Struktur Asam Amino dan

Protein

TIK : Mahasiswa dapat menyebutkan

klasifikasi, struktur dan sifat asam
amino dan protein serta peranannya
dalam bahan pangan dan proses
fisiologis

Isi
Klasifikasi dan Struktur Asam Amino
Struktur Primer, Sekunder, Tersier
dan Kuartener Protein
Contoh Aksi Protein
Protein daging (Muscle Food or Meat)
Hemoglobin

L-Form Amino Acid Structure

Carboxylic group

Amino group

+
H3 N
R group

COO

H
H = Glycine
CH3 = Alanine
Juang RH (2004) BCbasics

Penyusun Asam Amino

Ca dengan empat tangan

1. dengan hidrogen
2. dengan karboksilat

3. dengan amina

Dalam larutan; bentuk

kehilangan proton
Dalam larutan; bentuk
terprotonasi

4. dengan gugus R

Berbeda-beda tergantung
dari jenis asam aminonya
20 asam amino, 20
macam gugus R
Bertanggung jawab
terhadap perbedaan sifat
asam amino

 Sifat Penting : Ukuran, Muatan, Polaritas,

Hidrofobisitas, Aromatisitas
Rantai samping yang unusual
Ditentukan oleh gugus R

Ukuran
Penting Packing protein, ingat prinsip
jigsaw
Pengisian bagian dalam protein
Mutasi residu besar ke kecil, struktur
tidak terbentuk
Parameter : Volume (cubic Angstrom)
dan luas area permukaan (square
Angstrom)

Muatan
Asp, Glu negatif; Lys, Arg positif
Terionisasi pada kondisi fisiologis
His positif , netral tergantung
lingkungan
Parameter : nilai pKa
Penting untuk interaksi ionis, misal
jembatan garam, titik iso elektrik

Polaritas
R yang polar bisa netral atau
bermuatan.
Berperan dalam ikatan hidrogen
sesamanya, dengan rantai utama
atau dengan pelarut.
Asal polaritas berbeda-beda
tergantung Asam Amino.
Ser, Thr : OH yang terhibridisasi sp3(tergantung jenis asam amino).

Hidrofobisitas
Tidak ada atom yang polar
Residu hidrofobik cenderung di
bagian dalam protein, dan
menghindari kontak dengan air
Peran penting dalam efek hidrofobik
yang mengendalikan protein folding
Biasanya dilengkapi dengan interaksi
lain yang tergantung jenis asam
aminonya

Aromatisitas
Memiliki elektron yang terdelokalisasi
Berpartisipasi dalam interaksi
elektrostatik lemah (ingat interaksi
ionik)
Kecenderungan untuk 'stacked'
terhadap gugus amida dan amino
dalam hal penerimaan proton untuk
pembentukan ikatan hidrogen

Rantai samping yang unusual

Berkaitan dengan kendala stereo
Pro sebagai helix breaker
Gly berperan dalam fleksibilitas rantai
polipeptida
Pasangan residu Cys dapat
membentuk ikatan disulfida

Warung Jambu

Bantar Jati

-C-C-C-N-C-N

=
N+

Trp W

Arg R
-C-

Basic

-OH

Tyr Y

Lys K
+

Selabenda
-C-CONH2

-C-C-CONH2

Asn N

Gln Q Amide

Asp D

Glu E Acidic

-C-COOH

-C-C-COOH

-C-

-C-C C
N N+

Pusat

-CN

His H

Gly G

Phe F

Ala A
A

Val V

Ile I

-CH3

C C
-C

C
-C-C-C

-H

-C-OH

Ser S

Cys C

-C-SH

Circular line

Sukasari
Non-polar
Polar

-C-C
OH

Thr T

Met M

Hydroxy

Sulfur

-C-C-S-C

Aliphatic
Leu L
C
-C-C-C

C
C
HN C-COOH
a

Pro P

Imino,
Circular

DIambil dari Juang RH (2004) BCbasics

-C-C-C-C-NH3

Angkot Asam Amino

Aromatic

Classification of Amino Acids by Polarity

NONPOLAR

POLAR

Acidic

Neutral

Basic

Asp

Asn Ser
Arg
Cys
Tyr
His
Gln
Thr
Lys
Glu
Gly
Ala Ile
Phe Trp
Val Leu Met Pro

Polar or non-polar, it is the bases of the amino acid properties.

