TUGAS BIOKIMIA GIZI

“MAKALAH MENGENAI ASAM NUKLEUTIDA”

OLEH

NUR HAERATI

J1B119012

PRODI ILMU GIZI

FAKULTAS KESEHATAN MASYARAKAT

UNIVERSITAS HALU OLEO

2020
 KATA PENGANTAR
Assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh.

Puji syukur kita panjatkan kehadirat Allah SWT atas limpahan rahmat, taufik dan

inayah-Nya serta nikmat sehat sehingga penelitian ini dapat selesai.

Shalawat serta salam selalu tercurahkan kepada baginda Nabi Muhammad

SAW dan semoga kita selalu berpegang teguh pada sunnahnya Amiin...

Dalam penyusunan Makalah ini tentunya hambatan selalu mengiringi

namun atas bantuan, dorongan dan bimbingan dari orang tua, dosen

dan teman-teman yang tidak bisa saya sebutkan satu per satu akhirnya semua

hambatan dalam penyusunan Makalah ini dapat teratasi.

Semoga makalah ini dapat memberikan manfaat dan sebagai landasan

pemikiran khususnya untuk para pembaca dan tidak lupa permohonan maaf apabila

dalam penyusunan Makalah ini terdapat kesalahan baik dalam kosa kata ataupun isi

dari keseluruhan Makalah ini. Sebagai peneliti sadar bahwa Makalah ini masih jauh

dari kata sempurna dan untuk itu kritik dan saran sangat di harapkan demi kebaikan

untuk kedepannya.

Kendari, 18 Maret 2020

Penyusun

ii
 DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL
KATA PENGANTAR ............................................................................................ ii
DAFTAR ISI .......................................................................................................... iii
BAB I
PENDAHULUAN
A. LATAR BELAKANG ................................................................................. 1
B. RUMUSAN MASALAH ............................................................................. 3
C. TUJUAN PENULISAN ............................................................................... 3
D. MANFAAT PENULISAN ........................................................................... 4
BAB II
PEMBAHASAN
A. SEJARAH ASAM NUKLEUTIDA............................................................. 5
B. PENGERTIAN ASAM NUKLEAT ............................................................ 5
C. FUNGSI ASAM NUKLEAT ....................................................................... 6
D. STRUKTUR ASAM NUKLEAT ................................................................ 8
E. PENYUSUN ASAM NUKLEAT .............................................................. 13
F. DNA dan RNA ........................................................................................... 16
G. PROSES BIOSINTESIS PROTEIN (TRANSLASI) OLEH RNA ........... 23
H. TATA NAMA ASAM NUKLEAT ........................................................... 27
BAB III
PENUTUP
A. KESIMPULAN .......................................................................................... 33
B. SARAN ...................................................................................................... 33
DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................... 34

iii
 BAB I

PENDAHULUAN
A. LATAR BELAKANG
Tubuh makhluk hidup (manusia, hewan dan tumbuh-tumbuhan)
tersusun dari beraneka ragam senyawa-senyawa kimia. Proses kehidupan
merupakan serangkaian reaksi-reaksi yang melibatkan perubahan materi
dan transformasi energi. Proses metabolisme yang dilakukan oleh
organisme dimulai dengan terlebih dahulu mengambil zat-zat kimia yang
seluruhnya berasal dari lingkungan organisme tersebut. Ekskresi-sekresi
yang dihasilkan organisme akan dikembalikan lagi ke lingkungannya pada
waktu organisme tadi masih hidup. Dan apabila suatu organisme mati, maka
tubuh organisme itu akan dilapukkan oleh jasad renik seperti bakteri-bakteri
menjadi zat-zat kimia yang serupa dengan semula yang diambil dari
lingkungannya.
organisme hidup tidak lain adalah suatu bentuk fana (tidak lestari),
yang dibangun dari bahan-bahan yang “dipinjam” untuk sementara waktu
dari lingkungannya.

Kehidupan dan kematian organisme secara bertahap akan

menyebabkan terjadinya suatu siklus dari zat-zat kimia diantara organisme
dan alam lingkungannya.

Albrecht Kossel (ahli biokimia dari Jerman) menemukan protein

pada asam nukleat dan mengisolasi dua purin dan tiga pirimidin di tahun
1880. Kemudian, ahli biokimia dari Amerika Serikat yang belajar dengan
Kossel berhasil mengidentifikasi dua karbohidrat penyusun asam nukleat
(deoksiribosa thn. 1929 dan ribosa thn.1909). Dan ikatan nukleotida
ditemukan oleh Alexander Todd, (Khanna, 2008). Pada tahun 1951, James
Watson, Francis Crick, dan Maurice Wilkins melakukan penelitian terhadap
kromosom dan dapat menemukan bentuk molekul DNA yang sebenarnya.
(Poedjiadji, 2006).

1
 2

Asam nukleat adalah makromolekul pertama yang berhasil diisolasi dari

dalam inti sel. Asam nukleat berbentuk rantai linier yang merupakan
gabungan monomer nukleotida sebagai unit pembangunnya. Molekul ini
menyimpan informasi pertumbuhan sel dan reproduksi.
Asam nukleat merupakan polimer besar dengan ukuran yang
bervariasi antara 25.000 /1.000.000 s/d 1 milyar. Asam nukleat baik DNA
maupun RNA tersusun dari monomer nukleotida . Nukleotida tersusun dari
gugus fosfat, basa nitrogen dan gula pentosa. Basa nitrogen berasal dari
kolompok purin dan pirimidin. Purin utama asam nukleat adalah adenin dan
guanin, sedangkan pirimidinnya adalah sitosin, timin dan urasil.

