ASAM AMINO

IKATAN PEPTIDA DAN PROTEIN

1. STRUKTUR ASAM AMINO
Asam amino adalah asam karboksilat yang mengandung gugus
fungsional amina
R O
| ||
H3 N+ C C O
|
H

700 asam amino yang

berbeda yang dikenal
20 jenis asam amino yang
mendapat perhatian khusus

Daftar nama - asam amino, singkatan dan rumus struktur.

1. Asam amino dengan rantai samping non polar
H O
| ||
H3 N+ C C O
|
H
Glycine (Gly / G)

H O
| ||
H3 N+ C C O
|
CH3
Alanine (Ala / A)

H O
| ||
H3 N+ C C O
|
CH3-CH-CH3

H O
| ||
H3 N+ C C O
|
CH2
|

Valine (Val / V)

CH3-CH-CH3
Leucine (Leu /L)

2. Asam amino dengan rantai samping polar tetapi

nonionionisasi
H O
| ||
H3 N+ C C O
|
CH2
|
O= C NH2

H O
| ||
H3 N+ C C O
|
HOCH2
Serine (Ser / S)

Asparagine (Asn / N)

3. Asam amino dengan rantai samping asam

O
NH3+ O
||
|
||
O C CH2 CH C O
Aspartic acid (Asp/D)

O
NH3+ O
||
|
||
O C CH2 CH2 CH C O
Glutamic acid (Glu/E)

4. Asam amino dengan rantai samping basa

O
||
H3 N+ CH C O
|
CH2
|
CH2
|
CH2
|
CH2 +NH3

O
||
H3 N+ CH C O
|
CH2
|
CH2
|
CH2
|
NH
|

Lysine
( Lys / K )

H2N C= +NH2
Arganine( Arg/R )
6

2. STEREOKIMIA DARI ASAM AMINO

Glisin adalah asam amino yang paling sederhana dan satusatunya dalam tabel yang akiral (tidak mempunyai atom C
khital).
H O
| ||
H3 N+ C C O
|
H

Atom -karbon adalah pusat

stereogenic gugus yang lainya.
Konfigurasi dalam asam amino
biasanya oleh sistem notasi D-L.

Glycine (Gly / G)
Semua asam amino kiral diperoleh dari protein yang
memiliki konfigurasi L pada -atom karbon.
7

Contoh

Cermin

CO2
|
H3 N+ C H
|
R

CO2
|
H C NH3 +
|
R

L-amino acid

D-amino acid

Walaupun semua asam amino khiral dapat diperoleh dari protein

yang mempunyai konfigurasi L, pada -karbon, tidak dapat
diambil kesimpulan bahwa D-asam amino tidak dikenal.
Kenyataannya sesungguhnya sejumlah D-asam amino terbentuk
seara alami. D-Alanine contohnya, bagian utama bakteri diding
sel. Intinya adalah bahwa D-asam amino bukan termasuk anggota
protein

3. REAKSI ASAM-BASA DARI ASAM AMINO

Sifat-sifat fisik ciri khas asam amino seperti glisine
menunjukkan bahwa zat tersebut sangat polar bahkan lebih
polar dari pada yang diperkirakan berdasarkan rumus
H2NCH2CO2H
H O
| ||
H2 N C C OH
|
H
Glycine (Gly / G)

H O
| ||
H3 N+ C C O
|
H
Ion Zwitter dari Glycine
(Gly / G)

H O
| ||
H3 N+ C C OH
|
H
Species present in
strong acid

-H
+H

H O
| ||
H 3 N+ C C O
|
H

-H
+H

Zwitterion predominant
species in solutions near
neutrality

H O
| ||
H2 N C C O
|
H
Species present in
strong base

Harga pH larutan yang mempunyai konsentrasi ion zwitter

maksimal disebut isoelectric point atau pI, dari asam amino.
Masing-masing asam amino mempunyai karakteristik isoelektric
point. Contoh glysin, mempunyai pI = 5,97.

