Metode Biologi Molekuler 78b9c745

METODE BIOLOGI MOLEKULER
Tim Penulis:
Miftahul Jannah, Nila Kartika Sari, Miftahul Mushlih, Muhammad Rifqi Hariri,
Priyambodo, Rina Hidayati Pratiwi, Dwi Sendi Priyono, Yana Rubiyana,
Pratiwi Prananingrum, Dwi Anggorowati Rahayu, Sapto Andriyono, Mo Awwanah.
Desain Cover:
Dwi Sendi Priyono
Tata Letak:
Aji Abdullatif R
Proofreader:
N. Rismawati
ISBN:
978-623-6457-01-6
Cetakan Pertama:
Agustus, 2021
Hak Cipta 2021, Pada Penulis
Hak Cipta Dilindungi Oleh Undang-Undang

Copyright © 2021
by Penerbit Widina Bhakti Persada Bandung
All Right Reserved
Dilarang keras menerjemahkan, memfotokopi, atau memperbanyak sebagian atau

seluruh isi buku ini tanpa izin tertulis dari Penerbit.
PENERBIT:
WIDINA BHAKTI PERSADA BANDUNG
(Grup CV. Widina Media Utama)
Komplek Puri Melia Asri Blok C3 No. 17 Desa Bojong Emas
Kec. Solokan Jeruk Kabupaten Bandung, Provinsi Jawa Barat
Anggota IKAPI No. 360/JBA/2020

Website: www.penerbitwidina.com
Instagram: @penerbitwidina
KATA PENGANTAR
Alhamdulillahirobbil’alamin dengan terselesaikannya penulisan dan

penyusunan buku Metode Biologi Molekuler ini semoga dapat mendukung
khasanah keilmuan dibidangnya. Perkembangan dan pemanfaatan biologi
molekuler saat ini sangat pesat. Kajian biologi molekuler berperan penting
dalam menjawab pertanyaan di berbagai bidang ilmu seperti pangan
(pertanian dan perikanan), kesehatan (farmasi dan kedokteran), forensik,
energi, lingkungan dan lain-lain termasuk dalam pengelolaan
keanekaragaman hayati di Indonesia. Buku ini membahas beberapa
metode dan aplikasinya di beberapa bidang melalui pendekatan
pengembangan biologi molekuler. Buku ini terdiri dari 12 bab yang
menjelaskan sejarah, pemanfaatan dan berbagai metode Biologi
Molekuler terkini. Dua bab pertama mendeskripsikan tentang
perkembangan Biologi Molekuler dan pemanfaatannya. Bab selanjutnya
menjelaskan tentang berbagai metode terkini dalam bidang Biologi
Molekuler, di antaranya: RAPD, RFLP, microsatellite, SNP, multipleks PCR,
sekuensing, Reverse Transcription, real time-PCR, DNA barcode, e-DNA,
dan CRISPR-Cas9. Setiap Bab dalam buku ini ditulis oleh para peneliti yang
menguasai teknik tersebut dengan baik, sehingga dapat memberi
gambaran yang komprehensif dan mendalam.
Indonesia merupakan salah satu negara yang memiliki
Megabiodiversitas hayati di dunia, dengan demikian penelitian mengenai
observasi dan inventarisasi keanekaragaman hayati sangatlah penting
dalam konservasi dan pengelolaan sumber daya alam. Marka molekuler
merupakan salah satu metode yang efektif dalam penelitian
keanekaragaman genetik. Mikrosatelit atau simple sequence repeat (SSR),
PCR-RAPD, PCR-RFLP adalah marka molekuler yang banyak diaplikasikan
dalam identifikasi keanekaragaman genetik. Selain itu, teknologi DNA
Barcoding memberikan alternatif cepat dan tepat dalam identifikasi
makhluk hidup lokal dan Endemik Indonesia yang sudah maupun belum
terdeskripsikan. Penelitian biodiversitas dalam skala besar dapat dilakukan
iii
dengan aplikasi DNA lingkungan (eDNA). eDNA merupakan metode baru
dalam penelitian keanekaragaman hayati. Sampel DNA dapat diambil dari
lingkungan (air, tanah, dan udara) tanpa memerlukan tanda yang jelas dari
sumber biologis. Kajian metabarcoding untuk menduga DNA yang tersebar
di lingkungan (air, tanah dan udara) memberikan harapan kajian
biodiversitas yang semakin efisien dan biaya yang relatif lebih rendah
dibandingkan dengan survei tradisional. Aplikasi DNA lingkungan (eDNA)
menggabungkan para ilmuwan ekologis, dan bioinformatik untuk
bersama-sama terus mengembangkan metode yang lebih efektif dalam
pengelolaan sumberdaya alam.
Penemuan PCR dan sekuensing berperan besar dalam perkembangan
riset genetika dan biologi molekuler. Saat ini teknik PCR dan sekuensing
telah berkembang pesat. Metode multipleks PCR memungkinkan
amplifikasi beberapa sekuens menggunakan beberapa pasang primer
dalam satu reaksi. Teknik multipleks PCR dapat menghemat waktu dan
reagen. Aplikasi multipleks PCR dapat kita lihat secara nyata dalam
diagnosis pasien Covid-19. Selain itu, revolusi metode deteksi urutan
sekuen nukleotida melalui sekuensing memungkinkan deteksi mutasi virus
Covid-19 yang sangat cepat. Awalnya sekuensing berkembang dari metode
sanger dan maxam-gilbert, teknik ini telah berkembang menjadi next
generation sequencing. Prinsip dan aplikasi teknologi sekuensing ini dapat
dibaca dengan lebih jelas di buku ini.
Penemuan enzim reverse transkriptase oleh Termine dan Baltimore
pada tahun 1970 merupakan cikal bakal berkembangnya reverse
transcription secara in vitro. Teknik Reverse Transcription memanfaatkan
enzim transkriptase untuk transkripsi balik RNA menjadi DNA. Aplikasi
teknik reverse transcription dan real time-PCR dikenal luas di tengah
mewabahnya virus SARS-CoV-2 saat ini. Namun demikian, aplikasi reverse
transcription dan real time-PCR tidak terbatas pada analisis diagnosis
Covid-19 saja, prinsip dan aplikasi reverse transcription dan real time-PCR
dalam berbagai bidang dapat dibaca dalam buku ini.
Bab terakhir dari buku ini akan membahas secara detail tentang
prinsip dan aplikasi CRISPR-Cas9, mulai dari sejarah penemuan dan
klasifikasi sistem CRISPR, prinsip kerja CRISPR-Cas9 baik sebagai
mekanisme imunitas adaptif pada organisme prokariotik maupun sebagai
iv
alat dalam metode genome editing, serta aplikasi CRISPR-Cas9 khususnya
pada pengeditan genom tumbuhan. Untuk memahami lebih detail tentang
CRISPR-Cas9, pembaca dapat mempelajarinya pada bab terakhir dari buku
ini.
Buku ini tidak akan hadir tanpa kontribusi dan komitmen berbagai
pihak. Kami berterima kasih pada para reviewers karena telah
memberikan kritik dan saran yang sangat berharga. Kami berterimakasih
pada tim penerbit yang tidak lelah untuk mengkoordinasi dan menampung
aspirasi kami. Terimakasih secara khusus pada guru-guru kami, mahasiswa
kami, kolega kami, keluarga, dan orangtua kami yang selalu memberikan
dukungan agar kami senantiasa berkontribusi positif bagi perkembangan
pendidikan dan sains di Indonesia.
Kami berharap bahwa kita semua dapat menikmati membaca buku ini!
Penulis
v
DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR ············································································· iii

DAFTAR ISI ························································································ vi
BAB 1 PENGENALAN DAN PERKEMBANGAN BIOLOGI MOLEKULER ·······1
A. Pengenalan dan sejarah biologi molekuler ·································· 1
B. Prinsip kerja biologi molekuler ····················································· 3
C. Aplikasi biologi molekuler ·························································· 13
D. Rangkuman materi ····································································· 14
BAB 2 PEMANFAATAN BIOLOGI MOLEKULER ····································· 19
A. Pendahuluan ··············································································· 19
B. Pemanfaatan biologi molekuler dalam bidang kesehatan ······· 21
C. Pemanfaatan biologi molekuler dalam bidang pertanian ········· 24
D. Pemanfaatan biologi molekuler dalam bidang peternakan ······ 30
E. Pemanfaatan biologi molekuler dalam bidang perairan ··········· 33
F. Pemanfaatan biologi molekuler dalam bidang ekologi ············· 36
G. Rangkuman materi ····································································· 38
BAB 3 PRINSIP DAN APLIKASI PCR-RAPD DAN PCR-RFLP ····················· 43
A. Pengantar ·················································································· 43
B. Prinsip metode PCR-RAPD dan PCR-RFLP ··································· 45
C. Kelebihan PCR-RAPD dan PCR-RFLP ·········································· 50
D. Kekurangan PCR-RAPD dan PCR-RFLP ········································ 51
E. Pengembangan penggunaan PCR-RAPD dan PCR-RFLP ············· 52
F. Aplikasi PCR RAPD dan PCR-RFLP ··············································· 54
G. Rangkuman materi ····································································· 57
BAB 4 PRINSIP DAN APLIKASI METODE MICROSATELLITE ··················· 65
A. Pendahuluan ············································································· 65
B. Pengenalan metode microsatellite ············································· 66
C. Prinsip metode microsatellite····················································· 67
D. Aplikasi metode microsatellite ··················································· 70
E. Rangkuman materi ····································································· 74
BAB 5 PRINSIP DAN APLIKASI METODE SNP ······································· 79
A. Pendahuluan ············································································· 79
B. Definisi single nucleotide polymorphisms (SNP) ························· 80
vi
C. Urgensi studi SNP pada bidang biologi ······································· 81
D. Metode analisis SNP ··································································· 82
E. Studi kasus SNP pada manusia ··················································· 84
F. Studi kasus SNP pada hewan ······················································ 85
G. Studi kasus SNP pada tumbuhan ················································ 86
H. Rangkuman materi ····································································· 87
BAB 6 PRINSIP DAN APLIKASI METODE MULTIPLEKS PCR ··················· 93
A. Pengertian metode multipleks PCR ············································ 93
B. Prinsip metode multipleks PCR ·················································· 95
C. Aplikasi metode multipleks PCR ················································· 99
D. Keunggulan dari metode multipleks PCR ································· 105
E. Rangkuman materi ··································································· 107
BAB 7 PRINSIP DAN APLIKASI METODE DNA SEQUENCING ··············· 111
A. Pendahuluan ············································································· 111
B. Prinsip dan metode-metode sekuensing DNA ························· 113
C. Penerapan sekuensing DNA ····················································· 130
D. Rangkuman materi ··································································· 132
BAB 8 PRINSIP DAN APLIKASI REVERSE TRANSCRIPTION ·················· 137
A. Pengenalan metode reverse transcription ······························ 137
B. Prinsip dasar reverse transcription ··········································· 138
C. Aplikasi reverse transcription ··················································· 147
BAB 9 PRINSIP DAN APLIKASI METODE REAL TIME POLYMERASE
CHAIN REACTION (RT-PCR) ························································ 157
A. Pengenalan metode·································································· 157
B. Prinsip kerja metode ································································ 160
C. Aplikasi metode ········································································ 171
BAB 10 PRINSIP DAN APLIKASI DNA BARCODE ································· 179
A. Pendahuluan ············································································ 179
B. Pengertian teknologi DNA barcoding dalam sistematika
Molekuler ················································································· 180
C. Prinsip kerja DNA barcoding ····················································· 184
D. Metode analisis DNA barcoding ··············································· 186
E. Studi kasus terkini DNA barcoding pada hewan ······················ 188
vii
F. Rangkuman materi ··································································· 194
BAB 11 PRINSIP DAN APLIKASI eDNA ··············································· 201
A. Pengenalan metode·································································· 201
B. Sejarah singkat aplikasi eDNA dalam kegiatan konservasi ······· 202
C. Memahami ekologi DNA lingkungan ······································· 203
D. Kondisi eDNA ··········································································· 205
E. Dinamika perubahan eDNA secara fisik dalam lingkungan ······ 206
F. Faktor yang berperan terhadap keberadaan eDNA ················· 207
G. Tahap pengujian : metode dan prinsip kerja identifikasi
berbasis molekuler melalui DNA lingkungan···························· 208
H. Aplikasi DNA lingkungan dalam pendugaan biodiversitas ikan 211
I. Rangkuman materi ··································································· 214
BAB 12 PRINSIP DAN APLIKASI CRISPR-Cas9····································· 221
A. Pengenalan CRISPR-Cas9 ·························································· 221
B. Prinsip kerja CRISPR-Cas9 ························································· 227
C. Aplikasi CRISPR-Cas9 pada pengeditan genom tumbuhan ······ 236
GLOSARIUM ··················································································· 275
PROFIL PENULIS ·············································································· 285
viii
PENGENALAN DAN PERKEMBANGAN
BIOLOGI MOLEKULER
Miftahul Jannah, S.Si., M.Sc

Prodi Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi,
Universitas Islam As-Syafiiyah
A. PENGENALAN DAN SEJARAH BIOLOGI MOLEKULER

Sejarah biologi molekuler dimulai pada tahun 1930-an dengan
pertemuan berbagai disiplin ilmu biologi dan fisika beserta cabang ilmu
lainnya seperti biokimia, genetika, mikrobiologi, virologi dan fisika. Biologi
molekuler berperan dalam memahami kehidupan pada tingkat yang paling
mendasar.
Biologi molekuler adalah cabang ilmu biologi yang mempelajari dasar
molekuler dari aktivitas biologi di dalam dan di antara sel, termasuk
sintesis, modifikasi, mekanisme dan interaksi molekuler (Albert et al., 2014;
Gannon, 2002). Dogma utama biologi molekuler menjelaskan proses di
mana DNA ditranskripsikan menjadi RNA, kemudian diterjemahkan
(translasi) menjadi protein (Michael, 2015).
Biologi molekuler mencoba menjelaskan fenomena kehidupan yang
dimulai dari sifat makromolekul yang menghasilkannya. Dua kategori
makromolekul khususnya yang menjadi fokus ahli biologi molekuler yaitu:
DAFTAR PUSTAKA
Albert B, Johnson A, Lewis J, Raff M, Roberts K, and Walter P. (2008).

Molecular Biology of the Cell. Garland Science, taylor & Francis
Group. New York. p : 233-239.
Alberts B, Johnson A, Lewis J, Morgan D, Raff M, Roberts K, Walter P
(2014). Molecular Biology of the Cell, Sixth Edition. Garland Science.
pp. 1–10. ISBN 978-1-317-56375-4.
Avery, Oswald T.; Colin M. MacLeod; Maclyn McCarty (1944). "Studies on
the Chemical Nature of the Substance Inducing Transformation of
Pneumococcal Types: Induction of Transformation by a
Desoxyribonucleic Acid Fraction Isolated from Pneumococcus Type
III". Journal of Experimental Medicine. 79 (2): 137–
158. doi:10.1084/jem.79.2.137. PMC 2135445. PMID 19871359
Ausubel, F. M., Roger B., Robert E. K., David D. M., J.G. Seidman, John A.
S., & Kevin S. (2003). Current Protocols in Molecular Biology. USA:
John Wiley & Sons, Inc.
Brown, T.A. (2010). Gene cloning and DNA analysis: An introduction.
Blackwell Publishing, Ltd. West Sussex.
Campbell, N.A., J.B. Reece, and L.G. Mitchell. (1999). Biologi. Edisi Kelima.
Penerbit Erlangga. Jakarta. pp : 221-231.
Campbell, M. K. and Farrel, Shawn F. (2009). Biochemistry. USA: Thomson
Brooks/Cole. pp. 459-467.
Dale, J. W. & von Schantz, M. (2007). From Genes to Genomes. John Wiley
& Sons Ltd. West Sussex.
Gannon F (2002). "Molecular biology--what's in a name?". EMBO
Reports. 3 (2): 101. doi:10.1093/embo-
reports/kvf039. PMC 1083977. PMID 11839687
Gilbert, H. F. (2000). Basic Concepts in Biochemistry. USA: The McGraw-
Hill Companies, Inc. pp 76-79.
Hershey, A.D. and Chase, M. (1952) "Independent functions of viral
protein and nucleic acid in growth of bacteriophage" J Gen Physiol.
Holme, D. J. & Hazel P. (1998). Analytical biochemistry .England : Pearson
Education Limited
Pengenalan dan Perkembangan Biologi Molekuler | 15

Jacob F, Monod J (1961). "Genetic regulatory mechanisms in the synthesis
of proteins". J Mol Biol. 3 (3): 318–356. doi:10.1016/S0022-
2836(61)80072-7. PMID 13718526
Jeremy (2002). Biochemistry. Tymoczko, John L.; Stryer, Lubert (5th ed.).
New York: W.H. Freeman. ISBN 0-7167-3051-0. OCLC 48055706
Križman, M., J. Jakše, D. Baričevič, B. Javornik, M. Prošek. (2006). Robust
CTAB activated charcoal protocol for plant DNA extraction. Acta
agriculturae Slovenica, 87 – 2.
Karp, Gerald. (2008). Cell and Molecular Biology. New York: John Willey &
Sons, Inc. pp. 567-573.
Lodish H, Berk A, Zipursky SL, Matsudaira P, Baltimore D, Darnell J
(2000). Molecular cell biology (4th ed.). New York: Scientific
American Books. ISBN 978-0-7167-3136-8.
Lodish, H. et al. (2003). Molecular Cell Biology, 5th ed. WH Freeman & Co.
Martin, Robin. (1996). Gel Electrophoresis: Nucleic Acids. UK: BIOS
Scientific Publishers Limited. pp. 11-27.
McPherson, Michael J. and Simon G. Møller. (2006). PCR, 2nd ed. USA:
Taylor & Francis Group. pp. 1-22.
Miesfeld, Roger L. (1999). Applied Molecular Genetics. New York: John
Willey & Sons, Inc.pp. 57-68.
Moyo, M., Amoo, S.O., Bairu, M.W., Finnie, J.F., & Van Staden, J. (2008).
Optimising DNA isolation for medicinal plants. South African Journal
of Botany 74: 771–775.
Reinhart, C.A. (2005). Molecular Genetics - Biology 495: Hybridization
Experiment.
http://bioweb.wku.edu/courses/biol495G/DNA1/Hybrid
ization9.html. Diakses tanggal 2 Juni 2012.
Solomon. (2008). Biology 8th ed. USA: Thomson Brooks/Cole. pp. 261-265.
Surzycki, S. (2000). Basic techniques in molecular biology. Springer-Verlag
Publishing. Berlin.
Switzer. (1999). Experimental Biochemistry. Oxford: Blackwell Scientific
Pub. pp. 301-385.
Varma, A., Padh, H., & Shrivastava, N. (2007). Plant genomic DNA
isolation: An art or a science. Biotechnology Journal 2: 386–392
16 | Metode Biologi Molekuler

Watson J.D.; Crick F.H.C. (1953). "A Structure for Deoxyribose Nucleic
Acid" (PDF). Nature. 171 (4356): 737–
738. Bibcode:1953Natur.171..737W. doi:10.1038/171737a0. PMID
13054692. Retrieved 13 Feb 2007.
Widyatmoko, A.P.B.C. 2020. Aplikasi Genetika Molekuler Untuk Konservasi
Genetik Tumbuhan Hutan Tropis Terancam Punah. Bogor: PT
Penerbit IPB Press.
Wilson, Keith and Walker, John. (2010). Principles and Techniques of
Biochemistry and Molecular Biology 7th ed. New York: Cambridge
University Press. pp. 178-186.
Yuwono, Triwibowo. (2006). Teori dan Aplikasi Polymerase Chain
Reaction. Yogyakarta: CV. Andi Offset. pp. 1-2.
Pengenalan dan Perkembangan Biologi Molekuler | 17

PEMANFAATAN BIOLOGI MOLEKULER
Nila Kartika Sari, S.Si., M.Si

IKIP Budi Utomo Malang
A. PENDAHULUAN
Perkembangan awal Biologi molekuler dimulai dengan penemuan
model struktur DNA oleh James Watson dan Francis Crick pada tahun 1953.
DNA merupakan materi genetik yang tersusun dari gula pentose
(deoksiribosa), gugus fosfat, dan basa nitrogen. Basa Nitrogen penyusun
DNA terdiri atas dua macam, yaitu basa purin dan pirimidin. Basa Purin
terdiri atas adenin (A) dan Guanin (G) yang memiliki struktur cincin ganda,
sedangkan basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan Timin (T) yang
memiliki struktur cincin tunggal. Satu komponen pembangun (Building
block) DNA terdiri atas satu gula pentose, satu gugus fosfat dan satu
pasang basa yang disebut nukleotida (Fatchiyah, dkk. 2011).
Sifat organisme ditentukan oleh gen-gen yang dimilikinya. Gen dikode
dalam materi genetik organisme, yang kita kenal sebagai molekul DNA,
atau RNA pada beberapa virus. Terdapat dua jenis gen, yaitu gen
struktural dan gen regulator. Gen-gen struktural mengkode urutan asam
amino dalam protein, seperti enzim, yang menentukan kemampuan
biokimia dari organisme pada reaksi katabolisme dan anabolisme, atau
berperan sebagai komponen tetap pada struktur sel. Gen-gen regulator
DAFTAR PUSTAKA
Fatchiyah., Arumingtyas, A.L., Widyarti, S., Rahayu, S. (2011). Basic

