LKM STRUKTUR DAN FUNGSI ASAM NUKLEAT

Nama : Sindi Kharomah

NIM : 200351615614
Offering :C

Tujuan Pembelajaran
Setelah melakukan berbagai aktivitas pembelajaran pada materi Strutur da Fungsi Asam Nukleat, mahasiswa
diharapkan dapat menguasai materi tersebut dengan baik dan dapat menerapkan konsep yang telah
didapatkan dalam kehidupan sehari-hari.

Petunjuk:
1. Materi Struktur dan Fungsi Asam Nukleat akan disampaikan melalui aktivitas belajar mandiri, diskusi
kelompok kecil, dan diskusi kelas. Aktivitas belajar tersebut dilakukan melalui perkuliahan daring maupun
luring.
2. LKM Struktur dan Fungsi Asam Nukleat dikerjakan secara individu, didiskusikan dengan kelompok kecil,
dan diskusi kelas.
 Pada saat mengerjakan LKM secara individu, tulis hasil jawaban kalian pada bagian “Kerja Mandiri”.
 Pada saat mengerjakan LKM dengan kelompok kecil, tulis jawaban hasil kesepakatan kelompok pada
bagian “Diskusi Kelompok Kecil” atau jika jawaban kesepakatan kelompok sama dengan jawaban pada
saat mengerjakan mandiri, maka cukup tulis keterangan jawaban sama atau dengan redaksi
semacamnya.
 Pada saat LKM dibahas dalam diskusi kelas dan ada masukan atau jawaban baru, maka masukan atau
jawaban baru ditulis pada bagian “Diskusi Kelas”.
3. Pada saat kerja mandiri, LKM dikerjakan diluar jam perkuliahan. Manfaatkan berbagai referensi yang dapat
dipercayai kebenaran ilmunya.
4. Hasil kerja mandiri didiskusikan dengan kelompok kecil melalui platform Sipejar fitur Forum Diskusi.
5. Diskusi kelas pada pembelajaran daring dilakukan melalui G-meet atau Zoom; sementara pada
pembelajaran luring akan dilakukan secara tatap muka di kelas.
6. Di setiap akhir pembahasan materi, mahasiswa dalam kelompok kecil menentukan/merancang kegiatan
proyek/penelitian atau membuat karya tertentu berdasarkan permasalahan yang ditemukan dalam
kehidupan sehari-hari. Perancangan proyek/penelitian/pembuatan karya tertentu didasarkan pada
penguasaan materi yang telah dipelajari.
7. Penilaian LKM dilakukan berdasarkan hasil peer review dengan menggunakan pedoman penskoran pada
Tabel 1

Tabel 1. Pedoman Penskoran untuk Self Assessment

Skor Kriteria
0 Tidak menjawab/jawaban salah
1 25% jawaban benar
2 50% jawaban benar
3 75% jawaban benar
4 100% jawaban benar
 LEMBAR KERJA MAHASISWA
STRUKTUR DAN FUNGSI ASAM NUKLEAT
No. Pertanyaan Skor
1 Definisikan beberapa istilah berikut ini:
a. Asam nukleat
b. DNA
c. RNA
d. Nukleosida
e. Nukleotida
f. Mononukleotida
g. Polinukleotida
Kerja Mandiri