DNA menyimpan informasi (kode) tentang jenis protein yang harus

dibentuk oleh suatu sel. Informasi genetik ialah relasi antara urutan-urutan
basa nitrogen dalam DNA dengan urut-urutan asam amino dalam protein.
Urut-urutan basa nitrogen dalam DNA menentukaan urut-urutan asam
amino dalam protein. Struktur kode gentik itu disebut kodon, yaitu
rangkaian tiga nukleotida dalam urutan yang khas, yang biasanya
dinyatakan dengan basa nitrogennya. Setiap kodon menentukan suatu asam
amino yang akan digunakan untuk sintesis
 3

protein. Contoh, suatu kodon yang terdiri atas rangkaian adenin-

guanin-sitosin (dinyatakan dengan ADC), adalah kodon untuk serin.

Dalam proses biosintesis protein molekul DNA berperan sebagai

cetakan bagi terbentuknya RNA, sedangkan molekul RNA kemudian
mengarahkan urutan asam amino dalam pembentukan molekul protein yang
berlangsung dalam ribosom.

B. RUMUSAN MASALAH
Dari latar belakang di atas, berikut rumusan masalah yang data di Tarik :
1. Apa sejarah asam nukletida?
2. Apa pengertian asam nukletida?
3. Apa fungsi asam nukletida?
4. Apa manfaat asam nukletida?
5. Bagaimana struktur asam nukletida?
6. Apa saja penyusun asam nukletida?
7. Bagaimana tata nama asam nukletida?
8. Apa yang di maksud dengan DNA dan RNA?
9. Bagaimana Proses Biosintesis Protein (Translasi) oleh RNA?
10. Bagaimana Tata nama Asam Nukleat
C. TUJUAN PENULISAN
- TUJUAN KHUSUS
Untuk memenuhi kewajiban dalam bentuk tugas pada mata kuliah
“Biokimia Gizi”
- TUJUAN UMUM
1. Untuk mengetahui sejarah asam nukletida
2. Untuk mengetahui pengertian asam nukletida
3. Untuk mengetahui fungsi asam nukletida
4. Untuk mengetahui manfaat asam nukletida
5. Untuk mengetahui Bagaimana struktur asam nukletida
6. Untuk mengetahui penyusun asam nukletida
7. Untuk mengetahui Bagaimana tata nama asam nukletida
 4

8. Untuk mengetahui Apa yang di maksud dengan DNA dan RNA

9. Untuk mengetahui Bagaimana Proses Biosintesis Protein
(Translasi) oleh RNA
10. Untuk mengetahui Bagaimana Tata nama Asam Nukleat

D. MANFAAT PENULISAN
- MANFAAT KHUSUS
Terpenuhinya kewajiban dalam bentuk tugas pada mata kuliah “Biokimia
Gizi”
- MANFAAT UMUM
1. Mengetahui sejarah asam nukletida
2. Mengetahui pengertian asam nukletida
3. Mengetahui fungsi asam nukletida
4. Mengetahui manfaat asam nukletida
5. Mengetahui Bagaimana struktur asam nukletida
6. Mengetahui penyusun asam nukletida
7. Mengetahui Bagaimana tata nama asam nukletida
8. Mengetahui Apa yang di maksud dengan DNA dan RNA
9. Mengetahui Bagaimana Proses Biosintesis Protein (Translasi) oleh
RNA
10. Mengetahui Bagaimana Tata nama Asam Nukleat
 BAB II

PEMBAHASAN
A. SEJARAH ASAM NUKLEUTIDA
Asam nukleat pertama kali ditemukan tahun 1868 oleh ahli biokimia
berkebangsaan Swiss, Friedrich Miescher (1844-1895). Setelah itu,
Albrecht Kossel (ahli biokimia dari Jerman) menemukan protein pada asam
nukleat dan mengisolasi dua purin dan tiga pirimidin di tahun 1880.
Kemudian, ahli biokimia dari
Amerika Serikat yang belajar
dengan Kossel berhasil
mengidentifikasi dua karbohidrat
penyusun asam nukleat
(deoksiribosa thn. 1929 dan ribosa
thn.1909). Dan ikatan nukleotida
ditemukan oleh Alexander Todd,
(Khanna, 2008). Pada tahun 1951,
James Watson, Francis Crick, dan
Maurice Wilkins melakukan
penelitian terhadap kromosom dan
dapat menemukan bentuk molekul
DNA yang sebenarnya. (Poedjiadji,
2006).
B. PENGERTIAN ASAM NUKLEAT
Disebut asam nukleat karena para ilmuwan pertama kali
menemukan mereka dalam inti sel. Asam nukleat (bahasa Inggris: nucleic
acid) adalah makromolekul biokimia yang kompleks, berbobot molekul
tinggi, dan tersusun atas rantai nukleotida yang mengandung informasi
genetik. Asam nukleat yang paling umum adalah Asam deoksiribonukleat
(DNA) dan Asam ribonukleat (RNA). Asam nukleat ditemukan pada semua
sel hidup serta pada virus. Asam nukleat merupakan biopolimer, dan

