CRITICAL JOURNAL REPORT

“GENETIKA MIKROBA”
Dosen Pengampu : ENDANG SULISTYARINI GULTOM, Ssi, Msi, Apt.

DISUSUN OLEH :

KELOMPOK 7

NAMA : NURAFNI DIANA (4191151010)

PELENTINA SIMANGUNSONG (4192451011)

NOVA LINDA Y SINGA (4193351016)

REGINA KEZIA A SITUMORANG (4193151009)

KELAS : PENDIDIKAN IPA B 2019

M.KULIAH : MIKROBIOLOGI

JURUSAN BIOLOGI PRODI PENDIDIKAN IPA

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS NEGERI MEDAN

2021

1
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kami panjatkan kehadirat Allah SWT Tuhan Yang Maha Esa yang telah
memberikan kami rahmat, kesehatan dan kesempatan, sehingga kami dapat menyusun atau
menyelesaikan tugas CJR “Genetika Mikroba”. Penulisan ini disajikan secara ringkas dan
sederhana sesuai dengan kemampuan yang kami miliki, dan tugas ini disusun dalam rangka
memenuhi tugas KKNI pada mata kuliah Mikrobiologi.
Dalam penyusunan tugas ini banyak kesalahan dan kekurangan, oleh karena itu kritik
yang membangun dari semua pihak sangat kami harapkan demi kesempurnaan tugas ini, dan
dalam kesempatan ini kami mengucapkan terimakasih kepada pihak-pihak yang telah
membantu dan secara khusus kami berterimakasih kepada Ibu Dosen Pengampu dan seluruh
pihak yang terkait karena telah memberikan bimbingannya kepada kami untuk menyelesaikan
tugas ini hingga selesai.

Medan, September 2021

KELOMPOK 7

i
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR
DAFTAR ISI
BAB I PENDAHULUAN
A. Rasionalisasi Pentingnya CJR
B. Tujuan
C. Identitas Jurnal

BAB II RINGKASAN ISI JURNAL

A. Ringkasan Jurnal Pertama
B. Ringkasan Jurnal Kedua
C. Ringkasan Jurnal Ketiga
D. Ringkasan Jurnal Keempat
E. Ringkasan Jurnal Kelima

BAB III KEUNGGULAN PENELITIAN

A. Kegayutan antar Elemen
B. Originalitas Temuan
C. Kemutahiran Masalah
D. Kohesi dan Koherensi Isi Penelitian

BAB IV KELEMAHAN ARTIKEL / HASIL PENELITIAN

A. Kegayutan antar Elemen
B. Originalitas Temuan
C. Kemutahiran Masalah
D. Kohesi dan Koherensi Isi Penelitian

BAB V IMPLIKASI TERHADAP

A. Teori
B. Program Pembangunan di Indonesia
C. Pembahasan dan Analisis

BAB VI PENUTUP
A. Kesimpulan
B. Saran

DAFTAR PUSTAKA

ii
 BAB I
PENDAHULUAN

A. Rasionalisasi Pentingnya CJR

Mengkritik jurnal pada dasarnya adalah aktivitas untuk mendeskripsikan dan

menganalisis isi jurnal yang ditulis orang lain. Kritik bisa berisi seluruh jurnal atau
meringkasnya. Pada kritik jurnal dideskripsikan adalah poin-poin penting yang menurut
pengkritik menarik dan penting disampaikan. Kemudian, poin-poin itu dianalisis dan dikritik
akan mengurai dasar pijakan mengapa si penulis jurnal menulis naskah atau konsep itu; setuju
tidaknya pengkritik terhadap apa yang ditulis penulis dengan menyampaikan alasan
pengkritik .Pengkritik bisa menggunakan teori atau konsep lain dari para pakar lain (bisa dari
buku atau jurnal lain). Biasanya pengkritik akan menyampaikan hal-hal positif dan hal-hal
yang perlu diperbaiki lagi.
Kritik jurnal sangat penting dilakukan, terutama untuk mahasiswa. Kritik jurnal
dilakukan untuk menelaah dan meninjau kembali konsep yang disampaikan penulis jurnal atau
teori yang disampaikan oleh pakar. Kritik jurnal juga dilakukan dalam rangka pengembangan
konsep ilmu pengetahuan terutama di bidang pendidikan. Peninjauan kembali terhadap
beberapa konsep mengenai hakikat, landasan dan asas-asas pendidikan sangat penting
dilakukan untuk perkembangan ilmu pengetahuan terkhusus pendidikan.
B. Tujuan

Tujuan dari pembuatan Critical Journal Review (CJR) ini adalah mengembangkan
budaya membaca, kemampuan berpikir sistematis dan kritis, kemampuan mengekspresikan
pendapat dalam memandang suatu buku yang akan direview, kemampuan berfikir logis,
kemampuan menulis karyailmiah, dan kemampuan menyampaikan, menggunakan dan
mengaplikasikan ilmu mereview untuk menjadi suatu sistem yang terpada dalam
pengembangan keilmuannya khsusnya dalam bidang mikrobiologi yang mecakup, Genetika
Mikroorganisme.
C. Identitas Jurna

Identitas Jurnal ke 1

 Judul : ANALISIS KERAGAMAN GENETIK ISOLAT BAKTERI

Xanthomonas Oryzae pv. Orizae DARI JAWA BARAT DAN JAWA TENGAH
BERDASARKAN ANALISIS ARDRA GEN 16SrRNA
 Jurnal : FIT PATOLOGI INDONESIA
 Halaman : 53-60
 Penulis : Yadi Suryadi, dkk

iii
  ISSN :2339-2479

Identitas Jurnal ke 2

 Judul : PEMBUATAN BERAS INSULIN MELALUI REKAYASA

GENETIKA SEBAGAI ALTERNATIF PENCEGAHAN PENYAKIT DIABETES
MILITUS
 Jurnal : Kajian pendidikan widya FKIP Universitas Dwijendra
 Halaman : 65-74
 Penulis : I Putu Edy Purnawijaya
 ISSN : 2085-0018

Identitas Jurnal ke 3

 Judul : Analisis keragaman genetik bakteri dalam bioflok dengan teknik

ARDRA gen 16S-rRNA
 Jurnal : Akuakultur Indonesia
 Halaman : 128-135
 Penulis : Widanarni, dkk
 ISSN :-

Identitas Jurnal Ke 4

 Judul : Peningkatan Kemampuan Mikroba Pelarut Fosfat dan Kalium Melalui

Teknik Mutasi Iradiasi Gamma
 Jurnal : Ilmiah Aplikasi Isotop dan Radiasi
 Halaman : 67-76
 Penulis : D. K. T. Sukmadewi1*, I. Anas1 , R. Widyastuti1 , A. Citraresmini2
 ISSN : 2527-6433

