TUGAS BIOKIMIA

ASAM NUKLEAT

Oleh

KELOMPOK 2

ANNISYA HUTAMI (1415041006)

M MARA SUTAN H (1415041026)

PAVITA SALSABILA (1415041047)

JURUSAN TEKNIK KIMIA FAKULTAS TEKNIK

UNIVERSITAS LAMPUNG

BANDAR LAMPUNG

2018

i
 DAFTAR ISI

Cover ............................................................................................................................................... i

Daftar Isi.......................................................................................................................................... ii

BAB I PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang ........................................................................................................................ 1

1.2 Rumusan Masalah ................................................................................................................... 2

1.3 Tujuan ..................................................................................................................................... 2

BAB II TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Definisi Asam Nukleat ............................................................................................................ 3

2.2 Struktur Asam Nukleat ............................................................................................................ 4

2.3 Nukleotida dan Nukleosida ..................................................................................................... 5

2.4 Sintesis RNA dan DNA........................................................................................................... 9

2.5 Katabolisme Asam Nukleat ..................................................................................................... 14

2.6 Sifat Fisika Kimia Nukleat ...................................................................................................... 16

2.7 Fungsi Asam Nukleat .............................................................................................................. 18

BAB III PENUTUP

3.1 Kesimpulan ............................................................................................................................. 21

DAFTAR PUSTAKA ..................................................................................................................... 23

ii
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat penting
dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi genetik. Asam nukleat sering
dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai
monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan
basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N).

Pada tahun 1869 Friedrick Mescher, seorang muda bangsa Swiss yang belajar pada Hoppe-
Seyler yang terkemuka di Jerman, mengisolasi inti dari sel darah putih dan menemukan bahwa inti
mengandung suatu zat kaya fosfat yang sampai sekarang ini tidak diketahui yang dinamakannya
nuklein, dan pada tahun 1871 secara nubuat menulis :

Menurut saya tampaknya seluruh family dari zat yang mengandung fosfor ini, agak sedikit
berbeda satu sama lainnya, akan timbul sebagai sekelompok zat nuklein, yang kemungkinan patut
mendapat pertimbangan yang sama dengan protein.

Ketika nuklein ditetapkan bersifat asam, namanya diganti menjadi asam nukleat. Riset
mengenai biomolekul ini pada decade pertama dari abad ini menemukan bahwa asam nukleat, seperti
protein merupakan polimer. Unit monomerik dari suatu asam nukleat disebut nukleotida; jadi, asam
nukleat juga disebut polinukleotida.

Ada dua jenis asam nukleat yaitu DNA (deoxyribonucleic acid) atau asam deoksiribonukleat
dan RNA (ribonucleic acid) atau asam ribonukleat. DNA oleh seorang dokter muda Friedrich
Miescher yang mempercayai bahwa rahasia kehidupan dapat diungkapkan melalui penelitian kimia
pada sel-sel.

Penelitian berlanjut mengenai asam nukleat menemukan bahwa unit nukleotida ini terkait satu
sama lain melalui ikatan fosfodiester membentuk struktur makromolekular, yang dalam kasus DNA,
dapat mempunyai berat molekul milyaran. Kedua jenis asam nukleat ditemukan pada semua tumbuh-
tumbuhan dan hewan. Virus juga mengandung asam nukleat; namun, tidak seperti tumbuh-tumbuhan
atau hewan, suatu virus memiliki RNA ataupun DNA, tetapi tidak keduanya.

Walaupun kimiawi dari asam nukleat diteliti secara serius setelah penemuannya, 75 tahun
berlalu sebelum makna biologi dari makro molekul ini disadari. Saran yang diajukan oleh Avery dan
rekan, pada tahun 1944, bahwa DNA adalah bahan genetika, merupakan peranan biologi spesifik
pertama yang diajukan untuk suatu asam nukleat. Mengenai RNA, baru pada tahun 1957 ditetapkan
suatu fungsi selular spesifik untuk asam nukleat ini (keterlibatan RNA dalam sintesis protein).
(Namun, perlu dicatat, bahwa RNA telah diidentifikasi lebih dini sebagai bahan genetika dari

1
 sejumlah virus) timbulnya biologi molecular menekankan keunggulan dari DNA maupun RNA, yang
beragam spesies selularnya memiliki peranan mencolok dalam sintesis protein (ekspresi gen)

1.2 Rumusan Masalah

Rumusan masalah dari makalah ini adalah sebagai berikut.

1. Apa definisi asam nukleat?

2. Bagaimana struktur asam nukleat?
3. Apa yang dimaksud nukleotida dan nukleosida?
4. Bagaimana sintesis RNA dan DNA?
5. Bagaimana katabolisme asam nukleat?
6. Apa sifat fisika dan kimia nukleat?
7. Apa fungsi asam nukleat?

1.3 Tujuan

Tujuan dari makalah ini adalah sebagai berikut.

1. Mengetahui definisi asam nukleat.

2. Mengetahui struktur asam nukleat.
3. Mengetahui apa yang dimaksud nukleotida dan nukleosida.
4. Mengetahui sintesis RNA dan DNA.
5. Mengetahui katabolisme asam nukleat.
6. Mengetahui sifat fisika dan kimia nukleat.
7. Mengetahui fungsi asam nukleat.

2
 BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Definisi Asam Nukleat

Asam nukleat adalah biopolymer yang berbobot molekul tinggi dengan unit monomernya
mononukleotida. Asam nukleat terdapat pada semua sel hidup dan bertugas untuk menyimpan dan
mentransfer genetic, kemudian menerjemahkan informasi ini secara tepat untuk mensintesis protein
yang khas bagi masing-masing sel. Asam nukleat, jika unit-unit pembangunnya deoksiribonukleotida,
disebut asam deoksiribonukleotida (DNA) dan jika terdiri dari unit-unit ribonukleaotida disebut asam
ribonukleaotida (RNA).