Juang RH (2003) Biochemistry

Proton Is Adsorbed or Desorbed

Proton abundant and small, affects the charge of a molecule
lone pair
electrons

Amino

High pKa Low

N H

H+

H+

N H

H
Low pKa High

Carboxylic

O H
O

H+

Ampholyte contains both positive and negative groups on its molecule

Juang RH (2004) BCbasics

Acidic environment

Neutral environment

Alkaline environment

pK2 ~ 9

NH2 H+
R-C-H
COOH

NH2 H+
R-C-H
COOpK1 ~ 2

+1

NH2
R-C-H
COO-

5.5

0
Isoelectric point

-1
Juang RH (2004) BCbasics

Amino Acids Have Buffering Effect

pH 12

pK2

Isoelectric point =

pI

9
NH2 H+

H-C-R
COO-

pK1 + pK2
2

pK1

0
[OH]
Juang RH (2004) BCbasics

Environment pH vs Protein Charge

Buffer pH

10
9
8
7
Isoelectric point,
pI

6
5
4
3

Net Charge of a Protein

Juang RH (2004) BCbasics

pKa of Amino Acid Residues

Residues on amino acids can release or accept protons
a -COOH
R -COOH
His -ImidazoleH+
Cys -SH
Tyr -OH
a -NH3+
R -NH3+

a -COOR -COO-

+ H+ pKa = 1.8~2.4
+ H+ pKa = 3.9~4.3

His -Imidazole + H+ pKa = 6.0

+ H+ pKa = 8.3
Cys -S+ H+ pKa = 10
Tyr -Oa -NH2
R -NH2

+ H+
+ H+

pKa = 8.8~11
pKa = 10~12.5

Smaller pKa releases proton easier

Only His has the residue with a neutral pKa (imidazole)
pKa of a carboxylic or amino groups is lower than pKa of the R residues
Juang RH (2004) BCbasics

pKa of Amino Acids

Amino acids

-COOH -NH2

Gly
Ala
Val
Leu
Ile
Ser
Thr
Met
Phe
Trp
Asn
Gln
Pro
Asp
Glu
His
Cys
Tyr
Lys
Arg

2.34
2.34
2.32
2.36
2.36
2.21
2.63
2.28
1.83
2.38
2.02
2.17
1.99
2.09
2.19
1.82
1.71
2.20
2.18
2.17

G
A
V
L
I
S
T
M
F
W
N
Q
P
D
E
H
C
Y
K
R

9.60
9.69
9.62
9.68
9.68
9.15
10.4
9.21
9.13
9.39
8.80
9.13
10.6
9.82
9.67
9.17
10.8
9.11
8.95
9.04

-R

pH
two pKa

pK2
pI

pK1

pK1 + pK2
2
three pKa

pK3
3.86
4.25
6.0
8.33
10.07
10.53
12.48

pK2
pK1

?
?
pI ?
[OH-]
Juang RH (2004) BCbasics

H
first
HOOC-CH2-C-COOH
NH3+

+1
pK1 = 2.1

H
second
HOOC-CH2-C-COO-

Aspartic acid
Isoelectric point is the average
of the two pKa flanking the
zero net-charged form

