ASAM NUKLEAT

DNA dan RNA

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 TUJUAN INSTRUKSIONAL UMUM

Setelah mempelajari mata kuliah ini mahasiswa

dapat menjelaskan struktur dan fungsi
biomolekul-biomolekul (meliputi asam nukleat,
protein, lipid dan karbohidrat), enzim, mekanisme
dan kinetika enzim, serta komunikasi selular.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 TUJUAN INSTRUKSIONAL KHUSUS

Setelah mempelajari mata kuliah ini mahasiswa

dapat menjelaskan struktur dan fungsi asam
nukleat.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 MATERI BAHASAN

 Asam nukleat
 Elemen struktur DNA
 Elemen struktur RNA
 Pemotongan DNA dan RNA oleh nucleases
 Kompleks asam nukleat-protein

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 ASAM NUKLEAT

Asam nukleat adalah biomolekul kompleks yang

digunakan untuk menyimpan informasi genetik.

DNA deoxyribonucleic acid

Merupakan ‘master copy’ hampir seluruh
informasi di sel.
RNA ribonucleic acid
Terdiri dari beberapa jenis dan berfungsi
untuk mentransfer informasi dari DNA ke
seluruh bagian sel.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 KOMPOSISI DNA DAN RNA

 Struktur primer DNA dan RNA mirip.

 Masing-masing memiliki gugus gula, fosfat dan basa
nitrogen. Perbedaan utama terletak pada jenis gula
dan basa yang digunakan.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 GULA DNA DAN RNA

Gula RNA Gula DNA

Ribose Dioxyribose

Hanya sedikit
berbeda!

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 NUKLEOSIDA

Kombinasi antara gula dan basa

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 BASA-BASA NITROGEN

Ada 2 kelompok:
Purines
 Merupakan senyawa dengan stuktur cincin ganda
(6 dan 5 anggota).
 Terdapat di DNA dan RNA.
 Adenine dan Guanine
Pyrimidines
 Merupakan senyawa dengan stuktur cincin 6
anggota.
 Cytosine terdapat di DNA dan RNA.
 Tymine terdapat di DNA, Uracil terdapat di RNA.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 BASA-BASA NITROGEN

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 NUKLEOTIDA

 Dihasilkan jika gugus –OH dari

gula nuleosida diubah menjadi
ester fosfat.
 Penamaan didasarkan atas
jenis gula, jenis basa dan
jumlah fosfat.
 Contoh: dideoxyadenosine
monophosphate

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 NUKLEOTIDA

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 NUKLEOSIDA DAN NUKLEOTIDA

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 STRUKTUR PRIMER DNA

Ikatan 3’→5’
fosfodiester
menghubungkan
nukleotida
menjadi urutan
yang linier.
Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala
 STRUKTUR PRIMER DNA

Penggambaran sederhana struktur nukleosida

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 STRUKTUR PRIMER DNA

Penggambaran sederhana struktur nukleotida,

menunjukkan ikatan 3’,5’-phosphodiester.

Secara lebih singkat, cukup dituliskan huruf yang mewakili

basa dari ujung 5’
AGCT

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 DNA

 DNA di dalam sel tersusun dari banyak sekali

nukleotida.
 Jumlah dan konformasinya sangat tergantung dari
jenis spesies.
 Pada sel prokariot → DNA rantai tunggal.
 Spesies komplek → DNA rantai banyak.
 DNA selalu berkombinasi dengan protein yang
dinamakan histon.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 DNA

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 RNA

 Sekitar 5-10% dari berat total sel adalah RNA (DNA hanya
1%).
 RNA terdiri dari 3 bentuk:
 Ribosomal RNA – rRNA
merupakan struktur kombinasi dengan protein yang
menyusun ribosom sebagai tempat sintesis protein.
 Messenger RNA – mRNA
membawa informasi genetik dari DNA ke ribosom.
 Transfer RNA – tRNA
bereaksi, melalui pembentukan ester, dengan asam-
asam amino yang akan digunakan untuk sintesis protein.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 ELEMEN STRUKTUR DNA

Sugar-phosphate backbone
Menyebabkan DNA akan terpilin disekitar basa (seperti
tangga spiral)

Pasangan basa
Ikatan hidrogen yang terjadi antara basa purin dan pirimidin
menyebabkan untai-untai DNA berinteraksi satu sama lain.
Adenine- thymine guanine-cytosine selalu berpasangan
bersama.

