Struktur Molekul Protein

Tingkatan Struktur Protein (Image from wikipedia)

Protein adalah makromolekul yang unik sekaligus memiliki struktur

yang kompleks. Meskipun protein hanya tersusun atas asam
amino yang ada 20 jenis saja, namun untuk dapat berfungsi, ia
akan melipat-lipat dan membentuk suatu struktur tertentu yang
sangat presisi sekaligus sulit diprediksi hingga saat ini. Karena
strukturnya yang unik dan presisi itulah maka protein memiliki
fungsi yang spesifik yang berbeda satu dengan lainnya.
Struktur protein memiliki tingkatan, kita akan melihat bagaimana
asam amino sebagai monomer penyusun protein tersusun
sehingga membentuk struktur protein.

Bagaimana Protein Terbentuk?

Kita mulai dari asam amino, nama resminya adalah asam 2-amino
karboksilat atau asam -amino karboksilat. Secara umum memiliki
struktur sebagai berikut:

Molekul Asam Amino (Image from wikipedia)

Dimana R adalah gugus samping mulai dari yang paling sederhana H (glycine | gly) hingga yang
memiliki gugus samping siklik seperti tryptophan (trp). Gambar di bawah ini adalah struktur dari 20 jenis
asam amino penyusun protein. Gugus R ada yang bersifat netral, bermuatan positif, negatif, ada yang
hidrofilik dan hidrofobik.

Struktur 20 asam amino penyusun protein (Image from wikipedia)

Asam amino (selanjutnya disebut AA saja) dapat membentuk

rantai karena gugus amino (NH2) suatu AA dapat bereaksi
dengan gugus karboksilat (COOH) pada AA lainnya. Molekul
rantai yang terbentuk dinamakan peptida, jika rantainya relatif
pendek (<10 AA) biasa disebut oligopeptida, jika rantainya
panjang disebut polipeptida atau protein (sekitar 50 2000
residu AA). Ikatan yang terbentuk antar AA dinamakan ikatan
peptida.
Reaksi Pembentukan Ikatan Peptida (Image from wikipedia)

Karena reaksi pembentukan peptida membebaskan 1 molekul air, maka jumlah AA penyusun
polipeptida disebut residu.

Berdasarkan konvensi, penyebutan urutan AA dimulai dari AA yang memiliki gugus NH2 (disebut N
terminal) hingga yang memiliki gugus COOH bebas (C terminal).

Struktur Molekul Polipeptida (Image from ncbi.nlm.nih.gov)

Rantai peptida biasa disebut backbone alias tulang punggung sedangkan gugus R biasa disebut gugus
samping.

Struktur Primer
Struktur Primer Protein (Image from w3.hwdsb.on.ca)

Secara sederhana, struktur primer protein adalah urutan asam

amino penyusun protein yang disebutkan dari kiri (N-terminal) ke
kanan (C-terminal). AA bisa ditulis dalam singkatan 3 huruf atau 1
huruf. Jadi untuk gambar di atas bisa ditulis seperti ini:

Gly-Pro-Thr-Gly-Thr-Gly-Glu-Ser-Lys-Cys-Pro-Leu-Met-Val-Lys-Val-
Leu-Asp-Ala-Val-Arg-Gly-Ser-Pro-Ala

atau

GPTGTGESKCPLMVKVLNAVRGSPA

Cara penulisan yang terakhir (kode 1 huruf) lebih banyak

digunakan karena lebih praktis.

Struktur primer terbentuk karena ikatan peptida antar AA selama

proses biosintesis protein atau translasi. Urutan asam amino dapat
ditentukan dengan metode Degradasi Edman atau Tandem Mass Spectrophotometry. Atau bisa juga dari
hasil translasi in silico gen pengkode protein tersebut.
Struktur Sekunder

Pada bagian tertentu dari protein, terdapat susunan AA yang membentuk suatu struktur yang reguler
dengan sudut-sudut geometri tertentu. Ada dua struktur sekunder utama yaitu alfa-helix dan beta-sheet.
Struktur ini terjadi akibat adanya ikatan hidrogen antar AA.

Struktur Sekunder Protein

(Image from uic.edu)

Pada gambar sebelah kiri,

terlihat bahwa struktur
alfa-helix terbentuk oleh
backbone ikatan peptida
yang membentuk spiral
dimana jika dilihat tegak
lurus dari atas, arah
putarannya adalah searah
jarum jam menjauhi
pengamat (dinamakan
alfa). Satu putaran terdiri
atas 3.6 residu asam amino dan struktur ini terbentuk karena adanya ikatan hidrogen antara atom O pada
gugus CO dengan atom H pada gugus NH (ditandai dengan garis warna oranye).