Principles Of Molecular Biology Analysis. Jakarta: Erlangga
Ghaffar, Shabarni. (2007). Buku Ajar Bioteknologi Molekuler. Bandung:
Unpad Press
Kalqutny, Septian Hary., Pakki, Syahrir., Muis., Amran. (2020). Potensi
Pemanfaatan Teknik Molekuler Berbasis DNA dalam Penelitian
Penyakit Bulai pada Jagung. Agrosainstek, (4)1, 17-27
Kline, M. C., Redman J. W., Butler, J. M. 2001. Training on STR Typing Using
Commercial Kits and ABI 310/3100. National Institute of Standards
and Technology.
Listyorini, dkk. (2020). Biologi Molekuler & Bioinformatika. Malang.UMM
Press
Rahayu, Ayu. (2017). Aplikasi Biomolekuler di Dunia Perunggasan
Khususnya Itik. Journal of Livestock Science and Production, (1)1, 13-
17
Santoso, Tri Joko. (2013). Aplikasi Teknik Molekuler Untuk Analisis
Genetik Tomato Leaf Curl Virus.
Jurnal Litbang, (32)4, 141-149
Sari, Nila Kartika. (2017). Penentuan Similaritas dan Variabilitas Genetik
pada Keluarga Etnis Jawa dan Arab dengan DNA Fingerprint di
Malang, Jawa Timur, Indonesia. Jurnal Ilmiah Sains, (17)1, 51-58
Suryaningtyas, Indyaswan Tegar. (2017). Aplikasi Bioteknologi Molekuler
Dalam Budidaya Perairan. Oseana, (XLII)4, 13 – 24
Xu, J., W. Huang, C. Zhong, D. Luo, S. Li, Z. Zhu and W. Hu. (2011). Defining
global gene expression changes of the hypothalamic pituitary-
gonadal axis in female sGnRH antisense transgenic common carp
(Cyprinus carpio). Plos-one 6(6): 1-12.
Yuda, Pramana. (2016). Aplikasi Teknik Molekuler pada Penelitian dan
Konservasi Burung di Indonesia. Dipresentasikan pada Konferensi
Peneliti dan Pemerhati Burung Indonesia II, UAJY, Yogyakarta
Pemanfaatan Biologi Molekuler | 41

PRINSIP DAN APLIKASI
PCR-RAPD DAN PCR-RFLP
Miftahul Mushlih, M.Sc
Universitas Muhammadiyah Sidoarjo dan Indonesian Genetic and
Biodiversity Community (IGBC)
A. PENGANTAR
Perkembangan metode biologi molekuler untuk mendapatkan sebuah
variasi genetik berdasarkan karakteristik tertentu berkembang begitu
cepat. Meskipun banyak metode yang baru, pada beberapa kasus Random
Amplified Polymorphic DNA (RAPD) dan Restriction Fragment Length
Polymorphism (RFLP) merupakan metode yang sampai saat ini digunakan
dalam beberapa analisis molekuler dan masih banyak diminati. Metode
RAPD dikembangkan pada tahun 1990 oleh Welsh dan McClelland pada
tahun 1990 dengan menganalisis genom menggunakan primer acak. RAPD
merupakan metode dimana amplifikasi dilakukan secara acak
menggunakan primer tunggal, hasil potongan DNA dari proses amplifikasi
juga berjalan acak sesuai dengan kecocokan basa nukleotida dengan DNA
template/cetakan. Primer yang digunakan biasanya berkisar 9-12 bp saja.
DNA template yang ada akan digandakan menghasilkan berjuta juta copy,
band hasil analisis diamati mulai dari 100 bp - 3000 bp. Band yang muncul
juga menunjukkan ketebalan yang berbeda.
DAFTAR PUSTAKA
Adiningsih, M. W. et al. (2018) “Authentication of Sumateran Wild Boar

(Sus scrofa vittatus) meat contamination by polymerase chain
reaction restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP)
technique of Cytochrome b Gene,” Tropical Animal Science Journal,
41(3), hal. 157–164. doi: 10.5398/tasj.2018.41.3.157.
Ali, B. A. et al. (2004) “A review of random amplified polymorphic DNA
(RAPD) markers in fish research,” Reviews in Fish Biology and
Fisheries, 14(4), hal. 443–453. doi: 10.1007/s11160-005-0815-0.
Arif, I., Bakir, M.A., Khan, H., Farhan, A.H., Homaidan, A.A., Bahkali, A.,
Sadoon, M.A., & Shobrak, M. (2010). Application of RAPD for
molecular characterization of plant species of medicinal value from
an arid environment. Genetics and molecular research : GMR, 9 4,
2191-8 .
Asmelash, B., Diriba, S. dan Pal, S. K. (2017) “Molecular markers based
characterization and conservation of wild animals,” Research
Journal of Recent Sciences Res. J. Recent Sci, 6(7), hal. 53–62.
Tersedia pada: http://www.isca.in/rjrs/archive/v6/i7/7.ISCA-RJRS-
2017-058.pdf.
Bardakci, F., Skibinski, D. Application of the RAPD technique in tilapia fish:
species and subspecies identification. Heredity 73, 117–123 (1994).
https://doi.org/10.1038/hdy.1994.110
Berg, H. (2012) “Restriction Fragment Length Polymorphism Analysis of
PCR-Amplified Fragments (PCR-RFLP) and Gel Electrophoresis -
Valuable Tool for Genotyping and Genetic Fingerprinting,” Gel
Electrophoresis - Principles and Basics. doi: 10.5772/37724.
Borisov, A. Y. et al. (1999) “Identification of DNA amplification
fingerprinting ( DAF ) markers close to the symbiosis-ineffective
sym31 mutation of pea ( Pisum sativum L .),” (May 2014). doi:
10.1007/s001220051152.
Bοusba, R. et al. (2020) “Genotypic diversity assessment of some durum
wheat (Triticum durum) genotypes using rapd analysis,”
Biodiversitas, 21(6), hal. 2696–2701. doi: 10.13057/biodiv/d210643.

Daryono, B. S., Aristya, G. R. dan Kasiamdari, R. S. (2011) “Development of
Random Amplified Polymorphism DNA Markers Linked to Powdery
Mildew Resistance Gene in Melon,” Indonesian Journal of
Biotechnology, 16(2), hal. 76–82. doi: 10.22146/ijbiotech.7837.
de Sousa, D. R. T. et al. (2015) “PCR-RFLP as a useful tool for diagnosis of
invasivemycoses in a healthcare facility in the North of Brazil,”
Electronic Journal of Biotechnology, 18(3), hal. 231–235. doi:
10.1016/j.ejbt.2015.03.012.
Fatemeh Keify (2012) “Exploitation of random amplified polymorphic DNA
(RAPD) and sequence-related amplified polymorphism (SRAP)
markers for genetic diversity of saffron collection,” Journal of
Medicinal Plants Research, 6(14), hal. 2761–2768. doi:
10.5897/jmpr11.834.
Ferrito, V. dan Pappalardo, A. M. (2017) “Seafood species identification by
DNA barcoding, a molecular tool for food traceability,” Biodiversity
Journal, 8(1), hal. 65–72. Tersedia pada:
http://www.biodiversityjournal.com/pdf/8(1)_65-72.pdf.
Govarthanan M. (2011) “Genetic variability among Coleus sp. studied by
RAPD banding pattern analysis,” International Journal for
Biotechnology and Molecular Biology Research, 2(12), hal. 202–208.
doi: 10.5897/ijbmbr11.030.
Gurusubramanian, Guruswami & Kumar, N. S. (2016) “Random amplified
polymorphic DNA ( RAPD ) markers and its applications Random
amplified polymorphic DNA ( RAPD ) markers and its applications,”
Mipograss, 11(3), hal. 116–124. Tersedia pada:
www.usask.ca/.../pawlin/.
Gurusubramanian, Guruswami & Kumar, N. S. (2016) “Random amplified
polymorphic DNA ( RAPD ) markers and its applications Random
amplified polymorphic DNA ( RAPD ) markers and its applications,”
Mipograss, 11(3), hal. 116–124. Tersedia pada:
www.usask.ca/.../pawlin/.
Hadrys, H., Balick, M. Dan Schierwater, b. (1992) “applications of random
amplified polymorphic dna (rapd) in molecular ecology,” molecular
ecology, 1(1), hal. 55–63. doi: 10.1111/j.1365-294x.1992.tb00155.x.
Prinsip dan Aplikasi PCR-RAPD dan PCR-RFLP | 59

Handayani, N. S. N. et al. (2021) “Splice-site and Frameshift Mutations of
β-Globin Gene Found in Thalassemia Carrier Screening in Yogyakarta
Special Region, Indonesia,” The Indonesian Biomedical Journal,
13(1), hal. 55–60. doi: 10.18585/inabj.v13i1.1406.
Hazlianda, C. P., Muis, K. dan Lubis, I. A. (2017) “Uji Diagnostik Tinea Kruris
dengan Polymerase Chain Reaction Restriction Fragmented Length
Polymorphism,” Periodical of Dermatology and Venereology, 29(2),
hal. 158–163.
Hikmah, R., Retnoningsih, A. dan Habibah, N. (2016) “Keragaman Durian
Berdasarkan Fragmen Internal Transcribed Pancers (ITS) DNA
Ribosomal melalui analisis PCR RFLP,” 39(1), hal. 11–18.
Hiyagarajan, V. T., Au, S. L. dan Soi, M. T. (2010) “Monitoring Bacterial
Biodiversity in Surface Sediment Using Terminal Restriction
Fragment Length Polymorphism Analysis ( T-RFLP ): Application to
Coastal Environment,” Coastal Environmental and Ecosystem Issues
of the East China Sea, hal. 151–163.
https://www.goldbio.com/articles/article/Restriction-Enzyme-Cloning-
Troubleshooting
Jahangir Tafrechi, R. S., van de Rijke, F. M., Allallou, A., Larsson, C., Sloos,
W. C., van de Sande, M., Wählby, C., Janssen, G. M., & Raap, A. K.
(2007). Single-cell A3243G mitochondrial DNA mutation load assays
for segregation analysis. The journal of histochemistry and
cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society, 55(11),
1159–1166. https://doi.org/10.1369/jhc.7A7282.2007
Mhuka, C. et al. (2017) “Use of RAPD-PCR for breed/genotype
identification in Zimbabwean cattle,” Journal of Cellular
Biotechnology, 2(2), hal. 131–137. doi: 10.3233/jcb-15033.
Minarovi, T. et al. (2010) “Animal Species Identification by PCR – RFLP of
Cytochrome b,” Animal Science and Biotechnologies, 43(1), hal.
296–299.
Minarovi, T. et al. (2010) “Animal Species Identification by PCR – RFLP of
Cytochrome b,” Animal Science and Biotechnologies, 43(1), hal.
296–299.

Mosa, K. A. et al. (2019) “The promise of molecular and genomic
techniques for biodiversity research and DNA barcoding of the
Arabian Peninsula Flora,” Frontiers in Plant Science, 9(January), hal.
1–19. doi: 10.3389/fpls.2018.01929.
Mushlih, M. et al. (2020) “Identification of molecular markers for type 2
Diabetes mellitus in Sidoarjo, Indonesia,” Jurnal Teknologi
Laboratorium, 9(2), hal. 186–191. doi: 10.1525/9780520974166-
002.
Ozdemir, K. et al. (2014) “Identification of biodiversity of some
Streptomyces species and determination of a restriction fragment
length polymorphism (RFLP) profile of 16S rDNA gene region,”
Journal of Animal and Veterinary Advances, 13(16), hal. 978–988.
doi: 10.3923/javaa.2014.978.988.
Pal, P. (2015) “RAPD-PCR as a Molecular Discriminative Technique for
Human Pathogenic Bacteria – A Review,” International Letters of
Natural Sciences, 42, hal. 13–17. doi:
10.18052/www.scipress.com/ilns.42.13.
Pal, P. (2015) “RAPD-PCR as a Molecular Discriminative Technique for
Human Pathogenic Bacteria – A Review,” International Letters of
Natural Sciences, 42, hal. 13–17. doi:
10.18052/www.scipress.com/ilns.42.13.
Partis L, Wells RJ. Identification of fish species using random amplified
polymorphic DNA (RAPD). Mol Cell Probes. 1996 Dec;10(6):435-41.
doi: 10.1006/mcpr.1996.0060. PMID: 9025081.
Patrinos, G. P. dan Ansorge, W. J. (1986) Molecular Diagnostics : Past ,
Present , and Future. Second Edi, Molecular Diagnostics. Second Edi.
Elsevier Ltd. doi: 10.1016/B978-0-12-374537-8.00001-8.
Prasad, M. P. (2014) “Molecular characterization and genetic diversity
determination of Hibiscus species using RAPD molecular markers,”
4(3), hal. 50–56.
Prihatini, I. dan Faradilla, F. A. (2019) “Teknik Pcr Its RFLP Untuk Seleksi
Isolat Jamur Pada Pengujian Agen Pengendali Hayati Pada Serangan
Ganoderma Tanaman Acacia mangium PCR ITS-RFLP technique for
selection of fungal isolates in biological control agent test against

Ganoderma attack in Acacia,” Jurnal Pemuliaan Tanaman Hutan,
13(1), hal. 33–43.
Prystupa, A. et al. (2011) “Application of RFLP-PCR method for molecular
diagnostics of hereditary non-polyposis colorectal cancer (HNPCC),”
Journal of Pre-Clinical and Clinical Research, 5(2), hal. 70–73.
Tersedia pada: www.jpccr.eu.
Ramella, M. S. et al. (2005) “Optimization of random amplified
polymorphic DNA protocol for molecular identification of Lophius
gastrophysus,” Ciência e Tecnologia de Alimentos, 25(4), hal. 733–
735. doi: 10.1590/s0101-20612005000400017.
Randriani, E. dan Tresniawati, C. (2012) “Pemanfaatan Teknik Random
Amplified Polymorphic DNA ( RAPD ) Untuk Pengelompokan Secara
Genetik Plasma Nutfah Jambu Mete (Annacardium occidentale L.),”
Journal of Industrial and Beverage Crops, 3(1), hal. 1–6. doi:
10.21082/jtidp.v3n1.2012.p1-6.
Sheorey, R. R. dan Tiwari, A. (2011) “Random amplified polymorphic DNA (
RAPD ) for identification of herbal materials and medicines – A
review.”
Tanaka, J. dan Taniguchi, F. (2002) “Emphasized-RAPD (e-RAPD): A simple
and efficient technique to make RAPD bands clearer,” Breeding
Science, 52(3), hal. 225–229. doi: 10.1270/jsbbs.52.225.
Tattikota, S. G. et al. (2013) “Argonaute2 regulates the pancreatic β-cell
secretome.,” Molecular & cellular proteomics : MCP, 12(5), hal.
1214–25. Tersedia pada:
http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=36503
33&tool=pmcentrez&rendertype=abstract.
Thiyagarajan, V., Lau, S.C., Tsoi, M., Zhang, W., & Qian, P. (2010).
Monitoring Bacterial Biodiversity in Surface Sediment Using
Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism Analysis (T-
RFLP): Application to Coastal Environment.
Tingey, S. (2003) “Random Amplified Polymorphic DNA (RAPDs),” Nucleic
Acid Protocols Handbook, The, 25, hal. 675–677. doi: 10.1385/1-
59259-038-1:675.

VI, K. (2017) “Using RAPD PCR Method for Studying DNA Polymorphism of
Agricultural Importance Arthropods,” Agricultural Research &
Technology: Open Access Journal, 9(4), hal. 106–107. doi:
10.19080/artoaj.2017.09.555769.
Yılmaz, R. et al. (2015) “Genetic differentiation of lactobacillus delbrueckii
subsp. Bulgaricus and streptococcus thermophilus strains isolated
from raw milk samples collected from different regions of Turkey,”
Food Biotechnology, 29(4), hal. 336–355. doi:
10.1080/08905436.2015.1092091.
Yongjun, F. et al. (2014) “Application of random amplified polymorphic
DNA (RAPD) markers to identify Taxus chinensis var. mairei cultivars
associated with parthenogenesis,” African Journal of Biotechnology,
13(24), hal. 2385–2393. doi: 10.5897/ajb2014.13646.
Zahid, R. A., Sulaiman, B. K. dan Abd, Ahmed, B. (2011) “Molecular
Investigation of Genetic Polymorphisms,” Iraqi Journal of Cancer
and Medical Genetics, (2), hal. 47–54.

METODE MICROSATELLITE
Muhammad Rifqi Hariri, M.Si
Pusat Penelitian Konservasi Tumbuhan dan Kebun Raya – Lembaga
Ilmu Pengetahuan Indonesia & Indonesian Genetic and
Biodiversity Community
A. PENDAHULUAN
Marka molekuler merupakan sebuah pendekatan yang cukup efektif
dan memiliki peran sentral penting dalam analisis keragaman genetik dan
asesmen kekerabatan, baik di dalam (intra) maupun antar (inter) spesies
tumbuhan (Kumar et al., 2009). Hal tersebut menunjukkan potensi yang
dimiliki oleh marka molekuler dalam mendeteksi keragaman genetik dan
membantu dalam pengelolaan sumber daya genetik tumbuhan
(Harikumar & Sheela, 2019). Mikrosatelit merupakan salah satu jenis
marka molekuler dengan sebutan yang bervariasi, seperti Simple Sequence
Repeats (SSR), Short Tandem Repeats (STRs), atau Simple Sequence Length
Polymorphism (SSLP) (Litt & Luty, 1989; Tautz, 1989; Edwards et al., 1991;
Jacob et al., 1991).
Marka ini diperkenalkan pertama kali oleh Condit & Hubbell (1991)
yang mendeteksi adanya pengulangan nukleotida (AC)n dan (AG)n pada
tumbuhan. Target marka ini adalah nukleotida yang berulang secara
Brassicaceae memberikan kerangka kerja yang sangat penting dalam
penelitian genomik komparatif. Pemetaan gen komparatif dan
keterkaitannya terhadap kromosom pada kerabat-kerabat dekat
Arabidopsis menyimpulkan adanya ilustrasi kariotipe leluhur spesies
tumbuhan pada famili ini. Selain itu, pemetaan komparatif terhadap genus
Brassica menunjukkan adanya blok genom yang telah dipertahankan sejak
terjadinya divergensi garis keturunan Arabidopsis dan Brassica (Schranz et
al., 2007).
E. RANGKUMAN MATERI
Marka mikrosatelit tidak hanya digunakan dalam studi keragaman
genetik, genetika populasi, dan studi evolusi, tetapi juga digunakan dalam
penelitian fundamental seperti analisis genom, pemetaan gen, maupun
marker assisted selection. Pemetaan asosiasi berbasis marka SSR sangat
menjanjikan untuk mengejawantahkan keragaman genetik,
mengkarakterisasi variasi fenotipik, dan mengaitkan penanda terhadap
sifat-sifat yang ada pada plasma nutfah tumbuhan. Marka mikrosatelit
yang terkait dengan fenotipe yang jelas dapat digunakan dalam program
pemuliaan tumbuhan untuk mempercepat proses pemuliaan. Penanda
mikrosatelit dapat memfasilitasi pemetaan komparatif dan membantu
mengidentifikasi 'blok keterkaitan', sinkronisasi gen utama, penataan
ulang kromosom, dan sinkronisasi mikro antar spesies.
DAFTAR PUSTAKA
Breseghello, F., & Sorrells, M. E. (2006a). Association mapping of kernel

size and milling quality in wheat (Triticum aestivum L.)
cultivars. Genetics, 172(2), 1165-1177.
Breseghello, F., & Sorrells, M. E. (2006b). Association analysis as a strategy
for improvement of quantitative traits in plants. Crop Science, 46(3),
1323-1330.
Condit, R., & Hubbell, S. P. (1991). Abundance and DNA sequence of two-
base repeat regions in tropical tree genomes. Genome, 34(1), 66-71.