Identitas Jurnal Ke 5

 Judul : Explorasi Mikroba Beraroma dari Bahan Alam

 Jurnal : Penelitian Pendidikan IPA
 Halaman : 136-143
 Penulis : Prapapti Sedijadi, Dewa Ayu Citra Rasmi, Syamsul Bahri
 ISSN : 2407-795X

iv
v
 BAB II
RINGKASAN

A. Ringkasan Jurnal Pertama

Bakteri Xanthomonas oryzae pv. oryzae merupakan patogen penyebab penyakit
hawar daun bakteri (HDB) pada padi. Serangan penyakit HDB menyebabkan turunnya
produksi padi dan dapat menyebabkan kehilangan hasil panen. Tahun 2010 luas lahan
yang terserang penyakit HDB sebesar 54 796 ha dan serangan ini meningkat pada masa
tanam 2010-2011 menjadi sebesar 64 123 ha (Direktorat Perlindungan Tanaman Pangan
2011). Pengendalian penyakit HDB melalui pengembangan varietas tahan HDB
merupakan salah satu cara yang efektif, murah, dan mudah diterapkan pada petani.
Keragaman genetika yang luas pada bakteri X. oryzae pv. oryzae di berbagai daerah di
Indonesia memerlukan pengembangan varietas padi yang tahan dan harus disesuaikan
dengan penyebaran galur atau patotipenya.
Analisis keragaman genetik untuk karakterisasi patogen X. oryzae pv. oryzae
dapat dilakukan menggunakan teknik molekuler karena cepat dan sensitif. Gen
16SrRNA dapat dilakukan dengan metode restriction fragment length polymorphism
(RFLP) berdasarkan analisis pengukuran perbedaan panjang fragmen DNA yang
dihasilkan oleh pemotongan enzim restriksi yang disebut amplified rDNA restriction
analysis (ARDRA) (Schlegel et al. 2003). Berdasarkan pola pita yang dihasilkan dari
pemotongan enzim restriksi, pohon filogenetika dapat direkonstruksi dan dapat
mengelompokkan bakteri berdasarkan jarak genetikanya. Identifikasi keragaman
genetika isolat bakteri X. oryzae pv. oryzae dari berbagai daerah di Indonesia,
diharapkan dapat membantu pengembangan varietas padi tahan penyakit HDB. Tujuan
penelitian ialah mengarakterisasi keragaman genetik 15 isolat X. oryzae pv. oryzae yang
diperoleh dari beberapa daerah di Jawa Barat dan Jawa Tengah menggunakan analisis
ARDRA.
Isolat Xanthomonas oryzae pv. oryzae dan Isolasi DNA
Sebanyak 15 isolat bakteri X. oryzae pv. oryzae yang berasal dari beberapa
daerah di Jawa Barat dan Jawa Tengah (Tabel 1) diisolasi pada medium agar-agar
Wakimoto (AW) (larutan sari kentang, 0.125 g Ca(NO3 )2 . 4H2 O, 0.5 g Na2 HPO4 .
12H2 O, 3.75 g sukrosa, dan 1.25 g pepton dengan pH 7-8). Isolat murni bakteri
diremajakan pada agar-agar miring medium AW dan diinkubasi selama kurang 3-5 hari
sampai muncul koloni berwarna kuning dan berlendir. Isolasi DNA genom bakteri
dilakukan menggunakan metode Lazo et al. (1987) yang dimodifikasi.
Amplifikasi Gen 16S-rRNA dan Pemotongan dengan Enzim Restriksi RsaI
Hasil amplifikasi gen 16SrRNA dari masing-masing sampel dipotong dengan
enzim restriksi RsaI yang mempunyai situs pemotongan (5’-GTAC). Reaksi
pemotongan terdiri atas 10 µL produk PCR, 18 µL ddH2 O, 2 µL 10x bufer Tango, dan
1 µL enzim restriksi. Campuran tersebut diinkubasi pada suhu 37 °C selama ± 20 jam.

6
Hasil pemotongan dielektroforesis pada gel agarosa dengan metode yang sama untuk
visualisasi amplikon PCR. Hasil visualisasi dijadikan data biner terhadap pola pita yang
terbentuk dan dibuat pohon filogenetikanya menginkuti program MVSP 3.2 dengan
metode unweighted pair group method arithmetic mean (UPGMA).
ARDRA merupakan teknik RFLP yang digunakan untuk mengetahui perbedaan
jenis bakteri, misalnya berdasarkan gen ribosomal DNA seperti 16SrRNA. Teknik ini
menggunakan enzim restriksi untuk melihat polimorfisme dalam genom organisme.
Situs enzim restriksi dari genom suatu kelompok organisme yang kemudian berubah
karena mutasi atau berpindah karena genetic rearrangement dapat menyebabkan situs
tersebut tidak lagi dikenali oleh enzim atau enzim restriksi akan memotong daerah lain
yang berbeda. Proses ini menyebabkan terbentuknya fragmen-fragmen DNA yang
berbeda ukurannya antara satu organisme dengan organisme lainnya. Polimorfisme ini
selanjutnya digunakan sebagai dasar untuk membuat pohon filogenetika atau
dendogram kekerabatan kelompok (Sasaki et al. 2004).
Enzim restriksi yang digunakan untuk memotong produk PCR 16SrRNA dari 15
isolat X. oryzae pv. oryzae, yaitu RsaI. Enzim RsaI merupakan enzim endonuklease
restriksi tetramerik atau memiliki sisi pengenalan empat basa sehingga bila penyebaran
nukleotida terjadi secara acak pada organisme dengan G+C sekitar 50% maka sekitar
256 pb dapat diharapkan memiliki satu sisi pengenalan. Enzim restriksi tersebut
menghasilkan sejumlah besar fragmen yang bervariasi ukurannya (Susilowati et al.
2010).
Enzim restriksi RsaI memotong dengan sifat blunt end pada situs
5’...GT↓AC...3’ dan 3’...CA↑TG...5’. Pemotongan dengan RsaI pada isolat X. oryzae
pv. oryzae yang diuji menghasilkan 13 pola pita ARDRA yang berbeda.
Pengelompokan tersebut berdasarkan kesamaan di situs pemotongan enzim restriksi
RsaI pada setiap spesies. Isolat X. oryzae pv. oryzae dengan kode 29d, 59pml, dan
60pml memiliki hasil pola pita yang sama sehingga dikelompokkan dalam satu pola
pita. Kesamaan pola yang dihasilkan isolat X. oryzae pv. oryzae 59pml dan 60pml
tersebut dapat disebabkan oleh kesamaan daerah asal kedua isolat tersebut, yaitu
Pemalang. Isolat Xoo29d berasal dari Subang, namun memiliki pola pita yang sama
dengan isolat 59pml dan 60pml. Hal ini dapat diartikan bahwa ketiga isolat tersebut
memiliki kekerabatan yang sangat dekat meskipun berasal dari daerah yang berbeda.
Hasil penelitian menunjukkan adanya keragaman genetika antar isolat yang diuji
meskipun isolat diperoleh dari daerah yang sama atau berbeda lokasi khususnya di Jawa
Barat dan Jawa Tengah. Dengan demikian, pergiliran tanaman akan semakin kompleks
mengingat dominansi patotipe X. oryzae pv. oryzae akan berbeda antar lokasi di
Indonesia. Keragaman genetik ini dilaporkan juga terjadi di Filipina oleh Ardales et al.
(1996) yang melaporkan adanya perbedaan genetika yang cukup besar antar struktur
populasi X. oryzae pv. oryzae yang diperoleh pada tingkat agroekosistem, area
pengambilan contoh antar lapangan dan jenis kultivar.

