Struktur 6.

3 Protein
6.3.1 Struktur Hierarki di Protein
Empat tingkat struktur protein yang ada: primer, sekunder, tersier, dan
kuarterner.
6.3.1.1 Struktur Primer
Struktur utama dari protein mengacu pada urutan linier di mana asam amino
konstituen secara kovalen dihubungkan melalui ikatan amida, juga dikenal
sebagai ikatan peptida. Hasil linkage peptida dari kondensasi dari kelompok karboksil dari asam amino engan dan kelompok -amino dari i + asam amino 1th
dengan penghapusan sebuah molekul air. Dalam urutan linier ini, semua residu
asam amino berada dalam L-konfigurasi. Sebuah protein dengan residu asam
amino n

mengandung n-1 peptida hubungan. Terminus dengan kelompok -amino bebas

dikenal sebagai N-terminal, dan dengan kelompok COOH gratis - dikenal
sebagai C-terminal. Dengan konvensi, N merupakan awal dan C akhir rantai
polipeptida.
Panjang rantai (n) dan urutan di mana residu n dihubungkan menentukan
fisikokimia, struktur, dan sifat biologis dan fungsi protein. Urutan asam amino
bertindak sebagai kode untuk pembentukan struktur sekunder dan tersier, dan
akhirnya menentukan fungsi biologis protein. Massa molekul protein berkisar dari
beberapa ribu dalton ke lebih dari satu juta dalton. Misalnya, Titin, yang
merupakan protein rantai tunggal yang ditemukan dalam otot, memiliki berat
molekul lebih dari satu juta, sedangkan secretin memiliki berat molekul sekitar
2300. Banyak protein memiliki massa molekul dalam kisaran 20.000 sampai
100.000 dalton.

Tulang punggung polipeptida dapat digambarkan sebagai unit berulang dari

-NCC- atau -CCN-. Ekspresi -NH-CHR-CO- berhubungan dengan residu asam
amino, sedangkan -CHR-CO-NH- merupakan unit peptida. Meskipun CO-NH ikatan
digambarkan sebagai ikatan kovalen tunggal, dalam kenyataannya memiliki
sebagian karakter ikatan rangkap karena struktur resonansi yang disebabkan
oleh delokalisasi elektron.

Hal ini memiliki beberapa implikasi struktural penting dalam protein. Pertama,
struktur resonansi menghalangi protonasi peptida NH kelompok. Kedua, karena
sebagian karakter ikatan ganda, rotasi CO-NH obligasi dibatasi maksimal 6 ,
yang dikenal sebagai sudut . Karena pembatasan ini, setiap segmen enam
atom (-C-CO-NH-C-) dari peptida

backbone terletak pada satu pesawat. Tulang punggung polipeptida, pada

dasarnya, dapat digambarkan sebagai serangkaian pesawat -C-CO-NH-Cterhubung pada atom C (Gambar 2). Karena ikatan peptida merupakan sekitar

sepertiga dari total ikatan kovalen tulang punggung, kebebasan rotasi terbatas
secara drastis mengurangi fleksibilitas tulang punggung. Hanya N-C dan
obligasi C-C memiliki kebebasan rotasi, dan ini disebut (phi) dan (psi) sudut
dihedral, masing-masing. Ini juga dikenal sebagai main-rantai sudut torsi. Ketiga,
delokalisasi elektron juga mengajarkan muatan negatif parsial pada atom
karbonil oksigen dan muatan positif parsial pada atom hidrogen dari gugus NH.
Karena itu, ikatan hidrogen (interaksi dipol-dipol) antara C = O dan NH kelompok
tulang punggung peptida mungkin di bawah kondisi yang sesuai.
Konsekuensi lain dari sifat parsial-ikatan ikatan peptida adalah bahwa empat
atom yang melekat pada ikatan peptida dapat eksis baik di cis atau konfigurasi
trans.

Namun, hampir semua ikatan peptida protein yang ada dalam konfigurasi trans.
Hal ini disebabkan fakta bahwa konfigurasi trans termodinamika lebih stabil
daripada konfigurasi cis. Sejak transformasi cis trans meningkatkan energi bebas
dari ikatan peptida dengan 34,8 kJ / mol, isomerisasi ikatan peptida tidak terjadi
pada protein. Satu pengecualian untuk ini adalah ikatan peptida

GAMBAR 2 planar konfigurasi atom unit peptida dari tulang

punggung polipeptida. dan adalah dihedral (torsi) sudut C -N dan
obligasi C-C. Rantai samping yang terletak di atas atau di bawah
pesawat.

melibatkan residu proline. Karena perubahan energi bebas untuk transformasi cis
trans ikatan peptida melibatkan residu prolin hanya sekitar 7,8 kJ / mol, pada
suhu tinggi ikatan peptida ini kadang-kadang mengalami isomerisasi trans-cis.
Meskipun obligasi N-C dan C-C benar-benar ikatan tunggal, dan dengan
demikian dan sudut dihedral secara teoritis dapat memiliki 360 kebebasan
rotasi, pada kenyataannya kebebasan rotasi mereka dibatasi oleh rintangan
sterik dari atom rantai samping pada atom C. Pembatasan ini lebih mengurangi
fleksibilitas rantai polipeptida.
6.3.1.2 Struktur Sekunder
Struktur sekunder mengacu pada tata ruang periodik residu asam amino pada
segmen tertentu dari rantai polipeptida. Struktur periodik muncul ketika residu
asam amino berturut-turut dalam segmen menganggap set yang sama dan
sudut torsi. The twist dari sudut dan didorong oleh dekat-tetangga atau jarak
pendek interaksi nonkovalen antara rantai samping asam amino, yang mengarah
ke penurunan energi bebas lokal. Struktur aperiodik atau acak mengacu pada
daerah-daerah dari rantai polipeptida di mana residu asam amino yang
berurutan berbeda saat dan sudut torsi.
Secara umum, dua bentuk periodik (rutin) struktur sekunder ditemukan dalam
protein. Ini adalah struktur heliks dan diperpanjang struktur seperti lembaran.
Karakteristik geometrik berbagai struktur biasa ditemukan dalam protein
diberikan dalam Tabel 7.