a. Asam nukleat adalah Asam nukleat merupakan makromolekul biokimia yang

kompleks, berbobot molekul tinggi, dan tersusun atas rantai nukleotida yang
mengandung informasi genetik
.
b. Deoxyribonucleic acid (DNA) adalah polimer asam nukleat yang tersusun secara
sistematis dan merupakan pembawa informasi genetik yang diturunkan kepada
keturunannya. Informasi genetik disusun dalam bentuk kodon yang berupa tiga
pasang basa nukelotida. Secara struktural, DNA merupakan polimer nukleotida, di
mana setiap nukelotida tersusun atas gula deoksiribosa, fosfat, dan basa. Polimer
tersebut membentuk struktur dua untai heliks ganda yang disatukan oleh ikatan
hydrogen antara basa-basa yang ada. Terdapat empat basa dalam DNA, yaitu adenin
(A), sitosin (C), guanin (G), dan timin (T). Adenin akan membentuk dua ikatan
hidrogen dengan timin, sedangkan guanin akan membentuk tiga ikatan hidrogen
dengan sitosin. Kombinasi jumlah dan susunan yang terbentuk antara ikatan-ikatan
basa ini memungkinkan setiap indvidu memiliki cetak biru genetik yang spesifik
dibandingkan organisme lain.
c. Asam ribonukleat (bahasa Inggris:ribonucleic acid, RNA) senyawa yang merupakan
bahan genetik dan memainkan peran utama dalam ekspresi genetic. Asam
ribonukleat atau RNA adalah asam nukleat beruntai tunggal yang tersusun atas
monomer-monomer nukleotida dengan gula ribosa. RNA merupakan polimer yang
disebut polinukleotida. Setiap polinukleotida tersusun atas monomer-monomer yang
disebut nukleotida. Setiap nukleotida tersusun atas tiga bagian, yaitu basa nitrogen,
gula pentosa, dan gugus fosfat. Basa nitrogen pada RNA terdidi dari adenin, guanin,
 sitosin, dan urasil. Urutan basa-basa nitrogen tersebut dapat mengkode informasi
genetic.
RNA atau asam ribosa nukleat merupakan satu dari tiga makromolekul utama
(bersama dengan protein dan DNA) yang memiliki fungsi penting dalam segala bentuk
kehidupan. RNA mempunyai peran sebagai pembawa bahan genetik serta
memainkan peran utama dalam ekspresi gentik. Didalam suatu gentika molekular,
RNA menjadi seuatu perantara antara informasi yang dibawa DNA serta ekspresi
fenotipik yang diwujudkan dalam bentuk protein.
d. Nukleosida : sebutan untuk bagian nukleotida tanpa gugus fosfat, dengan demikian
Nukleosida tersusun dari gulan ribosa dan basa nitrogen.
e. Nukleotida : molekul yang tersusun dari gugusan basa hetoresiklik, gula, dan satu
atau lebih fosfat.
f. Mononukleotida : monomer dari asam nukleat. Ada dua jenis Asam nukleat yaitu
asam deoksiribonukleat (DNA/ Deoxyribonucleic Acid) dan asam ribonukleat (RNA/
Ribonucleic Acid) berperan dalam pemindahan sifat keturunan dari orang tua ke
keturunannya.
g. Polinukleotida : polimer dari nukleotida yang masing2 dihubungkan oleh ikatan
fosfodiester.

Diskusi Kelompok Kecil

Diskusi Kelas

2 Asam nukleat merupakan suatu makromolekul. Setujukah kalian dengan pernyataan

tersebut? Mengapa demikian?
Kerja Mandiri
Setuju, karena molekul yang ditemukan pada asam nukleat sangat berlimpah di semua
makhluk hidup, yang berfungsi untuk membuat, menyandikan, dan menyimpan informasi
genetik di setiap sel hidup. Selain itu, asam nukleat mengirimkan dan mengekspresikan baik
dalam operasi internal sel hingga meneruskannya ke generasi selanjutnya. Lalu disampaikan
melalui urutan asam nukleat.
Diskusi Kelompok Kecil

Diskusi Kelas

3 Asam nukleat merupakan salah satu molekul biokimia yang sejajar dengan karbohidrat,
protein, dan lemak. Temukan persamaan dan perbedaan antara asam nukleat dengan
karbohidrat, protein, dan lemak!
Kerja Mandiri
PERSAMAAN
 Dari segi struktur kimianya
Karbohidrat, lemak, dan protein sama-sama terdiri dari karbon, hidrogen, oksigen, kecuali
protein yang tersusun dari karbon, hidrogen, oksigen dan juga nitrogen.