2.1 + 3.9
= 3.0
2
Isoelectric point

NH3+
pK2 = 3.9
H
-OOC-CH -C-COO2

-1

NH3+ third
pK3 = 9.8
H
-OOC-CH -C-COO2
NH2

-2

-2
pK3

-1

pK2
pK1

0
+1
[OH]
Juang RH (2004) BCbasics

Kuis Asam Amino

Tugas anda adalah menebak asam
amino yang akan ditayangkan dalam
keadaan berputar.
Pertama anda harus identifikasi
terlebih dahulu posisi Ca.
Identifikasi gugus R dan jenis asam
aminonya

Ikatan Peptida : Penghubung AA

Jarak C-N lebih
pendek 10% dari C-N
amine yang biasa
Karakter ikatan ganda
(40%) karena adanya
resonansi

Formation of Peptide Bonds by Dehydration

Amino acids are connected head to tail
NH2

COOH

NH2

COOH

Dehydration

Carbodiimide

-H2O

O
NH2

C N

COOH

H
Juang RH (2004) BCbasics

Ikatan Peptida dalam Polipeptida

Posisi Ca
Posisi Rantai Samping
Mathews et al (2000) Biochemistry (3e) p.136

Konsekuensi Resonansi ?
Semua atom yang terlibat yaitu Calpha(i),
C(i), O(i), N(i+1) H(i+1) and Calpha(i+1)
berada dalam bidang datar (co-planar)
Lebih kaku, menurunkan derajat bebas
polipeptida selama pelipatan (folding)
Hampir semua ikatan peptida
berkonfigurasi trans, cis didapatkan bila
ada residu proline

Struktur Primer
Rantai polipeptida; urut-urutan asam amino
Diturunkan dari kode genetika dalam proses
biosintesis protein di Ribosom
Contoh : Triosephosphate Isomerase

APRKFFVGGNWKMNGDKKSLGELIHTLNGAKLSADTEVVCGAPSIYLDFARQKLD
AKIGVAAQNCYKVPKGAFTGEISPAMIKDIGAAWVILGHSERRHVFGESDELIGQ
KVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKAIADNVKDWSKVVLAYEPV
WAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSHVSDAVAQSTRIIYGGSVTGGNCKELA
SQHDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKH

Sudut Putar dalam ikatan peptida

Tiga buah sudut putar q (phi), y (psi), w (omega)

Keplanaran ikatan peptida, w hanya 0 atau 180
Kombinasi sudut q dan y

Kombinasi sudut q dan y

Daerah Kombinasi
yang mungkin
Membentuk
konformasi tertentu
Kuning : a-helix
Orange : b-sheets
Daerah terlarang,
tabrakan antar
atom, hambatan
ruang

Struktur Sekunder
Kombinasi yang mungkin dari q dan y
Didefinisikan berdasarkan kedua sudut di atas
dan ikatan hidrogen antar atom di dalam
rantai utama
Sudut dan pola ikatan hidrogen berulang
membentuk keteraturan
Pola : Alpha helix, Beta sheet, Turns
Pola yang lain : 3-10 helix, p-helix, bulges,
twist, strand connection, loops dan paperclips

Geometri a-helix

Sifat-sifat a-helix
Struktur berulang setiap 5.4 Angstroms
10 putaran mengandung 36 asam amino
Setiap rantai utama, gugus C=O dan N-H
berikatan hidrogen dengan jarak 4 residu
Pengaturan teratur dan stabil
Bidang peptida paralel dengan sumbu helix
Putar kiri atau kanan

Geometri b-sheets
Gabungan dari bagian polipeptida yang
berkonfigurasi strand melalui ikatan
hidrogen
Dua atau lebih rantai polipeptida
berdampingan satu sama lain dihubungkan
secara teratur melalui ikatan hidrogen
antara gugus C=O dan N-H.
Ikatan hidrogen diantara segmen polipeptida
yang berbeda (beda dengan helix)

b Strands and connections

Lebih zig zag; q = -140, y = 130

Jarak axial antara residu 3.5 Angstroms.
Lebih mengembang dibandingkan helix.

Tugas : Mengapa dinamakan 3-stranded antiparallel beta-sheet ?

