sel melalui mitosis dan meiosis.

Selain itu, nukleotida juga berpartisipasi dalam transduksi sinyal seluler (melalui siklik
guanosin monofosfat — cGMP dan siklik adenosin monofosfat —cAMP).

Nukleotida adalah salah satu subunit untuk beberapa kofaktor, seperti CoA, FAD, FMN,
NAD, dan NADP⁺. Dalam sel, kofaktor ini memainkan peran penting dalam fiksasi energi
(misalnya fotosintesis), metabolisme, dan transduksi sinyal seluler.

Dalam eksperimental biokimia, nukleotida bisa bereaksi dengan radionuklida untuk

membentuk radionukleotida. Proses ini dinamakan radiolabel dan sangat penting untung
mengeksplorasi mekanisme reaksi kimia.

Struktur

Susunan nukleotida dalam struktus asam nukleat: di bagian kiri bawah, nukleotida
monofosfat; basa nitrogennya mewakili satu sis pasangan basa. Di bagian kanan atas, empat
nukleotida membentuk dua pasangan basa. timina dan adenina (dihubungkan dengan dua
ikatan hidrogen) dan guanina dan sitosina (dihubungkan dengan tiga ikatan hidrogen). Satu
monomen nukleotida dihubungkan dengan lainnya membentuk rantai di bagian gugus gula
dan fosfat, membentuk dua "rantai punggung" (struktur untai ganda) dari asam nukleat, yang
ditunjukkan di bagian kiri atas.

Nukleotida tersusun dari gugus basa nitrogen heterosiklik, gula pentosa, dan satu atau lebih
gugus fosfat.[1] Kalau tiga subunit itu bergabung, nukleotida juga disebut sebagai "nukleosida
monofosfat". Sumber kimia ACS Style Guide dan IUPAC Gold Book[2] menyatakan bahwa
nukleotida hanya mempunyai satu gugus fosfat, tapi pengunaan istilah umum dalam buku
pelajaran molekuler biologi memperluas definisinya untuk merangkum molekul dengan dua
atau tiga gugus fosfat. Karena itu, istilah "nukleosida difosfat" atau "nukleosida trifosfat"
juga bisa dinyatakan sebagai nukleotida.

Basa penyusun nukleotida biasanya adalah berupa purina atau pirimidina sementara gulanya
adalah pentosa (ribosa), baik berupa deoksiribosa maupun ribosa.

Basa purina itu terdiri dari adenina atau guanina, sedangkan basa pirimidina itu terdiri dari
timina, sitosina atau urasil.

Kalau gulanya ribosa, nukleotida itu dinamakan "ribonukleotida", sedangkan jika gulanya
deoksiribosa, nukleotida itu dinamakan "deoksiribosanukleotida".

Dalam satu nukleotida, gugus fosfat berikat dengan gugus gula melalui karbon nomor 5 (5')
melalui ikatan ester kovalen. Sedangkan basa nitrogen berikat dengan gugus gula melalu
karbon nomor 1 melalui ikatan yang dinamakan ikatan glikosidik.

Gugus fosfat menghubungkan satu nukleotida dengan nukleotida lain melalui ikatan ester
kovalen. Ikatan ini dinamakan ikatan fosfodiester. Ikatan antara satu nukleotida dengan
lainnya membentuk satu rantai panjang yang dinamakan rantai polinukleotida.

Rantai polinukleotida membentuk "rantai tulang punggung" untuk satu atau dua struktur
spiral. Dalam satu rantai polinukleotida, orientasinya dari ujung 5' ke ujung 3'. Dalam DNA
— yang terbentuk dari dua rantai yang membangun struktur untai ganda — orientasi satu
rantai mempunyai arah berlawanan dengan rantai lain. Satu rantai mempunyai orientasi 5' ke
3', dan rantai lainnya mempunyai orientasi 3' ke 5'. Orientasi berlawan ini sangat penting
dalam proses replikasi dan translasi (salinan) informasi dalam DNA karena orientasi ini
memungkinkan keadaan pasangan basa dan perlengkapan di antara pasangan basa.

Tidak seperti nukleotida yang membentuk asam nukleat, nukleotida siklik tunggal itu
dibentuk ketika gugus fosfat berikat dua kali dengan gugus gula yang sama, yaitu di sudut-
sudut gugus hidroksil di gula tersebut. Nukleotida siklik berperan dalam metabolisme sel, dan
tidak berperan dalam pembentukan rantai molekul struktur untuk asam nukleat.

Asam nukleat adalah makromolekul polimerik yang tersusun dari nukleotida, blok bangunan
asam nukleat. Basa purina adenina dan guanina, dan basa pirimidina sitosina bisa ditemukan
di DNA dan RNA, sedangkan basa pirimidina timina bisa ditemukan hanya di DNA dan basa
pirimidina urasil bisa ditemukan hanya di RNA.