 Dari segi sifat

a. Karbohidrat
 Pada umumnya, karbohidrat berupa serbuk putih yang mempunyai sifat sukar larut
dalam pelarut nonpolar, tetapi mudah larut dalam air. Kecuali polisakarida bersifat
tidak larut dalam air.
b. Lemak
Karena struktur molekulnya yang kaya akan rantai unsur karbon (-CH 2-CH2-CH2-) maka
lemak mempunyai sifat hydrophob. lemak sulit untuk larut di dalam air. Lemak dapat
larut hanya di larutan yang apolar atau organik seperti: eter, Chloroform, atau benzol
c. Protein
Ada sebagian protein yang bisa larut di dalam air namun terdapat pula jenis lainnya
yang tidak.
d. Asam nukleat
Asam nukleat memiliki gugus gula deoksiribosa., basa nitrogennya guanin (G), sitosin
(C), timin (T) dan adenin (A) dan memiliki rantai heliks ganda anti paralel

 Dari segi fungsinya

a. Kabrohidrat
Karbohidrat berfungsi sebagai sumber energi utama. Pada beberapa organ tubuh
utama,seperti otak,lensa mata dan sel saraf,sumber energi yang diperlukan adalah
glukosa,dan tidak dapat digantikan oleh sumber energi lainnya.
b. Protein
Protein berfungsi sebagai sumber untuk membangun dan membentuk pertumbuhan
tubuh, terutama bagian otot tubuh, mengganti sel – sel yang rusak, pembentuk sel –
sel yang baru, pembuat enzim, pembuat hormon, dan pembentuk pigmen.
c. Lemak
Lemak berfungsi sebagai pembentuk hormon tubuh, pengatur pencernaan,
pembentuk membran sel tubuh, penghasil energi bagi tubuh, melarutkan vitamin,
penahan rasa lapar, menjaga suhu tubuh, dan melindungi organ – organ tubuh lain di
dalamnya. 1gram lemak menghasilkan 39.06 kj atau 9.3 kcal
d. Asam nukleat
Asam nukleat memiliki fungsi menyimpan dan mengkodekan informasi genetik. DNA
memungkinkan informasi genetik seseorang untuk diwariskan pada keturunannya.
Nukleotida dalam DNA hanya akan berpasangan dengan urutan tertentu.

PERBEDAAN
 Dari segi struktur kimianya
a. Karbohidrat
Karbohidrat tersusun dari monosakarida, diskarida, dan polisakarida
b. Protein
Protein tersusun dari asam amino. Asam amino terbagi atas dua bagian, yakni:
pertama, asam amino essential, yang tidak dapat diproduksi oleh tubuh, seperti:
valin, arginin,metionin, treonin, isoleusin, leusi, fenilalanin, istidin, triptofan, dan lisin.
Yang kedua adalah asam amino non – essential.
c. Lemak
Lemak tersusun dari gliserol dan asam lemak. Asam lemak terbagi dua, yakni asam
lemak jenuh yang dapat disintesa oleh tubuh dan asam lemak tidak jenuh yang tidak
dapat disintesa oleh tubuh.
d. Asam nukleat
 Asam nukleat tersusun atas DNA dan RNA yang terdiri dari monomer
nukleotida,dimana nukleotida ini biasanya tersusun atas gugus fosfat, basa
nitrogen,dan gula pentosa serta kelompok basa purin dan piridin seperti: adenine,
guanine, sitosin, timin dan danurasil.

 Dari segi sifatnya

a. Karbohidrat
Karbohidrat terlarut dalam air.
b. Protein
Protein memiliki sifat denaturasi reversible, endapan protein dapat larut kembali,
denaturasi non reversible endapan protein yang terbentuk tidak dapat larut kembali.
c. Lemak
Lemak merupakan pelarut vitamin.

