BIOKIMIA 1

Peptida :
Pembentukan dan Penentuan
Urutan asam amino

DEPARTEMEN PENDIDIKAN KIMIA-UPI

 Asam amino: Unit dasar protein

R
Perbedaan rantai
samping, R,
NH3+ C COO- menentukan
Amino group Carboxylic sifat keduapuluh
H acid group asam amino.

Asam amino
 Pembentukan Ikatan Peptida Melalui
Reaksi Dehidrasi

NH2 1 COOH NH2 2 COOH

karboimida Dehidrasi
-H2O

O
NH2 1 C N 2 COOH
H
 Ikatan Peptida

◼ Umumnya terdapat dalam bentuk konformasi trans

◼ Memiliki karakter ikatan rangkap sebesar 40%
◼ Memiliki panjang ikatan sekitar 0.133 nm, lebih
pendek dibandingkan ikatan tunggal, tetapi lebih
panjang jika dibandingkan ikatan rangkap
◼ Dimilikinya karakter ikatan rangkap menyebabkan
keenam atom pada ikatan peptida terdapat dalam
bentuk planar
◼ N bersifat parsial positif sedangkan O bersifat
parsial negatif
 Peptida

◼ Polimer pendek dari asam amino

◼ unit asam amino yang terikat
pada peptida disebut residu
◼ 2 residu - dipeptida
◼ 3 residu - tripeptida
◼ 12-20 residu - oligopeptida
◼ Banyak - polipeptida
Beberapa asam amino dan
peptida
 Polipeptida

◼ Polimer linier (tidak bercabang)

◼ Monomer-monomer AA berikatan antara “kepala
(gugus karboksil) dengan “ujung” (gugus amino)
◼ Residu-residu terminal/ujung:
◼ Gugus asam amino bebas (N-terminal)
◼ Dituliskan di sebelah kiri
◼ Gugus karboksilat bebas (C-terminal)
◼ Dituliskan di sebalah kanan

◼ Nilai pKa AA pada polipeptida sedikit berbeda

dengan nilai pKa AA bebas
 Tatanama Peptida

◼ Pembacaan dimulai dari ujung amino bebas/ujung N (NH3+)

◼ Nama residu asam amino sebelum ujung C diberi akhiran -il
◼ Residu asam amino ujung C/ C-terminal menggunakan
nama asam amino
◼ Untuk peptida pendek dan asam amino, tatanama lebih
banyak menggunakan singkatan tiga huruf.
◼ Urutan peptida yang sudah diketahui dipisahkan dengan
tanda titik atau strip.
◼ Pada polipeptida atau protein, singkatan satu huruf lebih
banyak digunakan dan tidak dipisahkan dengan tanda titik
atau strip
Contoh

(GA)
 Learning Check

Tentukan nama dari tetrapeptida berikut menggunakan

singkatan tiga huruf dan nama asam amino
CH3
CH3 S
CH CH3 SH CH2
CH3 O CH 2 O CH2 O CH2 O
-
H3N CH C N CH C N CH C N CH C O
H H H

Alanilleusilsisteilmetionin (ala-leu-cys-met)
 Learning Check

◼ Gambarkan rumus struktur masing-masing peptida berikut :

A. Metionilasam aspartat
B. Alaniltriptofan
C. Metionilglutaminillisin
D. Histidilglisilglutamilalanin
Contoh Soal
 Penentuan urutan asam
amino/Sekuensing Protein
◼ Penentuan struktur primer AA
◼ Perlu diketahui struktur 3D-nya
◼ Memberikan pemahaman yang mendalam tentang
fungsi protein
◼ Langkah umum penentuan AA:
◼ Denaturasi protein
◼ Pemotongan protein menjadi segmen-segmen pendek
◼ Tentukan urutan AA segmen
◼ Animasi
 Analisis ujung

◼ Identifikasi residu AA terminal

◼ Identifikasi AA spesifik
◼ Dansil klorida
◼ Metode Sanger(FDNB)
◼ Degradasi Edman (PITC)

Bovine
insulin
 Dansil Klorida

◼ Reaksi dengan amina ujung

N
bebas O

◼ Ujung N + H2N CH C

◼ Menghasilkan polipeptida- R

polipeptida ter’dansilasi”
SO2

Cl

◼ Dansyl AA dapat diiidentifikasi

spektrometeri dan florometri
(Floresen kuning)
N
◼ Metode yang berguna untuk N

menentukan urutan protein HCl +

H3O+
+ other free AAs

SO2 O O
SO2

HN CH C HN CH C OH

R R
 METODE SANGER

◼ Pereaksi: 1-Fluoro-2,4-dinitrobenzen (FDNB)

 Degradasi Edman
◼ Fenilisotiosianat(PITC)
◼ Reaksi dengan ujung-N AA akan menghasilkann suatu feniltiokarbamil
(PTC)
◼ Penambahan TFAA (pelarut/katalis) untuk memutus residu ujung-N
tanpa menghidrolisa asam amino lainnya
 Fragmentasi protein
◼ Pembentukan fragmen-fragmen pendek protein
untuk memudahkan analisis sekuens
◼ Proses:
◼ Fragmentasi protein menjadi fragmen-fragmen pendek
yang spesifik
◼ Secara kimia atau enzimatik
◼ Pemutusan ikatan disulfida
◼ Pemurnian fragmen
◼ Analisis urutan aa setiap fragmen
◼ Menentukan urutan fragmen dan posisi ikatan disulfida
yang mungkin terdapat
Pemutusan Ikatan disulfida