Seperti halnya alfa-helix, struktur beta-sheet juga terbentuk karena adanya ikatan hidrogen, namun
seperti terlihat pada gambar sebelah kanan, ikatan hidrogen terjadi antara dua bagian rantai yang pararel
sehingga membentuk lembaran yang berlipat-lipat.

Tidak semua bagian protein membentuk struktur alfa-helix dan beta-sheet, pada bagian tertentu mereke
tidak membentuk struktur yang reguler.

Struktur Tersier
Struktur Tersier Protein Dihydrofolatreductase (Image from
chemguide.co.uk)

Struktur tersier adalah menjelaskan bagaimana seluruh rantai

polipeptida melipat sendiri sehingga membentuk struktur 3
dimensi. Pelipatan ini dipengaruhi oleh interaksi antar gugus
samping (R) satu sama lain. Ada beberapa interaksi yang
terlibat yaitu:

Interiaksi ionik

Terjadi antara gugus samping yang bermuatan positif (memiliki gugus NH2 tambahan) dan gugus
negatif (COOH tambahan).

Ikatan Ionik (Image from uic.edu)

Ikatan hidrogen

Jika pada struktur sekunder ikatan hidrogen terjadi pada backbone, maka ikatan hidrogen yang terjadi
antar gugus samping akan membentuk struktur tersier. Karena pada gugus samping bisa banyak
terdapat gugus seperti OH, COOH, CONH2 atau NH2 yang bisa membentuk ikatan hidrogen.
Ikatan hidrogen (Image from uic.edu)

Gaya Dispersi Van Der Waals

Beberapa asam amino memiliki gugus samping (R) dengan rantai karbon yang cukup panjang. Nilai dipol
yang berfluktuatif dari satu gugus samping dapat membentuk ikatan dengan dipol berlawanan pada
gugus samping lain.
Ikatan Van Der Waals (Image from uic.edu)

Jembatan Sulfida
Jembatan Disulfida (Image from altabioscience.bham.ac.uk)

Cysteine memiliki gugus samping SH dimana dapat membentuk ikatan sulfida dengan SH pada cystein
lainnya, ikatan ini berupa ikatan kovalen sehingga lebih kuat dibanding ikatan-ikatan lain yang sudah
disebutkan di atas.
Struktur Quartener

Protein atau polipeptida yang sudah memiliki struktur tersier dapat saling berinteraksi dan bergabung
menjadi suatu multimer. Protein pembentuk multimer dinamakan subunit. Jika suatu multimer dinamakan
dimer jika terdiri atas 2 subunit, trimer jika 3 subunit dan tetramer untuk 4 subunit. Multimer yang
terbentuk dari subunit-subunit identik disebut dengan awalan homo, sedangkan jika subunitnya
berbeda-beda dinamakan hetero. Misalnya hemoglobin yang terdiri atas 2 subunit alfa dan 2 subunit
beta dinamakan heterotetramer.

Struktur Quartener Protein Hemoglobin (Image from sciencecases.org)

Perlu diketahui bahwa beberapa protein dapat berfungsi sebagai monomer sehingga ia tidak memiliki
struktur quartener.

WIKIPEDIA
Struktur dari protein bisa dijelaskan melalui empat tingkatan. Struktur utama dari protein terdiri
dari rangkaian linear asam amino, misalnya, "alanin-glisin-triptofan-serin-glutamat-asparagin-
glisin-lisin-". Struktur sekunder lebih kepada morfologi lokal. Beberapa kombinasi dari asam
amino akan cenderung membentuk gulungan yang disebut dengan -helix atau menjadi lembaran
yang disebut dengan -sheet. Struktur tersier adalah bentuk 3 dimensi protein tersebut secara
keseluruha. Bentuk ini akan ditentukan oleh urutan asam amino. Jika ada satu perubahan saja
maka akan mengubah keseluruhan struktur. Rantai alfa hemoglobin terdiri dari 146 residu asam
amino, jika residu glutamat di posisi ke-6 digantikan dengan valin, maka akan mengubah sifat
hemoglobin tersebut, dan mengakibatkan penyakit anemia sel sabit. Struktur kuartener lebih
memfokuskan pada struktur dari protein dengan beberapa subunit peptida. Contohnya,
hemoglobin dengan keempat subunitnya. Tidak semua protein memiliki lebih dari satu subunit.