10

4. SINTESIS ASAM AMINO

a. Subtitusi nukleofilik
adalah salah satu metode paling tua untuk sintesis asam amino
dimana ammonia direaksikan dengan sebuah asam -halo
karboksilat
H
|
C H3 C CO2H
+
2NH3
|
Br
Asam 2-Bromopropanoat Amonia

H
|
C H3 C CO2 +
NH4Br
|
NH3+
Alanine (65-75%) Amonium Bromida

11

b. Sintesis Strecker,
Pada sintesis Strecker, satu aldehid diubah menjadi asam amino
dengan satu atau lebih atom karbon dengan dua tahap prosedur
dimana satu amino nitril sebagai hasil antara. amino nitril
dibentuk oleh reaksi aldehid dengan ammonia atau garam
ammonium dan sumber ion sianida. Hidrolisis gugus nitril
menghasilkan gugus fungsi asam karboksilat.
O
||
CH3CH
Asetaldehida

NH4Cl
NaCN

CH3CHCN
|
NH2

CH3CHCO2
|
NH2+

2-Aminopropanenitrile

Alanine
12

5. PEPTIDA
Kunci reaksi biokimia dari asam amino, adalah perubahan
menjadi peptide, polipeptida dan protein. Zat-zat ini semua
merupakan asam amino yang dihubungkan dengan ikatan
amida. Ikata amida terjadi antara gugus amino dengan gugus
karboksil yang disebut dengan ikatan peptide. Seperti yang
digambarkan Alanylglycine berikut :
H O H H O
| ||
|
| ||
C- Terminal
N-Terminal
+

amino acids H3 N C C N C C O amino acids

|
|
CH3
H
Ikatan
peptida
13

Satu turunan dipeptida secara luas digunakan pada bahan pemanis

tiruan dimana pada atom C terminal dari Asp-Phe berikatan dengan
metil ester.
O
NH3+ O
O
||
||
|
||
O C CH2 CH C O N CH C O CH3
|
|
H
CH2
Aspartic acid (Asp/D)
|

Asp-Phe

Phenylalanine
( Phe / F )
14

PENTA PEPTIDA
Gambar berikut menunjukkan struktur dari leucine
enkephalin, sebuah pentapeptida.

Zat ini merupakan komponen endorphins yaitu zat penekan rasa

sakit yang dilepaskan oleh otak bila syaraf tertentu dirangsang
oleh akupuntur, keberadaan polipeptida di dalam otak bertindak
sebagai obat untuk menghilangkan rasa sakit, seperti morfin,
aspirin pada tubuh manusia.

15

NONA PEPTIDA
Oksitosin adalah hormone yang disekresikan oleh kelenjar pituitary
yang menstimuli kontraksi rahim selama proses kelahiran dan
selama masa penyusuan.

Dua unit sistein, satu dari mereka, N terminal asam amino,

bergabung dengan ikatan belerang-belerang membentuk unit
cincin lingkar besar disulfide.
16

Jembatan disulfide cukup umum pada polipeptida dan protein,

tidak hanya dalam bentuk cincin, seperti pada oksitosin, tetapi
menjaga rantai polipetida yang terpisah tetap bersama.
H O
| ||
HN C C
|
CH2SH
CH2SH
|
C C NH
|| |
O H
Two systeins

H O
| ||
HN C C
|
CH2S
CH2S
|
C C NH
|| |
O H
Systein
17

6. MENENTUKAN STRUKTUR PEPTIDA : ANALISIS

ASAM AMINO
Struktur Primer
Struktur primer dari peptida atau protein adalah susunan asam
amino ditambah beberapa jembatan disulfide

18

Penentuan struktur primer suatu peptida merupakan tugas yang

berat, karena kemungkinan jumlah kombinasi asam amino
mengejutkan (luar biasa). Jika diberikan struktur peptida yang
belum diketahui, bagaimana menentukan susunan asam amino.
Leusin enkephalin

H3O+
heat

2 Gly + Tyr + Phe + Leu

Campuran hasil hidrolisis kemudian dipisahkan, dan jumlah

masing-masing asam amino ditentukan dengan reaksi ninhidrin.
Reaksi ninhidrin dengan asam amino menghasilkan senyawa
yang memberikan warna violet

