ASAM NUKLEAT

MAKALAH BIOKIMIA PERAIRAN

Dosen Mata Kuliah:

Dr. Emma Rochima, S.Pi, M.Si

Disusun oleh :
Kelompok 7 Perikanan A
Rida Nugraha
Hati Nurani
Eki Julianti Aswari
Febrian Kris Avisca
Rizal Nur Ahmad
Edith Eliyanti
Benedikta Prasiwi M.

23011015000
2
23011015000
3
23011015002
7
23011015003
2
23011015003
7
23011015006
4
23011015009
9

PROGRAM STUDI S1 PERIKANAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

UNIVERSITAS PADJADJARAN
JATINANGOR
2016

KATA PENGANTAR
Segala puji hanya milik Allah Subhanahuwataala shalawat dan salam
semoga tercurah limpahkan kepada Rasulullah Salallahualaihiwassalam berkah
limpahan dan rahmatnya penyusun mampu menyelesaikan makalah yang berjudul
Asam Nukleat guna memenuhi tugas matakuliah Biokimia Perairan.
Dalam penyusunan tugas atau materi ini, tidak sedikit hambatan yang
penyusun hadapi. Namun penyusun menyadari bahwa kelancaran dalam
penyusunan materi ini tidak lain berkat bantuan, dorongan, dan bimbingan orang
tua, sehingga kendala-kendala yang penyusun hadapi dapat teratasi.
Makalah ini disusun agar pembaca dapat memperluas ilmu tentang dasar
dan manfaat pembelajaran mengenai Asam Nukleat, yang kami sajikan
berdasarkan pengamatan dari berbagai sumber informasi, referensi, dan berita.
Semoga makalah ini dapat memberikan wawasan yang lebih luas dan
menjadi sumbangan pemikiran kepada pembaca khususnya para mahasiswa di
Universitas Padjadjaran. Kami sadar bahwa makalah ini masih banyak
kekurangan dan jauh dari sempurna. Untuk itu, kepada dosen pembimbing kami
meminta masukannya demi perbaikan pembuatan makalah kami dimasa yang
akan datang dan mengharapkan kritik dan saran dari para pembaca.

Jatinangor, 08 November 2016

Penyusun

DAFTAR ISI
BAB

Halaman

PENDAHULUAN

1.1
1.2

Latar Belakang............................................................................
Tujuan..........................................................................................

1
2

1.3

Manfaat.......................................................................................

II

KAJIAN PUSTAKA

2.1
Pengertian asam nukleat.............................................................
2.2
Jenis asam nukleat.......................................................................
2.3
Fungsi Asam Nukleat..................................................................
2.4
Sifat Asam Nukleat......................................................................
2.5
Bentuk Asam Nukleat..................................................................
2.5.1 DNA............................................................................................
2.5.2 RNA............................................................................................
2.6
Tingkatan Struktur Asam Nukleat...............................................
2.6.1 Gula Pentosa................................................................................
2.6.2 Gula Ribosa.................................................................................
2.6.3 Basa Nitrogen..............................................................................
2.7
Sintesis RNA dan DNA...............................................................
2.7.1 Sistesis Nukleotida Purin............................................................
2.7.2 Sistesis Nukleotida Pirimidin......................................................
2.8
Katabolisme Asam Nukleat.........................................................
2.8.1 Nukleat Menjadi Nukleotida.......................................................
2.8.2 Nukleotida menjadi Nukleosida..................................................
2.8.3 Katabolisme Purin menjadi Asam Urat.......................................
2.8.4 Katabolisme Pirimidin.................................................................
2.9
Teknik Rekombinan Pemulyaan Ikan..........................................

3
5
6
7
9
9
10
11
12
12
13
15
17
18
20
20
21
21
22
22

2.10

Bioteknologi Perikanan...............................................................

26

SIMPULAN DAN SARAN

5.1

Simpulan......................................................................................

31

5.2

Saran............................................................................................

31

DAFTAR PUSTAKA.............................................................................

32

BAB I
PENDAHULUAN
1.1.
Latar Belakang
Pada tahun 1869 Friedrick Mescher , seorang muda bangsa Swiss yang
belajar pada Hoppe-Seyler yang terkemuka di Jerman , mengisolasi inti dari sel
darah putih dan menemukan bahwa inti mengandung suatu zat kaya fosfat yang
sampai sekarang ini tidak diketahui yang dinamakannya nuklein , dan pada tahun
1871 secara nubuat menulis :
Menurut saya tampaknya seluruh family dari zat yang mengandung fosfor
ini, agak sedikit berbeda satu sama lainnya, akan timbul sebagai sekelompok zat
nuklein , yang kemungkinan patut mendapat pertimbangan yang sama dengan
protein.
Ketika nuklein ditetapkan bersifat asam , namanya diganti menjadi asam
nukleat. Riset mengenai biomolekul ini pada decade pertama dari abad ini
menemukan bahwa asam nukleat, seperti protein merupakan polimer. Unit
monomerik dari suatu asam nukleat disebut nukleotida; jadi, asam nukleat juga
disebut polinukleotida. Ada dua jenis asam nukleat yaitu DNA ( deoxyribonucleic
acid ) atau asam deoksiribonukleat dan RNA ( ribonucleic acid ) atau asam
ribonukleat. DNA oleh seorang dokter muda Friedrich Miescher yang
mempercayai bahwa rahasia kehidupan dapat diungkapkan melalui penelitian
kimia pada sel-sel.
Penelitian berlanjut mengenai asam nukleat menemukan bahwa unit
nukleotida ini terkait

satu sama lain melalui ikatan fosfodiester membentuk

struktur makromolekular , yang dalam kasus DNA, dapat mempunyai berat

molekul milyaran. Kedua jenis asam nukleat ditemukan pada semua tumbuhtumbuhan dan hewan. Virus juga mengandung asam nukleat; namun, tidak seperti
tumbuh-tumbuhan atau hewan, suatu virus memiliki RNA ataupun DNA, tetapi
tidak keduanya. Walaupun kimiawi dari asam nukleat diteliti secara serius setelah
penemuannya, 75 tahun berlalu sebelum makna biologi dari makro molekul ini
disadari. Saran yang diajukan oleh Avery dan rekan, pada tahun 1944, bahwa
DNA adalah bahan genetika, merupakan peranan biologi spesifik pertama yang
diajukan untuk suatu asam nukleat. Mengenai RNA, baru pada tahun 1957

ditetapkan suatu fungsi selular spesifik untuk asam nukleat ini ( keterlibatan RNA
dalam sintesis protein ). ( Namun, perlu dicatat, bahwa RNA telah diidentifikasi
lebih dini sebagai bahan genetika dari sejumlah virus.) timbulnya biologi
molecular menekankan keunggulan dari DNA maupun RNA, yang beragam
spesies selularnya memiliki peranan mencolok dalam sintesis protein (ekspresi
gen ).
1.2

Rumusan Masalah
Rumusan dari pembuatan makalah ini ialah sebagai berikut:

1.
2.
3.
4.
5.

Apa Pengertian dari Asam Nukleat?

Apa Fungsi dan Jenis dari Asam Nukleat?
Bagaimana Proses Pembentukan Asam Amino?
Bagaimana Struktur Asam Nukleat?
Apa Peranan Asam Amino dalam Bidang Perikanan?

1.3

Tujuan Penulisan
Tujuan dari makalah ini adalah sebagai berikut :

1.
2.
3.
4.
5.
6.