Asam Nukleat juga merupakan senyawa majemuk yang dibuat dari banyak nukleotida. Bila
nukleotida mengandung ribose, maka asam nukleat yang terjadi adalah RNA (Ribnucleic acid = asam
ribonukleat) yang berguna dalam sintesis protein. Bila nukleotida mengandung deoksiribosa, maka
asam nukleat yang terjadi adalah DNA (Deoxyribonucleic acid = asam deoksiribonukleat) yang
merupakan bahan utama pementukan inti sel. Dalam asam nukleat terdapat 4 basa nitrogen yang
berbeda yaitu 2 purin dan 2 primidin. Baik dalm RNA maupun DNA purin selalu adenine dan
guanine. Dalam RNA primidin selalu sitosin dan urasil, dalam DNA pirimidin selalu sitosin dan
timin.

Asam-asam nukleat terdapat pada jaringan tubuh sebagai nukleoprotein, yaitu gabungan antara
asam nukleat dengan protein. Untuk memperoleh asam nukleat dari jaringan-jaringan tersebut, dapat
dilakukan ekstraksi terhadap nukleoprotein terlebih dahulu menggunakan larutan garam IM. Setelah
nukleoprotein terlarut, dapat diuraikan atau dipecah menjadi protein-protein dan asam nukleat dengan
menambah asam-asam lemah atau alkali secara hati-hati, atau dengan menambah NaCl hingga jenuh
akan mengendapkan protein. Cara lain untuk memisahkan asam nukleat dari protein ialah
menggunakan enzim pemecah protein, misal tripsin. Ekstraksi terhadap jaringan-jaringan dengan
asam triklorasetat, dapat pula memisahkan asam nukleat. Denaturasi protein dalam campuran dengan
asam nukleat itu dapat pula menyebabkan terjadinya denaturasi asam nukleat itu sendiri. Oleh karena
asam nukleat itu mengandung pentosa, maka bila dipanasi dengan asam sulfat akan terbentuk furfural.
Furfural ini akan memberikan warna merah dengan anilina asetat atau warna kuning dengan p-
bromfenilhidrazina. Apabila dipanasi dengan difenilamina dalam suasana asam, DNA akan
memberikan warna biru. Pada dasarnya reaksi-reaksi warna untuk ribosa dan deoksiribosa dapat
digunakan untuk keperluan identifikasi asam nukleat.

2.1.1 Jenis-jenis Asam Nukleat

Asam nukleat dalam sel ada dua jenis yaitu DNA (deoxyribonucleic acid) atau asam
deoksiribonukleat dan RNA (ribonucleic acid) atau asam ribonukleat. Baik DNA maupun
RNA berupa anion dan pada umumnya terikat oleh protein dan bersifat basa. Misalnya DNA
dalam inti sel terikat pada histon. Senyawa gabungan antara protein danasam nukleat disebut
3
 nucleoprotein. Molekul asam nukleat merupakan polimer sepertiprotein tetapi unit
penyusunnya adalah nukleotida. Salah satu contoh nukleotida asam nukleat bebas adalah
ATP yang berfungsi sebagai pembawa energy.

2.2 Struktur Asam Nukleat

Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic acid
(DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA). Dilihat dari strukturnya, perbedaan di
antara kedua macam asam nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Pada RNA
gula pentosanya adalah ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu
atom O pada posisi C nomor 2’ sehingga dinamakan gula 2’-deoksiribosa (gambar 2.1).

Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. Basa N, baik pada
DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa cincin aromatic heterosiklik (mengandung C
dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan, yaitu purin dan pirimidin. Basa purin
mempunyai dua buah cincin (bisiklik), sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin
(monosiklik). Pada DNA, dan juga RNA, purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). Akan tetapi,
untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan RNA. Kalau pada DNA basa pirimidin terdiri atas
sitosin (C) dan timin (T), pada RNA tidak ada timin dan sebagai gantinya terdapat urasil (U). Timin
berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus metil pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat
juga dikatakan sebagai 5-metilurasil.

Gambar 2.1 Komponen-komponen Asam Nukleat

a) gugus fosfat; b) gula pentose; c) basa N

Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas, hanya basa N lah yang
memungkinkan terjadinya variasi. Pada kenyataannya memang urutan (sekuens) basa N pada suatu

4
 molekul asam nukleat merupakan penentu bagi spesifisitasnya. Dengan perkataan lain, identifikasi
asam nukleat dilakukan berdasarkan atas urutan basa N%nya sehingga secara skema kita bisa
menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan urutan basanya saja.

2.3 Nukleotida dan Nukleosida

Molekul nukleotida terdiri atas nukleosida yang mengikat asam fosfat. Molekulnukleosida
terdiri atas pentosa (deoksiribosa atau ribose) yang mengikat suatu basa (purin atau piimidin). Jadi
apabila suatu nukleoprotein dihidrolisis sempurna akan dihasilkan protein, asam fosfat, pentosa dan
basa purin atau pirimidin. Rumus berikut ini akan memperjelas hasil hidrolisis suatu nukleoprotein.

Gambar 2.2 Struktur Ribosa dan Deoksiribosa

Pentosa yang berasal dari DNA ialah deoksiribosa dan yang berasal dari RNA ialah ribose.
Adapun basa purin dan basa pirimidin yang berasal dari DNA ialah adenin, sitosin dan timin. Dari
RNA akan diperoleh adenin, guanin, sitosin dan urasil.

