TUGAS BIOKIMIA

SIFAT-SIFAT SPEKTROSKOPIK-TERMAL ASAM NUKLEAT

Anggota Kelompok VI :

1. Miftahul Jannah (2010421007)

2. Karina Pratiwi Siregar (2010421013)
3. Atika Yasmin (2010422011)
4. Atiqoh Rinjani Utami (2010422013)

Dosen pembimbing :

Dr.Ir.Efrizal, M.Si

Jurusan Biologi

Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam

Universitas Andalas

Padang, 2021
 DAFTAR ISI

HALAMAN SAMPUL........................................................................................ i

DAFTAR ISI........................................................................................................ iii

KATA PENGANTAR......................................................................................... iii

BAB 1. PENDAHULUAN .................................................................................. 1

1.1 Latar Belakang ................................................................................................ 1

1.2 Rumusan Masalah ........................................................................................... 2

1.2 Tujuan ............................................................................................................. 2

1.3 Manfaat ........................................................................................................... 2

BAB 2. TINJAUAN PUSTAKA ........................................................................ 3

BAB 3. PEMBAHASAN ..................................................................................... 5

BAB 2. PENUTUP .............................................................................................. 8

DAFTAR PUSTAKA .......................................................................................... 9

LAMPIRAN ........................................................................................................10
 KATA PENGANTAR

Segala puji dan syukur senantiasa kami selaku tim penulis panjatkan kepada Allah SWT,
atas karunia dan rahmat-Nya lah kami dapat menyelesaikan tugas mata kuliah biokimia yang
berjudul SIFAT- SIFAT SPEKTROSKOPIK-TERMAL ASAM NUKLEAT di Program Studi
Biologi, Fakultas Matematiika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Andalas.
Terima kasih kami ucapkan kepada dosen pengampu mata kuliah biokimia Bapak Dr. Ir. Efrizal,
M.Si atas bimbingannya, juga kepada pihak-pihak yang telah berperan dalam terwujudnya tugas
ini.
Akhir kata, penulis menyadari bahwa dalam penulisan tugas ini masih jauh dari
kesempurnaan. Karena itu, penulis memohon saran dan kritik yang sifatnya membangun demi
kesempurnaannya dan semoga dapat bermanfaat bagi kemajuan ilmu pengetahuan.. Amiin

Padang, 25 April 2021

Tim Penulis
 BAB I. PENDAHULUAN

I. Latar Belakang

Asam nukleat adalah biopolymer yang berbobot molekul tinggi dengan unit monomernya
mononukleotida. Asam nukleat terdapat pada semua sel hidup dan bertugas untuk menyimpan
dan mentransfer genetic, kemudian menerjemahkan informasi ini secara tepat untuk mensintesis
protein yang khas bagi masing-masing sel. Asam nukleat (bahasa Inggris: nucleic acid) adalah
makromolekul biokimia yang kompleks, berbobot molekul tinggi, dan tersusun atas rantai
nukleotida yang mengandung informasi genetik. Asam nukleat yang paling umum adalah Asam
deoksiribonukleat (DNA) and Asam ribonukleat (RNA). Asam nukleat ditemukan pada semua
sel hidup serta pada virus. Asam nukleat dinamai demikian karena keberadaan umumnya di
dalam inti (nukleus) sel.

Pada tahun 1879, Albrecht Kossel menemukan asam nukleat yang tersusun oleh suatu
gugus gula, gugus fosfat, dan gugus basa. Asam nukleat berbentuk rantai linier yang merupakan
gabungan monomer nukleotida sebagai unit pembangunnya. Molekul ini menyimpan informasi
pertumbuhan sel dan reproduksi.

Monomer nukleotida sebagai struktur primer asam nukleat diperoleh dari hasil hidrolisis
asam nukleat. Proses hidrolisis lebih lanjut dari monomer nukleotida akan dihasilkan asam fosfat
dan nukleosida. Proses hidrolisis ini dilakukan dalam suasana basa. Jika hidrolisis dilanjutkan
kembali terhadap senyawa nukleosida dalam larutan asam berair akan dihasilkan molekul gula
dan basa nitrogen dengan bentuk heterosiklik.