7
 Berdasarkan pohon filogenetika yang terbentuk, X. oryzae pv. oryzae isolat
1/96pml dan 61pml terdapat dalam satu percabangan dengan isolat 29d, 59pml, dan
60pml. Isolat 1/96pml dan 61pml berasal dari daerah yang sama dengan isolat 59pml
dan 60pml, yaitu Pemalang. Meskipun memiliki pola pita yang berbeda, namun dapat
diartikan bahwa isolat 1/96pml dan 61pml memiliki kekerabatan yang cukup dekat
dengan isolat 29d, 59pml, dan 60pml. Selanjutnya, isolat X. oryzae pv. oryzae 5mgl
(Doroyudan) memiliki satu percabangan dengan isolat 23d, 28d, 10sbg, dan 8myd. X.
oryzae pv. oryzae 23d dan 28d berada dalam satu percabangan kecil. Kedua isolat
tersebut berada dalam daerah yang berbeda, namun memiliki kekerabatan yang cukup
dekat. X. oryzae pv. oryzae 10sbg dan 8myd juga berada dalam satu percabangan kecil
yang lain. Kedua isolat X. oryzae pv. oryzae ini juga berasal dari daerah yang berbeda,
namun memiliki kekerabatan yang cukup dekat. Percabangan lain yang terbentuk, yaitu
isolat X. oryzae pv. oryzae 6klt, 3ind, dan 2kr. Isolat 6klt berasal dari Klaten, 3ind dari
Indramayu, dan 2kr dari Karawang. Ketiga isolat ini memiliki kekerabatan yang juga
cukup dekat meskipun berasal dari daerah yang berbeda. Isolat Xoo1kr yang berasal
dari daerah yang sama dengan isolat 2kr (Karawang) terdapat dalam percabangan yang
berbeda, namun masih dalam satu klaster besar yang sama. Isolat X. oryzae pv. oryzae
4mgl (Pabelan, Magelang) berada dalam klaster yang berbeda dengan isolat lain yang
diuji. Hal ini menunjukkan kekerabatan isolat 4mgl dengan yang lainnya cukup jauh.
Hasil ini dapat memudahkan dalam deteksi X. oryzae pv. oryzae di lapangan dan
sekaligus untuk pengendalian penyakit (Onasanya et al. 2010).
Sebanyak 15 isolat X. oryzae pv. oryzae yang diuji yang berasal dari beberapa
daerah di Jawa Barat dan Jawa Tengah, secara genetika menunjukkan keragaman yang
cukup tinggi. Berdasarkan analisis gen 16SrRNA, diperoleh sebanyak 13 pola pita
ARDRA yang berbeda. Analisis pohon filogenetika menunjukkan bahwa antara isolat
X. oryzae pv. oryzae yang berasal dari daerah yang berbeda dapat memiliki kekerabatan
yang cukup dekat secara genetik.
B. Ringkasan Jurnal Kedua

Rekayasa genetika dalah suatu proses manipulasi gen yang bertujuan untuk
mendapatkan organisme yang unggul. Secara ilmiah, rekayasa genetika adalah
manipulasi genetik atau organisme. Rekayasa genetika merupakan proses
buatan/sintesis dengan menggunakan teknologi DNA rekombinan. Hasil dari rekayasa
genetika adalah sebuah organisme yang memiliki sifat yang diinginkan atau organisme
dengan sifat unggul, organisme tersebut sering disebut sebagai organisme transgenik.
Prinsip dasar teknologi rekayasa genetika adalah memanipulasi atau melakukan
perubahan susunan asam nukleat dari DNA (gen) atau menyelipkan gen baru ke dalam
struktur DNA organisme penerima. Gen yang diselipkan dan organisme penerima dapat
berasal dari organisme apa saja. Misalnya gen dari bakteri bisa diselipkan di kromosom
tanaman. Teknologi yang dikenal sebagai teknologi DNA rekombinan, atau dengan
istilah yang lebih populer rekayasa genetika, ini melibatkan upaya perbanyakan gen

8
tertentu di dalam suatu sel yang bukan sel alaminya. Banyak defenisi yang telah
mendeskripsikan pengertian teknologi DNA rekombinan adalah pembentukan
kombinasi materi genetic yang baru dengan cara menyisipkan molekul DNA kedalam
suatu vector sehingga memungkinkannya untuk terintegrasi dan mengalami
perbanyakan didalam suatu sel organisme lain yang berperan sebagai sel inang.
Pada dasarnya upaya untuk medapatkan sesuatu produk yang di inginkan
melalui teknologi DNA rekombinan melibatkan beberapa tahapan tertentu. Tahapan-
tahapan tersebut adalah isolasi DNA kromosom yang akan diklon, pemotongan molekul
DNA menjadi sejumlah fragmen dengan berbagai ukuran, isolasi DNA vector,
penyisipan fragmen DNA kedalam vector untuk menghasilkan molekul DNA
rekombinan, reisolasi molekul DNA rekombinan dari sel inang, dan analisis DNA
rekombinan.
Bakteri Agrobacterium
Agrobacterium adalah bakteri pathogen pada tanaman yang banyak digunakan
untuk memasukkan gen asing kedalam sel tanaman untuk menghasilkan tanaman
transgenic. Secara alami Agrobacterium dapat mengidentifikasi bagian tanaman yang
terluka sehingga menyebabkan tumor mahkota empedu. Sebagian genus Agrobacterium
menyebabkan tumor pada tanaman dikotil dan bisa juga pada tanaman monokotil.
Spesies Agrobacterium tergolong bakteri gram negatif yang tergolong bakteri
aerob dan mampu hidup baik sebagai saprofit maupun parasite. Agrobacterium
berbentuk batang, berukuran 1,5 – 3,0 cm dalam bentuk tunggal atau berpasangan.
Bakteri Agrobacterium dapat digunakan dalam teknik “#S rekombinaan pada padi.
Bakteri ini digunakan untuk menyisipkan gen kedalam genon tanaman.
Insulin
Insulin adalah hormone yang diproduksi oleh organ pancreas yang dilepaskan
kedalam aliran darah oleh beta sel yang ditemukan di daerah pulau Langerhans. Insulin
dibentuk dari proinsulin yang bila kemudian distimulasi, terutama oleh peningkatan
kadar glukosa darah akan terbelah untuk menghasilakn insulin dan peptide penghubung
(C-peetide) yang masuk dalam aliran darah dalam jumlah ekuimolar.
Insulin mempunyai beberapa pengaruh dalam jaringan tubuh. Insulin
menstimulasi pemasukan asam amino kedalam sel kemudian meningkatkan sintesa
protein. Insulin adalah hormon yang mengendalikan gula darah. Tubuh menyerap
mayoritas karbohidrat sebagai glukosa (gula darah). Dengan meningkatnya gula darah
setelah makan, pancreas melepaskan insulin yang membantu membawa gula darah
kedalam sel untuk digunakan sebagai bahan bakar dalam proses metabolism atau
disimpan sebagai lemak apabila kelebihan.
Insulin menjaga keseimbangan glukosa dalam darah dan bertindak
meningkatkan pengambilan glukosa oleh sel badan. Kegagalan badan untuk

9
menghasilkan insulin, atau jumlah insulin yang tidak mencukupi akan menyebabkan
glukosa tidak dapat masuk kedalam sel untuk proses metabolism. Sehingga glukosa di
dalam darah meningkat dan menyebabkan diabetes mellitus.
a. Proses Pembuatan Insulin pada E.Coli dengan menggunakan teknologi
DNA Rekombinan Sebagai suplayer insulin dari bakteri E.Coli

Langkah pertama adalah dengan mengisolasi plasmid E. Coli. Plasmid adalah salah satu
bahan genetic bakteri yang berupa untaian DNAberbentuk lingkaran kecil. Selain
plasmid, bakteri juga memiliki kromosom. Langkah kedua,plasmid yang telah diisolir
dipotong pada segmen tertentu menggunakan enzim restriksi endonuklease. Sementara
itu DNA yang di isolasi dari sel pancreas dipotong pada suatu segmen untuk mengambil
segmen pengkode insulin. Pemotongan dilakukan dengan enzim yang sama yaitu enzim
retriksi. Langkah ketiga, DNA kode insulin dari pankreas tersebut disambungkan pada
plasmid menggunakan bantuan enzim DNA ligase. Hasilnya adalah kombinasi DNA
kode insulin dengan plasmid bakteri yang disebut DNA rekombinan. Langkah keempat,
plasmid yang sudah mengandung DNA insulin disisipkan kembali ke sel bakteri.
Bakteri E.Coli mengandung insulin dari teknik plasmid yang menggunakan teknologi
DNA rekombinan.
b. Proses penyisipan gen bakteri E.Coli (pembawa gen insulin) ke bakteri
Agrobacterium tumefaciens (Sebagai vector)