Gambar 2.3 Struktur Purin, Adenin, Guanin, Pirimidin, Sitosin dan Timin

5
Urasil terdapat dalam dua bentuk yaitu bentuk keto atau laktam dan bentuk enol atau laktim.

Gambar 2.4 Struktur urasil dalam bentuk keto dan enol

Pada pH cairan tubuh, terutama urasil terdapat dalam entuk keto. Nukleosida terbentuk dari
basa purin atau pirimidin dengan ribose atau deoksiribosa. Basa purin atau pirimidin terikat
pada pentosa oleh ikatan glikosidik, yaitu pada atom karbon nomor 1. Guanosin adalah suatu
nukleosida yang terbentuk dari guanin dengan ribosa. Pada pengikatan glikosidik ini sebuah molekul
air yang dihasilkan terjadi dari atom hidrogen pada atom N-9 dari basa purin dengangugus OH pada
atom C-1 dari pentosa. Untuk basa pirimidin, gugus OH pada atom C-1 berikatan dengan atom H pada
atom N-1.

Gambar 2.5 Struktur Guanosin

Pada umumnya nukleosida diberi nama sesuai dengan nama basa purin atau basa pirimidin
yang membentuknya. Beberapa nukleosida berikut ini ialah yang membentuk dari basa purin atau
dari basa pirimidin dengan ribosa :
6
 Adenin nukleosida atau Adenosin

Guanin nukleosida atau Guanosin

Urasil nukleosida atau Uridin

Timin nukleosida atau Timidin

Sitosin nukleosida atau Sitidin

Apabila pentose yang diikat oleh deoksiribosa, maka nama nukleosida diberi tambahan deoksi
di depanya. Sebagai contoh “Deoksiadinosin, deoksisitidin” dan sebagainya. Disamping lima jenis
basa purin atau basa pirimidin yang biasa terdapat pada asam nukleat, ada pula beberapa basa purin
dan basa pirimidin lain yang membentuk nukleosida. Hipoksantindengan ribosa akan membentuk
hipoksantin nukleosida atau inosin. DNA pada bakteri ternyata mengandung hidroksimetilsitosin.

Gambar 2.6 Struktur Hipoksantin dan 5-hidroksimetilsitosin

Demikian pula tRNA (transfer RNA) mengandung derivat metal basa purin atau
basa pirimidin, misalnya 6-N-dimetiladenin atau 2-N-dimetilguanin.

Gambar 2.7 Struktur 6-N-dimetiladenin dan 2-N-dimetilguanin

Dalam alam nukleosida terutama terdapat dalam bentuk ester fosfat yang disebut nukleotida.
Nukleotida terdapat sebagai molekul bebas atau berikatan dengan sesama nukleotida membentuk
asam nukleat. Dalam molekul nukleotida gugus fosfat terikat oleh pentosa padaatom C-5.

Beberapa nukleotida lain ialah sebagai berikut :

Adenin nukleotida atau Adenosinmonofosfat (AMP)

7
 (asam adenilat)

Guanin nukleotida atau Guanosinmonofosfat (GMP)

(asam guanilat)

Hipoksantin nukleosida atau Inosinmonofosfat (IMP)

(asam inosinat)

Urasil Nukleotida atau Uridinmonofosfat (UMP)

(asam uridilat)

Sitidin nukleotida atau Sitidinmonofosfat (SMP)

(asam sitidilat)

Timin nukleotida atau Timidinmonofosfat (TMP)

(asam timidilat)

Gambar 2.8 Struktur Guanosinmonofosfat

Pentosa yang terdapat dalam molekul nukleotida pada contoh diatas ialah ribosa.
Apabila pentosanya deoksiribosa, maka ditambah deoksi di depan nama nukleotida tersebut misalnya
deoksiadenosin-monofosfat atau disingkat dAMP.

Ada beberapa nukleotida yang mempunyai gugus fosfat lebih dari 1 misalnya adenosintrifosfat
dan uridintrifosfat, kedua nukleotida ini mempunyai peranan penting dalam reaksi-reaksi kimia dalam
tubuh.

8
 Gambar 2.9 ATP dan UTP

Pada rumus molekul ATP dan UTP, ikatan antara gugus-gugus fosfat diberi tanda yang khas.
Pada proses hidrolisis ATP akan melepaskan gugus fosfat dan terbentuk adenosindifosfat (ADP).
Pada hidrolis ini ternyata dibebaskan energy yang cukup besar yaitu 7.000 kal/mol ATP. Oleh karena
itu ikatan antara gugus fosfat dinamakan “ikatan berenergi tinggi” dan diberitanda ~. Dalam tubuh,
ATP dan UTP berfungsi sebagai penyimpan energi yang diperoleh dari proses oksidasi senyawa-
senyawa dalam makanan kita untuk kemudian dibebaskan apabila energi tersebut diperlukan.

2.4 Sintesis RNA dan DNA

2.4.1 DNA (Asam Deoksiribonukleat)

Gen tersusun atas asam nukleat yang disebut asam deoksiribonukleat

(deoxyribonucleic acid, DNA). Molekul tersebut berperan sebagai pembawa informasi
genetik pada semua organisme selain beberapa jenis virus.

Asam ini adalah polimer yang terdiri dari molekul-molekul deoksiribonukleotida yang
terikat satu sama lain, sehingga bentuk rantai polinukleotida yang panjang. Molekul DNA
yang panjang ini terbentuk oleh ikatan antara atom C nomor 3 dengan atom C no 5 pada
molekul deoksiribosa dengan perantaraan gugus fosfat.