5
 6

monomer penyusunnya adalah nukleotida. Setiap nukleotida terdiri

dari tiga komponen, yaitu sebuah basa nitrogen heterosiklik (purin atau
pirimidin), sebuah gula pentosa, dan sebuah gugus fosfat. Jenis asam
nukleat dibedakan oleh jenis gula yang terdapat pada rantai asam nukleat
tersebut (misalnya, DNA atau asam deoksiribonukleat mengandung 2-
deoksiribosa). Selain itu, basa nitrogen yang ditemukan pada kedua jenis
asam nukleat tersebut memiliki perbedaan: adenina, sitosina, dan guanina
dapat ditemukan pada RNA maupun DNA, sedangkan timina dapat
ditemukan hanya pada DNA dan urasil dapat ditemukan hanya pada RNA
Asam nukleat adalah makromolekul pertama yang berhasil diisolasi
dari dalam inti sel. Asam nukleat berbentuk rantai linier yang merupakan
gabungan monomer nukleotida sebagai unit pembangunnya. Molekul ini
menyimpan informasi pertumbuhan sel dan reproduksi.
Asam nukleat merupakan polimer besar dengan ukuran yang
bervariasi antara 25.000 /1.000.000 s/d 1 milyar. Asam nukleat baik DNA
maupun RNA tersusun dari monomer nukleotida . Nukleotida tersusun dari
gugus fosfat, basa nitrogen dan gula pentosa. Basa nitrogen berasal dari
kolompok purin dan pirimidin. Purin utama asam nukleat adalah adenin dan
guanin, sedangkan pirimidinnya adalah sitosin, timin dan urasil.
Monomer nukleotida sebagai struktur primer asam nukleat diperoleh
dari hasil hidrolisis asam nukleat. Proses hidrolisis lebih lanjut dari
monomer nukleotida akan dihasilkan asam fosfat dan nukleosida. Proses
hidrolisis ini dilakukan dalam suasana basa.
Jika hidrolisis dilanjutkan kembali terhadap senyawa nukleosida
dalam larutan asam berair akan dihasilkan molekul gula dan basa nitrogen
dengan bentuk heterosiklik. Sehingga komposisi molekul penyusun asam
nukleat diketahui dengan jelas
C. FUNGSI ASAM NUKLEAT

DNA menyimpan informasi (kode) tentang jenis protein yang harus

dibentuk oleh suatu sel. Informasi genetik ialah relasi antara urutan-urutan
 7

basa nitrogen dalam DNA dengan urut-urutan asam amino dalam protein.
Urut-urutan basa nitrogen dalam DNA menentukaan urut-urutan asam
amino dalam protein. Struktur kode gentik itu disebut kodon, yaitu
rangkaian tiga nukleotida dalam urutan yang khas, yang biasanya
dinyatakan dengan basa nitrogennya. Setiap kodon menentukan suatu asam
amino yang akan digunakan untuk sintesis protein. Contoh, suatu kodon
yang terdiri atas rangkaian adenin-guanin-sitosin (dinyatakan dengan
ADC), adalah kodon untuk serin.

Rangkaian nukleotida dalam DNA yang menentukan satu jenis

protein disebut gen. (satu molekul DNA dapat terdiri atas ratusan gen).
Suatu gen yang terdiri atas 333 nukleotida atau 111 kodon dalam susunan
yang khas, akan menentukan suatu protein yang terdiri atas 333/3 atau 111
molekul asam amino dalam urutan yang khas.

Bagaimanakah penurunan sifat genetik itu? DNA terdapat dalam

struktur sel yang disebut kromosom. Sebelum suatu sel membelah, lebih
dahulu dibuatnya satu set kromosom, jadi juga satu set DNA, yang identik
dengan kromosom lama yang akan diteruskan pada sel yang baru. Oleh
karena itu, sel yang baru mempunyai informasi genetik yang identik dengan
sel asal. Kadang suatu kekliruan terjadi pada pembentukan kromosom baru
yang akanmengakibatkan perubahan sifat genetik. Hal seperti ini disebut
mutasi. RNA berperan pada proses pembuatan protein.

1. Fungsi pertama dari asam nukleat ini adalah sebagai penyimpanan dan
mentransfer informasi genetik.
2. Asam nukleat digunakan untuk menyimpan informasi genetik dan
mengarahkan sintesis genetik baru.
3. Asam deoksiribonukleat digunakan untuk menyimpan informasi genetik
dan dalam sel.
4. Digunakan untuk mengontrol sintesis RNA di dalam sel dan dilakukan
oleh DNA.
 8

5. Berfungsi untuk mentransmisikan informasi genetik dari DNA ke

pembentukan protein sel.
6. Mengarahkan produksi protein baru dengan mengirimkan informasi
genetik pada struktur bangunan protein.
7. Urutan basa nitrogen memiliki fungsi di dalam tulang punggung DNA
untuk menentukan protein yang disintesis.
8. Fungsi dari heliks ganda DNA ini sendiri adalah untuk memastikan
bahwa tidak akan ada gangguan yang terjadi pada informasi genetik
apabila hilang atau pun rusak.
9. RNA berfungsi untuk mengarahkan sintesis protein.
10. m-RNA berfungsi untuk mengambil pesan genetik dari RNA.
11. Transfer t-RNA sendiri berfungsi untuk mengaktifkan asam amino ke
tempat sintesis protein.
12. r-RNA sebagian besar akan hadir di dalam ribosom dan memiliki peran
untuk bertanggung jawab atas stabilitas m-RNA.

D. STRUKTUR ASAM NUKLEAT

Struktur dari asam nukleat yang dibagi menjadi empat tingkatan

yang berbeda.
 9

Empat tingkatan struktur asam nukleat ini sendiri meliputi struktur

primer, sekunder, tersier dan kuarterner. Berikut ini adalah penjelasan
lengkapnya.

1. Struktur Primer

Struktur primer asam nukleat adalah urutan linear dari nukleotida

yang dihubungkan satu sama lain dengan sambungan fosfodiester.
Nukleotida ini sendiri terdiri dari tiga komponen yang di antaranya
adalah basa nitrogen, gula 5 – karbon dan juga gugus fosfat.

Basa nitrogen merupakan purin yang terdiri dari adenin dan

guanin serta primidin sitosin yang terdiri dari timin yang bisa ditemukan
pada DNA saja serta urasil yang hanya bisa ditemukan di dalam RNA
saja.