Pada proses penyisipan gen DNA berinsulin pada bakteri E. Coli ke bakteri
Agrobacterium tumefaciens harus memperhatikan ukuran dari jenis bakteri. Pada
bakteri E. Coli memiliki bentuk badan dan plasmid yang hampir sama dengan
Agrobacterium tumefaciens, serta memiliki bentuk tubuh yang berbentu batang. Dari
ukuran mereka yang hampir tersebutmaka gen pembawa insulin dari bakteri E.coli dapat
disisipkan ke dalam plasmid bakteri Agrobacterium tumefaciens. Adapun langkah-
langkahnya sebagai berikut. Pertama, mengeluarkan plasmid bakteri Agrobacterium
tumefaciens. Kedua, mengisolasi gen DNA insulin yang ada pada bakteri E. Coli.
Ketiga, memotong plasmid pada segmen tertentu menggunakan enzim restriksi
endonuklease. Keempat, gen DNA dari bakteri E. Coli tersebut disambungkan pada
plasmid Ti pada bakter Agrobacterium tumefaciens menggunakan enzim DNA ligase.
Hasilnya adalah kombinasi DNA insulin dengan plasmid bakteri yang disebut DNA
rekombinan. Kelima, DNA Rekombinan terbentuk disispkan kembali ke sel bakteri
Agrobacterium tumefaciens. Keenam, bakteri Agrobacterium tumefaciens mengandung
indulin dari teknik plasmid yang menggunakan teknologi DNA rekombinan.
c. Penyisipan Gen Agrobacterium tumefaciens Berinsulin ke dalam Gen padi
(Oriza Sativa)

Ada beberapa langkah yang harus dilakukan dalam tahapan ini antara lain
sebagai berikut. Pertama, melakukan sekuensing pada DNA tanaman untuk gen yang

10
akan diubah diidentifikasinya dan diperoleh dari organism donor /bakteri
Agrobacterium tumefaciens. Sekuensing ini dapat dilakukan dengan mengacu pada
informasi yang diketahui berkaitan dengan urutan dari gen yang akan dipilih,
selanjutnya diikuti dengan pemindahan gen bakteri Agrobacterium tumefaciens. Kedua,
gen yang diinginkan dikeluarkan dari bakteri Agrobacterium tumefaciens melalui
penggunaan enzim spesifik yang dekenal dengan enzim restriksi. Langkah ketiga, gen
yang diinginkan kemudian polimer melalui polymerase (hain rea tion, yaitu metode
untuk memperkuat DNA dan menghasilkan sejumlah gen yang bisa diterapkan ke
tanaman. Langkah Keempat, melakukan metode elektroporasi yaitu dikejutkan dengan
listrik tegangan tinggi melalui larutan yang mengandung protoplas. Kejutan listrik ini
menyebabkan sel membrane plasma (semipermiabel) untuk sementara tidak stabil
dengan membentuk pori-pori kecil, melalui pori-pori ini, bakteri Agrobacterium
tumefaciens yang mengandung insulin dapat masuk melalui proses difusi.
Ada beberapa tahapan yang harus dilakukan yaitu sebagai berikut. DNA ang
masuk ke nukleus akan diinjeksikan dalam bentuk transfer plasmid-Ti yang dipindah ke
kromosom dan menjadi satu dalam DNA tanaman padi. Selanjutnya pemberian kejutan
listrik dan injeksi, sel membran plasma terbentuk kembali. dinding sel juga terbentuk
kembali melalui proses pembalikan. Kemudian sel-sel yang baru saja diubah tersebut
kemudian menghasilkan jenis sel yang unik yang membentuk padi dengan terdapat gen
Insulin didalamnya. Sel baru yang menjadi tanaman padi berinsulin, dapat terbentuk
ketika sel tanaman padi sudah terinfeksi oleh bakteri yang telah membawa DNA
rekombinan baru yang mengandung gen insulin, sehingga DNA yang mengandung gen
insulin, berintroduksi ke sel tumbuhan dengan membawa gen baru pada kromosom
tumbuhan, kemudian akan terjadi proses regenerasi tanaman dengan sifat baru. Tahapan
selanjutnya akan menghasilkan beras yang mengandung insulin.
C. Ringkasan Jurnal Ketiga

Peningkatan produksi budidaya melalui penerapan budidaya intensif telah

menjadi pilihan untuk menunjang perkembangan industri akuakultur. Sistem budidaya
intensif, tingginya kepadatan ikan dan jumlah pakan yang diberikan akan menyebabkan
terjadinya akumulasi limbah organik pada lingkungan budidaya. Peningkatan level
limbah organik menyebabkan terjadinya peningkatan amonia dan nitrit yang berbahaya
bagi spesies budidaya. Metode yang potensial untuk dikembangkan dalam rangka
mengurangi limbah ini adalah teknologi bioflok (De Schryveret al., 2008). Teknologi
bioflok ini didasarkan pada kemampuan bakteri heterotrof dalam memanfaatkan
nitrogen organik dan anorganik menjadi biomassa bakteri melalui penambahan bahan
karbon organik yang dapat meningkatkan C/N rasio perairan (Avnimelech, 2007; De
Schryver et al., 2008; Ekasari et al., 2010). Flok bakteri tersusun atas campuran

11
berbagai jenis mikroorganisme (bakteri pembentuk flok, bakteri filamen, fungi),
partikel-partikel tersuspensi, berbagai koloid dan polimer organik, berbagai kation dan
sel-sel mati (De Schryver et al., 2008). Selain flok bakteri, berbagai jenis organisme lain
juga ditemukan dalam bioflok seperti protozoa,rotifer, dan oligochaeta (Azim et al.,
2007; Ekasari et al., 2010). Bakteri merupakan penyusun utama dan memegang peranan
penting dalam sistem budidaya dengan teknologi bioflok (De Schryver, 2010).
Informasi mengenai keragaman genetika bakteri bioflok sangat berguna untuk
mengelola populasi bakteri dan mendapatkan bakteri yang potensial untuk
dikembangkan, dalam rangka meningkatkan efektivitas peran bakteri dan
pengembangan aplikasi teknologi bioflok.Aplikasi teknik molekular untuk menganalisis
keragaman genetika mikroba baik yang dapat dikultur maupun tidak yaitu analisis gen
16S-rRNA dengan polymerase chain reaction (PCR). Gen 16S-rRNA merupakan gen
yang terdapat pada semua prokariota dan memiliki bagian atau sekuen konservatif dan
sekuen lainnya yang sangat bervariasi (Madigan et al., 2003). Analisis gen 16S-rRNA
telah digunakan sebagai parameter sistematik molekular yang universal, representatif,
dan praktis untuk mengkonstruksi kekerabatan filogenetik pada tingkat spesies
(Madigan et al., 2003). Analisis keragaman genetika yang cepat, sederhana, dan murah
untuk menelaah profil DNA gen 16S-rRNA hasil amplifikasi dari PCR dapat dilakukan
dengan teknik amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA). Teknik
ARDRA dilakukan dengan cara mengamplifikasi gen 16S-rRNA dengan primer yang
disesuaikan dengan sampel DNA yang akan dianalisis (Marchesi et al., 1998). Marchesi
et al. (1998) telah mendesain primer 63f dan 1387r untuk amplifikasi gen 16S-rRNA
yang memungkinkan untuk menduga keragaman bakteri yang berasal dari lingkungan.
Hasil amplifikasi 16S-rRNA ini kemudian dipotong dengan enzim restriksi. Pola hasil
pemotongan dengan enzim restriksi ini dapat digunakan untuk memperkirakan status
dan keragaman genetik dari jenis bakteri yang ada. Metode tersebut didasarkan pada
prinsip pemotongan enzim restriksi yang spesifik pada bagian tertentu dari gen 16S-
rRNA sehingga dapat menunjukkan pohon filogenetika yang berbeda untuk setiap jenis
prokariota. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman genetika bakteri
media pemeliharaan ikan nila pada teknologi budidaya bioflok.