9
 Semua rantai asam nukleat berpasangan secara antiparalel seperti itu, tak perduli
apakah pasangannya terjadi antarrantai DNA, antara rantai DNA dengan rantai RNA, ataupun
antarrantai RNA. Terdapat 4 macam basa organik yang membentuk perpasangan tersebut :
adenin, sitosin, guanin, dan timin (dilambangkan secara berturut-turut dengan A,C,G, dan T).

Keempatnya diklasifikasikan kedalam dua kelompok, yaitu purin dan pirimidin. Purin
hanya berpasangan dengan pirimidin, dan demikian pula sebaliknya, sehingga menghasilkan
heliks ganda yang simetris. Sebuah ikatan hidrogen terbentuk di antara atom hidrogen donor
bermuatan positif yang terikat secara kovalen (misalnya, sebuah gugus imino, NH) dengan
sebuah atom penerima (akseptor) bermuatan negatif yang juga terikat secara kovalen
(misalnya, gugus keto, CO) melalui penggunaan bersama sebuah atom hidrogen. Adenin
berpasangan dengan timin melalui dua ikatan hidrogen; guanin dan sitosin berpasangan
melalui tiga ikatan hidrogen. Sebuah kompleks basa-gula di sebut sebagai sebuah nukleosida;
sebuah nukleosida ditambah fosfat disebut nukleotida.

1. Stuktur Primer DNA

Pada asam deoksiribonukleat (DNA), penyusun utamanya adalah unit 2-deoksiri-D-
ribosa dan fosfat yang tersusun secara berselang-seling. Hidroksil 3’ dari satu unit
ribosa ditautkan dengan hidroksil 5’ dari unit ribosa berikutnya oleh ikatan
fosfodiester. Basa heterosiklik dihubungkan dengan karbon anomerik dari setiap unit
deoksiribosa oleh ikatan β-N-glikosidik.
Pada DNA, tidak ada gugus hidroksil tersisa pada unit deoksiribosa manapun. Namun
demikian, setiap fosfat masih memiliki satu proton asam yang biasanya terionisasi
pada tingkat keasaman 7, menghasilkan oksigen bermuatan negatif. Jika proton ini
ada, zat ini akan bersifat asam; dengan demikian di namai asam nukleat. Penjelasan
lengkap mengenai molekul DNA tertentu, yang mengandung ribuan bahkan jutaan
unit nukleotida, harus mencantumkan urutan tepat dari basa heterosiklik (A, C, G,
dan T) di sepanjang rantai.
2. Struktur Sekunder DNA Heliks rangkap
Sejak tahun 1938 sudah diketahui bahwa molekul DNA memiliki bentuk yang
diskret, sebab kajian sinar-x pada benang DNA menunjukkan pola penumpukan yang
beraturan dengan keberlakaan tertentu. Pengamatan penting oleh E. Chargaff
(columbia university) pada tahaun 1950 memberi petunjuk penting mengenai
struktur. Chargaff menganalisis kadar basa DNA dari berbagai organisme yang
berbeda dan menemukan bahwa banyaknya A dan T selalu ekuivalen dan banyaknya
G dan C juga selalu ekuivalen. Contohnya, DNA manusia mengandung sekitar 30%
A maupun T dan 20% G maupun C. Sumber DNA lain memberikan persentase
berbeda, tetapi nisbah A terhadap T dan nisbah G terhadap C selalu satu.
Makna kesetaraan ini baru nyata tahun 1953, sewaktu watson dan crick,* yang
bekerja bersama-sama di cambrigde, Inggris, mengajukan model heliks rangkap
untuk DNA. Mereka menerima secara serempak data sinar-x yang mendukung
pengajuannya tersebut dari Rosalind Franklin dan Maurice Wilkins di London.

10
Ciri penting dari modelnya ialah sebagai berikut :
a. DNA terdiri atas dua rantai polinukleotida heliks yang menggulung di
sekeliling suatu sumbu.
b. Heliks bersifat putar-kanan, dan kedua untaian berlawanan menunjuk ujung 3’
dan ujung 5’-nya.
c. Basa purina dan pirimidina terletak didalam heliks, pada bidang yang tegak
lurus terhadap sumbu heliks; deoksiribosa dan gugus fosfat membentuk bagian
luar heliks.
d. Kedua rantai dipegangi oleh pasangan basa purina-pirimidi yang dihubungkan
dengan ikatan hidrogen. Adenina selalu berpasangan dengan timina, dan
guanina selalu berpasangan dengan sitosina.
e. Diameter heliks adalah 20 Å. Pasangan basa yang bersebelahan berjarak 3,4 Å
dan arahnya terhadap putaran heliks ialah 36º. Dengan semikian ada 10
pasangan basa untuk setiap putaran heliks (360º), dan strukturnya mengulang
34 Å.
f. Tidak ada pembatasan mengenai urutan basa disepanjang rantai
polinukleotida. Urutan yang tidak tepat membawa informasi genetik.

