RUANG LINGKUP

BIOKIMIA

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 TUJUAN INSTRUKSIONAL UMUM

Setelah mempelajari mata kuliah ini mahasiswa

dapat menjelaskan struktur dan fungsi biomolekul
(meliputi asam nukleat, protein, lipid dan
karbohidrat), enzim, mekanisme dan kinetika
enzim, serta komunikasi selular.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 TUJUAN INSTRUKSIONAL KHUSUS

Setelah mempelajari mata kuliah ini mahasiswa

dapat menjelaskan dasar-dasar biokimia.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 MATERI BAHASAN

 Makhluk hidup dan struktur sel.

 Senyawa karbon sebagai komponen dasar
biomolekul.
 Biokimia dan prinsip-prinsip dasar.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 ORGANISME

APA PERSAMAAN MAKHLUK HIDUP BERIKUT INI?

Botryocladia Orang utan Pohon pisang

(ganggang merah)
Apakah morfologi yang berbeda menyebabkan mereka berbeda?

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 KARAKTERISTIK MAKHLUK HIDUP (1)

 Memiliki organisasi yang sangat kompleks. Sel tersusun dari

ribuan molekul yang berbeda-beda. Setiap molekul terdiri dari
sub-unit-sub-unit yang unik dan saling berinteraksi sehingga
seluruh proses yang terjadi di sel dapat berlangsung.
 Mampu mengambil, mengubah dan menggunakan energi
dari lingkungan. Perpindahan energi memungkinkan makhluk
hidup untuk mempertahankan struktur, melakukan kerja
mekanik, kimia, osmotik dan elektrik. Benda mati cenderung
terurai agar mencapai kesetimbangan dengan lingkungan.
 Memiliki kemampuan bereplikasi dan membuat sendiri
komponen-komponen sel. Sel bakteri tunggal yang diletakkan
pada medium yang steril akan menghasilkan jutaan sel yang
identik dalam waktu 24 jam. Setiap sel terdiri dari ribuan molekul
yang berbeda-beda dan kompleks.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 KARAKTERISTIK MAKHLUK HIDUP (1)

 Memiliki mekanisme untuk mendeteksi dan merespon

perubahan lingkungan. Makhluk hidup melakukan ini dengan
mengubah komposisi kimia di dalam sel.
 Memiliki komponen-komponen sel dengan fungsi khusus
dan memiliki mekanisme pengaturan interaksi antara
komponen. Interaksi antar komponen sel bersifat dinamis.
Perubahan terhadap sebuah komponen akan menyebabkan
perubahan pada komponen-komponen lain, sehingga aktifitas di
sel tetap dapat berlangsung dengan baik.
 Mengalami evolusi. Organisme mengubah ‘strategi hidupnya’
untuk bertahan terhadap perubahan lingkungan. Evolusi
menghasilkan beragam bentuk kehidupan, yang secara lahiriah
terlihat sangat berbeda tetapi secara mendasar saling terkait
dan berasal dari cikal bakal yang sama.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 Ketiga makhluk hidup pada contoh sebelumnya
memiliki karakteristik makhluk hidup yang sama!

Makhluk Hidup

Sel

Molekul

ATOM

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 SEL HEWAN Ribosomes
Perixisomes

Cytoskeleton

Lysosome
Transport vesicles

Golgi complex

Smooth endoplasmic
reticulum (SER)

Nuclear envelope Nucleolus

Rough endoplasmic Nucleus
reticulum (RER)
Plasma membrane Ribosomes Cytoskeleton
Mitochondrion

Golgi
Chloroplast complex

Starch granules

Thylakoids

Cell wall SEL

TUMBUHAN
Vacuole
Cell wall
Plasmodesma
Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala
Glyoxysome
  Sel adalah unit struktural dan fungsional semua
jenis makhluk hidup.
 Sel hewan dan sel tumbuhan (termasuk juga sel-sel
makhluk hidup lain) memiliki beberapa organel sel
yang sama!

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 HIRARKI STUKTUR ORGANISASI SEL

Organel sel → kompleks supramolekular → makromolekul

(biomolekul) → monomer.

Lehninger Principles of Biochemistry, 4th edition

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 BIOMOLEKUL

Biomolekul merupakan senyawa karbon dengan gugus

fungsional berbeda-beda.
 Setengah dari berat kering sel adalah karbon
 Karbon (C) dapat membentuk berbagai ikatan
dengan unsur lain.
 Ikatan utama C adalah
C-C yang sangat stabil.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 Karbon dapat membentuk
ikatan kovalen single,
double dan triple

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 KEKUATAN IKATAN BIOMOLEKUL

Biomolekul
disusun oleh
kerangka yang
berikatan
kovalen.
Biomolekul
distabilkan oleh
ikatan-ikatan non
kovalen.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 SENYAWA ORGANIK UTAMA PENYUSUN
KOMPONEN SEL: ASAM AMINO

Lehninger Principles of Biochemistry, 4th edition

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 SENYAWA ORGANIK UTAMA PENYUSUN
KOMPONEN SEL: ASAM NUKLEAT

Gula ribosa

Asam fosfat
Basa nitrogen
Lehninger Principles of Biochemistry, 4th edition

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 SENYAWA ORGANIK UTAMA PENYUSUN
KOMPONEN SEL: LIPID

Lehninger Principles of Biochemistry, 4th edition

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 SENYAWA ORGANIK UTAMA PENYUSUN
KOMPONEN SEL: GULA

Lehninger Principles of Biochemistry, 4th edition

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 KOMPONEN PENYUSUN BIOMOLEKUL
ADALAH ATOM

• Bulk element adalah komponen utama penyusun struktur sel

• Trace element adalah dibutuhkan dalam jumlah kecil agar proses metabolisme di sel
dapat berlangsung
Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala
 LINGKUP BIOKIMIA

Struktur dan fungsi biomolekul.

