BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER TEORI

MEKANISME PERBAIKAN DNA

Disusun oleh :
Handina Alya Washfanisa
140410190108

PROGRAM STUDI BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS PADJAJARAN
 Mekanisme Perbaikan DNA
Kelangsungan hidup jangka panjang dari spesies menuntut kestabilan genetik.
Menjaga ke stabilan genetik tidak hanya membutuhkan mekanisme yang sangat akurat
untuk mereplikasi DNA tetapi juga membutuhkan mekanisme untuk memperbaiki DNA.
Sebagian besar perubahan spontan DNA bersifat sementara karena akan segera dikoreksi
dengan proses perbaikan DNA sel gagal dan memungkinkan perubahan permanen dalam
DNA. (Albert, 2003)

Selama perjalanan hidupnya seluruh hidupnya, DNA menghadapi berbagai macam

kerusakan: nuclease-nuklease endogen; patahan mungkin terjadi selama pengemasan
kedalam kepala fage atau selama segregasi mitosis; bahan kimia sel endogen dan panas,
atau sinar uv dan bahkan sinar biasa dari matahari mungkin merobaknya; dan bahan kimia
lingkungan yang berbahaya mungkin berinteraksi dengannya. Oleh sebab itu bahkan tanpa
tekanan tambahan mutagenesis yang disengaja, keutuhan dan ketahanan hidup genom
tergantung sekali pada adanya mekanisme perbaikan DNA. (Goodenough, 1998)

Mekanisme perbaikan DNA yaitu mekanisme seluler dalam perbaikan bagian DNA
yang rusak dan bertujuan untuk meminimalisir proses instabilitas genetic seperti mutasi,
kesalahan replikasi, dan kerusakan DNA :

1. Damage Reversal
 Photoreactivation

Garis utama perbaikan dimer-dimer pirimidin dikenal sebagai fotoreaktivasi,

memerlukan enzim fotoreaktivasi yang telahditemukan pada bakteri dan
eukariota. Enzim-enzim ini mengubah dimer timin (TT) menjadi monomer timin
(TT) dan oleh sebab itu mengemliminasi luka dari benang induk. Enzim-enzim itu
disebut demikian karena meskipun enzim-enzim itu dapat berasosiasi
denganrpimer ditempat gelap, enzim-enzim itu harus menyerap foton cahaya
yang terlihat sebelum dapat menimbulkan monomerasi. (Goodenough, 1998)
 http://eprints.poltekkesjogja.ac.id/

2. Excision Repair
a. Base Excision Repair
- Terjadi pemisahan total dalam eksisi sel prokariot dan eukariot untuk membuang
sejumlah nukleotida yang disebabkan distorsi double helix.
- Enzim glikosilase mengawali repair dengan mengenal adanya perubahan dan
membuang basa degan memisahkan ikatan glikosidik antara basa dan gula
- Perubahan basa purin/pirimidin dibuang oleh endonuklease, dan celah yang
diperbesar oleh fosfodiesterase, kemudian diisi dengan DNA polimerase. Strand
ditutup/diletakan dengan DNA ligase (Kirkpatrick, 1997 dalam Yani, 2001)

https://present5.com/dna-damage-signaling-dna-damage-sensors-dna/
b. Nucleotide Excision Repair
- Mekanisme repair berupa pemotongan bagian strand DNA yang mengandung
“bulky lesion” pada nukleotida atau pirimidin dimer.
- Proses dimulai oleh enzim endonuclease, dengan membuat insisi pada backbone
strand di 2 sisi lesi.
 - Oglinukleotida yang rusak ditahan dalam dupleks dengan ikatan hydrogen pada
basa dari strand lainnya. Selama replikasi DNA dipisahkan oleh DNA helikase.
- Setelah dipotong dan dibuang maka celah diisi oleh DNA polimerase.
Dan strand yang direpair diletakan dengan DNA ligase. (Kirkpatrick, 1997)
c. Mismatch Repair
- Pasangan basa mismatch menyebabkan distorsi dalam bentuk double helix yang
timbul karena adanya kesalahan replikasi. Pada E. coli basa mistach di repair oleh
enzim:
 Mut S : mengenali lesi dan mengawali penyusunan kompleks repair
 Mut L : memotong pada sekuen GATC pada rantai unmethylated
 Mut H : memindahkan bagian DNA yang mengandung GATC
site/mismatch. Kemudian celah pada rantai tunggal diisi DNA polymerase
III. (Kirkpatrick, 1997)

http://andyew.staff.umy.ac.id/2011/10/12/gene-mutation-dna-repair-dan-
transposition-bu-sis-iv/
3. Double-Strand Break Repair
Beberapa kerusakan DNA, seperti yang disebabkan oleh radiasi pengion, yang
mampu memecah kedua untai heliks ganda. Ketika itu terjadi, sel menggunakan
salah satu dari dua mekanisme untuk memperbaiki ujung pecah: ini hanya dapat
membawa ujung kembali bersama-sama (suatu proses yang disebut non-
homolog akhir gabung), ata dapat menggunakan mekanisme yang bergantung
pada urutan nukleotida dari sepotong homolog DNA, seperti kromatid atau
 kromosom homolog. Metode yang disebut homology directed recombination.
(Tamarin, 2017)
Pada akhirnya non-homolog bergabung, protein yang disebut Ku,
heterodimer dari Ku70 dan Ku80, mengikat rusak ujung kromosom. Kemudian
merekrut protein kinase (PKCS); interaksi mereka dan interaksi dengan protein
lain ditsabilkan oleh protein perancah disebut XRCC4 (untuk X-ray lintas
komplementasi kelompok 4). Kompleks mengarah pengutan dari ujung yang
rusak oleh DNA ligase IV. Tidak informasi urutan tertentu digunakan, dan jika
lebih dari dua ujung yang rusak hadir, lampiran yang tidak benar dapat
berlangsung (misalnya, translokasi). Metode kedua homology directed
recombination melibatkan kedua sepotong DNA homolog dengan bagian yang
rusak. (Tamarin, 2017)

