METABOLISME ASAM

NUKLEAT

Oleh
Tim Pengampu MK Biokimia
OUTLINE PERKULIAHAN

Pendahuluan (Review)
Molekul DNA
Molekul RNA
Katabolisme Asam Nukleat
Katabolisme DNA dan RNA Nukleotida
Gula, Fosfat, Basa Nitrogen
Katabolisme Basa Nitrogen: Purin & Pirimidin
Anabolisme Asam Nukleat
Biosintesis Purin dan Pirimidin
Biosintesis Nukleotida
Biosintesis DNA (Replikasi)
Biosintesis RNA (Transkripsi)
PENDAHULUAN
(Review)
ASAM NUKLEAT

Merupakan makromolekul yang menjadi bagian

sangat penting dari suatu organisme.
Sangat penting karena membawa informasi genetik
yang akan diturunkan dari satu generasi ke generasi
berikutnya.
Asam nukleat terdiri atas dua macam:
DNA (Deoxyribonucleic acid)
RNA (Ribonucleic acid)
Asam nukleat + protein = nukleoprotein.
DNA
 DNA
Polimer yang disusun atas monomer nukleotida, yang satu
sama lain dihubungkan dengan ikatan fosfodiester.
Nukleotida: Gula 5C (deoksiribosa), basa nitrogen, dan fosfat.
Basa Nitrogen: Adenin (A), Timin (T), Guanin (G), Sitosin (C)

Terdiri atas rantai ganda yang keduanya dihubungkan dengan

ikatan hidrogen antara basa berpasangan: A dan T (2 ikatan),
G dan C (3 ikatan).
 STRUKTUR DNA

Sumber: wikipedia.org
FUNGSI DNA

Mewariskan informasi genetik pada

keturunan berikutnya.
Mengandung informasi genetik/kode genetik
protein yang dibutuhkan tubuh.
DNA dapat mengalami perubahan (mutasi)
yang dapat bersifat menguntungkan (evolusi)
dan tidak menguntungkan (kelainan genetik
atau penyakit).
RNA
RNA

Polimer yang disusun atas monomer nukleotida yang satu

sama lain dihubungkan dengan ikatan fosfodiester.
Nukleotida: Gula 5C (ribosa), basa nitrogen, dan fosfat.
Basa Nitrogen: Adenin (A), Urasil (U), Guanin (G), Sitosin (C)

Rantainya tunggal.
 STRUKTUR RNA

Sumber: proof-of-evolution.com
Struktur Nukleotida
(Prekursor DNA dan RNA)
Struktur Basa Nitrogen
(Kelompok Purin)
Struktur Basa Nitrogen
(Kelompok Pirimidin)
Perbandingan Timin & Urasil

Basa Timin pada DNA Basa Urasil pada RNA

PERBANDINGAN
DNA DAN RNA
KATABOLISME
ASAM NUKLEAT
ALUR KATABOLISME
ASAM NUKLEAT

ASAM NUKLEAT

MONONUKLEOTIDA

MONONUKLEOSIDA

-alanin,
ASAM URAT PURIN PIRIMIDIN -amino
isobutirat
KATABOLISME
ASAM NUKLEAT

Proses katabolisme asam nukleat didahului oleh

pemotongan rantai asam nukleat oleh enzim nuklease.
Enzim nuklease terdiri atas dua kelas utama:
Eksonuklease dan Endonuklease.
Eksonuklease memotong molekul asam nukleat dari
ujung rantai asam nukleat, melepaskan nukleotida dari
ujung 5 atau 3.
Endonuklease memotong molekul asam nukleat pada
daerah internal spesifik, menghasilkan fragmen asam
nukleat lebih kecil (pendek).
KATABOLISME
ASAM NUKLEAT

Fragmen pendek asam nukleat lebih lanjut dipotong

oleh enzim fosfodiesterase yang berperan memotong
ikatan fosfodiester yang menghubungkan
antarnukleotida dalam asam nukleat, menghasilkan
mononukleotida (AMP, GMP, CMP, UMP) .
Enzim 5-nukleotidase selanjutnya mengkatalisis
penghilangan fosfat dari mononukleotida
menghasilkan molekul mono nukleosida (Adenosin,
Guanosin, Cytidine, Uridin) .
Basa nitrogen pada nukleosida lebih lanjut dipisahkan
dari molekul gulanya, menghasilkan gula ribosa-1-
fosfat dan basa nitrogen (A, T/U, C, atau G).
KATABOLISME
ASAM NUKLEAT