Untuk mengetahui pengertian dari Asam Nukleat

Untuk mengetahui Fungsi dan Jenis Asam Nukleat
Untuk mengetahui tingkatan struktur Asam Nukleat
Untuk mengetahui struktur Asam Nukleat
Untuk mengetahui Proses Pembentukan Asam Nukleat
Untuk mengetahui Peranan Asam Nukleat dalam Bidang Perikanan

BAB II
PEMBAHASAN
2.1

Pengertian Asam Nukleat

Friedrich

Miescher

(1844-1895)

adalah

orang

yang

mengawali

pengetahuan mengenai kimia dan inti sel. Pada tahun 1868, dilaboratorium
Hoppe-Syler di Tubingen, beliau memilih sel yang terdapat pada nanah bekas
pembalut luka, kemudian sel-sel tersebut dilarutkan dalam asam encer dan dengan
cara ini diperoleh inti sel yang masih terikat pada sejumlah protein. Dengan
menambahkan enzim pemecah protein ia dapat memperoleh inti sel saja dan
dengan cara ekstraksi terhadap inti sel diperoleh suatu zat yang larut dalam basa
tetapi tidak larut dalam asam. Kemudian zat ini dinamakan nuclein sekarang
dikenal dengan nama nucleoprotein. Selanjutnya dibuktikan bahwa asam nukleat
merupakan salah satu senyawa pembentuk sel dan jaringan normal.
Asam nukleat merupakan polimer besar dengan ukuran yang bervariasi
antara 25.000 /1.000.000 s/d 1 milyar. Asam nukleat baik DNA maupun RNA
tersusun dari monomer nukleotida . Nukleotida tersusun dari gugus fosfat, basa
nitrogen dan gula pentosa. Basa nitrogen berasal dari kolompok purin dan
pirimidin. Purin utama asam nukleat adalah adenin dan guanin, sedangkan
pirimidinnya adalah sitosin, timin dan urasil.
Nukleotida merupakan nukleosida yang gugus gula pada posisi 5-nya
mengikat asam fosfat (gugus fosfat) dengan ikatan ester. Nukleosida terdiri atas
pentosa ( deoksiribosa atau ribosa) yang mengikat suatu basa (derivat purin atau
pirimidin) melalui ikatan glikosida.
Pentosa yang berasal dari DNA ialah deoksiribosa dan dari RNA ialah
ribosa. Basa purin dan pirimidin yang berasal dari DNA ialah adenin, guanin,
sitosin dan timin. Sedangkan basa RNA terdiri atas adenin, guanin, sitosin dan
urasil. Dengan demikian nukleosida adalah penyusun nukleotida dan dapat diberi
nama trivial dan nama sistematis seperti terlihat pada tabel berikut :

Tabel.1 Nukleosida Penyusun Asam Nukleat

Monomer Asam Nukleat
Ribonukleosida

Nama Trivial

Nama sistematis

Ribosa + basa adenin

Adenosin

Adenin nukleosida

Ribosa + basa guanin

Guanosin

Guanin nukleosida

Ribosa + basa urasil

Uridin

urasil nukleosida

Ribosa + basa sitosin

Sitidin

Sitosin nukleosida

Deoksiribonukleosida

Deoksi-adenosin

Deoksi-Adenin nukleosida

Deoksiribosa+ basa adenin

Deoksi-guanosin

Deoksi-Guanin nukleosida

Deoksiribosa+ basa guanin

Deoksi- sitidin

Deoksi- Sitosin nukleosida

Deoksiribosa + basa sitosin

Deoksi-timidin

Deoksi-Timin nukleosida

Deoksiribosa + basa timin

Nukleosida dalam bentuk bebas ada memiliki fungsi penting bagi
kesehatan contohnya, puromisin yang berfungsi sebagai antibiotik yang
menghambat sintesis protein ( dihasilkan oleh streptomyces). Arabinosil sitosin
dan arabinosil adenin sebagai anti virus dan anti jamur.
Nukleotida terdapat sebagai molekul bebas atau berikatan dengan dengan
sesama nukleotida membentuk asam nukleat. Contohnya dapat dilihat dalam tabel
berikut:
Tabel.2 Mononukleotida Penyusun Asam Nukleat DNA dan RNA
Basa

Nama Ribonukleotida (RNA)

Nama deoksiribonukleotida (DNA)

Nitrogen
Adenin (A) Adenosin 5-monofosfat (AMP)

Deoksi

Guanin (G) Guanosin 5-monofosfat (GMP)

(dAMP)

Timin (T)

-------------------

Deoksi

Sitosin (C)

Sitidin 5-monofosfat (CMP)

(dGMP)

Urasil (U)

Uridin 5-monofosfat (UMP)

Deoksi

Adenosin

5-monofosfat

Guanosin

5-monofosfat

Timidin

5-monofosfat

(dTMP)
Deoksi Sitidin 5-monofosfat (dCM
Beberapa nukleotida yang mempunyai fungsi penting dalam sel misalnya
Adenosin 5 monofosfat (AMP), Adenosin 5 difosfat (ADP) dan Adenosin 5-

trifosfat (ATP) yang berperan penting dalam transfer gugus fosfat untuk menerima
dan mengantar energi.

Gambar 1. Struktur AMP, ADP dan ATP

Nukleotida lain yang berbentuk siklik seperti Adenosin 3-5-siklik
monofosfat ( AMP-siklik atau cAMP) berperan sebagai kurir sekunder dalm
mengendalikan metabolisme hormon adrenalin. Nukleotida bebas lain adalah
guanosin siklik monofosfat ( GMP siklik = cGMP ) yang diduga berfungsi sebagai
penghambat enzim yang dirangsang oleh cAMP. Selain itu diketahui beberapa
trifosfonukleotida selain ATP yang berperan dalam berbagai reaksi dalam sel.
Misalnya CTP (Sitidin 5- trifosfat) terlibat dalam biosintesis fosfolipid, UTP
berperan dalam biosintesis berbagai senyawa karbohidrat. CTP dan UTP juga
digunakan dalam biosintesis RNA dan DNA.
2.2

Jenis Asam Nukleat

Asam nukleat dalam sel ada dua jenis yaitu DNA (deoxyribonucleic acid )

atau asam deoksiribonukleat dan RNA (ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat.
Baik DNA maupun RNA berupa anion dan pada umumnya terikat oleh protein
dan bersifat basa. Misalnya DNA dalam inti sel terikat pada histon. Senyawa
gabungan antara protein dan asam nukleat disebut nucleoprotein. Molekul asam
nukleat merupakan polimer seperti protein tetapi unit penyusunnya adalah
nukleotida. ATP adalah salah satu contoh nukleotida asam nukleat bebas yang
berperan sebagai pembawa energi.
2.3
9

Fungsi Asam Nukleat

DNA mengandung gen, informasi yang mengatur sintesis protein dan

RNA. DNA mengandung bagian-bagian yang menentukan pengaturan ekspresi
gen (promoter, operator, dan lain-lain.). Ribosomal RNA (rRNA) merupakan
komponen dari ribosom, mesin biologis pembuat protein Messenger RNAs
(mRNA) merupakan bahan pembawa informasi genetik dari gen ke ribosom.
Transfer RNAs (tRNAs) merupakan bahan yang menterjemahkan informasi dalam
mRNA menjadi urutan asam amino RNAs memiliki fungsi-fungsi yang lain, di
antaranya fungsi-fungsi katalis. Asam nukleat merupakan molekul raksasa yang
memiliki fungsi khusus yaitu, menyimpan informasi genetik dan menerunkannya
kepada keturunanya. Susunan asam nukleat yang menentukan apakah mahluk itu
menjadi hewan , tumbuhan, maupun manusia. Begitu pula susunan dalam sel,
apakah sel itu menjadi sel otot maupun sel darah.
Beberapa fungsi penting asam nukleat adalah menyimpan, menstransmisi,
dan mentranslasi informasi genetik; metabolisme antara(intermediary metabolism)
dan reaksi-reaksi informasi energi; koenzim pembawa energi; koenzim pemindah
asam asetat, zat gula, senyawa amino dan biomolekul lainnya; koenzim reaksi
oksidasi reduksi.
Peranan dari DNA dan RNA sebagai bahan keturunan memberikan suatu
kontras yang menarik dalam hal fungsi biologis dari dua kelas makromolekul ini.
RNA memperlihatkan keragaman biomolekul yang biasa dengan memiliki fungsi
selular dan viral yang khas. Di pihak lain , DNA merupakan contoh yang jarang
dari suatu makromolekul yang melakukan fungsi tunggal yang sama dalam virus,
prokariota, dan eukariota. Sebagai pembawa informasi genetika dari semua
system selular , DNA mempertahankan kemurnian fungsi sepanjang evolusi
biologi. Pemanfaatan yang menguntungkan dari DNA oleh alam untuk
melestarikan spesies tampaknya tidak memungkinkan untuk beragam fungsi dari
makromolekul ini.
2.4

Sifat Asam Nukleat

Asam nukleat memiliki beberapa sifat yang dilihat dari hal yang

mempengaruhinya. Hal tersebut adalah sebagai berikut :

1.