19

7. PENENTUAN STRUKTUR PEPTIDA: CARA KERJA

ANALISIS SUSUNAN
Susunan asam amino pada rantai peptida harus menentukan
struktur yang lengkap. Jumlah kemungkinan rangkaian asam
amino sangat menakjubkan. Contoh: asam amino yang
diperoleh dari hidrolisis leusin enkephalin (2Gly,Tyr,Phe,Leu)
dapat digunakan untuk menyusun 60 polipeptida yang berbeda.
Hanya satu dari mereka yang benar yaitu struktur dari leusin
enkephalin.
Beberapa cara yang digunakan untuk menentukan susunan
asam amino pada rantai peptida. Termasuk hidrolisis parsial
peptida menggunakan katalis-enzim, dan analisis gugus
terakhir

20

8. HIDROLISIS PARSIAL PEPTIDA

H O
H H O H H O
|
| ||
| ||
|
| ||
HN C C N C C N C C
|
|
|
R2
R1
R
Kedudukan katalis chymotrypsin
pada hidrolisis, jika R1 sisi rantai
aromatik

21

Hidrolisis parsial enzim dan non enzim kedua-duanya terutama

digunakan pada penentuan susunan peptida. Potonganpotongan peptida yang dihasilkan mempunyai panjang yang
bervariasi dan digunakan untuk mengidentifikasi potonganpotongan yang saling tumpang tindih (overlap), dapat ditarik
kesimpulan dari susunan asam amino semula.
Potongan-potongan yang saling overlap
Sebagai contoh perhatikanlah potongan-potongan yang diperoleh
dari hidrolisis pentapeptida berikut: Ala-Gly-Phe + Gly-Phe-Leu
+ Phe-Leu-Gly. Dengan menjajarkan potongan-potongan dimana
mereka overlap, akan diperoleh susunan asam amino yang benar.

22

Potongan-potongan yang
saling overlap
Ala -Gly Phe
Gly Phe
Leu
Phe Leu Gly
Ala Gly Phe Leu Gly

Hidrolisis
Fragment
Original
peptide

23

9. ANALISIS GUGUS TERAKHIR

Beberapa metode kimia telah dibuat untuk mengidentifikasi
N-teminal asam amino. Mereka semua mempunyai keunggulan
pada kenyataan bahwa N-terminal gugus amino bebas dan dapat
bertindak sebagai donor proton
C6H5

H O
|
| ||
N
H3 N+ C C NHPeptida C6H5N=C=S
+
H
N
Peptida
3
+
|
HCl S=C
C=O
R
HN CH
PTH
Derivate

Remainder of
Peptide
24

10. LANGKAH LANGKAH SINTESIS PEPTIDA

Salah satu cara untuk membuktikan bahwa struktur peptida
yang diusulkan dengan mensitesis suatu peptida yang
mempunyai susunan spesifik dari asam amino dan keduanya
dibandingkan.
Contoh
Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg
Bradykinin
Ahli-ahli kimia dan biologi juga mensitesa peptida untuk lebih
memahami bagaimana mereka berperilaku. Dengan mengubah
urutan secara sistematis,boleh jadi dapat diketahui yang mana
asam amino yang erat terlibat pada reaksi khususnya peptida.
Banyak sintesis peptida telah dipersiapkan untuk untuk
menemukan obat-obatan yang baru

25

Dengan demikian sintesis suatu dipeptida dari susunan yang

memenuhi aturan memerlukan paling sedikit langkah.
1. Proteksi gugus amino dari N-terminal asam amino dan
gugus karnoksil pada C-terminal asam amino.
2. Pasangkan dua asam amino terproteksi dengan
formasi ikatan amida diantara keduanya.
3. Deproteksi gugus amino pada N-terminal dan gugus
karboksil pada C-terminal.

26

O
H O
||
| ||
X-H N CH C OH + H2 N+ C C Y
|
|
CH2
H
|
C-protected Glycine

N-protected
Phenylalanine

H O
O
| ||
||
X-H N CH C HN C C Y
|
|
H
CH2
|
Protected Phe-Glye

H O
O
| ||
||
H3 N+ CH C HN C C O
|
|
H
CH2
|
Phe-Glye

27

11. GUGUS TERPROTEKSI DAN FORMASI IKATAN

PEPTIDA
Gugus benziloksikarbonil (C6H5CH2OCO ) salah satu yang
sering digunakan memproteksi gugus amino. Gugus
benziloksikarbonil akan melekat dengan asilasi pada asam
amino dengan benziloksikarbonyl klorida