Spektroskopi adalah ilmu yang mempelajari tentang metode-metode untuk menghasilkan

dan menganalisis spektrum. Interpretasi spektrum yang dihasilkan dapat digunakan untuk
analisis unsur kimia, meneliti arus energi atom dan molekul, meneliti struktur molekul, dan
untuk menentukan komposisi dan gerak benda-benda langit (Danusantoso, 1995: 409).

Sistem Termal adalah sistem yang melibatkan perpindahan kalor (energi panas) dari satu
zat ke zat yang lain. Sistem termal dapat dianalisis dalam bentuk tahanan dan kapasitansi,
walaupun kapasitansi termal dan tahanan termal tidak dapat menyatakan secara teliti sebagai
parameter terkumpul karena biasanya kedua parameter tersebut terdistribusi ke seluruh zat.
Untuk analisis yang teliti harus digunakan model dengan parameter terdistribusi (Katsuhiko,
1995).

II. Rumusan Masalah

1. Apa itu sifat spektroskopik-termal asam nukleat?

2 Macam sifat spektroskopik-termal asam nukleat?

III. Tujuan

Untuk mengetahui sifat-sifat spektroskopis asam nukleat.

IV. Manfaat

Penulisan makalah ini diharapkan dapat bermanfaat bagi pembaca agar mengetahui dan
memperdalam pengetahuan tentang sifat-sifat spektroskopi-termal asam nukleat itu sendiri.
Penulisan makalah ini juga bermanfaat bagi penulis karena dengan menulis makalah ini penulis
dapat menambah wawasan tentang mata kuliah Biokimia khususnya mengenai materi yang
dibahas.
 BAB II.Tinjauan Pustaka

A. Pengertian Asam Nukleat

Asam nukleat adalah makromolekul kompleks yang tersusun atas rantai nukleotida
yang menyimpan informasi genetik dari suatu makhluk hidup Asam deoksiribonukleat
(deoxyribonucleic acid, DNA) dan asam ribonukleat (ribonucleic acid, RNA) merupakan
dua jenis asam nukleat yang dimiliki olehmakhluk hidup. Secara umum, DNA
merupakan material genetik yang terletak di dalam inti sel manusia dan makhluk
hidup lainnya, termasuk bakteri. Akan tetapi, berbeda dengan spesies metazoan lainnya,
sejumlah besar virus justru menggunakan RNA sebagai genomnya (Alberts et al, 2014;
Wagner et al, 2007 : 179).

B. Jenis Asam Nukleat

Asam nukleat dalam sel ada dua jenis, yaitu DNA dan RNA. Pada umumnya DNA dan
RNA berupa anion yang terikat oleh protein dan bersifat basa. Misalnya DNA dalam inti sel
terikat pada histon. Senyawa gabungan antara protein dengan asam nukleat disebut nukleoprotein.
Molekul asam nukleat merupakan polimer seperti protein, tetapi unit penyusunnya adalah
nukleotida. Salah satu contoh nukleotida asam bebas adalah ATP yang berfungsi sebagai
pembawa energi. (Susanto, 2012 : 3)

C. Struktur Asam Nukleat

Asam nukleat biasanya tersusun atas DNA dan RNA yang terdiri dari monomer
nukloetida, dimana nukleotida ini biasanya tersusun atas gugus fosfat, basa nitrogen, dan gula
pentosa serta kelompok basa purin dan piridin, seperti guanin, sitosin, adenin, dan urasil.

