LAPORAN PRAKTIKUM

BIOKIMIA PERTANIAN
(PNA 2203)

ACARA VI
ASAM NUKLEAT

Oleh:
Kania Nicitta
NIM. A1D018164
Rombongan 9
PJ Asisten: Afidatul Masitoh

KEMENTERIAN RISET, TEKNOLOGI DAN PENDIDIKAN TINGGI

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS PERTANIAN
PURWOKERTO
2019

73
 I. PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Asam nukleat merupakan molekul terbesar yang ditemukan dalam tubuh.

Asam nukelat pertama kali ditemukan dari inti (nukleus) sel oleh ahli biokimia

Swiss Mescher. Asam nukleat merupakan polimer dan satuan pembentuknya

adalah nukleotida. Setiap nukleotida terdri dari gugus fosfat, gula dengan lima

karbon, basa yang mengandung nitrogen.

Asam nukleat memiliki kemampuan unik untuk memproduksi dirinya sendiri

secara langsung sehingga memungkinkan untuk membentuk duplikat dan

mentransmisikan ADN ke seluruh tubuh sel dari suatu generasi ke generasi

berikutnya secara tepat. ADN memberikan pola cetakan untuk protein dan enzim

yang secara langsung mengontrol perkembangan , proses biokimia, anatomi,

fisiologim dan tingkah laku organisme. ADN terdapat dalam semua sel.

Terdapat dua jenis asam nukleat yaitu asam deoksiribonukleat ( DNA ) dan

asam ribonukleat ( RNA ). Asam asam ini adalah molekul yang membuat

organisme hidup dapat memproduksi komponen komponen kompleksnya dari satu

generasi ke generasi berikutnya. DNA dapat mengarahkan sintesis RNA,

mengontrol sintesis protein melalui RNA. DNA adalah materi genetik yang

diwaris organisme dari orangtuanya.

B. Tujuan

Mahasiswa setelah menjalankan praktikum ini diharapkan dapat mengetahui

penampakan asam nukleat dari bagian tanaman.

74
 II. TINJAUAN PUSTAKA

Asam nukleat merupakan senyawa yang mengandung basa nitrogen (struktur

siklik aromatic yang memiliki atom nitrogen). Basa nittogen tersebut merupakan

bagian dari sruktur asam nukleat. Asam nukleat dibangun oleh polimerisasi

nukleotida, yang berfungsi sebagai pusat informasi utama untuk penyimpanan dan

pengambilan informasi tentang urutan polipeptida (Kikuchi, 2010).

Komponen penyusun asam nukleotida yaitu gula basa dan fosfat.

Nukleotida berbeda terhadap satu sama lain bergantung pada jenis gula dan basa

nitrogen yang terkandung didalamnya. Terdapat dua macam gula yaitu gula ribose

dan deoksiribosa. Kelompok gula basa terbagi menjadi purin dan pirimidin. Purin

terdiri dari adenine (A) dan guanine (G), sedangkan pirimidin terdiri atas sitosin

(S), timin (T), dan urasil (U) (Sudjadi dan Siti, 2007).

DNA terdapat dalam inti sel, mitokondria, serta kloroplas, dan berfungsi

sebagai penyusun gen yang menyandikan protein. RNA terdiri atas tiga jenis,

yaitu mRNA (duta RNA), tRNA (transfer RNA), dan rRNA (RNA ribosom).

RNA disintesis dalam inti sel, mitokondria, dan kloroplas, yang selanjutnya

digunakan dalam sintesis protein (Akin, 2010).

Molekul DNA menentukan jenis protein yang disintesis, akan tetapi DNA

bukan cetakan langsung bagi sintesis protein. Cetakan untuk sintesis protein

adalah molekul RNA yang tergolong mRNA, yaitu intermediet pembawa

informasi sintesis protein. Molekul mRNA selain mRNA meliputi tRNA dan

rRNA, yang erupakan salah satu komponen yang diperlukan untuk sintesis protein

75
(Baktir, 2017). Protein adalah pecahan protein susu yang terjadi secara alami,

yang diperlihatkan dalam penelitian yang mempromosikan kekebalan yang kuat.