 Dari segi fungsinya

a. Karbohidrat
Karbohidrat memiliki fungsi sebagai sumber energi utama bagi tubuh.
b. Protein
Protein memiliki fungsi sebagai sumber pembangun tubuh.
c. Lemak
Lemak memiliki fungsi sebagai pelindung organ-orga tubuh dan penahan lapar.
d. Asam nukleat
Asam nukleat memiliki fungsi, yaitu menyimpan, menstransmisi, dan mentranslasi informasi
genetic.
Diskusi Kelompok Kecil

Diskusi Kelas

4 Asam nukleat disebut juga sebagai polinukleotida. Mengapa demikian?

Kerja Mandiri
Karena, polinukleotida tersusun atas rantai polimer dari subunit gula-fosfat basa identik,
yang merupakan penyusun penting dari DNA. Lalu herediter disimpan dalam asam nukleat,
DNA dan RNA. Asam nukleat alami bersifat polimer, terdiri dari monomer yang dikenal
sebagai polinukleotida yang dapat digunakan untuk merujuk pada DNA dan RNA

Diskusi Kelompok Kecil

Diskusi Kelas

5 Setiap nukleotida (mononukleotida) tersusun atas 3 komponen. Sebutkan 3 komponen

tersebut!
Kerja Mandiri
Nukleotida terdiri dari 3 komponen yaitu basa nitrogen (purin dan pirimidin), gula
pentosa/senyawa gula karbon-5, dan gugus fosfat.
Diskusi Kelompok Kecil

Diskusi Kelas
6 Identifikasilah struktur kimia gula pentosa di bawah ini!

(a) (2)
a. Deskripsikan perbedaan struktural 2 gula pentose di atas!
Kerja Mandiri
Gambar (a) merupakan Ribosa, sedangkan gambar (b) merupakan Deoksiribosa
Perbedaan utama antara deoksiribosa dan ribosa adalah terletak pada strukturnya, bahwa
deoksiribosa, gula yang ditemukan dalam DNA, tidak memiliki atom oksigen pada karbon 2
dari cincin gula sedangkan ribosa, gula yang ditemukan dalam RNA, memiliki gugus hidroksil
pada karbon 2 dari cincin gula
Diskusi Kelompok Kecil

Diskusi Kelas

b. Tentukan jenis asam nukleat yang dibangun oleh gula pentosa di atas!
Kerja Mandiri
Ribosa adalah gula pentosa yang digunakan untuk membangun asam nukleat jenis RNA,
sedangkan Deoksiribosa adalah gula pentosa yang digunakan untuk membangun asam
nukleat jenis DNA
Baik DNA dan RNA dibangun dengan tulang punggung gula, tetapi gula dalam DNA disebut
deoksiribosa, gula dalam RNA hanya disebut ribosa. Perbedaan DNA dan RNA ini terletak
pada gugusnya.
DNA mengandung gula deoksiribosa, sedangkan RNA mengandung gula ribosa. Satu-satunya
perbedaan antara ribosa dan deoksiribosa adalah ribosa memiliki satu gugus -OH lebih
banyak daripada deoksiribosa, yang memiliki -H terikat pada karbon kedua (2 ') di dalam
cincin

Diskusi Kelompok Kecil

Diskusi Kelas

7 Basa nitrogen penyusun nukleotida terdiri atas purin dan pirimidin. Identifikasilah struktur
umum basa nitrogen di bawah ini!

Deskripsikan karakteristik dua basa nitrogen di atas!

Kerja Mandiri
 purin umumnya terdiri dari struktur cincin ganda Sembilan anggota (lima atom karbon dan
empat atom nitrogen). Terdiri dari cincin raksasa enam atom (dua atom nitrogen dan empat
atom karbon), sedangkan cincin yang lebih kecil terdiri dari lima atom (tiga atom karbon dan
dua atom nitrogen). Dua atom karbon biasa ditemukan di cincin yang lebih besar dan lebih
kecil.
Basa pirimidin umumnya terdiri dari struktur cincin beranggota 6 dengan dua nitrogen dan
empat karbon. Meskipun cincin purin dan pirimidin memiliki satu komponen beranggota 6
dengan dua nitrogen dan empat karbon, purin dan pirimidin tidak berhubungan secara
metabolik. Jalur berbeda untuk biosintesis dan degradasi purin dan untuk biosintesis dan
degradasi pirimidin, ada di semua organisme.
Kombinasi cincin karbohidrat beranggotakan 5 dan purin atau pirimidin disebut nukleosida.
Jika satu atau lebih fosfat ada pada karbohidrat, kombinasi tersebut disebut nukleotida.
Sebagai contoh, ATP adalah nukleotida.

