Karantina tanaman merupakan tindakan upaya pencegahan masuk dan
tersebarnya organisme pengganggu tanaman (OPT) dari luar negeri maupun dari suatu wilayah ke wilayah lain di dalam negeri. Organisasi pengganggu tanaman (OPT) merupakan organisme yang dapat merusak dan menyebabkan kamatian pada tanaman. Tujuan dilakukan karantina tanaman yaitu untuk mencegah masuk dan tersebarnya organisme pengganggu tanaman (OPT) dari luar negeri ke dalam wilayah Negara Republik Indonesia dan mencegah keluarnya hama penyakit tanaman karantina dari wilayah Negara Republik Indonesia. Lamanya karantina tanaman maksimal 14 hari tergantung komoditas tanaman dan metode pengujian yang akan dilakukan. Karantina tanaman di Indonesia mulai dilakukan oleh pemerintah colonial Hindia-Belanda sejak tahun 1877 dengan diterbitkammua peraturan pelarangan pemasukan tanaman dan bahan tanaman kopi ke Indonesia karena sedang terjadi epidemic penyakit karat daun kopi (Hemileia vastatrix) di Sri Langka. Pada awalnya karantina tanaman hanya untuk melarang sesuatu tanpa tindakan pemeriksaan dan karantina lain, namun setelah diterbitkan Staatblad no. 427 tahun 1926 karantina tanaman yang lengkap mulai dilakukan. Awal masa kemerdekaan Republik Indonesia, pemerintah mulai mengintegrasikan karantina tanaman ke dalam masyarakat dunia di bidang perlindungan tanaman. Pelaksanaan karantina tanaman meliputi pemeriksaan administrative, pemeriksaan fisik, pengambilan sampel, pemeriksaan laboratorium, pengasingan dan pengamatan, perlakuan, penahanan, penolakan, pemusnahan dan pembebasan yang merupakan tugas dan tanggung jawab petugas karantina tanaman. Setiap media pembawa yang dimasukkan ke dalam wilayah Negara Republik Indonesia, wajib: 1. Dilengkapi sertifikat kesehatan tanaman dari negara asal dan negara transit bagi tanaman dan bagian-bagiannya. 2. Melalui tempat-tempat pemasukan yang telah ditetapkan. 3. Dilaporkan dan diserahkan kepada petugas karantina tanaman di tempat pemasukan. 4. Memenuhi kewajiban tambahan yang ditetapkan oleh menteri berdasarkan PRA. Setiap media pembawa yang akan dikeluarkan dari wilayah Negara Republik Indonesia, apabila dipersyaratkan oleh negara tujuan, wajib: 1. Dilengkapi sertifikat kesehatan tanaman dari tempat pengeluaran bagi tanaman dan bagian-bagiannya. 2. Melalui tempat-tepat pengeluaran yang telah ditetapkan. 3. Dilaporkan dan diserahkan kepada petugas karantina tanaman di tempat pengeluaran. 4. Memenuhi kewajiban tambahan yang ditetapkan oleh menteri.