Konformasi heliks DNA dapat digolongkan menjadi tiga famili umum, yang
disebut bentuk A-, B-, dan Z-. B-DNA, yaitu bentuk yang dominan, ialah heliks
putar-kanan biasa dari watson dan crick, dengan pasangan basa yang dapat dikatakan
tegak lurus terhadap struktur heliks. Pada bentuk A, pasangan basa dapat sedikit
miring sebesar 20º terhadap sumbu heliks, dan cincin gula melekuk, tidak seperti
dalam bentuk B. Pada bentuk z kita lihat putaran 180º dari beberapa basa terhadap
ikatan glikosidik C- N, menghasilkan suatu heliks putar-kiri.
Konformasi keseluruhan yang di ambil oleh molekul DNA bergantung antara
lain dengan urutan basa yang sesungguhnya. Contohnya, DNA sintetik yang dibuat
dengan unit purina-pirimida berselang-seling memiliki konformasi yang berbeda
dengan DNA yang dibuat dari blok basa purina diikuti oleh blok basa pirimidina.
Demikian juga, pasangan basa A-T dan G-C dengan ikatan H yang berbeda dari yang
diajukan semula oleh watson dan crick telah ditemukan (Kimia Organik, 2003: 567).
Keragaman dalam perincian struktur DNA menghasilkan molekul DNA
dengan bengkokan, gelang jepit-rambut (hairpin loop), superkoil, gelang untaian-
tunggal, dan bahkan menyalib (gelang berikatan H dalam untaian yang keluar dari
heliks rangkap). Perubahan strukur ini menambah kelenturan bagaimana molekul
DNA mampu mengenali dan berinteraksi dengan komponen sel lainnya untuk
melaksanakan fungsinya

11
2.4.2 RNA (Asam Ribonukleat)

Asam ribonukleat (ribonucleic acid) disingkat menjadi RNA adalah satu dari tiga
makromolekul utama (bersama dengan DNA dan protein) yang berperan penting dalam
segala bentuk kehidupan.

Asam ribonukleat berperan sebagai pembawa bahan genetik dan memainkan peran
utama dalam ekspresi genetik. Dalam dogma pokok (central dogma) genetika molekular,
RNA menjadi perantara antara informasi yang dibawa DNA dan ekspresi fenotipik yang
diwujudkan dalam bentuk protein.

RNA terdiri atas rantai poliribonukleotida yang basa-basanya biasanya adalah adenine,
guanine, urasil dan sitosin. RNA ditemukan dalam nucleus maupun sitoplasma sel. Variasi
bentuk RNA lebih banyak dari DNA. RNA memiliki berat molekul antara 25.000 samapai
beberapa juta. Sebagian besar RNA berisi rantai polinukleutida tunggal, tetapi rantai ini bisa
terlipat sedemikian rupa membentuk daerah heliks ganda yang mengandung pasangan basa
A : U dan G. Terdapat tiga tipe utama RNA, yakni transfer RNA ( tRNA), ribosomal RNA
(rRNA), dan messenger RNA (mRNA). RNA berperan dalam ekspresi informasi genetic.
tRNA (Mr25.000) berfungsi sebagai suatu adapter dalam sintesis rantai polipeptida. tRNA
meliputi 10-20 persen total RNA dalam sel. Setidaknya terdapat satu tipe tRNA untuk setiap
tipe asam amino. tRNA memiliki proporsi nukleosida yang relative tinggi. Nukleosida ini
memiliki struktur unik, misalnya adenine, citosin, guanine, serta urasil yang termitilasi atau
terasetilasi.

Struktur dasar RNA mirip dengan DNA. RNA merupakan polimer yang tersusun dari
sejumlah nukleotida. Setiap nukleotida memiliki satu gugus fosfat, satu gugus pentosa, dan
satu gugus basa nitrogen (basa N). Polimer tersusun dari ikatan berselang-seling antara gugus
fosfat dari satu nukleotida dengan gugus pentosa dari nukleotida yang lain.

Asam Ribonukleat adalah suatu polimer yang terdiri atas molekul-molekul

ribonukleutida. Asam ribonukleat ini terbentuk oleh adanya ikatan antara atom C nomor 3
dan atom C nomor 5 pada molekul ribose dengan perantaraan gugus fosfat.

Meskipun banyak persamaannya dengan DNA, RNA mempunyai perbedaan dengan

DNA yaitu:

a. DNA terletak di inti sel dan RNA terletak di inti sel, sitoplasma, ribosom.
b. Bagian pentose RNA adalah ribose, sedangkan bagian pentose DNA adalah
deoksiribosa.
c. Bentuk molekul DNA adalah heliks ganda. Bentuk molekul RNA bukan heliks ganda,
tetapi berupa rantai tunggal yang terlipat sehingga mempunyai rantai ganda
d. RNA mengandung basa purin, adenine, guanine, dan sitosin seperti DNA, tetapi tidak
mengandung timin. Sebagai gantinya, RNA mengandung urasil. Dengan demikian
basa pirimidin RNA berbeda dengan bagian basa pirimidin DNA.

12
e. Jumlah guanine dalam molekul RNA tidak perlu sama dengan sitosin, demikian pula
jumlah adenine tidak harus sama dengan urasil.

rRNA terdapat dalam ribosom, yang mengandung protein yang massanya kurang lebih
sama. rRNA meliputi sekitar 80 persen total RNA dalam sel dan terdiri atas beberapa tipe.
Tipe-tipe RNA bisa dibedakan satu sama lain melalui laju sedimentasinya dalam suatu
ultrasenfluriga. Sebagai contoh, ribosom bakteri mengandung tiga tipe RNA: 5s, 16s, dan
23S.

mRNA adalah jenis RNA yang sangat heterogen. Setiap molekul membawa salinan
urutan DNA, yang ditranslasikan dalam sitoplasma menjadi satu rantai polipeptida atau lebih.