Keterangan:
Jalur katabolisme
Asam nukleat =
panah warna biru
NUKLEOSIDA & NUKLEOTIDA
KATABOLISME
BASA NITROGEN
(PURIN & PIRIMIDIN)
 KATABOLISME
BASA PURIN

Basa nitrogen kelompok

purin (Adenin dan Guanin)
dikatabolisme seperti
tampak pada gambar di
samping .
Produk akhir katabolsime
basa purin adalah asam
urat (uric acid).
 KATABOLISME
BASA PURIN

Asam urat selanjutnya

akan diubah menjadi
senyawa lain yang
selanjutnya akan
diekskresikan ke luar
tubuh.
Pada primata, burung,
reptil, dan serangga, asam
urat langsung diekskresi
keluar tubuh tanpa adanya
perubahan menjadi
bentuk lain.
 KATABOLISME
BASA PIRIMIDIN

Basa nitrogen Cytosine (C)

dimetabolisme via
perubahan menjadi basa
pirimidin lain, yaitu Urasil
(U).
Urasil lalu diubah menjadi
dihidrourasil dengan
bantuan NADPH2.
Hidrolisis dihidrourasil
lebih lanjut menghasilkan
asam -ureidopropionat
lalu -alanin.
 KATABOLISME
BASA PIRIMIDIN

Basa nitrogen Timin (T)

dimetabolisme menjadi
dihidroksitimin dengan bantuan
NADPH2.
Hidrolisis dihidrotimin oleh
enzim dihidropirimidinase
menjadi -ureidoisobutirat.
-ureidoisobutirat dihidrolisis
oleh enzim ureidopropionase
menjadi -aminoisobutirat.
-aminoisobutirat dengan -
ketoglutarat diubah menjadi
metilmalonil-semialdehida.
 BIOSINTESIS
BASA PURIN DAN PIRIMIDIN
 Jalur Biosintesis Asam Nukleat

Biosintesis asam nukleat ada dua yaitu de

novo synthesis dan salvage synthesis.
Jalur De novo: sintesis nukleotida dimulai dengan
prekursor metaboliknya: asam amino, ribosa-5-
fosfat, CO2, dan unit satu karbon.
Jalur Salvage: sintesis nukleotida dengan daur
ulang dari basa bebas atau nukleosida yg
dilepaskan dari pemecahan asam nukleat. Disini
PRPP akan diubah menjadi purin-ribonukleotida.
Contohnya Adenin + PRPP jadi adenilat + Ppi.
 Jalur De Novo
Nukleus fosfat yang menyusun purin dan pirimidin berasal
dari PRPP.
PRPP berasal dari Ribosa 5 fosfat + ATP.
Ribosa 5 fosfat berasal dari HMP shunt.
PRPP ini sendiri akan diubah menjadi fosfo ribosil 1 amin
dengan enzim amidofosforibosil transferase dengan
bantuan glutamin sebagai pendonor NH3.
Lalu melewati 10 rangakaian reaksi akan membentuk IMP.
IMP ini sendiri akan membentuk adenilosuksinat dan
xantilat.
Adenilosuksinat akan membentuk AMP sedangkan xantilat
akan membentuk GMP.
 Jalur de Novo Purin
Tempat: sitosol hati dan usus halus.
Karakteristik:
1. Purin disintesis menggunakan Ribosa 5-fosfat
sebagai substrat awal.
2. Pembentukan PRPP (fosforibosil difosfat)
dimana R-5-P sebagai donor aktif .
3. Pembentukan IMP (inosin monofosfat).
4. Pembentukan AMP dan GMP dari IMP.
AMP:adenosin monofosfat
 Sintesis Nukleotida Purin O
COO
OOC C
2-
O3P O CH2 H N HC N N
O C4 Aspartate ADP C4
H H CH + ATP + Pi H
CH
5 CH2 5
H C C
OH N N
OH OH H2N SAICAR Synthetase COO H2N
-D-Ribose-5-Phosphate (R5P)
Ribose-5-Phosphate Ribose-5-Phosphate
ATP Carboxyamidoimidazole Ribotide (CAIR) 5-Aminoimidazole-4-(N-succinylocarboxamide)
Ribose
Phosphate ribotide (SAICAR)
ADP + Pi
Pyrophosphokinase AIR
Car boxylase
AMP Fumarate Adenylosuccinate
ATP Lyase
+HCO3 O
N
2-
O3P O CH2 H HC 4 C
O O H2N N
O CH
H H C4
5
H O P O P O C CH
OH N C
5
OH
H2N N
O O H2N
Ribose-5-Phosphate
Ribose-5-Phosphate
5-Aminoimidazole Ribotide (AIR)
5-Phosphoribosyl--pyrophosphate (PRPP) 5-Aminoimidazole-4-carboxamide
ADP + Pi ribotide (AICAR)
AIR
Glutamine Synthetase N10-Formyl-
+ H2O Amidophosphoribosyl THF
ATP AICAR
Transferase
Transformylase
Glutamate H O THF
+ PPi N
H2C CH C
H2N N
2- NH2 C4
O3P O CH2
O CH
H H C O 5
HN NH C
N
H H O C NH
OH OH H
Ribose-5-Phosphate Ribose-5-Phosphate
-5-Phosphoribosylamine (PRA)
Formylglycinamidine ribotide (FGAM) 5-Formaminoimidazole-4-carboxamide
Glycine ADP + ribotide (FAICAR)
+ ATP Glutamate + Pi
FGAM
GAR Synthetase H2O
Synthetase IMP
ATP + Cyclohydrolase
ADP Glutamine +
+ Pi H2O O
H
H2C NH2 N C N
H 2C CH HN C
4
O C CH
HC C5
2-
C O N
O3P O CH2 NH N
O N10-Formyl-THF THF O NH 2-
O3P O CH2
H H O
H H
H H H
OH
GAR Transformylase Ribose-5-Phosphate H
OH OH OH