Struktur spiral
Struktur heliks Protein terbentuk ketika sudut dan residu asam amino yang
berurutan dipelintir untuk satu set nilai yang sama. Dengan memilih kombinasi
yang berbeda dari sudut dan , secara teori mungkin untuk membuat
beberapa jenis struktur heliks dengan geometri yang berbeda. Namun, dalam
protein, hanya tiga jenis struktur heliks, yaitu -helix, 310-helix, dan -helix,
ditemukan (Gambar. 3).
Di antara tiga struktur heliks, yang -helix adalah bentuk utama yang ditemukan
dalam protein dan ini adalah yang paling stabil. Lemparan dari helix ini, yaitu,
panjang aksial diduduki per rotasi, adalah 5.4 . Setiap rotasi heliks melibatkan
3,6 residu asam amino, dengan masing-masing residu memperpanjang panjang
aksial sebesar 1,5 . Sudut rotasi per residu 100 (yaitu, 360 / 3,6). Rantai
samping asam amino yang berorientasi tegak lurus terhadap sumbu heliks.

Catatan: dan merepresentasikan sudut dihedral dari NC dan

C-C obligasi, masing-masing; n adalah jumlah residu per giliran; r, jumlah atom
backbone dalam hidrogen terikat loop helix; h, munculnya helix per residu asam
amino; t = 360 / n, twist helix per residu.

GAMBAR 3 pengaturan spasial polipeptida dalam (a) -helix, (b)

bentuk 3 10-helix, dan (c) -helix. (Dari Ref 8;.. Courtesy of Academic Press)

-heliks yang distabilkan oleh ikatan hidrogen. Dalam struktur ini, masingmasing backbone NH kelompok adalah hidrogen terikat pada kelompok C = O
dari residu sebelumnya keempat. Tiga belas atom backbone berada dalam satu
lingkaran hidrogen berikat ini; sehingga -helix kadang-kadang disebut 3,613
helix. Obligasi hidrogen paralel berorientasi pada sumbu helix, dan atom N, H,
dan O dari kebohongan ikatan hidrogen hampir dalam garis lurus; yaitu, sudut
ikatan hidrogen hampir nol. Panjang ikatan hidrogen, yaitu, NH ... O jarak, sekitar
2,9 , dan kekuatan ikatan ini adalah sekitar 18,8 kJ / mol. The -helix bisa eksis
baik dalam orientasi tangan kanan atau kiri. Namun, orientasi tangan kanan
adalah lebih stabil daripada dua.
Rincian untuk pembentukan -helix yang tertanam sebagai kode biner dalam
urutan asam amino [52]. Kode biner terkait dengan penataan residu polar dan
nonpolar dalam urutan. Segmen polipeptida dengan mengulangi urutan heptet
dari -P- NPPNNP-, di mana P dan N adalah residu polar dan nonpolar, masingmasing, mudah membentuk -heliks dalam larutan air. Ini adalah kode biner,
dan bukan identitas tepat dari residu polar dan nonpolar dalam urutan heptet,
yang mendikte pembentukan -helix. Sedikit variasi dalam kode biner heptet
yang ditoleransi, tersedia interaksi antar atau intramolekul lainnya yang
menguntungkan bagi pembentukan -helix. Misalnya, tropomiosin, protein otot,
ada seluruhnya dalam bentuk batang melingkar-coil -heliks. Urutan heptet
berulang dalam protein ini -NPPNPPP-, yang sedikit berbeda dari urutan
sebelumnya. Meskipun variasi ini, tropo-myosin ada seluruhnya dalam bentuk helix karena interaksi menstabilkan lainnya di batang melingkar-coil [69].

Sebagian besar struktur -heliks ditemukan dalam protein amphiphilic di alam;

yaitu, satu sisi permukaan heliks ditempati oleh rantai samping hidrofobik, dan
sisi lain oleh residu hidrofilik. Hal ini secara skematik ditampilkan dalam bentuk
roda heliks pada Gambar 4 Dalam kebanyakan protein, permukaan nonpolar
heliks menghadapi interior protein, dan umumnya terlibat dalam interaksi
hidrofobik dengan permukaan nonpolar lainnya.
Jenis lain dari struktur heliks ditemukan dalam protein adalah -helix dan 310helix. The - dan 310-heliks sekitar 2,1 kJ / mol dan 4,2 kJ / mol, kurang stabil
daripada -helix. Heliks ini hanya ada segmen pendek yang melibatkan
beberapa residu asam amino, dan mereka tidak penting utama untuk struktur
sebagian besar protein.
Dalam residu prolin, karena struktur cincin yang dibentuk oleh kovalen lampiran

GAMBAR 4 tampilan penampang struktur heliks residu 110-127 dari

hormon pertumbuhan sapi. Bagian atas roda heliks (terisi) merupakan
permukaan hidrofilik, dan bagian bawah (diisi) merupakan permukaan hidrofobik
dari helix amfifilik. (Dari Ref 10;.. Courtesy of Asosiasi Amerika untuk Kemajuan
Ilmu Pengetahuan)