Protein yang masuk ke dalam tubuh akan dipecah menjadi asam amino atau dipeptida di dalam
usus halus, baru kemudian bisa diserap oleh tubuh. Nantinya, asam amino ini dapat bergabung
kembali untuk membentuk protein yang baru. Produk antara dari glikolisis, siklus asam sitrat,
dan jalur fosfat pentosa dapat digunakan untuk membentuk kedua puluh macam asam amino.
Manusia dan mamalia lainnya hanya dapat mensintesa separuh dari ke-20 macam amino
tersebut. Tubuh manusia tidak dapat mensintesa isoleusin, leusin, lisin, metionin, fenilalanin,
treonin, triptofan, dan valin. Asam amino ini merupakan asam amino esensial, karena penting
bagi tubuh. Mamalia dapat mensintesa asam amino non esensial, yaitu alanin, asparagin,
aspartat, sistein, glutamat, glutamin, glisin, prolin, serin, dan tirosin. Arginin dan histidin juga
dapat disintesa mamalia, tapi hanya dapat diproduksi dalam jumlah terbatas, sehingga terkadang
juga disebut sebagai asam amino esensial.

Jika gugus amino dilepaskan dari sebuah asam amino, maka akan menyisakan asam keto-.
Enzim transaminase akan mudah memindahkan gugus amino yang lepas ini ke asam keto-
lainnya. Hal ini penting di dalam biosintesis dari asam amino, seperti dalam banyak jalur, zat
antara dari jalur biokimia lainnya akan diubah menjadi asam keto-, lalu sebuah gugus amino
ditambahkan lewat transaminasi. Maka, asam amino dapat digabung-gabungkan untuk
membentuk protein.

Proses yang mirip digunakan untuk memecah protein. Pertama-tama, protein akan terhidrolisa
menjadi komponen-komponennya, yaitu asam amino. Amonia bebas (NH3), berada dalam
bentuk ion amonium (NH4+) di dalam darah, akan berbahaya bagi tubuh, maka harus
dikeluarkan. Organisme uniseluler hanya tinggal melepaskan saja amonia ini keluar tubuh. Di
dalam tubuh mamalia, amonia akan diubah menjadi urea, lewat siklus urea.

STRUKTUR PROTEIN
Protein merupakan polimer biologis yang mengekspresikan fungsi dari suatu sel. Protein ini
tersusun dari suatu monomer yang disebut dengan asam amino dan asam amino ini akan saling
berikatan membentuk suatu rantai polipeptida dimana polipeptida ini nantinya akan menyusun
protein sehingga protein terlihat seperti memiliki bentuk tiga dimensi. Fungsi protein dibagi
menjadi dua kelompok besar, yaitu sebagai bahan struktural dan sebagai mesin yang bekerja
pada tingkat molekuler. Protein dapat memerankan fungsinya sebagai bahan structural karena
seperti halnya polimer lain, protein memiliki rantai yang panjang dan juga dapat mengalami
cross-linking dan selain itu juga dapat berperan sebagai biokatalis untuk reaksi-reaksi kimia
dalam system makhluk hidup.
Struktur protein terdiri dari empat macam struktur :

1. Struktur Primer, struktur ini terdiri atas asam-asam amino yang dihubungkan satu sama
lain secara kovalen melalui ikatan peptida. Ujung dari polipeptida yang terbentuk ini
memiliki sifat kimia yang berbeda, yaitu satu mempun yai gugus amino bebas (ujung N
atau amino,NH2-) dan ujung satunya mempunyai gugus karboksil bebas (ujung C atau
karboksil, COOH-). Oleh karena itu arah polipeptida dan dituliskan baik NC(kiri ke
kanan) maupun C N (kanan ke kiri).

2. Struktur Sekunder, pada struktur sekunder protein sudah mengalami interaksi

intermolekul, melalui rantai samping asam amino. Ikatan yang membentuk struktur ini
didominasi oleh ikatan hidrogen antar rantai samping yang membentuk pola tertentu
bergantung pada orientasi ikatan hidrogannya. Ada dua jenis struktur sekunder, yaitu -
 heliks dan -sheet. Keduanya terbentuk karena ikatan hidrogen yang terjadi antara asam

amino yang berbeda pada polipeptida.

3. Struktur Tersier. Disini interaksi intra molekuler seperti ikatan hidrogan, ikatan ion, van
der waals, hidropobik dll turut menentukan orientasi struktur tiga dimensi dari protein.