Glycinamide Ribotide (GAR) Formylglycinamide ribotide (FGAR) Inosine Monophosphate (IMP)

Biosintesis IMP
Sintesis De Novo Purin
Dari IMP
Pembentukkan PRPP
Control of De Novo Synthesis
 Jalur Salvage

Pentingnya salvage pathway :

Simpanan bahan bakar (Save the fuel)
Beberapa jaringan dan organ, seperti otak dan
sumsum tulang hanya mampu mensintesis
nukleotida melalui salvage pathway.
Jalur Salvage
Sintesis De Novo Nukleotida Pirimidin

Lebih sederhana dari sintesa purin

PRPP ditambahkan setelah cincin pirimidin
terbentuk.
Cincin pirimidin berasal dari :Bikarbonat (C-2),
Amida glutamin (N-3),
Aspartat (C-4, C-5, C-6 dan N-1)
Terdiri dari 6 tahap.
 Karakteristik Sintesis de Novo

Sebagian besar enzim terletak pada sitosol,

tetapi beberapa enzim ada di mitokondria.
Carbamoyl phosphate synthetase (CPS) II
Pertama-tama disintesis cincin pirimidin,
kemudian menggabungkan dengan PRPP
Sintesis UMP, kemudian UMP digunakan untuk
sintesis nukleotida pirimidin lainnya.
 Sintesis De Novo
Nukleotida Pirimidin
De Novo synthesis of pyrimidine
nucleotides
BIOSINTESIS
NUKLEOTIDA
BIOSINTESIS
DNA (REPLIKASI)
 PENDAHULUAN

Biosintesis DNA merupakan perbanyakan DNA

dengan bantuan enzim, dikenal dengan istilah
replikasi.
Karakteristik dasar proses replikasi DNA dan
mekanisme yang digunakan enzim untuk
mengkatalisis replikasi DNA secara esensial
sama untuk semua spesies organisme.
Proses replikasi DNA mengikuti sejumlah
aturan dasar.
 Aturan Dasar Replikasi DNA