Pemulihan otot yang efisien dan memperpanjang manfaat secara keseluruhan atas

aktivitas fisik. Protein memberikan sejumlah manfaat unik terhadap para atlit

(Harahap, 2014).

Hibridisasi adalah proses saat pelacak DNA menempel dan berpasangan

dengan DNA atau RNA target yang merupakan komplemennya. Komplemantasi

antara pelacak DNA dan DNA atau RNA target akan terjadi jika pelacak DNA

memiliki urutan basa yang saling komplemen serta suhu dan waktu hibridisasi

yang optimum. Urutan basa yang spesifik akan meningkatkan kespesifikan dari

pelacak DNA tersebut (Nuhantoro et al., 2018).

Keanekaragaman karakter genetik yang tinggi dari suatu populasi tanaman

sangat bermanfaat sebagai sumber keanekaragaman gen. Program pemuliaan

tanaman dalam usaha perbaikan produksi tanaman pertanian dan pemeliharaan

kesinambungan sumber gen yang ada. Pendekatan untuk mempelajari keragaman

genetik dapat dilakukan melalui karakter morfologi (Pandin, 2010).

Pembukaan sel untuk mengeluarkan asam nukleatnya dapat dilakukan

dengan cara mekanik yaitu diblender, digerus atau dapat juga menggunakan bahan

kimia untuk mendegradasi dan melarutkan komponen dinding sel. DNA akan

terpisah menjadi suatu larutan dan dapat dimurnikan (dipurifikasi) melalui dua

cara yang umum dilakukan yaitu sentrifugasi dan ekstraksi kimia (Langga et al.,

2012).

76
 III. METODE PRAKTIKUM

A. Alat dan Bahan

Alat-alat yang digunakan pada praktikum kali ini antara lain mortar dan

pestle, gelas ukur, gelas piala, pipet, saringan, dan tabung reaksi, sedangkan bahan

yang digunakan ada 4 yaitu bunga kol/brokoli, garam, detergen, dan alkohol 96%.

B. Prosedur Kerja

Tahapan-tahapan yang dilakukan pada praktikum kali ini adalah :

a. Bunga kol/brokoli ditimbang sebanyak 5 g

b. Bunga kol/brokoli ditumbuk sampai halus dengan mortar dan pestle

c. 50 ml akuades ditambahkan

d. Garam : detergen ditambahkan dengan perbandingan ½ : 1, 1 : 1, 1 : ½

e. Selama 15 menit didiamkan

f. Campuran disaring, diambil 2,5 ml untuk dimasukkan ke dalam tabung reaksi

g. 5 ml alkohol 96% ditambahkan ke dalam tabung reaksi

h. Perubahan yang terbentuk diamati

77
 C. Skema Kerja

Skema kerja pada asam nukleat

Bunga Kol/Brokoli

Ditimbang sebanyak 5 g

Ditumbuk sampai halus

Larutan 50 ml akuades ditambahkan

Garam : detergen ditambahkan dengan

perbandingan ½ : 1, 1 : 1, 1 : ½

Didiamkan selama 15 menit

Campuran disaring, diambil 2,5 ml dimasukan

kedalam tabung reaksi

Ditambahkan 5 ml alkohol 96% ke dalam tabung

reaksi

Terjadi perubahan

78
 IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasil

Hasil yang didapatkan sebagai berikut:

Penambahan Perubahan

Garam + Deterjen Hijau Keruh

Alkohol 96 % Menjadi dua lapisan warna
bening dan hijau muda.

Kesimpulan:

Reaksi antara brokoli dengan garam dan deterjen menghasilkan warna hijau

keruh. Setelah penambahan menjadi warna bening dan hijau muda pada dua

lapisan maka seharusnya membentuk serabut-serabut. Dan gagal karena

kekurangan garam.