10

Stabilitas asam nukleat

Ketika melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau struktur

sekunder RNA, sepintas akan terlihat bahwa struktur tersebut menjadi stabil
karena adanya ikatan hidrogen. Ikatan hidrogen di antara pasangan-pasangan basa
hanya akan sama kuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa dan molekul air
apabila DNA berada dalam bentuk rantai tunggal. Jadi, ikatan hidrogen jelas tidak
berpengaruh terhadap stabilitas struktur asam nukleat, tetapi hanya sekedar
menentukan spesifitas perpasangan basa.
Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi penempatan
(stacking interactions) antara pasangan-pasangan basa. Permukaan basa yang
bersifat hidrofobik menyebabkan molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela
perpasangan basa sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat.
2.

Pengaruh asam
Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO 4 dengan suhu lebih

dari 100C, asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi

komponen-komponennya. Namun, di dalam asam mineral yang lebih encer, hanya
ikatan glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga asam
nukleat dikatakan bersifat apurinik.
3.

Pengaruh alkali
Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya

perubahan status tautomerik basa. Sebagai contoh, peningkatan pH akan

menyebabkan perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat
karena molekul tersebut kehilangan sebuah proton. Selanjutnya, perubahan ini
akan menyebabkan terputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya
rantai ganda DNA mengalami denaturasi. Hal yang sama terjadi pula pada RNA.
Bahkan pada pH netral sekalipun, RNA jauh lebih rentan terhadap hidrolisis bila
dibadingkan dengan DNA karena adanya gugus OH pada atom C nomor 2 di
dalam gula ribosanya.
4.

Denaturasi kimia
Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam

nukleat pada pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH 2)2) dan
formamid (COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif tinggi, senyawa-senyawa

11

tersebut dapat merusak ikatan hidrogen. Artinya, stabilitas struktur sekunder asam
nukleat menjadi berkurang dan rantai ganda mengalami denaturasi.
5.

Viskositas
DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi

karena diameternya hanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat mencapai

beberapa sentimeter. Dengan demikian, DNA tersebut berbentuk tipis memanjang.
Selain itu, DNA merupakan molekul yang relatif kaku sehingga larutan DNA akan
mempunyai viskositas yang tinggi. Karena sifatnya itulah molekul DNA menjadi
sangat rentan terhadap fragmentasi fisik. Hal ini menimbulkan masalah tersendiri
ketika kita hendak melakukan isolasi DNA yang utuh.
6.

Kerapatan apung
Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan

apung (bouyant density)-nya. Di dalam larutan yang mengandung garam pekat

dengan berat molekul tinggi, misalnya sesium klorid (CsCl) 8M, DNA
mempunyai kerapatan yang sama dengan larutan tersebut, yakni sekitar 1,7
g/cm3. Jika larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat tinggi, maka
garam

CsCl

yang

pekat

akan

bermigrasi

ke

dasar

tabung

dengan

membentuk gradien kerapatan. Begitu juga, sampel DNA akan bermigrasi menuju
posisi

gradien

yang

sesuai

dengan

kerapatannya.

Teknik

ini

dikenal

sebagai sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan (equilibrium density

gradient centrifugation) atau sentrifugasi isopiknik.
Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada di
dasar tabung dan protein akan mengapung, maka DNA dapat dimurnikan baik dari
RNA maupun dari protein. Selain itu, teknik tersebut juga berguna untuk
keperluan analisis DNA karena kerapatan apung DNA () merupakan fungsi linier
bagi kandungan GC-nya. Dalam hal ini, = 1,66 + 0,098% (G + C).
2.5

Bentuk Asam Nukleat

Di alam, asam nukleat di temukan dalam 2 bentuk, yaitu :

1.
2.

Asam deoksiribosa nukleat (DNA)

Asam ribosa nukleat (RNA)

12

2.5.1

DNA
DNA (deoxyribose nucleic acid) merupakan komponen penyusun

kehidupan. Zat inilah yang membuat lebah adalah seekor lebah dan kanguru
adalah kanguru. DNA adalah apa yang membuat tiap-tiap individual (apapun jenis
dan spesiesnya) unik. DNA terdapat pada semua organisme hidup dari mulai
bakteri terkecil sampai ikan paus raksasa. Molekul ini tidak hanya menentukan
sifat fisik, seperti warna rambut dan warna mata, tapi juga kemungkinan penyakit
yang dimiliki. DNA adalah material pembawa sifat yang dapat ditemukan pada
sel. Ia menyediakan instruksi untuk membuat, menjaga, dan mengatur kerja sel
dan organisme.
Asam

ini

adalah

polimer

yang

terdiri

atas

molekul-molekul

deoksiribonukleotida yang terikat satu sama lain sehingga membentuk rantai

polinukleotida yang panjang. Molekul DNA yang panjang ini terbentuk oleh
ikatan antara atom C nomor 3 dengan atom C nomor 5 pada molekul deoksiribosa
dengan perantaraan gugus fosfat.
Secara kimia DNA mengandung karakteristik/sifat sebagai berikut:
1. Memiliki gugus gula deoksiribosa.
2. Basa nitrogennya guanin (G), sitosin (C), timin (T) dan adenin (A).
3. Memiliki rantai heliks ganda anti paralel
4. Kandungan basa nitrogen antara kedua rantai sama banyak dan berpasangan

Pada tahun 1953, berdasarkan hasil penelitian dari Rosalind Franklin,

James Watson and Francis Crick, DNA diketahui berbentuk double helix. Terdiri
dari dua pita yang berpilin menjadi satu. Double helix terdiri dari dua rantai, satu
berwarna biru, dan satunya kuning. Contoh helix misalnya pada rajutan tali,
seperti pada gambar sebelah kanan.
13

Interaksi

ikatan

hidrogen

antara

masing-masing

basa

nitrogen

menyebabkan bentuk dari dua rantai DNA menjadi sedemikian rupa, bentuk ini
disebut double helix. Interaksi spesifik ini terjadi antara basa A dengan T, dan C
dengan G. Sehingga jika double helix dibayang kan sebagai sebuah tangga spiral,
maka ikatan basa-basa ini sebagai anak tangga-nya. Lebar dari anak tangga
adalah sama, karena pasangan basa selalu terdiri dari satu primidin dan satu purin.

2.5.2

RNA
Asam ribonukleat adalah salah satu polimer yang terdiri atas molekul-

molekul ribonukleotida. Seperti DNA, asam ribonukleat ini terbentuk oleh adanya
ikatan antara atom C nomer 3 dengan atom C nomer 5 pada molekul ribosa
dengan perantaraan gugus fosfat.
Meskipun banyak persamaannya dengan DNA , RNA mempunyai
beberapa perbedaan dengan DNA yaitu :
1. Bagian pentosa RNA adalah ribosa, sedangkan bagian pentosa DNA adalah
deoksiribosa.
2. Bentuk molekul DNA adalah heliks ganda. Bentuk molekul RNA bukan
heliks ganda, tetapi berupa rantai tunggal yang terlipat sehingga menyerupai
rantai ganda.