Gula 5 karbon merupakan deoksiribosa untuk DNA sedangkan

gula ribose untuk RNA. Basa purin ini sendiri akan membentuk ikatakan
glikosidik di antara nitrogen dan 9’9 – gugus OH molekul gula. Basa
pirimidi akan membentuk ikadang glikosidik di antara nitrogen 1’ dan
9’ – OH dari deoksiribosa tersebut.

Di dalam basa purin dan pirimidin gugus fosfat akan membentuk

sebuah ikatan dengan molekul gula di antara kelompok oksigen
bermuatan negatif dan 5’ – OH dari gula. Nukleotida ini sendiri
membentuk hubungan fosfodiester di antara 5 ‘ dan 3 ‘ atom karbon ini
sendiri membentuk asam nukleat dan urutan nukleotida sendiri saling
melengkapi satu sama lain.

2. Struktur Sekunder

Struktur sekunder merupakan sebuah interaksi di antara basa dan

menunjukkan bagian mana helai terikat satu sama lain. Kedua untai
 10

DNA yang berada di dalam double heliks DNA ini sendiri terikat satu
sama lain dengan batas hidrogen. Nukleotida yang terdapat pada basa
satu untai dengan nukleotida yang berada pada untai lainnya.

Struktur sekunder DNA ini sendiri didominasi oleh pasangan basa

dua helai polinukleotida yang membentuk double heliks.

3. Struktur Tersier

Struktur tersier sendiri merupakan bentuk dari tiga dimensi yang

mana seluruh rantai akan dilipat dan berada di dalam empat bentuk
struktual seperti di bawah ini :

a. Tangan kanan atau kiri.

b. Panjangnya pergantian heliks
c. Jumlah dari pasangan basa pergiliran.
d. Perbedaan ukuran antara utama dengan alur kecilnya.

4. Struktur Kuarter

Struktur yang terakhir adalah struktur kuarter, struktur ini sendiri

merupakan tingkat yang lebih tinggi dari organisasi asam nukleat dan
mengacu pada interaksi asam nukleat dengan molekul yang lainnya.
Bentuk kromatin adalah organisasi yang paling sering terlihat dan
menunjukkan adanya interaksi dengan protein histon kecil.
 11

Tampak bahwa struktur utama asam nukleat adalah molekul gula

yang mengandung asam posfat dan basa Nitrogen yang dihubungkan
dengan ikatan posfodiester membentuk rantai panjang. Monomer
nukleotida dapat dilihat

Senyawa gula penyusun nukleotida merupakan gula dengan atom Karbon 5 (lima)
yaitu 2-deoksi-D-ribosa dan D-ribosa, lihat Bagan dibawah ini.
 12

Basa nukleosida yang ditemukan pada asam nukleat adalah adenin

(dilambangkan A), sitosin (C, dari cytosine), guanin (G), timin (T) dan urasil
(U), lihat Bagan 14.58.

Asam nukleat dalam sel terdiri dari DNA (DeoxyriboNucleic Acid)

dan RNA (RiboNucleic Acid). Kedua jenis asam nukleat ini memiliki
perbedaan basa purin yang merupakan molekul penyusunnya. Untuk RNA
disusun oleh gula D-ribosa dan basa urasil. Sedangkan untuk DNA disusun
oleh gula 2-deoksi-D-ribosa yaitu gula D-ribosa yang kehilangan gugus OH
pada atom C nomor 2 dan basa timin.
 13

E. PENYUSUN ASAM NUKLEAT

1. Nukleosida
Nukleotida tanpa gugus fosfat disebut nukleosida. Nukleosida
adalah suatu N-glikosida yang merupakan gabungan antara gula dan
basa purin atau pirimidin. Di dalam nukleosida basa-basa pirimidin atau
purin melekat pada karbon anomerik (C1) dari gula oleh ikatan -
glikosida. Pirimidin dihubungkan melalui N-1 dan purin pada N-9.
Berikut ini adalah dua dari empat nukleosida DNA (strukturnya
bernomor sebagaimana basa atau gulanya, kecuali tanda aksen pada
gula).

NH2 NH2
7
N N1
N konfigurasi 
2
1
N O 9 N N

5' 5'
HO CH2 HO CH2
O O
1' 1'
H H H H
H 2' H H 2' H
OH H OH H
2'-deoksistidin 2'-deoksiadenosin

Karena banyaknya gugus polar, nukleosida larut dalam air, ikatan

N-glikosidanya mudah dihidrolisis oleh asam (atau enzim) menjadi gula dan
basanya, seperti terlihat pada reaksi dibawah ini :
NH2
N N

N N
NH2
HO CH2 HO CH2 OH
O H2O O N N
H H + H H +
H N N
H H H H H
OH H OH H
2'-deoksiadenosin 2'-deoksi-D-ribosa adenin

Perbedaan antara DNA dan RNA terletak pada :

 14

a. Jenis gula pentosa, DNA mengandung 2-deoksiribosa, sedangkan

RNA mengandung D-ribosa, perbedaan ini didasarkan pada
pengikata gugus hidroksil pada C-2.

b. Basa nitrogennya, pada RNA basa nitrogen timin diganti urasil.

c. Kebanyakan molekul RNA berantai tunggal.