Diskusi Kelompok Kecil

Diskusi Kelas

8 Sebutkan minimal 2 sifat basa purin dan pirimidin!

Kerja Mandiri
Sifat Purin
Purin adalah senyawa organik aromatik heterosiklik dengan rumus kimia C 5H4N4. Struktur
kimianya terdiri dari cincin pirimidin dengan cincin imidazol yang menyatu dengannya,
dengan demikian, memiliki dua cincin karbon dan total empat atom nitrogen. Cincin
pirimidin purin mengandung dua atom nitrogen yang terletak pada posisi 1 dan 3 cincin
(mirip dengan pirimidin). Cincin imidazol yang melekat pada cincin pirimidin memiliki dua
atom nitrogen yang terletak pada posisi 7 dan 9. Massa molar purin adalah 120,115 g / mol
dan titik leburnya adalah pada 214° C.

Sifat-sifat pirimidin
Pirimidin adalah senyawa organik aromatik heterosiklik dengan rumus kimia C 4H4N2. Ini
memiliki cincin tunggal (disebut cincin pirimidin) dengan atom karbon dan nitrogen bolak-
balik. Massa molar pirimidin adalah 80,088 g / mol dan titik leburnya pada 20-22° C.
Diskusi Kelompok Kecil

Diskusi Kelas

9 Perhatikan struktur kimia gula pentose pada soal nomor 6 dan struktur kimia nukleotida
pada soal nomor 7. Temukan perbedaan diantara dua struktur kimia dua molekul di atas!
Kerja Mandiri
Gula pentosa: gula pentosa Berdasarkan penyusunnya asam nukleat dibedakan menjadi dua
yaitu deoxyribonucleic acid dna and ribonucleic acid rna. gula pentosa memiliki lima atom
karbon dengan satu gugus fungsi aldehida pada posisi 1 aldopentosa atau keton pada posisi 2
ketopentosa, Rumus kimia gula deoksiribosa adalah c 5 h 10 o 4, perbedaan antar
deoksiribosa dan ribosa terletak pada atom karbon ke 2 dari cincin karbon deoksiribosa
kehilangan 1 atom oksigen.
Nukleotida: Nukleotida adalah senyawa organik yang terdiri dari sebuah nukleosida dan
 sebuah gugus fosfat, Nukleotida tersusun dari tiga subunit  yaitu sebuah gugus basa
nukleotida, gula pentosa (berupa ribosa atau deoksiribosa), dan setidaknya satu gugus fosfat
Diskusi Kelompok Kecil

Diskusi Kelas

10 Sebutkan basa nitrogen penyusun asam nukleat! Lengkapi jawaban kalian dengan struktur
kimianya!
Kerja Mandiri
Ada empat basa nitrogen yang merupakan unit pembentuk DNA yaitu adenin (A), guanin (G),
sitosin (C) dan timin (T). Sedangkan pembentuk RNA yaitu adenin (A), guanin (G), sitosin (C)
dan urasil (U). Adenin dan guanin merupakan basa nitrogen jenis purin sedangkan sitosin,
timin dan urasil adalah derivat pirimidin,

Diskusi Kelompok Kecil

Diskusi Kelas

11 Berdasarkan jawaban kalian pada soal no 10, adakah perbedaan basa nitrogen penyusun
DNA dan RNA? Jelaskan!
Kerja Mandiri
Perbedaan DNA dan RNA juga terletak pada jenis basa nitrogen yang dikandungnya. DNA
mengandung 3 basa nitrogen yang antara lain Purin (adenin dan guanin), Pirimidin (sitosin
dan timin), dan gugus fosfat, sementara RNA hanya mengandung 2 basa nitrogen yaitu Purin
(adenin dan guanin) dan Pirimidin (sitosin dan urasil).
Diskusi Kelompok Kecil