14

3. RNA mengandung basa Adenin, Guanin dan Sitosin seperti DNA , tetapi
tidak mengandung Timin. Sebagai gantinya, RNA mengandung Urasil. Dengan
demikian bagian basa pirimidin RNA berbeda dengan bagian basa pirimidin
DNA.
4. Jumlah Guanin adalah molekul RNA tidak perlu sama dengan Sitosin,
demikian pula jumlah adenin tidak harus sama dengan Urasil.
5. Ada 3 macam RNA, yaitu tRNA (transfer RNA), mRNA (messenger RNA) dan
rRNA (ribosomal RNA). Ketiga macam RNA ini mempunyai fungsi yang
berbeda-beda, tetapi ketiganya secara bersama-sama mempunyai peranan
penting dalam sintesis protein.
2.6

Tingkatan Struktur Asam Nukleat

2.6.1

Gula Pentosa
Rangka utama untai DNA terdiri dari gugus fosfat dan gula yang

berselang-seling. Gula pada DNA adalah gula pentosa (berkarbon lima), yaitu 2deoksiribosa. Dua gugus gula terhubung dengan fosfat melalui ikatan fosfodiester
antara atom karbon ketiga pada cincin satu gula dan atom karbon kelima pada
gula lainnya. Salah satu perbedaan utama DNA dan RNA adalah gula
penyusunnya; gula RNA adalah ribosa.
DNA terdiri atas dua untai yang berpilin membentuk struktur heliks ganda.
Pada struktur heliks ganda, orientasi rantai nukleotida pada satu untai berlawanan
dengan orientasi nukleotida untai lainnya. Hal ini disebut sebagai antiparalel.
Masing-masing untai terdiri dari rangka utama, sebagai struktur utama, dan basa
nitrogen, yang berinteraksi dengan untai DNA satunya pada heliks. Kedua untai
pada heliks ganda DNA disatukan oleh ikatan hidrogen antara basa-basa yang
terdapat pada kedua untai tersebut. Empat basa yang ditemukan pada DNA adalah
adenina (dilambangkan A), sitosina (C, dari cytosine), guanina (G), dan timina
(T). Adenina berikatan hidrogen dengan timina, sedangkan guanina berikatan
dengan sitosina. Segmen polipeptida dari DNA disebut gen, biasanya merupakan
molekul RNA.
2.6.2

15

Gula ribosa

Gula dalam asam nukleat adalah jenis gula aldopentosa yakni Ribosa,,bisa
dilihat struktur pada gambar. struktur Hawort (siklik)nya menunjukkan posisi
beta-Furanosa (beta untuk posisi OH yang diatas, Furanosa untuk siklik dari 5
atom karbon).perhatikan untuk C2 nya, disitulah letak perbedaan dari tiap jenis
asam nukleat (DNA & RNA). untuk RNA sama seperti gambar tadi, namun untuk
DNA agak sedikit berbeda, dimana pada atom C2 nya kehilangan atom O nya
sehingga yang ada hanya subtituen H nya saja, itulah dinamakan gula
DEOKSIribosa.
2.6.3

Basa Nitrogen
Basa nitrogen seperti yang kita tau adalah Purin dan Pirimidin, berasal dari

senyawa heterosiklik yang terdiri dari 2 gabungan siklik (namanya bisiklik).

sedangkan Pirimidin juga termasuk dalam snyawa heterosiklik, namun pirimidin
ini berasal dari turunan Piridin yang ditambahkan 1 atom N (kalo piridin hanya 1
atom N nya). Purin punya turunan lagi, yakni Adenin dan guanin yang berbeda
dari strukurnya, begitu juga pirimidin yang terdiri dari timin, uracil, dan sitosi.
Masing-masing basa purin dan pirimidin akan saling berpasangan, seperti
adenin akan selalu berpasangan dengan timin pada DNA dan dengan Uracil pada
RNA. sedangkan guanin "setia"dengan sitosin baik di DNA maupun RNA.,hal ini
karena mereka sudah berjodoh satu sama lain, dalam hal ini masing-masing
pasangan akan saling membentuk kestabilan oleh adanya ikatan hidrogen yang
menghubungkan keduanya. dan juga sdh ada enzim2 tertentu yang bekerja pada
masing2 jenis asam nukleat, sehingga bila pasangannya "tertukar" enzim yang
bekerja secara otomatis akan berhenti. 3. Gugus fosfat Inilah yang menentukan
sifat asam pada asam nukleat
Kotak ungu pada gambar menunjukan fosfat,pada keadaan netral, ia akan
sangat mudah melepaskan protonnya. makin mudah melepaskan protonnya,
semakin asam. sehingga disebut juga sebagai anion asam kuat. Gambar ikatannya
Fosfatnya, berikatan dengan atom C5 nya, dan atom C3 dari nukleotida
sebelumnya atau sesudahnya. ini disebut sebagai ikatanfosfodiester, dimana ikatan
ini menghubungkan nukleotida 1 dengan lainnya. Nukleotida adalah unit molekul

16

dari asam nukleat yang terdiri dari fosfat, basa N, dan gula. nukleosida adalah unit
molekul as. nukleat yang terdiri dari gula dan basa N saja. untuk Basa N, pada
Purin akan berikatan pada atom N9 nya dengan atom C1 dari gula. sedangkan
Pirimidin berikatan pada N1 nya dengan atom C1 pada gula dengan membentuk
ikatan N-glikosida (nukleosida).gambarnya.
pada ujung atas, berakhir pada C5 dan ujung bawah berakhir pada C3. Ini
berguna dalam penulisan sekuensing asam nukleat itulah disebut sebagai ujung 5'3'. Merupakan struktur RNA karena hanya terdiri dari 1 rantai saja, kalau yang
rantai ganda seperti DNA, berarti 2 rantai yang dihubungkan dengan ikatan
hidrogen.
Pasangan adenin timin hanya 2 rangkap ikatan hidrogen, karena pada
strukturnya tidak memungkinkan untuk membentuk 3 rangkap seperti pasangan
guanin sitosin. Dari jaraknya antara O dan H apada pasangan adenin timin, sangat
jauh. sehingga tidak memungkinkan adanya interaksi.Dobel heliksnya.
Untaian yang saling melilit ini, menyumbangkan kestabilan dan
memperdekat jarak (rise) antara pasang2 basanya, sehingga bisa menjadi
utuh,untaian ganda ini juga disusun secara anti paralel, pada rantai 1 dari 5'-3' dan
rantai 2 dari 3'-5'.
2.6.4

Nukleotida dan Nukleosida

Molekul nukleotida terdiri atas nukleosida yang mengikat asam fosfat.

Molekul nukleosida terdiri atas pentosa ( deoksiribosa atau ribose ) yang mengikat
suatu basa (purin atau pirimidin). Jadi apabila suatu nukleoprotein dihidrolisis
sempurna akan dihasilkan protein, asam fosfat, pentosa dan basa purin atau
pirimidin. Rumus berikut ini akan memperjelas hasil hidrolisis suatu
nukleoprotein.
Pentosa yang berasal dari DNA ialah deoksiribosa dan yang berasal dari RNA
ialah ribose. Adapun basa purin dan basa pirimidin yang berasal dari DNA ialah
adenin,sitosin dan timin. Dari RNA akan diperoleh adenin,guanin, sitosin dan
urasil.

17

Urasil terdapat dalam dua bentuk yaitu bentuk keto atau laktam dan bentuk
enol atau laktim. Pada pH cairan tubuh, terutama urasil terdapat dalam entuk keto.
Nukleosida terbentuk dari basapurin atau pirimidin dengan ribose atau
deoksiribosa. Basa purin atau pirimidin terikat padapentosa oleh ikatan
glikosidik,yaitu pada atom karbon nomor 1. Guanosin adalah suatu nukleosida
yang terbentuk dari guanin dengan ribosa. Pada pengikatan glikosidik ini sebuah
molekul air yang dihasilkan terjadi dari atom hidrogen pada atom N-9 dari basa
purin dengan gugus OH pada atom C-1 dari pentosa. Untuk basa pirimidin,gugus
OH pada atom C-1berikatan dengan atom H pada atom N-1.
Pada umumnya nukleosida diberi nama sesuai dengan nama basa purin
atau basa pirimidin yang membentuknya. Beberapa nukleosida berikut ini ialah
yang membentuk dari basa purin atau dari basa pirimidin dengan ribosa ;
1.
2.
3.
4.
5.