propil sisi rantai ke grup amino, rotasi ikatan N-C tidak mungkin, dan karena itu
sudut memiliki nilai tetap 70 . Selain itu, karena tidak ada hidrogen pada
atom nitrogen, itu tidak dapat membentuk ikatan hidrogen. Karena kedua sifat
ini, segmen yang mengandung residu prolin tidak dapat membentuk -heliks.
Bahkan, prolin dianggap pemecah -helix. Protein mengandung tingkat tinggi
residu prolin cenderung menganggap struktur acak atau aperiodik. Misalnya,
residu prolin merupakan sekitar 17% dari total residu asam amino dalam kasein, dan 8,5% dari residu di s1-kasein, dan karena distribusi seragam residu
ini dalam struktur primer protein ini, - heliks tidak hadir dan protein memiliki
struktur acak. Namun, polyproline mampu membentuk dua jenis struktur heliks,
disebut polyproline I dan II polyproline. Dalam polyproline I, ikatan peptida dalam
cis-konfigurasi, dan di polyproline II mereka berada di trans. Karakteristik
geometrik lain dari heliks ini diberikan dalam Tabel 7 Kolagen, yang merupakan
protein hewani yang paling melimpah, ada sebagai polyproline II Jenis helix.
Dalam kolagen, setiap residu ketiga adalah glisin, yang didahului biasanya
dengan residu prolin. Tiga rantai polipeptida yang terjalin untuk membentuk
triple helix, dan stabilitas triple helix dikelola oleh interchain ikatan hidrogen.
-Lembar Struktur
Struktur -sheet adalah struktur diperpanjang dengan geometri tertentu yang
diberikan dalam Tabel 7 Dalam bentuk ini diperpanjang, C = O dan N H
kelompok yang berorientasi tegak lurus terhadap arah rantai, dan karena itu
ikatan hidrogen hanya mungkin antara segmen (yaitu, antar segmen), dan tidak
dalam segmen (yaitu, intrasegment). The -helai biasanya sekitar 5-15 residu
asam amino panjang. Dalam protein, dua -helai molekul yang sama berinteraksi
melalui ikatan hidrogen, membentuk struktur seperti lembaran-lembaran yang
dikenal sebagai lembar -lipit. Dalam struktur seperti lembaran, rantai samping
berorientasi tegak lurus (atas dan bawah) terhadap bidang lembaran.

Tergantung pada NC orientasi arah dari untaian, dua jenis struktur lembar -lipit,
yaitu paralel -sheet dan antiparalel -sheet, dapat membentuk (Gambar 5).
Secara paralel -sheet arah dari -helai sejajar satu sama lain, sedangkan di sisi
lain mereka menjalankan berlawanan satu sama lain. Perbedaan-perbedaan ini
dalam rantai arah mempengaruhi geometri ikatan hidrogen. Dalam antiparalel lembar NH ... O atom terletak pada garis lurus (nol sudut H-bond), yang
meningkatkan stabilitas ikatan hidrogen, sedangkan secara paralel -sheets
mereka berbohong pada sudut, yang mengurangi stabilitas ikatan hidrogen.
Antiparalel -sheets, oleh karena itu, lebih stabil daripada paralel -sheets. Kode
biner yang menentukan pembentukan struktur -sheet dalam protein adalah
-NPNPNPNP-. Jelas, segmen polipeptida yang mengandung bolak residu polar dan
nonpolar memiliki kecenderungan yang tinggi untuk membentuk struktur sheet. Segmen kaya rantai samping hidrofobik besar, seperti Val dan Ile, juga
memiliki kecenderungan untuk membentuk struktur -sheet. Seperti yang
diharapkan, beberapa variasi dalam kode ditoleransi. Struktur -sheet umumnya
lebih stabil daripada -helix. Protein yang mengandung pecahan besar struktur
-sheet biasanya menunjukkan suhu denaturasi yang tinggi. Contohnya adalah
-laktoglobulin (51% -sheet) dan kedelai 11S globulin (64% -sheet), yang
memiliki suhu denaturasi termal dari 75.6 dan 84.5 C, masing-masing. Di sisi
lain, suhu denaturasi albumin serum sapi, yang memiliki struktur -helix sekitar
64%, hanya sekitar 64 C [19,20]. Ketika larutan -helix-jenis protein
dipanaskan dan didinginkan, -helix biasanya dikonversi ke -sheet [19]. Namun,
konversi dari -sheet untuk -helix belum diamati pada protein. Fitur struktural
umum lainnya ditemukan dalam protein adalah -tikungan atau -turn. Ini
muncul sebagai akibat dari 180 pembalikan rantai polipeptida yang terlibat
dalam pembentukan -sheet (Gambar. 6). The tikungan tajam adalah hasil dari
antiparellel pembentukan -sheet, dan tikungan Crossover adalah hasil dari
paralel pembentukan -sheet. Biasanya -tikungan melibatkan segmen lipat
empat residu

GAMBAR 5 Anti-paralel (kiri) dan paralel (kanan) -sheets. Garis

putus-putus menunjukkan ikatan hidrogen antara kelompok peptida.
Tanda panah menunjukkan N C rantai arah. Rantai samping pada atom C
berorientasi tegak lurus (atas atau bawah) ke arah tulang punggung. (Dari
Ref 99;. Courtesy of Springer-Verlag New York, Inc)

kembali pada dirinya sendiri, dan tikungan distabilkan oleh ikatan hidrogen.
Residu asam amino Asp, Cys, Asn, Gly, Tyr, dan Pro yang umum di -tikungan.
Isi struktur sekunder dari beberapa protein diberikan dalam Tabel 8.
6.3.1.3 Struktur Tersier
Struktur tersier mengacu pada tata ruang dicapai ketika rantai protein linier
dengan segmen struktur sekunder lipatan lanjut menjadi bentuk tiga dimensi
kompak. Struktur tersier dari -laktoglobulin dan phaseolin (protein
penyimpanan dalam kacang merah) yang ditunjukkan pada Gambar 7
Transformasi protein dari konfigurasi linear menjadi struktur tersier dilipat