Basa nitrogen yang terdapat dalam DNA terdiri atas :

a. Basa purin, terdiri dari :

NH2 O
N N N NH

N N N N
H H NH2

b. adenin (A) guanin (G)

c. Basa pirimidin
O NH2
H3 C NH N

N O N O
H H
timin (T) sitosin (S)

Basa nitrogen dalam RNA adalah adenin (A), guanin (G), urasil (U)
dan sitosin (S) O

NH

N O
H
urasil (U)

2. Nukleotida

Nukleotida adalah ester fosfat dimana gugus hidroksil pada gula

diesterifikasi oleh asam fosfat. Pada nukleotida DNA gugus hidroksil 5’
atau 3’ dari 2-deoksi-D-ribosa dapat diesterifikasi, basa nitrogen dan
asam fosfat terikat pada gula pentosa, basa nitrogen terikat pada atom C
nomor 1’, sedangkan asam fosfat terikat pada atom C nomor 5’.
 15

O NH2
H3C N
NH 2'-deoksi--D-ribosa N

N O N N
O
5' 5'
HO CH2 O P O CH2
O O
1' O 1'
H H H H
H 3' H H H
O H OH H

O P O
O
2'-deoksitimidin-3-monofosfat 2'-deoksiadenosin-5'-monofosfat

Pada RNA basa nitrogen urasil sama halnya dengan timin

membentuk nukleotida pada N-1 dan nama-namanya serupa.

NH
-D-ribosa
1'
N O
O
5'
O P O CH2
O
1'
O H H
H 2' H
OH OH

5'-monofosfat

Dua molekul nukleotida dapat saling berkaitan melalui

gugus fosfat dengan melepas molekul air. Selanjutnya, dinukleotida
itu dapat pula mengikat nukleotida yang lain sehingga membentuk
suatu polimer rantai lurus.

Molekul DNA terdiri dari dua rantai polimer yang

melengkung membentuk heliks ganda. Heliks ganda itu dikukuhkan
oleh ikatan hidrogen antara timin dari rantai yang satu dengan
adenin dari rantai yang lainnya, dan antara sitosin dari rantai yang
satu dengan guanin dari rantai lainnya.

Fungsi nukleotida :
 16

1. Sebagai pembawa energy. Nukleotida yang penting :

AMP, ADP, ATP→ penting dalam penyimpanan dan
pemanfaatan energi selama metabolisme sel.
ATP pembawa energi utama dalam sel :
ADP + Pa → ATP (fosforilase oksidatif)
↑
Energi
ATP + H2O→ ADP + Pa (as. fosfat) + energi (hidrolisis)
2. Pembawa bahan pembentuk dasar suatu molekul.
Contoh :
- Nukleotida Uridin Difosfat (UDP) untuk sintesis glikogen
- Kolin Sitidin Difosfat sintesis kolin fosfolipid.
- Nukleotida trifosfat (NTP) sintesis DNA dan RNA
3. Sebagai ko enzim
- Nikotamida Mono Nukleotida (NMN) → merupakan vitamin
- Flavin Mono Nukleotida (FMN) → koenzim proses oksidasi –
reduksi pada respirasi sel.
- Nikotinamida Adenin Dinukleotida (NAD), Nikotinamida
Adenin Dinukleotida Fosfat (NADP), Flavin Adenin
Dinukleotida (FAD) → koenzim proses oksidasi – reduksi.
F. DNA dan RNA
Ikatan Fosfodiester
Molekul nukleotida akan membentuk asam nukleat dengan
membentuk ikatan fosfodiester dimana gugus 5’-fosfat pada unit nukleotida
akan berikatan dengan gugus 3’-hidroksil pada unit nukleotida lainnya.
Ikatan kovalen pada asam nukleat terdiri atas gugus fosfat dan gula pentosa
yang linear dengan basa nitrogen heterosiklik sebagai interval cabangnya.
Semua ikatan fosfodiester dapat membentuk rantai panjang yang linear
dengan polaritas spesifik pada 5’-end dan 3’-end. Ujung nukleotida yang
memiliki posisi 5’ dinamakan 5’-end sedangkan ujung lainnya yang
memiliki posisi 3’ dinamakan 3’-end. Berdasarkan konvensi, rantai single
 17

asam nukleat selalu digambarkan dengan 5’-end pada kiri dan 3’-end pada
kanan sehingga arahnya 5’ →3’.
 18

DNA
Organisme menterjemahkan informasi spesifik berupa jenis asam
amino yang akan menyusun protein dari nukleotida yang menyusun DNA.
Kode pada DNA terdiri dari banyak kombinasi 4jenis basa nitrogen pada
nukleotida. Informasi yang diterjemahkan dari DNA akan digunakan pada
setiap metabolisme pada organisme. Rantai tunggal DNA selalu memiliki
gugus 5’ fosfat bebas pada satu ujung dan gugus 3’ hidroksil pada ujung
lainnya. Molekul DNA pada organisme berupa dua rantai doble heliks. Jika
suatu rantai DNA memiliki kode GTCCAT maka susunannya adalah 5’
pGpTpCpCpApT –OH 3’. Aturan Chargaff menyatakan bahwaproporsi A
 19

selalu sama dengan T dan proporsi G selalu sama dengan C (A=T dan G=C)
sehingga proporsi purin sama dengan pirimidin. Rosalind Franklin
membuat struktur tiga dimensi berdasarkan studi X-ray Diffraction yang
kemudian diperbaiki oleh James Watson dan Francis Crick. Double heliks
terjadi karena adanya ikatan dua basa nitrogen yang ada pada dua rantai
membentuk pasangan basa. Molekul dupleks DNA terdiri dari rantai paralel
dan antiparalel dimana satu rantai 3’ ke 5’ dan rantai lainnya 5’ ke 3’.
Pasangan basa membentuk ikatan planar yang menghasilkan interaksi
hidrofobik yang menstabilkan molekul. Model DNA Watson and Crick
menyatakan bahwa adenin membentuk dua ikatan hidrogen dengan timin
dan guanin membentuk tiga ikatan hidrogen dengan sitosin.
 20

RNA
RNA memiliki struktur yang mirip dengan DNA tetapi memiliki dua
perbedaan. Pertama, molekul RNA mengandung gula ribosa dimana karbon
nomor 2 berikatan dengan gugus hidroksil, sedangkan pada struktur DNA
gugus hidroksil tersebut diganti dengan atom hidrogen. Kedua, molekul
RNA mengandung basa nitrogen urasil sedangkan DNA mengandung timin.
Jika struktur tiga dimensi DNA adalah double heliks, maka struktur RNA
adalah rantai tunggal. RNA dapat dihidrolisis oleh alkali menjadi 2’,3’
diester siklik mononukleotida.