Adenin nukleosida atau Adenosin

Guanin nukleosida atau Guanosin
Urasil nukleosida atau Uridin
Timin nukleosida atau Timidin
Sitosin nukleosida atau Sitidin
Apabila pentose yang diikat oleh deoksiribosa,maka nama nukleosida

diberi tambahandeoksi di depanya.Sebagai contoh deoksiadinosin,deoksisitidin

dan sebagainya. Disamping lima jenis basa purin atau basa pirimidin yang biasa
terdapat pada asam nukleat, ada pula beberapa basa purin dan basa pirimidin lain
yang membentuk nukleosida.Hipoksantin dengan ribosa akan membentuk
hipoksantin nukleosida atau inosin. DNA pada bakteri ternyata mengandung
hidroksimetilsitosin.
Demikian pula tRNA (transfer RNA) mengandung derivat metal basa
purin atau basapirimidin, misalnya 6-N-dimetiladenin atau 2-N dimetilguanin.
Dalam alam nukleosida terutama terdapat dalam bentuk ester fosfat yang disebut
nukleotida. Nukleotida terdapat sebagai molekul bebas atau berikatan dengan
sesama nukleotida membentuk asam nukleat.Dalam molekul nukleotida gugus
fosfat terikat oleh pentosa pada atom C-5.
Beberapa nukleotida lain ialah sebagai berikut :
1. Adenin nukleotida atau Adenosinmonofosfat (AMP)(asam adenilat)
2. Guanin nukleotida atau Guanosinmonofosfat (GMP)(asam guanilat)
18

3.
4.
5.
6.

Hipoksantin nukleosida atau Inosinmonofosfat (IMP)(asam inosinat)

Urasil Nukleotida atau Uridinmonofosfat (UMP) (asam uridilat)
Sitidin nukleotida atau Sitidinmonofosfat (SMP)(asam sitidilat)
Timin nukleotida atau Timidinmonofosfat (TMP)(asam timidilat)
Pentosa yang terdapat dalam molekul nukleotida pada contoh diatas ialah

ribosa. Apabila pentosanya deoksiribosa, maka ditambah deoksi di depan nama

nukleotida tersebut misalnya deoksiadenosin-monofosfat atau disingkat dAMP.
Ada beberapa nukleotida yang mempunyai gugus fosfat lebih dari 1 misalnya
adenosintrifosfat dan uridintrifosfat, kedua nukleotida ini mempunyai peranan
penting dalam reaksi-reaksi kimia dalam tubuh.
Pada rumus molekul ATP dan UTP, ikatan antara gugus-gugus fosfat diberi
tanda yang khas. Pada proses hidrolisis ATP akan melepaskan gugus fosfat dan
terbentuk adenosindifosfat (ADP). Pada hidrolis ini ternyata dibebaskan energy
yang cukup besar yaitu 7.000 kal/mol ATP.Oleh karena itu ikatan antara gugus
fosfat dinamakan ikatan berenergi tinggi dan diberi tanda ~ . Dalam tubuh,ATP
dan UTP berfungsi sebagai penyimpan energi yang diperoleh dariproses oksidasi
senyawa-senyawa dalam makanan kita untuk kemudian dibebaskan apabila energi
tersebut diperlukan.
2.7

Sintesis RNA dan DNA

Asam nukleat tersusun atas monomer-monomer berupa nukeotida, yang

masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah gula pentosa, dan sebuah
basa N. dengan demikian, setiap nukeotida pada asam nukleat dapat dilihat
sebagai nukleosida monofosfat. Namun, pengertian nukleotida secara umum
sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau ebih gugus fosfat. Sebagai
contoh, molekul ATP (adenosine trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan
nukleosida dengan tiga gugus fosfat.
Nukleosida terdiri atas nukleosida purin dan nukleosida purimidin.
Nukleosida purin merupakan kelompok nukleosida yang mengandung basa purin,
sedangkan

nukleosida

pirimidin

merupakan

kelompok

nukleosida

yang

mengandung basa piimidin. Jika gula pentosanya adalah ribose seperti halnya
pada RNA, maka nukleosidanya dapat berupa adenosine, guanosin, sitidin, dan

19

uridin. Begitu pula, nukleotidanya akan ada empat macam, yaitu adenosine
monofosfat, guanosin monofosfat, sitidin monofosfat, dan uridin monofosfat.
Sementara itu, jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya DNA,
maka nukleosidanya terdiri atas deoksiguanosin, deoksisitidin, dan deoksitimin.
Urutan nukleotida spesifik di sepanjang DNA menandai dimana transkripsi
suatu gen dimulai dan diakhiri. Transkripsi terdiri dari 3 tahap yaitu: inisiasi
(permulaan), elongasi (pemanjangan), terminasi (pengakhiran) rantai mRNA.
1.
Inisiasi
Daerah DNA di mana RNA polimerase melekat dan mengawali
transkripsi disebut sebagai promoter. Suatu promoter menentukan di mana
transkripsi dimulai, juga menentukan yang mana dari kedua untai heliks DNA
yang digunakan sebagai cetakan.
2.
Elongasi
Saat RNA bergerak di sepanjang DNA, RNA membuka pilinan heliks
ganda DNA, sehingga terbentuklah molekul RNA yang akan lepas dari cetakan
DNAnya.
3.
Terminasi
Transkripsi berlangsung sampai RNA polimerase mentranskripsi urutan
DNA yang disebut terminator. Terminator yang ditranskripsi merupakan suatu
urutan RNA yang berfungsi sebagai sinyal terminasi yang sesungguhnya. Pada sel
prokariotik, transkripsi biasanya berhenti tepat pada akhir sinyal terminasi; yaitu,
polimerase mencapai titik terminasi sambil melepas RNA dan DNA. Sebaliknya,
pada sel eukariotik polimerase terus melewati sinyal terminasi, suatu urutan
AAUAAA di dalam mRNA. Pada titik yang lebih jauh kira-kira 10 hingga 35
nukleotida, mRNA ini dipotong hingga terlepas dari enzim tersebut.

2.7.1

Sintesis Nukleotida Purin

Nukleosida purin terdiri atasatas AMP (Adenosin Monofosfat) dan GMP

(Guanosin Monofosfat). AMP adalah ester dari asam fosfat dan nukleosida yang
disebut adenosin. AMP terdiri dari gugus fosfat, gula ribose dan adenin
nucleobase.Adapun GMP adalah ester dari asam fosfat dengan nukleosida
guanosin. GMP terdiri dari gugus fosfat, yaitu gula pentose ribosa dan guanin

20

nucleobase, karena itulah disebut monofosfat ribonucleosida.AMP dan ADP

disintesis dari IMP (Inosin Monofosfat).
a.

Pembentukan IMP
Inosin monofosfat disintesis melalui jalur de Novo dengan menggunakan

ribose-5-fosfat dan enzim PRPP-sintetase menghasilkan

phosphoribose-1-

pyrophosphate (PRPP).

b.

Konversi IMP menjadi AMP dan GMP

IMP dikonversi menjadi baik AMP atau GMP oleh jalur berbeda. IMP

dikonversikan menjadi AMP dengan mereaksikan IMP dengan asam amino

aspartat dan fumarat. Adapun IMP dikonvesikan menjadi GMP dengan
menggunakan asam amino glutamine dan glutamate.
-

Pembentuan AMP dari IMP

Pembentuan GMP dari IMP

21

2.7.2

Sintesis Nukleotida Pirimidin

Nukleotida pirimidin terdiri atas UMP (Uridin Monofosfat), CTP (Sitidin

Monofosfat), dan TMP (Timidin Monofosfat). Sintesis nukleotida pirimidin

dimulai dari pembentuan carbamoyl phosphate dan glutamate dari glutamine.
Selanjutnya carbamoyl phosphate ini yang akan diubah menjadi UMP, CTP, dan
TMP. Carbamoyl phosphate bereaksi dengan aspartat membentuk senyawa
Orotate. Senyawa orotate sellanjutnya bergabung dengan PPRP menghasilkan
Oritidin Monofosfat dan reaksi lebih lanjut akan menghasilkan Uridin Monofosfat
(UMP). Untuk menghasilkan CTP, UMP diubah terlebih dahulu menjadi UTP dan
kemudian diraksikan dengan glutamine hingga menghasilkan CTP dan glutamate.
Adapun pembentukan TMP dilakukan oleh enzim timidilate sintetase sehingga
UMP terkonversi menjadi TMP. Berikut adalah reaksi-reaksinya.
-

Reaksi pembentukan carbamoyl phosphate

Reaksi pembentukan senyawa Orotate

Reaksi pembentukan UMP

22

Reaksi pembentukan CTP

UMP + ATP <--> UDP + ADP

UDP + ATP <--> UTP +

ADP
(nucleoside monophosphate kinase)

(nucleoside

diphosphate

kinase)

