MDA 05

ASAM AMINO DAN PROTEIN

Protein adalah poliamida, hidrolisis protein

menghasilkan asam-asam amino
O

NHCHC

NHCHC

R'

H2O,H+
Kalor

H2N

CH

OH + H2N

CH

R'

Asam-asam amino
Struktur Umum Asam Amino
Gugus -amino
H2N

CH
R

O
C

OH

Variasi struktur terjadi

pada rantai samping (R)

OH dst

Klasifikasi asam amino berdasarkan rantai

samping

Asam amino netral:

Non polar: alanin, glisin, isoleusin, leusin, metionin,
fenilalanin, prolin, triptofan dan valin
Polar: asparagin, sistein, glutamin, serin, treonin,
tirosin
Asam amino basa: arginin, lisin, histidin
Asam amino asam: asam aspartat, asam glutamat

Beberapa struktur asam amino

O

O
H2N

CH

OH

H2N

CH

OH

(CH2)4NH2

CH2CH2CO2H

Asam glutamat

Lisina

(AA asam)

(AA basa)

H2N

CH

CH

CH3

OH

H2N

CH

OH

CH2OH

CH3

Valina
(AA netral, R non polar)

Serina
(AA netral, R polar)

Pentingnya rantai samping.

Menentukan sifat protein secara keseluruhan

baik struktur atau pun kelarutan
Protein yang mengandung AA dengan R
memiliki gugus OH, -SH atau gugus polar lain
dapat berikatan hidrogen
Protein yang mengandung AA dengan R polar
akan cenderung lebih mudah larut dalam pelarut
polar, dsb

Asam amino esensial

Asam amino dapat disintesis dari persediaan senyawa organiknya

berdasarkan reaksi transaminasi
Asam amino yang diperlukan untuk sintesis protein dan ini tidak
dapat disintesis sendiri oleh organisme itu tetapi harus terdapat
dalam makanannya disebut asam amino esensial

O
H2N

CH C OH
R

asam amino lama

O O
+

C OH

enzim transaminasi

R'

asam keto lama

banyak tahap

O O
C

C OH

asam keto baru

O
+

H2N

CH C OH
R'

asam amino baru

Asam amino sebagai ion dipolar

Basa: menerima proton

H2N

CH
R

O
CO

Asam: melepaskan proton

O
H3N

CH

CO

R
Ion dipolar/zwitter ion

Ion dipolar tidak bersifat seperti senyawa organik lainnya.

Td tinggi > 200oC, larut dalam air dan pelarut polar, tidak larut
dalam pelarut non polar.
Memiliki momen dipol yang besar
Kurang asam dibandingkan sebagian besar asam karboksilat
dan kurang basa dibandingkan sebagian besar amina

Ion dipolar bersifat amfoter

O

O
H3N

CH

CO

+ H

H3NCHCOH
R

kation

O
NH2

CH

CO

+ OH

H2NCHCO
R
anion

+ H2O

Titik Isolistrik
O

O
H3N

CH

CH3

H2O

H2N

CH

H3O

CH3

Alanin pada pH 7

Muatan akhir dari asam amino beragam sesuai dengan perubahan pH

larutan
Mis. Alanin dalam larutan berair pH 7 mengemban muatan negatif netto
pH saat AA tidak bermuatan (muatan netto=0) disebut titik/pH isolistrik
Titik isolistrik dapat ditentukan dengan elektroforesis dan titrasi
Titik isolistrik AA asam sekitar pH 3, AA basa sekitar pH 9-10

Reaksi asam amino

Asilasi

Gugus amino dari asam amino dapat diasilasi dengan mudah

dengan suatu halida asam atau anhidrida asam untuk menghasilkan
amida
N-asil (produk) sering digunakan sebagai gugus blokade dalam
sintesis
O O

O
CH3C

CH3COCCH3 + NH3CHCO2

NHCHCO2H

CH2CH(CH3)2

CH2CH(CH3)2

Anh asam asetat

+ CH3CO2H

leusina

N-asetileusin (85%)

Esterifikasi
O

O
H3N

CH C
CH3

CH3CH2OH

H3N

CH C
CH3

OCH2CH3

+ H2O

Reaksi dengan ninhidrin

O

CO2H

OH

+ H2NCH
OH

+ RCH + CO2 + H2O

R
O

Ungu Ruhemann

AA bereaksi dengan ninhidrin membentuk produk ungu Ruhemann.

Reaksi ini digunakan untuk mendeteksi adanya AA pada kertas
kromatografi

Oksidasi sistein menjadi sistin

2 HSCH2CHCO2

[O]
[H]

NH3

O2CCHCH2S
NH3

SCH2CHCO2
NH3

Sintesis asam amino

Reaksi substitusi
NH2

X
RCHCO2H

Sintesis strecker

(1) NH2

RCHCO2H

RCH

(2) H

NH2

(1) K ftalamida

XCH(CO2C2H5)2

RCHCO2H

(2) NaOC2H5, RX
(3) H2O

Aminasi reduktif
O
RCCO2H

NH2
H2, NH3, Pd

RCHCO2H

NH2
(1) NH3, -H2O
(2) HCN
(3) H2O, H

RCHCO2H

Peptida

Yaitu amida yang dibentuk oleh 2 asam amino atau lebih

Ikatan amida antara suatu gugus -amino dari satu asam amino dan
gugus karboksil dari asam amino lain disebut ikatan peptida
Contoh alanilglisin (dipeptida)
alanin