Doğrar, N., & Akkaya, M. S. (2001). Optimization of PCR amplification of
wheat simple sequence repeat DNA markers. Turkish Journal of
Biology, 25(2), 153-158.
Edwards, A., Civitello, A., Hammond, H. A., & Caskey, C. T. (1991). DNA
typing and genetic mapping with trimeric and tetrameric tandem
repeats. American journal of human genetics, 49(4), 746.
Fraser, L. G., Tsang, G. K., Datson, P. M., De Silva, H. N., Harvey, C. F., Gill,
G. P., ... & McNeilage, M. A. (2009). A gene-rich linkage map in the
dioecious species Actinidia chinensis (kiwifruit) reveals putative X/Y
sex-determining chromosomes. BMC genomics, 10(1), 1-15.
Grover, A., & Sharma, P. C. (2016). Development and use of molecular
markers: past and present. Critical reviews in biotechnology, 36(2),
290-302.
Harikumar, P., & Sheela, M. N. (2019). Simple Sequence Repeat (SSR)
Marker Based
Genetic Diversity Analysis in White Yam (Dioscorea rotundata Poir.),
Indian journal of pure and applied biosciences, 7(5), 259-264.
Heywood, V. H., & Iriondo, J. M. (2003). Plant conservation: old problems,
new perspectives. Biological conservation, 113(3), 321-335.
Hiroe, M. (1958). Umbelliferae of Japan. Univ. Calif. Publ. Bot., 30, 1-444.
Jacob, H. J., Lindpaintner, K., Lincoln, S. E., Kusumi, K., Bunker, R. K., Mao,
Y. P., ... & Lander, E. S. (1991). Genetic mapping of a gene causing
hypertension in the stroke-prone spontaneously hypertensive
rat. Cell, 67(1), 213-224.
Jakse, J., Stajner, N., Kozjak, P., Cerenak, A., & Javornik, B. (2008).
Trinucleotide microsatellite repeat is tightly linked to male sex in
hop (Humulus lupulus L.). Molecular Breeding, 21(2), 139-148.
Jin, L., Lu, Y., Xiao, P., Sun, M., Corke, H., & Bao, J. (2010). Genetic diversity
and population structure of a diverse set of rice germplasm for
association mapping. Theoretical and Applied Genetics, 121(3), 475-
487.
Jones, A. G., Small, C. M., Paczolt, K. A., & Ratterman, N. L. (2010). A
practical guide to methods of parentage analysis. Molecular ecology
resources, 10(1), 6-30.
Prinsip dan Aplikasi Metode Microsatellite | 75

Joshi, S. P., Ranjekar, P. K., & Gupta, V. S. (1999). Molecular markers in
plant genome analysis. Current Science, 230-240.
Kalia, R. K., Rai, M. K., Kalia, S., Singh, R., & Dhawan, A. K. (2011).
Microsatellite markers: an overview of the recent progress in
plants. Euphytica, 177(3), 309-334.
Kelkar, Y. D., Strubczewski, N., Hile, S. E., Chiaromonte, F., Eckert, K. A., &
Makova, K. D. (2010). What is a microsatellite: a computational and
experimental definition based upon repeat mutational behavior at
A/T and GT/AC repeats. Genome biology and evolution, 2, 620-635.
Kumar, P., Gupta, V. K., Misra, A. K., Modi, D. R., & Pandey, B. K. (2009).
Potential of molecular markers in plant biotechnology. Plant
omics, 2(4), 141-162.
Lee, J., Joh, H. J., Kim, N. H., Lee, S. C., Jang, W., Choi, B. S., ... & Yang, T. J.
(2017). High-throughput development of polymorphic simple
sequence repeat markers using two whole genome sequence data
in Peucedanum japonicum. Plant Breeding and Biotechnology, 5(2),
134-142.
Lieckfeldt, E., Meyer, W., & Börner, T. (1993). Rapid identification and
differentiation of yeasts by DNA and PCR fingerprinting. Journal of
Basic Microbiology, 33(6), 413-425.
Litt, M., & Luty, J. A. (1989). A hypervariable microsatellite revealed by in
vitro amplification of a dinucleotide repeat within the cardiac
muscle actin gene. American journal of human genetics, 44(3), 397.
Ma, H., Yin, Y., Guo, Z., Chen, L., Zhang, L., Zhong, M., & Shao, G. (2011).
Establishment of DNA fingerprinting of Liaojing series of Japonica
rice. Middle East Journal of Scientific Research, 8(2), 384-392.
Meng, W. A. N. G., Fei, X. U. E., Peng, Y. A. N. G., Duan, X. Y., Zhou, Y. L.,
Shen, C. Y., ... & Wang, B. T. (2014). Development of SSR markers for
a phytopathogenic fungus, Blumeria graminis f. sp. tritici, using a
FIASCO protocol. Journal of Integrative Agriculture, 13(1), 100-104.
Meyer, W., Lieckfeldt, E., Kuhls, K., Freedman, E. Z., Börner, T., & Mitchell,
T. G. (1993). DNA-and PCR-fingerprinting in fungi. In DNA
fingerprinting: State of the Science (pp. 311-320). Birkhäuser, Basel.

Mittal, N., & Dubey, A. (2009). Microsatellite markers-A new practice of
DNA based markers in molecular genetics. Pharmacognosy
Reviews, 3(6), 235.
Morgante, M., & Olivieri, A. M. (1993). PCR‐amplified microsatellites as
markers in plant genetics. The plant journal, 3(1), 175-182.
Neeraja, C. N., Maghirang-Rodriguez, R., Pamplona, A., Heuer, S., Collard,
B. C., Septiningsih, E. M., ... & Mackill, D. J. (2007). A marker-assisted
backcross approach for developing submergence-tolerant rice
cultivars. Theoretical and Applied Genetics, 115(6), 767-776.
Parasnis, A. S., Ramakrishna, W., Chowdari, K. V., Gupta, V. S., & Ranjekar,
P. K. (1999). Microsatellite (GATA) n reveals sex-specific differences
in papaya. Theoretical and applied genetics, 99(6), 1047-1052.
Powell, W., Machray, G. C., & Provan, J. (1996). Polymorphism revealed by
simple sequence repeats. Trends in plant science, 1(7), 215-222.
Rahman, M., Malik, T. A., Aslam, N., Asif, M., Ahmad, R., Khan, I. A., &
Zafar, Y. (2002). Optimization of PCR conditions to amplify
microsatellite loci in cotton Gossypium hirsutum L. genomic
DNA. Intern J Agriculture Biol, 4(2), 282-284.
Rahman, M., Iqbal, M.A., & Shaheen, N. (2014). Microsatellites: Methods
& Protocols. In Miransari, M (ed.) Stress and Plant Biotechnology.
New Delhi: Studium Press, pp 316.
Rode, J., In‐Chol, K., Saal, B., Flachowsky, H., Kriese, U., & Weber, W. E.
(2005). Sex‐linked SSR markers in hemp. Plant Breeding, 124(2),
167-170.
Romero, G., Adeva, C., & Battad, Z. (2009). Genetic fingerprinting:
advancing the frontiers of crop biology research. Philipp. Sci. Lett, 2,
8-13.
Rosenblum, E. B., Belfiore, N. M., & Moritz, C. (2007). Anonymous nuclear
markers for the eastern fence lizard, Sceloporus
undulatus. Molecular Ecology Notes, 7(1), 113-116.
Schranz, M. E., Song, B. H., Windsor, A. J., & Mitchell-Olds, T. (2007).
Comparative genomics in the Brassicaceae: a family-wide
perspective. Current opinion in plant biology, 10(2), 168-175.
Prinsip dan Aplikasi Metode Microsatellite | 77

Senan, S., Kizhakayil, D., SASIKUMAR, B., & SHEEJA, T. E. (2014). Methods
for development of microsatellite markers: an overview. Notulae
Scientia Biologicae, 6(1), 1-13.
Spigler, R. B., Lewers, K. S., Main, D. S., & Ashman, T. L. (2008). Genetic
mapping of sex determination in a wild strawberry, Fragaria
virginiana, reveals earliest form of sex
chromosome. Heredity, 101(6), 507-517.
Silva, P. I., Martins, A. M., Gouvea, E. G., Pessoa-Filho, M., & Ferreira, M. E.
(2013). Development and validation of microsatellite markers for
Brachiaria ruziziensis obtained by partial genome assembly of
Illumina single-end reads. Bmc Genomics, 14(1), 1-9.
Simko, I., Costanzo, S., Haynes, K. G., Christ, B. J., & Jones, R. W. (2004).
Linkage disequilibrium mapping of a Verticillium dahliae resistance
quantitative trait locus in tetraploid potato (Solanum tuberosum)
through a candidate gene approach. Theoretical and Applied
Genetics, 108(2), 217-224.
Suotang, P., Jieyun, Z., Qichuan, Y., & Kangle, Z. (2003). SSR markers
selection and purity detection of major hybrid rice combinations
and their parents in China. Zhongguo shuidao kexue, 17(1), 1-5.
Tautz, D. (1989). Hypervariability of simple sequences as a general source
for polymorphic DNA markers. Nucleic acids research, 17(16), 6463-
6471.
Venter, J. C., Adams, M. D., Myers, E. W., Li, P. W., Mural, R. J., Sutton, G.
G., ... & Kalush, F. (2001). The sequence of the human
genome. science, 291(5507), 1304-1351.
Wang, M. L., Barkley, N. A., & Jenkins, T. M. (2009). Microsatellite markers
in plants and insects. Part I: Applications of biotechnology.
Xiao, X. Y., Wang, Y. P., Zhang, J. Y., Li, S. G., & Rong, T. Z. (2006). SSR
marker-based genetic diversity fingerprinting of hybrid rice in
Sichuan, China. Chinese J Rice Sci, 20(1), 1-7.
Yue, X. Y., Liu, G. Q., Zong, Y., Teng, Y. W., & Cai, D. Y. (2014). Development
of genic SSR markers from transcriptome sequencing of pear
buds. Journal of Zhejiang University Science B, 15(4), 303-312.

PRINSIP DAN APLIKASI METODE SNP
Priyambodo, S.Pd., M.Sc
Universitas Lampung
A. PENDAHULUAN
Dunia merupakan hal yang begitu dinamis, termasuk ilmu
pengetahuan dan teknologi, termasuk bidang biologi molekuler. Seiring
bergantinya bilangan tahun, perkembangan dalam bidang biologi
molekuler dan aplikasinya turut terus berubah dan berkembang. Salah
satu perkembangan studi biologi molekuler adalah kajian terkait Single
Nucleotide Polymorphism (SNP). Fenomena SNP menjadi bahan kajian
yang penting dalam kaitan biologi molekuler dengan studi genetika
populasi, ekologi, dan evolusi. Peran SNP dalam membentuk keragaman
individu dalam populasi menjadi pijakan penting dalam lahirnya variasi
populasi yang merupakan modal dasar pembahasan seleksi alam dan
konsep evolusi.
Pada bab ini akan dibahas terkait definisi SNP dan urgensi SNP dalam
perkembangan dunia biologi molekuler, serta metode analisis SNP. Lebih
lanjut, dipaparkan contoh-contoh dalam studi kasus SNP yang terjadi pada
manusia, hewan dan tumbuhan.
DAFTAR PUSTAKA
Bryant, D., Bouckaert, R., Felsenstein, J., Rosenberg, N. A., &

RoyChoudhury, A. (2012). Inferring species trees directly from
biallelic genetic markers: bypassing gene trees in a full coalescent
analysis. Molecular biology and evolution, 29(8), 1917–1932.
https://doi.org/10.1093/molbev/mss086.
Christos, B., Dulger, A.O., Uncu, A.T., Spaniolas, S., Spanos, T., Kalaitzis, P.
(2012) A SNP-based PCR-RFLP capillary electrophoresis analysis for
the identification of the varietal origin of olive oils. Food
Chemistry 134(4):2411-8
Collins, FS. Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs).
https://www.genome.gov/genetics-glossary/Single-Nucleotide-
Polymorphisms
Franssila, S., Davis, C.E., LeVasseur, M.K., Cao, Z., Yobas, l. (2020). Chapter
22 - Microfluidics and bioMEMS in silicon. Handbook of Silicon
Based MEMS Materials and Technologies (Third Edition). Elsevier.
pp 547-563.
Gaudet, M., Fara, AG., Sabatti, M. et al. Single-reaction for SNP
Genotyping on Agarose Gel by Allele-specific PCR in Black Poplar
(Populus nigra L.). Plant Mol Biol Rep 25, 1–9 (2007).
https://doi.org/10.1007/s11105-007-0003-6
Guo, CY., Xu, XF., Wu, JY., & Liu, SF. 2008. PCR-SSCP-DNA Sequencing
Method in Detecting PTEN Gene Mutation and its Significance in
Human Gastric Cancer. World Journal of Gastroenterology, 14(24):
3804 – 3811.
Han W, Yip SP, Wang J, Yap MKH. (2004). Using denaturing HPLC for SNP
discovery and genotyping, and establishing the linkage
disequilibrium pattern for the all-trans-retinol dehydrogenase
(RDH8) gene. J Hum Genet. 49(1):16-23.
Hahner, S., Kostrzewa, M., Wenzel, T., Fröhlich, T. (2003). Strategies for
SNP genotyping by mass spectrometry. International Congress
Series. 1239, 11-16. https://doi.org/10.1016/S0531-5131(02)00286-
8.
Prinsip dan Aplikasi Metode SNP | 89

Inazuka, M., Wenz, HM., & Sakabe, M. 1997. A Steamlined Mutation
Detection System: Multicolor Post-PCR Fluorescence Labeling and
Single-Stand Conformational Polymorphism Analysis by Capilary
Electrophoresis. Genome Research CSH Press. Genome Research 7:
10094 – 1103.
Kurniawati, S., Hartati, N.S., Hartati, Sudamonowati, E. (2020). Motif Single
Nucleotide Polymorphism (SNP) Gen Phytoene Synthase (PSY)
Penyandi Karotenoid Ubi Kayu Berumbi Kuning. Jurnal Ilmu Dasar.
21(1):19-26.
Lonetti A, Fontana MC, Martinelli G, and Iacobucci I. (2016). Single
Nucleotide Polymorphisms as Genomic Markers for High-
Throughput Pharmacogenomic Studies, In Microarray Technology
(pp. 143- 159). Humana Press, New York, NY.
Nakajima, E., Matsumoto, T., Yamada, R., Kawakami, K., Takeda, K.,
Ohnishi, A., & Komatsu, M. 1996. Technical Note: Use of A PCR-
Single Strand Conformation Polymorphism (PCR-SSCP) for Detection
of a Point Mutation in the Swine Ryanodine Receptor (RYR1) Gene.
Journal of Animal Science. 74: 2904-2906.
Prihandini, P.W., Hariyono, D.N.H., Tribudi, Y.A. (2021). Gen Myostatin
sebaga Marka Genetik untuk Sifat Pertumbuhan dan Karkas Sapi
Potong. Wartazoa. 31(1): 37-42.
Priyambodo. (2014). Deteksi Molekuler Pembawa Sifat β-thalassemia di
Daerah Istimewa Yogyakarta. Thesis. Yogyakarta: Universitas Gadjah
Mada.
Rahmah, S.F., Widodo, Putri, J.F., Lukitasari, M, Rahman, M.S. (2013).
Analisis Single Nucleotide Polymorphism (SNP) -217 Gen Human
Angiotensinogen (hAGT) pada Penderita Hipertensi di Rumah Sakit
Syaiful Anwar secara PCR-Sekuensing. Biotropika. 1 (2): 71-74.
Rajatileka, S., Luyt, K., Williams, M., Harding, D., Odd, D., Molnár, E., &
Váradi, A. (2014). Detection of three closely located single
nucleotide polymorphisms in the EAAT2 promoter: comparison of
single-strand conformational polymorphism (SSCP), pyrosequencing
and Sanger sequencing. BMC genetics, 15, 80.
https://doi.org/10.1186/1471-2156-15-80

Raut, AA., Kumar, A., Kala, SN., Chhokar, V., Rana, N., Beniwal, V., Jaglan,
S., Samuchiwal, S.K., Singh, J.K., & Mishra, A.. 2012. Identification of
Novel Single Nucleotide Polymorphisms in the DGAT1 Gene of
Buffaloes by PCR-SSCP. Genetics and Molecular Biology, 35(3): 610-
613.
Sadewa, AH. (2015). Peran Single Nucleotide Polymorphisms (Snps) Pada
Metabolisme Mikronutrien Dan Enzim Antioksidan Sebagai
Predisposisi Terhadap Kanker,Prosiding Anual Scientific Meetng, 1-
11.
Salwati, E., Handayani, S., Jekti, R.P. (2014). Identifikasi Single Nucleotide
Polymorphism (SNP) Gen pvmdr1 pada Penderita Malaria Vivaks di
Minahasa Tenggara (Sulawesi Utara). Jurnal Biotek Medisiana
Indonesia. 3 (2): 49-57.
Singh, R.P., Singh, P.K., Gupta, R., & Singh, L. (2018). Biotechnological Tools
to Enhance Sustainable Production. Biotechnology for Sustainable
Agriculture. Woodhead Publishing. 19-66.
https://doi.org/10.1016/B978-0-12-812160-3.00002-7.
Twyman, RD. (2005). Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Genotyping
Techniques-An Overvies, Encyclopedia of Diagnostic Genomic.
Zhang, J., Zhang, J., Tao, R., Yang, Z., Zhang, S.., Li, C. (2019). Mass
spectrometry-based SNP genotyping as a potential tool for ancestry
inference and human identification in Chinese Han and Uygur
populations. Science & Justice. 59 (3). 228-233.
https://doi.org/10.1016/j.scijus.2019.01.006.
Prinsip dan Aplikasi Metode SNP | 91

METODE MULTIPLEKS PCR
Dr. Rina Hidayati Pratiwi, M.Si
Universitas Indraprasta PGRI, Jakarta
A. PENGERTIAN METODE MULTIPLEKS PCR
Gambar 6.1 Jenis dan Variasi Teknik PCR

10. Dapat menghemat volume DNA yang digunakan, waktu pengerjaan
yang lebih efektif serta mengurangi biaya untuk amplifikasi DNA
(Sambrook & Russel, 2001).
11. Deteksi bakteri Escherichia coli O157:H7 menggunakan multipleks PCR
lebih cepat dibandingkan dengan menggunakan metode kultur secara
konvensional (mikrobiologi) pada media sorbitol Mac Conkey agar
(SMAC), selain itu penggunaan PCR juga menghilangkan kemungkinan
kesalahan deteksi ada atau tidaknya bakteri Escherichia coli O157:H7
dalam suatu sampel karena menggunakan berbagai macam primer
yang spesifik terhadap gen tertentu.
12. Multipleks PCR memungkinkan amplifikasi beberapa target berbeda
dalam satu tube PSC secara bersamaan sehingga menghemat waktu,
reagent dan sampel & dapat membandingkan beberapa amplikon
secara simultan.
E. RANGKUMAN MATERI
PCR multipleks merupakan teknik Biologi Molekuler, adaptasi dari
teknik PCR yang memungkinkan amplifikasi secara simultan dari berbagai
sekuen gen. Dalam pengujian multipleks, lebih dari satu urutan target
dapat diperkuat dengan menggunakan beberapa pasangan primer dalam
campuran reaksi. Dengan metode PCR multipleks dapat mengamplifikasi
dua atau lebih sekuen target (multi target) secara simultan dengan satu
kali reaksi PCR sehingga dapat menghemat alat, biaya, waktu pengerjaan,
dan reagent yang digunakan. PCR multipleks banyak digunakan untuk
berbagai kepentingan yang paling umum diantaranya dapat digunakan
untuk identifikasi patogen, deteksi GMOs (Genetically Modified
Organisms), analisis polimorfisme, analisis mutasi, analisis delesi gen,
deteksi RNA, penelitian mengenai forensik dan lain sebagainya. Pada
dasarnya, prosedur dan komponen dalam reaksi multiplex PCR sama
dengan PCR reguler.
DAFTAR PUSTAKA
Borah P. 2011. Primer Designing for PCR. Science Vision 11(3): 134-136.
Chamberlain, J. S., Gibbs, R. A., Ranier, J. E., Nguyen, P. N., dan Caskey, C.
T. 1988. Deletion Screening of the Duchenne Muscular Dystrophy
Prinsip dan Aplikasi Metode Multipleks PCR | 107

Locus Via Multiplex DNA Amplification. Nucleid Acid Research.
16(23): 11141-11156.
De las Rivas B, Marcobal A, Muñoz R. 2005. Improved multiplex-PCR
method for the simultaneous detection of food bacteria producing
biogenic amines. Federation of European Microbiology Societies.
244:367- 372.
De las Rivas B, Marcobal A, Carrascosa AV, Muñoz R. 2006. PCR detection
of foodborne bacteria producing the biogenic amines histamine,
tyramine, putrescine, and cadaverine. Journal of Food Protection.
69(10): 2509-2514.
Edwards MC, Gibbs RA. 1994. Multiplex PCR: Advantages, Development,
and Applications. Cold Spring Harbor Laboratory 3: 65-75.
Elnifro, E.M., Ashshi, A.M., Cooper, R. J., Klapper, P.E. (2000). Multiplex
PCR: optimization and application in diagnostic virology. Clinical
Microbiology Reviews, 13(4), p. 559–570.
Gopinath K, Singh S. 2009. Multiplex PCR Assay for Simultaneous
Detection and Differentiation of Mycobacterium tuberculosis,
Mycobacterium avium complexes and Other Mycobacterial Species
Directly from Clinical Specimens. Journal of Applied Microbiology
107: 425-435.
Handoyo D, Rudiretna A. 2001. Prinsip Umum dan Pelaksanaan
Polymerase Chain Reaction (PCR). Unitas 9(1): 17-29.
Hayden, M. J., Nguyen, T. M., Waterman, A., dan Chalmers, K. J. 2008.
Multiplex-ready PCR: A New Methode for Multiplexed SSR and SNP
Genotyping. BMC Genomics. 9: 80.
Hwang CC, Lee YC, Huang YR, Lin CM, Shiau CY, Hwang DF, Tsai YH. 2010.
Biogenic amines content, histamineforming bacteria and
adulteration of bonito in tuna candy products. Food control. 21:
845-850.
Irine, Nuraini H, Sumantri C. 2013. Species authentication of dog, cat and
tiger using cytochrome β gene. J Anim Sci Tech. 36:171- 78.
Kemalaputri DW, Jannah SN, Budiharjo A. 2017. Deteksi MRSA (Methicillin
Resistant Staphylococcus aureus) pada Pasien Rumah Sakit dengan
Metode Maldi-TOF MS dan Multiplex PCR. Jurnal Biologi (6): 4.