Molekul RNA pada sitoplasma yang menjadi template sintesis protein

dinamakan dengan messenger RNA (mRNA). Molekul ribosomal RNA
(rRNA) berkontribusi pada formasi dan fungsi ribosom sedangkan transfer
RNA (tRNA) melakukan translasi informasi RNA menjadi polimer asam
amino. RNA juga memiliki struktur sekunder dimana antar basa nitrogen
penyusunnya memiliki ikatan hidrogen.
 21

ATP dan ADP

Adenosine triphosphate (ATP) memiliki struktur adenosin yang
terikat dengan tiga gugus fosfat seperti pada Gambar 3.12. Adenosin adalah
nukleosida yang mengandung basa nitrogen adenin dan gula pentosa ribosa.
Tiga gugus fosfat yang terikat pada gula pentosa dilabeli dengan nama α, β,
dan γ. Gugus fosfat tersebut merupakan gugus konstituen yang kaya akan
energi.

Ikatan energi tinggi fosfoanhidrat jika mengalami hidrolisis akan

menghasilkan energi.Energi yang dilepaskan berasal dari perubahan kimia
ke tingkat energi yang lebih rendah. Hidrolisis ATP terlibat dalam
metabolisme selular seperti mekanika, transport dan kimia. Di dalam sel,
energi dari reaksi eksergonik hidrolisis ATP akan digunakan untuk reaksi
 22

endergonik. Reaksi eksergonik adalah reaksi yang akan menghasilkan

energi sedangkan reaksi endergonik adalah reaksi yang memerlukan energi.
ATP dapat mengalami regenerasi dengan membentuk siklus melalui reaksi
katabolisme dan anabolisme. Hidrolisis ATP akan menghasilkan adenosine
diphosphate (ADP) dan gugus fosfat anorganik (Pi).ATP + H2O⇆ADP +
Pi + energi bebas

Pada respirasi selular, glukosa dan molekul organik lainnya dipecah

menjadi molekul yang lebih kecil lewat beberapa tahap. Elektron dari
senyawa organik biasanya ditransfer ke NAD+sebagai koenzim.
Nicotinamide Adenine Dinucleotide (NAD+) akan berfungsi sebagai agen
 23

pengoksidasi dengan membentuk Nicotinamide Adenine Dinucleotide

Hydrate (NADH). Energi yang dihasilkan akan digunakan untuk regenerasi
ATP.

G. PROSES BIOSINTESIS PROTEIN (TRANSLASI) OLEH RNA

Dalam proses biosintesis protein molekul DNA berperan sebagai
cetakan bagi terbentuknya RNA, sedangkan molekul RNA kemudian
mengarahkan urutan asam amino dalam pembentukan molekul protein yang
berlangsung dalam ribosom. Dengan demikian aliran informasi genetika
dalam sel sebagai berikut:
DNA RNA PROTEIN

Transkripsi Ttranslasi

Untuk memahami
lebih lanjut fungsi RNA dalam sintesis protein, berikut akan dibahas tiga
jenis RNA yaitu rRNA ( ribosomal RNA), mRNA (messenger RNA) dan
tRNA (transfer RNA).
rRNA bersama dengan protein merupakan komponen yang
membentuk ribosom dalam sel. Walaupun rRNA ini merupakan komponen
utama ribosom, namun perananya dlam sintesis protein yang berlangsung
diribosom belum diketahui.rRNA ini merupakan RNA yang paling banyak
( ± 80%) dibandingkan dua jenis RNA yang lain dari keselurahan RNA.
 24

mRNA diproduksi dalam inti sel dan merupakan RNA paling sedikit
junlahnya (± 5%) dari keseluruhan RNA dalam sel. Pembentukan mRNA
dalam inti sel menggunakan DNA sebagai molekul cetakan dan susunan basa
pada mRNA merupakan komplemen salah satu rantai molekul DNA.
Dengan demikian urutan basa purin dan pirimidin pada mRNA serupa
dengan urutan purin dan pirimidin salah satu rantai molekul DNA, dengan
perbedaan basa timin diganti urasil. mRNA yang terbentuk dalam inti sel
kemudian keluar dari inti sel dan masuk kesitoplasma dan terikat pada
ribosom
Kode genetika yang berupa urutan basa pada molekul DNA,disalin
pada urutan basa nukleotida molekul mRNA. Tiap tiga buah basa yang
berurutan (triple) disebutk odon. Sebagai contoh AUG adalah kodon yang
terbentuk dari kombinasi adenin-urasil-guanin, GCU adalah kodon yang
terbentuk dari kombinasi guanin-sitosin-urasil. Oleh karena basa pada RNA
ada empat buah yaitu A,U,C,G,maka akan terdapat 43 kombinasi atau 64
buah kodon. Mengingat jumlah asam amino hanya 20 buah, maka tidak
setiap kodon disediakan bagi satu macam asam amino. Umumnya beberapa
jenis kodon disediakan bagi satu macam asam amino. Hanya triptopan dan
metionin yang mempunyai satu jenis kodon yaitu UGG untuk triptofan dan
AUG untuk metionin.
Kodon yang menunjuk asam amino yang sama disebut sinonim,
misalnya CAU dan CAC adalah sinonim untuk histidin. Perbedaan antara
sinonim tersebut pada umumnya adalah basa pada kedudukan ketiga,
misalnya GUU,GUA,GUC dan GUG menunjuk asam amino sama yakni
valin.
tRNAadalah asam nukleat (terdiri 73-94 nukleotida). Struktur
molekulnya berbentuk daun semanggi yang mempunyai beberapa tonjolan
berupa lengan (stem) dan bagian yang melingkar atau lipatan (loop) yaitu
lengan asam amino (1),lengan dan lipatan UH2 atau dihidro uridin (2),
lengan lipatanan tikodon (3), lengan ekstra (4), lengan dan lipatan U atau
pseudouridin (5).
 25