Beberapa aturan dasar replikasi DNA (contoh

pada Escherichia coli) adalah:
Replikasi DNA terjadi secara semikonservatif
Replikasi DNA dimulai pada suatu titik (daerah)
dan biasanya berjalan dua arah.
Sintesis DNA diproses dalam arah 53
 Replikasi DNA Secara
Semikonservatif
Setiap utas DNA berperan sebagai template
(cetakan) untuk sintesis utas baru,
menghasilkan dua molekul DNA baru.
Setiap DNA baru yang dihasilkan terdiri atas
satu utas baru dan satu utas lama.
Hipotesis ini diusulkan oleh Watson dan Crick.
Hipotesis ini dibuktikan oleh percobaan
Matthew Meselson dan Franklin Stahl.
 Pembuktian Hipotesis Replikasi
DNA Semikonservatif
Tahun 1957 Meselson dan Stahl melakukan suatu
percobaan.
Peneliti ini menumbuhkan sel E.coli selama
beberapa generasi dalam medium yang
mengandung sumber nitrogen (NH4Cl). N yang
digunakan merupakan isotop 15N disebut heavy
isotop (Nitrogen normal adalah 14N).
DNA yang diisolasi dari sel-sel ini memiliki
kerapatan (densitas) 1% lebih berat dibanding
DNA normal dengan 14N.
 Pembuktian Hipotesis Replikasi
DNA Semikonservatif
E.coli yang diketahui mengandung 1% DNA
dengan 15N ditumbuhkan pada media baru
yang mengandung hanya 14N.
DNA selanjutnya diisolasi dari sel-sel tersebut.
Diketahui ternyata DNA pada sel-sel E.coli
generasi pertama merupakan molekul DNA
heliks ganda yang terdiri atas dua utas
berbeda: satu utas baru dengan 14N dan satu
utas lama dengan 15N.
Keterangan:
Utas DNA berwarna
biru mengandung 15N.
Utas DNA berwarna
merah mengandung
14N.

Proses pemisahan
DNA 14N dan 15N
dilakukan
berdasarkan
perbedaan bobot
melalui sentrifugasi
pada larutan yang
mengandung gradien
CsCl.
 Replikasi DNA Berawal dari Titik
Replikasi dan Berjalan Dua Arah
Replikasi DNA diawali dari sebuah titik
(daerah) pada DNA dan berjalan dalam dua
arah.
 Arah Sintesis DNA 53

Utas DNA baru selalu disintesis dalam arah

53.
Contoh:
3-AGATCGTACGTAGTCAGGA-5 (Utas DNA lama)
5-TCTAG. 3 (Utas DNA baru)

5-TCTAGCATGCATCAGTCCT-3 (Utas DNA lama)

3 AGGGA-5 (Utas DNA baru)
 Arah Sintesis DNA 53

Arah sintesis DNA 53 menyebabkan dihasilkannya

utas baru DNA yang kontinyu (leading strand) dan
diskontinyu (lagging strand).
 Sintesis DNA Merupakan
Proses Akurat
Kesalahan (error) terjadi hanya satu untuk setiap
109-1010 nukleotida baru yang ditambahkan atau
untuk kromosom berukuran ~ 4,6 x 106 seperti pada
E.coli, kesalahan hanya terjadi setiap 1.000-10.000
replikasi.
Kesalahan penambahan nukleotida ini dapat diatasi
dengan spesifisitas enzim DNA polimerase I yang
hanya akan mengkatalis sintesis DNA, jika pasangan
basa nukleotidanya sesuai: A=T and G C
(menghasilkan struktur geometri yang sesuai dengan
sisi aktif enzim).
 KEBUTUHAN SINTESIS DNA

Untuk berlangsungnya replikasi (sintesis) DNA,

diperlukan banyak komponen, seperti utas DNA
cetakan, enzim-enzim, dan faktor pendukung lain.
Beberapa enzim yang berperan adalah:
1. Helikase : enzim yang bergerak sepanjang DNA cetakan
dan memisahkan utas ganda DNA menggunakan energi
yang berasal dari ATP.
2. Topoisomerase: enzim yang mengendurkan tekanan
topologi pada struktur DNA akibat pemisahan utas ganda
DNA menjadi tunggal oleh helikase.
 KEBUTUHAN SINTESIS DNA

Lanjutan beberapa enzim:

3. Primase: enzim yang mensintesis sekuen pendek RNA
(primer) untuk proses pengawalan sintesis DNA.
4. DNA Polimerase I: enzim yang berperan menghilangkan
primer dan menggantinya dengan DNA.
5. DNA Ligase: enzim yang mengkatalisis pembentukkan
ikatan fosfodiester antara nukleotida sebelumnya dan
nukleotida setelahnya, yang ditambahkan untuk
menggantikan sekuen RNA primer oleh DNA polimerase I.
 TAHAP SINTESIS DNA

Sintesis DNA terdiri atas tiga tahap: Inisasi, elongasi,

dan terminasi (baik pada sel prokariot atau eukariot).
TAHAP INISIASI
Heliks ganda DNA terbuka pada daerah titik awal replikasi
(ORI = origin of replication). Pada tahap ini kompleks
protein DnaA mengikat pada titik ORI. Hal ini mendorong
denaturasi DNA. Proses ini membutuhkan protein HU dan
ATP.
DNA helikase (Protein DnaB) selanjutnya berperan
mengurai heliks ganda DNA pada dua arah berbeda.
Protein SSB (single-stranded DNAbinding protein)
menempel pada utas DNA yang sudah tunggal untuk
mencegah penempelan kembali menjadi utas ganda DNA.
 TAHAP SINTESIS DNA