merupakan proses yang kompleks. Pada tingkat molekuler, rincian untuk

pembentukan struktur protein yang hadir dalam urutan asam amino. Dari sudut
pandang energetika, pembentukan struktur tersier melibatkan optimalisasi
berbagai interaksi (hidrofobik, elektrostatik, dan van der Waals), dan ikatan
hidrogen antara berbagai kelompok protein, sehingga energi bebas dari molekul
berkurang ke nilai minimum yang mungkin. Penataan ulang geometris yang
paling penting yang menyertai penurunan energi bebas selama pembentukan
struktur tersier adalah relokasi sebagian besar residu hidrofobik pada bagian
dalam struktur protein dan relokasi sebagian besar residu hidrofilik, residu
terutama dibebankan, pada proteinuria yang antarmuka air. Meskipun ada
kecenderungan umum yang kuat untuk residu hidrofobik dikubur di pedalaman
protein, ini sering dapat dicapai hanya sebagian. Bahkan, di sebagian besar
protein globular, sekitar 40-50% dari permukaan air diakses ditempati oleh
residu nonpolar [63]. Juga, beberapa kelompok kutub pasti terkubur di
pedalaman protein; Namun, kelompok-kelompok polar ini terkubur yang selalu
hidrogen terikat pada gugus polar lainnya, sehingga energi bebas mereka
diminimalkan dalam lingkungan apolar interior protein

Lipat protein dari struktur linear dengan struktur tersier dilipat disertai dengan
pengurangan luas antarmuka. Daerah antarmuka diakses dari protein
didefinisikan sebagai total luas antarmuka dari ruang tiga dimensi diduduki oleh
protein, sebagaimana ditentukan oleh kiasan bergulir molekul air bola dengan
jari-jari 1.4a atas seluruh permukaan molekul protein. Untuk protein asli globular,
daerah antarmuka diakses (A2) adalah fungsi sederhana dari berat molekulnya,
seperti yang diberikan oleh persamaan [71]
Seperti = 6.3M0.73 (22)
Total luas antarmuka diakses dari polipeptida baru lahir dalam keadaan linier
diperpanjang (yaitu, sepenuhnya membentang molekul tanpa struktur sekunder,
tersier, kuaterner atau) juga berkorelasi dengan berat molekul, M, berdasarkan
persamaan [71]
Pada = 1.48M + 21 (23)
Daerah awal (Ab) dari protein yang telah dilipat selama pembentukan struktur
tersier globular (yaitu, daerah dimakamkan) dapat diperkirakan dari Persamaan
22 dan 23.
Fraksi dan distribusi residu hidrofilik dan hidrofobik dalam struktur primer
mempengaruhi beberapa sifat fisikokimia protein. Misalnya, bentuk molekul
protein ditentukan oleh urutan asam amino. Jika protein mengandung sejumlah
besar residu hidrofilik terdistribusi seragam dalam urutan, ia akan menganggap
bentuk memanjang atau batang seperti. Hal ini karena, untuk massa tertentu,
bentuk memanjang memiliki permukaan yang besar terhadap volume sehingga
residu hidrofilik dapat ditempatkan pada permukaan. Di sisi lain, jika protein
mengandung sejumlah besar residu hidrofobik, itu akan menganggap globular
(kira-kira bola) bentuk. Ini meminimalkan rasio permukaan-area-to-volume,
memungkinkan residu lebih hidrofobik dikubur di pedalaman protein. Di antara
protein globular, umumnya ditemukan bahwa molekul yang lebih besar berisi
fraksi yang lebih besar dari asam amino nonpolar daripada molekul yang lebih
kecil.

Struktur tersier dari beberapa protein polipeptida tunggal yang terdiri dari
domain. Domain didefinisikan sebagai daerah urutan polipeptida yang melipat ke
dalam bentuk tersier secara mandiri. Ini adalah, pada dasarnya, miniproteins
dalam protein tunggal. Struktural

GAMBAR 7 struktur Tersier (A) phaseolin subunit dan (B) laktoglobulin. Tanda panah menunjukkan helai -sheet, dan silinder
menunjukkan -helix (Dari Ref. 62a dan Ref. 85, masing-masing).

stabilitas setiap domain sebagian besar independen dari yang lain. Dalam
kebanyakan protein rantai tunggal, domain lipat secara independen dan
kemudian berinteraksi satu sama lain untuk membentuk struktur tersier yang
unik dari protein. Dalam beberapa protein, seperti dalam kasus phaseolin (Gbr.
7), struktur tersier mungkin berisi dua atau lebih yang berbeda domain (entitas
struktural) dihubungkan oleh segmen rantai polipeptida. Jumlah domain dalam
protein biasanya tergantung pada berat molekulnya. Protein kecil (misalnya,
lisozim, -laktoglobulin, dan laktalbumin -) dengan 100-150 residu asam amino
biasanya membentuk domain struktur tersier tunggal. Protein besar, seperti
immunoglobulin, berisi beberapa domain. Rantai ringan imunoglobulin G
mengandung dua domain, dan rantai berat berisi empat domain. Ukuran masingmasing domain adalah sekitar 120 residu asam amino. Albumin serum manusia,
yang terdiri dari residu asam amino 585, memiliki tiga domain homolog, dan
masing-masing berisi dua domain subdomain [47].
6.3.1.4 Struktur Kuarter
Struktur Kuarter mengacu pada tata ruang dari protein ketika berisi lebih dari
satu rantai polipeptida. Beberapa protein yang penting secara biologis ada
sebagai dimer, trimer, tetramer, dll Semua ini kompleks kuaterner (juga disebut
sebagai oligomer) dapat terdiri dari subunit protein (monomer) yang sama
(homogen) atau berbeda (heterogen). Misalnya, keluar -laktoglobulin sebagai
dimer dalam kisaran pH 5-8, sebagai octomer dalam kisaran pH 3-5, dan sebagai
monomer atas pH 8, dan unit monomer kompleks ini identik. Di sisi lain,
hemoglobin adalah tetramer terdiri dari dua rantai polipeptida yang berbeda
yaitu, dan rantai.
Pembentukan struktur oligomer adalah hasil dari spesifik interaksi proteinprotein. Ini adalah interaksi terutama nonkovalen, seperti ikatan hidrogen, dan
interaksi hidrofobik baik dan elektrostatik. Fraksi asam amino hidrofobik
tampaknya mempengaruhi kecenderungan untuk membentuk protein oligomer.
Protein yang mengandung lebih dari 30% residu asam amino hidrofobik
memperlihatkan tendencey yang lebih besar untuk membentuk struktur
oligomer daripada yang mengandung residu asam amino hidrofobik lebih sedikit.
Pembentukan struktur kuaterner terutama didorong oleh kebutuhan
termodinamika untuk mengubur terkena permukaan hidrofobik subunit. Ketika
kandungan asam amino hidrofobik protein lebih besar dari 30%, secara fisik
tidak mungkin untuk membentuk struktur yang akan mengubur semua residu
nonpolar. Akibatnya, ada kemungkinan lebih besar patch hidrofobik ada di

