ASSALAMUALAIKU

M
REPLIKASI DNA
Kelompok 5
PENGERTIAN
REPLIKASI
Replikasi merupakan peristiwa sintesis DNA (autokatalisis) karena
DNA mampu mensintesis diri sendiri. Replikasi DNA dapat terjadi
dengan adanya sintesis rantai nukleotida baru dari rantai nukleotida
lama melalui proses menggunakan komplementasi pasangan basa
untuk menghasilkan suatu molekul DNA baru yang sama dengan
molekul DNA lama, proses yang terjadi tersebut dipengaruhi oleh
enzim helikase, enzim polimerase, dan ligase (Necel, 2009).
Replikasi DNA bersifat semikonservatif, yaitu kedua untai tunggal
DNA bertindak sebagai cetakan untuk pembuatan untai-untai DNA
baru; seluruh untai tunggal cetakan dipertahankan dan untai yang
baru dibuat dari nukleotida-nukleotida (Necel, 2009).
KOMPONAN
PENTING
dalam
REPLIKASI
• DNA cetakan, yaitu molekul DNA atau RNA yang akan direplikasi.
• Molekul deoksiribonukleotida, yaitu dATP, dTTP, dCTP, dan dGTP.
Deoksi ribonukleotida terdiri atas tiga komponen yaitu basa purin atau pirimidin,
gula 5-karbon (deoksiribosa) dan gugus fosfat.
• Enzim DNA polimerase, yaitu enzim utama yang mengkatalisis proses
polimerisasi nukleotida menjadi untaian DNA.
Enzim DNA polimerase memiliki fungsi lain, yaitu mengoreksi DNA yang baru terbentuk,
membetulkan setiap kesalahan replikasi, dan memperbaiki DNA yang rusak.
Adanya fungsi tersebut menjadikan rangkaian nukleotida DNA sangat stabil dan
mutasi jarang terjadi (Desy, 2010).
•Enzim primase, yaitu enzim yang mengkatalisis sintesis primer untuk
•memulai replikasi DNA.
• Enzim pembuka ikatan untaian induk, yaitu enzim helikase dan enzim girase.
• Molekul protein yang menstabilkan untaian DNA yang sudah terbuka,
•yaitu protein SSB (single strand binding protein).
• Enzim DNA ligase, yaitu suatu enzim yang berfungsi untuk menyambung
fragmen-fragmen DNA.
MODEL
REPLIKASI
Gambar 1. Tiga kemungkinan terjadinya replikasi DNA
(Pray, 2008)
1. Model konservatif, yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak berubah,
berfungsi sebagai cetakan untuk dua rantai DNA baru. Replikasi ini
mempertahankan molekul dari DNA lama dan membuat molekul DNA
baru.
2. Model semikonservatif, yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai
baru disintesis dengan prinsip komplementasi pada masing-masing
rantai DNA lama.
3. Model dispersif, yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama
digunakan sebagai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru. Oleh karena
itu, hasil akhirnya diperoleh rantai DNA lama dan baru yang tersebar
pada rantai DNA lama dan baru
TAHAPAN
REPLIKASI
1. Tahapan pertama (inisiasi) dalam proses
Gambar 3. Tahap pemutusan
replikasi DNA terjadi adalah pemutusan ikatan ikatan hydrogen pada basa –
hidrogen antara basa-basa nitrogen dari dua basa nitrogen
untai yang antiparalel. Pemutusan ikatan
tersebut terjadi pada rantai yang kaya akan
ikatan A-T. Hal tersebut dikarenakan ikatan
antara adenin dan timin yang hanya
merupakan ikatan rangkap dua, sedangkan
pada ikatan antara sitosin dan guanin adalah
ikatan rangkap tiga.
2. Salah satu hal penting dalam tahapan Gambar 4. Tahap pembentukan
replikasi DNA adalah pengikatan primase RNA RNA primer
pada titik awal rantai induk 3’-5’. Primase RNA
dapat menarik nukleotida RNA yang berikatan
dengan nukleotida DNA dari untai 3’-5’
dikarenakan ikatan hidrogen antar basanya.
Nukleotida RNA adalah primer (starter) untuk
ikatan nukleotida DNA.
3.Tahapan elongasi berbeda untuk cetakan 5’-
3’ dan 3’-5’, yaitu: Gambar 5. Tahap pembentukan
leading strand dan lagging
A. Cetakan 5’-3’ strand
Cetakan 5’-3’ disebut sebagai leading strand
karena DNA polimerase α dapat membaca
cetakan dan secara kontinu menambah
nukleotida(komplemen dari cetakan
nukleotida, sebagai contoh adenin berlawanan
dengan timin).