B. Pembahasan

Asam nukleat merupakan senyawa yang mengandung basa nitrogen

(struktur siklik aromatic yang memiliki atom nitrogen). Basa nittogen tersebut

merupakan bagian dari sruktur asam nukleat. Asam nukleat dibangun oleh

polimerisasi nukleotida, yang berfungsi sebagai pusat informasi utama untuk

penyimpanan dan pengambilan informasi tentang urutan polipeptida (Kikuchi,

2010). Asam Nukleat adalah senyawa-senyawa polimer yang menyimpan semua

Informasi genetika, pada tubuh ikan memiliki manfaat sebagai tempat

penyimpanan dan pemindahan informasi genetik. Informasi ini diteruskan dari sel

induk ke sel anak melalui proses replikasi. Sel memiliki dua jenis asam nukleat

yaitu asam deoksiribonukleat dan asam ribonukleat (Marks Dawn et al., 2000).

79
Asam nukleat adalah molekul biologis yang besar penting untuk semua bentuk

kehidupan. Asam nukleat termasuk DNA dan RNA. Asam nukleat merupakan

biopolimer dengan mononucleotides iklan unit berulang mereka. Monomer yang

dikenal sebagai nukleotida, terdiri dari tiga unit yaitu gula, amina dan gugus fosfat

(Cartono, 2004).

Garam ini dibutuhkan untuk menjaga struktur molekul DNA dan

mengurangi jumlah air yang ada pada fase fenol, dan memfasilitasi deproteinisasi.

NaCl berfungsi untuk menjaga asam nukleat tetap berada pada medium isotonik.

Konsentrasi garam ini diperlukan untuk menjaga struktur molekul DNA

(Surzycki, 2000). Pengisolasian DNA menggunakan garam dapur dengan tujuan

untuk memekatkan DNA. Hal ini dapat terjadi karena ion Na+ yang dikandung

oleh garam mampu membentuk ikatan dengan kutub negative pada ikatan fosfat

DNA. Saat ion Na+ garam berikatan dengan fosfat, pada saat itulah DNA akan

berkumpul (Malik, 2015). Garam dan alcohol akan mempresipitasi asam nukleat

polimerik dengan baik pada suhu di bawah 20 0C, DNA yang berhasil diisolasi

dapat dianalisis untuk mengetahui genetic atau kondisi suatu makhluk hidup

(Jannah, 2014).

Praktikum acara 6 menggunakan brokoli karena pada umumnya yang telah

direndam dengan larutan detergen+garam meja mengalami pemisahan menjadi 2

fase. Terdapat bagian atas dimana asam nukleat terlihat mengambang pada bagian

permukaan larutan dan terdapat pula endapan dari bahan–bahan lain yang terdapat

didalam bahan uji tersebut pada bagian bawah larutan (Helawati, 2017).

80
 Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada

(Ekstraksi atau lisis) biasanya dilakukan dengan homogenitas dan penambahan

buffer ekstraksi atau buffer lisis untuk mencegah DNA rusak (Yuswono, 2006).

Pengisolasian DNA menggunakan garam dapur dengan tujuan untuk memekatkan

DNA. Hal ini dapat terjadi karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu

membentuk ikatan dengan kutub negative pada ikatan fosfat DNA. Saat ion Na+

garam berikatan dengan fosfat, pada saat itulah DNA akan berkumpul (Malik,

2015).

Molekul DNA berbentuk dua pita spiral yang saling berpilin (double helix).

Bagian dalam dari pita spiral ini terdapat basa purin dan pirimidin dan pada

bagian luarnya terdapat gula-phosphate yang membentuk tulang punggung pita

spiral. Dua polinukleotida yang berhadapan dihubungkan oleh atom hydrogen,

yaitu antara pasangan purin dan pirimidin tertentu (Suryo, 2012).