Adenina membentuk pasangan basa dengan timina melalui dua ikatan hidrogen, sedangkan
guanina berpasangan dengan sitosina melalui tiga ikatan hidrogen.
Elemen struktural dari nukleotida yang paling umum — dimana satu, dua atau tiga gugus
fosfat berikat dengan nukleosida (kuning, biru dan hijau) di bagian tengah. Pertama,
nukleotida dinamakan nukleotida monofosfat yang terbentuk dengan menambahkan satu
gugus fosfat (merah). kedua, menambahkan gugus fosfat kedua membentukkan nukleosida
difosfat. Ketiga, menambahkan gugus fosfat ketida membentukkan nukleosida trifosfat. Basa
nukleosida dilabel sebagai "Base" dan "glycosidic bond" (ikatan glikosidik). Lima basa
nukleosida — purina dan pirimida — dicantumkan di bagian kanan (biru).

Sintesis

Nukleotida dapat disintesis in vitro atau in vivo.

In vitro, gugus pelindung bisa dipakai dalam produksi nukleotida di laboratorium. Nukleosida
yang dimurnikan kemudian dilindungi untuk membentuk fosforamidit, yang selanjutnya
digunakan untuk membentuk analog yang tidak ditemukan di bumi atau digunakan untuk
oligonukleotida sintesisasi.

In vivo, nukleotida bisa disintesis de novo atau didaur ulang melalui jalur reaksi
penyelamatan. Komponen yang digunakan dalam sintesis nukleotida de novo berasal dari
prekursor biosintetik dari metabolisme karbohidrat dan asam amino, dan dari amonia dan
karbon dioksida. Hati adalah organ penting yang melakukan sintesis de novo untuk semua
nukleotida. Sintesis de novo untuk basa pirimidina dan purina melalui dua jalur yang
berbeda. Pirimidina disintesis pertama dari aspartat dan karbamoil fosfat di dalam sitoplasma,
membentuk struktur prekursor cincin umum asam orotik. Gugus ribosil yang difosforilasi
kemudian digabungkan dengan struktur asam orotik tersebut, melalui ikatan kovalen. Purina
disintesis pertama dari templat gula dimana sintesis ring dilakukan. Sintesis nukleotida
pirimidina dan purina dijalankan oleh beberapa enzim di sitoplasma, bukan di dalam organel
tertentu. Nukleotida mengalami penguraian dan bagian-bagian berguna bisa digunakan
kembali dalam reaksi sintesis untuk membuat nukleotida baru.

Sintesis pirimidina CTP dan UTP dilakukan di sitoplasma dan dimulai dengan pembentukan
karbamoil fosfat dari glutamina dan karbon dioksida, Selanjutnya, enzim aspartat karbamoil
fosfat transferase mengkatalisis reaksi kondensasi antara aspartat dan karbamoil fosfat untuk
membentuk asam karbamoil aspartik, yang kemudian disiklisasi menjadi 4,5-asam dihidrotik
dengan bantuan enzim dihidroorotase. 4,5-asam dihidrotik dikonversi menjadi orotat oleh
enzim dihidroorotate oksidase. Reaksi ini adalah:

(S)-Dihydroorotate + O2 → Orotate + H2O2

Selanjutnya, orotat digabung dengan gugus ribosil yang telah difosforilasi, melalui ikatan
kovalen. Ikatan kovalen antara ribosa dan pirimidina berada di posisi karbon 1 (C1) di gugus
ribosa, yang mengandung satu pirofosfat, dan posisi nitrogen 1 (N1), di cincin pirimidina.
Orotate fosforibosyl transferase (PRPP transferase) mengkatalisasi reaksi yang menghasilkan
orotidina monofosfat (OMP):

Orotate + 5-Phospho-α-D-ribose 1-diphosphate (PRPP) → Orotidine 5'-phosphate +

Pyrophosphate

Orotidina 5'-monofosfat kemudian dekarboksilasi oleh orotidina-5'-fosfat dekarboksilase

untuk membentuk uridina monofosfat (UMP). PRPP transferase mengkatalisasi reaksi
ribosilasi dan dekarboksilasi, membentuk UMP dari asam orotik dalam kandungan PRPP.
Nukleotida pirimidina lain diturunkan dari UMP. Kemudian, UMP difosforilasi oleh dua
enzim kinase untuk membentuk uridina trifosfat (UTP) melalui dua reaksi berurutan dengan
ATP. Pertama, difosfat membentuk UDP itu diproduksi, dan kemudian difosforilasi menjadi
UTP. Kedua reaksi memakai ATP untuk energi melalui hidrolisis ATP:

ATP + UMP → ADP + UDP

UDP + ATP → UTP + ADP

Selanjutnya, CTP dibentuk oleh reaksi aminasi UTP melalui aktivitas katalisasi dari enzim
CTP sintetase. Glutamina adalah donor NH3 dan reaksi tersebut memakai energi melalui
hidrolisis ATP.

UTP + Glutamine + ATP + H2O → CTP + ADP + Pi

Sitidina monofosfat (CMP) berasal dari sitidina trifosfat (CTP) melalui kehilangan dua gugus
fosfat.