Kitano, et al. (2020). The impact analysis of a multiplex PCR respiratory
panel for hospitalized pediatric respiratory infections in Japan. J.
Infect Chemoteraphy, 26, pp 82-85.
Lanzilao I, Burgalassi F, Fancelli S, Settimelli M, Fani R. 2005. Polymerase
chain reactionrestriction fragment length polymorphism analysis of
mitochondrial cyt b gene from species of dairy interest. J AOAC Int.
88:128- 135.
Maksum IP, Suhaili, Amalia R , Kamara DS, Rachman SD, Rachman RW.
2018. PCR Multipleks untuk Identifikasi Mycobacterium
tuberculosis Resisten terhadap Isoniazid dan Rifampisin pada Galur
Lokal Balai Laboratorium Kesehatan Provinsi Jawa Barat. Jurnal
Kimia VALENSI: Jurnal Penelitian dan Pengembangan Ilmu Kimia,
4(2), 107-118.
Markoulatos P, Siafakas N, Moncany M. 2002. Multiplex Polymerase Chain
Reaction: A Practical Approach. Journal of Clinical Laboratory
Analysis 16: 47-51.
Martin I, Garcia T, Fajardo V, Rojas M, Hernandez PE, Gonzalez I, Martin R.
2007. Technical Note: detection of cat, dog, and rat or mouse
tissues in food and animal feed using speciesspecific polymerase
chain reaction. J Anim Sci. 85:2734-2739.
Matsunaga T, Chikuni K, Tanabe R, Muroya S, Shibata K, Yamada J,
Shinmura Y. 1999. A quick and simple method for the identification
of meat species and meat products by PCR assay. Meat Sci. 51:143-
148.
Muladno. 2010. Teknologi Rekayasa Genetika. Edisi Ke-2. Penerbit IPB
Press. Bogor.
Nuraini H, Primasari A, Andreas E, Sumantri C. 2012. The use of
cytochrome b gene as a specific marker of the rat meat (Rattus
norvegicus) on meat and meat products. J Anim Sci Tech. 35:15-20.
Nuraini H, Furqon A, Sari SA, Dewi MK, Zainatha FM, Novianti WT,
Sumantri C. 2013. Deteksi kandungan gelatin babi pada produk
permen jelly meggunakan penanda gen sitokrom b. J Ilmu Produksi
dan Teknologi Hasil Peternakan. 1:2303-2227.
Prinsip dan Aplikasi Metode Multipleks PCR | 109

Rajalakshmi, S. 2017. Different types of PCR technique and its applications.
International Journal of Pharmaceuticals, Chemical and Biological
Science, 7 (3), 285-292.
Rodriguez PH, Ramirez AG. 2012. Polymerase Chain Reaction. Croatia:
Dalam: Tech Europe. Hlm. 159.
Sambrook, J. & D.W. Russell. 2001. Molecular cloning a laboratory manual
3rd Ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York.
Sulistyaningsih, E. 2007. Polymerase Chain Reaction (PCR): Era Baru
Diagnosis dan Managemen Penyakit Infeksi. Biomedis. 1(2)
Suryadi TP, Ratnayani K, Yowani SC. 2014. Desain Primer untuk Amplifikasi
Gen katG Multidrug Resistance Tuberculosis (MDRTB) dengan
Metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Jurnal Kimia 8(1): 77-82.
Toma C, Lu Y, Higa N, Nakasone N, Chinen I, Baschkier A, Rivas M, Iwanaga
M. 2003. Multiplex PCR Assay for Identification of Human
Diarrheagenic Escherichia coli. Journal of Clinical Microbiology
41(6): 2669–2671.
Verma P, Yadav AN, Kazy SK, Saxena AK, Suman A. 2014. Evaluating the
diversity and phylogeny of plant growth promoting bacteria
associated with wheat (Triticum aestivum) growing in central zone
of India. International Journal off Current Microbiology Applied
Science. 3(5): 432- 447.
Wu, Xiaojing., et al. (2020). Co-infection with SARS-CoV-2 and Influenza A
Virus in Patient with Pneumonia, China. Emerging Infectious
Diseases. Vol. 26, (6).
Yang L, Wang C, Wang L, Xu C, Chen K. 2013. An Efficient Multiplex PCR
Assay for Early Detection of Agrobacterium tumefaciens in
Transgenic Plant Material. Turk J Agric For 37: 157-162.
Yusuf, Zuhriana. 2010. PCR. Makalah. FIKK, Universitas Negeri Gorontalo,
Gorontalo.
Yuwono T. 2006. Teori dan aplikasi polymerase chain reaction. Yogyakarta
(ID): Penerbit Andi Yogyakarta.

METODE DNA SEQUENCING
Dr. Dwi Sendi Priyono, S.Si., M.Si
Fakultas Biologi – UGM
A. PENDAHULUAN
Bayangkan Anda memiliki sebuah perpustakaan dengan koleksi 20.000
buku dan buku-buku ini memiliki sumber pengetahuan yang luar biasa,
seperti penyakit yang langka, segala bentuk instruksi yang mengatur
bentuk tubuh dan tingkah laku, dan bahkan kemampuan berpikir manusia.
Menariknya, semua buku itu ditulis dengan bahasa yang terdiri dari 4
huruf dengan pola-pola misterius. Buku-buku itu adalah gambaran dari
gen-gen yang membawa informasi penting, dan perpustakaan yang
menyimpan buku-buku itu adalah genom manusia. Sekuensing DNA atau
DNA sequencing adalah suatu proses penentuan urutan basa nukleotida
pada bagian atau seluruh molekul DNA (deoxyribonucleic acid). Ibarat
Anda sedang membaca buku-buku itu yang tersusun dari 4 huruf basa (C,
G, A, dan T). Runutan basa tersebut sangat penting untuk memahami
bahasa DNA. Dengan memahami bahasa DNA dalam suatu molekul DNA,
akan menyediakan banyak informasi tentang bagaimana struktur dan
suatu gen itu berfungsi.
DAFTAR PUSTAKA
Ansorge, W. J. (2009). Next-generation DNA sequencing techniques. New

Biotechnology, 25(4), 195–203.
Bentley, D. R., Balasubramanian, S., Swerdlow, H. P., Smith, G. P., Milton, J.,
Brown, C. G., Hall, K. P., Evers, D. J., Barnes, C. L., & Bignell, H. R.
(2008). Accurate whole human genome sequencing using reversible
terminator chemistry. Nature, 456(7218), 53–59.
Callaway, E. (2021). Million-year-old mammoth genomes shatter record
for oldest ancient DNA. Nature.
Castro, C. J., Marine, R. L., Ramos, E., & Ng, T. F. F. (2020). The effect of
variant interference on de novo assembly for viral deep sequencing.
BMC Genomics, 21(1), 1–12.
Check Hayden, E. (2012). Nanopore genome sequencer makes its debut.
Nature News.
Curtis, C., & Hereward, J. (2017). From the crime scene to the courtroom:
the journey of a DNA sample.
Gilbert, W., & Maxam, A. (1973). The nucleotide sequence of the lac
operator. Proceedings of the National Academy of Sciences, 70(12),
3581–3584.
Huo, W., Ling, W., Wang, Z., Li, Y., Zhou, M., Ren, M., Li, X., Li, J., Xia, Z., &
Liu, X. (2021). Miniaturized DNA Sequencers for Personal Use:
Unreachable Dreams or Achievable Goals. Frontiers in
Nanotechnology, 3, 4.
Ley, T. J., Mardis, E. R., Ding, L., Fulton, B., McLellan, M. D., Chen, K.,
Dooling, D., Dunford-Shore, B. H., McGrath, S., & Hickenbotham, M.
(2008). DNA sequencing of a cytogenetically normal acute myeloid
leukaemia genome. Nature, 456(7218), 66–72.
Low, Lloyd, and Martti Tammi. 2017. Bioinformatics A Practical Handbook
of Next Generation Sequencing and Its Applications. Edited by Lloyd
Low and Martti Tammi. Singapore: World Scientific Publishing Co.
Pte. Ltd. 5.

Mahé, P., El Azami, M., Barlas, P., & Tournoud, M. (2019). A large scale
evaluation of TBProfiler and Mykrobe for antibiotic resistance
prediction in Mycobacterium tuberculosis. PeerJ, 7, e6857.
Margulies, M., Egholm, M., Altman, W. E., Attiya, S., Bader, J. S., Bemben, L.
A., Berka, J., Braverman, M. S., Chen, Y.-J., & Chen, Z. (2005).
Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre
reactors. Nature, 437(7057), 376–380.
Priyono, D. S., Solihin, D. D., Farajallah, A., & Arini, D. I. D. (2018). Anoa,
dwarf buffalo from sulawesi, indonesia: Identification based on dna
barcode. Biodiversitas, 19(6), 1985–1992.
https://doi.org/10.13057/biodiv/d190602
Priyono, D. S., Solihin, D. D., Farajallah, A., & Purwantara, B. (2020). The
first complete mitochondrial genome sequence of the endangered
mountain anoa (Bubalus quarlesi) and phylogenetic analysis. Journal
of Asia-Pacific Biodiversity.
https://doi.org/10.1016/j.japb.2020.01.006
Quick, J., Loman, N. J., Duraffour, S., Simpson, J. T., Severi, E., Cowley, L.,
Bore, J. A., Koundouno, R., Dudas, G., & Mikhail, A. (2016). Real-time,
portable genome sequencing for Ebola surveillance. Nature,
530(7589), 228–232.
Rainey, K. (2015). Sequencing DNA in the Palm of Your Hand. NASA.
Royo, J. L., & Galán, J. J. (2009). Pyrosequencing for SNP genotyping. In
Single Nucleotide Polymorphisms (pp. 123–133). Springer.
Wang, J., Wang, W., Li, R., Li, Y., Tian, G., Goodman, L., Fan, W., Zhang, J.,
Li, J., & Zhang, J. (2008). The diploid genome sequence of an Asian
individual. Nature, 456(7218), 60–65.
Prinsip dan Aplikasi Metode DNA Sequencing | 135

REVERSE TRANSCRIPTION
Yana Rubiyana, M.Si
Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI)
A. PENGENALAN METODE REVERSE TRANSCRIPTION

Reverse Transcription (RT) atau transkripsi balik adalah suatu teknik
yang digunakan untuk mensintesis complementary deoxyribonucleic acid
(cDNA) dari ribonucleic acid (RNA) atau dengan perkataan lain RT adalah
kebalikan dari proses transkripsi yaitu menggandakan untai tunggal RNA
menjadi cDNA (King, 2010). RNA biasanya digunakan sebagai parameter
ekspresi gen akan tetapi molekul RNA tidak dapat teramplifikasi secara
langsung sehingga perlu dilakukan transkripsi balik menjadi cDNA.
Pembentukan cDNA merupakan hasil proses enzimatik secara in-vitro
menggunakan RNA-dependent DNA polimerase atau yang dikenal dengan
reverse transcriptase (Baltimore, 1970; Temin & Mizutani, 1970). Teknik
konversi RNA menjadi cDNA banyak digunakan oleh para peneliti untuk
mengamankan agar sampel yang ditelitinya tidak mudah terdegradasi. Hal
ini dikarenakan sifat cDNA yang lebih stabil dibandingkan RNA. Sampel
cDNA selanjutnya dapat dianalisis menggunakan metode lainnya seperti
Polymerase Chain Reaction (PCR). Beberapa hal yang perlu diperhatikan
dalam mensintesis cDNA yaitu sumber RNA, teknik isolasi RNA, enzim
DAFTAR PUSTAKA
Aranda, R., Dineen, S. M., Craig, R. L., Guerrieri, R. A., & Robertson, J. M.
(2009) Comparison and evaluation of RNA quantification methods
using viral, prokaryotic, and eukaryotic RNA over a 10 4
concentration range. Anal Biochem 387:122-127.
Ausubel, F. M., Brent, R., Kingston, R. E., Moore, D. D., Seidman, J. G.,
Smith, J. A., & Struhl, K. (2003). Current protocols in molecular
biology. Volume 1. New York: John Wiley & Sons, Inc.
Baltimore, D. (1970). Viral RNA-dependent DNA polymerase: RNA-
dependent DNA polymerase in virions of RNA tumour viruses.
Nature, 226(5252), 1209-1211.
Becker, C., Hammerle-Fickinger, A., Riedmaier, I., & Pfaffl, M. W. (2010).
mRNA and microRNA quality control for RT-qPCR analysis. Methods
50, 237-243.
Boonham, N., Tomlinson, J. & Mumford, R. (2016). Molecular Methods in
Plant Disease Diagnostic: Principles and Protocols. Boston: CABI.
Bustin, S. A. (2004). A-Z of Quantitative PCR. IUL Biotechnology Series,
International University Line, La Jolla: California.
Farrell, R. E. (2017). RNA Methodologies. Laboratory Guide for Isolation
and Characterization. Fifth Edition. USA: Academic Press.
Gassmann, M., Grenacher, B., Rohde, B., & Vogel, J. (2009). Quantifying
western blots: pitfalls of densitometry. Electrophoresis 30, 1845-
1855.
Habib, S. H., Saud, H. M., & Kausar, H. (2014). Efficient oil palm total RNA
extraction with a total RNA extraction kit. Genet Mol Res 13, 2359-
2367.
Herawati, N., Kusumawati, A., & Santoso, A. (2018). Pichia pastoris: Sel
Ragi Untuk Produksi Protein Rekombinan. Berita Biologi 17 (2): 91-
102.
Hizi, A., & Herschhorn, A. (2008). Retroviral reverse transcriptases (other
than those of HIV-1 and murine leukemia virus): a comparison of
their molecular and biochemical properties. Virus research, 134(1-
2), 203-220.
Prinsip dan Aplikasi Reverse Transcription | 153

Jung, Y. J., Park, G. S., Moon, J. H., Ku, K., Beak, S. H., Kim, S., ... & Kim, H.
G. (2020). Comparative analysis of primer-probe sets for the
laboratory confirmation of SARS-CoV-2. BioRxiv.
King, N. (2010). RT-PCR Protocols second edition. London: Humana Press.
Kuang, J., Yan, X., Genders, A. J., Granata, C., & Bishop, D. J. (2018). An
overview of technical considerations when using quantitative real-
time PCR analysis of gene expression in human exercise research.
PloS one, 13(5), e0196438.
Lamb, L. E., Bartolone, S. N., Ward, E., & Chancellor, M. B. (2020). Rapid
detection of novel coronavirus (COVID19) by reverse transcription-
loop-mediated isothermal amplification. Available at SSRN 3539654.
Marone, M., Mozzetti, S., De Ritis, D., Pierelli, L., & Scambia, G. (2001).
Semiquantitative RT-PCR analysis to assess the expression levels of
multiple transcripts from the same sample. Biological procedures
online, 3(1), 19-25.
Nam, D. K., Lee, S., Zhou, G., Cao, X., Wang, C., Clark, T., ... & Wang, S. M.
(2002). Oligo (dT) primer generates a high frequency of truncated
cDNAs through internal poly (A) priming during reverse
transcription. Proceedings of the National Academy of Sciences,
99(9), 6152-6156.
Nawattanapaiboon, K., Pasomsub, E., Prombun, P., Wongbunmak, A.,
Jenjitwanich, A., Mahasupachai, P., ... & Srikhirin, T. (2021).
Colorimetric reverse transcription loop-mediated isothermal
amplification (RT-LAMP) as a visual diagnostic platform for the
detection of the emerging coronavirus SARS-CoV-2. Analyst, 146(2),
471-477.
Reece, J. B., Urry, L. A., Cain, M. L., Wasserman, S. A., Minorsky, P. V., &
Jackson, R. B. (2014). Campbell biology. Boston: Pearson.
Sambrook, J., & Russell, D. (2001). Molecular Cloning: A Laboratory
Manual, 3rd edn. Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor
Laboratory Press.
Stahlberg, A., Hakansson, J., Xian, X., Semb, H., & Kubista, M. (2004).
Properties of the reverse transcription reaction in mRNA
quantification. Clinical chemistry, 50(3), 509-515.

Tan, S. C., & Yiap, B. C. (2009). DNA, RNA, and protein extraction: the past
and the present. Journal of Biomedicine and Biotechnology, 2009.
Temin, H. M., & Mizutani, S. (1970). RNA-dependent DNA polymerase in
virions of Rous sarcoma virus. Nature 226, 1211-1213.
Tesena, P., Korchunjit, W., Taylor, J., & Wongtawan, T. (2017).
Comparison of commercial RNA extraction kits and qPCR master
mixes for studying gene expression in small biopsy tissue samples
from the equine gastric epithelium. Journal of Equine Science, 28(4),
135-141.
Thi, V. L. D., Herbst, K., Boerner, K., Meurer, M., Kremer, L. P., Kirrmaier,
D., ... & Anders, S. (2020). A colorimetric RT-LAMP assay and LAMP-
sequencing for detecting SARS-CoV-2 RNA in clinical samples.
Science translational medicine, 12(556).
Wong, D. W. (2006). The ABCs of gene cloning. Springer.
Wan, Y., Shang, J., Graham, R., Baric, R. S., & Li, F. (2020). Receptor
recognition by the novel coronavirus from Wuhan: an analysis based
on decade-long structural studies of SARS coronavirus. Journal of
virology, 94(7).
Ying, S. Y. (2004). Complementary DNA libraries. Molecular biotechnology,
27(3), 245-252.
Prinsip dan Aplikasi Reverse Transcription | 155

PRINSIP DAN APLIKASI METODE REAL TIME
POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR)
Dr. rer. nat. Pratiwi Prananingrum, S.Si., M.Sc
Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia
A. PENGENALAN METODE
Istilah "Polymerase chain reaction" (PCR) pertama kali digunakan lebih
dari 30 tahun yang lalu dalam sebuah makalah yang menjelaskan
amplifikasi enzimatis DNA baru (Saiki et al., 1985). Reaksi PCR
menghasilkan salinan template DNA secara eksponensial. Hal ini
menyebabkan hubungan kuantitatif antara konsentrasi awal template
DNA yang digunakan dan jumlah produk PCR (amplikon) yang
terakumulasi pada siklus tertentu. Acuan penghitungan duplikasi template
DNA adalah jumlah amplikon yang terukur pada fase eksponensial. Pada
fase eksponensial reaksi PCR berlangsung secara optimal, reaksi ini terus
berlangsung hingga terjadi hambatan reaksi PCR oleh beberapa faktor
seperti berkurangnya kadar template, reagen, serta akumulasi molekul
pirofosfat. Hambatan ini mengakibatkan reaksi PCR memasuki fase plateu.
Dengan demikian, penghitungan produk PCR pada fase plateu tidak dapat
digunakan sebagai acuan secara akurat. Perkembangan penting dalam
pemanfaatan PCR adalah pengenalan konsep pemantauan amplifikasi DNA
secara real time melalui pemantauan fluoresensi (Holland et al., 1991;
DAFTAR PUSTAKA
Abravaya, K., Huff, J., Marshall, R., Merchant, B., Mullen, C., Schneider, G.,
& Robinson, J. (2003). Molecular beacons as diagnostic tools:
technology and applications.
Arya, M., Shergill, I. S., Williamson, M., Gommersall, L., Arya, N., & Patel,
H. R. (2005). Basic principles of real-time quantitative PCR. Expert
review of molecular diagnostics, 5(2), 209-219.
Baldwin, B. G. (1992). Phylogenetic utility of the internal transcribed
spacers of nuclear ribosomal DNA in plants: an example from the
Compositae. Molecular phylogenetics and evolution, 1(1), 3-16.
Berger, A. and Preiser, W. (2002) Viral genome quantification as a tool for
improving patient management: the example of HIV, HBV, HCV and
CMV. J. Antimicrob. Chemother. 49, 713–721.
Bhullar, S. S., Chandak, N. H., Purohit, H. J., Taori, G. M., Daginawala, H. F.,
& Kashyap, R. S. (2014). Determination of viral load by quantitative
real-time PCR in herpes simplex encephalitis
patients. Intervirology, 57(1), 1-7.
Brodmann, P. D., Ilg, E. C., Berthoud, H., & Herrmann, A. (2002). Real-time
quantitative polymerase chain reaction methods for four genetically
modified maize varieties and maize DNA content in food. Journal of
AOAC International, 85(3), 646-653.
Bustin, Stephen A. "Absolute quantification of mRNA using real-time
reverse transcription polymerase chain reaction assays." Journal of
molecular endocrinology 25, no. 2 (2000): 169-193.
Carpenter, C. C., Cooper, D. A., Fischl, M. A., et al. (2000) Antiretroviral
therapy in adults:
updated recommendations of the International AIDS Society–USA
Panel. JAMA 283, 381–390.
Chen W., Dai J., Zhang H., Jiao H., Cheng J. Wu Y. (2014): Concentration
and detection of tobacco etch virus from irrigation water using real-
time PCR. Turkish Journal of Agriculture and Forestry, 38: 471–477.