permukaan, dan interaksi dari patch ini antara monomer yang berdekatan dapat
menyebabkan pembentukan dimer, trimer, dll (Gambar. 8).
Banyak protein makanan, terutama protein sereal, ada sebagai oligomer
polipeptida yang berbeda. Seperti yang diharapkan, protein ini biasanya
mengandung lebih dari 35% residu asam amino hidrofobik (Ile, Leu, Trp, Tyr, Val,
Phe, dan Pro). Selain itu, mereka juga mengandung 6-12% proline [12].
Akibatnya, protein sereal ada di struktur oligomer yang kompleks. Protein
penyimpanan utama kedelai, yaitu -conglycinin dan glycinin, mengandung
sekitar 41% dan 39% residu asam amino hidrofobik, masing-masing. conglycinin adalah protein trimerik terdiri dari tiga subunit yang berbeda, dan itu
menunjukkan fenomena disosiasi Association- kompleks sebagai

fungsi kekuatan ion dan pH [76]. Glycinin terdiri dari 12

subunit, enam dari subunit yang asam dan yang lain dasar. Setiap subunit dasar
cross-linked ke subunit asam melalui ikatan disulfida. Enam pasang asam-dasar
ada di dalam negara oligomer oleh interaksi non-kovalen. Glycinin juga
menunjukkan perilaku asosiasi-disosiasi kompleks sebagai fungsi dari kekuatan
ion [76].
Dalam protein oligomer, luas permukaan diakses, AS, berkorelasi dengan berat
molekul oligomer [71] dengan persamaan
AS = 5.3M0.76 (24)
Hubungan ini berbeda dari yang berlaku untuk protein monomer. Luas
permukaan dimakamkan ketika struktur asli oligomer terbentuk dari subunit
polipeptida penyusunnya dapat diperkirakan dari persamaan
Ab = At - AS = (1.48M + 21) - 5.3M0.76 (25)
dimana Pada adalah total luas antarmuka diakses dari subunit polipeptida baru
lahir dalam keadaan linear mereka.
6.3.2 Angkatan Terlibat dalam Stabilitas Struktur Protein

Proses lipat dari rantai polipeptida acak ke dalam struktur tiga dimensi yang unik
cukup kompleks. Seperti disebutkan sebelumnya, dasar untuk konformasi asli
biologis dikodekan dalam urutan asam amino dari protein. Pada tahun 1960,
Anfinsen dan rekan kerja menunjukkan bahwa ketika ribonuklease terdenaturasi
ditambahkan ke larutan buffer fisiologis, itu melipat ke konformasi asli dan
kembali hampir 100% dari aktivitas biologisnya. Mayoritas enzim setelahnya
ditunjukkan untuk menunjukkan kecenderungan serupa. The lambat tapi spontan
transformasi suatu keadaan tidak dilipat ke keadaan dilipat difasilitasi oleh
beberapa interaksi nonkovalen intramolekul. Konformasi asli protein adalah
negara termodinamika berbagai interaksi menguntungkan dimaksimalkan dan
yang tidak menguntungkan diminimalkan sedemikian rupa sehingga energi
bebas secara keseluruhan molekul protein pada nilai terendah.
Pasukan yang berkontribusi terhadap protein folding dapat dikelompokkan
menjadi dua kategori: (a) interaksi intramolekul yang berasal dari pasukan
intrinsik molekul protein, dan (b) interaksi intramolekul dipengaruhi oleh pelarut
sekitarnya. van der Waals dan interaksi sterik milik mantan, dan ikatan hidrogen,
listrik, dan interaksi hidrofobik milik yang terakhir.
sterik Strain
Meskipun sudut dan secara teoritis memiliki 360 kebebasan rotasi, nilainilai mereka sangat terbatas karena halangan sterik dari atom rantai samping.
Karena itu, segmen rantai polipeptida dapat mengasumsikan hanya sejumlah
konfigurasi. Distorsi dalam geometri planar unit peptida, atau peregangan dan
lentur obligasi, akan menyebabkan peningkatan energi bebas dari molekul. Oleh
karena itu, lipat dari rantai polipeptida dapat hanya terjadi sedemikian rupa
bahwa deformasi panjang ikatan dan sudut ikatan dihindari.
van der Waals Interaksi
Ini adalah dipol-dipol terinduksi dan diinduksi interaksi dipol dipol diinduksi
antara atom netral dalam molekul protein. Ketika dua atom saling mendekati,
masing-masing atom menginduksi dipol yang lain melalui polarisasi awan
elektron. Interaksi antara dipol induksi memiliki menarik serta komponen
menjijikkan. Besarnya kekuatan ini bergantung pada jarak interatomik. Energi
yang menarik berbanding terbalik dengan kekuatan keenam dari jarak
interatomik, dan interaksi menjijikkan berbanding terbalik dengan kekuatan
kedua belas jarak ini. Oleh karena itu, pada jarak r, energi interaksi bersih antara
dua atom diberikan oleh fungsi energi potensial

di mana A dan B adalah konstanta untuk sepasang tertentu atom, dan Ea dan Er
adalah energi interaksi yang menarik dan menjijikkan, masing-masing. interaksi
van der Waals sangat lemah, menurun dengan cepat dengan jarak, dan menjadi
diabaikan lebih dari 6 . Van der Waals interaksi energi untuk berbagai pasang
atom berkisar antara -0,17 sampai -0,8 kJ / mol. Dalam protein, namun, karena
banyak pasang atom yang terlibat dalam van der Waals interaksi, jumlah
kontribusinya terhadap protein folding dan stabilitas sangat signifikan.
Obligasi hidrogen