Aliran informasi biologi (pengenalan molekular dan
komunikasi selular).
Aliran energi dan materi (bioenergetik dan
metabolisme).

Biokimia juga menjelaskan prinsip-prinsip dasar

kehidupan yang bermanfaat pada aplikasi praktis di
bidang kedokteran pertanian, nutrisi dan industri.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 PRINSIP DASAR BIOKIMIA

Makhluk hidup tidak pernah berada dalam keadaan setimbang

dengan lingkungannya
 Komponen penyusun organisme cenderung tidak berubah,
namun populasi molekul di dalam organisme bersifat
dinamis. Molekul kecil, makromolekul dan kompleks
supramolekular selalu terlibat dalam reaksi-reaksi kimia
yang melibatkan aliran massa dan energi yang konstan dari
lingkungan (dynamic steady-state).
 Molekul hemoglobin yang membawa oksigen dari paru-paru
ke otak saat ini disintesis di bulan yang lalu. Bulan depan,
molekul ini didegradasi dan digantikan olej molekul
hemoglobin yang baru.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 PRINSIP DASAR BIOKIMIA

Organisme mengubah materi dan energi dari

lingkungannya
 Sistem biologi menganut hukum pertama termodinamika,
yang menjelaskan tentang konservasi energi:
Dalam perubahan kimia atau fisika, jumlah total energi di
alam semesta konstan, walaupun bentuk energi bisa
berubah-ubah.
 Makhluk hidup merupakan sistem terbuka, yang saling
menukar energi dan materi dengan lingkungannya. Makhluk
hidup mendapatkan energi dari lingkungannya dengan 2
cara, yaitu:
 Mengggunakan bahan bakar kimia (seperti glukosa) dan
mengekstrak energi dengan cara oksidasi.
 Menyerap energi dari cahaya matahari.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 PRINSIP DASAR BIOKIMIA

Aliran elektron memberikan energi ke organisme

Semua perpindahan energi di dalam sel dapat dilacak
berdasarkan aliran elektron yang terjadi antar molekul. Semua
reaksi yang melibatkan perpindahan elektron disebut reaksi
reduksi-oksidasi (redoks): Sebuah reaktan yang dioksidasi
(kehilangan elektron) dan pada saat yang bersamaan reaktan
yang lain di reduksi (mendapatkan elektron).

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 PRINSIP DASAR BIOKIMIA

Untuk menciptakan dan mempertahankan keteraturan,

sel membutuhkan kerja dan energi
Kecenderungan kejadian di alam adalah menuju
ketidakteraturan yang lebih besar. Total entropi alam
semesta terus bertambah. Karena itu, agar sintesis
makromolekul dari molekul-molekul monomernya,
energi bebas harus diberikan ke sistem (sel).

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 Energy coupling menghubungkan reaksi-reaksi
biologi

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 PRINSIP DASAR BIOKIMIA

Energy coupling menghubungkan reaksi-reaksi

biologi

Gerak menurun benda akan menghasilkan energi potensial yang dapat

digunakan untuk melakukan kerja (proses eksorgenik). Energi yang dihasilkan
dapat digabung dengan kerja yang dilakukan untuk menaikkan benda (proses
endogernik).
Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala
 Pada reaksi 1, pembentukan glucose 6-phosphate dari glucose dan inorganic phosphate
(Pi) menghasilkan produk dengan energi yang lebih tinggi dibandingkan kedua reaktan.
Reaksi endoterm (G1 positif)
Pada reaksi 2, pemecahan adenosine triphosphate (ATP) menjadi adenosine diphosphate
ADP + Pi merupakan reaksi eksoterm (G2 negatif).
Jika reaksi 1 dan 2 digabung, reaksi 2 yang sangat eksotermik dapat menyebabkan reaksi 1
berlangsung spontan, melalui mekanisme reaksi 3.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 PRINSIP DASAR BIOKIMIA
Keq dan G adalah paramater untuk menentukan
kespontanan reaksi
Reaksi:

Konstanta kesetimbangan:

Energi bebas Gibbs:

Pada keadaan setimbang:

Pada keadaan setimbang,

tidak ada kerja yang
dilakukan G=0, sehingga:

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

  Karena Keq dapat ditentukan secara eksperimen,
maka nilai Go, konstanta termodinamik untuk setiap
reaksi, juga dapt ditentukan. the thermodynamic
constant characteristic of each reaction. Satuan G
and Go adalah joules/mole (atau calories/mole).
 Jika Keq>> 1, Go besar dan bernilai negatif
 Jika Keq <<<1, Go besar dan bernilai positif.
 Dari nilai-nilai Go yang sudah ditentukan, maka
kecenderungan suatu reaksi untuk berlangsung
secara sempurna dapat ditentukan.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 RINGKASAN

 Pembentukan struktur molekul dan interaksi antar

molekul di sel, dan interaksi sel dengan lingkungan
melibatkan reaksi-reaksi kimia.
 Sistem biologi juga menganut prinsip-prinsip dasar
kimia dan fisika.
 Biokimia merupakan cabang ilmu kimia yang
menjelaskan struktur dan fungsi serta kominikasi antar
sel (Biokimia I), serta mekanisme dan proses kimia
pada level molekular yang terjadi di makhluk hidup
(Biokimia II).

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala