REPAIR (Perbaikan)

DNA

Utami Mulyaningrum
Biomolekular & Imunologi
Prodi Kedokteran
FK UII

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Tujuan Belajar

Menjelaskan penyebab kerusakan

1
DNA

2 Menjelaskan mekanisme perbaikan DNA

Menjelaskan akibat kegagalan perbaikan

3 DNA

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Kerusakan DNA

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Pendahuluan

DNA → MATERI GENETIK :

• Stabil
• dapat bereplikasi dengan akurat

TETAPI….

• merupakan salah satu molekul yang paling

rentan terhadap pajanan dari lingkungan →
rusak

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Kerusakan DNA

• Definisi: perubahan struktur dasar dan fungsi rantai DNA yang menyebabkan
ketidakstabilan genetik

• Jenis kerusakan DNA:

• Kerusakan endogen → Spontan
– Perubahan kimiawi: hidrolisis, ROS
– Kesalahan replikasi

• Kerusakan eksogen → terinduksi

– Disebabkan agen-agen lingkungan
• Kimiawi
• Radiasi: pengion, UV

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Damage from where?

FAKULTAS
KEDOKTERAN
 Endogen
Kesalahan replikasi
• Tautomerisasi: : proses
berpindahnya atom hidrogen
dari basa nitrogen yg satu ke
yang lain. Pi
• Berperan dalam pemasangan
basa molekul DNA dan RNA.

Pu

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Tautomeric Shifts Affect Base-Pairing

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Perubahan kimiawi:
Depurinasi
– Hidrolisis ikatan glikosil DNA
– Nukleotida kehilangan basa purin; apurinic → abasic site

Depurinasi spontan menghasilkan kehilangan 10,000 basa/sel/hari

FAKULTAS
KEDOKTERAN
 Perubahan kimiawi:
Deaminasi
Tersingkirnya gugus amino dari basa
Grup amino basa → tidak stabil: amino → amonia

Contoh reaksi deaminasi:

Konversi cytosine → uracil
adenine → hypoxanthine
guanine → xanthine
5-methyl cytosine → thymine.

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Deaminasi

• Deaminatsi cytosine →
uracil
– Krn U tidak ada pada
DNA, biasanya akan
dikoreksi oleh
mekanisme repair

• Deaminasi methylcytosine
→ thymine
– tidak terdeteksi oleh
mekanisme repair

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Eksogen:
Perubahan kimiawi terinduksi

Mutagen – agen di lingkungan yang mampu

mengubah sekuens DNA
• Analog basa
• Agen Alkilating : nitrosoguanidin, metil-
metansulfonat, etil-metansulfonat
• Deaminasi
• Reaksi oksidatif
• Agen Interkalasi: akridin, proflavin, etidium bromida

FAKULTAS
KEDOKTERAN
 Analog basa
– Struktur menyerupai nukleotida
normal
– Ketika terionisasi →
menimbulkan pemasangan basa
yg tidak konvensional

FAKULTAS
KEDOKTERAN
 Agen alkilasi

• Penambahan gugus alkil (misal metil) pada basa nitrogen - Incorrectly

base pair

FAKULTAS
KEDOKTERAN
 ROS & Agen Interkalasi

• Reaksi oksidatif
– ROS
– Menyebabkan transversi
• G mispairs with A
• Intercalating agents
– Menyisipkan dirinya ke dalam DNA
– molekul distorsi
– Sering menyebabkan frameshift
mutations

FAKULTAS
KEDOKTERAN
 Radiasi

• Radiasi pengion
– Energi tinggi memecah ikatan
fosfodiester
– Hasil: double-stranded breaks

• UV light
– Dimer Pyrimidine – biasanya thymine
dimers
– Menyebabkan ikatan kovalen TpT
• Tidak terjadi replikasi DNA → sel
mati, atau tidak terjadi transkripsi

FAKULTAS
KEDOKTERAN
 FAKULTAS
KEDOKTERAN
Mekanisme Perbaikan DNA

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Pengenalan kerusakan
DNA
Kerusakan DNA dikenali oleh sensor proteins → inisiasi
jalur sinyal tranduksi → aktivasi protein efektor

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Respon terhadap kerusakan
DNA