81
 V. KESIMPULAN DAN SARAN

A. Kesimpulan

Kesimpulan yang dapat di peroleh dari praktikum kali ini adalah

Pembentukan DNA dapat dilakukan dari ekstraksi bahan hidup seperti sayuran,

buah, atau pun yang lainnya. Keberadaan Asam Nuklet lebih ringan bobotnya

sehingga dapat dibuktikan pada percobaan dimana asam nukleat berada di lapisan

atas larutan sampel. DNA dapat diisolasikan dari sumber DNA berupa sayuran

brokoli dengan penambahan larutan deterjen dan alkohol serta garam untuk

membantu presipitasi DNA. Penampakan benang kromatin yang terdapat dari

berbagai bahan pada praktikum ini memiliki warna, bentuk dan jumlah yang

berbeda-beda dikarenakan jenis dan klasifikasi yang berbeda.

B. Saran

Sebaiknya dalam melakukan pengamatan, praktikan perlu lebih teliti lagi

agar dapat memperoleh data yang benar dan tidak ada kesalahan.

82
 DAFTAR PUSTAKA

Akin, A. (2010). Self Compassion and Loneliness. International Online Journal

of Educational Sciences. Vol.2 (3): 702-718
Harahap, N. S., 2014. Protein dalam Nutrisi Olahraga. Jurnal Ilmu Kesehatan.
Vol.13 (2): 45-54.
Helawati, E. 2017. Uji penampakan asam nukleat dari bagian tanaman. Jurnal
Biokimia.Vol.3 (1): 45-52.

Jannah, R. 2014. Isolasi DNA pada Buah. Jurnal Kimia Pangan. Vol.5 (2): 23-33.

Kikuchi, Yo. 2010. Extracelluler nucleid acids. Spinger: Verlag Berlin

Heidellberg.
Langga I. F., Muh. Restu, dan Tutik Kuswinanti. 2012. Optimalisasi Suhu dan
Lama Inkubasi dalam Ekstraksi DNA Tanaman Bitti (Vitex Cofassus Rein
w)Serta Analisis Keragaman Genetik Dengan Teknik Rapd-Pcr. Jurnal
Sains dan Teknologi. Vol.12 (3): 265-276.
Malik, I. A. 2015. Uji Biokimia Asam Nukleat Dengan Metode Penampakan
Asam Nukleat Tanaman. Jurnal Biokimia. Vol.6 (1): 32- 47.

Nuhantoro I., Sri Hendrastuti Hidayat, Kikin Hamzah Mutaqin. 2018. Penggunaan
Pelacak DNA untuk Deteksi Papaya ringspot virus dengan Metode
Hibridisasi Asam Nukleat. Jurnal Fitopatologi. Vol.14 (3): 89-96.
Pandin DS. 2010. Penanda DNA untuk pemuliaan tanaman kelapa (Cocos
nucifera L). Perspektif. Vol.9 (1): 21-35
Purkan, P., A. Baktir, dan A.R. Sayyidah. 2016. Produksi Enzim Kitinase dari
Aspergillus niger Menggunakan Limbah
Cangkang Rajungan sebagai Induser. Journal Kimia. Vol.1 (1): 34-41.
Sudjadi, B dan Siti, L. 2007. Biologi 3. Yudhistira : Jakarta
Suryo. 2012. Genetika Untuk Strata 1. Gadjah Mada University Press,
Yogyakarta.

Surzycki, S. 2000. Basic Techniques in Molecular Biology. Spinger-Verlag.

Berlin. Heidelberg, New York.
Toha, A. (2001). Biokimia:Metabolisme Biomolekul. Bandung: Alfabeta.

83
Valentiah, dkk. (2005). “Aplikasi Kompos Kulit Kopi Untuk Perbaikan Sifat
Kimia dan Fisika Tahan Inceptisol serta Meningkatkan Produksi
Brokoli”. Jurnal Tanah dan Sumber Daya Lahan. 2 (1):147-154.
Yuswono, T. 2006. Bioteknologi Pertanian. Gajah Mada University Press,
Yogyakarta.

84
 LAMPIRAN

Setelah ditambahkan alkohol.

Brokoli yang sudah ditumbuk

ditambahkan dengan aquades.

Campuran yang sudah disaring,

dimasukkan ke dalam tabung reaksi.

85