Ginzinger, D. G. (2002). Gene quantification using real-time quantitative
PCR: an emerging technology hits the mainstream. Experimental
hematology, 30(6), 503-512.
Giulietti, A., Overbergh, L., Valckx, D., Decallonne, B., Bouillon, R., &
Mathieu, C. (2001). An overview of real-time quantitative PCR:
applications to quantify cytokine gene expression. Methods, 25(4),
386-401.
Greer, S., Honeywell, R., Geletu, M., Arulanandam, R., & Raptis, L. (2010).
Housekeeping genes; expression levels may change with density of
cultured cells. Journal of immunological methods, 355(1-2), 76-79.
GUNDRY, C. N., BERNARD, P. S., HERRMANN, M. G., REED, G. H., &
WITTWER, C. T. (1999). Rapid F508del and F508C assay using
fluorescent hybridization probes. Genetic testing, 3(4), 365-370.
Hart, K. W., Williams, O. M., Thelwell, N., Fiander, A. N., Brown, T.,
Borysiewicz, L. K., & Gelder, C. M. (2001). Novel method for
detection, typing, and quantification of human papillomaviruses in
clinical samples. Journal of clinical microbiology, 39(9), 3204-3212.
Higuchi, R., Fockler, C., Dollinger, G., & Watson, R. (1993). Kinetic PCR
analysis: real-time monitoring of DNA amplification
reactions. Bio/technology, 11(9), 1026-1030.
Holland, P. M., Abramson, R. D., Watson, R., & Gelfand, D. H. (1991).
Detection of specific polymerase chain reaction product by utilizing
the 5'----3'exonuclease activity of Thermus aquaticus DNA
polymerase. Proceedings of the National Academy of
Sciences, 88(16), 7276-7280.
Holland, P. M., Abramson, R. D., Watson, R., & Gelfand, D. H. (1991).
Detection of specific polymerase chain reaction product by utilizing
the 5'----3'exonuclease activity of Thermus aquaticus DNA
polymerase. Proceedings of the National Academy of
Sciences, 88(16), 7276-7280.
Holst-Jensen, A., Rønning, S. B., Løvseth, A., & Berdal, K. G. (2003). PCR
technology for screening and quantification of genetically modified
organisms (GMOs). Analytical and Bioanalytical Chemistry, 375(8),
985-993.
Prinsip dan Aplikasi Metode Real Time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) | 175
Kelley, V. A., & Caliendo, A. M. (2001). Successful testing protocols in
virology. Clinical chemistry, 47(8), 1559-1562.
Kline, M. C., Duewer, D. L., Redman, J. W., & Butler, J. M. (2003). NIST
Mixed Stain Study 3: DNA quantitation accuracy and its influence on
short tandem repeat multiplex signal intensity. Analytical
chemistry, 75(10), 2463-2469.
Nauck, M., März, W., & Wieland, H. (2000). Evaluation of the Roche
diagnostics LightCycler-Factor V Leiden Mutation Detection Kit and
the LightCycler-Prothrombin Mutation Detection Kit. Clinical
biochemistry, 33(3), 213-216.
Overbergh, L., Giulietti, A., Valckx, D., Decallonne, B., Bouillon, R., &
Mathieu, C. (2003). The use of real-time reverse transcriptase PCR
for the quantification of cytokine gene expression. Journal of
biomolecular techniques: JBT, 14(1), 33.
Papayiannis, L. C. (2014). Diagnostic real-time RT-PCR for the
simultaneous detection of Citrus exocortis viroid and Hop stunt
viroid. Journal of virological Methods, 196, 93-99.
Permingeat, H. R., Reggiardo, M. I., & Vallejos, R. H. (2002). Detection and
quantification of transgenes in grains by multiplex and real-time
PCR. Journal of agricultural and food chemistry, 50(16), 4431-4436.
Ramos‐Payán, R., Aguilar‐Medina, M., Estrada‐Parra, S., González‐y‐
Merchand, J. A., Favila‐Castillo, L., Monroy‐Ostria, A., & Estrada‐
Garcia, I. C. E. (2003). Quantification of cytokine gene expression
using an economical real‐time polymerase chain reaction method
based on SYBR® green I. Scandinavian journal of immunology, 57(5),
439-445.
Rodríguez-Lázaro, D., & Hernández, M. (2013). Real-time PCR in food
science: introduction. Curr. Issues Mol. Biol, 15, 25-38.
Saiki, R. K., Scharf, S., Faloona, F., Mullis, K. B., Horn, G. T., Erlich, H. A., &
Arnheim, N. (1985). Enzymatic amplification of beta-globin genomic
sequences and restriction site analysis for diagnosis of sickle cell
anemia. Science, 230(4732), 1350-1354.

Slomka, M. J., Pavlidis, T., Coward, V. J., Voermans, J., Koch, G., Hanna, A.,
... & Brown, I. H. (2009). Validated RealTime reverse transcriptase
PCR methods for the diagnosis and pathotyping of Eurasian H7
avian influenza viruses. Influenza and other respiratory viruses, 3(4),
151-164.
Smit, M. L., Giesendorf, B. A., Vet, J. A., Trijbels, F. J., & Blom, H. J. (2001).
Semiautomated DNA mutation analysis using a robotic workstation
and molecular beacons. Clinical chemistry, 47(4), 739-744.
Souček, P., Pavlů, J., Medveďová, Z., Reinöhl, V., & Brzobohatý, B. (2017).
Stability of housekeeping gene expression in Arabidopsis thaliana
seedlings under differing macronutrient and hormonal
conditions. Journal of Plant Biochemistry and Biotechnology, 26(4),
415-424.
Suzuki, T., Higgins, P. J., & Crawford, D. R. (2000). Control selection for
RNA quantitation. Biotechniques, 29(2), 332-337.
Tahamtan, A., & Ardebili, A. (2020). Real-time RT-PCR in COVID-19
detection: issues affecting the results. Expert review of molecular
diagnostics, 20(5), 453-454.
Thelwell, N., Millington, S., Solinas, A., Booth, J., & Brown, T. (2000). Mode
of action and application of Scorpion primers to mutation
detection. Nucleic acids research, 28(19), 3752-3761.
Vaitilingom, M., Pijnenburg, H., Gendre, F., & Brignon, P. (1999). Real-time
quantitative PCR detection of genetically modified Maximizer maize
and Roundup Ready soybean in some representative foods. Journal
of Agricultural and Food Chemistry, 47(12), 5261-5266.
von Ahsen, N., Oellerich, M., & Schutz, E. (2000). Use of two reporter dyes
without interference in a single-tube rapid-cycle PCR: α1-antitrypsin
genotyping by multiplex real-time fluorescence PCR with the
LightCycler. Clinical Chemistry, 46(2), 156-161.
Wabuyele, M. B., Farquar, H., Stryjewski, W., Hammer, R. P., Soper, S. A.,
Cheng, Y. W., & Barany, F. (2003). Approaching real-time molecular
diagnostics: single-pair fluorescence resonance energy transfer
(spFRET) detection for the analysis of low abundant point mutations
in K-ras oncogenes. Journal of the American Chemical
Society, 125(23), 6937-6945.
Prinsip dan Aplikasi Metode Real Time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) | 177
Whitcombe, D., Theaker, J., Guy, S. P., Brown, T., & Little, S. (1999).
Detection of PCR products using self-probing amplicons and
fluorescence. Nature biotechnology, 17(8), 804-807.
Zhao Z., Yu Y., Zhang Z., Liang P., Ma Y., Li S., Wang H. (2013): A duplex,
SYBR Green I-based RT-qPCR assay for the simultaneous detection
of Apple chlorotic leaf spot virus and Cherry green ring mottle virus
in peach. Virology Journal, 10: 255.

PRINSIP DAN APLIKASI DNA BARCODE
Dwi Anggorowati Rahayu, S.Si., M.Si
Universitas Negeri Surabaya
A. PENDAHULUAN
Saat ini dunia telah dihadapkan pada masalah ancaman krisis
keanekaragaman hayati (biodiversitas) dan sebagian besar ancaman itu
berada di Negara tropis Indonesia. Minimnya informasi biodiversitas di
Indonesia, memunculkan kekhawatiran beberapa spesies hayati punah
sebelum dikenali. Lamanya proses identifikasi membuat spesies Flora dan
Fauna tertentu mati sebelum terekam data base-nya. Pendekatan
molekuler (marka molekuler spesifik-spesies) melalui teknologi DNA
Barcoding akan memberikan alternatif cepat dan tepat mengidentifikasi
spesies Tumbuhan dan Hewan lokal dan Endemik Indonesia yang sudah
maupun belum terdeskripsikan. Penentuan nama spesies secara tepat
akan membuka peluang jangka panjang penerapan konservasi in-situ
maupun ex-situ berkelanjutan dan sesuai dengan target Sustainable
Development Goals (SDGs). Bahasan pada BAB 10 ini akan memberikan
pola pikir, inspirasi, dan acuan bagi mahasiswa dan peneliti Indonesia
untuk menggunakan teknologi terkini identifikasi spesies secara tepat,
cepat dan akurat untuk menyelamatkan plasma nutfah Indonesia yang
belum terdeskripsikan.
DAFTAR PUSTAKA
Ambarwati, R., Rahayu, D. A., Rachmadiarti, F., & Khaleyla, F. (2021). DNA
barcoding of lamp shells (Brachiopoda: Lingula anatina) from
Probolinggo, East Java, Indonesia. Biodiversitas, 22(4), 1764–1774.
Anzani, L., Madduppa, H. H., Nurjaya, I. W., & Dias, P. J. (2019). Short
communication: Molecular identification of white sea squirt
Didemnum sp. (tunicata, ascidiacea) colonies growing over corals in
raja ampat Islands, Indonesia. Biodiversitas, 20(3), 636–642.
Barcaccia, G., Lucchin, M., & Cassandro, M. (2016). DNA barcoding as a
molecular tool to track down mislabeling and food piracy. Diversity,
8(1). https://doi.org/10.3390/d8010002
Buhay, J. E. (2009). “Coi-like” sequences are becoming problematic in
molecular systematic and dna barcodeng studies. Journal of
Crustacean Biology, 29(1), 96–110. https://doi.org/10.1651/08-
3020.1
Dudu, A., Georgescu, S. E., Popa, O., Dinischiotu, A., & Costache, M.
(2011). Mitochondrial 16S and 12S rRNA sequence analysis in four
salmonid species from romania. Acta Zoologica Academiae
Scientiarum Hungaricae, 57(3), 233–246.
Endo, K., Noguchi, Y., Ueshima, R., & Jacobs, H. T. (2005). Novel repetitive
structures, deviant protein-encoding sequences and unidentified
ORFs in the mitochondrial genome of the brachiopod Lingula
anatina. Journal of Molecular Evolution, 61(1), 36–53.
https://doi.org/10.1007/s00239-004-0214-5
Esa, Y. B., Siraj, S. S., Daud, S. K., Rahim, K. A. A., Japning, J. R. R., & Tan, S.
G. (2008). Mitochondrial DNA diversity of Tor tambroides
Valenciennes (Cyprinidae) from five natural populations in
Malaysia. Zoological Studies, 47(3), 360–367.

Folmer, O., Black, M., Hoeh, W., Lutz, R., & Vrijenhoek, R. (1994). DNA
primers for amplification of mitochondrial cytochrome c oxidase
subunit I from diverse metazoan invertebrates. Molecular Marine
Biology and Biotechnology, 3(5), 294–299.
https://doi.org/10.1071/ZO9660275
Hajibabaei, M., Singer, G. A. C., Hebert, P. D. N., & Hickey, D. A. (2007).
DNA barcoding: how it complements taxonomy, molecular
phylogenetics and population genetics. Trends in Genetics, 23(4),
167–172. https://doi.org/10.1016/j.tig.2007.02.001
Hebert, P. D. N., Cywinska, A., Ball, S. L., & DeWaard, J. R. (2003).
Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the
Royal Society B: Biological Sciences, 270(1512), 313–321.
https://doi.org/10.1098/rspb.2002.2218
Hebert, P. D. N., & Gregory, T. R. (2005). The promise of DNA barcoding
for taxonomy. Systematic Biology, 54(5), 852–859.
https://doi.org/10.1080/10635150500354886
Hebert, P. D. N., Stoeckle, M. Y., Zemlak, T. S., & Francis, C. M. (2004).
Identification of birds through DNA barcodes. PLoS Biology, 2(10).
https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0020312
Hubert, N., & Hanner, R. (2016). DNA Barcoding, species delineation and
taxonomy: a historical perspective. DNA Barcodes, 3(1), 44–58.
https://doi.org/10.1515/dna-2015-0006
Islam, M. M., Kurose, N., Khan, M. R., Nishizawa, T., Kuramoto, M., Alam,
M. S., Hasan, M., Kurniawan, N., Nishioka, M., & Sumida, M. (2008).
Genetic Divergence and Reproductive Isolation in the Genus
Fejervarya (Amphibia: Anura) from Bangladesh Inferred from
Morphological Observations, Crossing Experiments, and Molecular
Analyses. Zoological Science, 25(11), 1084–1105.
https://doi.org/10.2108/zsj.25.1084
Jannah, M., Hariri, M. R., Kasiamdari, R. S., & Handayani, N. S. N. (2021).
The use of DNA barcoding and phylogenetic analysis to improve
identification of usnea spp. based on ITS rDNA. Journal of Tropical
Biodiversity and Biotechnology, 6(1).
https://doi.org/10.22146/JTBB.58635
Prinsip dan Aplikasi DNA Barcode | 197

Kang, Y., Deng, Z., Zang, R., & Long, W. (2017). DNA barcoding analysis and
phylogenetic relationships of tree species in tropical cloud forests.
Scientific Reports, 7(1), 1–9. https://doi.org/10.1038/s41598-017-
13057-0
Kress, W. J., Wurdack, K. J., Zimmer, E. A., Weigt, L. A., & Janzen, D. H.
(2005). Use of DNA barcodes to identify flowering plants.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United
States of America, 102(23), 8369–8374.
https://doi.org/10.1073/pnas.0503123102.
Kumar S, Stecher G, Tamura K. 2016. MEGA7: Molecular Evolutionary
Genetics Analysis version 7.0 for bigger datasets. Molecular Biology
and Evolution. Mol Biol Evol. doi: 10.1093/molbev/msw054.
Letchuman, S. (2018). Short Introduction of DNA Barcoding. International
Journal of Research, 5(4), 673–686.
Listyorini, D., Winaris, N., Prananingrum, P., Kartikasari, N., Rahayu, D. A.,
Khasna, E. N., & Kahrisma, V. D. (2011). Biologi Molekuler.
http.//www.erlangga.co.id
Madduppa, H., Taurusman, A. A., Subhan, B., Anggraini, N. P., Fadillah, R.,
& Tarman, K. (2017). Short communication: Dna barcoding reveals
vulnerable and not evaluated species of sea cucumbers
(Holothuroidea and Stichopodidae) from Kepulauan Seribu reefs,
Indonesia. Biodiversitas, 18(3), 893–898.
Nugroho, ED, Rahayu, DA., AMin, M., Lestari, U. (2015). Journal of
Biological Researches. Journal of Biological Researches, 21(1), 41–
45.
Popa, L. O., Popa, O. P., Gargarea, P., & Murariu, D. (2007). Sequence
analysis of the 5’ COI gene region from Dama dama (Linnaeus,
1758) (Mammalia : Cervidae). Travaux Du Museum National
d’Histoire Naturelle Grigore Antipa, 50, 537–542.
Rahayu, DA & Nugroho, E. (2014). Pendekatan Fenetik Taksonomi Dalam
Identifikasi Kekerabatan Dan Pengelompokkan Ikan Genus Tor Di
Indonesia. Bioedukasi, 7(1), 60–64.
https://doi.org/https://doi.org/10.20961/bioedukasi-uns.v7i1.2844

Rahayu, D. A., & Jannah, M. (2019). DNA Barcode Hewan dan Tumbuhan
Indonesia. 65, 1–20. https://osf.io/ty7e5/
Rahayu, D. A., Nugroho, E. D., Haryono, Kurniawan, N., & Azrianingzih, R.
(2012). DNA Barcode dan Haplotype Network Ikan Lokal dari Telaga
Banyu Biru Kabupaten Pasuruan. Prosiding Seminar Nasional Ikan
Ke-8, 1993, 67–75.
Rahayu, D. A., Nugroho, E. D., & Listyorini, D. (2019). DNA Barcoding Ikan
Introduksi Khas Telaga Sari, Kabupaten Pasuruan. Biotropika:
Journal of Tropical Biology, 7(2), 51–62.
https://doi.org/10.21776/ub.biotropika.2019.007.02.2
Ratnasingham, S., & Hebert, P. D. N. (2007). BOLD: The Barcode of Life
Data System: Barcoding. Molecular Ecology Notes, 7(3), 355–364.
https://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2007.01678.x
SUNARYO, W. (2015). Aplikasi DNA Barcoding untuk analisis keragaman
genetik lai-durian (Durio zibethinus x kutejensis) asal Kalimantan
Timur. 1(September), 1273–1277.
https://doi.org/10.13057/psnmbi/m010602
Trisyani, N., & Rahayu, D. A. (2020). DNA barcoding of razor clam solen
spp. (solinidae, bivalva) in Indonesian beaches. Biodiversitas, 21(2).
Waugh, J., Huynen, L., Millar, C., & Lambert, D. (2008). DNA barcoding of
animal species - Response to DeSalle [1]. BioEssays, 30(1), 92–93.
https://doi.org/10.1002/bies.20698
White, T. J., Bruns, T., Lee, S., & Taylor, J. (1990). Amplification and Direct
Sequencing of Fungal Ribosomal Rna Genes for Phylogenetics. PCR
Protocols, January, 315–322. https://doi.org/10.1016/b978-0-12-
372180-8.50042-1
Wong, E. H. K., & Hanner, R. H. (2008). DNA barcoding detects market
substitution in North American seafood. Food Research
International, 41(8), 828–837.
https://doi.org/10.1016/j.foodres.2008.07.005
Wong, E. H. K., Shivji, M. S., & Hanner, R. H. (2009). Identifying sharks with
DNA barcodes: Assessing the utility of a nucleotide diagnostic
approach. Molecular Ecology Resources, 9(SUPPL. 1), 243–256.
https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2009.02653.x
Prinsip dan Aplikasi DNA Barcode | 199

PRINSIP DAN APLIKASI eDNA
Dr. Eng. Sapto Andriyono, S.Pi., M.T
Universitas Airlangga
A. PENGENALAN METODE
DNA lingkungan (eDNA) dapat didefinisikan sebagai bagian kajian
molekuler yang menggunakan objek materi genetik yang koleksi dan
diekstraksi dari sampel lingkungan seperti tanah, air, dan bahkan udara.
Studi eDNA yang berkembang sangat pesat dan telah membuktikan dapat
diaplikasikan dalam beberapa bidang yang sebelumnya belum pernah
dilakukan sebagai contoh aplikasinya untuk mendeteksi spesies dan
melakukan analisis genetik yang sangat berguna dalam upaya konservasi,
pengelolaan, dan penelitian. Hal ini dilakukan karena metode pendekatan
molekuler ini (eDNA) dalam mengumpulkan sampel dan material genetic
objek penelitian sangat praktis. Sejumlah hasil-hasil penelitian tentang
aplikasi eDNA telah menunjukkan keberhasilan dan jumlah kegiatan
penelitiannya meningkat pesat dalam beberapa tahun terakhir. Pada
tulisan ini, kami akan mendiskusikan prinsip kerja, aplikasi dan manfaat
eDNA pada studi ekologi khususnya lingkungan perairan (akuatik).
DAFTAR PUSTAKA
Alam MJ, Kim N-K, Andriyono S, Choi H-k, Lee J-H, Kim H-W. 2020.
Assessment of fish biodiversity in four Korean rivers using
environmental DNA metabarcoding. PeerJ 8: e9508.
Andriyono S, ALAM MJ, KIM H-W. 2019. Environmental DNA (eDNA)
metabarcoding: Diversity study around the Pondok Dadap fish
landing station, Malang, Indonesia. Biodiversitas Journal of
Biological Diversity 20.
Andriyono, S., Alam, M.J., Kim, H.-W. 2021. Marine Fish Detection by
Environmental DNA (eDNA) Metabarcoding Approach in the
Pelabuhan Ratu Bay, Indonesia. International Journal on Advanced
Science, Engineering and Information Technology, 2021, 11(2), :729-
737
Barnes MA, Turner CR. 2016. The ecology of environmental DNA and
implications for conservation genetics. Conservation Genetics 17: 1-
17.
Deiner K, Altermatt F. 2014. Transport distance of invertebrate
environmental DNA in a natural river. PloS one 9: e88786.
Demestre M, Muntadas A, de Juan S, Mitilineou C, Sartor P, Mas J, Kavadas
S, Martín J. 2015. The need for fine-scale assessment of trawl fishing
effort to inform on an ecosystem approach to fisheries: Exploring
three data sources in Mediterranean trawling grounds. Marine
Policy 62: 134-143.
Egan SP, Barnes MA, Hwang CT, Mahon AR, Feder JL, Ruggiero ST, Tanner
CE, Lodge DM. 2013. Rapid invasive species detection by combining
environmental DNA with light transmission spectroscopy.
Conservation Letters 6: 402-409.
Ficetola GF, Miaud C, Pompanon F, Taberlet P. 2008. Species detection
using environmental DNA from water samples. Biology letters 4:
423-425.
Prinsip dan Aplikasi eDNA | 215

Foote AD, Thomsen PF, Sveegaard S, Wahlberg M, Kielgast J, Kyhn LA,
Salling AB, Galatius A, Orlando L, Gilbert MTP. 2012. Investigating
the potential use of environmental DNA (eDNA) for genetic
monitoring of marine mammals. PloS one 7: e41781.
Goldberg CS, Sepulveda A, Ray A, Baumgardt J, Waits LP. 2013.
Environmental DNA as a new method for early detection of New
Zealand mudsnails (Potamopyrgus antipodarum). Freshwater
Science 32: 792-800.
Hopkins G, Freckleton RP. 2002. Declines in the numbers of amateur and
professional taxonomists: implications for conservation. Animal
Conservation 5: 245-249.
Jerde C, Mahon A, Chadderton W, Lodge D. 2011. Sight unseen detection
of environmental DNA for surveillance of aquatic organisms at low
densities. Conservation Letters, in press, doi 10: 1111.
Jørgensen T, Haile J, Möller P, Andreev A, Boessenkool S, Rasmussen M,
Kienast F, Coissac E, Taberlet P, Brochmann C. 2012. A comparative
study of ancient sedimentary DNA, pollen and macrofossils from
permafrost sediments of northern Siberia reveals long‐term
vegetational stability. Molecular Ecology 21: 1989-2003.
Lang M, Baldwin C. 1996. The Diving for Science… 1996," Methods and
Techniques of Underwater Research".
Levy-Booth DJ, Campbell RG, Gulden RH, Hart MM, Powell JR, Klironomos
JN, Pauls KP, Swanton CJ, Trevors JT, Dunfield KE. 2007. Cycling of
extracellular DNA in the soil environment. Soil Biology and
Biochemistry 39: 2977-2991.
Lindahl T. 1993. Instability and decay of the primary structure of DNA.
nature 362: 709-715.
Lodge DM, Williams S, MacIsaac HJ, Hayes KR, Leung B, Reichard S, Mack
RN, Moyle PB, Smith M, Andow DA. 2006. Biological invasions:
recommendations for US policy and management. Ecological
applications 16: 2035-2054.
Mahon AR, Jerde CL, Galaska M, Bergner JL, Chadderton WL, Lodge DM,
Hunter ME, Nico LG. 2013. Validation of eDNA surveillance
sensitivity for detection of Asian carps in controlled and field
experiments. PloS one 8: e58316.