Secara umum biosintesis protein terjadi dalam lima tahap utama:

1. aktivasi asam amino
Aktivasi asam amino merupakan proses perubahan asam amino
menjadi amino asil –tRNA dengan bantuan ATP. Artinya proses biosintesis
protein tiap molekul tRNA membawa satu molekul asam amino masuk
kedalam ribosom. Pada sel eukariot tahap aktivasi terjadi di sitosol (cairan
sitoplasma). Pembentukan ikatan asam amino dengan tRNA berlangsung
dengan bantuan enzim amino asil sintetasedan ATP melalui 2 tahap reaksi .
a. Tahap pertama
asam amino dengan enzim dan AMP membentuk kompleks
aminoasil-AMP-enzim.
b. Kedua,
terjadi reaksi antara kompleks aminoasil-AMP-enzim
dengan tRNA. Pada reaksi ini terbentuk kompleks tRNA-
asamamino, sedangkan AMP dan enzim sintetase dilepaskan
kembali.
2. Inisiasi rantai polipeptida
Dalam ribosom terdapat sebagian dari rantai nukleotida
mRNAyang telah siap menerima tRNA yang membawa asam
amino. Tiap molekul aminoasil-tRNA masuk ke dalam ribosom
secara berurutan, membentuk pasangan kodon dan anti kodon yang
sesuai. Untuk memulai biosintesis protein, tRNA yangmempunyai
antikodon UAC mengikat formil-metionin dan masukke dalam
ribosom menempati bagian dari mRNA yang mempunyai kodon
AUG. Formil metionin ini terbentuk setelah tRNA berikatan dengan
metionin, kemudian berikutnya dengan formil FH2 dengan bantuan
enzim formilase
3. Pemanjangan (elongasi) rantai polipeptida
Selanjutnya tRNA kedua yang telah mengikat asam
amino,misalnya tRNA-metionin, masuk kedlam ribosom dan
menempati kodon AUG berikutnya. Dengan cara ini formil metionin
 26

yang menjadi asam amino awal membentuk ikatan peptida dengan

metionin. Setelah terjadi ikatan peptida, maka tRNA yang pertama
dilepaskan dan keluar dari ribosom. Oleh karena dalam ribosom
hanya dapat ditempati oleh 2 tRNA, maka tRNA ketiga masuk
setelah tRNA yang pertama keluar dari ribosom. Misalnya tRNA
yang ketiga ialah tRNA yang mempunyai anti-kodon CAC dan
berpasangan dengan kodon ketiga pada mRNA yaitu GUG.tRNA
ketiga ini mengikat valin dan dengan masuknya tRNA-valinke
dalam ribosom, maka terjadi ikatan antara metionin –valin.Proses
pembentukan ikatan peptida ini berlangsung terus sesuai dengan
kode genetika yang terdapat pada molekul mRNA. Reaksi
pembentukan ikatan peptida antara molekul asam-asam aminoini
dapat berlangsung karena ikut sertanya guanosintrifosfat (GTP)
yang berubah menjadi guanosindifosfat (GDP), dengan melepaskan
satu gugus fosfat dan energi.
4. Terminasi (penghentian) dan pembebasan rantai polipeptida
Biosintesis protein akan berhenti apabila pada
mRNAterdapat kodon UAA, UAG atau UGA, karena dalam sel
normal tidak terdapat tRNA yang mempunyai antikodon
komplementer terhadap ketiga kodon tersebut. Ketiga kodon ini
merupakan tanda berhenti (stop) pada proses pembentikan ikatan
peptida. Sebagai ganti tRNA, ada 2 jenis protein yang dapat
mengikat ketiga jenis kodon tersebut. Protein ini berlaku sebagai
faktor pelepas (releasing factor = RF), ikatan asam amino terakhir
dengan tRNA. Kedua jenis protein ini diberi tanda RF1 danRF2.
RF1 dapat mengadakan ikatan dengan kodon UAA dan
UAG,sedangkan RF2 dengan UAA dan UGA. Terbentuknya ikatan
kedua protein tersebut dengan mRNA dapat mengaktifkan enzim
5. Pelipatan dan pengolahan (deformilmetionilasi)
Setelah tahap terminasi, dilanjutkan dengan tahap pelipatan
dan pengolahan yang bertujuan untuk memperoleh sifat aktif dari
 27

polipeptida (protein) yang terbentuk. Terbentuknya ikatan kedua

protein tersebut dengan mRNA dapat mengaktifkan enzim
transferase peptidil, sehingga enzim ini dapat bekerja sebagai katalis
dalam reaksi hidrolisis yang mengakibatkan terlepasnya asam amino
terakhir dari molekul tRNA
H. TATA NAMA ASAM NUKLEAT
Asam nukleat istilah adalah nama keseluruhan untuk DNA dan
RNA, anggota keluarga biopolimer, dan ini identik dengan polinukleotida.
Asam nukleat dinamai untuk penemuan awal mereka dalam inti, dan untuk
gugus fosfat (terkait dengan asam fosfat). Meskipun pertama kali ditemukan
dalam nukleus dari eukariotik sel, asam nukleat sekarang dikenal dapat
ditemukan dalam semua bentuk kehidupan, termasuk dalam bakteri, archea,
mitokonria, kloroplas, virus dan viroid. Semua sel hidup dan organel
mengandung DNA dan RNA, sedangkan virus mengandung baik DNA atau
RNA, tetapi biasanya tidak keduanya. Komponen dasar asam nukleat
biologis adalah nukleotida yang masing-masing berisi gula pentosa (ribosa
atau deoksiribosa), sebuah fosfat kelompok, dan nucleobase . Asam nukleat
juga dihasilkan dalam laboratorium, melalui penggunaan enzim (DNA dan
RNA polimerase) dan dengan padat-fase sintesa kimia. Metode kimia juga
memungkinkan generasi asam nukleat yang berubah yang tidak ditemukan
di alam, misalnya asam nukleat peptida .