Reaksi pembentukan TMP

Nukleotida-nuleotida yang terbentuk inikemudian akan disintesis menjadi

DNA atau RNA. Dalam RNA primidin selalu sitosin dan urasil, dalam DNA
primidin selalu sitosin dan timin. Selanjutnya DNA dan RNA yang terbentuk akan

23

mengalami elongasi (pemanjangan/polimerisasi) dan berhenti pada tahap

terminasi.
2.8

Katabolisme Asam Nukleat

Katabolisme adalah reaksi penguraian senyawa kompleks menjadi

senyawa yang lebih sederhana dengan bantuan enzim. Tahapan katabolisme asam
nukleat yaitu berturut-turut menjadi nukleotida, nuleosida, purin, pirimidin, dan
asam urat.
2.8.1

Katabolisme Asam Nukleat Menjadi Nukleotida

Asam-asam

nukleat

terdapat

pada

jaringan

tubuh

sebagai

nukleoprotein.Nukleoprotein dalam pencernaaan akan dipecah jadi molekul yang

lebih kecil yaitu asam nukleat dan protein. Asam nukleat dan protein selanjutnya
terpisah ke jalur metabolism masing-masing. Asam nukleat yang tersusun atas
monomer-monomer

berupa

nukleotida

dipecah

sehingga

menghasilkan

nukleotida.

2.8.2

Katabolisme Nukleotida Menjadi Nukleosida

Nukleosida merupakan sebutan dari nukleotida tanpa gugus fosfat. Dengan

demikian, nukleosida tersusun dari gula ribosa/deoksiribosa dan basa nitrogen.

Tahapan penguraian nukleotida menjadi nukleosida adalah sebagai berikut.

Di dalam usus halus terjadi pemutusan ikatan fosfodiester oleh endonuklease

(pankreas) menghasilkanoligonukleotida.
Oligonukleotida dipecah lebih lanjut oleh fosfodiesterase menghasilkan

monofosfat.
Kemudian dipecah lebih lanjut oleh nukleotidase menghasilkan nukleosida and
orthophosphate.Nukleosida yang terbentuk adalah Sitidin, Uridin, Adenosin,
dan Guanosin

24

2.8.3

Katabolisme Purin Menjadi Asam Urat

Nukleosida purin yang dihasilkan dari degradasi nukleotida akan

terdegradasi lebih lanjut menghasilkan asam urat yang selanjutnya diekskresikan

dalam urin. Proses pembentukan asam urat dapat melalui dua jalur. Pertama,
Tahap penguraian nukleosida purin menjadi asam urat dimulai dari proses
deaminasi

adenosine

menjadi

inosin,

kemudian

membelah

membentuk

hipoxantin. Hipoxantin dioksidasi menjadi xantin dan selanjutnya xantin diubah

menjadi asam urat. Kedua, tahap yang dimulai dari guanosin. Guanosin diubah
menjadi guanine yang selanjutnya dideaminasi menghasilkan xantin. Langkah
selanjutnya, xantin dioksidasi menjadi asam urat. Berikut adalah reaksi
penguraian nukleosida menjadi asam urat.

2.8.4

Katabolisme Pirimidin
Pada katabolisme pirimidin terjadi reaksi-reaksi sebagai berikut.

25

1. Konversi sitidin menjadi uridin oleh enzim sitidin deaminase

2. Fosforilasi deoksitimidin menjadi timin dan deoksiribosa-1-fosfat

2.9

Teknik-Teknik Rekombinasi Untuk Tujuan Pemuliaan Ikan

Pemuliaan ikan merupakan kegiatan untuk menghasilkan ikan unggul

melalui perbaikan sifat yang terukur. Pemuliaan dapat dilakukan dengan melalui
cara atau proses seleksi, Prinsip dasar dari seleksi adalah mengeksploitasi sifat
aditif dari allela-allela pada semua lokus yang mengontrol sifat terukur untuk
memperbaiki suatu stain ikan (Gustiano et al.,1999 dalam Kristanto dan Eni,
2007).
Salah satu pemuliaan ikan dapat dilakukan dengan recombinasi gen.
Pengertian dan arti definisi rekombinasi gen adalah merupakan penggabungan
beberapa gen induk jantan dan betina ketika pembuahan ovum oleh sperma yang
menyebabkan adanya susunan pasangan gen yang berbeda dari induknya.
Akibatnya adalah lahirnya varian spesies baru. Ilmu ini mempelajari berbagai
aspek yang menyangkut pewarisan sifat dan variasi sifat pada organisme maupun
suborganisme (seperti virus dan prion).
Transgenik atau teknologi DNA rekombinan (rDNA) merupakan rekayasa
genetik yang memungkinkan kombinasi ulang (rekombinasi) atau penggabungan
ulang gen dari sumber yang berbeda secara in vitro. Definisi transgenik pada ikan
atau hewan ternak pada umumnya adalah memasukkan DNA rekombinan yang
telah dikendalikan ke dalam genom, sehingga DNA yang dimasukkan ini dapat
26

mengembangkan salah satu aspek dari produktivitas, juga DNA dan efeknya dapat
diturunkan kepada anaknya.
Rekombinasi adalah suatu proses dimana terbentuk kombinasi baru
karakter kultivan yang muncul dalam hereditas, yang disebabkan oleh pertukaran
materi genetic indukan seperti proses terbentuknya Karakter Baru dari kultivan
strain baru dapat ditingkatkan melalui kegiatan seleksi dan isolasi, sehingga
memiliki keunggulan yang lebih baik dari indukannya dan proses pembentukan
karakter tersebut dalam bentuk rekombinasi materi genetik sehingga, rekombinasi
menjadi fase penting dalam setiap program breeding. Breeder dalam program
memacu rekombinasi, beresiko memperoleh hasil yang tidak diharapkan (lebih
buruk dari indukannya) yang artinya akan menghasilkan benih-benih yang lebih
baik dari sebelumnya.
Rekombinasi yang terjadi dalam 1 (satu) siklus breeding tergantung
beberapa faktor genetik seperti : parent relationship, breeding system dan ukuran
populasi. Bidang kajian genetika dimulai dari wilayah molekular hingga populasi.
Secara lebih rinci, genetika berusaha menjelaskan hal sebagai berikut :

material pembawa informasi untuk diwariskan (bahan genetik ),

bagaimana informasi itu diekspresikan (ekspresi genetik ), dan

bagaimana informasi itu dipindahkan dari satu individu ke individu yang

lain (pewarisan genetik ).

Teknik baru rekombinan DNA melibatkan pemecahan sel, ekstraksi DNA,

pemurnian dan fragmentasi (pemotongan) selektif DNA dengan menggunakan
enzim sangat spesifik , pemisahan, analisis, pemilihan dan pemurnian fragmen
yang mengandung gen yang diinginkan, pemasukkan hybrid DNA ke dalam suatu
sel terpilih buntuk memproduksi dan sintesis selluler. Adanya materi dasar
kehidupan yang disebut gen yang secara structural disusun oleh DNA dan RNA
yang berfungsi mengatur semua aktivitas kehidupan yang merupakan pijakan
awal dalam mendapatkan suatu individu yang diharapkan melalui teknik
rekombinasi DNA.
Karakteristik genetik tertentu yang dimiliki oleh seekor ikan biasanya
menyatu dengan sejumlah sifat bawaan yang mempengaruhi pertumbuhan seperti
27

kemampuan ikan menemukan dan memanfaatkan pakan yang tinggi, ketahanan

terhadap penyakit dan dapat beradaptasi terhadap perubahan lingkungan yang
luas. Semua hal tersebut akhirnya tercermin pada laju pertumbuhan ikan. Untuk
mencapai hal tersebut, perlu dilakukan usaha-usaha yang mampu menghasilkan
benih ikan unggul seperti tersebut diatas salah satu cara yang dapat dilakukan
adalah dengan rekayasa genetik melalui penerapan teknologi transgenik pada
ikan. Transgenik atau teknologi DNA rekombinan (rDNA) merupakan rekayasa
genetik yang memungkinkan kombinasi ulang (rekombinasi) atau penggabungan
ulang gen dari sumber yang berbeda secara in vitro.
Tujuan dari transgenik ini adalah untuk mendapatkan sifat yang diinginkan
dan peningkatan produksi. Meskipun teknologi transgenik ini memungkinkan
untuk diaplikasikan dalam bidang akuakultur (budidaya perikanan), namun masih
perlu dilakukan penelaahan khusus untuk mengetahui teknologi tersebut.
Dalam perkembangannya, pembentukkan ikan transgenik melalui transfer
DNA contruct dapat dilakukan dengan beberapa metode (Tsai, 2008),
diantaranya adalah :
a.