McManus JW, Reyes Jr RB, Nanola Jr CL. 1997. Effects of some destructive
fishing methods on coral cover and potential rates of recovery.
Environmental management 21: 69-78.
Miya M, Sato Y, Fukunaga T, Sado T, Poulsen J, Sato K, Minamoto T,
Yamamoto S, Yamanaka H, Araki H. 2015. MiFish, a set of universal
PCR primers for metabarcoding environmental DNA from fishes:
detection of more than 230 subtropical marine species. Royal
Society open science 2: 150088.
Niamaimandi N, Valinassab T, Daryanabard R. 2018. Biodiversity of
Demersal Species from Trawl Surveys in the Iranian Waters of the
Persian Gulf. Turkish Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 18:
1345-1353.
Nielsen KM, Johnsen PJ, Bensasson D, Daffonchio D. 2007. Release and
persistence of extracellular DNA in the environment. Environmental
biosafety research 6: 37-53.
Olson ZH, Briggler JT, Williams RN. 2012. An eDNA approach to detect
eastern hellbenders (Cryptobranchus a. alleganiensis) using samples
of water. Wildlife Research 39: 629-636.
Pedersen MW, Ginolhac A, Orlando L, Olsen J, Andersen K, Holm J, Funder
S, Willerslev E, Kjær KH. 2013. A comparative study of ancient
environmental DNA to pollen and macrofossils from lake sediments
reveals taxonomic overlap and additional plant taxa. Quaternary
Science Reviews 75: 161-168.
Petovic S, Markovic O. 2013. Degradation of benthic communities using
demersal trawling. Poljoprivreda i Sumarstvo 59: 157.
Rees HC, Bishop K, Middleditch DJ, Patmore JR, Maddison BC, Gough KC.
2014. The application of eDNA for monitoring of the Great Crested
Newt in the UK. Ecology and Evolution 4: 4023-4032.
Renshaw MA, Olds BP, Jerde CL, McVeigh MM, Lodge DM. 2015. The room
temperature preservation of filtered environmental DNA samples
and assimilation into a phenol–chloroform–isoamyl alcohol DNA
extraction. Molecular ecology resources 15: 168-176.

Sato Y, Miya M, Fukunaga T, Sado T, Iwasaki W. 2018. MitoFish and MiFish
pipeline: a mitochondrial genome database of fish with an analysis
pipeline for environmental DNA metabarcoding. Molecular biology
and evolution 35: 1553-1555.
Stager JC, Sporn LA, Johnson M, Regalado S. 2015. Of paleo-genes and
perch: what if an “alien” is actually a native? PLoS One 10:
e0119071.
Takahara T, Minamoto T, Doi H. 2013. Using environmental DNA to
estimate the distribution of an invasive fish species in ponds. PloS
one 8: e56584.
Teletchea F. 2009. Molecular identification methods of fish species:
reassessment and possible applications. Reviews in Fish Biology and
Fisheries 19: 265.
Thomsen PF, Kielgast J, Iversen LL, Møller PR, Rasmussen M, Willerslev E.
2012a. Detection of a diverse marine fish fauna using environmental
DNA from seawater samples. PLoS one 7: e41732.
Thomsen PF, Kielgast J, Iversen LL, Wiuf C, Rasmussen M, Gilbert MTP,
Orlando L, Willerslev E. 2012b. Monitoring endangered freshwater
biodiversity using environmental DNA. Molecular ecology 21: 2565-
2573.
Turner CR, Uy KL, Everhart RC. 2015. Fish environmental DNA is more
concentrated in aquatic sediments than surface water. Biological
Conservation 183: 93-102.
Turner CR, Miller DJ, Coyne KJ, Corush J. 2014a. Improved methods for
capture, extraction, and quantitative assay of environmental DNA
from Asian bigheaded carp (Hypophthalmichthys spp.). PloS one 9:
e114329.
Turner CR, Barnes MA, Xu CC, Jones SE, Jerde CL, Lodge DM. 2014b.
Particle size distribution and optimal capture of aqueous macrobial
eDNA. Methods in Ecology and Evolution 5: 676-684.
Wafar M, Venkataraman K, Ingole B, Khan SA, LokaBharathi P. 2011. State
of knowledge of coastal and marine biodiversity of Indian Ocean
countries. PLoS one 6: e14613.

Wilcox TM, Schwartz MK, McKelvey KS, Young MK, Lowe WH. 2014. A
blocking primer increases specificity in environmental DNA
detection of bull trout (Salvelinus confluentus). Conservation
Genetics Resources 6: 283-284.
Wilcox TM, McKelvey KS, Young MK, Jane SF, Lowe WH, Whiteley AR,
Schwartz MK. 2013. Robust detection of rare species using
environmental DNA: the importance of primer specificity. PloS one
8: e59520.
Willerslev E, Hansen AJ, Binladen J, Brand TB, Gilbert MTP, Shapiro B,
Bunce M, Wiuf C, Gilichinsky DA, Cooper A. 2003. Diverse plant and
animal genetic records from Holocene and Pleistocene sediments.
Science 300: 791-795.
Willerslev E, Cappellini E, Boomsma W, Nielsen R, Hebsgaard MB, Brand
TB, Hofreiter M, Bunce M, Poinar HN, Dahl-Jensen D. 2007. Ancient
biomolecules from deep ice cores reveal a forested southern
Greenland. Science 317: 111-114.
Yamamoto S, Minami K, Fukaya K, Takahashi K, Sawada H, Murakami H,
Tsuji S, Hashizume H, Kubonaga S, Horiuchi T. 2016. Environmental
DNA as a ‘snapshot’of fish distribution: A case study of Japanese
jack mackerel in Maizuru Bay, Sea of Japan. PloS one 11: e0149786.

PRINSIP DAN APLIKASI CRISPR-Cas9
Dr. rer. nat. Mo Awwanah, S.Si., M.Sc
Universitas Pertahanan Republik Indonesia
A. PENGENALAN CRISPR-Cas9
1. Metode Pengeditan Genom
Genome editing (GE) merupakan suatu teknik pengeditan sekuens
DNA pada genom yang dilakukan secara spesifik dan terarah (Manghwar
et. al., 2019). Pengeditan informasi genetik secara spesifik dan terarah
akan menghasilkan modifikasi yang akurat dan sangat bermanfaat untuk
memahami fungsi dari gen yang menjadi target (Wang et. al., 2016).
Mekanisme GE mengacu pada pengenalan sekuens DNA spesifik dari lokus
gen yang menjadi target (Doudna dan Charpentier, 2014) untuk
memperkenalkan mutasi baik dalam bentuk insersi dan/atau delesi
(indels), substitusi basa nukleotida (Manghwar et. al., 2019), penggantian
alel (Bortesi dan Fischer, 2015), maupun penambahan atau modifikasi
salinan/ copy gen (Braatz et. al., 2017). Pada prinsipnya, GE memerlukan
aktivitas suatu perangkat molekuler yang terdiri dari dua komponen
utama, yaitu: 1) domain pengikat DNA (DNA-binding domain) yang
memediasi pengenalan dan pengikatan sekuens DNA spesifik, dan 2)
domain efektor (effector domain) yang memungkinkan terjadinya
pemotongan DNA serta pengaturan transkripsi di sekitar situs pengikatan
konstruksi vektor/ plasmid, transformasi untuk mengirimkan kompleks
sgRNA-Cas9 ke dalam sel organisme yang akan direkayasa, validasi atau
screening terhadap hasil pengeditan dan selanjutnya analisis output
dengan mengamati perubahan karakter yang dihasilkan dari pengeditan
gen tersebut.
DAFTAR PUSTAKA
Ali, Z., Abul-faraj, A., Li, L., Ghosh, N., Piatek, M., Mahjoub, A., Aouida, M.,
Piatek, A., Baltes, N.J., Voytas, D.F., et al. (2015). Efficient
virusmediated genome editing in plants using the CRISPR/Cas9
system. Mol. Plant, DOI: 10.1016/j.molp.2015.02.011.
Anders, C., Niewoehner, O., Duerst, A., dan Jinek, M. (2014). Structural
basis of PAM-dependent target DNA recognition by the Cas9
endonuclease. Nature, 513(7519), 569–573.
https://doi.org/10.1038/nature13579.
Awwanah, M. (2020). Characterization of Populus x canescens LysM-
Receptor like kinases LYK4/LYK5 and LysM-receptor like protein
LYM2 and their roles in chitin signaling (Doctoral thesis). Retrieved
from https://ediss.uni-goettingen.de.
Bae, S., Park, J., Kim, J.S. (2014). Cas-OFFinder: a fast and versa- tile
algorithm that searches for potential off-target sites of Cas9 RNA-
guided endonucleases. Bioinformatics, 30(10): 1473. DOI:
10.1093/bioinformatics/btu048.
Barrangou, R., Fremaux, C., Deveau, H., Richards, M., Boyaval, P.,
Moineau, S., Romero, D.A., Horvath, P. (2007). CRISPR provides
acquired resistance against viruses in prokaryotes. Science 315,
1709–1712 (2007). DOI: 10.1126/science.1138140; pmid: 17379808.
Binns, A.N., Thomashaw, M.F. (1988). Cell biology of Agrobacterium
infection and transformation of plants. Ann. Rev. Microbiol. 42: 575-
606.
Bolotin, A., Quinquis, B., Sorokin, A., Ehrlich, S.D. (2005). Clustered
regularly interspaced short palindrome repeats (CRISPRs) have
spacers of extrachromosomal origin. Microbiology, 151: 2551-2561.
DOI: 10.1099/mic.0.28048-0; pmid: 16079334.

Bortesi, L. dan Fischer, R. (2015). The CRISPR/Cas9 system for plant
genome editing and beyond. Biotechnology advances 33: 41-52.
DOI: 10.1016/j.biotechadv.2014.12.006.
Braatz, J., Harloff, H-J., Mascher, M., Stein, N., Himmelbach, A., Jung, C.
(2017). CRISPR-Cas9 targeted mutagenesis leads to simultaneous
modification of different homoeologous gene copies in polyploid
oilseed rape (Brassica napus). Plant Physiology, Volume 174 (2):
935-942. DOI: 10.1104/pp.17.00426.
Brazelton, V. A. Jr., Scott Zarecor, Y., Wright, D.A., Wang, Y., Liu, J., Chen,
K., Yang, B., Lawrence-Dill, C.J. (2015). A quick guide to CRISPR
sgRNA design tools. GM Crops & Food, 6:266-276. DOI:
10.1080/21645698.2015.1137690.
Bryant, P.E., and Johnston, P.J. (1993). Restriction-endonuclease-induced
DNA double-strand breaks and chromosomal aberrations in
mammalian cells. Mutation research/ Genetic toxicology, volume
299: 289-296. DOI: 10.1016/0165-1218(93)90105-M.
Brouns, S.J.J., et. al. (2008). Small CRISPR RNAs guide antiviral defense in
prokaryotes. Science 321: 960-964. DOI: 10.1126/science.1159689;
pmid: 18703739.
Char, S. N., Neelakandan, A. K., Nahampun, H., Frame, B., Main, M.,
Spalding, M. H., Becraft, P. W., Meyers, B. C., Walbot, V., Wang, K.,
Yang, B. (2017). An Agrobacterium-delivered CRISPR/Cas9 system
for high-frequency targeted mutagenesis in maize. Plant
biotechnology journal, 15(2): 257-268. DOI:10.1111/pbi.12611.
Chen, H., Choi, J., Bailey, S. (2014). Cut site selection by the two nuclease
domains of the Cas9 RNA-guided endonuclease. J. Biol. Chem. 289
(19): 13284-13294.
Christian, M., Cermak, T., Doyle, E.L., Schmidt, C., Zhang, F., Hummel, A.,
Bogdanove, A.J., Voytas, D.F. (2010). Targeting DNA double-strand
breaks with TAL effector nucleases. Genetics 186: 757–761. DOI:
10.1534/genetics.110.120717.
Chylinski, K., Le Rhun, A., dan Charpentier, E. (2013). The tracrRNA and
Cas9 families of type II CRISPR-Cas immunity systems. RNA
biology, 10(5): 726-737. DOI: 10.4161/rna.24321.
Prinsip dan Aplikasi CRISPR-Cas9 | 263

Cho, S.W., Kim, S., Kim, Y., Kweon, J., Kim, H.S., et. al. (2014). Analysis of
off-target effects of CRISPR/Casderived RNA-guided endonucleases
and nickases. Genome Res. 24: 132-141.
Clough, S. J., dan Bent, A. F. (1998). Floral dip: A simplified method for
Agrobacteriummediated transformation of Arabidopsis thaliana.
Plant Journal, 16(6): 735-743. DOI: 10.1046/j.1365-
313X.1998.00343.x.
Cong, L., Ran, F.A., Cox, D., Lin, S., Barretto, R., Habib, N., Hsu, P.D., Wu, X.,
Jiang, W., Marraffini, L.A., Zhang, F. (2013). Multiplex Genome
Engineering Using CRISPR/Cas Systems. Science, Vol. 339: 819-823.
Cui, Y., Xu, J., Cheng, M., Liao, X., dan Peng, S. (2018). Review of
CRISPR/Cas9 sgRNA Design Tools. Interdisciplinary sciences,
computational life sciences, 10(2): 455-465. DOI: 10.1007/s12539-
018-0298-z.
Deltcheva, E., Chylinski, K., Sharma, C.M., Gonzales, K., Chao, Y., Pirzada,
Z.A., Eckert, M.R., Vogel, J., Charpentier, E. (2011). CRISPR RNA
maturation by trans-encoded small RNA and host factor RNase III.
Nature 471: 602-607. DOI: 10.1038/nature09886; pmid: 21455174.
Deveau, H., Barrangou, R., Garneau, J.E., Labonté, J., Fremaux, C.,
Boyaval, P., Romero, D.A., Horvath, P., Moineau, S. (2008). Phage
response to CRISPR-encoded resistance in Streptococcus
thermophilus. J. Bacteriol. 190: 1390-1400. DOI: 10.1128/JB.01412-
07; pmid: 18065545.
Doench, J. G., Hartenian, E., Graham, D. B., Tothova, Z., Hegde, M., Smith,
I., Sullender, M., Ebert, B. L., Xavier, R. J., and Root, D. E. (2014).
Rational design of highly active sgRNAs for CRISPR-Cas9-mediated
gene inactivation. Nature biotechnology, 32(12): 1262-1267. DOI:
10.1038/nbt.3026.
Doench, J. G., Fusi, N., Sullender, M., Hegde, M., Vaimberg, E. W.,
Donovan, K. F., … Root, D. E. (2016). Optimized sgRNA design to
maximize activity and minimize off-target effects of CRISPR-Cas9.
Nature Biotechnology, 34(2): 184-191. DOI:10.1038/nbt.3437.
Doudna, J.A. dan Charpentier, E. (2014). The new frontier of genome
engineering with CRISPR-Cas9. Science 346, 12580096. DOI:
10.1126/science.12580096.

Endo, M., Mikami, M., Toki, S. (2015). Multigene knockout utilizing off-
target mutations of the CRISPR/Cas9 system in rice. Plant Cell.
Physiol. 56(1): 41-47.
Engler, C., Kandzia, R., Marillonnet, S. (2008). A one pot, one step,
precision cloning method with high throughput capability. PloS one,
3(11): e3647. DOI: 10.1371/journal.pone.0003647.
Faulkner, C., Petutschnig, E., Benitez-Alfonso, Y., Beck, M., Robatzek, S.,
Lipka, V., & Maule, A. J. (2013). LYM2-dependent chitin perception
limits molecular flux via plasmodesmata. Proceedings of the
National Academy of Sciences of the United States of America,
110(22): 9166-9170. DOI: 10.1073/pnas.1203458110.
Filippo, J.S., Sung, P., Klein, H. (2008). Mechanism of eukaryotic
homologous recombination. Annu. Rev. Biochem. 77: 229-57.
Gaj, T., Gersbach, C.A., Barbas, C.F. (2013). ZFN, TALEN, and CRISPR/Cas-
based methods for genome engineering. Trends Biotech, 31 (7):
397-405. DOI: 10.1016/j.tibtech.2013.04.004.
Garneau, J.E., Dupuis, M.E., Villion, M., Romero, D.A., Barrangou, R., et. al.
(2010). The CRISPR/Cas bacterial immune system cleaves
bacteriophage and plasmid DNA. Nature, 468: 67-71.
Gasiunas, G., Barrangou, R., Horvath, P., Siksnys, V. (2012). Cas9-crRNA
ribonucleoprotein complex mediates specific DNA cleavage for
adaptive immunity in bacteria. Proc Natl Acad Sci U.S.A, 109:
E2579–86.
Gibson, D.G., Young, L., Chuang, R-Y., Venter, J.C., Hutchison III2, C.A.,
Smith, H.O. (2009). Enzymatic assembly of DNA molecules up to
several hundred kilobases. Nature Methods, Vol. 6(5): 343-345. DOI:
10.1038/NMETH.1318.
Godde, J.S., Bickerton, A. (2006). The repetitive DNA elements called
CRISPRs and their associated genes: evidence of horizontal transfer
among prokaryotes. J. Mol. Evol. 62: 718. 10.1007/s00239-005-
0223-z.
Gong, B. Q., Xue, J., Zhang, N., Xu, L., Yao, X., Yang, Q. J., … Li, J. F. (2017).
Rice chitin receptor OsCEBiP is not a transmembrane protein but
targets the plasma membrane via a GPI anchor. Molecular Plant,
10(5): 767-770. DOI: 10.1016/j.molp.2016.12.005.

Grison, M. S., Brocard, L., Fouillen, L., Nicolas, W., Wewer, V., Dörmann, P.,
… Bayer, E. M. (2015). Specific membrane lipid composition is
important for plasmodesmata function in arabidopsis. Plant Cell,
27(4): 1228-1250. DOI: 10.1105/tpc.114.135731.
Guy, C.P., Majerník, A.I., Chong, J.P.J., Bolt, E.L. (2004). A novel nuclease-
ATPase (Nar71) from archaea is part of a proposed thermophilic
DNA repair system. Nucleic Acids Res. 32: 6176-6186. DOI:
10.1093/nar/gkh960; pmid: 15570068.
Haft, D.H., Selengut, J., Mongodin, E.F., Nelson, K.E. (2005). A guild of 45
CRISPR-associated (Cas) protein families and multiple CRISPR/Cas
subtypes exist in prokaryotic genomes. PLOS Comput. Biol. 1. DOI:
10.1371/journal. pcbi.0010060; pmid: 16292354.
Hale, C.R., et. al. (2009). RNA-guided RNA cleavage by a CRISPR RNA-Cas
protein complex. Cell 139, 945–956 (2009). DOI:
10.1016/j.cell.2009.07.040; pmid: 19945378.
Hatoum-Aslan, A., Maniv, I., Marraffini, L.A. (2011). Mature clustered,
regularly interspaced, short palindromic repeats RNA (crRNA) length
is measured by a ruler mechanism anchored at the precursor
processing site. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 108: 21218-21222. DOI:
10.1073/pnas.1112832108; pmid: 22160698.
Haurwitz, R.E., Jinek, M., Wiedenheft, B., Zhou, K., Doudna, J.A. (2010).
Sequence- and structure-specific RNA processing by a CRISPR
endonuclease. Science 329: 1355-1358. DOI: 10.1126/
science.1192272; pmid: 20829488.
Hayafune, M., Berisio, R., Marchetti, R., Silipo, A., Kayama, M., Desaki, Y.,
… Shibuya, N. (2014). Chitin-induced activation of immune signaling
by the rice receptor CEBiP relies on a unique sandwich-type
dimerization. Proceedings of the National Academy of Sciences of
the United States of America, 111(3). DOI:
10.1073/pnas.1312099111.
Heler, R., Samai, P., Modell, J.W., Weiner, C., Goldberg, G.W., et. al.
(2015). Cas9 specifies functional viral targets during CRISPR-Cas
adaptation. Nature, 519 (7542): 199-202.