D. Ringkasan Jurnal Keempat

12
Materi genetic
Bahan penelitian yang digunakan adalah mikroba tanah pelarut fosfat dan kalium
koleksi Laboratorium Bioteknologi Tanah, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor.
Isolat bakteri diremajakan pada media Nutrient Agar (NA), sedangkan isolat fungi
diremajakan pada media Potato Dextrose Agar (PDA). Uji patogenitas yang telah
dilakukan terhadap mikroba meliputi uji hipersensitif dan hemolisis. Uji hipersensitif
pada bakteri menggunakan tanaman tembakau varietas Xanthy, sedangkan pada fungi
menggunakan benih padi varietas Ciherang. Isolat yang bersifat nonpatogen, telah diuji
kemampuannya dalam melarutkan fosfat dan kalium. Dari hasil tersebut dipilih satu
isolat bakteri dan fungi paling unggul yaitu isolat BPK 5 dan isolat FPF 4. Bahan lain
yang digunakan adalah media Pikovskaya dengan sumber fosfat Ca3PO4, media
Alexandrov dengan feldspar dari Malang, Jawa Timur sebagai sumber kalium yang
tidak larut, media blood agar, kloramfenicol.
Iradiasi gamma
Iradiasi gamma dan isolasi mikroba setelah iradiasi dilakukan dengan metode
modifikasi. Mikroba yang akan diiradiasi mendapat perlakuan kering beku terlebih
dahulu. Proses kering beku (freeze drying) dilakukan dengan penambahan bahan
pelindung skim milk. Mikroba yang sudah mengalami proses kering beku (freeze
drying) kemudian diiradiasi dengan sinar gamma dari sumber dengan 7 taraf dosis
radiasi, yaitu 0; 1; 2,5; 5; 7,5; 10 dan 15 kGy. Pada penelitian ini digunakan dosis
iradiasi dengan kisaran yang lebih tinggi yaitu mendekati dosis sterilisasi, dengan
harapan daya adaptasi dan kemampuan dari mikroba tersebut juga akan semakin
meningkat. Bakteri dan fungi yang telah diiradiasi kemudian diencerkan (dilusi) dan
diinokulasikan menggunakan metode spread plate ke dalam media yang spesifik.
Bakteri dikembangbiakan pada media Alexandrov karena kemampuan utamanya
melarutkan kalium, sedangkan untuk fungi pada media Pikovskaya karena kemampuan
utamanya melarutkan fosfat. Hasil isolasi bakteri diinkubasi selama 72 jam, sedangkan
untuk fungi diinkubasi selama 120 jam. Bakteri dan fungi yang tumbuh diamati, zona
beningnya, bentuk, warna, serta dihitung jumlah koloninya.
Uji kemampuan mikroba pelarut fosfat dan kalium setelah iradiasi
Jumlah populasi mikroba diseragamkan terlebih dahulu, untuk bakteri ± 108
SPK/mL dan fungi ±106 SPK/mL. Mikroba pelarut fosfat ditumbuhkan ke dalam media
Pikovskaya dengan sumber fosfat Ca3PO4 sedangkan untuk mikroba pelarut kalium
pada media Alexandrov dengan sumber kalium yaitu feldspar (KAlSi3O8) yang berasal
dari Malang, Jawa Timur. Isolat bakteri diinkubasi selama 72 jam, sedangkan fungi
selama 120 jam . Mikroba yang mampu melarutkan fosfat dan kalium akan membentuk
zona bening yang muncul di sekitar koloni.
Hasil indeks kelarutan fosfat dan kalium terbaik dari masing-masing dosis
iradiasi diuji lebih lanjut kemampuannya dalam melarutkan fosfat dan kalium pada

13
media cair. Pengujian fosfat terlarut dengan menginokulasikan mikroba ke dalam media
Pikovskaya cair. Kontrol negatif yang digunakan adalah media tanpa diinokulasikan
mikroba, sedangkan untuk kontrol positif digunakan media yang diinokulasikan
mikroba yang tidak diiradiasi. Perlakuan dalam media Pikovskaya cair yang diinokulasi
dengan bakteri diinkubasi selama 168 jam dalam kondisi dikocok menggunakan shaker,
sedangkan pada fungi tanpa dikocok. Sampel yang telah diinkubasi selama 168 jam
kemudian disentrifus dengan kecepatan 2500 rpm selama 25 menit. Supernatan hasil
sentrifus disaring menggunakan kertas saring. Hasil dari saringan tersebut kemudian
dipipet sebanyak 5 ml ke dalam tabung reaksi dan ditambahkan dengan larutan pereaksi
PB (asam borat 0,5 % ; amonium molibdat 0,38%; HCl 7,5%) kemudian ditambahkan 5
tetes larutan pereduksi Larutan tersebut kemudian diukur absorbansinya menggunakan
spektrofotometer dengan panjang gelombang 660 nm. Sebelum pengukuran dibuat
larutan standar menggunakan KH2PO4 [16], [17]. Pengujian kalium terlarut, dilakukan
dengan menginokulasikan mikroba ke dalam media Alexandrov cair dan diinkubasi
selama 168 jam dalam kondisi dikocok menggunakan shaker, sedangkan pada fungi
tanpa dikocok. Sampel yang telah diinkubasi kemudian disentrifugasi dengan kecepatan
2500 rpm selama 25 menit. Supernatan hasil sentrifus disaring menggunakan kertas
saring [3]. Hasil saringan dari supernatan tersebut diukur menggunakan flame fotometer
untuk mengetahui kandungan kalium yang terlarut serta diukur pula pH akhir dari
supernatan tersebut. Sebelum melakukan pengukuran disiapkan larutan standar K
Analisis molekuler pada DNA bakteri dan fungi Bakteri dan fungi
Bakteri dan fungi Bakteri dan fungi yang diuji pada tingkat molekuler adalah
mutan bakteri dan fungi yang memiliki kemampuan paling unggul serta kontrol dari
masing-masing bakteri dan fungi. Isolat mutan bakteri yang digunakan yaitu isolat 1
dosis 7,5 kGy, sedangkan untuk fungi digunakan isolat 1 dosis 2,5 kGy. Tahapan awal
uji molekuler adalah ekstraksi DNA, yang selanjutnya diperbanyak dengan reaksi PCR
(Polymerase Chain Reaction). Larutan reaksi PCR yang digunakan yaitu master mix (5
µL), primer forward 63F (0,4 µL), primer reverse 1387R (0,4 µl), template 1 µL (100
mg) dan NFW (3,2 µL). DNA hasil PCR selanjutnya mengalami proses pemurnian
(elektroforesis) dan kemudian menjalani tahap sekuensing menggunakan primer 16S
rRNA .
Tahapan analisis DNA fungi adalah menumbuhkan pada membran selofan dan
diinkubasi selama 5 hari. Setelah inkubasi dilakukan penggerusan sampai halus dan
ditambahkan dengan 500 µL SDS buffer lisis. Suspensi tersebut dikocok bolak balik
dan diinkubasi selama 30 menit. Suspensi tersebut kemudian diinkubasi dalam es
selama 5 menit. Tahapan selanjutnya suspensi ditambahkan dengan 500 µL cloram
isoprofanol. Suspensi disentrifus dengan kecepatan 12000 rpm selama 15 menit,
kemudian diambil lapisan atasnya. Lapisan atas tersebut ditambahkan dengan 500 µL
phenol cloroform isopropanol dan dikocok. Suspensi disentrifugasi dengan kecepatan
12000 rpm selama 15 menit. Lapisan atas ditambahkan 2 µL sodium acetat dan
diinkubasi selama 12 jam. Setelah ekstraksi DNA dilanjutkan dengan tahap PCR