o Gula pada asam nukleat adalah ribosa.

o Ribosa (b-D-furanosa) adalah gula pentosa (jumlah karbon 5).
 28

✓
o Perhatikan penomoran. Dalam penulisan diberi tanda prime(') untuk
membedakan penomoran pada basa nitrogen

✓
o Ikatan gula ribosa dengan basa nitrogen (pada atom karbon nomor
1).
o Ikatan gula ribosa dengan gugus fosfat (pada atom karbon nomor 5).
o Gugus hidroksil pada atom karbon nomor 2
 29

✓ BASA NITROGEN
o Basa nitrogen berikatan dengan ikatan-b pada atom karbon nomor1'
dari gula ribosa atau deoksiribosa.
o Pirimidin berikatan ke gula ribosa pada atom N-1 dari struktur
cincinnya.
o Purin berikatan ke gula ribosa pada atom N-9 dari struktur
cincinnya.

BASA PIRIMIDIN DAN PURIN

 30

BASA-BASA DALAM ASAM NUKLEAT

 31

GUGUS FOSFAT

1. Nukleosida : Senyawa antara purin dan primidin dengan ribosa dan

deoksiribosa. Beberapa nama nukleosida :
 32

2. Nukleotida : Ester nukleosida dengan asam fosfat. Singkatan nama beberapa

nukleotida :
 BAB III

PENUTUP
A. KESIMPULAN
Jadi, Asam nukleat pertama kali ditemukan tahun 1868 oleh ahli biokimia
berkebangsaan Swiss, Friedrich Miescher (1844-1895). Dalam proses
biosintesis protein molekul DNA berperan sebagai cetakan bagi terbentuknya
RNA, sedangkan molekul RNA kemudian mengarahkan urutan asam amino
dalam pembentukan molekul protein yang berlangsung dalam ribosom Asam
nukleat istilah adalah nama keseluruhan untuk DNA dan RNA, anggota keluarga
biopolimer, dan ini identik dengan polinukleotida. Asam nukleat dinamai untuk
penemuan awal mereka dalam inti, dan untuk gugus fosfat (terkait dengan asam
fosfat). Meskipun pertama kali ditemukan dalam nukleus dari eukariotik sel,
asam nukleat sekarang dikenal dapat ditemukan dalam semua bentuk kehidupan,
termasuk dalam bakteri, archea, mitokonria, kloroplas, virus dan viroid. Semua
sel hidup dan organel mengandung DNA dan RNA, sedangkan virus
mengandung baik DNA atau RNA, tetapi biasanya tidak keduanya. Komponen
dasar asam nukleat biologis adalah nukleotida yang masing-masing berisi gula
pentosa (ribosa atau deoksiribosa), sebuah fosfat kelompok, dan nucleobase.
B. SARAN
Kedepannya bisa mengaitkan dengan yang terjadi sekarang, misalnya
mengenai COVID-19

33
 DAFTAR PUSTAKA

Anonym. http://www.johnkyrk.com/DNAanatomy.html [diakses 2 oktober 2013].

Berg, Yimoczko JL, Styler lubert. 2007. Biochemistry. W.H Freman and
company, Newyork.
Geoffrey M., Cooper. 2000. "The Cell - A Molecular Approach". Boston University
(ed. 2) (Sunderland (MA): Sinauer Associates). hlm. Heredity, Genes, and
DNA. ISBN 0-87893-106-6. Diakses 2010-08-12
Ginter EK. Gene therapy of hereditary disease. Vopr Med Khim. 2000:46;265-78.
Graham, F.L. and van der Eb, A.J. A new technique for the assay of infectivity of
human adenovirus 5 DNA. Virology. 1973;52:456–67.

Kim TK, Eberwine JH. Mammalian cell transfection: the present and the future.
Anal Bioanal Chem. 2010;397:3173-8.
Knoell DM, Yiu IM. Human gene therapy for hereditary disease. Am J Health Syst
Pharma. 1998:55;899-904.
Kuswandi, Paramita. 2006. Replikasi DNA (Introduction Procaryot).
Lehninger, Albert. 1982. Principle of biochemistry.Pt. gelora aksara pratama.
Bogor.
Mandelkern, M., Elias, J., Eden, D., Crothers ,D. (1981). "The dimensions of DNA
in solution". J Mol Biol 152 (1): 153–61. PMID 7338906.

Miller DA. Human gene therapy comes of age. Nature. 1992:375;455-60

Misra S. Human gene therapy: a brief overview of the genetic revolution. JAPI.
2013:61;127-33.
Schenborn ET, Goiffon V. DEAE-dextran transfection of mammalian cultured
cells. Meth Mol Biol. 2000;130:147–53.
Transfection. Diunduh dari https://worldwide. promega.com/resources/product-
guides-and-selectors/protocols-and-applications-guide/ transfection/.
Tanggal 5 Feb 2016
Verna IM, Weitzman MD. Gene therapy: twenty-first century medicine. Annu Rev
Biochem. 2005:74;711-38.

34
35