Ikatan hidrogen melibatkan interaksi atom hidrogen yang terikat secara kovalen
dengan atom elektronegatif (seperti N, O, atau S) dengan atom elektronegatif
lain. Secara skematis, ikatan hidrogen dapat direpresentasikan sebagai D-H ... A,
di mana D dan A masing-masing adalah, donor dan akseptor atom elektronegatif.
Kekuatan ikatan hidrogen berkisar antara 8,4-33 kJ / mol, tergantung pada
pasangan atom elektronegatif yang terlibat dan sudut ikatan.
Protein mengandung beberapa kelompok mampu membentuk ikatan hidrogen.
Beberapa kandidat mungkin ditunjukkan pada Gambar 9. antara kelompokkelompok ini, jumlah terbesar dari ikatan hidrogen terbentuk antara NH dan
kelompok C = O dari ikatan peptida dalam -heliks dan -sheet struktur.

dimana 1 dan 2 adalah momen dipol, adalah konstanta dielektrik medium, r

adalah jarak antara atom elektronegatif, dan adalah sudut ikatan hidrogen.
Energi ikatan hidrogen berbanding lurus dengan produk dari momen dipol dan
kosinus dari sudut ikatan, dan berbanding terbalik dengan kekuatan ketiga dari
N ... O jarak dan konstanta dielektrik medium. Kekuatan ikatan hidrogen
maksimum ketika adalah nol (cos 0 = 1), dan itu adalah nol ketika adalah 90
. Ikatan hidrogen dalam -heliks dan antiparalel-sheet struktur memiliki nilai
sangat dekat dengan nol, sedangkan mereka secara paralel -sheets memiliki
nilai yang lebih besar. The optimum N ... O jarak untuk energi ikatan hidrogen
maksimum adalah 2,9 . Pada jarak pendek interaksi menjijikkan elektrostatik
antara atom N- dan O- menyebabkan penurunan yang signifikan dalam
kekuatan ikatan hidrogen. Pada jarak yang lebih jauh lemah interaksi dipol-dipol
antara NH dan C = O kelompok menurunkan kekuatan ikatan hidrogen. Kekuatan
NH ... O = C ikatan hidrogen dalam protein biasanya sekitar 18,8 kJ / mol.
"Kekuatan" mengacu pada jumlah energi yang diperlukan untuk memecah
ikatan.
Adanya ikatan hidrogen dalam protein mapan. Karena setiap ikatan hidrogen
mengurangi energi bebas dari protein sekitar -18,8 kJ / mol, itu umumnya
percaya bahwa mereka dapat bertindak tidak hanya sebagai kekuatan
pendorong untuk lipat protein tetapi juga dapat berkontribusi besar terhadap
stabilitas struktur asli. Namun, ini bukan asumsi yang valid. Karena air dapat
bersaing untuk ikatan hidrogen dengan NH dan C = O kelompok protein, ikatan
hidrogen antara kelompok-kelompok ini tidak dapat terjadi secara spontan, atau
dapat pembentukan NH ... O = C ikatan hidrogen menjadi kekuatan pendorong
untuk pembentukan -helix dan - lipit lembar protein. Interaksi ikatan hidrogen
dalam -heliks dan -sheet, oleh karena itu, konsekuensi dari interaksi yang
menguntungkan lainnya yang mendorong pembentukan struktur hidrogen-ikatan
sekunder ini.
Ikatan hidrogen terutama interaksi ionik. Seperti interctions ionik lainnya,
stabilitas juga tergantung pada konstanta dielektrik lingkungan. Stabilitas ikatan
hidrogen dalam struktur sekunder ini terutama disebabkan oleh lingkungan lokal
dengan permitivitas rendah (konstanta dielektrik rendah) yang dibuat oleh
interaksi antara residu nonpolar. Rantai ini sisi besar mencegah akses air ke
NH ... O = C ikatan hidrogen. Mereka hanya stabil selama mereka dilindungi dari
air.
Interaksi elektrostatik