Diskusi Kelas

12 Bilamana nukleotida berikut ini menjadi nukleosida?

 Lengkapi jawaban kalian disertai dengan gambar!
Kerja Mandiri
Nukleotida berubah menjadi mononukleotida. Kemudian mononukleotida akan dipecah
menjadi nukleosida dan asam fosfat oleh enzim nukleotidase dan fosfatase. Nukleosida yang
terbentuk dapat langsung diabsorbsi atau dipecah lebih lanjut oleh enzim fosforilase menjadi
basa nitrogen bebas. Basa purin maupun basa pirimidin bebas tersebut dapat diabsorbsi
(dalam jumlah kecil) atau dioksidase / dikatabolisme menjadi produk yang diekskresi dari
tubuh tanpa diikatkan terlebih dahulu pada asam nukleat dalam tubuh.

Diskusi Kelompok Kecil

Diskusi Kelas

13 Lengkapilah tabel dibawah ini!

Tabel Nomenklatur Nukleotida dan Asam Nukleat
Basa Nukleosida Nukleotida Asam nukleat
Purin
Adenine Adenosine Adenylate

Guanine

Pirimidin
Thymine
Uracil
Cytocine

Kerja Mandiri
Basa Nukleosida Nukleotida Asam nukleat
Purin
Adenine Adenosine Adenylate RNA
Deoksiadenosin Deoksiadenilat DNA
Guanine Guanosin Guanilat RNA
 Deoksiguanosin Deoksiguanilat DNA

Pirimidin
Thymine Timidin atau Timidilat DNA
deoksitimidin deoksitimidilat
Uracil Uridin Uridilat RNA
Cytocine Sitidin Sitidilat RNA
Deoksitidin Deoksisitidila DNA
Diskusi Kelompok Kecil

Diskusi Kelas

14 Buatlah satu susunan mononukleotida yang dapat membedakan antara asam

deoksiribonuklotida dan asam ribonukleotida!
Kerja Mandiri

Mononukleotida DNA tersusun atas gugus fosfat, basa nitrogen DNA guanin yaitu guanylate,
dan gula pentosa DNA dimana terbentuk struktur nukleotida pada komponen ribosanya
mengandung atom hidrogen (H) pada atom C ke 2.

Diskusi Kelompok Kecil

Diskusi Kelas

15 Perhatikan gambar berikut!

(a) (b)
Temukan persamaan dan perbedaan dua mononukleotida di atas!
Kerja Mandiri
PERSAMAAN
1. Kedua mononukleotida ini mempunyai asam nukleat RNA ditandai dengan komponen
 ribosanya mengandung gugus hidroksia (-OH) pada atom C ke 2 dan keduanya
mempunyai gugus fosfat yang sama.
2. Kedua mononukleotida sama-sama berikatan dengan gugus monofosfat yang terikat
pada karbon 5’ gula pentosa

PERBEDAAN
1. Pada gambar (a) tersusun atas basa nitrogen guanin RNA yaitu guanylate sedangkan
gambar (b) tersusun dari basa nitrogen uracil RNA yaitu uridylate.
2. Pada gambar (a) atom N-9 yang berikatan dengan atom C nomor 1’ dari ribosa,
sedangkan pada gambar (b) atom N-1 yang berikatan dengan atom C nomor 1’ dari ribosa

Diskusi Kelompok Kecil

Diskusi Kelas

16 Sebutkan dan jelaskan jenis ikatan kimia yang mengubungkan antara gula-fosfat dan gula-
basa nitrogen!
Kerja Mandiri
Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan basa N, pada asam
nukleat juga terdapat ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang menghubungkan gugus
hidroksil (OH) pada posisi 5' gula pentosa dan gugus hidroksil pada posisi 3' dari nukleotida
gula pentosa berikutnya. Ikatan ini disebut ikatan fosfodiester karena secara kimiawi gugus
fosfat berada dalam bentuk diester.
Diskusi Kelompok Kecil