https://www.the-scientist.com/lab-tools/jacking-up-gene-knock-ins-65504

4. Postreplicative Repair

Selain menggunakan polymerase perbaikan, sel dapat menggunakan mekanisme

perbaikan kedua untuk mereplikasi DNA yang rusak ketika polymerase meninggalkan
celah. Garpu replikasi menciptakan dua pasangan DNA. Dengan demikian, salinan rusak
daerah dengan lesi ada pada dupleks anak lainnya. Sekelompok enzim, satu-spesifikasi
dengan lokus recA memiliki kepentingan pusat, perbaikan kesenjangan. Sejak perbaikan
berlangsung di celah yang dibuat oleh kegagalan replikasi DNA, proses ini disebut
perbaikan postreplicative. Lokus recA awalnya ditemukandan diamai dalam proses
rekombinasi. Bahkan, perbaikan postreplicative kadang-kadang disebut perbaikan
rekombinasi, dan banyak enzim degan rekombinasi (Tamarin, 2017)

 Protein RecA

Protein RecA memiliki dua sifat. Pertama, lapisan single-strand DNA

menyebabkan single-strand DNA untuk menyerang double-strand DNA. Single-Strand
DNA mencoba untuk membentuk pasangan basa komplementer dengan untai
antiparallel dari double-strand DNA, sementra menggusur untai lain dari mekanisme
heliks. RecA terus bergerak single-strand DNA sepanjang DNA untai ganda sampai
daerah homologi ditemukan. Sifat kedua dari protein REcA adalah jika dirangsang
oleh adanya single-strand DNA< hal itu menyebabkan penekanan autocatalysis lain,
disebut Lexa, dan dengan demikian memulai beberapa urutan reaksi (Tamarin, 2017)

https://journals.plos.org/plosgenetics/article/figure?id=10.1371/journal.pge
n.1005066.g008
 SOS Response

Perbaikan postreplicative merupakan bagiandari reaksi sel disebut SOS

response. Sel E. coli terkena jumlah yang berlebihan dari sinar UV, mutagen lainnya,
atau agen yang merusak DNA (seperti alkilasi atau silang gen), atau ketika DNA
replikasi dihambat, kesenjangan diciptakan di DNA> keberadaan single-strand DNA
ini, protein RecA berinteraksi dengan protein Lexa, produk dari gen Lexa. Protein
Lexa biasanya merepresi sekitar delapan belas gen, termasuk dirinya sendiri. Gen
lain yaitu recA, uvrA, uvrB, dan uvrD; dua gen yang menghambat pembelahan sel,
SulA dan SulB. Setiap gen ini memiliki urutan consensus di promoter yang disebut
kotak SOS: 5-CTGX10CAG-3 (dimana X10mengacu pada setiap sepuluh basa). Suatu
protein Lexa biasanya mengikat pada kotak SOS, membatasi transkripsi gen tersebut.
Ketika single-strand DNA mengaktifkan RecA, RecA berinteraksi dengan protein Lexa
untuk memicu sifat autokatalitik dari Lexa. Transkripsi kemudian mengikuti dari
semua gen memiliki kotak SOS. Dua inhibitor pembelahan sel, produk-produk dari
SulA dan SulBgen, mungkin meningkatkan jumlah waktu sel untuk memperbaki
kerusakan sebelum babak selanjutnya dari replikasi DNA. (Tamarin,2017).

Protein RecA adalah protease dan salah satu sasarananya adalah Lexa. Sekali
sintesis Protein RecA mulai, taraf Lexa menurun dengan cepat dan gen-gen yang
khas SOS dibolehkan mengekspresi bebas. Gen-gen ini memerintahkan sederetan
enzim yang meimbulkan perbaikan DNA bercenderungan salah yang tidak tercetak
iu, menjadi ciri tanggapan SOS. Dalamwaktu 4 jam setelah isyarat kerusakan
dibuang, taraf protein RecA menurun, taraf Lexa meningkat dan fundsi SOS kembali
pada keadaan tertahan. (Goodenough, 1998)

http://genesdev.cshlp.org/content/15/4/415/F9.expansion.html
 KESIMPULAN

Mekanisme perbaikan DNA diantara lain :

1. Fotoreaktivasi adalah perbaikan dengan cahaya
2. Eksisi adalah pemotongan kerusakan DNA
3. Pecahnya double helix yang terjadi karena adanya radiasi pengion, dan
mekanisme perbaikannya untuk memperbaiki ujung yang pecah dengan
membawa ujung DNA kembali bergabung.
4. Perbaikan post replikasi adalah perbaikan untuk kerusakan yang lebih arah
dari fotoreaktivasi dan eksisi.
5. Perbaikan SOS yaitu jalan pintas perbaikan DNA yang memungkinkan
replikasi tetap berlanngsung meskipun melintasi dimer.
 DAFTAR PUSTAKA

Bibliography
Albert. (2003, may 29). molecular biology of the Cell. file:///HI/albert/paginas/dna_repair.htm (2-17)

Goodenough, U. (1998). Genetika Edisi Ketiga Jilid 1. Erlangga, Jakarta.

Kirkpatrick. (1997). Repair of DNA loops involves DNA. Nature, 929-30.

Tamarin. (2017). Biosci cell micro. Diakses dari

http://www.mhhe.com/biosci/cellmicro/tamarin7/information/tam7ch12.pdf. Diakses pada
tanggal 6 Februari 2017