FAKULTAS
KEDOKTERAN
 Mekanisme perbaikan
• Kelainan/kerusakan DNA → suatu sinyal untuk
melakukan perbaikan DNA

• Dapat digolongkan menjadi:

▪ Perbaikan langsung (direct repair)
➢mengembalikan DNA ke struktur normal
tanpa merusak ‘tulang punggung’ DNA
▪ Perbaikan eksisi (excision repair)
➢menyingkirkan DNA yang rusak, diikuti
oleh sintesis DNA pengganti

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Perbaikan langsung
(direct repair)
a. Fotoreaktivasi
Memperbaiki dimer timin akibat radiasi UV
Dikatalisis oleh enzim fotoliase
Fotoliase terikat pada dimer timin → menggunakan
energi cahaya tampak untuk memecah ikatan
antar timin
b. Dealkilasi
Memperbaiki basa DNA yang mengalami alkilasi
(penambahan gugus alkil)
O6-alkilguanin diperbaiki oleh enzim
O6-alkilguanin-DNA-alkiltransferase

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Light-Dependent
Repair/Fotoreaktivasi:
Photolyase Cleaves Thymine
Dimers

FAKULTAS
KEDOKTERAN
 Perbaikan eksisi
• Perbaikan eksisi (excision repair)
• Ada 3 tipe:
– Base excision repair (BER) → memperbaiki lesi DNA yang
melibatkan hanya satu basa nukleotida
– Nucleotide excision repair (NER) → memperbaiki distorsi DNA
– Mismatch repair

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Jenis perbaikan eksisi

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Tahap Perbaikan eksisi

1. Insisi → endonuklease mengenali lesi DNA & memotong ikatan

fosfodiester
2. Eksisi → eksonuklease 5’-3’ menyingkirkan segmen DNA yang rusak →
terbentuk celah
3. Sintesis → DNA polimerase mengisi celah
4. Ligasi → DNA ligase menyambung DNA baru dan lama

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Base-excision repair

• Tempat kerusakan basa tersebut disebut dengan "abasic

site" atau "AP site".
• Tahap eksisi :
1.DNA glycosylase dapat mengenal tempat kerusakan (deaminasi
sitosin) dan membuang basanya (urasil)
2.AP endonuclease membuang AP site dan nukleotida sekitarnya
3.Kekosongan akan diisi dengan bantuan DNA polymerase I dan
DNA ligase.

FAKULTAS
KEDOKTERAN
 FAKULTAS
KEDOKTERAN
Nucleotide-excision repair

• Perbaikan nukleotida ( terbentuknya dimer

karena sinar UV)
• Tahap :
1. protein UvrA, UvrB, dan UvrC
membuang nukleotida
2. kekosongan akan diisi dengan bantuan
enzim DNA polymerase I dan DNA ligase

FAKULTAS
KEDOKTERAN
 FAKULTAS
KEDOKTERAN
Mismatch repair

• Memperbaiki kesalahan pascareplikasi

• Eksisi nukleotida yang salah pasangan
• Diawali dengan menentukan terlebih dahulu untai DNA yang
benar dan salah → metilasi

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Mismatch Repair in E. coli

• MutS mengenali mismatches dan menempel di sana untuk mengawali

proses perbaikan
• MutH and MutL bergabung dengan kompleks
• MutH memecah untai tak termetilasi dekat sekuens GATC
• Proses eksisi memerlukan MutS, MutL, MutU (DNA helicase II), dan
sebuah exonuclease.
• DNA polymerase III mengisi kekosongan pada untai, and DNA ligase
menyambung untai DNA.

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Mekanisme mismatch
repair: Enzim pengoreksi
mengenali untai tempat
basa yang rusak dengan
melihat ada/tidaknya
metilasi pada untai
tersebut (dekat sekuens
GATC). Jika untai tersebut
tak termetilasi berarti
merupakan untai tempat
basa yang keliru, lalu
dilanjutkan proses eksisi
dan penyisipan DNA

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Sistem repair DNA

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Kegagalan perbaikan DNA

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Mengapa perlu DNA repair?

FAKULTAS
KEDOKTERAN
What could happen when things
go wrong?