1. DNA (deoxyribonucleic acid)

Asam ini adalah polimer yang terdiri atas molekul-molekul deoksiribonukleotida yang
terikat satu sama lain sehingga membentuk rantai polinukleotida yang panjang. Molekul DNA
yang panjang ini terbentuk oleh ikatan antara atom C nomor 3 dengan atom C nomor 5
pada molekul deoksiribosa dengan perantaraan gugus fosfat.
Secara kimia DNA mengandung karakteri/sifat sebagai berikut:

a. Memiliki gugus gula deoksiribosa.

b. Basa nitrogennya guanin (G), sitosin (C), timin (T) dan adenin (A).

c. Memiliki rantai heliks ganda anti paralel

d. Kandungan basa nitrogen antara kedua rantai sama banyak dan berpasangan spesifik satu
dengan lain. Guanin selalu berpasangan dengan sitosin (G±C), dan adenidan adenin
berpasangan dengan timin (A - T), sehingga jumlah guanin selalu sama dengan jumlah
sitosin. Demikian pula adenin dan timin.

2. RNA (Ribonukleat acid)

Asam ribonukleat adalah salah satu polimer yang terdiri atas molekul molekul
ribonukleotida. Seperti DNA, asam ribonukleat ini terbentuk oleh adanya ikatan antara atom C
nomer 3 dengan atom C nomer 5 pada molekul ribosa dengan perantaraan gugus fosfat.
Meskipun banyak persamaannta dengan DNA , RNA mempunyai beberapa perbedaan dengan
DNA yaitu :

a. Bagian pentosa RNA adalah ribosa, sedangkan bagian pentosa DNA adalah deoksiribosa.

b. Bentuk molekul DNA adalah heliks ganda. Bentuk molekul RNA bukan heliks ganda,
tetapi berupa rantai tunggal yang terlipat sehingga menyerupai rantai ganda.

c. RNA mengandung basa Adenin, Guanin dan Sitosin seperti DNA , tetapi tidak
mengandung Timin. Sebagai gantinya, RNA mengandung Urasil. Dengan demikian
bagian basa pirimidin RNA berbeda dengan bagian basa pirimidin DNA.

d. Jumlah Guanin adalah molekul RNA tidak perlu sama dengan Sitosin,

Demikian pula jumlah adenin tidak harus sama dengan Urasil. Ada 3 macam RNA, yaitu tRNA
(transfer RNA), mRNA (messenger RNA) dan r RNA (ribosomal RNA). Ketiga macam RNA ini
mempunyai fungsi yang berbeda-beda, tetapi ketiganya secara bersama-sama mempunyai
peranan penting dalam sintesis protein. (Agrawal et al, 2003;Depsye et al, 2015 : 184)
 BAB III.PEMBAHASAN

Sifat spektroskopik-termal asam nukleat meliputi kemampuan absorpsi sinar UV,

hipokromisitas, penghitungan konsentrasi asam nukleat, penentuan kemurnian DNA, serta
denaturasi termal dan renaturasi asam nukleat. Masing-masing akan dibicarakan sekilas berikut
ini.

a. Absorpsi UV
Asam nukleat dapat mengabsorpsi sinar UV karena adanya basa nitrogen yang
bersifat aromatik; fosfat dan gula tidak memberikan kontribusi dalam absorpsi UV.
Panjang gelombang untuk absorpsi maksimum baik oleh DNA maupun RNA adalah 260
nm atau dikatakan λmaks = 260 nm. Nilai ini jelas sangat berbeda dengan nilai untuk
protein yang mempunyai λmaks = 280 nm. Sifat-sifat absorpsi asam nukleat dapat
digunakan untuk deteksi, kuantifikasi, dan perkiraan kemurniannya.

b. Hipokromisitas
Meskipun λmaks untuk DNA dan RNA konstan, ternyata ada perbedaan nilai yang
bergantung kepada lingkungan di sekitar basa berada. Dalam hal ini, absorbansi pada λ
260 nm (A260) memperlihatkan variasi di antara basa-basa pada kondisi yang berbeda.
Nilai tertinggi terlihat pada nukleotida yang diisolasi, nilai sedang diperoleh pada
molekul DNA rantai tunggal (ssDNA) atau RNA, dan nilai terendah dijumpai pada DNA
rantai ganda (dsDNA). Efek ini disebabkan oleh pengikatan basa di dalam lingkungan
hidrofobik. Istilah klasik untuk menyatakan perbedaan nilai absorbansi tersebut adalah
hipokromisitas. Molekul dsDNA dikatakan relatif hipokromik (kurang berwarna) bila
dibandingkan dengan ssDNA. Sebaliknya, ssDNA dikatakan hiperkromik terhadap
dsDNA.