14
(Polymerase chain reaction). Larutan reaksi PCR yang digunakan yaitu template (6 µL),
mix PCR (30 µL), primer ITS 4 (1,5 µL), primer ITS 5 (1,5 µL), dH2O 21 (µ.
Tahapan yang dilakukan setelah PCR adalah elektroforesis dan kemudian
disekuensing. Sekuen DNA yang didapatkan dari hasil sekuensing mutan bakteri dan
fungi dikoreksi menggunakan software Mega 7.0 dan disambung (consensus)
mengunakan BioEdit. Sekuen kontrol dan sekuen mutan disejajarkan (aligment)
menggunakan program Mega 7.0 dan dilihat perubahan basa nitrogennya.

E. Ringkasan Jurnal Kelima

Penelitian ini didasari dari pengalaman pribadi ketika mengisolasi bakteri dari ikan
asin yang ternyata diperoleh bakteri yang beraroma seperti ikan asin (tidak
dipublikasikan). Timbul dugaan bahwa kemungkinan aroma pada bunga, buah atau jenis
bahan alam lain juga terkait dengan keberadaan mikroba didalamnya. Studi literatur
menunjukkan bahwa mikroba dapat menghasilkan senyawa volatile (bebrapa macam
yeas menghasilkan senyawa beraroma (Vandamme, et. al., 2003). Termasuk didalamnya
adalah senyawa yang memberi aroma khas pada bunga, buah atau tumbuhan tertentu.
Sebagai contoh, aroma seperti bunga mawar dihasilkan oleh Rodotorulla minuta (yeast)
dengan volatile citronellal, aroma kacang almond oleh Ischenoderma benzoinum
(jamur) dengan volatil benzaldehyde, aroma jeruk oleh Pseudomonas sp (bakteri)
dengan volatil isopulegol sedang aroma apel dan nanas oleh Clostridium butyricum
(bakteri) dengan volatil asam butirat, lihat Table 1, yang menyajikan senyawa volatile
yang dihasilkan oleh mikroba dan zat kimia yang dihasilkannya. Tiap jenis mikroba
menghasilkan senyawa volatil yang berbeda. Citronellol dan geraniol termasuk senyawa
monoterpen yang dapat dihasilkan oleh yeast Kluiveromyces lactis, dan dengan
mengontrol medium dan suhu kultur produksinya dapat ditingkatkan. Senyawa volatil
tersebut dapat berupa zat-zat yang menguntungkan, merugikan bahkan berbahaya bagi
organism lain. Dilapornya senyawa volatile tertentu menjadi penanda keberadaan
patogen tertentu yang dapat dideteksi dengan cepat menggunakan SEZI-MS.
Isolasi Mikroba dari Bahan Alam
Bahan atau sumber isolat adalah bunga mawar, bunga melati, bunga kamboja,
batang sereh, buah kersen dan daun pandan. Bunga mawar diambil dari penduduk dekat
botanical Garden, Narmada Lombok Barat. Sedang bahan lain dikumpulkan dari pasar
local (Kebun roek dan Pasar perumnas, Mataram). Isolasi mikroba dilakukan tanpa
sterilisasi untuk mengantisipasi adanya mikroba folosfer yang beraroma. Pemilihan
bunga didasarkan pada puncak produksi aroma terjadi pada bunga yang baru saja mekar
dari kuncup, yakni fase ke 4 perkembangan bunga. Satu gram bahan digerus
menggunakan mortar dan pistil steril kemudian diencerkan dengan 1 ml aquadest steril,
supernatant 20 L ditebar pada medium PDA + anti bakteri untuk mendapatkan isolate
jamur dan pada medium Nutrient Agar + anti jamur untuk mendapatkan isolate bakteri.
Medium PDA yang telah diinokulasi kemudian diinkubasi pada suhu ruang selama 48

15
jam, dan medium NA diinkubasikan selama 24 jam pada pada suhu 30o C. Individual
koloni yang tumbuh dipindahkan ke medium baru, kemudian di lakukan panel test
aroma untuk mengetahui jenis dan intensitas aroma secara kasar. Khusus untuk kersen,
cairan buah diambil langsung 20 L dan ditebar pada medium.

Isolat yang diperoleh, Jenis dan intensitas aroma

Isolat bakteri yang diperoleh dari medium dengan penambahan anti jamur,
diamati 24 jam setelah inokulasi bakteri, atau 48 jamsetelah inokulasi untuk jamur.
Koloni tunggal kemudian di pindahkan ke medium baru dan dinkubasi lagi selama 24
jam untuk bakteri atau 48 jam untuk jamur, dilanjutkan dengan test panel aroma dari 4
panelist.
Isolat Bakteri
Secara keseluruhan, isolat bakteri beraroma positif (+) diperoleh 12 isolat (Tabel
2), dengan aroma dan level aroma bervariasi, dari aroma yang tidak jelas, dan beberapa
isolate yang beraroma sedikit seperti inangnya namun dengan intensitas yang jauh lebih
rendah dan tercampur dengan aroma lain yang cukup sulit untuk mendisripsikannya.
Namun demikian aroma tersebut positif. Isolat-isolat yang diperoleh beraroma sedap,
segar, manis, seperti salak, seperti alcohol, seperti ragi roti, dan beberapa isolate yang
mirip dengan aroma iangnya. Isolat yang beroma yang tidak sedap (busuk) tidak
diperhitungkan. Isolat bakteri Pdn2 dan Pdn3 memberi aroma yang khas lebih enak
dibanding aroma isolate yang lain dan mempunyai intensitas aroma sedang, yakni
aroma segar seperti tebu dan alcohol.
Isolat Jamur
Sebanyak 14 isolat jamur didapatkan dari bahan alam tersebut di atas dengan
jenis aroma yang bervariasi dan tingkat aroma yang bervariasi. Hampir semua isolate
mengemisikan aroma sedap/positif, namun sebagaimana pada isolate bakteri, intensitas
aroma inang pada isolate sangat lemah hingga sedang. Kebanyakan isolate
mengemisikan aroma campuran. Aroma ragi roti diperoleh 6 dari 14 isolat, aroma
lakohol 2 dari 14 isolat, aroma Singapore didapatkan 6 dari 14 isolat. Sedangkan isolate
yang mengemisikan aroma mirip aroma inangnya ditemukan 4 isolat dengan intensitas
sangat lemah, yakni mawar, melati, sereh dan Singapore. Aroma yang bervariasi jenis
dan intensitasnya tersebut, terdapat isolateisolat yang mempunyai aroma enak/sedap
lebih dari isolate yang lain (dicetak miring).
Persistensi Test
Percobaan persistensi aroma dilakukan dalam rangka melihat kemungkinan
untuk apakah senyawa yang beraroma dieksresian ke luar medium yang dapat membuat
medium cair menjadi beraroma?. Dalam percobaan ini hanya digunakan isolate jamur,
berhubung isolate bakteri beraroma busuk dalam medium cair. Untuk itu isolate
ditumbuhkan pada medium cair nutrient Broth (NB) pada suhu 30oC selama 24 jam