Struktur double helix terbentuk!

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 PASANGAN BASA & IKATAN
HIDROGEN

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 IKATAN HIDROGEN

 Setiap basa selalu

membentuk 2 atau 3
ikatan hidrogen.
 Ikatan hidrogen yang
sesuai akan membuat
struktur stabil.
 Karena itu, pasangan
basa DNA selalu A-T/U
& G-C

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 DNA DOUBLE HELIX

 Kombinasi 2 untai DNA.

 Merupakan struktur
sekunder DNA.
 Jarak antar basa = 0,34 nm
 Setiap putaran tersusun dari
10,5 basa.
 Satu putaran = 3,4 nm.
 Jarak antar 2 untai = 2 nm

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 DNA DOUBLE HELIX

Ada beberapa konformasi DNA:

 B-DNA – struktur yang paling banyak terdapat dalam
kondisi fisiologis. Memiliki 10,5 basa setiap putaran.
 A-DNA – struktur yang terbentuk akibat penambahan
bahan kimia terhadap B-DNA. Memiliki 11 basa setiap
putaran.
 Z-DNA – merupakan struktur dengan orientasi ‘left
handed’. Memiliki 12 basa setiap putaran dan
berperan dalam regulasi ekspresi gen.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 SIFAT FISIKA & BIOLOGI DOUBLE
HELIX

Replikasi DNA
berlangsung dari 5’ → 3’

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 SIFAT FISIKA & BIOLOGI DOUBLE
HELIX

 Ikatan hidrogen dan interaksi van der Wall dapat

rusak akibat denaturasi (panas, penambahan
asam/basa dan pelarut organik).
 Untai DNA cenderung terbentuk kembali jika
denaturan dihilangkan.
 Contoh – Pemanasan DNA akan menyebabkan DNA
terpisah, kembali speperti struktur semula jika
didinginkan (annealing).

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala
 PROFIL DENATURASI DNA

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 STRUKTUR TERSIER DNA

 Konformasi DNA dapat berbentuk linier atau sirkular.

 Struktur sirkular terjadi akibat ikatan kovalen antara 2
ujung double helix linier.
 Struktur sirkular terbagi 2, yaitu:
 Relaxed
 Supercoiled

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 STRUKTUR TERSIER DNA

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala
 SUPERCOILED DNA

 Struktur supercoiled terjadi karena adanya interaksi

tambahan antar struktur DNA secara intramolekuler.
 Lebih tidak stabil dibandingkan dengan struktur
relaxed.
 Topoisomerase – Enzim yang mengkatalisa
perubahan topologi DNA yang sudah diisolasi.
 Struktur supercoiled berperan dalam replikasi DNA
dan penyimpanan DNA.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 ELEMEN STRUKTUR RNA

2 perbedaan utama antara struktur primer yang berikatan

kovalen RNA dan DNA adalah:
 RNA memiliki gula ribosa dan DNA memiliki gula
deoksiribosa.
 Salah satu basa RNA adalah uracil dan bukan
thymine.
Tambahan gugus hidroksil di RNA menyebabkan RNA
lebih mudah terhidrolisis.
Ini adalah alasan utama mengapa informasi genetik
tersimpan di DNA dan bukan RNA.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 ELEMEN STRUKTUR RNA

 RNA selalu berbentuk untai tunggal.