4. Struktur Kuaternair. Banyak molekul kecil yang memiliki lebih dari struktur tersier,
dengan kata lain multisubunit. Intraksi intermolekul antar subunit protein ini membentuk
struktur keempat/kwaterner. Setiap subunit protein dapat melakukan komunikasi dan
saling mempengaruhi satu sama lain melalui interaksi intermolekuler ini. Beberapa
struktur protein terikat dengan jembatan disulfida antara polipeptida yang berbeda, tetapi
banyak protein terdiri dari asosiasi subunit yang lebih lemah yang dihubungkan dengan
ikatan hidrogen dan efek hidrofobik. Protein ini dapat kembali pada komponen
polipeptidanya, atau berubah komposisi subunitnya tergantung pada kebutuhan
fungsinya.
Fungsi protein
Fungsi protein di dalam tubuh kita sangat banyak, bahkan banyak dari proses pertumbuhan
tubuh manusia dipengaruhi oleh protein yang terkandung di dalam tubuh kita

1. Sebagai enzim
Hampir semua reaksi biologis dipercepat atau dibantu oleh suatu senyawa makromolekul
spesifik yang disebut enzim, dari reaksi yang
sangat sederhana seperti reaksi transportasi karbon dioksida sampai yang sangat rumit
seperti replikasi kromosom. Protein besar peranannya terhadap perubahan-perubahan
kimia dalam sistem biologis.
2. Alat pengangkut dan penyimpan
Banyak molekul dengan MB kecil serta beberapa ion dapat diangkut atau dipindahkan
oleh protein-protein tertentu. Misalnya hemoglobin mengangkut oksigen dalam eritrosit,
sedangkan mioglobin mengangkut
oksigen dalam otot. Pengatur pergerakan Protein merupakan komponen utama daging,
gerakan otot terjadi karena adanya dua molekul protein yang saling bergeseran.
3. Penunjang mekanis
Kekuatan dan daya tahan robek kulit dan tulang disebabkan adanya kolagen, suatu
protein berbentuk bulat panjang dan mudah membentuk serabut. Pertahanan tubuh atau
imunisasi Pertahanan tubuh biasanya dalam bentuk antibodi, yaitu suatu protein khusus
yang dapat mengenal dan menempel atau mengikat benda-benda asing yang masuk ke
dalam tubuh seperti virus, bakteri, dan sel- sel asing lain.
2.4.Media perambatan impuls syaraf
Protein yang mempunyai fungsi ini biasanya berbentuk reseptor, misalnya rodopsin,
suatu protein yang bertindak sebagai reseptor
penerima warna atau cahaya pada sel-sel mata.
3.5.Pengendalian pertumbuhan
Protein ini bekerja sebagai reseptor (dalam bakteri) yang dapat mempengaruhi fungsi
bagian-bagian DNA yang mengatur sifat dan karakter bahan
D. Sintesis

Protein digabungkan dari asam amino menggunakan informasi dalam gen. Setiap protein
memiliki urutan asam amino unik yang ditetapkan oleh nukleotida. Dengan kode genetika maka
kumpulan tiga set nukleotida yang disebut kodon dan setiap kombinasi tiga nukleotida
membentuk asam amino, misalnya Aug (adenine urasil guanin) adalah kode untuk
methionine.

Karena DNA berisi empat nukleotida, total jumlah kemungkinan kodon adalah 64.Oleh karena
itu, ada beberapa kelebihan dalam kode genetik, dan beberapa asam amino dapat ditentukan oleh
lebih dari satu codon. Kode gen DNA yang pertama di transkripsi menjadi pra messenger RNA
(mRNA) oleh enzim seperti RNA polymerase. Sebagian besar organisme maka proses pra-
mRNA (juga dikenal sebagai dasar transkrip) menggunakan berbagai bentuk pasca
transcriptional modifikasi untuk membentuk mRNA matang, yang kemudian digunakan sebagai
template untuk sintesis protein oleh ribosome. Dalam prokariotik mRNA yang dibuat bisa
digunakan segera, atau diikat oleh ribosome setelah dipindahkan dari inti sel. Sebaliknya,
eukariotik membuat mRNA di inti sel dan kemudian memindahkan ke sitoplasma, dimana
sintesis protein yang kemudian terjadi. Laju sintesis protein yang lebih tinggi dapat terjadi di
prokaryotes maupun eukariotik yang dapat mencapai hingga 20 asam amino per detik.