B. Cetakan 3’-5’
Cetakan 3’-5’ tidak dapat dibaca dengan DNA Gambar 6. Fragmen Okazaki
polimerase α. Replikasi dari cetakan ini rumit
dan DNA barunya disebut lagging strand. Pada
lagging strand RNA primase menambah lebih
banyak RNA primer. DNA polimerase α
membaca cetakan. Jarak antara dua RNA
primer disebut sebagai fragmen Okazaki.
4. Pada lagging strand DNA Polimerase I -
eksonuklease membaca fragmen dan
memindahkan RNA Primer. Jarak
didekatkan dengan adanya pengaruh
DNA polymerase (menambahkan
nukleotida komplementer pada jarak
tersebut) dan DNA ligase
(menambahkan fosfat pada gap antara
Gambar 7. Tahap pembacaan fragmen oleh DNA polimerase I-ek
fosfat dan gula).

5. Langkah terakhir dari tahapan replikasi DNA adalah terminasi. Tahapan ini terjadi
ketika DNA polymerase mencapai titik akhir untai. Kita dapat dengan mudah
memahami bahwa pada akhir tahapan lagging strand, ketika RNA primer dipindahkan
tidak mungkin bagi DNA polymerase untuk mengisi kekosongan tersebut (karena tidak
ada primer).
6. Replikasi DNA tidak sempurna sebelum terjadi mekanisme
perbaikan terhadap kesalahan-kesalahan yang mungkin terjadi
selama replikasi. Enzim seperti nuklease akan memindahkan
nukleotida yang salah dan DNA polimerase akan mengisi
kekosongan (gap) tersebut.