 RNA tidak memiliki struktur sekunder seperti DNA.
 Untai RNA cenderung berlipat membentuk pola yang
seragam dan berulang.
 Ada beberapa jenis struktur RNA.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 ELEMEN STRUKTUR RNA

Hairpin turns
Struktur RNA berbelok dan membuat basa-basa yang
komplementer dalam untai yang sama saling
berinteraksi. Jika ukurannya cukup panjang, maka
akan membentuk struktur double helix.
Right-handed double helix
Terbentuk akibat pelipatan untai secara internal.
Internal loop dan bulges
Sering ditemukan di molekul DNA. Merupakan bagian
struktur yang merusak pembentukan double helix.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 ELEMEN STRUKTUR RNA

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 STRUKTUR tRNA

 RNA yang paling kecil.

 Terdiri dari 74-93
nukleotida.
 Berfungsi sebagai
pembawa 20 asam
amino (1 tRNA untuk 1
AA)
 Memiliki basa purin dan
pirimidin yang
termodifikasi.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 STRUKTUR tRNA

Semua tRNA
memiliki struktur
2o dan 3o.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 STRUKTUR rRNA

Semua rRNA
juga memiliki
struktur 2o dan
3o, namun
lebih besar

16S rRNA
E. coli

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 PEMUTUSAN DNA & RNA OLEH
NUCLEASES

Karakterisasi struktur dan fungsi asam nukleat

membutuhkan pemutusan struktur ini menjadi fragmen-
fragmen yang lebih kecil.
 Analisis struktur primer DNA/RNA
 Pemutusan sisi spesifik untuk manipulasi DNA
rekombinan.
Teknik yang digunakan:
 Hidrolisis asam (untuk DNA)
 Hidrolisis basa (untuk RNA)
 Enzim nuclease

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 PEMUTUSAN DNA & RNA OLEH
NUCLEASES

Nuclease:
 Enzim yang mengkatalisis hidrolisis ikatan
phosphodiester.
 In vivo, digunakan untuk mengkatalisis degradasi
asam nukleat yang sudah rusak.
 Beberapa nuclease bisa bekerja sekaligus terhadap
DNA dan RNA.
 DNases – deoxyribonucleases, bekerja terhadap DNA.
 RNases – ribonucleases, bekerja terhadap RNA.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 PEMUTUSAN DNA & RNA OLEH
NUCLEASES

Jenis nucleases:
 Exonuclease – mengkatalisis penghilangan ujung
nukleotida. Ada 2 tipe: 3’ dan 5’.
 Endonucleases – mengkatalisis penghilangan ikatan
phosphodiester internal.
 Tipe a – memutuskan gugus fosfat pada sisi 3’.
 Tipe b – memutuskan gugus fosfat pada sisi 5’.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 PEMUTUSAN DNA & RNA OLEH
NUCLEASES

Endonuleases

Enzim ini berguna untuk memotong DNA menjadi

fragmen-fragmen kecil, namun kurang spesifik.
Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala
 BEBERAPA NUCLEASES

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 ENZIM RESTRIKSI

Restriction endonuclease
 Merupakan enzim restriksi.
 Spesifik untuk pemutusan DNA.
 Mengenali urutan basa-basa tertentu.

Enzim ini dihasilkan di sel bakteri dan berfungsi untuk

mendegradasi DNA asing.

DNA induk tidak mengalami kerusakan karena basa-

basanya sebagian termetilasi.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 ENZIM RESTRIKSI

Beberapa ratus jenis enzim restriksi sudah diisolasi dan

dikarakterisasi.

Penamaan:
 Singkatan 3 huruf yang menunjukkan spesies asal.
 Sebuah huruf menunjukkan strain.
 Angka romawi menunjukkan urutan penemuan.