Seperti disebutkan sebelumnya, protein mengandung beberapa residu asam

amino dengan kelompok terionisasi. Pada pH netral, Asp dan Glu residu
bermuatan negatif, dan Lys, Arg, dan Nya bermuatan positif. Pada pH basa, Cys
dan residu Tyr bermuatan negatif.
Tergantung pada jumlah relatif residu negatif dan bermuatan positif, protein
menganggap baik negatif bersih atau muatan positif bersih pada pH netral. PH di
mana muatan bersih adalah nol disebut pH isoelektrik (pI). PH isoelektrik
berbeda dari titik isoionic. Titik isoionic adalah pH larutan protein tanpa adanya
elektrolit. PH isoelektrik protein dapat diperkirakan dari komposisi asam amino
dan nilai pKa kelompok terionisasi menggunakan persamaan HendersenHasselbach (Persamaan. 5).
Dengan beberapa pengecualian, hampir semua dibebankan kelompok protein
didistribusikan pada permukaan molekul protein. Karena pada protein pH netral
menganggap baik bersih positif atau muatan negatif bersih, orang mungkin
berharap bahwa interaksi menjijikkan bersih antara biaya seperti akan
mengguncang struktur protein. Hal ini juga masuk akal untuk menganggap
bahwa interaksi yang menarik antara kelompok-kelompok malah dibebankan
pada lokasi kritis tertentu mungkin berkontribusi terhadap stabilitas struktur
protein. Namun dalam kenyataannya, kekuatan kekuatan-kekuatan menjijikkan
dan menarik diminimalkan dalam larutan air karena permitivitas air yang tinggi.
Energi interaksi elektrostatik antara dua tagihan tetap q1 q2 dan dipisahkan oleh
jarak r diberikan oleh
(29) di mana adalah permitivitas medium. Dalam vakum atau udara ( = 1),
energi interaksi elektrostatik antara dua tuduhan pada jarak 3 sampai 5 adalah
sekitar 460 277 kJ untuk / mol. Dalam air, namun, energi interaksi ini
dikurangi menjadi 5,8 3,5 untuk kJ / mol, yang merupakan urutan energi
kinetik termal (RT) dari molekul protein pada 37 C. Oleh karena itu, interaksi
elektrostatik menarik dan menjijikkan antara biaya terletak pada permukaan
protein tidak memberikan kontribusi yang signifikan terhadap stabilitas protein.
Namun, dibebankan kelompok sebagian terkubur di pedalaman protein, di mana
permitivitas lebih rendah dari air, biasanya membentuk jembatan garam dengan
energi interaksi yang kuat. Energi interaksi elektrostatik berkisar antara 3,5
dan 460 kJ / mol tergantung pada jarak dan permitivitas lokal.
Meskipun interaksi elektrostatik tidak boleh bertindak sebagai kekuatan utama
untuk lipat protein, kecenderungan mereka untuk tetap terkena lingkungan
berair pasti akan mempengaruhi pola lipat.
Interaksi hidrofobik
Hal ini jelas dari diskusi di atas bahwa dalam larutan air ikatan hidrogen dan
interaksi elektrostatik antara berbagai kelompok polar dalam rantai polipeptida
tidak dimiliki energi yang cukup untuk bertindak sebagai penggerak untuk lipat
protein. Interaksi polar protein tidak sangat stabil, dan stabilitas mereka
tergantung pada pemeliharaan lingkungan apolar. Utama protein folding
kekuatan pendorong berasal dari interaksi hidrofobik antara kelompok-kelompok
nonpolar.
Dalam larutan air, interaksi hidrofobik antara kelompok-kelompok nonpolar
merupakan hasil interaksi termodinamika menguntungkan antara air dan
kelompok nonpolar. Ketika hidrokarbon dilarutkan dalam air, perubahan energi

bebas (? G) adalah positif dan volume (V) dan perubahan entalpi (H) adalah
negatif. Meskipun H negatif, yang berarti bahwa ada interaksi menguntungkan
antara air dan hidrokarbon,? G positif. Karena? G = H - T S (di mana T adalah
temperatur dan S adalah perubahan entropi), perubahan positif dalam? G harus
berasal dari perubahan negatif yang besar entropi, yang mengimbangi
perubahan yang menguntungkan di H. Penurunan entropi disebabkan oleh
pembentukan klatrat atau struktur air kandang-seperti sekitar hidrokarbon.
Karena perubahan positif bersih? G, interaksi antara kelompok air dan nonpolar
sangat terbatas. Akibatnya, dalam larutan air, kelompok nonpolar cenderung
agregat, sehingga daerah kontak langsung dengan air diminimalkan (lihat Bab.
2). Struktur diinduksi interaksi antara kelompok-kelompok nonpolar dalam
larutan air air ini dikenal sebagai interaksi hidrofobik. Dalam protein, interaksi
hidrofobik antara rantai samping nonpolar dari residu asam amino adalah alasan
utama yang protein lipat ke dalam struktur tersier yang unik di mana mayoritas
kelompok nonpolar dikeluarkan dari lingkungan berair. Karena interaksi
hidrofobik merupakan kebalikan dari solusi kelompok nonpolar dalam air,? G
untuk interaksi hidrofobik negatif, dan V, H, dan S positif. Tidak seperti
interaksi nonkovalen lainnya, interaksi hidrofobik adalah endotermik; yaitu,
interaksi hidrofobik lebih kuat pada suhu tinggi dan lebih lemah pada suhu
rendah (berlawanan dengan itu untuk ikatan hidrogen). Variasi energi bebas
hidrofobik dengan suhu biasanya mengikuti fungsi kuadrat, yaitu,

dimana a, b, dan c adalah konstanta, dan T adalah temperatur absolut.

Energi interaksi hidrofobik antara dua molekul nonpolar bola dapat diperkirakan
dari persamaan energi potensial [50]
(31)
dimana R1 dan R2 adalah jari-jari dari molekul nonpolar, D adalah jarak (nm)
antara molekul-molekul, dan D0 adalah panjang peluruhan (1 nm). Tidak seperti
elektrostatik, ikatan hidrogen, dan van der Waals interaksi, yang mengikuti
hubungan power-law dengan jarak antara kelompok-kelompok yang saling
berinteraksi, interaksi hidrofobik mengikuti hubungan eksponensial dengan jarak
antara kelompok berinteraksi. Oleh karena itu, efektif jarak yang relatif lama,
seperti 10 nm.
Energi bebas hidrofobik protein tidak dapat diukur dengan menggunakan
persamaan sebelumnya karena keterlibatan beberapa kelompok nonpolar. Hal ini
dimungkinkan, namun, untuk memperkirakan energi bebas hidrofobik dari
protein menggunakan korelasi empiris lainnya. Energi bebas hidrofobik dari
molekul berbanding lurus dengan luas permukaan nonpolar yang dapat diakses
oleh air (Gbr. 10). The proporsionalitas konstan, yaitu, lereng, bervariasi antara
92 J mol-1 -2
GAMBAR 10 Hubungan antara hidrofobik dan luas permukaan diakses dari rantai
asam amino samping (lingkaran terbuka) dan hidrokarbon (lingkaran penuh); 1
kkal = 4.18 kJ. (Dari Ref 92;. Courtesy of Ulasan Tahunan, Inc)
untuk Ala, Val, Leu, dan Phe dan 109 J mol-1 -2 untuk Ser, Thr, Trp, dan Met.
Rata-rata, hidrofobisitas kelompok apolar asam amino atau residu asam amino
adalah sekitar 100 J mol-1 -2. Hal ini dekat dengan mol-1 -2 nilai 104.5 J untuk