c. Penghitungan konsentrasi asam nukleat

Konsentrasi DNA dihitung atas dasar nilai A260-nya. Molekul dsDNA dengan
konsentrasi 1mg/ml mempunyai A260 sebesar 20, sedangkan konsentrasi yang sama untuk
molekul ssDNA atau RNA mempunyai A260 lebih kurang sebesar 25. Nilai A260 untuk
ssDNA dan RNA hanya merupakan perkiraan karena kandungan basa purin dan pirimidin
pada kedua molekul tersebut tidak selalu sama, dan nilai A260 purin tidak sama dengan
nilai A260 pirimidin. Pada dsDNA, yang selalu mempunyai kandungan purin dan pirimidin
sama, nilai A260 -nya sudah pasti.

d. Kemurnian asam nukleat

Tingkat kemurnian asam nukleat dapat diestimasi melalui penentuan nisbah A260
terhadap A280. Molekul dsDNA murni mempunyai nisbah A260 /A280 sebesar 1,8.
Sementara itu, RNA murni mempunyai nisbah A260 /A280 sekitar 2,0. Protein, dengan
λmaks = 280 nm, tentu saja mempunyai nisbah A260 /A280 kurang dari 1,0. Oleh karena itu,
suatu sampel DNA yang memperlihatkan nilai A260 /A280 lebih dari 1,8 dikatakan
terkontaminasi oleh RNA. Sebaliknya, suatu sampel DNA yang memperlihatkan nilai
A260 /A280 kurang dari 1,8 dikatakan terkontaminasi oleh protein.

e. Denaturasi termal dan renaturasi

Di atas telah disinggung bahwa beberapa senyawa kimia tertentu dapat menyebabkan
terjadinya denaturasi asam nukleat. Ternyata, panas juga dapat menyebabkan denaturasi
asam nukleat. Proses denaturasi ini dapat diikuti melalui pengamatan nilai absorbansi
yang meningkat karena molekul rantai ganda (pada dsDNA dan sebagian daerah pada
RNA) akan berubah menjadi molekul rantai tunggal.
Denaturasi termal pada DNA dan RNA ternyata sangat berbeda. Pada RNA
denaturasi berlangsung perlahan dan bersifat acak karena bagian rantai ganda yang
pendek akan terdenaturasi lebih dahulu daripada bagian rantai ganda yang panjang.
Tidaklah demikian halnya pada DNA. Denaturasi terjadi sangat cepat dan bersifat
koperatif karena denaturasi pada kedua ujung molekul dan pada daerah kaya AT akan
mendestabilisasi daerah-daerah di sekitarnya.
Suhu ketika molekul asam nukleat mulai mengalami denaturasi dinamakan titik leleh
atau melting temperature (Tm). Nilai Tm merupakan fungsi kandungan GC sampel DNA,
dan berkisar dari 80 ºC hingga 100ºC untuk molekul-molekul DNA yang panjang.
DNA yang mengalami denaturasi termal dapat dipulihkan (direnaturasi) dengan cara
didinginkan. Laju pendinginan berpengaruh terhadap hasil renaturasi yang diperoleh.
Pendinginan yang berlangsung cepat hanya memungkinkan renaturasi pada beberapa
bagian/daerah tertentu. Sebaliknya, pendinginan yang dilakukan perlahan-lahan dapat
mengembalikan seluruh molekul DNA ke bentuk rantai ganda seperti semula. Renaturasi
yang terjadi antara daerah komplementer dari dua rantai asam nukleat yang berbeda
dinamakan hibridisasi.