Teknik mikroinjeksi
Mikroinjeksi Teknik mikroinjeksi yang dikembangakan dari teknik

produksi tikus transgenik merupakan teknik yang umum digunakan dalam

introduksi gen pada ikan. Gen yang akan diintroduksi disuntikan ke sel
mengunakan gelas pipet yang saangat kecil (diameter ujung jarum sekitar 0,05
0,15 mm). Pekerjaan ini dilakukan di bawah mikroskop dengan bantuan sebuah
mikromani-pulator pengatur gerak jarum suntik dan volume larutan DNA yang
akan disuntikkan. Namun demikian, terdapat dua masalah dalam pengaplikasian
teknik ini pada ikan (Yoshizaki 1998 dalamAlimudin et.,al 2003). Masalah
pertama adalah inti telur ikan yang telah dibuahi relatif sulit diidentifikasi
dimikroskop karena ukurannya kecil dan volume sitoplasma besar (Hacket
1993 dalam Alimudin et.,al 2003). Korion telur sangat keras dan sulit ditembus
oleh mikropipet merupakan masalah kedua yang dihadapi pada kan.
b.

28

Elektroforesis

Metode lain yang juga popular digunakan dalam pembuatan ikan

transgenik adalah elektroforesis. Prinsip metode ini adalah membuat reparableholes pada membran sel dengan bantuan aliran listrik yang bergetar (electric
pulse). Sel disuspensikan dalam larutan DNA, dan larutan ini dapat masuk ke sel
melalui lubang yang telah terbentuk. Pada awalnya, metoda ini dikembangkan
untuk kultur sel; namun demikian teknik ini dapat juga diaplikasikan untuk telur
dan sperma ikan. Teknik eletroforesis telah digunakan dalam beberapa spesies
ekonomis penting seperti channel catfish, carp (Powers et al. 1992 dalam
Alimudin et.,al 2003), dan salmon (Sin et al. 1993; Symonds et al. 1994 dalam
Alimudin et.,al 2003). Powers et al. (1992) memproduksi ikan transgenic channel
catfish dan carp dengan melakukan elektroforesis mengguna-kan telur yang telah
dibuahi. Dalam beberapa kasus, tingkat kelangsungan hidup dan transformasi
yang diperoleh dengan elektroforesis tidak setinggi dengan level yang diperoleh
dengan

teknik

mikroinjeksi.

Baru-baru

ini,

laboratorium

kami

telah

mengembangkan teknik elektroforesis ini untuk memperoleh hasil yang lebih baik
dengan menggunakan sperma yang telah direhidrasi (Kang et al. 1999 dalam
Alimudin et.,al 2003).
3. Cell Mediated Gene Transfer
Metode alternatif lainnya adalah transfer gen dengan bantuan sel, atau
dikenal dengan cell mediated gene transfer. Teknik ini merupakan
pengembangan dari metode mikroinjeksi, dengan pertimbangan bahwa untuk
menghasilkan ikan transgenik membutuhkan banyak waktu, biaya, fasilitas dan
tenaga. Dengan mengisolasi sel yang membawa gen yang mengkodekan protein
aktif, sel tersebut dapat disimpan dalam jangka waktu yang cukup lama, dan pada
saat dibutuhkan dapat ditransplantasikan ke ikan resipien. Teknik ini telah berhasil
diaplikasikan ke ikan rainbow trout dengan menggunakan sel bakal gonad
(PGC, primordial germ cell) yang membawa gen GFP (green fluorescent protein).
Dengan menyuntikannya ke embrio ikan rainbow trout, PGC tersebut berkembang
seperti halnya PGC normal lainnya.
2.10

29

Bioteknologi Perikanan

Bioteknologi perikanan adalah bioteknologi yang ditekankan khusus pada

bidang perikanan. Penerapan bioteknologi dalam bidang perikanan sangat luas,
mulai dari rekayasa media budidaya, ikan, hingga pascapanen hasil perikanan.
Pemanfaatan mikroba telah terbukti mampu mempertahankan kualitas media
budidaya sehingga aman untuk digunakan sebagai media budidaya ikan.
Bioteknologi telah menciptakan ikan berkarakter genetis khas yang
dihasilkan melalui rekayasa gen. Melalui rekayasa gen, dapat diciptakan ikan
yang tumbuh cepat, warnanya menarik, dagingnya tebal, tahan penyakit dan
sebagainya. Pada tahap pascapanen hasil perikanan, bioteknologi mampu
mengubah ikan melalui proses transformasi biologi hingga dihasilkan produk
yang bermanfaat bagi kelangsungan hidup manusia. Sudah sejak abad 11, manusia
sebetulnya menggunakan prinsip dasar ini. Pembuatan pangan seperti peda, kecap
ikan, terasi ikan merupakan hasil bioteknologi.
Bioteknologi merupakan penggunaan sistem biologi atau organisme hidup
dalam proses produksi. Bioteknologi memiliki cakupan manfaat yang luas bagi
dunia perikanan dan budidaya ikan. Manfaat tersebut diantaranya, meningkatkan
tingkat pertumbuhan ikan budidaya, meningkatkan nilai gizi pada pakan ikan,
meningkatkan kesehatan ikan,

membantu memperbaiki dan melindungi

lingkungan, memperluas cakupan jenis ikan, meningkatkan pengelolaan dan

konservasi ketersediaan benih di alam. Terdapat beberapa bioteknologi sederhana
yang sudah diterapkan sejak lama seperti pemupukan kolam untuk meningkatkan
ketersediaan pakan. Sedangkan yang lain merupakan teknologi maju yang
memanfaatkan pengetahuan biologi molekul dan genetik seperti rekayasa genetik
dan diagnosa penyakit melalui DNA. Tujuan utama penerapan bioteknologi
genetik pada ikan adalah untuk meningkatkan tingkat pertumbuhan. Namun bisa
juga digunakan untuk meningkatkan daya tahan terhadap penyakit dan
lingkungan. Terdapat beberapa teknik bioteknologi yang sudah diterapkan pada
ikan budidaya.
2.10.1 Pembenihan Selektif

30

Pembenihan selektif, yang merupakan pembenihan ikan secara tradisional,

pertama kali dikembangkan pada ikan mas ribuan tahun yang lalu. Namun sampai
sekarang pembenihan selektif hanya diterapkan pada ikan untuk konsumsi seperti
ikan nila, catfish, dan trout sehingga masih banyak ikan budidaya yang
pembenihannya seperti di perairan umum. Program pembenihan secara selektif
telah memberikan peningkatan hasil dan pendapatan yang setabil contohnya
terdapat peningkatan tingkat pertumbuhan 5-20% pada ikan budidaya seperti
Salmon, Nila dan catfish.
2.10.2 Manipulasi
Manipulasi pada bentuk kromosom merupakan teknik yang bisa digunakan
untuk menghasilkan organisme triploid yaitu organisme dengan tiga bentuk
kromosom dimana biasanya suatu organisme cuma memiliki dua bentuk. Triploid
umumnya tidak bisa bereproduksi sehingga ada pemikiran bahwa energi yang
dimiliki akan sepenuhnya digunakan untuk meningkatkan perkembangan suatu
organisme walaupun belum ada bukti yang menguatkan pemikiran tersebut.
Keuntungan triploid lebih terlihat pada fungsi sterilitasnya meskipun tidak
mencapai 100%. Contohnya, tiram triploid tidak dapat memproduksi gonad
sehingga dapat dipasarkan sepanjang tahun. Hal ini disebabkan produksi gamet
(sel kelamin, ovum atau telur pada betina dan sperma pada jantan) membuat tiram
yang matang gonad memiliki rasa yang tidak enak.
2.10.3 Budidaya Sejenis (monosex culture)
Dalam budidaya perikanan, budidaya sejenis (monosex culture) biasanya
lebih menguntungkan dari pada budidaya lainnya. Sebagai contoh, Ikan sturgeon
betina menghasilkan caviar, ikan nila jantan tumbuh lebih cepat daripada betina,
ikan salmon dan trout betina lebih cepat tumbuh daripada ikan jantan. Produksi
ikan secara monosek memberikan banyak keuntungan dan dapat dilakukan dengan
cara memanipulasi perkembangan gamet dan embrio. Pemanipulasian dilakukan
dalam bentuk denaturalisasi DNA sel kelamin yang dilanjutkan dengan
manipulasi bentuk kromosom atau sex reversal menggunakan hormon dan
tindakan pembenihan.
31