Diskusi Kelas

17 Polimerisasi asam nukleat terbentuk melalui ikatan fosfodiester.

a. Jelaskan mengenai polimerisasi DNA! Lengkapi dengan gambar untuk memperjelas
jawaban kalian!
Kerja Mandiri
Proses pembentukan untaian baru DNA atau polimerisasi DNA dijalankan oleh enzim yang
dinamakan DNA polimerase. Enzim ini ditemukan tahun 1957. DNA polimerase menggunakan
deoksiribonukleosida trifosfat sebagai substratnya dan kemudian menggabungkan atau
mempolimerisasi substrat tersebut menjadi untaian DNA baru. Adapun sebagai dasar
cetaknya, cukup membutuhkan satu untaian dari template DNA induk.
Reaksi kimia sintesis DNA yang baru. Penambahan deoksiribonukleosida yang baru di ujung 3′
adalah proses fundamental dalam replikasi DNA.
Proses polimerisasi DNA oleh DNA polimerase dimulai dari datangnya deoksinukleosida
trifosfat bebas yang sesuai dengan pasangan basa dari ujung 3′ DNA template. Saat deoksi
nukleotida trifosfat ini menempel, bentuk DNA polimerase yang seperti tangan akan
berubah, seperti tangan yang mengeratkan genggamannya ke DNA. Akibat perubahan ini,
enzim mendekatkan ujung gugus OH di posisi 3′ ke gugus pirofosfat pada deoksinukleosida
trifosfat. Hal ini menyebabkan reaksi, dibentuknya ikatan gula fosfat dan sebagai hasil
samping keluar gugus firofosfat. Untuk prosesnya juga bisa dilihat dalam gambar berikut ini

Katalisasi pembentukan DNA baru oleh DNA polimerase. (A) Proses kimiawi dalam
polimerisasi DNA baru (B) Perubahan bentuk DNA polimerase mengkatalisis proses
pembentukan DNA baru
Diskusi Kelompok Kecil

Diskusi Kelas

b. Jelaskan mengenai polimerisasi RNA! Lengkapi dengan gambar untuk memperjelas

jawaban kalian!
Kerja Mandiri
Proses transkripsi DNA dijalankan oleh enzim RNA polimerase. Sama halnya dengan DNA
polimerase pada proses replikasi DNA, RNA polimerase juga menjalankan reaksi ikatan
fosfodiester yang menggabungkan satu nukleotida dengan nukleotida lainnya membentuk
molekul polimer RNA. Gambar di bawah ini adalah posisi ikatan fosfodiester yang dibentuk
dengan bantuan RNA polimerase:

Ikatan fosfodiester di RNA yang dibentuk dengan bantuan enzim RNA polimerase
Kemampuan enzimatik dari RNA polimerase dikarenakan memiliki bentuk unik berupa situs
katalitik tempat terjadinya reaksi polimerisasi. Di tempat ini, molekul yang direaksikan
ditempatkan saling berdekatan dan dengan bantuan atom magnesium reaksi pembentukan
ikatan fosfodiester kemudian dapat terjadi. Untuk lebih memahami, perhatikan gambar di
bawah mengenai struktur situs katalitik RNA polimerase:

Situs katalitik RNA polimerase. (a) Organisasi spasial struktur kunci di pusat situs katalitik (b)
gambar skematik interaksi kunci komponen nukleotida, gugus basa, asam amino, serta atom
magnesium dalam reaksi katalisasi pembentukan ikatan fosfodiester oleh RNA polimerase.
Pada proses transkripsi, RNA polimerase berjalan sepanjang DNA dengan proses pelepasan
struktur DNA heliks di depan situs aktif/situs katalitik. Arah transkripsi adalah dari 5′ ke 3′.
Untuk substratnya adalah nukleosida trifosfat yaitu ATP, CTP, UTP, dan GTP.
Gambar diatas merupakan proses transkripsi DNA oleh RNA polimerase. (A) RNA polimerase
(warna biru muda) berjalan sepanjang DNA, membuka struktur heliks DNA. Di saat berjalan,
polymerase menambah nukleotida (bentuk seperti palu) satu demi satu dengan
menggunakan template DNA sebagai panduan. (B) Struktur dari RNA polimerase bakteri yang
ditentukan dengan kristalografi sinar X. Empat subunit (diwakili warna yang berbeda)
membentuk struktur polimerase.
Diskusi Kelompok Kecil

Diskusi Kelas

c. Berdasarkan jawaban kalian pada soal (a) dan (b), apakah kalian menemukan perbedaan
peristiwa polimerisasi antara DNA dan RNA?

Kerja Mandiri
PERBEDAAN
1. RNA polimerase mengkatalisis pembentukan ikatan ribonukleotida, bukan
deoksiribonukleat.
2. RNA polimerase dapat memulai proses transkripsi DNA tanpa memerlukan primer.
Kemampuan ini diperkirakan dihubungkan dengan proses transkripsi DNA yang kurang
memerlukan proses seakurat replikasi DNA.
3. Tidak seperti DNA, RNA tidak dipakai secara permanen untuk menyimpan informasi
genetik (kecuali virus RNA). RNA polimerase membuat satu kesalahan untuk tiap
104 nukleotida yang disalin menjadi RNA (bandingkan DNA polimerase dengan satu
kesalahan tiap 107 nukleotida yang disalin). 
4. Secara struktur juga ternyata sangat berbeda. Walaupun sama-sama mengandung ion
Mg2+ di situs katalitiknya, dari perbandingan kristalografi, bentuk kedua enzim itu tidak
terkait satu sama lainnya
 Bentuk DNA Polimerase
Diskusi Kelompok Kecil

Diskusi Kelas

18 a. Polimerisasi nukleotida selalu dalam arah 5’  3’ dan tidak pernah sebaliknya. Mengapa
demikian?
Kerja Mandiri
Dalam polimerisasi 5’ → 3’, gugus -OH di ujung 3’ dari DNA yang telah disintesisi dapat
melakukan serangan nukleofilik SN2 pada nukleotida yang masuk. Serangan nukleofilik
dapat terjadi karena posisi β dan γ fosfat dari nukleotida yang masuk memiliki energi yang
besar pada ikatan kimia. Dengan demikian, dapat mempermudah reaksi antara gugus –
OH di ujung 3’ dengan gugus fosfat pada nukleotida yang baru (deoxyribonucleotide
tripopate /dNTP). Pada kondisi pertumbuhan atau elongasi DNA dari arah 5’ → 3’,
nukleotida yang dibuang akan menyisakan gugus –OH pada ujung 3’. Hal itu masih
memungkinkan dNTP yang memiliki gugus trifosfat untuk masuk dan bereaksi sehingga
membentuk ikatan fosfodiester. Alasan utama dari polimerisasi arah 5’ → 3’ adalah
proofreading atau perbaikan DNA hanya akan bekerja dengan baik apabila DNA
polimerasi bekerja dengan arah 5’ → 3’ dan bukan sebaliknya
Diskusi Kelompok Kecil

Diskusi Kelas

b. Apa yang akan terjadi apabila arah polimerisasi terjadi dalam arah 3’  5’?
Kerja Mandiri
Apabila polimerasi terjadi dari arah 3’ ke 5’, maka pada saat pemanjangan atau elongasi
DNA, ujung dari 5’ berupa gugus firofosfat. Pada saat terjadi kesalahan, nukleotida yang
salah akan dibuang dan ujungnya berupa gugus monofosfat. Dengan demikian, apabila
tidak ada gugus trifosfat tersebut maka reaksi pembentukan gugus fosfodiester tidak
dapat terbentuk.
Diskusi Kelompok Kecil

Diskusi Kelas