Gambar 8. DNA hasil replikasi

REPLIKASI
DNA pada SEL
EUKARIOT
Pada eukariot replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di dalam interfase. Untuk
memasuki fase S diperlukan regulasi oleh sistem protein kompleks yang disebut
siklin dan kinase tergantung siklin atau cyclin-dependent protein kinases (CDKs),
yang akan diaktivasi oleh sinyal pertumbuhan yang mencapai permukaan sel.
Beberapa CDKs akan melakukan fosforilasi dan mengaktifkan protein-protein yang
diperlukan untuk inisiasi pada masing-masing ORI. Berhubung dengan
kompleksitas struktur kromatin, fork replikasi pada eukariot bergerak hanya
dengan kecepatan 50 pb tiap detik. Sebelum melakukan penyalinan, DNA harus
dilepaskan dari nukleosom pada fork replikasi sehingga gerakan fork replikasi akan
diperlambat menjadi sekitar 50 pb tiap detik. Dengan kecepatan seperti ini
diperlukan waktu sekitar 30 hari untuk menyalin molekul DNA kromosom pada
kebanyakan mamalia. Sederetan sekuens tandem yang terdiri dari 20 hingga 50
replikon mengalami inisiasi secara bersamaan pada waktu tertentu selama fase S.
Deretan yang mengalami inisiasi paling awal adalah eukromatin, sedangkan
deretan yang agak lambat adalah heterokromatin
Proses replikasi DNA eukariot sama dengan replikasi DNA prokariotik kecuali untuk aspek-aspek
dibawah ini (Anonymous, 2011):
DNA eukariot mempunyai beberapa tempat “Origin Of Replication”, maka beberapa replikasi fork
menghasilkan banyak gelembung sepanjang DNA. Replikasi fork dibentuk pada urutan mereplikasi
secara otonom (ARS) yang mengandung 11 bp dikenal dengan origin replication element (ORE).
Polimerase DNA α dan β adalah enzim-enzim replikasi DNA dalam sel eukariotik. Polimerase DNA α
mempunyai aktivitas polimerase 5' 3 ' dan sintesis primer pada lagging strand kemudian
diperpanjang dengan multisubunit DNA polymerase. Polimerase DNA δ mengoreksi aktivitas
eksonuklease 3’5’ dan melaksanakan keduanya dan sintesis lagging strand dalam suatu kompleks
bakteri dimer DNA polimerase III. ε polimerase DNA menghilangkan fragmen utama dari Okazaki
pada Lagging strand. Polimerase DNA γ bertanggung jawab untuk replikasi DNA mt.
Telomere, struktur di ujung kromosom eukariotik linear, terdiri dari banyak salinan tandem urutan
oligonukleotida pendek dengan TxGy dalam satu untai dan CyAx di untai komplementer, di mana x
dan y biasanya dalam rentang 1 sampai 4. Telomerase mengandung RNA yang berfungsi sebagai
template untuk sintesis untai TxGy dari telomer. Komponen protein dari telomerase bertindak
sebagai reverse transkripsi selular untuk sintesis RNA dan DNA. Setelah perpanjangan untai TxGy
oleh telomerase, pelengkap untai CyAx disintesis oleh DNA polimerase selular, dimulai dengan
sebuah primer RNA.
REPLIKASI
DNA pada SEL
PROKARIOT
Suatu kromosom mengandung satu molekul DNA yang biasanya sangat besar, misalnya
beberapa kromosom bakteri tersusun oleh sebanyak 4x106 pasang basa. Selain itu
dalam banyak hal, DNA berbentuk tertutup atau struktur lingkar. Beberapa kromosom
bakteri berbentuk linier. Hanya sedikit diketahui mengenai kromosom bakteri linier
(Ngili, 2010).
Dari penelitian genetika telah diketahui bahwa inisiasi replikasi terjadi pada sisi
tertentu yang disebut sisi inisiasi atau origin of the chromosome (ori C). Urutan
nukleotida dalam daerah ini mengikat pada berbagai protein untuk menginisiasi kedua
garpu. Replikasi DNA kromosom prokariot, khususnya bakteri, sangat berkaitan dengan
siklus pertumbuhannya. Daerah ori pada E. coli, misalnya, berisi empat buah tempat
pengikatan protein inisiator DnaA, yang masing-masing panjangnya 9 pb. Sintesis
protein DnaA ini sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri sehingga inisiasi replikasi
juga sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri. Pada laju pertumbuhan sel yang sangat
tinggi, DNA kromosom prokariot dapat mengalami reinisiasi replikasi pada dua ori yang
baru terbentuk, sebelum putaran replikasi yang pertama berakhir. Akibatnya, sel-sel
hasil pembelahan akan menerima kromosom yang sebagian telah bereplikasi.
PERBEDAAN
REPLIKASI DNA
pada SEL
EUKARIOT dan
PROKARIOT
 EUKARIOT PROKARIOT

Replikasi DNA terjadi di nukleus Replikasi DNA terjadi di protoplasma

Replikasi DNA terjadi pada fase S (fase sintesis) dalam Replikasi terjadi pada semua fase dalam siklus sel
fase interfase pada siklus sel

Terdapat 5 macam DNA polimerisasi yang terlibat Terdapat 3 macam DNA polimerisasi yang terlibat dalam
dalam proses replikasi proses replikasi

Terdapat banyak titik awal replikasi (ori) Titik awal replikasi (ori) lebih sedikit dibanding eukariot

Pergerakan garpu replikasi pada replikasi eukariot Pergerakan garpu replikasi pada replikasi prokariot
bergerak lebih lambat bergerak lebih cepat dibanding pada eukariot
YANG INGIN BERTANYA
DIPERSILAHKAN
Thank You