EcoRI – enzim restriksi pertama yang diisolasi dari E.

coli strain R

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 ENZIM RESTRIKSI

 Endo enzim spesifik

untuk urutan DNA
tertentu.
 Garis menunjukkan
daerah pemotongan
pada urutan basa-
basa yang dikenali
oleh enzim.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 ENZIM RESTRIKSI

Pemotongan DNA menjadi fragmen-fragmen kecil

digunakan untuk:
 Analisis DNA
 Identifikasi. Fragmen-fragmen yang dihasilkan
oleh individu yang berbeda spesifik – DNA
fingerprints.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 KOMPLEKS ASAM NUKLEAT-PROTEIN

Kompleks asam nukleat protein adalah ‘supramolecular

assembly’ – makromolekul yang terorganisir secara
cluster.

Contoh: nucleoprotein, yang merupakan kompleks

antara protein dan asam nukleat.
 Virus
 Kromosom
 snRNPs
 Ribosom
 Enzim ribonucleoprotein

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 VIRUS

 Partikel yang stabil

dan ‘infective’ yang
tersusun dari asam
nukleat (DNA atau
RNA) dan protein.
 Sub-unit protein
membentuk lapisan
pelindung di sekitar
asam nukleat.
 Virus-virus yang
kompleks dan
berukuran besar
memiliki pelindung
glycoprotein dan lipid
membran.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 VIRUS – Human immunodeficiency virus (HIV)

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 KROMOSOM

Kromosom sel eukariot tersusun dari untai-untai DNA

yang terikat padat dengan protein (histones)

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 KROMOSOM

Kromosom di inti sel jumlahnya berpasangan.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 CHROMOSOM SPOOL

 DNA terikat erat disekitar histones, yang merupakan

protein berukuran kecil.
 Kompleks yang terbentuk disebut chromatin.
 Delapan histones diperlukan sebagai titik pusat
sehingga terbentuk ikatan dengan DNA.
 Kompleks yang terbentuk disebut nucleosome. Ada 1
juta nucleosome untuk setiap 1 kromosom manusia.
 Nucleosome yang memanjang dalam bentuk
memutar disebut chromatid.
 Gabungan chromatid akan menghasilkan
chromosom.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 HISTONE

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 DNA Coil

2 chromatid
dihasilkan dari
2x10 coil

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 snRNPs

 Small nuclear ribonucleoproteins.

 Merupakan kompleks antara small nuclear ribonucleic
acids (snRNAs) dan protein.
 Ditemukan hanya di sel eukariot.
 Mengkatalisis pemisahan spesifik penghilangan exon
untuk menghasilkan mRNA
 Molekul yang mirip di sitoplasma adalah scRNPs.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala
 KOMPLEKS LAIN

Ribosom
Merupakan organel sel tempat sintesis protein
berlangsung. Terdiri dari 65% RNA dan 35% protein.
Terdiri dari 2 sub-unit yang terpisah ketika proses
translasi berlangsung.

Enzim ribonucleoprotein
Kelas enzim yang penting. Contoh ribonuclease P dan
telomerase.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 RIBONUCLEASE A

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 RINGKASAN

 Asam nukleat → DNA (untai ganda) dan RNA (untai tunggal).

 Basa DNA: A, T, G, C.
 Basa RNA: A, U, G, C.
 DNA/RNA merupakan polimer dari nukleotida.
 Nukleotida → basa, gula ribosa dan fosfat.
 Nukleosida → basa dan gula ribosa.
 Struktur double helix DNA terbentuk akibat ikatan hidrogen antara
basa-basa yang sesuai (A-T, G-C).
 Tingkatan struktur DNA:
 Primer → Untai tunggal.
 Sekunder → Double helix.
 Tersier → Supercoil.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala

 RINGKASAN

 Ikatan fosfodiester DNA/RNA dapat diputuskan oleh

enzim nuclease.
 Asam nukleat dapat membentuk supramolecular
complex dengan biomolekul lain.
 DNA + histones → chromatin.
 Delapan (DNA + histones) → nucleosome.
 Nucleosome yang memanjang dan berputar →
chromatid.
 Gabungan chromatid → chromosome.
 Manusia memiliki 23 chromosome.

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Syiah Kuala