Molekul RNA berpartisipasi dalam beberapa proses terkait dengan Eksprisi gen.
Dalam sel tertentu, molekul RNA ditemukan dalam banyak kopi dan dalam beberapa bentuk.
Ada empat kelompok utama RNA dalam semua sel hidup:

1. RNA ribosom (rRNA), molekul ini adalah merupakan bagian integral dari ribosom
(Ribonukleoprotein intersel yang merupakan tempat sintesis protein). RNA ribosom
adalah kelompok paling banyak dari asam ribonukleat, ada untuk sekitar 80% total RNA
sel.
2. RNA transfer (tRNA), molekul ini membawa asam amino teraktivasi keribosom untuk
masuk kedalam rantai peptide tumbuh selama sintesis protein. Molekul tRNA hanya
sepanjang 73 sampai 95 residu nukleotida. Mereka ada sekitar 15% dari total RNA sel.
3. RNA messenger (mRNA), molekul ini yang mengode urutan asam amino dalam protein.
Mereka adalah “pembawa pesan” yang membawa informasi dari DNA ke kompleks
translasi yakni protein disentesis. Umumnya mRNA hanya 3% dari total RNA sel.
Molekul ini adalah yang paling tidak stabil dari asam ribonukleat sel.
4. Moleku RNA kecil ada dalam semua sel. Sebagian molekul RNA kecil punya aktivitas
katalitik dalam hubungan dengan protein. Banyak dari molekul RNA ini berhubungan
dengan proses yang memodifikasi RNA setelah ia disentesis.

RNA adalah molekul berantai tunggal tapi sering mempunyai struktur sekunder
kompleks. Dalam kondisi fisiologis, polinukleotida kebanyakan untai tunggal melipat pada
dirinya sendiri untuk membentuk daerah stabil pasangan basa, yakni RNA untai ganda. Satu
tipe struktur sekunder adalah steem-loop yang terbentuk saat daerah pendek dari urutan
komplemen membentuk pasangan basa. Struktur daerah untai ganda seperti steem loop
membentuk struktur bentuk A dari DNA untai ganda.

Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan protein
dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. Dalam peran
ini, RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam proses
transkripsi. Kode urutan basa ini tersusun dalam bentuk ‘triplet’, tiga urutan basa N, yang

13
 dikenal dengan nama kodon. Setiap kodon berelasi dengan satu asam amino (atau kode untuk
berhenti), monomer yang menyusun protein. Penelitian mutakhir atas fungsi RNA
menunjukkan bukti yang mendukung atas teori ‘dunia RNA’, yang menyatakan bahwa pada
awal proses evolusi, RNA merupakan bahan genetik universal sebelum organisme hidup
memakai DNA.

2.5 Katabolisme Asam Nukleat

Pengertian dan Proses Metabolisme Asam Nukleat di Dalam Tubuh – Asam nukleat merupakan
kelompok protein yang menyusun substansi genetika pada organisme yaitu mencakup DNA dan
RNA. Metabolisme asam nukleat akan terjadi reaksi pemecahan dan pembentukan. Asam nukleat
merupakan senyawa kimia yang tersusun atas gugus gula pentosa, phospor, dan basa nitrogen. Urutan
basa nitrogen pada setiap individu akan berbeda satu sama lain. Hal inilah yang membuat keragaman
gen pada individu sejenis. Terdapat dua jenis basa nitrogen dalam asam nukleat yaitu purin dan
pirimidin. Basa nitrogen purin terdiri atas adenin dan guanin, sementara basa pirimidin terdiri atas
timin (DNA) atau urasil (RNA) dan sitosin.

Katabolisme asam nukleat merupakan jalur metabolisme pemecahan yang menguraikan asam
nukleat menjadi unsur – unsur penyusunnya. Asam nukleat merupakan penyusun materi genetik pada
setiap sel makhluk hidup. Pencernaan asam nukleat terjadi setelah makanan telah dicerna oleh enzim
– enzim lain sehingga membentuk ukuran yang lebih kecil. setelah makanan dicerna di dalam
lambung, makanan akan berubah teksturnya menjadi bubur yang disebut kim. kemudian kim akan
memasuki usus dua belas jari dan akan mengalami pencernaan secara kimiawi.

Kandungan asam nukleat yang terdapat di dalam sel – sel makanan yang masuk ke dalam usus
dua belas jari akan dicerna secara enzimatis. Sekretin adalah hormon yang dihasilkan oleh dinding
sel usus dua belas jari. Hormon ini akan merangsang sel – sel dinding usus dua belas jari untuk
mensekresikan enzim pencernaan. Nuklease adalah salah satu enzim yang dihasilkan oleh dinding
usus dua belas jari. Enzim ini berfungsi untuk mengkatalisis perombakan asam nukleat menjadi unsur
– unsur penyusunnya. Nuklease tergolong kelompok enzim pemecah protein. Aktivitas katalitik dari
nuklease pertama – tama ialah akan memecah ikatan hidrogen pada jenis asam nukleat rantai ganda
seperti pada DNA. Lalu akan memotong ikatan nukleotida kemudian nukleosida sehingga akan
dihasilkan unsur – unsur penyusun asam nukleat.

Basa nitrogen hasil pemecahan asam nukleat dan unsur lainnya akan diserap di dalam tubuh
bersama nutrisi lainnya melalui usus illeum. Komponen – komponen hasil pemecahan asam nukleat
akan digunakan sebagai bahan sintesis asam nukleat dan asam amino di dalam tubuh. Tubuh kita
mampu mensintesis hanya beberapa jenis asam amino (10 asam amino non essensial). Kelompok
asam amino yang mampu disintesis oleh tubuh tergolong non essensial (karena mampu dibentuk /
dihasilkan oleh tubuh). Sementara asam amino yang tidak dihasilkan oleh tubuh namun sangat
dibutuhkan dapat diperoleh dari organisme lain dan tergolong asam amino essensial. Adapun asam
14
amino yang dapat disintesis oleh tubuh antara lain: serin, prolin, alanin, asam aspartam, asam
glutamat, asparagin, glutamin, tirosin, sistein, dan glisin. Sementara asam amino essensial antara lain:
metionin, tryptofan, histidin, isoleusin, leusin, fenilalanin, arginin, valin, treonin, dan lisin.