Honig, A., Marton, I., Rosenthal, M., Smith, J.J., Nicholson, M.G., Jantz, D.,
Zuker, A., dan Vainstein, A. (2015). Transient expression of virally
delivered meganuclease in planta generates inherited genomic
deletions. Mol. Plant, DOI: 10.1016/j.molp.2015. 04.001.
Hsu, P.D., Scott, D.A., Weinstein, J.A., Ran, F.A., Konermann, S., Agarwala,
V., et. al. (2013). DNA targeting specificity of RNA-guided Cas9
nucleases. Nat Biotechnol, 31: 827-32. DOI: 10.1038/nbt.2647.
Ishino, Y., Shinagawa, H., Makino, K., Amemura, M., Nakata, A. (1987).
Nucleotide sequence of the iap gene, responsible for alkaline
phosphatase isozyme conversion in Escherichia coli, and
identification of the gene product. J. Bacteriol. 169, 5429-5433.
pmid: 3316184.
Jansen, R., van Embden, J.D.A., Gaastra, W., Schouls, L.M. (2002).
Identification of genes that are associated with DNA repeats in
prokaryotes. Mol Microbiol 43(6): 1565-75. DOI: 10.1046/j.1365-
2958.2002.02839.x.
Jiang, W., Bikard, D., Cox, D., Zhang, F., Marraffini, L.A. (2013). RNA-guided
editing of bacterial genomes using CRISPR-Cas systems. Nat.
Biotechnol. 31(3): 233-39.
Jiang, F. Dan Doudna, J.A. (2017). CRISPR-Cas9 structures and mechanisms.
Annu. Rev. Biophys., 46: 505-529. DOI: 10.1146/annurev-
biophys062215-010822.
Jinek, M., Chylinski, K., Fonfara, I., Hauer, M., Doudna, J.A., Charpentier, E.
(2012). A programmable dual- RNA-guided DNA endonuclease in
adaptive bacterial immunity. Science, 337: 816-21.
Jinek, M., Jiang, F., Taylor, D.W., Sternberg, S.H., Kaya, E., Ma, E., Anders,
C., Hauer, M., Zhou, K., Lin, S., Kaplan, M., Lavarone, A.T.,
Charpentier, E., Nogales, E., Doudna, J.A. (2014). Structures of Cas9
endonuclease reveal RNA-mediated conformational activation.
Science, 343 (6176): 1247997. DOI: 10.1126/science.1247997.
Kaku, H., Nishizawa, Y., Ishii-Minami, N., Akimoto-Tomiyama, C., Dohmae,
N., Takio, K., Minami, E., Shibuya, N. (2006). Plant cells recognize
chitin fragments for defense signaling through a plasma membrane
receptor. Proceedings of the National Academy of Sciences of the

United States of America, 103(29): 11086-11091. DOI:
10.1073/pnas.79.20.6304.
Kouzai, Y., Mochizuki, S., Nakajima, K., Desaki, Y., Hayafune, M., Miyazaki,
H., … Nishizawa, Y. (2014). Targeted gene disruption of OsCERK1
reveals its indispensable role in chitin perception and involvement
in the peptidoglycan response and immunity in rice. Molecular
Plant-Microbe Interactions, 27(9): 975-982. DOI: 10.1094/MPMI-03-
14-0068-R.
Li, T., Huang, S., Zhao, X., Wright, D.A., Carpenter, S., Spalding, M.H.,
Weeks, D.P., Yang, B. (2011). Modularly assembled designer TAL
effector nucleases for targeted gene knockout and gene
replacement in eukaryotes. Nucleic Acids Research, Volume 39 (14):
6315-6325. DOI: 10.1093/nar/gkr188.
Li, Y., Mendiratta, S., Ehrhardt, K. et. al. (2016). Exploiting the CRISPR/Cas9
PAM constraint for single-nucleotide resolution interventions. PLoS
One 11(1): e0144970.
Lieber, M.R. (2010). The mechanism of double-strand DNA break repair by
the nonhomologous DNA end-joining pathway. Annu. Rev. Biochem.
79: 181-211.
Lillestøl, R.K., Redder, P., Garrett, R.A., Brügger, K. (2006). A putative viral
defence mechanism in archaeal cells. Archaea 2 (1): 59-72. DOI:
10.1155/2006/542818.
Liu, X., Homma, A., Sayadi, J., Yang, S., Ohashi, J., & Takumi, T. (2016).
Sequence features associated with the cleavage efficiency of
CRISPR/Cas9 system. Scientific Reports, 6, 19675. DOI:
10.1038/srep19675.
Ma, X., Zhang, Q., Zhu, Q., Liu, W., Chen, Y., Qiu, R., … Liu, Y. G. (2015). A
robust CRISPR/Cas9 system for convenient, high-efficiency multiplex
genome editing in monocot and dicot plants. Molecular Plant, 8(8),
1274–1284. DOI: 10.1016/j.molp.2015.04.007.
Ma, X., Zhu, Q., Chen, Y., Liu, Y.-G. (2016). CRISPR/Cas9 Platforms for
Genome Editing inPlants: Developments and Applications.
Molecular plant, 9: 961-974. DOI: 10.1016/j.molp.2016.04.009.

Ma, X. dan Liu, Y.-G. (2016). CRISPR/Cas9-Based Multiplex Genome Editing
in Monocot and Dicot Plants. Current Protocols in Molecular Biology,
31.6.1-31.6.21. DOI:10.1002/cpmb.10.
Makarova, K.S., Aravind, L., Grishin, N.V., Rogozin, I.B., Koonin, E.V. (2002).
A DNA repair system specific for thermophilic Archaea and bacteria
predicted by genomic context analysis. Nucleic Acids Res. 30: 482-
496. DOI: 10.1093/nar/ 30.2.482; pmid: 11788711.
Makarova, K.S., Grishin, N.V., Shabalina, S.A., Wolf, Y.I., Koonin, E.V.
(2006). A putative RNA-interference-based immune system in
prokaryotes: Computational analysis of the predicted enzymatic
machinery, functional analogies with eukaryotic RNAi, and
hypothetical mechanisms of action. Biol. Direct 1(7). DOI:
10.1186/1745-6150-1-7; pmid: 16545108.
Makarova, K.S., Aravind, L., Wolf, Y.I., Koonin, E.V. (2011a). Unification of
Cas protein families and a simple scenario for the origin and
evolution of CRISPR-Cas systems. Biol. Direct 6, 38. DOI:
10.1186/1745-6150-6-38; pmid: 21756346.
Makarova et. al. (2011b). Evolution and classification of the CRISPR-Cas
systems. Nat. Rev. Microbiol. 9: 467-477. DOI:
10.1038/nrmicro2577; pmid: 21552286.
Makarova, K.S., Wolf, Y.I., Iranzo, J., et. al. (2020). Evolutionary
classification of CRISPR-Cas systems: a burst of class 2 and derived
variants. Nature Reviews Microbiology volume 18: 67-83. DOI:
10.1038/s41579-019-0299-x.
Mali, P., Aach, J., Stranges, P.B., Esvelt, K.M., Moosburner, M., et. al.
(2013). CAS9 transcriptional activators for target specificity
screening and paired nickases for cooperative genome engineering.
Nat. Biotechnol. 31: 833-838.
Manghwar, H., Lindsey, K., Zhang, X., Jin, S. (2019). CRISPR/Cas system:
recent advances and future prospects for genome editing. Trends in
Plant Science, Vol. 24, No. 12. DOI: 10.1016/j.tplants.2019.09.006.
Mehta, A., Haber, J.E. (2014). Sources of DNA double-strand breaks and
models for recombinational DNA repair. Cold Spring Harb Perspect
Biol. DOI: 10.1101/cshperspect. a016428.

Miya, A., Albert, P., Shinya, T., Desaki, Y., Ichimura, K., Shirasu, K., …
Shibuya, N. (2007). CERK1, a LysM receptor kinase, is essential for
chitin elicitor signaling in Arabidopsis. Proceedings of the National
Academy of Sciences of the United States of America, 104(49):
19613-19618. DOI: 10.1073/pnas.0705147104.
Mojica, F.J., Díez-Villaseñor, C., Soria, E., Juez, G. (2000). Biological
significance of a family of regularly spaced repeats in the genomes
of Archaea, Bacteria and mitochondria. Mol. Microbiol. 36: 244-246.
DOI: 10.1046/ j.1365-2958.2000.01838.x; pmid: 10760181.
Mojica, F.J.M., Díez-Villaseñor, C., García-Martínez, J., Soria, E. (2005).
Intervening sequences of regularly spaced prokaryotic repeats
derive from foreign genetic elements. J. Mol. Evol. 60: 174-182. DOI:
10.1007/s00239-004-0046-3; pmid: 15791728.
Morais, P., Adachi, H., Yu, Y-T. 2020. Suppression of nonsense mutations
by new emerging technologies. Int. J. Mol. Sci., 21: 4394.
DOI:10.3390/ijms21124394.
Muhr, M., Paulat, M., Awwanah, M., Mascha, B., Thomas, T. (2018).
CRISPR/Cas9-mediated knockout of Populus BRANCHED1 and
BRANCHED2 orthologs reveals a major function in bud outgrowth
control. Tree Physiology, 38: 1588-1597. DOI:
10.1093/treephys/tpy088.
Nam, K.H., et. al. (2012). Cas5d protein processes pre-crRNA and
assembles into a cascade-like interference complex in subtype I-
C/Dvulg CRISPR-Cas system. Structure 20: 1574-1584. DOI:
10.1016/j.str.2012.06.016; pmid: 22841292.
Negritto, M. C. (2010). Repairing double-strand DNA breaks. Nature
Education 3(9):26.
Pourcel, C., Salvignol, G., Vergnaud, G. (2005). CRISPR elements in Yersinia
pestis acquire new repeats by preferential uptake of bacteriophage
DNA, and provide additional tools for evolutionary studies.
Microbiology, 151: 653-663. DOI: 10.1099/mic.0.27437-0; pmid:
15758212.
Povirk, L.F. (2012). Processing of damaged DNA ends for double-strand
break repair in mammalian cells. ISRN Molecular Biology.
DOI:10.5402/2012/345805.

Prykhozhij, S.V., Rajan, V., Gaston, D., Berman, J.N. (2015). CRISPR
MultiTargeter: A Web Tool to Find Common and Unique CRISPR
Single Guide RNA Targets in a Set of Similar Sequences. s. PLoS ONE
10(3): e0119372. DOI: 10.1371/journal.pone.0119372.
Puchta, H. (2017). Applying CRISPR/Cas for genome engineering in plants:
the best is yet to come. Curr. Opin. Plant Biol. 36: 1-8. DOI:
10.1016/j.pbi.2016.11.011.
Ran, F.A., Hsu, P.D., Lin, C.Y., Gootenberg, J.S., Konermann, S., et. al.
(2013). Double nicking by RNA-guided CRISPR Cas9 for enhanced
genome editing specificity. Cell 154: 1380-1389.
Rath, D., Amlinger, L., Rath, A., Lundgren, M. (2015). The CRISPR-Cas
immune system: Biology, mechanisms and applications. Biochimie,
117: 119-128. DOI: 10.1016/j.biochi.2015.03.025.
Ren, C., Liu, X., Zhang, Z., Wang, Y., Duan, W., Li, S., Liang, Z. (2016).
CRISPR/Cas9-mediated efficient targeted mutagenesis in
Chardonnay (Vitis vinifera L.). Scientific report, 6: 32289. DOI:
10.1038/srep32289.
Rong, Y.S., Golic, K.G. (2000). Gene targeting by homologous
recombination in Drosophila. Science 288: 2013-2018. DOI:
10.1126/science.288.5473.2013.
Rouet, P., Smih, F., Jasin, M. (1994). Introduction of double-strand breaks
into the genome of mouse cells by expression of a rare-cutting
endonuclease. Mol. Cell. Biol. 14(12): 8096-8106. Pmid: 7969147.
Rouillon, C., et. al. (2013). Structure of the CRISPR interference complex
CSM reveals key similarities with cascade. Mol. Cell 52: 124-134.
DOI: 10.1016/j.molcel.2013.08.020; pmid: 24119402.
Rudin, N., Sugarman, E., Haber, J. E. (1989). Genetic and physical analysis
of double-strand break repair and recombination in Saccharomyces
cerevisiae. Genetics 122 (3): 519-534. Pmid: 2668114.
Sapranauskas, R. et. al. (2011). The Streptococcus thermophilus
CRISPR/Cas system provides immunity in Escherichia coli. Nucleic
Acids Res. 39: 9275-9282. DOI: 10.1093/nar/gkr606; pmid:
21813460.

Scherer, S., Davis, R. W. (1979). Replacement of chromosome segments
with altered DNA sequences constructed in vitro. Proc. Natl. Acad.
Sci. U.S.A. 76: 4951-4955. DOI: 10.1073/pnas.76.10.4951.
Semenova, E., Jore, M.M., Datsenko, K.A., Semenova, A., Westra, E.R., et.
al. (2011). Interference by clustered regularly interspaced short
palindromic repeat (CRISPR) RNA is governed by a seed sequence.
PNAS 108 (25): 10098-10103.
Shah, S.A., Erdmann, S., Mojica, F.J.M., Garrett, R.A. (2013). Protospacer
recognition motifs: Mixed identities and functional diversity. RNA
Biol. 10: 891-899. DOI: 10.4161/rna.23764; pmid: 23403393.
Shimizu, T., Nakano, T., Takamizawa, D., Desaki, Y., Ishii-Minami, N.,
Nishizawa, Y., … Shibuya, N. (2010). Two LysM receptor molecules,
CEBiP and OsCERK1, cooperatively regulate chitin elicitor signaling
in rice. Plant Journal, 64(2): 204-214. DOI: 10.1111/j.1365-
313X.2010.04324.x.
Shinya, T., Motoyama, N., Ikeda, A., Wada, M., Kamiya, K., Hayafune, M.,
… Shibuya, N. (2012). Functional characterization of CEBiP and
CERK1 homologs in arabidopsis and rice reveals the presence of
different chitin receptor systems in plants. Plant and Cell Physiology,
53(10): 1696-1706. DOI: 10.1093/pcp/pcs113.
Smithies, O, Gregg, R.G., Boggs, S.S., Koralewski, M.A., Kucherlapati, R.S.
(1985). Insertion of DNA sequences into the human chromosomal
beta-globin locus by homologous recombination. Nature 317: 230-
234. DOI: 10.1038/317230a0.
Sonoda, E., Hochegger, H., Saberi, A., Taniguchi, Y., Takeda, S. (2006).
Differential usage of non-homologous end-joining and homologous
recombination in double strand break repair. DNA repair, volume 5
(9–10): 1021-1029. DOI: 10.1016/j.dnarep.2006.05.022.
Sternberg, S.H., Redding, S., Jinek, M., Greene, E.C., Doudna, J.A. (2014).
DNA interrogation by the CRISPR RNA-guided endonuclease Cas9.
Nature 507 (7490): 62-67.
Strauß, A. dan Lahaye, T. (2013). Zinc fingers, TAL effectors, or Cas9-based
DNA binding proteins: what’s best for targeting desired genome
loci?. Molecular plants, Volume 6 (5): 1384-1387. DOI:
10.1093/mp/sst075.

Tang, T-H., Bachellerie, J.P., Rozhdestvensky, T., Bortolin, M-L., Huber, H.,
Drungowski, M., Elge, T., Brosius, J., Hüttenhofer, A. (2002).
Identification of 86 candidates for small non-messenger RNAs from
the archaeon Archaeoglobus fulgidus. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
99: 7536-7541. DOI: 10.1073/pnas.112047299; pmid: 12032318.
Tang, X., Lowder, L.G., Zhang, T., Malzahn, A.A., Zheng, X., Voytas, D.F.,
Zhong, Z., Chen, Y., Ren, Q., Li, Q., Kirkland, E.R., Zhang, Y., Qi, Y.
(2017). A CRISPR–Cpf1 system for efficient genome editing and
transcriptional repression in plants. Nat. Plants 3, 17018.
Terns, M.P. dan Terns, R.M. (2011). CRISPR-Based Adaptive Immune
Systems. Curr Opin Microbiol. 2011 June ; 14(3): 321–327.
doi:10.1016/j.mib.2011.03.005.
Thyme, S.B., Akhmetova, L., Montague, T.G., Valen, E., Schier, A.F. (2016).
Internal guide RNA interactions interfere with Cas9-mediated
cleavage. Nat. Commun. 7, 11750.
Tyson, G.W. dan Banfield, J.F. (2008). Rapidly evolving CRISPRs implicated
in acquired resistance of microorganisms to viruses. Environ.
Microbiol. 10: 200-7. DOI: 10.1111/j.1462-2920.2007.01444.x.
Waibel, F. dan Filipowicz, W. (1990). U6 snRNA genes of Arabidopsis are
transcribed by RNA polymerase III but contain the same two
upstream promoter elements as RNA polymerase II-transcribed
UsnRNA genes. Nucleic Acids Res. 18:3451-3458.
Wang, T., Wei, J.J., Sabatini, D.M. dan Lander, E.S. (2014). Genetic screens
in human cells using the CRISPR-Cas9 system. Science 343: 80-84.
Wang, H., La Russa, M., Qi L.S. (2016). CRISPR/Cas9 in genome editing and
beyond. Annu. Rev. Biochem, 85: 227–64. DOI: 10.1146/annurev-
biochem-060815-014607.
Wiedenheft, B., van Duijn, E., Bultema, J.B., Bultema, J., Waghmare, S.P.,
et. al. (2011). RNA-guided complex from a bacterial immune system
enhances target recognition through seed sequence interactions.
PNAS 108 (25): 10092-10097.

Wood, A.J., Lo, T-W., Zeitler, B., Pickle, C.S., Ralston, E.J., Lee, A.H., Amora,
R., Miller, J.C., Leung, E., Meng, X., Zhang, L., Rebar, E.J., Gregory,
P.D., Urnov, F.D., Meyer, B.J. (2011). Targeted genome editing
across species using ZFNs and TALENs. Science Vol. 333, Issue 6040:
307
DOI: 10.1126/science.1207773.
Xu, H., Xiao, T., Chen, C. H., Li, W., Meyer, C. A., Wu, Q., Wu, D., Cong, L.,
Zhang, F., Liu, J. S., Brown, M., dan Liu, X. S. (2015). Sequence
determinants of improved CRISPR sgRNA design. Genome research,
25(8): 1147–1157. DOI: 10.1101/gr.191452.115.
Zheng, T., Hou, Y., Zhang P., et. al. (2017). Profiling single-guide RNA
specificity reveals a mismatch sensitive core sequence. Sci. Rep. 7,
40638.