C6H5CH2OCOCl

O
||
+ H3 N+ CHCO
|
CH2C6H5

Benziloksilkarbonil
Klorida

Phenylalanin

H
O
|
||
C6H5CH2OCO N CHCOH
|
CH2C6H5

N Benziloksolkarbonil
phenylalanine
28

Biasanya seperti itu untuk mengidentifikasi asam amino tunggal

dengan singkatan begitu juga dengan asam amino terproteksi.
Diakui banyak orang singkatan untuk gugus benziloksikarbonil
dengan huruf Z. Jadi N- benziloksikarbonilphenylalanine
dilambangkan sebagai :
O
||
ZH N CH C OH
|
CH2C6H5

Atau lebih sederhana Z-Phe

Gugus karboksil umumnya diproteksi sebagai ester; benzyl ester

yang sering digunakan
H3N CH2CO + C6H5CH2OH
+

Glysine

H+
H2O

Benzyl alkohol

H2NCH2CO2CH2C6H5
Glysinebenzilester

29

Keberhasilan pembentukan ikatan peptida diantara suatu asam

amno N-terproteksi dan C-terproteksi satunya sering disebabkan
oleh penggunaan agen aktivasi, DCCl (N,N
disikloheksilkarbodiimide)
O
O
||
||
DCCl
ZH N CH C OH + H2NCH2COCH2C6H5
Chloroform
Glysinebenzileste
|
CH2C6H5
O
O
||
||
Z-Phe
ZH N CH C NHCH2COCH2C6H5
|
CH2C6H5
Z-Protected Phe-Gly benzyl ester 83%

30

N-N Dicychlohexylcarbodiimide mempunyai struktur

berikut ini - N = C = N -N=C=N-

N-N -Dicychlohexylcarbodiimide DCCl

31

12. STRUKTUR SEKUNDER DARI PEPTIDA DAN

PROTEIN
Ikatan hidrogen antara N-H pada gugus satu asam amino
residu dan C=O gugus yang lain saling mempengaruhi dan
berperan besar pada struktur sekunder peptida suatu
protein.
..
N

+
H

:O

Hidrogen bond
Ada dua jenis protein struktur sekunder yang ditemui
yaitu heliks dan pleated sheet.

32

Contoh sebuah protein heliks yang ditunjukkan pada

gambar berikut

Interaksi intermolekul melalui rantai samping asam amino

33

pleated sheet.

34

13. STRUKTUR TERSIER DARI PEPTIDA DAN PROTEIN

Struktur tersier dari peptida atau protein memberi petunjuk
lipatan pada rantai
Cara menunjukkan rantai ditunjukkan kedua oleh dua sifat
yaitu sifat fisik dari protein dan fungsi biologi
..
O:

H3N+

peptida

C NH CH C

H2N

C Arg 145

HN
+

35

Struktur tersier protein. Protein ini memiliki banyak struktur

sekunder beta-sheet dan alpha-helix yang sangat pendek.
Model dibuat dengan menggunakan koordinat dari Bank
Data Protein (nomor 1EDH).

36

14. COENZIM
Jumlah proses kimia pada rantai sisi protein mampu
menyerang agak terbatas. Kebanyakan diantara donor proton
yang penting adalah , proton abstraksi dan penambahan
nucleofilik pada gugus karbonil.

37

15. STRUKTUR PROTEIN QUARTERNER: HEMOGLOBIN

Hemoglobin adalah protein pembawa
oksigen dalam darah. Hemoglobin
mengikat oksigen pada paru-paru dan
dikirim menuju ke otot-otot, dimana
oksigen disimpan oleh myoglobin.
Hemoglobin mengikat oksigen sangat
banyak sama seperti myoglobin,
digunakan heme seperti gugus prostetik.
Hemoglobin jauh lebih besar dari pada myoglobin, tetapi mempunyai
sebuah molekul seberat 64,500, sedangkan myoglobin 17,500;
hemoglobin mengandung empat unit heme sedangkan myoglobin
hanya satu. Hemoglobin disusun oleh empat heme dan empat rantai
protein, termasuk dua rantai teridentifikasi yang disebut dengan
rantai alfa dan dua teridentifikasi yang disebut rantai beta.
38

TERIMA KASIH
MOHON MAAF
KALAU ADA KHILAF

39