Gambar 2.10 Katabolisme pada nukleotida purin

15
 Gambar 2.11 Katabolisme nukleotida pirimidin.

2.6 Sifat Fisika Kimia Asam Nukleat

Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun struktur sekunder RNA,
sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadi stabil akibat adanya ikatan hidrogen di antara
basa-basa yang berpasangan. Padahal, sebenarnya tidaklah demikian. Ikatan hidrogen di antara
pasangan-pasangan basa hanya akan sama kuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa dan molekul
air apabila DNA berada dalam bentuk rantai tunggal. Jadi, ikatan hidrogen jelas tidak berpengaruh
terhadap stabilitas struktur asam nukleat, tetapi sekedar menentukan spesifitas perpasangan basa.

16
 Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi penempatan (stacking
interactions) antara pasangan-pasangan basa. Permukaan basa yang bersifat hidrofobik menyebabkan
molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan basa sehingga perpasangan tersebut
menjadi kuat.

a. Stabilitas asam nukleat

Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun struktursekunder RNA,
sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadi stabil akibatadanya ikatan hidrogen di
antara basa-basa yang berpasangan. Padahal, sebenarnyatidaklah demikian. Ikatan hidrogen di
antara pasangan-pasangan basa hanya akan samakuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa dan
molekul air apabila DNA berada dalambentuk rantai tunggal. Jadi, ikatan hidrogen jelas tidak
berpengaruh terhadap stabilitasstruktur asam nukleat, tetapi sekedar menentukan spesifitas
perpasangan basa.Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi
penempatan(stacking interactions) antara pasangan-pasangan basa. Permukaan basa yang
bersifathidrofobik menyebabkan molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan
basa sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat.

b. Pengaruh asam

Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO4 dengan suhu lebih dari 100ºC, asam
nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponen 21 komponennya. Namun, di
dalam asam mineral yang lebih encer, hanya ikatan glikosidik antara gula dan basa purin saja
yang putus sehingga asam nukleat dikatakan bersifat apurinik.

c. Pengaruh alkali

Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya perubahan status tautomerik
basa. Sebagai contoh, peningkatan pH akan menyebabkan perubahan struktur guanin dari bentuk
keto menjadi bentuk enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuah proton. Selanjutnya,
perubahan ini akan menyebabkan terputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya
rantai ganda DNA mengalami denaturasi. Hal yang sama terjadi pula pada RNA. Bahkan pada
pH netral sekalipun, RNA jauh lebih rentan terhadap hidrolisis bila dibadingkan dengan DNA
karena adanya gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula ribosanya.

d. Denaturasi kimiaSejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam nukleat
pada pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH2)2) dan formamid (COHNH2).
Pada konsentrasi yang relatif tinggi, senyawa-senyawa tersebut dapat merusak ikatan hidrogen.
Artinya, stabilitas struktur sekunder asam nukleat menjadi berkurang dan rantai ganda
mengalami denaturasi.

e. Viskositas

DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi karena diameternya
hanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat mencapai beberapa sentimeter. Dengan demikian,

17
 DNA tersebut berbentuk tipis memanjang. Selain itu, DNA merupakan molekul yang relatif kaku
sehingga larutan DNA akan mempunyai viskositas yang tinggi. Karena sifatnya itulah molekul
DNA menjadi sangat rentan terhadap fragmentasi fisik. Hal ini menimbulkan masalah tersendiri
ketika kita hendak melakukan isolasi DNA yang utuh.

f. Kerapatan apung

Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan apung (bouyant density)-
nya. Di dalam larutan yang mengandung garam pekat dengan berat 22 molekul tinggi, misalnya
sesium klorid (CsCl) 8M, DNA mempunyai kerapatan yang sama dengan larutan tersebut, yakni
sekitar 1,7 g/cm3. Jika larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat tinggi, maka
garam CsCl yang pekat akan bermigrasi ke dasar tabung dengan membentuk gradien kerapatan.
Begitu juga, sampel DNA akan bermigrasi menuju posisi gradien yang sesuai dengan
kerapatannya. Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan
(equilibrium density gradient centrifugation) atau sentrifugasi isopiknik.

Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada di dasar tabung dan
protein akan mengapung, maka DNA dapat dimurnikan baik dari RNA maupun dari protein.
Selain itu, teknik tersebut juga berguna untuk keperluan analisis DNA karena kerapatan apung
DNA (ρ) merupakan fungsi linier bagi kandungan GC-nya. Dalam hal ini, ρ = 1,66 + 0,098% (G
+ C).

Gambar 2.12 Hasil pemisahan dengan teknik sentrifugasi

2.7 Fungsi Asam Nukleat

Asam nukleat adalah salah satu molekul biokimia, molekul lainnya adalah karbohidrat, protein
dan lemak. Asam nukleat adalah bagian dari RNA (asam ribonukleat) dan DNA (asam
deoksiribonukleat). Kedua jenis asam nukleat tersebut mengandung unsur karbon, oksigen, nitrogen,
hidrogen dan fosfor.

Semua jenis senyawa biokimia memiliki karbon, oksigen, hidrogen serta protein namun
ternyata fosfor hanya ada pada asam nukleat saja. Asam nukleat terdiri dari rantai molekul berukuran
kecil yang disebut nukleotida.

18
 Gambar 2.13 Komponen Asam Nukleat.

Fungsi utama adalah menyimpan dan mentransfer informasi genetik. Untuk menggunakan
informasi genetik untuk mengarahkan sintesis protein baru. Asam deoksiribonukleat adalah
penyimpanan untuk tempat untuk informasi genetik dalam sel. DNA mengontrol sintesis RNA dalam
sel. Informasi genetik ditularkan dari DNA ke synthesizer protein dalam sel.