PROFIL PENULIS
Miftahul Jannah, S.Si., M.Sc
Penulis adalah Dosen Jurusan Biologi, sekaligus Kaprodi
Biologi dan Kepala Divisi Bidang Penelitian LPPM
Universitas Islam As-syafiiyah, Jakarta Timur,
merupakan pendiri sekaligus ketua komunitas IGBC
(Indonesian Genetic and Biodiversity Community) dan
Yayasan Gendivsia (Genetika dan Biodiversitas
Indonesia). Lulus S1 Biologi tahun 2011 dari Universitas
Negeri Malang, dan S2 Biologi tahun 2014 dari Universitas Gadjah Mada
melalui program Beasiswa Unggulan DIKTI. Bidang yang ditekuni adalah
Sistematika Tumbuhan dengan berbagai macam pendekatan baik
morfologis atau molekuler, khususnya kajian lichenologist. Pendekatan
baik morfologis atau molekuler telah ditekuninya untuk membantu
penyelesaian upaya konservasi serta mengungkap biodiversitas lichen
(organisme simbiosis antara alga dan jamur). Di Indonesia, Ia yang
pertama kali berhasil mensekuen dan melaksanakan penelitian DNA
Barcode pada lichen, mulai tahun 2013. Penulis telah berkesempatan
mengikuti training 5 hari bersama tim IBRC (Indonesian Biodiversity
Research Center) pada acara Penyegaran Biologi Molekuler dan Filogenetik
di Universitas Gadjah Mada. Penulis aktif sebagai Reviewer beberapa
jurnal nasional terakreditasi. Penulis pernah mendapatkan hibah
penelitian dosen muda dari Kopertis wilayah III pada tahun 2017, 2019,
dan 2021. Email: mifta.frozi01@gmail.com/miftahuljannah.fst@uia.ac.id.
Nila Kartika Sari, S.Si., M.Si

Penulis menempuh pendidikan SD sampai SMP di kota
Gresik dan melanjutkan SMA sampai kuliah di Kota
Malang. Lulus SMA tahun 2005, melanjutkan studi di
Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu
Pengetahuan Alam Universitas Negeri Malang dengan
tugas akhir berjudul “Proses Regenerasi Sirip Ekor
pada Ikan Zebra (Danio rerio)”. Lulus S2 melalui
Program Beasiswa Unggulan dari Program Pasca Sarjana Fakultas MIPA
Jurusan Biologi Universitas Brawijaya. Mulai tahun 2015 hingga Saat ini
aktif menjadi Dosen Jurusan Pendidikan Biologi di Fakultas Pendidikan

Ilmu eksakta dan Keolahragaan (FPIEK) IKIP Budi Utomo Malang dengan
mengampu matakuliah Evolusi, Biologi terapan (Bioteknologi), Struktur
Perkembangan hewan, Fisiologi Hewan dan genetika. Pada tahun 2018
mendapatkan Hibah Penelitian Dosen Pemula (PDP) dari KEMENRISTEK
DIKTI tentang pengembangan bahan ajar (Handout) Evolusi berbasis hasil
penelitian DNA Fingerprinting dan pada tahun 2020 mendapatkan Hibah
Penelitian Dosen Pemula (PDP) dari KEMENRISTEK DIKTI mengenai
pengembangan buku ajar Perkembangan Hewan berbasis model REACT.
Fokus objek penelitian yang ditekuni yaitu dibidang Bioteknologi yang
mengenai DNA Forensik atau DNA Fingerprinting dan Evolusi mengenai
genetika populasi. Penulis dapat dikontak melalui: nilahakam@gmail.com
Miftahul Mushlih, M.Sc

Penulis merupakan pengajar di Prodi Teknologi
Laboratorium Medis, Universitas Muhammadiyah
Sidoarjo. Jenjang sarjana di tempuh di Universitas
Negeri Malang dan jenjang magister di Universitas
Gadjah Mada. Penelitian berfokus pada pengkajian
mutasi pada penyakit herediter dan identifikasi
pathogen pada manusia. Selain itu penelitian juga
berfokus pada pengambangan metode forensic molecular. Beliau pernah
mengikuti pelatihan pengambangan metode biologi molecular selama satu
minggu di Poltekes Jakarta III serta beberapa pelatihan lainnya. Pernah
juga di undang untuk mengisi kuliah tamu dan pembicara pada seminar
nasional. Saat ini aktif sebagai penggiat dan cofounder dari Indonesian
Genetic and Biodiversity Indonesia (IGBC)
Muhammad Rifqi Hariri, M.Si

Penulis merupakan staf Peneliti di Pusat Penelitian
Konservasi Tumbuhan dan Kebun Raya, Lembaga Ilmu
Pengetahuan Indonesia sejak tahun 2018. Beberapa
penelitian yang dilakukannya bersama kolega telah
diterbitkan di beberapa jurnal nasional dan
internasional yang berkaitan dengan Alien Flora,
identifikasi jenis tumbuhan berbasis DNA barcoding,
Profil Penulis | 287

dan analisis keragaman genetik tumbuhan berbasis marka dan sekuen
DNA barcoding. Penulis menyelesaikan studi sarjana di Jurusan Biologi
Universitas Negeri Malang dan melanjutkan ke jenjang Magister di
Departemen Biologi Institut Pertanian Bogor.
Priyambodo, S.Pd., M.Sc

Penulis lahir di Pacitan, 14 November 1986. Ia
menyelesaikan pendidikan sarjana pada Program Studi
Pendidikan Biologi, FKIP, Universitas Jember. Sempat
mengabdikan diri sebagai pengajar pada pendidikan
menengah di Jember, Bondowoso, dan Bontang, ia
melanjutkan program pascasarjana di Fakultas Biologi
Universitas Gadjah Mada dan mendapatkan gelar
Master of Science (M.Sc.). Pada saat studi S2, ia menekuni bidang Genetika
dan Biologi Molekuler dengan tergabung pada payung penelitian
thalassemia di bawah bimbingan Dr. Niken Satuti Nur Handayani. Sejak
saat itu, ia aktif dalam kegiatan yang diselenggarakan oleh Perhimpunan
Orangtua Penderita Thalassemia Indonesia (POPTI), khususnya di
Yogyakarta. Saat ini, ia tercatat aktif sebagai dosen pada Jurusan Biologi,
Fakultas MIPA, Universitas Lampung dengan riset bertemakan konservasi
satwa liar di Lampung berbasis genetika populasi dan genetika molekuler.
Selain itu, ia aktif dalam komunitas-komunitas ilmiah seperti Indonesian
Genetic and Biodiversity Indonesia, Forum Konservasi Gajah Indonesia,
Perhimpunan Biologi Indonesia, dan Perhimpunan Biokimia dan Biologi
Molekuler Indonesia.
Dr. Rina Hidayati Pratiwi, M.Si

Penulis merupakan staf pengajar perguruan tinggi di
Universitas Indraprasta PGRI, Jakarta, program studi
Pendidikan Biologi (S1) dan Pendidikan MIPA (S2).
Penulis juga sebagai dosen Luar Biasa di UIN Syarif
Hidayatullah Jakarta, dan Universitas Terbuka.
Pendidikan S-1 diperoleh penulis dari Jurusan Biologi,
Institut Pertanian Bogor (IPB) tahun 2003. Di
Universitas yang sama, penulis juga menyelesaikan pendidikan masternya

(S-2) pada Program Studi Bioteknologi melalui program beasiswa BPPS
Dikti. Pendidikan S-3 diselesaikan di Jurusan Biologi, Universitas Indonesia
(UI) tahun 2016 menggunakan beasiswa BPPDN Dikti. Dari skripsi hingga
disertasi, riset yang penulis lakukan ialah di bidang Mikrobiologi
Kesehatan. Hingga saat ini, penulis juga aktif melakukan penelitian dalam
berbagai bidang Mikrobiologi, Bioinformatika dan drug discovery dari
hibah riset Kementerian, baik KemenristekDikti maupun Kemendikbud-
Ristek. Pencarian senyawa bioaktif, baik dari mikroorganisme fage
maupun bakteri endofit hingga mendesign obat menjadi fokus dari bidang
risetnya. Selain menulis buku, penulis juga aktif menulis di berbagai jurnal
ilmiah internasional dan nasional. Saat ini penulis juga aktif sebagai editor
dan reviewer di jurnal nasional maupun internasional serta reviewer
penelitian Dikti. E-mail penulis: rina.hp2012@gmail.com.
Dr. Dwi Sendi Priyono, S.Si., M.Si

Penulis lahir di Jember, 30 September 1992. Saat ini
penulis berafiliasi sebagai Dosen di Laboratorium
Sistematika Hewan, Fakultas Biologi, Universitas
Gadjah Mada (UGM). Penulis juga merupakan
konservasionis muda dan sebagai Conservation
Genetics Specialis di Wildlife Conservation Society,
salah satu organisasi konservasi internasional non
profit terkemuka di dunia. Sejak saat kuliah (S1 hingga lulus Doktor) dan
hingga saat ini, fokus riset penulis adalah genetika konservasi dan
sistematika molekuler satwa dilindungi dan terancam punah, seperti anoa,
harimau sumatra, gajah sumatra, hiu. Penulis aktif memberikan pelatihan-
pelatihan analisis genetik dan bioinformatika pada beberapa universitas,
NGO, dan lembaga pemerintah.

Yana Rubiyana, M.Si
Penulis lahir di Bogor, Jawa Barat, pada tanggal 21
Februari 1984. Lulus pendidikan Diploma III jurusan
Analis Kimia, di Fakultas Matematika dan Ilmu
Pengetahuan Alam (FMIPA), Institut Pertanian Bogor
(IPB) pada tahun 2002, lalu pada tahun 2009
melanjutkan pendidikan Sarjana (S1) melalui Program
Alih Jenjang di Departemen Kimia FMIPA IPB. Pada
pertengahan tahun 2017, mendapatkan beasiswa SDM-IPTEK (Saintek)
Kemenristekdikti untuk melanjutkan studi S2 pada program studi
Bioteknologi IPB. Sejak tahun 2008 sampai saat ini bekerja sebagai peneliti
di Laboratorium Protein Terapeutik dan Vaksin, Pusat Penelitian
Bioteknologi LIPI dengan kepakaran Bioteknologi dan Biologi Molekuler.
Tahun 2020 sampai saat ini dipercaya sebagai manager laboratorium In-
Vitro Diagnostic (IVD) LIPI, Tim deteksi pemeriksaan Virus SARS COV-2 di
Laboratorium BSL2 LIPI dan pengelola di laboratorium Biosafety Level 3
(BSL-3) Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI. Email:
yana.rubiyana@biotenologi.lipi.go.id.
Dr. rer. nat. Pratiwi Prananingrum, S.Si., M.Sc

Penulis lahir di Malang pada 18 Desember 1986.
Penulis menyelesaikan studi S1 di Universitas Negeri
Malang. Studi jenjang Master ditempuh di Nagoya
University-Jepang pada tahun 2011-2013 dengan biaya
dari pemerintah Jepang (MEXT), kemudian penulis
bekerja sebagai asisten peneliti di pusat penelitian
Bioteknologi LIPI tahun 2014. Studi doktoral ditempuh
di TU Kaiserslautern-Jerman dengan biaya dari pemerintah Jerman (DAAD)
pada tahun 2015-2020. Pada akhir Septermber 2020, penulis kemudian
kembali bekerja sebagai asisten peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi,
Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia. Selama studi S2 dan S3 penulis
melakukan penelitian di bidang biologi molekuler tumbuhan,
perkembangan tumbuhan, fisiologi tumbuhan, dan bioteknologi. Selama
proses studi tersebut, penulis banyak melakukan eksperimen dengan
berbagai teknik biologi molekuler, salah satunya adalah real-time PCR,

selain itu penulis juga mengembangkan metode penggunaan senyawa
analog gula yang memiliki fluoresensi untuk deteksi aktivitas protein
transporter pada heterelogous expression system sel ragi (Saccharomyces
cerevisiae). Hasil penelitian ini telah dipublikasikan di Jurnal Ilmiah
Internasional bereputasi tinggi di mana penulis berperan sebagai salah
satu kontributor utama (first author). Selama studi S3 penulis tergabung
dalam International Research Training Group 1830 (IRTG1830) yang
merupakan kolaborasi dari 3 universitas dari 2 negara (Kanada dan
Jerman), keikutsertaan penulis dalam kelompok ini semakin mengasah
skill dan kemampuan penulis dalam penelitian di bidang Biologi molekuler.
Selama studi S2 dan S3 penulis memperoleh beberapa penghargaan, di
antaranya: undangan presentasi oleh International Max Planck Research
Training Group Plant Physiology (pada tahun 2012) dengan biaya Max
Planck, presenter poster terbaik dan memenangkan Irena Mantor Poster
Award (2018) pada konferensi ilmiah Society of Experimental Biology di
Swedia, memenangkan research grant for Women in Science dari TRR177
SEB (didanai oleh DFG Jerman), dan dinominasikan sebagai 10 poster
terbaik dari 300 poster yang ada pada konferensi ilmiah Arabidopsis (ICAR)
2018 di Finlandia. Penulis dapat dihubungi melalui email:
p.prananingrum@gmail.com
Dwi Anggorowati Rahayu, S.Si., M.Si

Penulis adalah Dosen di Jurusan Biologi, Universitas
Negeri Surabaya dan Pengurus Pusat Indonesian
Genetic and Biodiversity Community. Bidang yang
ditekuni adalah Sistematika Hewan, khususnya kajian
Iktiologi. Lulus S1 tahun 2011 dari Universitas Negeri
Malang dan Lulus S2 tahun 2013 dari Universitas
Negeri Brawijaya. Pendekatan Biologi molekuler
khususnya DNA Barcoding telah ditekuni hampir 10 tahun untuk
membantu penyelesaian upaya konservasi dan pengungkapan
biodiversitas ikan lokal Indonesia. Fokus objek penelitian yang ditekuni
adalah konservasi ikan Tor (Famili: Cyprinidae) Lokal Indonesia, ikan Famili
Poeciliidae, ikan laut lokal Tarakan dan ikan Famili Gobiidae, serta upaya
pemetaan genetik dan pengelompokan ikan air tawar maupun laut

Indonesia. Ia juga telah berkesempatan kesempatan mengikuti training 1
minggu bersama tim Jerman (Indonesian-Jerman Networking) pada acara
Student Course of Module III on Plant Population Genetic by Nuclear
Microsatellite Analysis di Universitas Brawijaya. Sampai saat ini, penelitian
terkai DNA Barcode Ikan Lokal Jawa Timur masih terus dilakukan.
Dr. Eng. Sapto Andriyono, S.Pi., M.T

Penulis saat ini adalah staff pengajar pada Program
Studi Akuakulture, Fakultas Perikanan dan Kelautan,
Universitas Airlangga, Surabaya yang mendalami biologi
laut, Ekologi dan Molekuler ekologi. Pendidikan S1
ditamatkan di Institut Pertanian Bogor tahun 2001 di
Program Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan
Ilmu Kelautan, Bogor. Beberapa tahun kemudian, tahun
2008 berhasil menamatkan pendidikan Magister di Program Teknologi
Kelautan, minat Studi Teknik dan Manajemen Pantai. Pada tahun 2016-
2019, kesempatan studi di Pukyong Nasional University Korea, dilakukan
dibawah beasiswa BUDI-LN LPDP (Beasiswa Unggulan Dosen Indonesia
Luar Negeri, Kementrian Pendidikan Nasional - Lembaga Pengelola Dana
Pendidikan, Kementrian Keuangan). Pada kesempatan S3 ini di
Interdisiplinary Program of Biomedical, mechanical and Electrical
Engineering, PKNU – Busan, penelitian di bidang molekuler dimulai dengan
melakukan DNA barcoding pada ikan laut, studi DNA mitokondrial pada
beberapa ikan laut dan ikan air tawar, serta DNA metabarcoding dengan
pendekatan DNA lingkungan (eDNA) yang kemudian dijadikan riset utama
dalam desertasinya. Sejumlah publikasi complete genome ikan telah
berhasil dipublikasikan selama 3 tahun studi di Korea. Sekitar 169 spesies
ikan laut telah dilakukan identifikasi molekuler, termasuk 77 sequence
pada region parsial 12S-16S rDNA yang merupakan data baru di NCBI.
Selain itu, pada complete mitokondrial telah dipublikasikan 7 spesies ikan
laut Indonesia, 2 spesies ikan Afrika, 4 species ikan Korea, 2 species ikan
Bangladesh, 15 species Indo-west pasifik, 4 spesies udang dan 1 spesies
kepiting. Pada penelitian DNA lingkungan, 3 publikasi telah di bukukan
yaitu eDNA ikan air tawar di sungai Korea, eDNA ikan laut di Malang dan
Pelabuhanratu. Saat ini, penelitian tentang molekuler masih terus

dilakukan dan menjadi salah satu pendiri INMAFIGEN (Indonesia Marine
and Fisheries Gene Network) dan menjadi pengurus IGBC di bidang Zoologi.
Selain itu, penulis juga aktif dalam komunitas masyarakat Ikhtyologi
Indonesia, masyarakat moluska Indonesia, Himpunan Pengelola Pesisir
Indonesia Jatim, dan Masyarakat Biodiversity dan Bioinformatik Indonesia.
Dr. rer. nat. Mo Awwanah, S.Si., M.Sc

Penulis adalah dosen program studi S1 Biologi di
Fakultas MIPA Militer Universitas Pertahanan RI
(UNHAN RI), Sentul-Bogor, sejak tahun 2020. Sebelum
mengabdi di UNHAN RI, penulis konsisten mempelajari
Biologi khususnya ilmu tumbuhan selama menempuh
studi S1-S3. Dia menyelesaikan studi S1 Biologi
(spesialisasi Botani) di Universitas Negeri Malang
(2011), kemudian melanjutkan studi Master in Biology (for Plant Sciences
and Natural Products) di Leiden University, Belanda (2014-2016) dengan
beasiswa LPDP. Studi S2 di Belanda mewajibkan dua kali riset dan
penulisan master thesis. Riset pertamanya tentang plant-derived drugs
dikerjakan di Leiden University, sedangkan riset keduanya tentang plant-
microbe interactions dirampungkan di Utrecht University, Belanda. Selama
studi S2 dia mendalami konsep dan teknik biologi molekuler, serta
berkesempatan untuk mengikuti pertukaran pelajar ke University of
Helsinki, Finlandia selama 4 bulan dengan dana dari Erasmus+ mobility.
Setelah lulus S2, dia mendapatkan kesempatan untuk melanjutkan S3 di
departemen Plant Cell Biology, Georg August University of Göttingen,
Jerman (2016-2020) sebagai ‘Ph.D mitarbeiter’ untuk proyek yang didanai
oleh BMBF (Federal Ministry of Education and Research) Jerman dan
berhasil lulus (cumlaude) dengan gelar Doctor rerum naturalium
(Dr.rer.nat.). CRISPR-Cas9 adalah salah satu metode rekayasa genetika
yang dia gunakan untuk mengkarakterisasi mekanisme transduksi sinyal
kimia (chitin signaling) pada tumbuhan sebagai respon terhadap infeksi
jamur patogen. Selain aktif di bidang akademik, penulis juga aktif
mengikuti kegiatan ilmiah seperti konferensi internasional dan menjuarai
berbagai kompetisi di bidang sains, serta ikut berpartisipasi dalam aktivitas
kemanusiaan dengan pernah menjadi Pengajar Muda - Gerakan Indonesia

Mengajar (angkatan III, 2011-2012). Untuk mengenal dan terhubung
dengan penulis, pembaca dapat membuka tautan berikut:
https://www.linkedin.com/in/mo-awwanah-23856634/
atau menscan qr code di samping.

Metode Biologi Molekuler 78b9c745

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Metode Biologi Molekuler 78b9c745

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

METODE BIOLOGI MOLEKULER

Hak Cipta 2021, Pada Penulis

Hak Cipta Dilindungi Oleh Undang-Undang

Dilarang keras menerjemahkan, memfotokopi, atau memperbanyak sebagian atau

Anggota IKAPI No. 360/JBA/2020

Alhamdulillahirobbil’alamin dengan terselesaikannya penulisan dan

KATA PENGANTAR ············································································· iii

Miftahul Jannah, S.Si., M.Sc

A. PENGENALAN DAN SEJARAH BIOLOGI MOLEKULER

Albert B, Johnson A, Lewis J, Raff M, Roberts K, and Walter P. (2008).

Pengenalan dan Perkembangan Biologi Molekuler | 15

16 | Metode Biologi Molekuler

Pengenalan dan Perkembangan Biologi Molekuler | 17

Nila Kartika Sari, S.Si., M.Si

Fatchiyah., Arumingtyas, A.L., Widyarti, S., Rahayu, S. (2011). Basic

Pemanfaatan Biologi Molekuler | 41

Adiningsih, M. W. et al. (2018) “Authentication of Sumateran Wild Boar

58 | Metode Biologi Molekuler

Prinsip dan Aplikasi PCR-RAPD dan PCR-RFLP | 59

60 | Metode Biologi Molekuler

Prinsip dan Aplikasi PCR-RAPD dan PCR-RFLP | 61

62 | Metode Biologi Molekuler

Prinsip dan Aplikasi PCR-RAPD dan PCR-RFLP | 63

Breseghello, F., & Sorrells, M. E. (2006a). Association mapping of kernel

74 | Metode Biologi Molekuler

Prinsip dan Aplikasi Metode Microsatellite | 75

76 | Metode Biologi Molekuler

Prinsip dan Aplikasi Metode Microsatellite | 77

78 | Metode Biologi Molekuler

Bryant, D., Bouckaert, R., Felsenstein, J., Rosenberg, N. A., &

Prinsip dan Aplikasi Metode SNP | 89

90 | Metode Biologi Molekuler

Prinsip dan Aplikasi Metode SNP | 91

A. PENGERTIAN METODE MULTIPLEKS PCR

Gambar 6.1 Jenis dan Variasi Teknik PCR

Prinsip dan Aplikasi Metode Multipleks PCR | 107

108 | Metode Biologi Molekuler

Prinsip dan Aplikasi Metode Multipleks PCR | 109

110 | Metode Biologi Molekuler

Ansorge, W. J. (2009). Next-generation DNA sequencing techniques. New

134 | Metode Biologi Molekuler

Prinsip dan Aplikasi Metode DNA Sequencing | 135

A. PENGENALAN METODE REVERSE TRANSCRIPTION

Prinsip dan Aplikasi Reverse Transcription | 153

154 | Metode Biologi Molekuler

Prinsip dan Aplikasi Reverse Transcription | 155

174 | Metode Biologi Molekuler

176 | Metode Biologi Molekuler

178 | Metode Biologi Molekuler

196 | Metode Biologi Molekuler

Prinsip dan Aplikasi DNA Barcode | 197

198 | Metode Biologi Molekuler

Prinsip dan Aplikasi DNA Barcode | 199

Prinsip dan Aplikasi eDNA | 215

216 | Metode Biologi Molekuler

Prinsip dan Aplikasi eDNA | 217

218 | Metode Biologi Molekuler

Prinsip dan Aplikasi eDNA | 219

262 | Metode Biologi Molekuler

Prinsip dan Aplikasi CRISPR-Cas9 | 263

264 | Metode Biologi Molekuler

Prinsip dan Aplikasi CRISPR-Cas9 | 265

266 | Metode Biologi Molekuler