16
untuk bakteri dan pada medium yeast malt (YM) suhu ruang selama 48 jam untuk
jamur. Test panel aroma menunjukkan tidak tercium aroma sedap dari semua isolate
jamur. Dari isolate bakteri tercium aroma busuk khas bakteri.
Fenomena berbeda aroma dari aroma inang dan rendahnya intensitas aroma ini
kemungkinan bahwa dalam proses produksi aroma dalam tumbuhan inangnya, misalnya
pada bunga mawar, ada keterlibatan dari inang. Gen-gen yang diisolasi dari tanaman
mawar seperti gen ODORANT1 ikut mengatur sitesis fragrant/aroma pada bunga
petunia (Verdonk, et. al., 2005), gen OOMT1 - OOMT4 pada bunga mawar (Scalliet, et.
al, 2002) dan gen shNUDX1 pada bunga mawar. terexpresi bersamaan dengan emisi
aroma. Meskipun hasil analysis dari 200 senyawa, tidak satupun merupakan hasil emisi
dari mikroba tunggal. Namun pertanyaan besar apakah gen tersebut benar-benar berasal
dari tanaman mawar ataukah terisolasi dari bakteri yang terdapat pada bunga mawar,
mengingat bahwa setiap tanaman biasanya megandung mikroba baik sebagai mikroba
endofit ataupun filosfer. Selanjutnya melaporkan bahwa mikroba secara individu
mampu menghasilkan senyawa folatil yang beraroma khas bunga, buah atau bagian lain
dari inang. Sebagai contoh aroma sperti mawar diemisikan oleh yeast Rodotorulla
minuta dengan senyawa citronellal, aroma kacang almond oleh fungi Ischnoderma
benzoinum dengan senyawa benzaldehyde dan aroma coklat diemisikan oleh yeast
kluyveromyces sp dengan senyawa Thaumatin dan monellin. Keberadaan senyawa
volatile dapat digunakan untuk mendeteksi infeksi mikroba tertentu. Dengan demikian
bahwa mikroba juga terlibat dalam dan bahkan menghasilkan senyawa beraroma
sendiri.
Aaroma yang paling sering didapatkan adalah aroma ragi roti, namun aroma
segar seperti salak manis dan tebu juga dapat ditemukan. Masih tercium aroma pada
subkultur murni mengidikasikan bahwa isolate-isolat tersebut membawa gen yang
terlibat dalam biosintesis aroma meskipun dengan aroma yang tidak sama persis dengan
aroma inang dan dengan intensitas sangat lemah hingga sedang. Dengan demikian dapat
dikatakan bahwa adalah mungkin untuk mendapatkan isolate mikroba yang diisolasi
dari bahan alam yang beraroma seperti inangnya dan menunjukkan bahwa aroma yang
didapatkan tidak selalu mirip aroma inang, namun sedap atau positif. Perisistensi dari
aroma tidak bertahan lama, setelah kultur kedua dalam medium cair, test panel tidak
menunjukkan bahwa aroma yang sebelumnya diemisikan. Keterlibatan gen-gen/enzim-
enzim inang mungkin diperlukan. Dugaan sementara mungkin karena substratnya tidak
tersedia. Kelompok peneliti kemudian mencoba untuk memberikan substrat extrak
tebu /sari tebu atau sari tebu diperkaya yeast ekstrak dan garam. Dipilihnya tebu sebagai
medium jamur karena sari tebu memiliki nutrisi yang lebih lengkap dibanding dengan
hanya menabahkan gula. Penambahan sari tebu dengan ekspektasi bahwa isolate akan
mensintesis senyawa folatil. Sari tebu diperoleh dari pedagang sari tebu di jln Arya
Banjar Getas Mataram. Masing-masing isolate jamur (8 isolat) diiokulasikan ke dalam 8
ml medium 1 (sari tebu) atau medium 2 (sari tebu ditambahkan yeast 2% yeast ekstrak
dan 5 gr/L NaCl). Dalam percobaan ini digunakan 20 ml tabung reaksi, dan

17
diinkubasikan pada suhu ruang selama 48 dan dilakukan dalam duplo. Setelah 48 jam
setelah inokulasi, hasil percobaan menunjukkan bahwa semua tabung reaksi
mengemisikan aroma sari tebu, seperti aroma mediumnya, namun dengan intensitas
aroma lebih kuat dari medium tanpa isolat.
Temuan ini membuka diskusi baru bagaimana meningkatkan intensitas yang
aroma dan bagaimana memperoleh jenis aroma yang diinginkan. Memodifikasi media
dengan peningkatan suplay carbon dan nitrogen dapat meningkatkan senyawa volatile.
Dalam penelitian ini belum ditemukan formula yang tepat untuk meningkatkan aroma
dan atau menentukan aroma yang diinginkan. Pendekata Rekayasa genetik untuk
menghasilkan senyawa volaltil dapat pula dilakukan terhadap tanaman terkait, terhadap
isolate yang ditemukan ataupun menggunakan mikroba model. Rekayasa terhadap
tanaman terkait lebih dapat diyakinkan bahwa substrat serta gen-gen atau enzim-enzim
yang terlibat dalam penyusunan senyawa folatil beraroma tersedia pada tanaman
tersebut.

BAB III
KEUNGGULAN PENELITIAN

A. Kegayutan Antar Elemen

Kegayutan antar elemen pada setiap jurnal cukup baik, dimulai dengan abstract
berbahasa inggris disertai abstrak berbahasa Indonesia. Dari setiap paragraf dan setiap

18
submateri yang disajikan merupakan materi yang berkaitan satu sama lain. Kegayutan
pada jurnal ini sudah baik karena materi dari setiap jurnal saling keterkaitan.

B. Originalitas Temuan

Sebuah karya tulis dikatakan original apabila tidak ada elemen dalam karya tulis
tersebut yang memiliki kesamaan persis dengan karya tulis lainnnya. Begitu pula
dengan jurnal, Sebuah jurnal dikatakan original apabila semua elemen yang ada di
dalam jurnal tersebut terbukti. Salah satu tolak ukur dalam keaslian sebuah jurnal adalah
dilihat dari kutipan dan daftar rujukan. Jurnal ini merupakan jurnal yng original/asli
karena setiap kutipan yang ada di dalamnya tertulis pada lembar rujukan.
Keaslian tersebut di atas dapat dilihat pula melalui defenisi-defenisi yang ada di
dalam jurnal. Setiap defenisi-defenisi yang dituliskan pada masing-masing jurnal sudah
memuat defenisi simpulan atau defenisi yang dibuatnya sendiri berdasarkan rujukan
defenisi dari para ahli yang sudah dituliskan sebelumnya.
C. Kemutakhiran Isi Jurnal