Penggunaan hormon yang tepat dengan ketat dapat merubah sifat fenotip
kelamin ikan. Contohnya, secara genetik ikan nila jantan akan berubah secara fisik
menjadi betina dengan pemberian hormon estrogen. Ikan-ikan jantan ini
dikawinkan dengan ikan jantan alami untuk menghasilkan semua anakan ikan nila
jantan yang tumbuh lebih cepat dan dapat menghindari perkawinan yang tidak
diinginkan yang biasa terjadi pada budidaya nila secara multi-sex. Pada budidaya
ikan nila multi-sex, perkawinan ikan-ikan berukuran kecil sering terjadi dan
menyebabkan kepadatan yang berlebih. Beberapa anakan jantan dari proses ini
memiliki dua kromosom jantan sehingga dapat dijadikan sebagai induk untuk
pembenihan selanjutnya. Manfaat besar dari teknik ini yaitu semua populasi
jantan bisa diproduksi untuk generasi seterusnya tanpa menggunakan hormon.
2.10.4 Hibridasi
Hibridasi merupakan bioteknologi genetik yang semakin mudah dilakukan
dengan berkembangnya teknik pembenihan buatan seperti penggunaan kelenjar
hipopisa atau hormon lainnya yang merangsang perkembangan gamet dan
mendorong pemijahan (pengeluaran telur ikan). Peningkatan pemahaman faktorfaktor lingkungan yang dapat mempengaruhi reproduksi seperti lamanya
penyinaran matahari, suhu atau arus air telah memainkan peranan penting dalam
peningkatan program pembenihan. Sekarang pembudidaya ikan dapat mengatasi
rahasia mekanisme reproduksi ikan secara alami di perairan umum. Hibridasi bisa
digunakan juga untuk menghasilkan anakan satu jenis kelamin (Hibridasi pada
ikan nila Nile dan Nila biru).
2.10.5 Peningkatan Teknologi
Peningkatan

teknologi

reproduksi

ikan

telah

banyak

membantu

pembudidaya dalam usaha membudidayakan ikan. Selain itu, dengan adanya

kemampuan untuk mengatasi kendala alam dan masa memijah, pembudidaya bisa
mengawinkan ikan lebih banyak pada saat-saat nilai jual ikan tinggi dan juga
menjamin ketersediaan ikan di pasar.
2.10.6 Perkembangan Teknologi Transgenik

32

Rekayasa genetik merupakan sebuah istilah yang samar dan pengertiannya

menjadi hampir mirip dengan transgenik (transfer gen) seperti ikan trangenik atau
Modifikasi Organisme secara Genetik (GMOs). Teknologi ini sedang berkembang
dengan cepat dan memungkinkan merubah gen-gen species yang memiliki
keterikatan yang jauh; contohnya, sebuah gen yang menghasilkan protein antibeku telah ditransfer dari ikan laut yang tahan dingin ke buah strawberry. Transfer
gen pada ikan biasanya mencakup gen yang menghasilkan hormon pertumbuhan
dan hal ini telah dibuktikan dengan peningkatan tingkat pertumbuhan yang tinggi
pada ikan mas, catfish, salmom, ikan nila, mudloach,dan trout. Gen anti-beku
yang diterapkan pada tanaman juga diterapkan pada ikan salmon dengan harapan
dapat memperluas pembudidayaan ikan tersebut. Produksi protein gen ini tidak
cukup untuk memperluas jangkauan ikan salmon di perairan dingin tetapi gen ini
memungkinkan salmon untuk terus berkembang selama musim dingin dimana
ikan salmon non-transgenik tidak akan berkembang. Teknologi transgenik saat ini
masih dalam taraf penelitian dan pengembangan; belum ada ikan ataupun tanaman
transgenik yang tersedia untuk dikonsumsi.
Menurut

Sumantadinata

(1988), batasan

dari

bioteknologi

bidang

akuakultur adalah memiliki cakupan yang luas, salah satu yang umum digunakan
adalah suatu kegiatan menerapkan prinsip-prinsip ilmiah dan rekayasa dalam
mengolah bahan dari unsur hayati untuk penyediaan barang dan jasa. Dalam
bidang budidaya ikan hias, khususnya dalam pembenihan, prinsip biologi adalah
sebagai sarana upaya untuk penyediaan induk dan benih ikan hias yang
berkualitas.
Salah satu penyebab rendahnya produksi perikanan Indonesia adalah
kemampuan mengolahnya. Sekitar 20-25 persen produk perikanan tidak dapat
dimanfaatkan karena tidak diolah atau mengalami pembusukan. Ini berarti satu
juta ton ikan terbuang percuma. Beberapa kendala dialami oleh pengusaha
pengolah hasil perikanan untuk menekan persentase ikan yang tidak dapat
dimanfaatkan. Kendala tersebut mulai dari kondisi bahan baku, teknologi
pengolahan, sumberdaya manusia dan tingkat konsumsi ikan.

33

Bioteknologi pengolahan hasil perikanan (BPHP) merupakan cabang dari

bioteknologi pangan yang sudah lama diterapkan oleh masyarakat Indonesia
untuk mengolah hasil perikanan. Beberapa produk yang telah dihasilkan
masyarakat melalui penerapan bioteknologi antara lain peda, kecap ikan,
bekasem, bekasang, terasi dan silase. Meskipun mereka tidak memahami prinsip
ilmiah yang mendasarinya, para pengolah ikan telah memanfaatkan bioteknologi
selama berabad-abad untuk membuat pangan berbahan baku ikan. Secara garis
besarnya BPHP adalah salah satu teknologi untuk mengolah hasil perikanan
menggunakan jasa mahluk hidup, yaitu mikroba. Salah satu sifat mikroba yang
menjadi dasar penggunaan BPHP adalah kemampuannya merombak senyawa
kompleks menjadi senyawa lebih sederhana, sehingga dihasilkan pangan
berbentuk padat, semi padat dan cair.
Mikroba memiliki kemampuan merombak senyawa kompleks (protein,
lemak dan karbohidrat) menjadi senyawa lebih sederhana (asam amino, asam
lemak dan glukosa). Perombakan demikian telah merombak hasil perikanan
menjadi pangan yang aman dikonsumsi manusia. Apabila tidak segera dihentikan,
mikroba akan merombak senyawa sederhana tersebut menjadi ammonia, hidrogen
sulfida, keton dan alkohol. Perubahan tersebut menjadikan pangan tersebut tidak
layak lagi dikonsumsi.

34

BAB III
SIMPULAN DAN SARAN
3.1
3.2

35

Kesimpulan
Saran

DAFTAR PUSTAKA
Fuad, salafy. http://biologi.budisma.net/struktur-dan-fungsi-asam-nukleat.html.
Diakses pada tanggal 6 november 2016 pada pukul 14.22 WIB
Tarigan, Rani Rehulina. (2012). Teknik-teknik Rekombinasi untuk Tujuan
Pemuliaan Ikan. Melalui: http://blog.ub.ac.id/ranitarigan/2012/11/teknikteknik-rekombinasi-untuk-tujuan-pemuliaan-ikan/. Diakses pada tanggal 6
november 2016 pada pukul 14.42 WIB
Octaviani, Martharia. 2012. Bioteknologi dalam budidaya Perikanan dan
Pengembangan. Melalui: http://martharianioctaviani.wordpress.com/2012.
Diakses pada tanggal 6 november 2016 pada pukul 16.12 WIB

36