Biologi Molekuler

DNA REPAIR
 Suatu mekanisme perbaikan DNA yang mengalami
kerusakan/kesalahan yang diakibatkan oleh proses
Definisi metabolisme yang tidak normal, radiasi sinar UV, radiasi
ion, radiasi dengan bahan kimia, atau karena adanya
kesalahan dalam replikasi DNA

1. NER (Nucleotide excision repair) 

Mekanisme 2. BER (Base excision repair)
3. Mismatch Repair
NER
• NER dicirikan dengan adanya eksisi basa yang rusak dalam fragmen DNA
• NER bekerja dalam sektrum yang luas dari kerusakan basa
• Pada manusia mekanisme NER bekerja pada kerusakan basa yang disebabkan oleh radiasi UV
• Perbaikan nukleotida (terbentuknya dimer karena sinar UV)
• Pada E.coli, protein UVrA, UVrB, dan UVrC berperan dalam membuang nukleotida (dimer akibat
UV light)
• Kekosongan (gap) akan diisi dengan bantuan enzim DNA polymerase I dan DNA ligase
 Tahapan
perbaikan
NER
 Tahapan
perbaikan NER
pada E.coli

• Protein UVrA, UVrB dan UVrC

membuang nukleotida
• Protein UVrD adaah enzim
helicase, yang membuka DNA
dan memotong segmen DNA
yang rusak
• Kekosongan akan diisi dengan
bantuan enzim DNA
polymerase I dan DNA ligase
BER
• Basa-basa DNA dapat dirusak akibat deamination atau alkylation
• Tempat kerusakan basa tersebut disebut dengan "abasic site" atau "AP site“
• Pada E.coli, enzim DNA glycosylase dapat mengenal AP site dan membuang basanya
• Enzim AP endonuclease membuang AP site dan nucleotida sekitarnya
• Kekosongan (gap) akan diisi dengan bantuan DNA polymerase I dan DNA ligase. 
 Tahapan
perbaikan
BER
C

Deaminasi C → U, dengan
kecepatan 100-500/sel/hari
Enzim yang berperan :
∙ Urasil DNA Glikosilase
Mengenali pasangan basa yang tidak diinginkan dan situs AP (abasic
site) dalam DNA
∙ AP-endonuclease
Untuk membuat nick di AP-site atau bagian DNA yang rusak
∙ DNA polimerase-I
Peran fungsional dalam perbaikan eksisi/pemotongan dengan dua
aktivitas
- Pertama, memotong situs-AP melalui aktivitas eksonuklease 3'-5'
- Kedua, mensintesis pasangan basa DNA baru melalui aktivitas
DNA polimerisasi 5'-3' untuk mengisi celah yang dibuat oleh
AP-endonuklease.
∙ DNA ligase
Menutup celah dan bergabung dengan fragmen
DNA
DNA Mismatch Repair
• MR pada DNA terjadi karena beberapa faktor,
terutama karena terjadi kesalahan dalam proses
replikasi
• Kekeliruan pasangan basa (mismatch base pair) dapat
terjadi karena adanya deaminasi
5-metilsitosin yang berakibat terjadinya perubahan
G-5MC menjadi G-T
 Tahapan
▪ Protein MutS akan mengenali bagian yang salah
perbaikan berpasangan pada untai anak
▪ Kemudian MutH akan berikatan pada bagian GATC
MR yang belum termetilasi, tapi MutH belum aktif sebelum
bertemu dengan MutL
▪ MutL akan berikatan dengan MutS yang telah terlebih
dahulu berikatan dengan DNA, kemudian mengaktifkan
MutH
▪ MutH akan memotong untai anak di dekat bagian yang
ter-metilasi.
▪ Enzim exonuklease yang akan membuang bagian DNA
yang rusak.
▪ Enzim DNA polimerase III dan enzim ligase.
Komponen yang Terlibat dalam Proses DNA Repair
Repair system Enzim/protein Repair Enzim/protein
system
  DNA glycosylase Dam metilase
AP Endonuklease MutS,MutL,MutH
Base excision
DNA polymerase I Mismatch Exonuclease
Repair (BER)
DNA Ligase Repair DNA Helicase II
Nucleotida UVrA, UVrB, UVrC SSB Protein
exicion Repair DNA Polymerase I DNA polimerase III
(NER) DNA ligase DNA Ligase
Terima kasih
Tugas !!!!!
1. Tuliskan kerusakan DNA seperti apa yang diperbaiki menggunakan
mismatch repair?
2. Bagaimana mismatch repair dapat mengenali kesalahan dalam DNA?