Meningkatkan kualitas pembelajaran adalah masalah yang terus diupayakan di

dunia pendidikan hingga saat ini. Hasil belajar yang baik tetap menjadi tujuan utama
dalam setiap pembelajaran. Oleh karena itu, kemutakhiran masalah dalam jurnal-jurnal
ini dikategorikan mutakhir.
D. Kohesi dan Koherensi Isi Penelitian
Kohesi disebut juga keterpaduan bentuk, sedangkan koherensi disebut juga
keterpaduan makna. Jurnal – jurnal ini adalah jurnal- jurnal yang kohesi di setiap
pembahasannya. Hal ini kami katakan karena bentuk tulisan pada setiap paragraf yaitu
kalimat dan kata-katanya berkaitan satu sama lain.
Koherensi atau keterpaduan makna di dalam jurnal-jurnal juga baik. Hal ini
karena di setiap paragraf dan kalimatnya jurnal-jurnal berpadu. Seperti halnya pada
kohesi antar paragraf di dalam jurnal.
BAB IV
KELEMAHAN
A. Kegayutan Antar Elemen
Kegayutan antar elemen pada setiap jurnal cukup baik, hanya saja hanya sedikit
kelemahan pada isi jurnal tersebut karena isi jurnal tersebut merupakan penelitian yang

19
dilakukan oleh sekelompok orang serta memiliki tabel-tabel dan penejelesan yang
berkaitan dan padu,dan sulit dipahami.
B. Originalitas Temuan
Pada jurnal yang penulis gunakan tidak ditemukan sebuah kelemahan originital
temuan. Hal itu dikerena jurnal yang diteliti penulis merupakan asli dan tertera seuah
identitas jurnal dan belum memiliki versi lain. Selain itu materi yang disampaikan setiap
jurnal memiliki catatn kaki sehingga membuktikan bahwa jurnal yang ditulis asli dan
belum direvisi.Salah satu tolak ukur dalam keaslian sebuah jurnal adalah dilihat dari
kutipan dan daftar rujukan. Jurnal ini merupakan jurnal yng original/asli karena setiap
kutipan yang ada di dalamnya tertulis pada lembar rujukan
C. Kemutakhiran Isi Jurnal
Materi mtateri atau isi pembahasan jurnal yang disampaikan merupan
pembahasan materi yang sesuai topik dan menggunakan sumber sumber terperaya dan
para ahli namun hanya sedikit kelemahan jurnal tersebut yaitu dalam melakukan
penelitian tidak dijabarkan secara jelas bagaimana proses penelitian genetika mikroba
dan juga contoh-contoh permasalahn nya tidak tertera. Namun tetap jurnal yang
digunakan penulis masih dikategorikan mutakhir.
D. Kohesi dan Koherensi Isi Penelitian
Jurnal – jurnal yang digunakan penulis adalah jurnal- jurnal yang kohesi di
setiap pembahasannya. Hal ini kami katakan karena bentuk tulisan pada setiap paragraf
yaitu kalimat dan kata-katanya berkaitan satu sama lain. Namun pada setiap jurnal
hanya berfokus pada penelitian saja konsep-konsep pengetahuan yang ada. Koherensi
atau keterpaduan makna di dalam jurnal-jurnal juga baik. Hal ini karena di setiap
paragraf dan kalimatnya jurnal-jurnal berpadu. Seperti halnya pada kohesi antar
paragraf di dalam jurnal. Oleh karena ini disimpulkan bahwa jurnal yang dipakai
penulis ini cukup baik namun tetap memiliki kelemhan walau hanya sedikit.

BAB V
IMPLIKASI

A. Teori

20
 Teori yang digunakan dalam jurnal ini sangat mendalam yaitu mengenai
genetika mikroorganisme. Genetika adalah suatu cabang ilmu yang membahas tentang
sifat-sifat yang diturunkan oleh suatu organisme. Ciri khas bentuk kehidupan dari segi
genetika adalah mempunyai “kesamaan” ciri-ciri progeni dan tetuanya. DNA
merupakan bahan genetik yang menyimpan informasi genetik (sifat menurun ke
generasi berikutnya) dan dapat dipindahkan. RNA berfungsi sebagai alat pengendali
DNA dalam sintesis polipeptida (protein), dan tidak membentuk helix, kecuali RNA
pada virus RNA ganda.

Juga aplikasi – aplikasi dalam kehidupan sehari hari nya juga dijelaskan
sehingga jika ingin menerapkannya atau mempraktekkan langsung maka dapat
menggunakan jurnal ini sebagai referensi yang kuat

B. Program pembangunan Indonesia

Untuk program pembangunan di Indonesia jurnal ini bisa dijadikan sebagai
referensi dalam penelitian. Terkhusus untuk peneliti muda dalam bidang mikrobiologi,
bisa menjadikan ini menjai referensi dasar dalam penelitian tentang bakteri dan
bertujuan untuk memberikan informasi kepada masyarakat Indonesia bahwa genetika
adalah Genetika adalah suatu cabang ilmu yang membahas tentang sifat-sifat yang
diturunkan oleh suatu organisme. Ciri khas bentuk kehidupan dari segi genetika adalah
mempunyai “kesamaan” ciri-ciri progeni dan tetuanya.

C. Pembahasan dan Analisis

Setelah melakukan kritikan terhadap jurnal ini maka analisis terhadap kelompok
kami adalah bahwa jurnal ini sangat cocok digunakan jika ingin mengetahui Studi
tentang genetika mikroorganisme. Dari segi pembahasan dan analisis juga sudah relevan
dan juga kelima jurnal ini pendalaman materi nya sangat luas mulai dari penurunan-
penurunan rumus yang dilengkapi gambar- gambar yang mendukung pemahaman
pengguna ketika membaca dsn memahami jurnal ini.

BAB VI
PENTUTUP

21
 A. Kesimpulan

Dari jurnal yang telah dianalisis oleh penulis disimpulkan bahwa Rekayasa genetika
adalah suatu segi baru studi genetika yang menjanjikan pada masyarakat baik
perkembangan yang menguntungkan maupun kemungkinan timbulnya akibat-akibat
yang membawa bencana. Genetika mikrobia telah mengungkapkan bahwa gen
terdiri dari DNA, suatu pengamatan yang melekat dasar bagi biologi molekuler.
Genetika bakteri mendasari perkembangan rekayasa genetika, suatu teknologi yang
bertanggung jawab terhadap perkembangan di bidang kedokteran.

DAFTAR PUSTAKA

Widanarni*, D. N. (2013). Analisis keragaman genetik bakteri dalam bioflok dengan

teknik ARDRA gen 16S-rRNA. Jurnal Akuakultur Indonesia , 12 (2), 128–135.

22
D. K. T. Sukmadewi, I. A. (Desember 2019). Peningkatan Kemampuan Mikroba Pelarut
Fosfat dan Kalium Melalui Teknik Mutasi Iradiasi Gamma Enhancing the
Microbial Ability of Phosphate and Potassium Solubilizing by Using Gamma
Irradiation Technique. Ilmiah Aplikasi Isotop dan Radiasi , Vol 15, No 2.

Suryadi, Y., Susilowati, D. N., Lestari, P., Sutoro, S., Manzila, I., Kadir, T. S., Albani,
S. S., & Artika, I. M. (2014). Analisis Keragaman Genetik Isolat Bakteri
Xanthomonas oryzae pv. oryzae dari jawa Barat dan Jawa Tengah Berdasarkan
Analisis Ardra Gen 16srrna. Jurnal Fitopatologi Indonesia, 10(2), 53–60.
https://doi.org/10.14692/jfi.10.2.53

Purnawijaya, I Putu Edy. (2015). Pembuatan Beras Insulin Melalui Rekayasa Genetika
sebagai Alternatif Pencegahan Penyakit Diabetes Miltus. Jurnal Kajian
Pendidikan Widya Accarya FKIP Universitas Dwijendra. 65-74.

Sedijadi , Prapapti, dkk. 2018. Explorasi Mikroba Beraroma dari Bahan Alam. Jurnal
Penelitian Pendidikan IPA. Universitas Mataram, Indonesia. Vol 5 No 2 hal
136-143

23