◼ Oksidasi dengan asam

performat

H C O OH

◼ Residu Cys membentuk asam

sisteat
◼ Asam kurang ideal karena
dapat menghidrolisis residu
lain.
 Pemutusan Ikatan disulfida

◼ Reduksi dengan mercaptans

(-SH)
◼ 2-merkaptoetanol
◼ HSCH2CH2OH
◼ Dithiothreitol (DTT)
◼ HSCH2CH(OH)CH(OH)CH2SH
◼ Residu sistein terbentuk kembali
◼ Oksidasi gugus tiol dengan
iodoasetat (ICH2CO2-) untuk
mencegah pembentukan kembali
ikatan disulfida
 Hidrolisis
◼ Pemutusan semua ikatan peptida
◼ Dapat dilakukan dengan menggunakan :
◼ Enzim
◼ Asam
◼ Basa
◼ Setelah hidrolisis :
◼ Identifikasi menggunakan kromatografi
◼ Penentuan jumlah aa menggunakan spektroskopi atau floresensi
◼ Kelemahan :
◼ Hanya menunjukkan AA yang ada dan tidak menunjukkan secara
pasti urutannya.
◼ Asam atau basa dapat mendegradasi/memodifikasi residu-risidu
lainnya
◼ Dapat merusak enzim yang merupakan protein fungsional
 Pemutusan secara enzimatik dan
kimiawi

◼ Enzimatik
◼ Enzim dapat memecah
protein menjadi peptida-
peptida pendek
◼ Endopeptidase
◼ Mengkatalisis hidrolisis
ikatan-ikatan peptida
internal

◼ Kimiawi
◼ Pereaksi kimia digunakan
untuk memecah polipeptida
◼ Sianogen bromida (CNBr)
 Notes:

◼ N terminal: degradasi Edman, FNDB

(Sanger), dansil klorida
◼ C terminal : karboksipeptidase
An example
Contoh Soal : Prinsip Overlapping
Contoh Soal : Prinsip Overlapping

Sequence ???
 Contoh Soal
◼ Sebuh protein dipotong dengan CNBr menghasilkan sekuens di
bawah ini:
◼ Arg-Ala-Tyr-Gly-Asn
◼ Leu-Phe-Met
◼ Asp-Met
◼ Protein yang sama dipotong dengan kimotripsin menghasilkan
sekuens di bawah ini: :
◼ Met-Arg-Ala-Tyr
◼ Asp-Met-Leu-Phe
◼ Gly-Asn
◼ Tentukan urutan protein tersebut?

Asp-Met-Leu-Phe-Met-Arg-Ala-Tyr-Gly-Asn
Contoh Soal
 Contoh Soal

•Tentukan urutan asam amino suatu peptida berdasarkan data berikut ini:
Hidrolisis Asam (2Ala, Arg, 2Lys, Met, Phe, 2 Ser)
Karboksipeptidase A Ala
Pemutusan dengan Trypsin (Ala,Arg)(Lys, Phe, Ser) (Lys) (Ala, Met, Ser)
Pemutusan dengan (Ala, Arg, Phe, Ser) (Ala, 2 Lys, Met, Ser)
Chymotrypsin
Pemutusan dengan CNBr (Ala, Arg, 2 Lys, Met, Phe, Ser) (Ala, Ser)
Penyelesaian :
Hidrolisis Asam Memotong Peptida 9 asam amino
sehingga menghasilkan
asam amino penyusun
peptida
Karboksipeptidase A Memotong pada C Ala
terminal
(menghasilkan
potongan urutan
pertama dari peptida)
Pemutusan dengan Memotong pada asam (Ala.Arg)(Ser.Phe.Lys)
Trypsin amino Arg atau Lys (Lys) (Met.Ser.Ala)
Contoh:
XXX.Arg.YYY
Pemutusan dengan Memotong pada asam (Ala.Arg.Ser.Phe)
Chymotrypsin amino gugus aromatis (Lys.Lys.Met.Ser.Ala)
seperti Phe
Contoh:
XXX.Phe.YYY
Pemutusan dengan Memotong pada asam (Ala. Arg.Ser.Phe.Lys.Lys.
CNBr amino Met Met) (Ser.Ala)
Contoh:
XXX.met.YYY
 So…
Ala
Ala.Arg
Ala.Arg.Ser.Phe
Ser.Phe.Lys
Lys
Lys.Lys.Met.Ser.Ala
Ala.Arg.Ser.Phe.Lys.Lys.Met
Met.Ser.Ala
Ser.Ala

Sehingga didapat urutan asam amimo sebagai berikut:

Ala. Arg.Ser.Phe.Lys.Lys.Met.Ser.Ala