O
H2N

CH

OH

H2N

CH2

OH

- H2O

H2N

CH

NH

glisin

CH2

OH

Ikatan peptida

CH3

CH3

Alanin

alanilglisin
C-ujung di kanan

N-ujung di kiri
glisin
Peptida lain yang berasal dari alanin
dan glisin adalah glisilalanin

O
NH2

CH2

O
HN

CH
CH3

OH

Ikatan dalam peptida

O
H3C

H2C

Ikatan amida memiliki karakter ikatan rangkap

yang disebabkan oleh tumpang tindih parsial
orbital p darigugus karbonil dengan pasangan
elektron menyendiri dari nitrogen.

Ikatan dalam peptida

O
H2N
C
H

H
C

1,32 A

C
C

R
H

Atom-atom yang terikat pada gugus

karbonil dan pada N semuanya terletak
dalam satu bidang, rantai samping R
berada pada sisi yang berseberangan
dari bidang itu

OH
Panjang ikatan C-N yang
lazim dalam amina adalah
1,47A

Penetapan struktur peptida

Ahli kimia dapat menentukan banyaknya
residu asam amino, identitas residu asam
amino dari suatu peptida dengan cara
hidrolisis dan dilanjutkan dengan
kromatografi atau elektroforesis
Untuk menetukan rentetan asam-asam
amino dalam suatu peptida dapat
dilakukan dengan cara analisis residu
ujung

Analisis residu ujung (ujung N)

Reagensia Edman
O
N

HCl
NH2CHC

Fenil isotianat
S
C

SISA PEPTIDA

N-ujung

NH

N
C

CH3NO2

CHR

Suatu feniltiohidantoin

SISA PEPTIDA

Ini hanya bisa dilakukan sampai

sekitar 20-30 siklus, selanjutnya
tidak akurat lagi, dikembangkan
penaanilisis AA sequenator

Reagensia Sanger (1-flouro-2,4-dinitrobenzena)

O

NO2
O2N

NH2CHC

SISA PEPTIDA

NO2

O
H2O,H

O 2N

NHCHC

NO2
O2N

SISA PEPTIDA

O
NHCHCOH
R

+ ASAM ASAM AMINO

Reagensia Sanger tidak dapat
mendegradasi peptida menjadi
satu asam amino tiap kali

Analisis residu C-ujung dengan

enzim
O

karboksipeptidase
SISA PEPTIDA

NHCHCOH

+ H2O

O
SISA PEPTIDA +

NH2CHCOH
R

Rentetan asam amino

Suatu polipeptida besar biasanya harus
dihidrolisis menjadi pecahan yang lebih
kecil untuk menentukan rentetan asamasam amino
Pecahan-pecahan residu asam amino
ditentukan dengan analisi residu ujung
Selanjutnya residu-residu tersebut
diurutkan

Contoh

Bagaimana struktur pentapeptida yang

menghasilkan tripeptida berikut bila dihidrolis
parsial?
gly-glu-arg
glu-arg-gly
arg-gly-phe

Jawab:
gly-glu-arg
glu-arg-gly
arg-gly-phe
Jadi penpeptida tersebut adalah gly-glu-arg-gly-phe

Enzim spesifik dan reagensia proteolitik untuk

memaksa pisah ikatan peptida dalam
O

NHCHC

NHCHC

R'
Letak pemaksapisahan

Kimotripsin:
Pepsin:
Tripsin:
BrCN:
Termolisin:

R= tyr, phe, trp

R= tyr, phe, trp
R= lys, arg
R= met
R= ile,leu, val

Sintesis
Peptida

Sintesis amida biasa:

RCOCl + RNH2
RCONHR
Namun sintesis peptida secara langsung
menimbulkan masalah karena terdapat banyak
cara asam-asam amino untuk bergabung
Gly + ala
gly-ala atau ala-gly atau
gly-gly atau ala-ala
Karena itu, maka gugus reaktif lain di blokade
(termasuk rantai samping)

Gugus blokade (umumnya gugus karbamat)

O

CH2OCCl + H2NCH2COH

benzil kloroformat

- HCl

glisin

CH2OC

O
NHCH2COH

gugus karbamat
b

benziloksikarbonilglisin
O

HNCH2COH + ClCOC2H5

Glisin yang aminonya

diblokade

etil kloroformat

- HCl

O
HNCH2CO

gugus ester

O
COC2H5

teraktifkan

Ester teraktifkan bereaksi dengan asam amino lain membentuk peptida

O

CH2OC

O O

NHCH2COCOC2H5

- CO2

H2NCHCO2H

- C2H5OH
CH2C6H5

Fenilalanin atau ester etilnya

O

CH2OC

NHCH2C

NHCHCO2H
CH2C6H5

gly-phe yang aminonya diblokade

Pembuangan gugus karbamat

O

CH2

OC

NHCH2C

NHCHCO2H

H2, Pd

CH2C6H5

CH3

CO2 +

H2NCH2C

NHCHCO2H
CH2C6H5

gly-phe
Suatu peptida