RNA juga mengarahkan produksi protein baru dengan mengirimkan informasi genetik pada
struktur bangunan protein. Fungsi urutan basa nitrogen dalam backbone DNA menentukan protein
yang disintesis.

Fungsi dari helix ganda DNA adalah bahwa tidak ada gangguan terjadi pada informasi genetik
jika hilang atau rusak. RNA mengarahkan sintesis protein. m-RNA mengambil pesan genetik dari
RNA. transfer t-RNA aktif asam amino, ke tempat sintesis protein. r-RNA sebagian besar hadir dalam
ribosom, dan bertanggung jawab atas stabilitas m-RNA.

Ada beberapa fungsi penting dari asam nukleat yaitu sebagai berikut:

a) Memiliki fungsi yang sangat penting yaitu menyimpan informasi genetik dan mentransfer
kepada keturunannya.
b) Menggunakan informasi genetik dalam proses sintesis protein baru.
c) Asam deoksiribonukleat berperan sebagai tempat untuk informasi genetik di dalam sel.
d) DNA berperan dalam mengontrol sintesis RNA di dalam sebuah sel.
e) Informasi genetik yang ditransmisikan dari DNA ke pembentukan protein dalam sel.
f) Urutan basa nitrogen dalam tulang Punggung DNA berpedan dalam menentukan protein yang
disintesis.
g) RNA berfungsi mengarahkan proses sintesis protein.
h) m-RNA berperan dalam mengambil pesan genetik dari RNA.
i) Prosestransfer t-RNA untuk mengaktifkan asam amino, ke tempar sintesis protein.

19
 Asam nukleat merupakan polinukleotida yakni polimer yang satuan penyusunnya ialah
nukleotida. Nukleotida terdiri atas 3 komponen yakni basa nitrogen, pentosa (gula berkarbon lima)
dan gugus fosfat. Ada dua golongan basa nitrogen yakni pirimidin terdiri atas timin (T) sitosin (S)
dan urasil (U), sedangkan purin terdiri atas adenine (A) dan guanine (G).

20
 BAB III

PENUTUP

3.1 Kesimpulan

Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat penting
dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi genetik. Asam nukleat sering
dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai
monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan
basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N).

Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic acid
(DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA). Dilihat dari strukturnya, perbedaan di
antara kedua macam asam nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Pada RNA
gula pentosanya adalah ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu
atom O pada posisi C nomor 2’ sehingga dinamakan gula 2’-deoksiribosa.

Nukleosida adalah kompleks gula-basa pada basa pirimidin melalui ikatan glikosidik atau
glikosilik. Sedangkan Nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau
lebih gugus fosfat.

Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan basa N, pada asam nukleat
terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang menghubungkan antara gugus hidroksil (OH)
pada posisi 5’ gula pentosa dan gugus hidroksil pada posisi 3’ gula pentosa nukleotida berikutnya.
Ikatan ini dinamakan ikatan fosfodiester karena secara kimia gugus fosfat berada dalam bentuk
diester.

Sekuens asam nukleat atau pengurutan asam nukleat adalah proses penentuan urutan
nukleotida pada suatu fragmen DNA atau RNA. Sebagai contoh, suatu sekuens DNA dapat dituliskan
5’-ATGACCTGAAAC-3’ atau suatu sekuens RNA dituliskan 5’-GGUCUGAAUG-3’. Jadi,
spesifisitas suatu asam nukleat selain ditentukan oleh sekuens basanya, juga harus dilihat dari arah
pembacaannya. Dua asam nukleat yang memiliki sekuens sama tidak berarti keduanya sama jika
pembacaan sekuens tersebut dilakukan dari arah yang berlawanan (yang satu 5’→ 3’, sedangkan yang
lain 3’→ 5’).

Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai dua rantai
polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan arah pilinan ke kanan. Fosfat dan gula
pada masing-masing rantai menghadap ke arah luar sumbu pilinan, sedangkan basa N menghadap ke
arah dalam sumbu pilinan dengan susunan yang sangat khas sebagai pasangan - pasangan basa antara
kedua rantai. Dalam hal ini, basa A pada satu rantai akan berpasangan dengan basa T pada rantai
lainnya, sedangkan basa G berpasangan dengan basa C. Pasangan-pasangan basa ini dihubungkan

21
oleh ikatan hidrogen yang lemah (nonkovalen). Basa A dan T dihubungkan oleh ikatan hydrogen
rangkap dua, sedangkan basa G dan C dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga. Adanya ikatan
hidrogen tersebut menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat satu sama lain dan saling
komplementer.

Asam Nukleat memiliki sifat fisika dan kimia antara lain Stabilitas asam nukleat, Pengaruh
Asam, Pengaruh Alkali, Denaturasi kimia, Viskositas dan kerapatan Apung.

22
 DAFTAR PUSTAKA

https://hermawanbtl.wordpress.com/2014/03/26/biokimia-asam-nukleat/ (diakses pada 17 Oktober 2018)

https://www.scribd.com/doc/25523953/ASAM-NUKLEAT diakses pada 17 Oktober 2018)

https://biomol.wordpress.com/bahan-ajar/asam-nukleat/ (diakses pada 17 Oktober 2018)

https://budisma.net/2015/06/struktur-dan-fungsi-asam-nukleat.html (diakses pada 17 Oktober 2018)

https://kliksma.com/2014/09/fungsi-dan-struktur-asam-nukleat.html (diakses pada 17 Oktober 2018)

https://www.academia.edu/6878972/BIOKIMIA_METABOLISME_ASAM_NUKLEAT_KEL_10
(diakses pada 17 Oktober 2018)

23