Sintesis de novo untuk nukleotida purina dijalankan dengan prekursors yang dimasukkan ke
dalam cincin purina melalui jalur 10 langkah ke senyawa perantara IMP, nukleotida dari basa
hipoksantin. AMP dan GMP selanjutnya disintesis dari senyawa prenantara ini melalui jalur
terpisah dua langkah. Karena itu, gugus purin pada awalnya terbentuk sebagai bagian dari
ribonukleotida, dan bukan sebagai basa bebas.

Enam enzim terlibat dalam reaksi sintesis IMP. Di antara enzim itu, tiga enzim mempunyai
peran multifungsi:

 GART (reaksi 2, 3 dan 5)

 PAICS (reaksi 6 dan 7)
 ATIC (reaksi 9 dan 10)

Jalur reaksi termulai dengan pembentukan PRPP. PRPS1 adalah enzim yang mengaktifkan
R5P, yang dibentuk oleh jalur pentosa fosfat, menjadi PRPP yang dibuat reaksi dengan ATP.
Reaksi ini tidak biasa karena gugus pirofosforil ditransfer langsung dari ATP ke C1 dari R5P,
dan senyawa yang terbentuk mempunyai konfigurasi α di C1. Reaksi ini juga berbagi dengan
jalur sintesis asam amino Trp, His dan nukleotida pirimidina. Reaksi ini sangat diatur karena
reaksi ini berada di dalam metabolisme utama dan memakai banyak energi.

Dalam reaksi pertama yang unik hanya untuk sintesis nukleotida purina, PPAT mengkatalisis
perpindahan gugus pirofosfat (PPi) dari PRPP melalui gugus nitrogen amida disumbangkan
oleh glutamina (N), glisina (N dan C), asam aspartat (N), asam folat (C1) atau karbon
dioksida. Ini adalah langkah berkomitmen dalam sintesis purina. Reaksi ini terjadi dengan
inversi konfigurasi di ribosa C1, yang kemudian membentuk β-5-fosforibosilamine (5-PRA)
dan meneguhkan bentuk anomerik nukleotida mendatang.

Selanjutnya, glisina dimasukkan dengan energi dari hidrolisis ATP dan gugus karboksil
membuat ikatan amina dengan NH2 dari sebelumnya. Satu-karbon unit dari koenzim asam
folat N10-formyl-THF kemudia ditambahkan ke gugus amina dari glisina yang disubtitusi,
diikuti dengan penutupan cinicin imidazole. Kemudian, gugus NH2 kedua ditransfer dari
glutamina ke karbon pertama dari gugus glisina. Karboksilasi satu-karbon unit kedua dari
gugus glisina ditambahkan secara bersama. Gugus karbon baru ini kemudian dimodifikasi
dengan menambahkan gugus NH2 ketiga, kali ini ditransfer dari residu aspartat. Akhirnya,
satu-karbon unit kedua dari formil THF ditambahkan ke gugu nitrogen dan cincin itu
ditutupkan secara kovalen untuk membentuk gugus prekursor purina umum inosin
monofosfat (IMP).

Inosin monofosfat dikonversi ke adenosin monofosfat melalui dua langkah. Pertama,

hidrolisis GTP menyediakan energi untuk menambahkan aspartat ke IMP oleh enzim
adenilosuccinate sintase, menggantikan oksigen karbonil dengan nitrogen dan membentuk
senyawa perantara adenilosuccinate. Kemudia, fumarat dibelah untuk membentuk adenosin
monofosfat. Langkah ini dikatalisis oleh enzim adenilosuccinate liase.

Inosin monofosfate dikonversi ke guanosin monofosfate melalui reaksi oksidasi IMP

membentuk xantilat, diikuti dengan penyisipan gugus amina di C2. NAD+ adalah akseptor
elektron di reaksi oksidasi ini. Transfer gugus amida didorong oleh energi dari hidrolisis
ATP.

Degradasi Purina dan Pirimidina

Dalam tubuh manusia, cincin pirimidina (C,T, U) dapat didegradasi sepenuhnya menjadi
karbon dioksida, CO2 dan NH3 (ekskresi urea). Cincin purina (G, A) tidak bisa didegradasi
melalui jalur yang sama. Cincin purina didegradasi menjadi asam urat yang selanjutnya
dikeluarkan dari tubuh. Asam urat terbentuk ketika GMP dibelah menjadi basa guanina dan
ribosa. Guanina dideaminasi menjadi xantin, yang selanjutnya dioksidasi menjadi asam urat.
Reaksi terakhir ini permanen. Demikian pula, asam urat bisa dibentuk ketika AMP
dideaminasi untuk membentuk IMP, yang menjadi sumber gugus ribosa yang dikeluarkan
untuk membentuk hipoksantin. Hipoksantin dioksidasi menjadi xantin dan selanjutnya
menjadi asam urat. Guanina dan IMP bisa digunakan untuk daur ulang untuk reaksi sintesis
asam nukleat di dalam kandungan PRPP dan aspartat (sebagai donor NH3).