alkana. Apa ini berarti bahwa untuk menghilangkan setiap 1 a2 luas permukaan
nonpolar dari lingkungan air, protein akan menurun energi bebas dengan sekitar
100 J / mol. Dengan demikian, energi bebas hidrofobik protein dapat diperkirakan
hanya dengan mengalikan total terkubur luas permukaan oleh 100 J mol-1 -2.
Luas permukaan dimakamkan di beberapa protein globular dan energi bebas
hidrofobik estimasi ditunjukkan pada Tabel 9. Jelaslah bahwa energi bebas
hidrofobik kontribusi yang signifikan terhadap stabilitas struktur protein. Ratarata energi bebas hidrofobik per residu asam amino dalam protein globular
berjumlah sekitar 10.45 kJ / mol.
Obligasi disulfida
Ikatan disulfida adalah satu-satunya kovalen rantai samping cross-link ditemukan
secara alami dalam protein. Mereka dapat terjadi baik intramolecularly dan
intermolecularly. Dalam protein monomer, ikatan disulfida terbentuk sebagai
hasil dari protein folding. Ketika dua residu Cys dibawa ke kedekatan dengan
orientasi yang tepat, oksidasi dari kelompok sulfhidril oleh hasil molekul oksigen
di disulfida pembentukan ikatan. Setelah terbentuk, ikatan disulfida membantu
menstabilkan struktur dilipat protein.
Campuran Protein mengandung sistin dan Cys residu dapat mengalami reaksi
pertukaran sulfhidril-disulfida seperti yang ditunjukkan:
(32)
Reaksi pertukaran ini juga dapat terjadi dalam protein tunggal jika mengandung
gugus sulfhidril bebas dan ikatan disulfida. Reaksi interchange sering
menyebabkan penurunan stabilitas molekul protein.

Singkatnya, pembentukan struktur protein tiga dimensi yang unik adalah hasil
bersih dari berbagai interaksi nonkovalen menjijikkan dan menarik dan ikatan
kovalen disulfida beberapa.
6.3.3 konformasi Stabilitas dan Adaptasi Protein
Stabilitas struktur protein asli didefinisikan sebagai perbedaan energi bebas
antara negara-negara asli dan terdenaturasi (atau dilipat) dari molekul protein.
Hal ini biasanya dilambangkan sebagai GD.
Semua interaksi nonkovalen dibahas sudah, kecuali interaksi elektrostatik
menjijikkan, berkontribusi pada stabilitas struktur protein asli. The menstabilkan
pengaruh terhadap struktur asli dari total perubahan energi bebas dikaitkan
dengan interaksi ini berjumlah ratusan kilojoule per mol. Namun, GD mayoritas
protein adalah di kisaran 20-85 kJ / mol. Kekuatan utama cenderung untuk
mengacaukan struktur asli adalah entropi konformasi dari rantai polipeptida.
Ketika polipeptida acak-negara dilipat menjadi negara kompak, hilangnya
translasi, rotasi, dan gerakan getaran dari berbagai kelompok dari hasil molekul
protein dalam penurunan entropi konformasi. Peningkatan entropi diturunkan
energi bebas sebagai protein yang dilipat menjadi keadaan aslinya lebih dari
diimbangi oleh interaksi nonkovalen yang menguntungkan, mengakibatkan
penurunan bersih dalam energi bebas. Dengan demikian, perbedaan energi
bebas antara negara-negara asli dan terdenaturasi dapat dinyatakan sebagai

entropi nasional dari rantai polipeptida. The Sconf protein dalam keadaan tidak
dilipat adalah sekitar 8-42 J mol-1 K-1 per residu. Biasanya, nilai rata-rata 21,7 J
mol-1 K-1 per residu diasumsikan. Sebuah protein dengan 100 residu asam
amino pada 310 K akan memiliki entropi konformasi sekitar 21.7 100 310 =
672,7 kJ / mol. Energi destabilisasi konformasi ini akan mengurangi stabilitas
bersih dari struktur asli yang dihasilkan dari interaksi nonkovalen. Nilai-nilai GD,
yaitu energi yang dibutuhkan untuk terungkap, dari berbagai protein disajikan
pada Tabel 10 Nilai-nilai ini jelas menunjukkan bahwa meskipun banyak interaksi
intramolekuler, protein hanya sedikit stabil. Misalnya, nilai-nilai GD dari
kebanyakan protein sesuai dengan energi setara satu sampai tiga ikatan
hidrogen atau sekitar 2-5 interaksi hidrofobik, menunjukkan bahwa kerusakan
dari interaksi nonkovalen beberapa akan mengguncang struktur asli dari banyak
protein.
Sebaliknya, tampak bahwa protein tidak dirancang untuk menjadi molekul kaku.
Mereka sangat fleksibel, negara asal mereka dalam keadaan metastabil, dan
kerusakan dari 1-3 ikatan hidrogen atau interaksi hidrofobik beberapa dapat
dengan mudah menyebabkan perubahan konformasi dalam protein. Adaptasi
konformasi terhadap perubahan kondisi solusi diperlukan agar protein untuk
melaksanakan beberapa fungsi biologis penting. Misalnya, efisien mengikat
substrat atau ligan prostetik untuk enzim selalu melibatkan reorganisasi segmen
polipeptida di situs mengikat. Protein yang membutuhkan stabilitas struktural
yang tinggi berfungsi sebagai katalis biasanya distabilkan oleh ikatan disulfida
intramolekul, yang secara efektif mengurangi entropi konformasi (yaitu,
kecenderungan rantai polipeptida terungkap).