Karakter b - Sheets
Sangat banyak di dalam protein globular
Kurang dari 6 strands, lebar 25
Angstroms.
Tidak ada preference parallel or
antiparallel
Parallel kurang dari 4 strands jarang,
karena stabilitasnya rendah
Sheets cenderung semua parallel, semua
antiparallel, ataupun campuran keduanya
Anti parallel lebih stabil

Sekunder; Resume
Struktur sekunder dapat dipandang
sebagai hasil dari interaksi lokal yang
terjadi pada segmen-segmen tertentu
polipeptida.
Gaya utama yang berperan adalah
ikatan hidrogen antar atom-atom
yang berada di rantai utama.
Penempatan unit sekunder secara 3 D
merupakan kajian struktur tersier

Struktur Tersier
3-dimensional conformation of entire protein
Stabilized by covalent, hydrogen and ionic bonds
Kata kunci : Konfigurasi tiga dimensi rantai polipeptida
tunggal
Super Sekunder, Fold, Motif, Domain

Pengaturan tertentu terhadap dua atau lebih consecutive

secondary structures (alpha-helices or beta-strands)
Sebagai jembatan antara sekunder dengan tersier
a-a (2 a-helix antiparallel dihubungkan oleh 'hairpin' bend, arah
berubah 180)
b-b (2 strands antiparallel dihubungkan oleh hairpin)
b-a-b (2 strands parallel, dipisahkan oleh a-helix antiparallel, 2
hairpin berada diantara ketiga struktur sekunder tersebut)

Asosiasi struktur sekunder merupakan subset dari struktur

tersier

Domain
Within a single subunit [polypeptide
chain], contiguous portions of the
polypeptide chain frequently fold into
compact, local semiindependent units
called domains." - Richardson, 1981
Dapat dipertimbangkan sebagai unit-unit
yang dihubungkan membentuk kesatuan
struktur tiga dimensi

Struktur Tersier dan Domain

2 Butir Penting
Penggabungan struktur sekuender membentuk
domain
Cara menghubungkan antar domain

Jangan rancu dengan struktur kuartener

yang menelaah hubungan antar rantai
polipeptida
Domain, unit struktur tersier (seperti helix
dan sheets, untuk struktur sekunder).

Gaya yang berperan ?

Ikatan hidrogen; OH dengan karboksil
dari ikatan peptida (T, Y, S)
Interaksi elektrostatis (Lys, Arg Vs Asp,
Glu)
Ikatan dengan non protein (ion logam dan
heme)
Ikatan kovalen (jembatan disulfida)
Interaksi hidrofobik

Pola Penyatuan Struktur Sekunder

Semua-Alpha : The Lone Helix, The Helixturn-helix motif, The Four-helix Bundle
Semua-Beta : Beta Sandwiches dan Beta
Barrels, Beta Propellors
Alpha/Beta : Rossman Fold, alpha/beta
horseshoe, Alpha/beta barrels, Doubly
Wound Alpha/Beta Topologies, Alpha/Beta
Doubly Wound Folds
Alpha+Beta : intensitas penggabungan
lebih rendah

Peranan Domain;
Pengikatan Substrat - Porphobilinogen deaminase

Peranan Domain;
Segregasi Fungsi Protein Multidomain
Pengikatan
substrat dan
koenzim
Terjadi katalisis
Lactate
dehydrogenase
Phospho
fructokinase

Struktur Kuartener
Perakitan struktur tersier rantai-rantai polipeptida
tunggal (2 - ratusan)
Meningkatkan aktivitas atau fungsi baru
Sering simetris, kontak antar permukaan monomer,
perubahan konformasi monomer agar terjadi kontak
Domain saling terhubungkan secara kovalen
Heteromultimer atau Homomultimer
Terlibat dalam interaksi : permukaan luar sub unit
Gaya : Interaksi hidrofobik, dipolar, elektrostatis,
ikatan hidrogen (Lebih lemah dari struktur tersier)

Contoh : Hemoglobin, Alcohol dehydrogenase

Alcohol Dehydrogenase

Homo atau heterodimer dari 2 monomer, E dan S

374 AA, beda cuma 6 bukan di interface
3 kemungkinan, EE, SS dan ES; isozymes atau isoenzymes)
40-60% bentuk EE
Bagaimana interaksinya ?