FAKULTAS
KEDOKTERAN
 MUTASI GEN
A mutation is a change in the normal base pair sequence that has been
proven to associate with a disease state

Commonly used to define DNA sequence

changes that alter protein function

FAKULTAS
KEDOKTERAN
• MUTASI : menyebabkan perubahan ekspresi /fungsi
protein

FAKULTAS
KEDOKTERAN
 The genetic code

Sebuah codon terbentuk dari 3 pasangan basa

64 codons total

1 codon (AUG) encodes 60 codons encode 20

3 codons stop
methionine and starts translation amino acids
protein translation
of all proteins (redundant code)

U A A
A U G G C A

Met Ala

ASCO

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Mutasi DNA: overview

• 2 mekanisme dasar :
❖ kesalahan pada proses replikasi DNA
❖ kegagalan dalam mereparasi DNA yang rusak
Macam : spontan >< terinduksi
germinal >< somatik
mutasi gen >< mutasi kromosom
• Berperan dalam proses evolusi makhluk hidup

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Penyebab mutasi

• Spontan : terjadi kesalahan pada waktu replikasi DNA

(mekanisme proofreading DNA polymerase tidak
berfungsi)
→ terjadi mismatches
• Terinduksi : oleh mutagen

FAKULTAS
KEDOKTERAN 42
MUTASI GEN

• Mutasi titik/Point mutation : mutasi yang

terjadi pada sebuah atau sepasang basa
DNA:
1. substitusi 1 basa → mutasi substitusi basa
(transisi, transversi)
2. delesi dan insersi pasangan basa → mutasi
rangka baca (Frameshift mutation) →
merubah “pembacaan” dari mRNA
.

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Point Mutations

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Akibat mutasi substitusi basa

• Silent mutation: perubahan atau mutasi basa yang tidak menyebabkan

substitusi asam amino atau tidak memberikan pengaruh fenotipik
• Missense mutation : mutasi yang menyebabkan perubahan kodon
spesifik suatu asam amino ke asam amino yang lain
• Nonsense mutation : mutasi yang menyebabkan perubahan kodon
spesifik suatu asam amino ke kodon terminasi

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Point Mutations

• Silent mutation = no change to protein

AUGCGUGUAUACGCAUGCGAGUGA

MetArgValTyrAlaCysGluStop
The code
Does this has
change
the protein?
repeats in it!
Why not?
AUGCGUGUAUACGCUUGCGAGUGA

MetArgValTyrAlaCysGluStop

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Point Mutations

• Missense mutation = changes amino acid

AUGCGUGUAUACGCAUGCGAGUGA

MetArgValTyrAlaCysGluStop
Does
this change
the protein?
DEPENDS…
AUGCGUGUAUACGUAUGCGAGUGA

MetArgValTyrValCysGluStop

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Sickle cell anemia

• Hemoglobin protein in red blood cells

– strikes 1 out of 400 African Americans
– limits activity, painful & may die young

Normal Misshapen
round cells sickle cells

Only 1 out of
146 amino acids

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Point Mutations

• Nonsense mutation = change to STOP

AUGCGUGUAUACGCAUGCGAGUGA

MetArgValTyrAlaCysGluStop
Really destroyed
that protein!

AUGCGUGUAUAAGCAUGCGAGUGA

MetArgValStop

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Frameshift Mutations

• Penambahan atau pengurangan > 1 basa

THEFATCATANDTHEREDRATRAN
Does this change
the sentence?
A LOT!
Delete
Add one!
one!
THEFATCANTANDTHEREDRATRAN
OR
THEFATCAANDTHEREDRATRAN

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Gene Mutation Animation

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Mutasi Kromosom

• 5 tipe • Melibatkan:
• Delesi – Perubahan struktur
• Inversi kromosom
• Translokasi – Kehilangan atau
• Nondisjunction penambahan bagian dari
• Duplikasi sebuah kromosom

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Macam mutasi kromosom

FAKULTAS
KEDOKTERAN
Chromosome Mutation
Animation

FAKULTAS
KEDOKTERAN
 FAKULTAS
KEDOKTERAN
• Mutasi yang terjadi pada sel tubuh bisa
menyebabkan kelainan seperti kanker,
penuaan, atau kelainan genetik

Breast cancer cell BRCA1 gene

FAKULTAS
KEDOKTERAN
 FAKULTAS
KEDOKTERAN
 FAKULTAS
KEDOKTERAN