f. Superkoiling DNA
Banyak molekul dsDNA berada dalam bentuk sirkuler tertutup atau closed-circular
(CC), misalnya DNA plasmid dan kromosom bakteri serta DNA berbagai virus. Artinya,
kedua rantai membentuk lingkaran dan satu sama lain dihubungkan sesuai dengan
banyaknya putaran heliks (Lk) di dalam molekul DNA tersebut.
Sejumlah sifat muncul dari kondisi sirkuler DNA. Cara yang baik untuk
membayangkannya adalah menganggap struktur tangga berpilin DNA seperti gelang
karet dengan suatu garis yang ditarik di sepanjang gelang tersebut. Jika kita
membayangkan suatu pilinan pada gelang, maka deformasi yang terbentuk akan terkunci
ke dalam sistem pilinan tersebut. Deformasi inilah yang disebut sebagai superkoiling.

g. Interkalator
Geometri suatu molekul yang mengalami superkoiling dapat berubah akibat beberapa
faktor yang mempengaruhi pilinan internalnya. Sebagai contoh, peningkatan suhu dapat
menurunkan jumlah pilinan, atau sebaliknya, peningkatan kekuatan ionik dapat
menambah jumlah pilinan. Salah satu faktor yang penting adalah keberadaan interkalator
seperti etidium bromid (EtBr). Molekul ini merupakan senyawa aromatik polisiklik
bermuatan positif yang menyisip di antara pasangan-pasangan basa. Dengan adanya EtBr
molekul DNA dapat divisualisasikan menggunakan paparan sinar UV
 BAB IV. PENUTUP

A. Kesimpulan

1. Asam nukleat tersusun atas nukleotida, yang mana nukleotida tersusun atas nukleosida dan
fosfat. Nukleosida tersusun atas gula pentose dan basa nitrogen (purin dan pirimidin).
2. Asam nukleat memiliki sifat kimia, yaitu stabilitas asam nukleat, pengaruh asam, pengaruh
alkali, denaturasi kimia, viskositas, dan kerapatan apung, sedangkan sifat spektroskopik-
termal asam nukleat meliputi kemampuan absorpsi sinar UV, hipokromisitas, penghitungan
konsentrasi asam nukleat, penentuan kemurnian DNA, serta denaturasi termal dan renaturasi
asam nukleat.
3. Proses sintesis DNA berupa replikasi DNA yang terdiri atas 3 macam, yaitu model
konservatif, model semikonservatif, dan model dispersif. Sedangkan sintesis RNA terdiri
atas RNA polimerase I terletak di nucleolus dan mentranskripsi ribosomal RNA (rRNA),
lalu, RNA polimerase II lokal dengan inti, dan mentranskripsi messenger RNA (mRNA) dan
RNA nuklir paling kecil. RNA polimerase III mentranskripsi RNA transfer (tRNA) dan
RNA kecil lainnya.

B. Saran

Dengan adanya laporan ini diharapkan para pembaca dapat mengetahui lebih banyak lagi
tentang Asam Nukleat guna menambah wawasan untuk pembelajaran.
 DAFTAR PUSTAKA

Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Morgan, D., Raff, M., Roberts, K., et al. (2014).Molecular
Biology of The Cell (6th ed.): Garland Science.

Agrawal, N., Dasaradhi, P. V. N., Mohmmed, A., Malhotra, P., Bhatnagar, R. K., &
Mukherjee, S. K. (2003). RNA interference: Biology, mechanism, and applications.
Microbiol Mol Biol Rev, 67(4), 657-685.

Dempsey, A., & Bowie, A. G. (2015). Innate immune recognition of DNA: A recent history.
Virol, 479, 146-152

Lakitan, Benyamin.1993. Dasar – Dasar Fisiologi Tumbuhan. PT RajaGrafindo Persada :

Jakarta

Mustofa, Kharis. 2012. Komponen Asam Nukleat. Jakarta

Sumardjo, Damin. 2006. Pengantar Kimia : Buku Pnduan Kuliah Mahasiswa Kedokteran
dan Program Strata I Fakultas Bioeksata. Jakarta : Penerbit Buku Kedokteran EGC

Susanto, Agus H. 2012. BAB II Asam Nukleat.Jakarta

LAMPIRAN