Domain berperan dalam interaksi antar subunit

Sub unit terdiri dari 6-stranded parallel beta sheet- yang doubly
wound/beta fold
Tiap subunit diatur antiparallel, terbentuk 12 stranded mixed beta
sheet, kontak interfacial dengan alpha helix tetangganya.
Permukaan gugus R dari His-105 subunit pertama interaksi dengan
dengan gugus R dari Tyr-286 sub unit yang lain dan kebalikannya.

Interaksi

Levels of Protein Folding

Case Study : Meat

Muscle Physiology
Structure of Muscle
Component at molecular level
Muscle protein

Pengorganisasian Serat Otot

Muscle fibers are cells

Long, slender and multinucleated
Animasi

Bagian-bagian
Sarcolemma is the
cell membrane
Mitochondrion,
Nuclei, sarcoplasmic
reticulum
Blood vessel
Myofilament
Myofibrils
Endo-, Pery- and
Epimesium

Myofilaments; (Tebal dan Tipis)

Sarcomere
Unit fungsional
Between two z lines
Gelap-Terang
bergantian
Z line bisects I band
Thick filament
(myosin)
Thin filament (actin,
tropomyosin)
No overlap of actin

More on Filaments

Thick Myosin and Thin Actin interdigitate partially

Myosin has cross bridges
They interact with actin; leads to contraction
Actin is anchored to z disk or line
Z disk or line passes across the myofibrils

Thick Filament
structural protein, myosin.

Each molecule 1500 A long

double helix chain (a tail)
and a globular head

Head (cross bridge)

possesses actin binding site
and ATPase activity
The bridges globular heads
interact with actin
(actomyosin)
Forms a complex
All cross bridges are not
synchronized
Movement: similar to rope
climbing or walk along

Myosin; near
rigor state (1dfk)

Thin filament

Placed hexagonally around myosin

Make and break contacts with myosin
during contraction
Actin, tropomyosin & troponin
Tropomyosin (rod shaped) is in the
groove formed by actin double helix
This prevents coupling with myosin by
masking active site
Troponin is a regulatory protein bound
to tropomyosin and embedded in actin
at regular intervals
High affinity for Ca++, conformational
change
Ca++ Tugs and pushes tropomyosin
deeper into the groove
Unmasks active site
Unmasking triggers interaction with
myosin

Actin (uncomplexed & ATP state)

Tropomyosin

Homodimer

Troponin

Connective Tissue

Connective Tissue Collagen

Muscle Physiology
Muscle Contraction
Sarcomere Movement

Protein: Hemoglobin
NH2-Val-His-Leu-Thr-Pro-Glu-GluLys-Ser-Ala-Val-Thr-Ala-Leu-TrpGly-Lys-Val-Asn-Val-Asp-Glu-ValGly-Gly-Glu-..

Life is the mode of existence of proteins, and this

mode of existence essentially consists in the
constant self-renewal of the chemical constituents
of these substances.
Friedrich Engles, 1878

Hemoglobin
1. Oxygen-binding proteins

hemolglobin : an oxygen carrier in blood

myoglobin : a reserve supply of oxygen in muscle

2. Heme prosthetic group

apoprotein
prosthetic group :
heme: Fe-protoporphyrin IX
an organic part, an iron atom

protoporphyrin : four pyrrole rings

Fe: Fe2+
binding to the four nitrogens in the center of the protoporphyrin
ring
two additional bonding sites: proximal His, O2
oxygen binding: electron rearrangement of Fe smaller size
oxyhemoglobin vs deoxyhemoglobin