TAHAP ELONGASI
Proses elongasi diawali oleh sintesis primer RNA oleh
enzim primase pada kedua ujung utas DNA baru.
DNA polimerase III selanjutnya menambahkan
deoksiribonukleotida pada primer RNA.
Karena arah sintesis DNA 53, maka akan dihasilkan dua
utas DNA baru dengan dua kondisi berbeda. Utas satu
disintesis secara kontinyu (leading strand) dan utas lain
disintesis secara diskontinyu (lagging strand) yang
menghasilkan fragmen okazaki.
Setelah utas DNA baru sudah disintesis, primer RNA
dihilangkan oleh DNA polimerase I, celah yang terbentuk
diisi oleh DNA Ligase.
 TAHAP SINTESIS DNA

TAHAP TERMINASI
Tahap sintesis DNA diakhiri ketika garpu replikasi
(replication fork) bertemu dengan daerah
terminal, disebut sekuen Ter (terminus).
Sekuen Ter berperan sebagai daerah pengikatan
untuk protein Tus (terminus utilization substance).
Kompleks Tus-Ter menyebabkan garpu replikasi
berhenti.
BIOSINTESIS
RNA (TRANSKRIPSI)
 PENDAHULUAN
Biosintesis RNA merupakan perbanyakan RNA
yang dikatalisis enzim RNA polimerase
berdasarkan informasi genetik pada DNA
cetakan (template).
Proses biosintesis RNA dikenal juga dengan
proses transkripsi.
Terdapat tiga macam RNA utama yang
disintesis, yaitu mRNA (messenger RNA), tRNA
(transfer RNA), dan rRNA (ribosomal RNA).
 KOMPONEN SINTESIS RNA

Biosintesis RNA membutuhkan:

DNA cetakan (hanya satu utas dari dua utas DNA)
Enzim RNA polimerase
Prekursor RNA: Ribonukleosida 5-trifosfat (ATP,
GTP, UTP, dan CTP)
Mg2+, Zn2+
 ARAH SINTESIS RNA 53
Enzim RNA polimerase mengkatalisis
perpanjangan rantai RNA dengan penambahan
unit nukleotida pada ujung 3-hidroksil dengan
arah 53.
Contoh arah sintesis RNA 53
3-AGATCGTTACGTAGTCCA-5 (Utas DNA cetakan)
5-UCUAGC ------------------->3 (Utas RNA hasil sintesis)

5-TCTAGCAATGCATCAGGT-3 (Utas DNA non cetakan)

 TAHAP SINTESIS RNA

Sintesis RNA dimulai ketika enzim RNA polimerase

mengenali daerah tertentu pada DNA cetakan
yang disebut promoter.
Pilinan utas ganda DNA heliks akan memudar
(unwinding) sehingga terbentuklah gelembung
atau dikenal dengan trancription bubble pada
sekuen DNA.
Enzim RNA polimerase dan transcription bubble
bergerak dari kiri ke kanan untuk memfasilitasi
transkripsi (sintesis) RNA.
 TAHAP SINTESIS RNA

Tidak seperti pada sintesis DNA, pada sintesis

RNA, enzim yang mengkatalisis tidak
membutuhkan primer RNA untuk mengawali
proses transkripsi.
Prekursor RNA: Ribonukleosida 5-trifosfat yang
komplemen terhadap DNA cetakan ditambahkan
pada bagian ujung untuk mengawali pemanjangan
sintesis RNA. Begitu pula prekursor RNA lain,
secara bertahap akan ditambahkan menyusul.
Pada akhirnya terbentuk hibrid DNA-RNA.
 TAHAP SINTESIS RNA

Sintesis RNA berakhir ketika enzim RNA

polimerase menemui sinyal terminasi (sekuen
terminator) pada DNA cetakan.
Salah satu sinyal terminator umumnya
mengandung banyak residu A secara berulang
sehingga menyebabkan hibrid DNA-RNA tidak
stabil (mudah lepas) karena ikatan hidrogen
A = U relatif mudah putus.
ADA PERTANYAAN?
 TERIMA KASIH
Selamat Menempuh
UAS!