Proses yang sintesis protein dari mRNA template dikenal sebagai translasi/terjemahan. MRNA
yang diambil ke ribosome kemudian membaca tiga nukleotida dan mencocokan kodon dengan
pasangan antikodonnya yang terletak pada RNA transfer yang membawa asam amino sesuai
dengan kode kodon. Enzim aminoacyl tRNA synthetase menyusun molekul tRNA dengan asam
amino yang benar. Polipeptida berkembang yang sering disebut rantai peptida. Protein selalu
dibiosintesiskan dari N-terminal ke C-terminal.

Ukuran panjang sintesis protein dapat diukur dengan melihat jumlah asam amino yang berisi
dengan total massa molekul, yang biasanya dilaporkan dalam unit daltons (identik dengan unit
massa atom), atau turunan unit kilodalton (kDa). Yeast protein rata-rata panjangnya adalah 466
asam amino dan 53 kDa di massa. Protein terbesar adalah titins, komponen dari otot sarkomer,
dengan massa molekular hampir 3.000 kDa, dan total panjang hampir 27.000 asam amino.

1. Sebagian rantai ADN membuka, kemudian disusul oleh pembentukan rantai ARNd. Rantai ADN
yang mencetak ARNd disebut rantai sense/template. Pasangan rantai sense yang tidak
mencetak ARNd disebut rantai antisense.
2. Pada rantai sense ADN didapati pasangan tiga basa nitrogen (triplet) yang disebut kodogen.
Triplet ini akan mencetak triplet pada rantai ARNd yang disebut kodon. Kodon inilah yang
disebut kode genetika yang berfungsi mengkodekan jenis asam amino tertentu yang diperlukan
dalam sintesis protein. Selanjutnya boleh dikatakan bahwa ARNd atau kodon itulah yang
merupakan kode genetika. Lihat daftar kodon dan asam amino yang dikodekannya di bawah ini.
3. Setelah terbentuk, ARNd keluar dari inti sel melalui pori-pori membran inti menuju ke ribosom
dalam sitoplasma.
Untuk setiap satu molekul protein yang dibentuk akan selalu dimulai dengan kodon inisiasi atau
kodon start yaitu AUG yang mengkodekan asam amino metionin. Jika satu molekul protein
telah terbentuk akan selalu diakhiri dengan tanda berupa kodon stop atau kodon terminasi,
yaitu UGA, UAA, atau UAG (lihat daftar di atas).

Konsep penting:

Pasangan tiga basa nitrogen disebut triplet. Triplet yang terdapat pada rantai sense ADN yang
mencetak ARNd disebut kodogen. Triplet yang terdapat pada ARNd disebut kodon. Triplet yang
terdapat pada ARNt disebut antikodon.

2. Translasi
Pahami dulu konsep ini:

ARNt memiliki triplet yang merupakan pasangan kodon dan disebut antikodon. Setiap ARNt
hanya dapat mengikat satu jenis asam amino sesuai yang dikodekan oleh kodon. Jadi dalam
translasi terjadi penerjemahan kode genetik yang dibawa ARNd (kodon) oleh ARNt (antikodon)
dengan cara ARNt mengikat satu asam amino yang sesuai.

Setelah ARNd keluar dari dalam inti, selanjutnya ia bergabung dengan ribosom dalam
sitoplasma. Langkah berikutnya adalah penerjemahan kode genetik (kodon) yang dilakukan oleh
ARNt. Caranya, ARNt akan mengikat asam amino tertentu sesuai yang dikodekan oleh kodon,
lalu membawa asam amino tersebut dan bergabung dengan ARNd yang telah ada di ribosom.
Langkah tersebut dilakukan secara bergantian oleh banyak ARNt yang masing-masing mengikat
satu jenis asam amino yang lain.

Mungkinkah ARNt keliru membawakan jenis asam amino sehingga tidak sesuai dengan kodon?
Kecuali terjadi mutasi, kemungkinan hal ini sangat kecil terjadi. Karena setiap ARNt yang
membawa asam amino akan berpasangan tepat sama dengan ARNd membentuk pasangan kodon
antikodon. Dengan cara demikian kecil kemungkinan ARNt salah membawa asam amino.
Setelah asam amino dibawa ARNt bergabung dengan ARNd di ribosom, selanjutnya akan terjadi
ikatan antar asam amino membentuk polipeptida. Protein akan terbentuk setelah berlangsung
proses polimerisasi.